paleoforum.ru

Я не биолог, но интересуюсь вопросом происхождения жизни.
Прочитал массу информации по данной тематике: сомнений в справедливости эволюции у меня нет и не предвидится.
Но тем не менее остается масса вопросов, ответы на которые я не нашел.

Пусть мы имеем некоторую (условно самую первую) молекулу-носитель (неважно какую именно, хоть ТНК, хоть РНК, хоть какую-то еще). Естественно будем считать ее прошедшей отбор (см. модель Эйгена). И здесь у меня возникает первая проблема с пониманием процесса. Как из случайной последовательности нуклеотидов выделился первый ген (т.е. как у него появилось начало и конец?) и как вообще выделилось начало молекулы-носителя?

Прошу меня понять правильно: я по призванию своему программист и, наверное, поэтому ощущаю потребность в четком понимании алгоритмов, изучаемых мной явлений. А здесь я, признаться, зашел в тупик. Прошу компетентных людей поделиться знаниями, ссылками, ну или предположениями.

Цитата: iSceptic от января 17, 2015, 23:37:45
Я не биолог, но интересуюсь вопросом происхождения жизни.
Прочитал массу информации по данной тематике: сомнений в справедливости эволюции у меня нет и не предвидится.
Но тем не менее остается масса вопросов, ответы на которые я не нашел.

Пусть мы имеем некоторую (условно самую первую) молекулу-носитель (неважно какую именно, хоть ТНК, хоть РНК, хоть какую-то еще). Естественно будем считать ее прошедшей отбор (см. модель Эйгена). И здесь у меня возникает первая проблема с пониманием процесса. Как из случайной последовательности нуклеотидов выделился первый ген (т.е. как у него появилось начало и конец?) и как вообще выделилось начало молекулы-носителя?

Прошу меня понять правильно: я по призванию своему программист и, наверное, поэтому ощущаю потребность в четком понимании алгоритмов, изучаемых мной явлений. А здесь я, признаться, зашел в тупик. Прошу компетентных людей поделиться знаниями, ссылками, ну или предположениями.

Скорее всего первые молекулы, прошедшие отбор, кодировали всего один ген, так что, проблем с началом и концом просто не возникало.

Цитата: Комбинатор от января 18, 2015, 16:44:55
Скорее всего первые молекулы, прошедшие отбор, кодировали всего один ген, так что, проблем с началом и концом просто не возникало.

Да, скорее всего, так и было с первым геном: все что имелось под рукой, то и ген. Это весьма логично. Но тем не менее, это не лишает проблемы выделения начала и конца.

Как быть с выделением начала такого гена? Ну и стало быть с выделением второго гена и последующих?

Цитата: iSceptic от января 18, 2015, 16:59:53

Цитата: Комбинатор от января 18, 2015, 16:44:55
Скорее всего первые молекулы, прошедшие отбор, кодировали всего один ген, так что, проблем с началом и концом просто не возникало.

Да, скорее всего, так и было с первым геном: все что имелось под рукой, то и ген. Это весьма логично. Но тем не менее, это не лишает проблемы выделения начала и конца.

Как быть с выделением начала такого гена? Ну и стало быть с выделением второго гена и последующих?

Условно говоря, первый нуклеотид это начало, последний, это конец, не вижу проблемы, тем более, что обычно каталитический домен расположен ближе к центру, а не с края, так что, удлинение или укорачивание концевых участков на несколько нуклеотидов на функциональные свойства РНК влияют слабо.

Цитата: Комбинатор от января 18, 2015, 17:11:51
Условно говоря, первый нуклеотид это начало, последний, это конец, не вижу проблемы, тем более, что обычно каталитический домен расположен ближе к центру, а не с края, так что, удлинение или укорачивание концевых участков на несколько нуклеотидов на функциональные свойства РНК влияют слабо.

Ну как же вы не видите проблемы? Условно говоря, если мы не выделим первый нуклеотид, то сегодня он, если и был первым, то завтра он вполне может и не оказаться таковым, а последним. Я надеюсь, вы понимаете, что такая путаница не допустима для носителя информации.

Цитата: iSceptic от января 18, 2015, 17:28:16

Цитата: Комбинатор от января 18, 2015, 17:11:51
Условно говоря, первый нуклеотид это начало, последний, это конец, не вижу проблемы, тем более, что обычно каталитический домен расположен ближе к центру, а не с края, так что, удлинение или укорачивание концевых участков на несколько нуклеотидов на функциональные свойства РНК влияют слабо.

Ну как же вы не видите проблемы? Условно говоря, если мы не выделим первый нуклеотид, то сегодня он, если и был первым, то завтра он вполне может и не оказаться таковым, а последним. Я надеюсь, вы понимаете, что такая путаница не допустима для носителя информации.

Нуклеотиды это просто буквы алфавита. Пусть ген кодирует фразу "у попа была собака". Если в конец случайно добавится ещё один первый нуклекотид, то она превратится в "у попа была собакау". Как видите, смысл по прежнему вполне понятен, более того, при последующем "переписывании" этой фразы в результате естественного отбора и мутаций оригинальная фраза, при условии, что она обеспечивает лучшую "выживаемость", вполне может восстановиться.

Цитата: iSceptic от января 17, 2015, 23:37:45
И здесь у меня возникает первая проблема с пониманием процесса. Как из случайной последовательности нуклеотидов выделился первый ген (т.е. как у него появилось начало и конец?) и как вообще выделилось начало молекулы-носителя?

тут вообще вопрос стоит - не как появился первый ген, а что вообще можно признать геном - в самом деле, в любом современном геноме произвольно взятый участок геном не будет. однако так было не всегда просто потому что любая последовательность кодирует белок. и достоачно было чтобы кто-то подносил к ней аминокислоты, чтобы белок бы синтезировался. что он будет делать тоже пока не так важно поскольку белки сами по себе обладают сродством с нуклеиновыми кислотами, то есть налипнут с большой вероятностью друг на друга, создавая уже внутри клбука условия отличные от внешних, а там и видно будет - через отбор.

Цитата: Комбинатор от января 18, 2015, 17:45:51
Нуклеотиды это просто буквы алфавита. Пусть ген кодирует фразу "у попа была собака". Если в конец случайно добавится ещё один первый нуклекотид, то она превратится в "у попа была собакау". Как видите, смысл по прежнему вполне понятен, ...

Что значит смысл понятен? Это нам смысл понятен, а будет ли понятно молекулярному механизму, что у белка добавилась "просто буква" сзади и ее не нужно принимать во внимание?

Цитата: Комбинатор от января 18, 2015, 17:45:51
... более того, при последующем "переписывании" этой фразы в результате естественного отбора и мутаций оригинальная фраза, при условии, что она обеспечивает лучшую "выживаемость", вполне может восстановиться.

эта фраза не может "переписываться" и участвовать в отборе без выделения начала считки как у молекулы-носителя, так и самой фразы.

Ну   и  будет  идти  параллельно  эволюция  как  кодонов  для  аминокислот,  так  и  сигналов  старт-стоп.  Одно  без  другого   бессмысленно.   

Топ-стартеру.
Не путайте дупликацию и трансляцию. Если идет дупликация кольцевой молекулы, то - всё равно где начало. А рамки считывания и тРНК - потом, через много-много поколений.
Почитайте про панспермию.

Цитата: Limfil от января 18, 2015, 19:13:44
тут вообще вопрос стоит - не как появился первый ген, а что вообще можно признать геном - в самом деле, в любом современном геноме произвольно взятый участок геном не будет. однако так было не всегда просто потому что любая последовательность кодирует белок. и достоачно было чтобы кто-то подносил к ней аминокислоты, чтобы белок бы синтезировался. что он будет делать тоже пока не так важно поскольку белки сами по себе обладают сродством с нуклеиновыми кислотами, то есть налипнут с большой вероятностью друг на друга, создавая уже внутри клбука условия отличные от внешних, а там и видно будет - через отбор.

полагаю, что если таким способом отбирать белки, то и за триллион лет не управимся, учитывая их длину в сотни и тысячи "букв". тем более это не объясняет появление механизма выделения начала генов.
думаю появление начала молекулы-носителя можно объяснить наличием механизма праймаз. но тогда получается, что праймазы на первых этапах собиралась случайно, что, по-моему невероятно, учитывая их немалую длину, впрочем как и у других белков.

Цитата: Питер от января 18, 2015, 19:43:20
Ну   и  будет  идти  параллельно  эволюция  как  кодонов  для  аминокислот,  так  и  сигналов  старт-стоп.  Одно  без  другого   бессмысленно.

да возможно так и было.
вопрос во времени: миллиарда лет на это хватит?
ну и каким именно образом это происходило?

Цитата: Vladimirkox от января 18, 2015, 19:49:17
Топ-стартеру.
Не путайте дупликацию и трансляцию. Если идет дупликация кольцевой молекулы, то - всё равно где начало. А рамки считывания и тРНК - потом, через много-много поколений.
Почитайте про панспермию.

тут путай-не путай - начало должно быть для формирования молекулярного генетического механизма, в таком виде, каком мы его сейчас знаем.
и если промоторы "искали" себе место случайно на молекуле-носителе, то не думаю, что они смогли бы это успеть за  отведенные 1-2 миллиарда лет.

да и еще сюда же можно привлечь маркеры в механизме распознавания экзонов

Цитата: iSceptic от января 18, 2015, 19:19:34
Что значит смысл понятен? Это нам смысл понятен, а будет ли понятно молекулярному механизму, что у белка добавилась "просто буква" сзади и ее не нужно принимать во внимание?

Я писал про РНК-молекулы (рибозимы), а не про белки. "Не принимать во внимание" означает, что функциональные свойства РНК от добавления лишнего нуклеотида в конце полинуклееотида в большинстве случаев зависят очень мало.

Цитата: iSceptic от января 18, 2015, 19:19:34
эта фраза не может "переписываться" и участвовать в отборе без выделения начала считки как у молекулы-носителя, так и самой фразы.

Обоснуйте, плиз.

Цитата: Комбинатор от января 18, 2015, 20:53:51
Я писал про РНК-молекулы (рибозимы), а не про белки. "Не принимать во внимание" означает, что функциональные свойства РНК от добавления лишнего нуклеотида в конце полинуклееотида в большинстве случаев зависят очень мало.

а я писал про основную молекулу-носитель. даже если создание основной молекулы-носителя происходило на основе более малых молекул, все равно это не проясняет алгоритм образования механизма "форматирования", если так можно выразиться.

Цитата: iSceptic от января 18, 2015, 19:19:34
эта фраза не может "переписываться" и участвовать в отборе без выделения начала считки как у молекулы-носителя, так и самой фразы.

все очень просто. фраза без начала и конца не сможет участвовать в отборе, т.к. отсутствие начала не позволит считать ее в следующий раз и следовательно "переписать" ее. и если с началом молекулы-носителя можно приблизительно разобраться (праймазы, но тогда не ясен механизм их происхождения), то с началом фраз все сложнее.

Цитата: iSceptic от января 18, 2015, 21:56:09
а я писал про основную молекулу-носитель. даже если создание основной молекулы-носителя происходило на основе более малых молекул, все равно это не проясняет алгоритм образования механизма "форматирования", если так можно выразиться.

Параллельно с группировкой нескольких небольших молекул РНК в одну более длинную цепочку, очевидно, формировался и механизм её разрезания в нужных местах. Недаром до сих пор несколько рибосомных РНК обычно транскриптируются одним куском, а потом разрезаются на части, соответсвующие отдельным генам (малая субъеденица рРНК, большая субъеденица рРНК,  тРНК и т.д.).

Цитата: iSceptic от января 18, 2015, 21:56:09
фраза без начала и конца не сможет участвовать в отборе, т.к. отсутствие начала не позволит считать ее в следующий раз и следовательно "переписать" ее.

Полимеразе совершенно по барабану конкретная последовательность нуклеотидов, которую она копирует (переписывает). Она без проблем механически воспроизведёт любой абсолютно бессмысленный код.

Цитата: Комбинатор от января 18, 2015, 22:15:08
Параллельно с группировкой нескольких небольших молекул РНК в одну более длинную цепочку, очевидно, формировался и механизм её разрезания в нужных местах. Недаром до сих пор несколько рибосомных РНК обычно транскриптируются одним куском, а потом разрезаются на части, соответсвующие отдельным генам (малая субъеденица рРНК, большая субъеденица рРНК,  тРНК и т.д.).

ну, скорее всего, все механизмы, задействованные в молекулярном генетическом аппарате формировались параллельно.
и без описаний конкретных алгоритмов все подобные предположения, к сожалению, не более чем просто слова.

Цитата: Комбинатор от января 18, 2015, 22:15:08
Полимеразе совершенно по барабану конкретная последовательность нуклеотидов, которую она копирует (переписывает). Она без проблем механически воспроизведёт любой абсолютно бессмысленный код.

да ей все равно есть смысл или нет.
но код без привязки к конкретному месту будет бесполезным в любом случае.

итак, в самом начале каждый ген формировался по отдельности, а потом при эволюции, они склеились через промоторы, которые, скорее всего, были функционально частью древних первичных молекул-носителей.

Цитата: iSceptic от января 18, 2015, 23:11:09
ну, скорее всего, все механизмы, задействованные в молекулярном генетическом аппарате формировались параллельно.
и без описаний конкретных алгоритмов все подобные предположения, к сожалению, не более чем просто слова.

Да и после описания конкретных алгоритмов это останутся просто слова, ибо доказать, что был реализован именно этот, а не какой-нибудь другой механизм, практически невозможно.

Цитата: iSceptic от января 18, 2015, 23:11:09
итак, в самом начале каждый ген формировался по отдельности, а потом при эволюции, они склеились через промоторы, которые, скорее всего, были функционально частью древних первичных молекул-носителей.

Скорее, вначале формировались некие комплексы совместно транскрибируемых генов. У прокариот, как правило, один промотер управляет целым опероном, содержащим сразу несколько совместно экспрессируемых генов. При этом, соседние гены часто перекрываются. Правило "один ген - один транскрибируемый участок ДНК", по-видимому, появилось лишь у эукариот.

Цитата: Комбинатор от января 18, 2015, 23:30:02
Да и после описания конкретных алгоритмов это останутся просто слова, ибо доказать, что был реализован именно этот, а не какой-нибудь другой механизм, практически невозможно.

скорее всего были реализованы все возможные механизмы.
я так полагаю, что у современных авангардных исследований задача найти хотя бы один правдоподобный алгоритм, способный за максимум пару млрд лет привести к рабочему варианту молекулярного генетического механизма, позволяющего записывать и передавать потомкам не только белки, но и внешнюю форму, и внутреннюю структуру.
и мне кажется, что после моделирования, после всех проверок и перепроверок вероятностей и возможностей самоорганизации материи, всё сведется только к одной версии.

Уважаемый iSceptic, доброго утра!

Я так понимаю, что Вы отрицаете случайный характер организации подобного алгоритма?
Пожалуйста, сможете ответить прямо - Вы хотите обосновать возможность разумного дизайна, не так ли...

Цитата: Nur от января 19, 2015, 04:12:10
Уважаемый iSceptic, доброго утра!

Я так понимаю, что Вы отрицаете случайный характер организации подобного алгоритма?
Пожалуйста, сможете ответить прямо - Вы хотите обосновать возможность разумного дизайна, не так ли...

Отрицать случайный характер я не могу: могу только скептически сомневаться и искать правду.
Признаюсь, да, у меня много сомнений на этот счет: слишком все как-то лихо на молекулярном уровне даже для десятка млрд лет "случайных" изысканий.
Мне действительно непонятно самообразование наномеханизма с такой логической сложностью, основанного лишь на химических реакциях. И думаю это непонятно любому человеку, даже самым продвинутым на сей день исследователям.
Хотя может с привлечением квантовых эффектов все станет на свои места? Как знать?

Тем более пока не появится теория, определяющая предельную логическую сложность самоорганизации 3-х мерной материи (ну и n-мерной материи и n-мерных клеточных автоматов в целом), нам остается только верить, ну или скептически сомневаться.

Цитироватьслишком все как-то лихо на молекулярном уровне даже для десятка млрд лет "случайных" изысканий.

Кто ж знает-то, что творилось на Марсе и где-то ещё, пока  на Землю не прилетело http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=553548 ?
Так что, временные пределы даже в десятки миллиардов лет - рановато ставить. Вон, посмотрите что произошло за последнюю сотню лет, а уж потом про миллиарды поговорим. Сейчас, вполе серьезно обсуждают, какой-бы трансгенно собранный организм на Венеру заслать, для снижения парникового эффекта.

Цитата: Vladimirkox от января 19, 2015, 12:42:17
Так что, временные пределы даже в десятки миллиардов лет - рановато ставить.

вот именно поэтому нам остается только верить. и скептически сомневаться.

Уважаемый iSceptic!

Сомневаться Вы можете, но Ваша уверенность в праве на сомнение в данном случае приведет только к одному. Обсуждению идей, не поддающихся проверке опытом. а потому рискующих заслужить оценку нефальсифицируемых. Их главный признак, как я предполагаю - принципиальная возможность того, другого, третьего... Зачем это Вам?

Сомнение хорошая черта, при одном только важнейшем условии, когда оно опирается на знание.

Цитата: Дж. Тайсаев от января 19, 2015, 18:25:52
Сомнение хорошая черта, при одном только важнейшем условии, когда оно опирается на знание.

Я полагаю, вы для себя этот вопрос решили и стало быть опираетесь на знание?

Цитата: iSceptic от января 19, 2015, 18:34:41

Цитата: Дж. Тайсаев от января 19, 2015, 18:25:52
Сомнение хорошая черта, при одном только важнейшем условии, когда оно опирается на знание.

Я полагаю, вы для себя этот вопрос решили и стало быть опираетесь на знание?

Набожный человек прежде всего опирается на Веру, а потому более устойчив к состоянию когнитивного диссонанса при дифиците личных знаний.  Дух укрепляет уверенность в том, что истиное знание существует, если не у ближайших коллег, то в объективной реальности.

Цитата: iSceptic от января 19, 2015, 18:34:41

Цитата: Дж. Тайсаев от января 19, 2015, 18:25:52
Сомнение хорошая черта, при одном только важнейшем условии, когда оно опирается на знание.

Я полагаю, вы для себя этот вопрос решили и стало быть опираетесь на знание?

Я знаю слишком мало, что бы давать здесь какие либо реплики (хоть и имею биологическое образование), но наука предполагает ДОВЕРИЕ к специалистам, пока нет собственного знания в данной области. Хотя могу сказать например, что эйгеновские гиперциклы были автономно зашиты на моно-полинунуклеопротеидном синтезе, а дальше уже интегрировались разные циклы. Так что, если тут и есть проблема, то скорее всего в объяснении причин интеграции и функциональной дифференциации. То есть, как раз таки конечность таких циклов вполне понятна, сложнее понять их целостность. Впрочем со времён Моно и здесь многое проясняется. Впрочем, симбиоз способен на всякие фортеля даже за тысячу лет, а тут сотни миллионов лет были в распоряжении эволюции. Раз в миллион лет даже палка стреляет).

Цитата: Дж. Тайсаев от января 19, 2015, 20:04:50
Я знаю слишком мало, что бы давать здесь какие либо реплики (хоть и имею биологическое образование), но наука предполагает ДОВЕРИЕ к специалистам, пока нет собственного знания в данной области.

а как же быть, если и у специалистов по этому вопросу нет должных знаний?

Цитата: Дж. Тайсаев от января 19, 2015, 20:04:50
Хотя могу сказать например, что эйгеновские гиперциклы были автономно зашиты на моно-полинунуклеопротеидном синтезе, а дальше уже интегрировались разные циклы.

правильно я полагаю, что никакой информации по этим "разным" циклам у науки пока нет?

Цитата: Дж. Тайсаев от января 19, 2015, 20:04:50
Так что, если тут и есть проблема, то скорее всего в объяснении причин интеграции и функциональной дифференциации.

причины? что вы имеете ввиду? какие могут причины у атомов и молекул, кроме действия химических связей?

Цитата: Дж. Тайсаев от января 19, 2015, 20:04:50
То есть, как раз таки конечность таких циклов вполне понятна, сложнее понять их целостность.

что в вашем понимании есть целостность цикла?

Цитата: Дж. Тайсаев от января 19, 2015, 20:04:50
Впрочем, симбиоз способен на всякие фортеля даже за тысячу лет, а тут сотни миллионов лет были в распоряжении эволюции.

на всякие? или может есть обосновываемый предел таких "фортелей", например, зависящий от мерности пространства и его топологии?

Цитата: Дж. Тайсаев от января 19, 2015, 20:04:50
Раз в миллион лет даже палка стреляет

вопрос в том, сама ли она стреляет.

Уважаемый iSceptic!

Повторяю свой вопрос:
"Сомневаться Вы можете, но Ваша уверенность в праве на сомнение в данном случае приведет только к одному. Обсуждению идей, не поддающихся проверке опытом. а потому рискующих заслужить оценку нефальсифицируемых. Их главный признак, как я предполагаю - принципиальная возможность того, другого, третьего... Зачем это Вам?"

Вы на него пока не ответили...

Цитата: Nur от января 20, 2015, 00:06:26
Уважаемый iSceptic!

Повторяю свой вопрос:
"Сомневаться Вы можете, но Ваша уверенность в праве на сомнение в данном случае приведет только к одному. Обсуждению идей, не поддающихся проверке опытом. а потому рискующих заслужить оценку нефальсифицируемых. Их главный признак, как я предполагаю - принципиальная возможность того, другого, третьего... Зачем это Вам?"

Вы на него пока не ответили...

ответ мой такой: эту тему я начинал не для обсуждения "идей, не поддающихся проверке опытом", а для поиска отсутствующих знаний (и безуспешно).
похоже это вы провоцируете именно такое обсуждение. Зачем это Вам?

Давайте  для  начала  определимся  -  что вы  понимаете  под  генетическим  кодом ?   Потому  как   появление  первого  репликона и  первого   репликатора  могло  произойти  до  появления  того, что  понимается  сегодня  под  генетическим  кодом.   И  вообще  до  того,  как   на  арене    жизни  появились     аминокислоты.

Цитата: Питер от января 20, 2015, 11:10:38
Давайте  для  начала  определимся  -  что вы  понимаете  под  генетическим  кодом ?

Не думаю, что мое понимание генетического кода отличается от стандартного:
"Генети́ческий код — свойственный всем живым организмам способ кодирования аминокислотной последовательности белков при помощи последовательности нуклеотидов" (вики)
Хотя я добавил бы в стандартное определение к кодированию белков еще и внешнюю форму организма и даже возможно некоторые особенности его внутренней структуры.

Цитата: Питер от января 20, 2015, 11:10:38
Потому  как   появление  первого  репликона и  первого   репликатора  могло  произойти  до  появления  того, что  понимается  сегодня  под  генетическим  кодом.   И  вообще  до  того,  как   на  арене    жизни  появились     аминокислоты.

я просто в этом уверен: по моему очевидно, что сам по себе код не мог появиться и "записаться" на репликон.

"я просто в этом уверен: по моему очевидно, что сам по себе код не мог появиться и "записаться" на репликон."

Верной дорогой идете, товарищъ, тогда ни рибосом, ни тРНК не было. Толку от нечитаемого кода - ни какого.

Проблема   как  раз в  том,  что  первые  репликоны  были  скорее всего  ДО    кода.  И  отбор  шел  уже  тогда  -   когда  кода в  вашем  понимании  просто  не  было.  И   уже  тогда     могли  быть    сформированы     некие   точки "начала".  Плюс  к  этому   большой  вопрос,   были ли  сразу  включены  в  протожизнь  все   20  аминокислот  -   скорее  нет,  чем  да.

Цитата: Питер от января 20, 2015, 13:38:13
Проблема   как  раз в  том,  что  первые  репликоны  были  скорее всего  ДО    кода.  И  отбор  шел  уже  тогда  -   когда  кода в  вашем  понимании  просто  не  было.  И   уже  тогда     могли  быть    сформированы     некие   точки "начала".  Плюс  к  этому   большой  вопрос,   были ли  сразу  включены  в  протожизнь  все   20  аминокислот  -   скорее  нет,  чем  да.

до кода отбор мог идти только в сторону выбора наиболее устойчивой молекулы-носителя (циклы Эйгена).
могла ли без кода сформироваться устойчивая система отбора наиболее успешной структуры всего молекулярного генетического механизма?
получается, что могла. иначе бы ничего не было. но тогда возникает вопрос, а вместе с ним и "затык": как можно такую структуру организовать на практике? получается, что случайно собравшийся механизм репликации переносился из поколения также случайно собравшимися "машинками" для копирования самого механизма репликации - это так сказать копирование на "аппаратном" уровне без привлечения логического механизма "память-компиляция-механизм".
так что вполне может быть, что сначала молекулярный генетический механизм (МГМ) во вполне рабочем виде организовался на "аппаратном" уровне без привлечения "ячеек памяти". а лишь потом каким-то образом организовалась "система памяти".

Разве код не мог сложиться в процессе организации поэтапной взаимной репликации?
Здесь одни рибозимы с полимеразной активностью могли размножать фрагменты РНК, а другие – собирать из них более длинные молекулы.
Единый код тогда легче представить как синтез 2-х, по меньшей мере, прежде независимых кодов, один из которых мог определять порядок копирования самого собирающего рибозима, в другом случае – рибозима с полимеразной активностью.
В дальнейшем этот код мог разложиться на целый ряд вариаций, поскольку аптамеры РНК способны избирательно связываться со многими макромолекулами. При этом, в ходе неферментативной репликации РНК повышалась региоспецифичность, т.е. преобладание 3-5 связей между нуклеотидами.
В дальнейшем мог происходить отбор самых устойчивых вариантов связывания, в результате которой выиграли вариации, в которых аптамеры связывались с белками, за счет как раз несовершенной региоспецифичности, позволявшей сочетать реплики-катализаторы с репликами-матрицами.
Такая схема отражает и алгоритм эволюции: некая избыточность вариаций кодов, потом их комбинация в один, потом дивергенция по комбинации признаков «региоспецифичность + избирательность связывания макромолекул», затем отбор менее гомогенных продуктов с сочетанием молекул РНК, явно различающихся по способности образовывать трехмерные структуры.

Цитата: Nur от января 20, 2015, 15:37:01
Разве код не мог сложиться в процессе организации поэтапной взаимной репликации?

полагаю, что для выяснения этого нужно уточнить алгоритм поэтапной взаимной репликации.

Цитата: Nur от января 20, 2015, 15:37:01
Здесь одни рибозимы с полимеразной активностью могли размножать фрагменты РНК, а другие – собирать из них более длинные молекулы.
Единый код тогда легче представить как синтез 2-х, по меньшей мере, прежде независимых кодов, один из которых мог определять порядок копирования самого собирающего рибозима, в другом случае – рибозима с полимеразной активностью.
В дальнейшем этот код мог разложиться на целый ряд вариаций, поскольку аптамеры РНК способны избирательно связываться со многими макромолекулами. При этом, в ходе неферментативной репликации РНК повышалась региоспецифичность, т.е. преобладание 3-5 связей между нуклеотидами.
В дальнейшем мог происходить отбор самых устойчивых вариантов связывания, в результате которой выиграли вариации, в которых аптамеры связывались с белками, за счет как раз несовершенной региоспецифичности, позволявшей сочетать реплики-катализаторы с репликами-матрицами.

возможно было так.

но все равно не понятно как именно схема различных молекулярных механизмов оказалась "зашита" в генетическом коде. наверное был какой первичный механизм "записыватель", "сканирующий" структуру молекулы и переводящий ее в код?

Цитата: iSceptic от января 19, 2015, 00:55:25позволяющего записывать и передавать потомкам не только белки, но и внешнюю форму, и внутреннюю структуру.

структуры чего?  комка молекул? липидные пузырьки умеют делиться сами по себе, нуклеиновая кислота - достраивать самостоятельно цепочку комплиментраную себе. ну да, сейчас для этого нужны полимеразы и ещё куча всего. но это когда есть много охотников на то, что получится. а когда охотников нет, то можно и достраивать цепочку медленно и с кучей ошибок - только дострой. будет что-то вроде твоей копии. а потом ещё.

Цитата: iSceptic от января 18, 2015, 20:02:05
полагаю, что если таким способом отбирать белки, то и за триллион лет не управимся, учитывая их длину в сотни и тысячи "букв".

откуда вы взяли такую длинну в начале времён? даже ныне есть и гены мелкие - на десятки аминокислот. это теперь, когда большая часть длинны уходит на удержание нужной конфигурации активного центра белка. а когда только и требуется что просто какая-то, самая дохлая активность такой длинны и не надо.

Цитата: iSceptic от января 18, 2015, 20:02:05
тем более это не объясняет появление механизма выделения начала генов.

появление генов вообще момент условный.
то есть - жизнь просто взяла на вооружение те процессы, которые происходят сами по себе - будь то метаболизм или репликация/трансляция/транскрипция. и постепенно довела их до состояни клетки с внятными механизмами.

Вот получат в пробирке саморепликатор и тогда многие вопросы отпадут. Просто химия, как наука немного недоразвита. Решение где-то близко и оно достаточно простое.

Цитата: Baerlin от января 25, 2015, 12:51:42
Вот получат в пробирке саморепликатор и тогда многие вопросы отпадут.

А вполне может оказаться, что для этого нужна пробирка размером с океан.
  Я как-то интересовался у "разумщиков", а как они отнесутся к абиогенезу в пробирке? Ответили - это будет доказательством, что живое Создано.
  И еще очень, на мой взгляд, важное. Необходимо четко уяснить, что такое химическая реакция в информационном плане. Ведь программисты с такой легкостью именуют ДНК кодом, что забывают - термин код является более словесным штампом. В ДНК не должно содержаться "информации" о форме будущего организма, тем более не должно содержаться "информации" о врожденных рефлексах. Информация, как процесс обмена химически кодированными сигналами, рождается по мере становления самого организма или клетки, готовой к делению. А деление, причем унаследованное, как здесь уже говорили, возможно и без "управляющего центра" - только за счет прямой и обратной диффузии через мембрану.

Уважаемый василий андреевич, добрый день!

Рад видеть Ваши посты после 10-и дней отсутствия на форуме. Только есть вопросы и вот некоторые из них: кто такие "разумщики". И почему их мнение о доказательстве создания должно восприниматься, например, мной, как аргумент в пользу скептического отношения к возможности проведения реального эксперимента по абиогенезу?

Здравствуйте, Нур!
  "Разумщики" - так я обозвал приверженцев идеи Разумного Дизайна и принципа ID. Дело в том, что если сие может осуществить человек, то уж Ему раз плюнуть. Поэтому и Вы можете плюнуть - не для того работают в направлении искусственного абиогенеза.
  Вопрос другого порядка - с ЛЮКА. На мой интуитивный взгляд, во времена "подозреваемого" ЛЮКА, его, как такового не было в виде единственности. Другое дело, что тут как с митохондриальной Евой, таких Ев было много, просто мы сохранились, как потомки одной. Вот и мои сомнения к "пробирке" ровно такого же плана - нужен "океан" с предтечами ЛЮКА...
  ПП. Я было погрузился в написание для форума: "Эволюция & самоорганизация", да еще и от инета отключили. Но в который раз не смог уместиться на пяти страничках. Но буду додалбливать себя (иначе нафига тут выступаю))))

Цитировать
Вопрос другого порядка - с ЛЮКА. На мой интуитивный взгляд, во времена "подозреваемого" ЛЮКА, его, как такового не было в виде единственности. Другое дело, что тут как с митохондриальной Евой, таких Ев было много, просто мы сохранились, как потомки одной. Вот и мои сомнения к "пробирке" ровно такого же плана - нужен "океан" с предтечами ЛЮКА...

А Черное море годится для предЛюка. Там все условия есть, даже кислород отсутствует. Как только сложились подходящие физико-химические условия в водоеме, так ЭТО и возникло в виде слабого раствора. А затем это вещество регулярно смывалось в океан, где начало бороться за существование. Вся органика изомерна, вот подходящий изомер и начал прогрессировать.

Цитата: Baerlin от января 30, 2015, 05:47:53
Как только сложились подходящие физико-химические условия в водоеме, так ЭТО и возникло в виде слабого раствора. А затем это вещество регулярно смывалось в океан, где начало бороться за существование. Вся органика изомерна, вот подходящий изомер и начал прогрессировать.

Для модельного "начала" больше подошел бы "черный курильщик". Дело в том, что важны не "условия", а градиенты условий. Тогда бесформенное, безгенное, безоболочечное предживое - это катализатор самопроизвольных процессов рассеяния, организующий резкий градиент концентраций в условном пограничье система-среда, физически, как перепад энергий, это будет похоже на водопад. Предживое лишь работает над созиданием своей "потенции" за счет "совершенствования" (организации) русел встречных потоков.
  Черное море, как систему с концентрацией сероорганики, можно будет считать системой, средой же придется считать реку с поверхности. Тогда область "абиогенеза" - это там, где будет фиксироваться наиболее резкий перепад между "пресным и соленым".

Цитировать
Для модельного "начала" больше подошел бы "черный курильщик". Дело в том, что важны не "условия", а градиенты условий. Тогда бесформенное, безгенное, безоболочечное предживое - это катализатор самопроизвольных процессов рассеяния, организующий резкий градиент концентраций в условном пограничье система-среда, физически, как перепад энергий, это будет похоже на водопад. Предживое лишь работает над созиданием своей "потенции" за счет "совершенствования" (организации) русел встречных потоков.
  Черное море, как систему с концентрацией сероорганики, можно будет считать системой, средой же придется считать реку с поверхности. Тогда область "абиогенеза" - это там, где будет фиксироваться наиболее резкий перепад между "пресным и соленым".

Василий Андреевич, полностью согласен, что нужен проточный химический реактор. "Черные курильщики" идеальный вариант с огромными градиентами температуры, концентрации минеральных веществ и катализаторов, давления и процессами перемешивания и осаждениия. Но даже лужа имеет тонкие градиенты температуры в течение суток. Возможно и сейчас еще идут те же самые процессы создания предЛюков, но где? Решение рядом, но как всегда в науке, открытия совершаются случайно.

для жизни, и не только зарождения, всегда важен стык сред. если хорошо посмотреть на современную биосферу, то большая, чтобы не сказать подавляющая часть её продукции приходится на стык трёх сред - то есть там, где она скорее всего и зародилась. пелагиаль океана достаточно бедна жизнью из-за контака только двух. в чёрных курильщиках нет воздуха, но как видно этот компонент для самой первой жизни - до фотосинтеза, был скорее губителен, так конечно не было заметного кол-ва кислорода, но через него шёл ультрофиолет, что для первичных, "тонких" соединений было нестерпимо явно куда сильнее нынешних.

Цитата: Limfil от февраля 03, 2015, 01:58:19
на стык трёх сред

Вы имеете ввиду береговую линию? Или что?

Хоть вопрос и не ко мне, но поддержу Лимфила. Латераль - это самое, что ни на есть интересное. Правда для абиогенеза, наверное, опасное в смысле ультрафиолета. Хотя чем черт не шутит.

Цитата: Preguntador от февраля 03, 2015, 16:55:13
Вы имеете ввиду береговую линию? Или что?

и её тоже. а также почву (нет воды - нет жизни - см пустыни)

Цитата: василий андреевич от февраля 03, 2015, 20:45:12
Хоть вопрос и не ко мне, но поддержу Лимфила. Латераль - это самое, что ни на есть интересное. Правда для абиогенеза, наверное, опасное в смысле ультрафиолета. Хотя чем черт не шутит.

спасибо за поддержку. а от ультрафиолета есть пещеры, которые морские волны иногда прогрызают в прибрежных скалах. какой-нибудь сток нанесёт туда глины и пожалуйте - плодитесь и размножайтесь.

Цитировать

Цитата: iSceptic от января 19, 2015, 00:55:25позволяющего записывать и передавать потомкам не только белки, но и внешнюю форму, и внутреннюю структуру.

Цитата: Limfil от января 24, 2015, 23:52:45структуры чего?  комка молекул? липидные пузырьки умеют делиться сами по себе, нуклеиновая кислота - достраивать самостоятельно цепочку комплиментраную себе. ну да, сейчас для этого нужны полимеразы и ещё куча всего. но это когда есть много охотников на то, что получится. а когда охотников нет, то можно и достраивать цепочку медленно и с кучей ошибок - только дострой. будет что-то вроде твоей копии. а потом ещё.

структуры чего? да всего - структуры молекул ферментов, структуры ткани организма, форму организма в конце концов.

Цитировать

Цитата: iSceptic от января 18, 2015, 20:02:05
полагаю, что если таким способом отбирать белки, то и за триллион лет не управимся, учитывая их длину в сотни и тысячи "букв".

Цитата: Limfil от января 24, 2015, 23:52:45откуда вы взяли такую длинну в начале времён? даже ныне есть и гены мелкие - на десятки аминокислот. это теперь, когда большая часть длинны уходит на удержание нужной конфигурации активного центра белка. а когда только и требуется что просто какая-то, самая дохлая активность такой длинны и не надо.

даже еслив самом начале были только мелкие гены, то в любом случае когда-то должен произойти переход на значительные длины.

Цитировать

Цитата: iSceptic от января 18, 2015, 20:02:05
тем более это не объясняет появление механизма выделения начала генов.

Цитата: Limfil от января 24, 2015, 23:52:45появление генов вообще момент условный.
то есть - жизнь просто взяла на вооружение те процессы, которые происходят сами по себе - будь то метаболизм или репликация/трансляция/транскрипция. и постепенно довела их до состояни клетки с внятными механизмами.

я вас не понял: что значит "условный"? наверное это означает - такой на котором не стоит заострять внимание и пытаться объяснить?
также не понятно выражение "жизнь просто взяла на вооружение". упоминаемая "жизнь" по вашему разумна? да и следуя логике василия андреевича "будь то метаболизм или репликация/трансляция/транскрипция" это не более, чем словесные штампы.

Цитата: василий андреевич от января 26, 2015, 21:46:36
Ведь программисты с такой легкостью именуют ДНК кодом, что забывают - термин код является более словесным штампом.

интересно, а по вашему мнению, компьютерный код тоже является не более чем словесным штампом? да и авторские права наверняка тоже не более чем пустой шум?

Цитата: василий андреевич от января 26, 2015, 21:46:36Я как-то интересовался у "разумщиков", а как они отнесутся к абиогенезу в пробирке? Ответили - это будет доказательством, что живое Создано.

я полагаю, что "разумщики" будут удовлетворены в том случае, когда им покажут не только возникновение органических веществ в пробирке, но и образование первичного молекулярного генетического механизма и возникновение генетического кода. причем без стороннего вмешательства

Цитата: iSceptic от февраля 05, 2015, 01:02:01
интересно, а по вашему мнению, компьютерный код тоже является не более чем словесным штампом?

Вот Вы увидите на бумаге набор ноликов и единиц - ясен пень, это двоичный код. А для меня это кружочки и палочки. Весь геном состоит из комбинаций четырех знаков, знать ура, это четверичный код! Но для кого/чего, какое устройство его читает?
  А почему бы не сказать генетическая программа, на которой записана четкая последовательность поведения каждой молекулы и даже каждого атома в собираемой молекуле? Плюс перечень всех реакций на малейшие флуктуации в окружающей среде? Эдакий атомистический Творец или Демон.
  Берем зерно боба и видим зачаток, т.е. уже готовую форму, для которой уже, якобы, не нужен длинючий геном. Ан нет геном растений статистически ничуть не короче генома животного.

  Если произносим код, то надо четко указать сигнал, который кодируется для определенного декодера. Максимум, что можно сказать - ген закодирован для производства определенного белка. Но для того, что бы начать производство нужен целевой сигнал. Именно сигнал химически кодируется, что бы быть принятым не абы кем, а только определенным геном - дальше штамповка белка, пока не будет получен кодированный сигнал на прекращение штамповки.
  Нет в ДНК никакой записи о том, какой клетке какой ген включать, нет даже единого командного центра. Но в эмбрионе постоянно возникают клетки, работа генома которых, как предполагается, влияет на удаленные клетки через невыясненный пока механизм. Это, прежде всего клетки вдоль оси эмбриона, где работают НОХ гены, выдавая химическую (а может не только химическую) команду для генов клеток, ответственных за размножение в ткани элементов конечностей. Да тут столько всего, что моя голова лопнет даже от названий...
  Хотя есть, кто сравнивает ряды из четырех аминокислот с перфолентой. Знай себе, только декодируй сигналы из информационного поля Вселенной.

Цитата: василий андреевич от февраля 05, 2015, 02:43:07
Вот Вы увидите на бумаге набор ноликов и единиц - ясен пень, это двоичный код. А для меня это кружочки и палочки. Весь геном состоит из комбинаций четырех знаков, знать ура, это четверичный код!

здесь не могу не согласиться - не каждый набор палочек и кружочков является кодом. чаще это будут именно палочки и кружочки.

Цитата: василий андреевич от февраля 05, 2015, 02:43:07
  А почему бы не сказать генетическая программа, на которой записана четкая последовательность поведения каждой молекулы и даже каждого атома в собираемой молекуле? Плюс перечень всех реакций на малейшие флуктуации в окружающей среде? Эдакий атомистический Творец или Демон.

я не буду утверждать, что генетическая программа описывает такие подробности. но тем не менее скромно полагаю, что формы сложных молекул (ферменты, например) там должны быть как то описаны. многие процессы на молекулярном уровне могут идти в "автоматическом" режиме (http://www.youtube.com/watch?v=EoYyKRvQgu4) довольно простых химических реакций, которые, скорее всего, не требуют специального описания.

Цитата: василий андреевич от февраля 05, 2015, 02:43:07
  Если произносим код, то надо четко указать сигнал, который кодируется для определенного декодера.

по-моему кодируемый сигнал очевиден - это структура организма. и не только химический состав, но и общая форма, так сказать, колонии микроорганизмов.

Цитата: василий андреевич от февраля 05, 2015, 02:43:07Максимум, что можно сказать - ген закодирован для производства определенного белка.

я здесь вас поправлю: это максимум, что можно сказать, с помощью современных возможностей. но, скорее всего, в геноме закодированы и инструкции касающиеся "схемы сборки", которые могут "включаться" только до рождения, а уже после этого процесс идет в "автоматическом режиме" с некоторыми корректировками (половое созревание и проч.)

Цитата: василий андреевич от февраля 05, 2015, 02:43:07
  Нет в ДНК никакой записи о том, какой клетке какой ген включать, нет даже единого командного центра.

а мозг? разве он не может выдавать такие команды? но тем не менее, в ДНК есть записи, ограничивающие отдельные гены

Цитата: василий андреевич от февраля 05, 2015, 02:43:07
Но в эмбрионе постоянно возникают клетки, работа генома которых, как предполагается, влияет на удаленные клетки через невыясненный пока механизм. Это, прежде всего клетки вдоль оси эмбриона, где работают НОХ гены, выдавая химическую (а может не только химическую) команду для генов клеток, ответственных за размножение в ткани элементов конечностей. Да тут столько всего, что моя голова лопнет даже от названий...
  Хотя есть, кто сравнивает ряды из четырех аминокислот с перфолентой. Знай себе, только декодируй сигналы из информационного поля Вселенной.

да, а еще есть и такие,  которые называют "не только химические" команды энергией ци

Цитата: iSceptic от февраля 05, 2015, 00:54:04да всего - структуры молекул ферментов, структуры ткани организма, форму организма в конце концов.

ткани - это только особенность многоклеточных да и то не всех. форма - конечно свойственная всем, но не всегда - определённая. к примеру - Трихоплакс. микоплазмы - бактерии такие - это просто шарики - то есть формы никакой у них нет. во всяком случае определяют её только физические свойства жидкости, но не они сами.

Цитата: iSceptic от февраля 05, 2015, 00:54:04даже еслив самом начале были только мелкие гены, то в любом случае когда-то должен произойти переход на значительные длины.

увеличение длинны происходит путём удвоения уже оформившихся участков, слиянием разных генов, и т. д.

Цитата: iSceptic от февраля 05, 2015, 00:54:04я вас не понял: что значит "условный"?

условный значит - то что считать геном, а что - просто набором нуклеотидов решаем мы сами, а не какое-то фундаментальное свойство живой материи.

Цитата: iSceptic от февраля 05, 2015, 00:54:04также не понятно выражение "жизнь просто взяла на вооружение".

может выключите дурака? есть процессы в природе, которые жизнь использует. ну и направляет на выгодные функции (сейчас будет вопрос - а что значит - выгодные, а потом - что такое - функции). в общем если ничего не хотите понимать - так и скажите. а лучше не открывать тем вообще.

Цитата: Limfil от февраля 05, 2015, 20:11:02
увеличение длинны происходит путём удвоения уже оформившихся участков, слиянием разных генов, и т. д.

это справедливо для всех участков генома или только для участков, кодирующих белки? и интересно существуют ли исследования, позволяющие оценить время, затрачиваемое на эволюцию при использовании способа, указанного вами ("путём удвоения уже оформившихся участков, слиянием разных генов, и т. д")?

Цитата: Limfil от февраля 05, 2015, 20:11:02условный значит - то что считать геном, а что - просто набором нуклеотидов решаем мы сами, а не какое-то фундаментальное свойство живой материи.

а как же тогда объяснить наличие промоторов и терминаторов и прочих механизмов "форматирования"?

Цитата: Limfil от февраля 05, 2015, 20:11:02может выключите дурака? есть процессы в природе, которые жизнь использует. ну и направляет на выгодные функции (сейчас будет вопрос - а что значит - выгодные, а потом - что такое - функции). в общем если ничего не хотите понимать - так и скажите. а лучше не открывать тем вообще.

это я к тому, что "жизнь" по сути своей есть ни что иное, как высокоструктурированное сообщество молекулярных механизмов (даже можно назвать их нанороботами, если желаете). и я, учитывая это, предпочитаю описывать "жизненные" процессы с точки зрения функционирования молекулярного механизма, а не обходится какими-то туманными "терминами" вроде "которые жизнь использует", "направляет на выгодные функции", ну или "жизнь просто взяла на вооружение". подобными способами можно и большой адронный коллайдер за год в одиночку построить - это ведь просто большая труба с датчиками, не правда ли?

Цитата: iSceptic от февраля 06, 2015, 00:41:04
это справедливо для всех участков генома или только для участков, кодирующих белки?

для всех.

Цитата: iSceptic от февраля 06, 2015, 00:41:04
и интересно существуют ли исследования, позволяющие оценить время, затрачиваемое на эволюцию при использовании способа, указанного вами ("путём удвоения уже оформившихся участков, слиянием разных генов, и т. д")?

про слияние сказать действительно трудно. однако каждый ген состоит из модулей. и они вовсе не обязаны были появится в одном месте и времени. исследований времени расхождения генов - полно. ну и их изменения длинны конечно. длинна вообще не такой уж важный пареметер... какая разница сколько было там вставочных мутаций? вообще отсекаются отбором они в целом реже, чем дилеции - то есть пропажа куска ДНК...

Цитата: iSceptic от февраля 06, 2015, 00:41:04а как же тогда объяснить наличие промоторов и терминаторов и прочих механизмов "форматирования"?

также как и с остальными элементами - какой-то участок стал проявлять больше сродства к некому белку и всё. кстати, такие элементы обычно куда короче кодирующих последовательностей, а их консенсус - то есть диапазон вариабельность, при котором они могут связывать белок, довольно широк. то есть особых проблем тут нет вообще.

Цитата: iSceptic от февраля 06, 2015, 00:41:04это я к тому, что "жизнь" по сути своей есть ни что иное, как высокоструктурированное сообщество молекулярных механизмов (даже можно назвать их нанороботами, если желаете).

жизнь это нечто, что способно путём саморепликации противостоять разложению, задающимуся Вторым Началом, и ничего более. высоко- или низко - не важно. поэтому высоту лучше не учитывать.

Цитата: iSceptic от февраля 06, 2015, 00:41:04и я, учитывая это, предпочитаю описывать "жизненные" процессы с точки зрения функционирования молекулярного механизма, а не обходится какими-то туманными "терминами" вроде "которые жизнь использует", "направляет на выгодные функции", ну или "жизнь просто взяла на вооружение". подобными способами можно и большой адронный коллайдер за год в одиночку построить - это ведь просто большая труба с датчиками, не правда ли?

не правда. поскольку если бы вы были бы в теме, а не витали бы где в "высокоструктурированном сообществе" то обратили бы внимание, что жизнь использует вполне конкретные функции - и уже какие-то перечисленны в этой теме, а что такое эта ваша высота - совершенно не ясно. высота до какого уровня? в чём её измеряете, как?

Цитата: Limfil от февраля 06, 2015, 02:20:52
длинна вообще не такой уж важный пареметер... какая разница сколько было там вставочных мутаций?

ну вообщем-то не "какая разница". очень важно сколько там было вставочных мутаций. я надеюсь, что вы не будете умалять значения количества мутаций, если вдруг выясниться, что время осуществления необходимого количества мутаций вдруг превысит "положенный" миллион-миллиард лет.

Цитата: Limfil от февраля 06, 2015, 02:20:52
также как и с остальными элементами - какой-то участок стал проявлять больше сродства к некому белку и всё. кстати, такие элементы обычно куда короче кодирующих последовательностей, а их консенсус - то есть диапазон вариабельность, при котором они могут связывать белок, довольно широк. то есть особых проблем тут нет вообще.

плохое объяснение. оно уже предполагает наличие развитого механизма, позволяющего определить "сродство" "какого-то участка" "к некому белку". я прошу все аргументы высказывать в контексте темы, а именно "появление ПЕРВОЙ полезной информации в генетическом коде"

Цитата: Limfil от февраля 06, 2015, 02:20:52жизнь это нечто, что способно путём саморепликации противостоять разложению, задающимуся Вторым Началом, и ничего более. высоко- или низко - не важно. поэтому высоту лучше не учитывать.

ну да. так и в представлениях верующих господь бог это тоже НЕЧТО. и уж наверняка этому НЕЧТО под силу "путём саморепликации противостоять разложению, задающимуся Вторым Началом". да и большой адронный коллайдер это тоже нечто, представляющее собой просто большую трубу с датчиками, и ничего более. (ирония)

Цитата: Limfil от февраля 06, 2015, 02:20:52
не правда. поскольку если бы вы были бы в теме, а не витали бы где в "высокоструктурированном сообществе" то обратили бы внимание, что жизнь использует вполне конкретные функции - и уже какие-то перечисленны в этой теме, а что такое эта ваша высота - совершенно не ясно. высота до какого уровня? в чём её измеряете, как?

я обращаю ваше внимание на то, что в этой теме мы говорим не просто об использовании "вполне конкретных функций", а скорее о механизме возникновения этих самых "вполне конкретных функций".

PS ну а что касается высоты - то ее лучше пока учитывать и принимать во внимание: вы ведь не знаете предельную сложность самоорганизации трехмерной (да и n-мерной в общем случае) материи. вот если выяснится, что таких границ теоретически нет, вот тогда и будет "высоко- или низко - не важно", а пока этого никто не может сказать.

Давайте    опять с  определений.
1. Что вы  понимаете  под  словами "генетический  код" ?
2. Что вы  понимаете  под  словами "полезная  информация" ?

Например, у  нас   есть     некий       полимер  из  рибонуклеотидов.   Который     обладает    ферментативной  активностью  -   стимулирует  образование   связей  между  рибонуклеотидами и   тем  самым   может         увеличивать    свою  длину.    Это  уже    некий   код  или  не  код ?

Цитата: iSceptic от февраля 06, 2015, 11:50:07
я надеюсь, что вы не будете умалять значения количества мутаций, если вдруг выясниться, что время осуществления необходимого количества мутаций вдруг превысит "положенный" миллион-миллиард лет.

такие вычисления нетрудно сделать. и важно конечно не отдельно мутаций удвоения или лишних нуклеотидов, а мутаций вообще. хотя дупликации может быть и доминирующий тип...

Цитата: iSceptic от февраля 06, 2015, 11:50:07плохое объяснение. оно уже предполагает наличие развитого механизма, позволяющего определить "сродство" "какого-то участка" "к некому белку".

нет. белок имеет сродство к нуклеиновой кислоте по свой физической природе - потому что первый из аминокислот, а второй - нуклеотидов. в любой их последовательности.

Цитата: iSceptic от февраля 06, 2015, 11:50:07ну да. так и в представлениях верующих господь бог это тоже НЕЧТО. и уж наверняка этому НЕЧТО под силу "путём саморепликации противостоять разложению, задающимуся Вторым Началом". да и большой адронный коллайдер это тоже нечто, представляющее собой просто большую трубу с датчиками, и ничего более. (ирония)

что вам дался коллайдер и Бог? высказывайтесь по теме - вам говорят по теме, ну если вы не знаете что такое химическое сродство - от этого оно отношения к теме не теряет. а вот коллайдер точно не имеет никакого. ирония там или нет.

Цитата: iSceptic от февраля 06, 2015, 11:50:07я обращаю ваше внимание на то, что в этой теме мы говорим не просто об использовании "вполне конкретных функций", а скорее о механизме возникновения этих самых "вполне конкретных функций".

а я обращаю ваше внимание, что фнункции эти - химические. а обсуждение появления свойств атомов - это уже явно к теме не имеет отношения. если вы не в курсе того, что такое гидрофобия и т. д. то ознакомтесь прежде чем объявлять о том, что вы хотите услышать о происхождении функций.

P. S. на этом форуме креацинизм очень преследуется. ваша ведь цель это заявить, что мне никто ничего объяснить не может, жизнь как возникла не понятно - и для этого сами биологи привлекают высшие силы (которые существуют только в вашем воображении), откуда берутся гены - никто не считал, значит и эволюции никакой нет? нет? если нет, скажите. и что вы понимаете под "кодом" - присоединяюсь к вопросу Питера

Цитата: Питер от февраля 06, 2015, 12:32:50
Давайте    опять с  определений.
1. Что вы  понимаете  под  словами "генетический  код" ?
2. Что вы  понимаете  под  словами "полезная  информация" ?

Например, у  нас   есть     некий       полимер  из  рибонуклеотидов.   Который     обладает    ферментативной  активностью  -   стимулирует  образование   связей  между  рибонуклеотидами и   тем  самым   может         увеличивать    свою  длину.    Это  уже    некий   код  или  не  код ?

для меня генетический код - это прежде всего некая устойчивая система представления информации, позволяющая передавать информацию о свойствах и структуре организма от предка к потомку.
на мой взгляд термин "полезная  информация" это что-то вроде "масло масляное": информация по определению своему уже является для кого-то/чего-то полезной. хотя если в качестве информации понимать просто некоторую последовательность некоторых элементов, потенциально могущих исполнять роль значимых символов, то можно дать такое определение: полезная информация - это такая информация, которая позволяет при помощи некоторого соответствующего механизма считывания и интерпретации совершать некоторые полезные действия.
а что касается некоего полимера из рибонуклеотидов. в заданных вами несколько нечетко определенных условиях непросто сказать несет ли данный полимер код или нет. скорее всего речь идет о некотором случайно образовавшемся полимере. в этом случае вероятнее всего он составлен из случайной последовательности рибонуклеотидов. говорить о существовании кода в этом полимере можно будет тогда, когда будет обеспечена необходимая "инфраструктура", а именно соответствующий молекулярный механизм, позволяющий устойчивым образом считывать и интерпретировать получившуюся последовательность рибонуклеотидов. если такой "инфраструктуры" не существует (или даже потенциально не может существовать), то мы не сможем однозначно определить содержит ли такая последовательность какую-то информацию или нет.

Цитата: Limfil от февраля 06, 2015, 17:57:27
нет. белок имеет сродство к нуклеиновой кислоте по свой физической природе - потому что первый из аминокислот, а второй - нуклеотидов. в любой их последовательности.

в любом случае толку от такого сродства мало. нужно ведь чтобы "подобравшийся" (что само по себе очень маловероятно) случайно синтезировавшийся белок был еще и полезным для "протоклетки". да еще нужен и механизм, который позволит задействовать такой белок полезным для "народа" способом. хотя конечно и сам такой механизм задействования носит белковый характер.  ну и стоит упомянуть еще о необходимости в развитом молекулярном генетическом механизме некоторой молекулярной "машинки" рибосомы, позволяющей на основе последовательности нуклеотидов собрать соответствующий "родственный" белок. ну а в добавок к рибосоме еще нужно объяснить как появилось первое ядрышко, как информация о сборке ядрышка оказалась записанной в геноме клетки и проч. и проч.

Цитата: Limfil от февраля 06, 2015, 17:57:27что вам дался коллайдер и Бог? высказывайтесь по теме - вам говорят по теме, ну если вы не знаете что такое химическое сродство - от этого оно отношения к теме не теряет. а вот коллайдер точно не имеет никакого. ирония там или нет.

это я к тому, что в своих представлениях о "жизни" вы недалеко ушли от религиозного менталитета: налицо квазирелигиозная вера в ЖИЗНЬ и в ПРИРОДУ, разве только без икон, церквей, молитв и песнопений.

Цитата: Limfil от февраля 06, 2015, 17:57:27а я обращаю ваше внимание, что фнункции эти - химические. а обсуждение появления свойств атомов - это уже явно к теме не имеет отношения. если вы не в курсе того, что такое гидрофобия и т. д. то ознакомтесь прежде чем объявлять о том, что вы хотите услышать о происхождении функций.

мне ничего не остается как обратить ваше внимание на то, что попытки объяснить появление всех функций молекулярного генетического механизма только с помощью наличия возможности химических реакций подобны попыткам объяснить "самосборку" кирпичного дома из отдельных кирпичей, указывая лишь на то, что каждый кирпич имеет особую форму, позволяющую ему довольно устойчиво укладываться на другой кирпич.

Цитата: Limfil от февраля 06, 2015, 17:57:27
P. S. на этом форуме креацинизм очень преследуется. ваша ведь цель это заявить, что мне никто ничего объяснить не может, жизнь как возникла не понятно - и для этого сами биологи привлекают высшие силы (которые существуют только в вашем воображении), откуда берутся гены - никто не считал, значит и эволюции никакой нет? нет? если нет, скажите. и что вы понимаете под "кодом" - присоединяюсь к вопросу Питера

эволюция есть и это неоспоримый факт. и также является фактом то, что самые сложные проблемы еще не решены: "самосборка" первичного молекулярного генетического механизма (МГМ), на основе работы которого прошел процесс эволюции отдельной клетки; дальнейшее "переориентирование" первичного МГМ к виду, позволяющему организовать существование многоклеточных организмов; дальнейшее усовершенствование МГМ для появления думающих и чувствующих организмов. ну и прочие подобные процессы. таких еще неразгаданных загадок еще предостаточно. ну а что касается креационизма - тут я призываю относиться скептически к противостоянию идей креационизма и самопроизвольного возникновения МГМ и его дальнейшей эволюции: насколько я знаю, у науки нет убедительных ни доводов ни опровержений для обеих гипотез. лично я для себя эту дилемму решил просто: я пока не отрицаю ни одной из этих идей. даже предполагаю, что истина где-то в "золотой" середине: большую часть пути (наверняка более 99.(9)% времени) эволюция находится в "свободном полете", а остальную часть может занимать внешнее вмешательство. и такое внешнее вмешательство, скорее всего, может иметь место как раз в моменты преодоления описанных мною выше сложных проблем.

Цитата: iSceptic от февраля 07, 2015, 02:45:57
указывая лишь на то, что каждый кирпич имеет особую форму, позволяющую ему довольно устойчиво укладываться на другой кирпич.

Хочу в свою очередь обратить ваше внимание, что это очень опрометчиво — судить о процессах, происходящих в микромире или мегамире, используя в качестве аналогии кирпичи, шарики и другие объекты макромира. Любая аналогия хороша только после того, как доказано, что она корректна. Посмотрите любую книжку по численным методам, там утомительно большие главы занимают обсасывания темы о корректности, сходимости, устойчивости математических моделей. Если же делать вид, что этой проблемы не существует, можно придти к выводу, что, например, Луна привязана к Земле невидимой сверхпрочной резинкой.

Между тем самосборка довольно сложных молекул в микромире - обычное явление. Это каждодневно происходит прямо у нас на глазах.

Цитата: iSceptic от февраля 07, 2015, 02:45:57
указывая лишь на то, что каждый кирпич имеет особую форму, позволяющую ему довольно устойчиво укладываться на другой кирпич.

Цитата: AdmiralHood от февраля 07, 2015, 10:27:32
Хочу в свою очередь обратить ваше внимание, что это очень опрометчиво — судить о процессах, происходящих в микромире или мегамире, используя в качестве аналогии кирпичи, шарики и другие объекты макромира. Любая аналогия хороша только после того, как доказано, что она корректна. Посмотрите любую книжку по численным методам, там утомительно большие главы занимают обсасывания темы о корректности, сходимости, устойчивости математических моделей. Если же делать вид, что этой проблемы не существует, можно придти к выводу, что, например, Луна привязана к Земле невидимой сверхпрочной резинкой.

Между тем самосборка довольно сложных молекул в микромире - обычное явление. Это каждодневно происходит прямо у нас на глазах.

я принимаю вашу критику: она не лишена смысла. но тем не менее хочу заметить, что серьезных фундаментальных исследований, позволяющих определить пределы сложности "самосборки" молекулярных систем для трехмерной (и n-мерной в общем случае) материи еще нет. так что мы еще не знаем могут ли потенциально молекулы "самособраться" до уровни рабочего молекулярного генетического механизма или нет. так что в этом случае пример с домом из кирпичей скорее корректен, чем нет. естественно с некоторыми условностями.
и под конец замечу, что самосборка какого-то полимера из нуклеотидов это просто химическая реакция и вовсе не то же самое, что самосборка рабочего молекулярного генетического механизма, включающего в себя такие компоненты как носитель информации (а значит и устойчивую систему кодирования), считыватель, интерпретатор и исполнитель.

Цитата: iSceptic от февраля 07, 2015, 12:50:04
и под конец замечу, что самосборка какого-то полимера из нуклеотидов это просто химическая реакция

Лучше до такой степени не упрощать. "Само"(сборка) лишь подчеркивает, что процесс объясним естественными причинами. В случае сложных органических веществ, всегда имеются вариации или потенциальные возможности сборки молекул в кластер. И значительная часть этих возможностей осуществляется в том или ином пространстве, а вот остаётся, как достояние одного ограниченного, допустим, клеткой пространства, единственное. Какое состояние/достояние будет сохранятся лучше при смене условий, химизм заранее не знает. (Да и Творец бы не знал, когда бы мы захотели его ввести).
  И уж совсем не гоже от химизма перескакивать к информации. Информация - это термин, вводимый человеком, когда он констатирует (разбивает, классифицирует) процесс, выделяя в нем источник, кодировщика, передающую среду, декодировщика и приемник. Не можете указать всех "посредников" без исключения, нечего говорить о информации.

Цитата: василий андреевич от февраля 07, 2015, 20:57:32
  И уж совсем не гоже от химизма перескакивать к информации. Информация - это термин, вводимый человеком, когда он констатирует (разбивает, классифицирует) процесс, выделяя в нем источник, кодировщика, передающую среду, декодировщика и приемник.

напомню, что человек вводит термин "информация" не просто так, лишь бы куда-нибудь воткнуть, а в соответствии с особенностями этого явления. и человек также не просто разбивает и классифицирует, а сообразуясь с особенностями делимой и классифицируемой системы. так что, да, "информация" это всего лишь термин, но за этим абстрактным термином стоят вполне конкретные особенности и свойства, позволившие применить такой термин и обособить его от прочих терминов.

Цитата: василий андреевич от февраля 07, 2015, 20:57:32
Не можете указать всех "посредников" без исключения, нечего говорить о информации.

ну как же, "посредники" в этой системе четко прослеживаются

Цитата: iSceptic от февраля 07, 2015, 22:07:42
ну как же, "посредники" в этой системе четко прослеживаются

Ну так проследите. Возьмите "картинку" молекулы ДНК окруженную внутриклеточной и "заклеточной" средой и укажите, что является источником сигнала, какие структуры кодируют этот сигнал, какие проводят, какие декодируют и, наконец, какие структуры этот сигнал принимают, что бы возбудиться и произвести работу не абы какую, а адекватную полученному сигналу.

Цитата: iSceptic от февраля 07, 2015, 01:12:56для меня генетический код - это прежде всего некая устойчивая система представления информации, позволяющая передавать информацию о свойствах и структуре организма от предка к потомку.

то есть любая нуклеионовая кислота способная к достройки второй цепи, то есть обладающая свойством компилементации. свойство это вызванно только химическими чертами молекулы и ничем иным.

Цитата: iSceptic от февраля 07, 2015, 02:45:57случайно синтезировавшийся белок был еще и полезным для "протоклетки"

да конечно. и в данном случае это иметь способность связывать хоть как нуклеотиды. если он будет уметь это делать, то для нуклеиновой кислоты, к которой он прилип будет выгодно его не отцеплять, и подтасивать аминокислоты. так куски этой молекулы будут предком тРНК, а белок - предковой полимеразой. также - подчёркиваю, белок не должен обладать какой-то сверх-детерминированной структурой чтобы связывать нуклеотиды, достаточно ему создать некий гель. дальнейшее совершенствование - т. е. усиление сродства будет уже под контролем отбора.

Цитата: iSceptic от февраля 07, 2015, 02:45:57
налицо квазирелигиозная вера в ЖИЗНЬ и в ПРИРОДУ, разве только без икон, церквей, молитв и песнопений.

на лицо... на чьё? вы о чём вообще? по вашему - химические свойства молекул - это религиозная вера, таблица Менделеева - икона, а электронные формулы атомов - молитвы? это вы хотите сказать?

Цитата: iSceptic от февраля 07, 2015, 02:45:57мне ничего не остается как обратить ваше внимание на то, что попытки объяснить появление всех функций молекулярного генетического механизма только с помощью наличия возможности химических реакций подобны попыткам объяснить "самосборку" кирпичного дома из отдельных кирпичей, указывая лишь на то, что каждый кирпич имеет особую форму, позволяющую ему довольно устойчиво укладываться на другой кирпич.

как уже сказанно - для каждой аналогии необходимо обоснование. кирпичи да, имеют форму подходящую чтобы лежать один на другом, но это не значит что они обладают сродством друг ко другу - чем обладают нуклеотиды. то есть если положить несколько кирпичей рядом, они не слипнутся сами по себе во что-то, тем более дом или хотя бы его стену. а если бросить нуклеотиды, то при определённых уровнях кислотности, температуры и т. д. они начнут сбиваться в цепочки, а цепочки - липнуть одна к другой. липиды сами по себе образуют плёнки на воде - это уж каждый видел, белки - образуют глобулы из-за амфотерных свойств... можите считать это религией, но это химия вообще-то. и никто не виноват, что вы её игноруете, в обсуждении исходно химической проблемы - возникновении жизни. кирпичи ничего этого не умеют. т. е. аналогия не уместна.

Цитата: iSceptic от февраля 07, 2015, 02:45:57"самосборка" первичного молекулярного генетического механизма (МГМ),

этот материал, как уже сказал - любой полинуклеотид способный быстрее, чем распастья создать своё подобие, способное на то же самое.

Цитата: iSceptic от февраля 07, 2015, 02:45:57а остальную часть может занимать внешнее вмешательство. и такое внешнее вмешательство, скорее всего, может иметь место как раз в моменты преодоления описанных мною выше сложных проблем.

то есть химический свойства мы отвергаем, заменяя их неким мифическим "внешним вмешательством" при этом "уличая" опонентов в некой религеозной вере... ну-ну...

Цитата: iSceptic от февраля 07, 2015, 02:45:57случайно синтезировавшийся белок был еще и полезным для "протоклетки"

Цитата: Limfil от февраля 08, 2015, 02:51:25да конечно. и в данном случае это иметь способность связывать хоть как нуклеотиды. если он будет уметь это делать, то для нуклеиновой кислоты, к которой он прилип будет выгодно его не отцеплять, и подтасивать аминокислоты. так куски этой молекулы будут предком тРНК, а белок - предковой полимеразой. также - подчёркиваю, белок не должен обладать какой-то сверх-детерминированной структурой чтобы связывать нуклеотиды, достаточно ему создать некий гель. дальнейшее совершенствование - т. е. усиление сродства будет уже под контролем отбора.

у вас прям все так быстро просто и шустро. и при этом вы не замечаете, что пользуетесь совершенно ненаучными фразами типа "будет выгодно его не отцеплять". что это значит? то что "прилипший" белок будет улучшать свойства нуклеиновой кислоты оставаться стабильной при подсоединении большего кол-ва нуклеотидов? или может быть то что у нуклеиновой кислоты уже есть некий молекулярный механизм, позволяющий оценить "выгоду" от нежданно-негаданно свалившегося приобретения в виде белка, умеющего связывать нуклеотиды.

Цитата: Limfil от февраля 08, 2015, 02:51:25на лицо... на чьё? вы о чём вообще? по вашему - химические свойства молекул - это религиозная вера, таблица Менделеева - икона, а электронные формулы атомов - молитвы? это вы хотите сказать?

я этим хочу сказать, что вы в своей речи употребляете ненаучные обороты типа "жизнь просто взяла на вооружение", которые в принципе можно рассматривать как оговорки по Фрейду.

Цитата: Limfil от февраля 08, 2015, 02:51:25
как уже сказанно - для каждой аналогии необходимо обоснование. кирпичи да, имеют форму подходящую чтобы лежать один на другом, но это не значит что они обладают сродством друг ко другу - чем обладают нуклеотиды. то есть если положить несколько кирпичей рядом, они не слипнутся сами по себе во что-то, тем более дом или хотя бы его стену. а если бросить нуклеотиды, то при определённых уровнях кислотности, температуры и т. д. они начнут сбиваться в цепочки, а цепочки - липнуть одна к другой. липиды сами по себе образуют плёнки на воде - это уж каждый видел, белки - образуют глобулы из-за амфотерных свойств... можите считать это религией, но это химия вообще-то. и никто не виноват, что вы её игноруете, в обсуждении исходно химической проблемы - возникновении жизни. кирпичи ничего этого не умеют. т. е. аналогия не уместна.

ну как же? а если мы обмажем кирпичи клеем (цементом)? и даже обяжем их соединяться строго по центру граней? а еще лучше подумайте какие условности нужно навесить на кирпичи, чтобы они могли самоорганизоваться до уровня дома.

Цитата: iSceptic от февраля 07, 2015, 02:45:57"самосборка" первичного молекулярного генетического механизма (МГМ),

Цитата: Limfil от февраля 08, 2015, 02:51:25этот материал, как уже сказал - любой полинуклеотид способный быстрее, чем распастья создать своё подобие, способное на то же самое.

признаться не понял что вы хотели этим сказать.

Цитата: iSceptic от февраля 07, 2015, 02:45:57а остальную часть может занимать внешнее вмешательство. и такое внешнее вмешательство, скорее всего, может иметь место как раз в моменты преодоления описанных мною выше сложных проблем.

Цитата: Limfil от февраля 08, 2015, 02:51:25то есть химический свойства мы отвергаем, заменяя их неким мифическим "внешним вмешательством" при этом "уличая" опонентов в некой религеозной вере... ну-ну...

нет, химические свойства мы не отвергаем. мы всего лишь скептически сомневаемся в том, что только лишь химические свойства позволяют трехмерной материи самоорганизовываться до неограниченных ничем пределов.

Цитата: iSceptic от февраля 08, 2015, 12:30:30
при этом вы не замечаете, что пользуетесь совершенно ненаучными фразами типа "будет выгодно его не отцеплять". что это значит?

и в моём сообщении, и в эволюционной биологии - выгодно значит что при последующих, ну тут пока нельзя сказать поколениях, а репликациях нуклеиновой кислоты, те поликнуклеотиды, которые имеют более высокое сродство к подобным полипептидам, будут в среднем оставлять больше копий, чем те, которые эти полипептиды неудерживают. и не выдумавайте что научно, а что нет если не знаете.

Цитата: iSceptic от февраля 08, 2015, 12:30:30или может быть то что у нуклеиновой кислоты уже есть некий молекулярный механизм, позволяющий оценить "выгоду" от нежданно-негаданно свалившегося приобретения в виде белка, умеющего связывать нуклеотиды.

молекулярный механизм - это более высокое сродство полинуклеотида к полипептиду, чем неспецифическое сродство нуклеиновых кислот к белкам... и всё.

Цитата: iSceptic от февраля 08, 2015, 12:30:30которые в принципе можно рассматривать как оговорки по Фрейду.

никаких оговорок тут нет. свойства молекул от того, что они находятся в первичном океане (луже...) или в организме такой как наш никуда не пропадают.

Цитата: iSceptic от февраля 08, 2015, 12:30:30ну как же? а если мы обмажем кирпичи клеем (цементом)? и даже обяжем их соединяться строго по центру граней? а еще лучше подумайте какие условности нужно навесить на кирпичи, чтобы они могли самоорганизоваться до уровня дома.

ну если вы приделайте каждому из них моторчик, который будет их сначала макать в цемент, притом нужной стороной - как голушки на "хуторе...", ага, а потом глаза, чтобы они видели, где прочие кирпичи и указывали бы мотору чтобы он туда их тащил тогда да. это правда будут уже не кирпичи, но ну важно. а вот молекулы, умеют слипаться и в силу только своих свойств. то есть без цемента, моторчика и глаз. бросте несколько капель масла в воду и посмотрите, раз мимо химии вы прошли...

Цитата: iSceptic от февраля 08, 2015, 12:30:30признаться не понял что вы хотели этим сказать.

ну если вы не знаете что такое распад и синтез, тут уж простите.

Цитата: iSceptic от февраля 08, 2015, 12:30:30мы всего лишь скептически сомневаемся в том, что только лишь химические свойства позволяют трехмерной материи самоорганизовываться до неограниченных ничем пределов.

не только. есть наследственность и отбор - что позволяет создавать структуры очень далёкие от термодинамического равновесия. этого нет в химии, но свойства молекул, которые могут это обеспеить и толкнуть на ничем не ограниченные пределы - есть. кстати, вас не смущало, что разность потенциалов на синапсах способна создавать закидоны вроде нашей цивилизации?

Цитата: Limfil от февраля 09, 2015, 02:42:07
ну если вы приделайте каждому из них моторчик, который будет их сначала макать в цемент, притом нужной стороной - как голушки на "хуторе...", ага, а потом глаза, чтобы они видели, где прочие кирпичи и указывали бы мотору чтобы он туда их тащил тогда да. это правда будут уже не кирпичи, но ну важно. а вот молекулы, умеют слипаться и в силу только своих свойств. то есть без цемента, моторчика и глаз. бросте несколько капель масла в воду и посмотрите, раз мимо химии вы прошли...

юмор это конечно хорошо, но тем не менее я сформулировал довольно сложную и важную по сути своей модельную задачу. которая в общем виде выглядит так: какие свойства необходимы для самоорганизации материи?

Цитата: Limfil от февраля 09, 2015, 02:42:07ну если вы не знаете что такое распад и синтез, тут уж простите.

что такое распад и синтез, я знаю. но не ясно, что вы хотели сказать. могу предположить -  вы предполагаете, что только лишь способность создавать свои копии позволяет полинуклеотиду образовать молекулярный генетический механизм? лично я предполагаю, что такое можно будет заявлять только после проведения моделирования этого процесса.

Цитата: Limfil от февраля 09, 2015, 02:42:07не только. есть наследственность и отбор - что позволяет создавать структуры очень далёкие от термодинамического равновесия. этого нет в химии, но свойства молекул, которые могут это обеспеить и толкнуть на ничем не ограниченные пределы - есть. кстати, вас не смущало, что разность потенциалов на синапсах способна создавать закидоны вроде нашей цивилизации?

ну так я полагаю, что процессы, описывающие термины "наследственность" и "отбор", применительно как к самим молекулам, так и к их производным (я имею ввиду макрожизнь) так или иначе зависят от химических свойств этих самых молекул. или может быть вы не согласны с таким взглядом?

Согласен  с  LimFii -   как  только у  нас  появится  первый     репликон (причем  не  важно,  как  он   будет  реплицироваться  -  за  счет     внутренней    активности  репликона  или  за  счет   внешних  факторов)  -  сразу  запустится  и   механизм  наследственности  и  отбора.

Цитата: Питер от февраля 09, 2015, 13:44:30
Согласен  с  LimFii -   как  только у  нас  появится  первый     репликон (причем  не  важно,  как  он   будет  реплицироваться  -  за  счет     внутренней    активности  репликона  или  за  счет   внешних  факторов)  -  сразу  запустится  и   механизм  наследственности  и  отбора.

возникает несколько вопросов.
1. пытались ли вы смоделировать такой процесс?
2. я не спорю, что запускается механизм наследственности (как никак в этом и есть суть репликации). но что касается механизма отбора: отбор ЧЕГО ИМЕННО запускается при появлении первого репликона? всего чего угодно, наверное? на мой взгляд весьма важно определиться с тем, что именно отбирается и как именно происходит переход от отбирания одного к отбиранию чего-то другого (ну или добавление отбирания чего-то другого).
3. правильно ли я вас понял: вы утверждаете, что механизм репликации позволяет на выходе получать объекты абсолютно любой сложности?

1.   Нет.   Я  по  жизни в   молгенетике   другими  делами  занимаюсь.
2.  Отбор  более  успешного  репликона. Того,  кто  реплицируется   быстрее  и  более  эффективно  использует   ресурсы  среды.
3.    Насчет    абсолютно  любой   -   нет.  Он   необходим  и  достаточен   для    построения все  более  сложных   систем.  Но  насчет  любой  -  нет. 

Цитата: Питер от февраля 09, 2015, 14:59:33
1.   Нет.   Я  по  жизни в   молгенетике   другими  делами  занимаюсь.

весьма сожалею. может быть вам известны сторонние исследования на эту тему? признаться, меня как программиста, подобная задача ставит в тупик. на словах оно как-то просто, а вот алгоритмически весьма затруднительно.

Цитата: Питер от февраля 09, 2015, 14:59:33
2.  Отбор  более  успешного  репликона. Того,  кто  реплицируется   быстрее  и  более  эффективно  использует   ресурсы  среды.

ну со скоростью репликации понятно. но вот непонятно, что вы вкладываете в слова "более  эффективно  использует   ресурсы  среды". не означает ли это, что у молекулы-репликанта уже есть механизм для определения эффективности использования ресурсов среды?

Цитата: Питер от февраля 09, 2015, 14:59:33
3.    Насчет    абсолютно  любой   -   нет.  Он   необходим  и  достаточен   для    построения все  более  сложных   систем.  Но  насчет  любой  -  нет.

уже есть исследования, позволяющие определить предел такого "построения все  более  сложных   систем" с помощью механизма репликации?

1. Так  сразу    в  эксперименте  -   не   знаю.
2.  Нет  этого  механизма.  По  сути     это  синонимы  -  быстрее  реплицируется  и  более  эффективно  использует  ресурсу  среды.  Разные  стороны  одного   процесса  -   просто  представьте  себе   две  последовательности с  одной  и  той  же  скоростью      построения  второй    нити  РНК.   Но у  одной   есть еще  механизм  "притягивания"  нуклеотидов  из    среды.  У  второй  нет.  В  итоге   первая  будет  реплицироваться  быстрее  в  бедной  по    нуклеотидам  среде.
3. Известный    на  сегодня  предел  -   существа,     которые  сейчас тычут  пальцами в  клаву  компа.

Цитата: iSceptic от февраля 09, 2015, 12:31:16какие свойства необходимы для самоорганизации материи?

саморепликация быстрее, чем распад копий, и способность этих копий жить и делать свои копии самостоятельно.

Цитата: iSceptic от февраля 09, 2015, 12:31:16вы предполагаете, что только лишь способность создавать свои копии позволяет полинуклеотиду образовать молекулярный генетический механизм?

такой механизм - это и есть способность создавать свои копии. остальное - только его доводки под давлением конкурентов.

Цитата: iSceptic от февраля 09, 2015, 12:31:16ну так я полагаю, что процессы, описывающие термины "наследственность" и "отбор", применительно как к самим молекулам, так и к их производным (я имею ввиду макрожизнь) так или иначе зависят от химических свойств этих самых молекул. или может быть вы не согласны с таким взглядом?

всё окружающие зависит от свойств молекул из которых состоит. (ну там или ионов, нуклонов, кварков...)

Цитата: Питер от февраля 09, 2015, 16:41:10
3. Известный    на  сегодня  предел  -   существа,     которые  сейчас тычут  пальцами в  клаву  компа.

хм... ну это просто известные по факту существа. но о пределе они ничего не говорят.

Цитата: Limfil от февраля 09, 2015, 19:32:49

Цитата: Питер от февраля 09, 2015, 16:41:10
3. Известный    на  сегодня  предел  -   существа,     которые  сейчас тычут  пальцами в  клаву  компа.

хм... ну это просто известные по факту существа. но о пределе они ничего не говорят.

Не понял, это вы про предел Хейфлика?

Цитата: Питер от февраля 09, 2015, 16:41:102.  Нет  этого  механизма.  По  сути     это  синонимы  -  быстрее  реплицируется  и  более  эффективно  использует  ресурсу  среды.  Разные  стороны  одного   процесса  -   просто  представьте  себе   две  последовательности с  одной  и  той  же  скоростью      построения  второй    нити  РНК.   Но у  одной   есть еще  механизм  "притягивания"  нуклеотидов  из    среды.  У  второй  нет.  В  итоге   первая  будет  реплицироваться  быстрее  в  бедной  по    нуклеотидам  среде.

позволю усомниться: мне видится, что механизм "притягивания" носит чисто химический, а не механический характер, и он есть так-или иначе у всех молекул рибонуклеотидов. молекула РНК ведь не имеет механических "рук", позволяющих захватывать нуклеотиды. ну максимум такое может достигаться лучшей формой упаковки.
и еще мне не понятно как подобный механизм саморепликации может сам по себе дойти до того, что будет выполнять функцию носителя информации и содержать в себе информацию по "сборке" к примеру ядрышка и проч. элементов клетки (органоиды и проч.).

Цитата: Питер от февраля 09, 2015, 16:41:10
3. Известный    на  сегодня  предел  -   существа,     которые  сейчас тычут  пальцами в  клаву  компа.

я не отрицаю, что это известный предел на сегодня, но напомню, что пока опытно не известно может ли трехмерная материя самопроизвольно самоорганизоваться до такого предела. и вполне может быть, что такой предел окажется несколько ближе к началу, чем мы рисуем это в своих мечтах. без наличия результатов моделирования молекулярных процессов я предпочитаю весьма настороженно и может даже несколько скептически относиться к таким гипотезам и пока не склоняюсь ни к той, ни к другой стороне.

Цитата: Limfil от февраля 09, 2015, 19:32:49

Цитата: iSceptic от февраля 09, 2015, 12:31:16какие свойства необходимы для самоорганизации материи?

саморепликация быстрее, чем распад копий, и способность этих копий жить и делать свои копии самостоятельно.

Цитата: iSceptic от февраля 09, 2015, 12:31:16вы предполагаете, что только лишь способность создавать свои копии позволяет полинуклеотиду образовать молекулярный генетический механизм?

такой механизм - это и есть способность создавать свои копии. остальное - только его доводки под давлением конкурентов.

а вы не задумывались над попытками представить себе алгоритм описанных вами процессов? например "остальное - только его доводки под давлением конкурентов". вот как вы представляете себе такой процесс для молекулы-цепочки рибонуклеотидов? как под давлением эта цепочка станет содержать в себе код ядрышка, например? да и о каком давлении вообще идет речь? каков его механизм/алгоритм? и тем более мне не ясен механизм посредством которого молекула имеет возможность ощутить "давление" своих товарок. и тем более, мне кажется, что для принятия адекватного решения должен еще быть механизм, позволяющий оценить степень такого "давления", чтобы хотя бы самой себе не навредить от чрезмерного злоупотребления различными "доводками".

Цитата: Дж. Тайсаев от февраля 09, 2015, 19:54:35
Не понял, это вы про предел Хейфлика?

нет, это не о нем. скорее всего тема нашей беседы ближе к кибернетике, чем к биологии - что-то вроде "предел самоорганизации нанороботов из трехмерной материи"

Цитата: iSceptic от февраля 09, 2015, 21:54:33и он есть так-или иначе у всех молекул рибонуклеотидов. молекула РНК ведь не имеет механических "рук",

м-да... есть-то он есть. только в зависимости от последовательности нуклеотидов вторая нить может строится быстрее или медленнее, поскольку разные последовательности будут принимать разную форуму в среде, иметь разную стабильность (т. е. с какой скорстью будут у них отвалваться нуклеотиды к концов) и т. д.

Цитата: iSceptic от февраля 09, 2015, 21:54:33
и еще мне не понятно как подобный механизм саморепликации может сам по себе дойти до того, что будет выполнять функцию носителя информации и содержать в себе информацию по "сборке" к примеру ядрышка и проч. элементов клетки (органоиды и проч.).

отбором. ну тот кто распишет это в деталях конечно получит столько, сколько сможет унести. ядрышко между прочим это вообще только у эукариот. а до них пилить и пилить от тех пор о которых вы говорите.
вам уже много раз повторили - главное это научится делать свои копии, а уж они друг меж другом меряясь тем, кто быстрее себя скопируют решат, что там делать им - загибать ли мембранну внутрь пузырька, чтобы делать ядро, или оставаться гладким шариком. или вообще стать вирусом.

Цитата: iSceptic от февраля 09, 2015, 22:09:01вот как вы представляете себе такой процесс для молекулы-цепочки рибонуклеотидов?

тривиально - две цепочки разной длинны, частично комплементарные слипаются, вокруг плавают нуклеотиды, они липнут на те места, которые остались не слипнуты. сколько успеют пока цепочки не разделятся, но когда они разделятся они утащут с собой и те нуклеотиды которые успели к ним присоеденится - и они будут нести уже что-то от той, с которой слиплись ранее, поскольку строились по её шаблону, потом слипнутся с какими другими. это конечно очень упрощённо, но на уровне алгоритма так.

Цитата: iSceptic от февраля 09, 2015, 22:09:01как под давлением эта цепочка станет содержать в себе код ядрышка, например?

далось вам ядрышко... что за код его?

Цитата: iSceptic от февраля 09, 2015, 22:09:01да и о каком давлении вообще идет речь?

конкуренты из под носа тащат нуклеотиды, господин креацинист.

Цитата: iSceptic от февраля 09, 2015, 22:09:01и тем более мне не ясен механизм посредством которого молекула имеет возможность ощутить "давление" своих товарок. и тем более, мне кажется, что для принятия адекватного решения должен еще быть механизм, позволяющий оценить степень такого "давления", чтобы хотя бы самой себе не навредить от чрезмерного злоупотребления различными "доводками".

оценить, ощутить, навредить... вы говорите как будто не о молекулах, а о менеджерах каких (вот они-то уж точно не удовлетворяют правилам первичных цепочек и реплицируются крайне плохо, но это уже другая история...). хорошо тянешь нуклеотиды, делаешь копии точные - будет тебе будущие, в виде нас с вами, тянешь чуть хуже - те, кто тянут лучше разберут по кирпичику, то есть нуклеотиды. вот и всё давление. ничего оценивать не надо. всё проще намного. и доводки не появятся если они ничего не дают в деле репликации - тоже довольно тривиально. а вы бесконечно что-то придумываете лишнее и пространно вопрошаете - а вот как оно могло появится?.. тогда как прежде всего - зачем.

Цитата:  iSceptic=topic=8868.msg169966#msg169966 date=1423512101

Цитата: Дж. Тайсаев от февраля 09, 2015, 19:54:35
Не понял, это вы про предел Хейфлика?

нет, это не о нем. скорее всего тема нашей беседы ближе к кибернетике, чем к биологии - что-то вроде "предел самоорганизации нанороботов из трехмерной материи"

Зачёт))))

Цитата: Limfil от февраля 09, 2015, 23:01:41
отбором. ну тот кто распишет это в деталях конечно получит столько, сколько сможет унести. ядрышко между прочим это вообще только у эукариот. а до них пилить и пилить от тех пор о которых вы говорите.
вам уже много раз повторили - главное это научится делать свои копии, а уж они друг меж другом меряясь тем, кто быстрее себя скопируют решат, что там делать им - загибать ли мембранну внутрь пузырька, чтобы делать ядро, или оставаться гладким шариком. или вообще стать вирусом.

тут уж я не знаю, сможет ли так самоорганизоваться отбор. лично мне представляется, что процесс "самоорганизации" молекул-рибонуклеотидов с помощью только лишь химических реакций и без сторонней помощи остановится на уровне самоорганизации автокаталитических химических реакций - на уровне простейшей протоклетки, которую и живой-то назвать будет сложно. будут идти реакции, лишь являющиеся подобием процессов обмена веществ и проч.

Цитата: Limfil от февраля 09, 2015, 23:01:41тривиально - две цепочки разной длинны, частично комплементарные слипаются, вокруг плавают нуклеотиды, они липнут на те места, которые остались не слипнуты. сколько успеют пока цепочки не разделятся, но когда они разделятся они утащут с собой и те нуклеотиды которые успели к ним присоеденится - и они будут нести уже что-то от той, с которой слиплись ранее, поскольку строились по её шаблону, потом слипнутся с какими другими. это конечно очень упрощённо, но на уровне алгоритма так.

да, согласен, это очень упрощенно - буквально пред-нулевое приближение. примерно как: коллайдер - это большая труба с датчиками.

Цитата: Limfil от февраля 09, 2015, 23:01:41далось вам ядрышко... что за код его?

ну это собственно тот участок генома, из которого формируется ядрышко

Цитата: Limfil от февраля 09, 2015, 23:01:41
конкуренты из под носа тащат нуклеотиды, господин креацинист.

в таком случае получается, что может сложиться ситуация при которой один конец молекулы будет конкурировать с другим концом. забавно. не правда ли? и что получится из такого "отбора"? ведь чтобы выделится молекула должна в таком случае научиться распознавать саму себя, чтобы ненароком не вытянуть из самой же себя нуклеоитиды. какой механизм предложите вы, чтобы обойти самовытягивание нуклеотидов на первичных этапах эволюции молекул?

Цитата: Limfil от февраля 09, 2015, 23:01:41оценить, ощутить, навредить... вы говорите как будто не о молекулах, а о менеджерах каких

ну да, наличие регуляторных механизмов, механизмов обратной связи и проч. даже в простой клетке действительно приводят к подобию с менеджерами

Цитата: Limfil от февраля 09, 2015, 23:01:41
хорошо тянешь нуклеотиды, делаешь копии точные - будет тебе будущие, в виде нас с вами, тянешь чуть хуже - те, кто тянут лучше разберут по кирпичику, то есть нуклеотиды. вот и всё давление. ничего оценивать не надо. всё проще намного. и доводки не появятся если они ничего не дают в деле репликации - тоже довольно тривиально. а вы бесконечно что-то придумываете лишнее и пространно вопрошаете - а вот как оно могло появится?.. тогда как прежде всего - зачем.

вы описали лишь механизм простейшей автокаталитической реакции (что-то вроде реакции Белоусова-Жаботинского и подобных). и в такой реакции усовершенствование начнется лишь тогда, когда абсолютно случайно наберется удачная последовательность нуклеотидов, да еще при этом нужно чтобы из нее ненароком не успели вытянуть ни одного нуклеотида. при это стоит учитывать, что количество вариантов последовательностей из всего лишь 100 нуклеотидных пар неприлично велико: 2^100=1.2676506002282E30=1267650600228200000000000000000
да еще нужно, чтобы получившаяся потенциально-удачная последовательность сложилась в удачную форму, для выполнения определенных механических функций, что еще добавляет довольно большое число степеней свободы. все это видится ОЧЕНЬ маловероятным, и кажется, что подобные реакции не смогут уйти с уровня самоорганизации простейших автокаталитических химических реакций НИКОГДА.

Товарищи ну опять же на те же грабли наступаем. Опять обсуждение сложности начинаем со сложного момента. Но ведь очевидно же что сложное рождается из простого. Сделайте шаг назад и все становится намного проще. Зачем обсуждать огромные молекулы белков когда работает лишь древний каталитический центр составляющий 1-5% от всего белка, а все сотальное по сути молекулярная машина по отбору нужных молекул, направления их к каталитическому центру и отвод. Совершенно очевидно позднейшая настройка появившаяся при росте сложности путем случайных надстроек каталитического центра в условиях возрастающей сложности внутренней биохимии протоклетки. Исходный белок это обычный катализатор процесса, маленькая молекула органического вещества. Так и со всем остальным сложным надо поступаь возвращаться на шаг назад. По сути в системе первых 3 гиперциклов обеспечивается базовый функционал протоклетки, и им даже не очень нужна РНК. Другое дело что формирование прото-РНК шло не для репликации гиперциклов а напротив гиперциклы записывали РНК на первой матрице. Собственно этапы абиогенеза я уже неоднократно набрасывал и по ним однозначно идет постепенное усложнение сложности.
1. Первичные абиогенные молекулы органики (СНОН, аминокислоты) + катализаторы минералы (апатиты, сульфиды железа)
2. Первичный синтез моносахаридов, отбор рибозы как автокатализируемой на аппатите
3. Синтез на границе фаз в адсорбционном слое минеральной матрицы аденозинрибофосфата и остальных аминокислотных конденсатов с сахарами на фосфатной матрице. Отбор АМФ/АДФ как взаимодейтсвующего с УФ с запасомэнергии и последующей отдачей для синтеза в качестве катализатора. АДФ + УФ-квант = АТФ. Также отбор НАДН.
4. Запуск различного синтеза с использованием АДФ и НАДН в качестве катализаторов.  Самовычленение гиперциклов (3 основных) пути которые приводят к тупикам самозатухают, пути которые зацикливают молекулы в цикл используя АДФ и НАДН образуют устойчивые гиперциклы.
5. Гиперциклы при работе формируют на матрице аппатита последовательности катализаторов - молекулы которых в итоге объединяются между собой, создавая прото-РНК. Гиперциклы путем отбора на воздействие с окружающей средой, размытие, лишение источника абиогентов, и т.п. отбираются на воспроизводимые с помощью оставшейся на апатите матрице прото-РНК и невоспроизводимые. Идет отбор на прото-РНК участвующей в воспроизведении гиперцикла. Идет отбор на формирование липидной защиты от размытия осадками, потоками, конденсатом и т.п.
6. Идет отбор на переход с энергии УФ на питание абиогенными сахарами (рибоза) в условиях затемнения.
7. Идет паралельный отбор побочных веществ на катализирование гиперцикла и включение в матрицу прото-РНК, первые каталитические молекулы превращаются в прото-белки.
8. На выходе получаем прото клетку, частица минерала источник фосфата, возможно катализатор, возможно матрица с прото-РНК, протобелки катализаторы, гиперциклы и липидную защиту. Потребление сахаров размножение делением пузырьков. Это еще не жизнь но у нее все ресурсы для усложнения.
Надо отметить важнейшую роль УФ на начальном этапе, с одной стороны давая энергию переходу АДФ в АТФ он служил заменой сахара в протогликогенезе с другой его разрушающий эффект постоянно уничтожал те молекулы которые не постоянно не синтезировались, разрушая сложные молекулы на кирпричики которые можно было использовать вновь. Т.е. по сути роль УФ просто ключевая, поэтому мне лично не верятся никакие устойчивые абиогенные процессы в черных курильщиках и в растворах. Исключительно на границе твердой и влаго-воздушной фаз, в адсобрбционномслое или молекулярных каналах минералов.

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 11:36:56
когда абсолютно случайно наберется удачная последовательность нуклеотидов, да еще при этом нужно чтобы из нее ненароком не успели вытянуть ни одного нуклеотида.

Вы не правы в главном, никакой случайности нет и быть не может. Весь процесс абиогенеза заложил в прото-клетку строгие механизмы сами себя воспроизводящие. Ошибся при воспроизводстве неудачно - погиб, удачно - получил преимущество, информация записалась, пошло усложнение.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 10, 2015, 12:08:13
Товарищи ну опять же на те же грабли наступаем. Опять обсуждение сложности начинаем со сложного момента. Но ведь очевидно же что сложное рождается из простого. Сделайте шаг назад и все становится намного проще. Зачем обсуждать огромные молекулы белков когда работает лишь древний каталитический центр составляющий 1-5% от всего белка, а все сотальное по сути молекулярная машина по отбору нужных молекул, направления их к каталитическому центру и отвод. Совершенно очевидно позднейшая настройка появившаяся при росте сложности путем случайных надстроек каталитического центра в условиях возрастающей сложности внутренней биохимии протоклетки. Исходный белок это обычный катализатор процесса, маленькая молекула органического вещества. Так и со всем остальным сложным надо поступаь возвращаться на шаг назад. По сути в системе первых 3 гиперциклов обеспечивается базовый функционал протоклетки, и им даже не очень нужна РНК. Другое дело что формирование прото-РНК шло не для репликации гиперциклов а напротив гиперциклы записывали РНК на первой матрице. Собственно этапы абиогенеза я уже неоднократно набрасывал и по ним однозначно идет постепенное усложнение сложности.
1. Первичные абиогенные молекулы органики (СНОН, аминокислоты) + катализаторы минералы (апатиты, сульфиды железа)
2. Первичный синтез моносахаридов, отбор рибозы как автокатализируемой на аппатите
3. Синтез на границе фаз в адсорбционном слое минеральной матрицы аденозинрибофосфата и остальных аминокислотных конденсатов с сахарами на фосфатной матрице. Отбор АМФ/АДФ как взаимодейтсвующего с УФ с запасомэнергии и последующей отдачей для синтеза в качестве катализатора. АДФ + УФ-квант = АТФ. Также отбор НАДН.
4. Запуск различного синтеза с использованием АДФ и НАДН в качестве катализаторов.  Самовычленение гиперциклов (3 основных) пути которые приводят к тупикам самозатухают, пути которые зацикливают молекулы в цикл используя АДФ и НАДН образуют устойчивые гиперциклы.
5. Гиперциклы при работе формируют на матрице аппатита последовательности катализаторов - молекулы которых в итоге объединяются между собой, создавая прото-РНК. Гиперциклы путем отбора на воздействие с окружающей средой, размытие, лишение источника абиогентов, и т.п. отбираются на воспроизводимые с помощью оставшейся на апатите матрице прото-РНК и невоспроизводимые. Идет отбор на прото-РНК участвующей в воспроизведении гиперцикла. Идет отбор на формирование липидной защиты от размытия осадками, потоками, конденсатом и т.п.
6. Идет отбор на переход с энергии УФ на питание абиогенными сахарами (рибоза) в условиях затемнения.
7. Идет паралельный отбор побочных веществ на катализирование гиперцикла и включение в матрицу прото-РНК, первые каталитические молекулы превращаются в прото-белки.
8. На выходе получаем прото клетку, частица минерала источник фосфата, возможно катализатор, возможно матрица с прото-РНК, протобелки катализаторы, гиперциклы и липидную защиту. Потребление сахаров размножение делением пузырьков. Это еще не жизнь но у нее все ресурсы для усложнения.
Надо отметить важнейшую роль УФ на начальном этапе, с одной стороны давая энергию переходу АДФ в АТФ он служил заменой сахара в протогликогенезе с другой его разрушающий эффект постоянно уничтожал те молекулы которые не постоянно не синтезировались, разрушая сложные молекулы на кирпричики которые можно было использовать вновь. Т.е. по сути роль УФ просто ключевая, поэтому мне лично не верятся никакие устойчивые абиогенные процессы в черных курильщиках и в растворах. Исключительно на границе твердой и влаго-воздушной фаз, в адсобрбционномслое или молекулярных каналах минералов.

а кто-нибудь пытался смоделировать эти процессы, идущие от чрезмерно простого к чрезмерно сложному? на словах все выглядит убедительно - много терминов, использование химических особенностей, но тем не менее это всего лишь нулевое приближение наподобие сферического коня в вакууме. без моделирования не получится подтвердить возможность реализации алгоритма, предложенного вами. тем более с образования протоклетки все самое интересное и начинается: образование многоклеточных, образование существ, обладающих сознанием, поведением и проч. проч.

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 13:09:40
а кто-нибудь пытался смоделировать эти процессы, идущие от чрезмерно простого к чрезмерно сложному?

Я, как программист долго интересовавшийся проблемами моделирования эволюции, могу сказать,  что не существует работающей модели автоэволюции реплицирующихся и мутирующих систем на уровне их структурной организации.  По понятным причинам - системность, о которой в 19 веке просто не думали,  да и сейчас многие не задумываются, это комплексная связность большого числа элементов. Случайные  вариации при любом интервале времени и числе попыток не создают оной (кроме как на пустом месте и  из небольшого числа взаимодействующих элементов), а только разрушают её.   Я думаю, что рациональное и одновременно реальное объяснение механизмов прогрессивной эволюции, если оно возможно, будет дополнено (когда-то в светлом будущем) неслучайной изменчивостью организующей направленности.

Цитата: Игорь Антонов от февраля 10, 2015, 13:35:15

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 13:09:40
а кто-нибудь пытался смоделировать эти процессы, идущие от чрезмерно простого к чрезмерно сложному?

Я, как программист долго интересовавшийся проблемами моделирования эволюции, могу сказать,  что не существует работающей модели автоэволюции реплицирующихся и мутирующих систем на уровне их структурной организации.  По понятным причинам - системность, о которой в 19 веке просто не думали,  да и сейчас многие не задумываются, это комплексная связность большого числа элементов. Случайные  вариации при любом интервале времени и числе попыток не создают оной (кроме как на пустом месте и  из небольшого числа взаимодействующих элементов), а только разрушают её.   Я думаю, что рациональное и одновременно реальное объяснение механизмов прогрессивной эволюции, если оно возможно, будет дополнено (когда-то в светлом будущем) неслучайной изменчивостью организующей направленности.

То  есть  -   божественным  творением.   Вы  уж   договаривайте.

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 13:09:40
а кто-нибудь пытался смоделировать эти процессы, идущие от чрезмерно простого к чрезмерно сложному? на словах все выглядит убедительно - много терминов, использование химических особенностей, но тем не менее это всего лишь нулевое приближение наподобие сферического коня в вакууме. без моделирования не получится подтвердить возможность реализации алгоритма, предложенного вами. тем более с образования протоклетки все самое интересное и начинается: образование многоклеточных, образование существ, обладающих сознанием, поведением и проч. проч.

А вы как думаете, есть целевые программы, в которых в РФ участвуют ряд институтов. И это только в России. Зарубежом постоянно выходят статьи на эту тему. Какие то этапы давно выяснены, какие то существуют в виде различных вариантов процесса, какие то исследуются. Работа неуклонно движется в этом направлении, и что важно заметить последние статьи раскрывающие ранее вроде не разрешимые проблемы оказываются настолько изящными, очевидными и простыми, что удивляешься лишь тому как это ранее могло казаться неразрешимым. Дело исключительно времени.

А вот дальше вы опять в кучу валите то что не нужно смешивать, процесс образования многоклеточности совершенно отдельная проблема, кстати тоже в последнее время неплохо продвигаемая и изучаемая.  Самое интересное начинается при эволюции прото-клетки в то что можно считать первой клеткой. Как сформировались основные мхеанизмы переноса внутри клетки, как работали первые белки, как шло размножение. А усложнение клетки вроде появления ядра и органелл это намного более поздний этап и более понятный. Чего уж говорить о многоклеточности. Самое важное во всей эволюции что новое никогда не возникало неоткуда и само собой, а напротив было строго преопределено прошлой эволюцией, т.е. сначала нарабатывались механизмы потом с их помощью реализовывалось что то новое.

Цитата: Игорь Антонов от февраля 10, 2015, 13:35:15
Я, как программист долго интересовавшийся проблемами моделирования эволюции, могу сказать,  что не существует работающей модели

А у нас уже програмисты стали ставить химические опыты? Очень интересно, давайте подробнее что вы моделировали, какие реакции, а то как то голословно получается.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 10, 2015, 12:15:04
Вы не правы в главном, никакой случайности нет и быть не может. Весь процесс абиогенеза заложил в прото-клетку строгие механизмы сами себя воспроизводящие. Ошибся при воспроизводстве неудачно - погиб, удачно - получил преимущество, информация записалась, пошло усложнение.

процесс абиогенеза может и заложил "строгие" механизмы, но тем не менее проходящие химические реакции в ходе САМОГО абиогенеза носят довольно случайный характер, при котором еще нет четко сформировавшегося "строгого" механизма.

Цитата: Игорь Антонов от февраля 10, 2015, 13:35:15
Я, как программист долго интересовавшийся проблемами моделирования эволюции, могу сказать,  что не существует работающей модели автоэволюции реплицирующихся и мутирующих систем на уровне их структурной организации.  По понятным причинам - системность, о которой в 19 веке просто не думали,  да и сейчас многие не задумываются, это комплексная связность большого числа элементов. Случайные  вариации при любом интервале времени и числе попыток не создают оной (кроме как на пустом месте и  из небольшого числа взаимодействующих элементов), а только разрушают её.   Я думаю, что рациональное и одновременно реальное объяснение механизмов прогрессивной эволюции, если оно возможно, будет дополнено (когда-то в светлом будущем) неслучайной изменчивостью организующей направленности.

полностью солидарен с вашими скептическими сомнениями. если вы не читали мои предыдущие ответы, что сообщу: я тоже программист и аналогично вам задумываюсь над вопросами системности и алгоритмизации.

Цитата: Питер от февраля 10, 2015, 13:50:10

Цитата: Игорь Антонов от февраля 10, 2015, 13:35:15

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 13:09:40
а кто-нибудь пытался смоделировать эти процессы, идущие от чрезмерно простого к чрезмерно сложному?

Я, как программист долго интересовавшийся проблемами моделирования эволюции, могу сказать,  что не существует работающей модели автоэволюции реплицирующихся и мутирующих систем на уровне их структурной организации.  По понятным причинам - системность, о которой в 19 веке просто не думали,  да и сейчас многие не задумываются, это комплексная связность большого числа элементов. Случайные  вариации при любом интервале времени и числе попыток не создают оной (кроме как на пустом месте и  из небольшого числа взаимодействующих элементов), а только разрушают её.   Я думаю, что рациональное и одновременно реальное объяснение механизмов прогрессивной эволюции, если оно возможно, будет дополнено (когда-то в светлом будущем) неслучайной изменчивостью организующей направленности.

То  есть  -   божественным  творением.   Вы  уж   договаривайте.

Для божественного как-то слишком всё дисгармонично. Помните, еще Иван Карамазов возвращал билет? Но организация (даже преступная) - не случайна.

А   собственно  почему    божественное  должно  быть  гармонично ???
Ну  и  для  программистов -  последний  обзор,  http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/230/htm
Он  в  открытом  доступе ...

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 13:56:00
процесс абиогенеза может и заложил "строгие" механизмы, но тем не менее проходящие химические реакции в ходе САМОГО абиогенеза носят довольно случайный характер, при котором еще нет четко сформировавшегося "строгого" механизма.

Опять неправильно. Никакой случайности быть не может,  возможные реакции определены условиями и химизмом молекул. Есть некторый набор реакций они все идут с той или иной скоростью, какие то приведут к нужному результату какие то нет. Если есть постоянный приток и отток вещества и энергии, в любом случае сформируется равновесное в данных условиях состояние. Таким образом все реакции предопределены а равновесие неотвратимо.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 10, 2015, 13:54:00

Цитата: Игорь Антонов от февраля 10, 2015, 13:35:15
Я, как программист долго интересовавшийся проблемами моделирования эволюции, могу сказать,  что не существует работающей модели

А у нас уже програмисты стали ставить химические опыты? Очень интересно, давайте подробнее что вы моделировали, какие реакции, а то как то голословно получается.

Речь шла о кибернетических моделях, которые должны быть способны воспроизводить универсальные законы эволюции.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 10, 2015, 13:54:00
последние статьи раскрывающие ранее вроде не разрешимые проблемы оказываются настолько изящными, очевидными и простыми, что удивляешься лишь тому как это ранее могло казаться неразрешимым.

может у вас есть в наличии ссылки на такие "последние статьи"?

Цитата: Oleg_Dm от февраля 10, 2015, 13:54:00
Дело исключительно времени.

ну что же надеюсь на это.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 10, 2015, 13:54:00Самое интересное начинается при эволюции прото-клетки в то что можно считать первой клеткой.

согласен это тоже весьма интересно. я и это имел ввиду в моем предыдущем ответе.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 10, 2015, 13:54:00
А усложнение клетки вроде появления ядра и органелл это намного более поздний этап и более понятный. Чего уж говорить о многоклеточности.

очень может статься, что появление ядра и органелл и многоклеточности "более понятно" пока не приступили к алгоритмизации этого процесса. хотя вы наверняка предполагаете наличие к началу таких процессов уже очень мощного механизма отбора "правильного" геномного кода.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 10, 2015, 13:54:00Самое важное во всей эволюции что новое никогда не возникало неоткуда и само собой, а напротив было строго преопределено прошлой эволюцией, т.е. сначала нарабатывались механизмы потом с их помощью реализовывалось что то новое.

я бы не стал утверждать такое за всю эволюцию: все таки пока нет убедительных подтверждений этого. и, повторюсь, что нужны конкретные алгоритмы такой наработки и реализации.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 10, 2015, 13:54:00
А у нас уже програмисты стали ставить химические опыты? Очень интересно, давайте подробнее что вы моделировали, какие реакции, а то как то голословно получается.

вот интересно: а химики у нас уже пишут программы?

Цитата: Питер от февраля 10, 2015, 14:17:48
А   собственно  почему    божественное  должно  быть  гармонично ???
Ну  и  для  программистов -  последний  обзор,  http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/230/htm
Он  в  открытом  доступе ...

обзор конечно хороший. и все же нужно соединение таких идей в один процесс и последующее компьютерное моделирование

Цитата: Oleg_Dm от февраля 10, 2015, 14:18:11
они все идут с той или иной скоростью, какие то приведут к нужному результату какие то нет.

"какие-то приведут - какие-то нет". а вы говорите нет случайности. еще очень важно количественное соотношение между такими вариантами: а то может статься что и за 20 млрд лет не будет успешных реакций.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 10, 2015, 14:18:11в любом случае сформируется равновесное в данных условиях состояние. Таким образом все реакции предопределены а равновесие неотвратимо.

сформироваться-то сформируются, но вот только с чего вы взяли, что они должны сформироваться выше уровня самоорганизации автокаталитической реакции Жаботинского и далее неуклонно ползти в сторону дальнейшего прогресса и процветания? и еще не известно есть ли такой химизм,позволяющий так самоорганизовываться: моделирования всего процесса пока еще нет.

Цитата: Игорь Антонов от февраля 10, 2015, 14:18:25

Речь шла о кибернетических моделях, которые должны быть способны воспроизводить универсальные законы эволюции.

ну то есть получается что-то вроде задачи о кирпичах (http://paleoforum.ru/index.php/topic,8868.msg169865.html#msg169865)

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 14:24:37
может у вас есть в наличии ссылки на такие "последние статьи"?

На данном форуме выкладывались, вас  в поиске надеюсь не забанили? И даже не просите меня их искать за вас, если вы хотите вести беседу на уровне собеседника постарайтесь хотя бы изучить основы.

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 14:24:37
согласен это тоже весьма интересно. я и это имел ввиду в моем предыдущем ответе.

Ничего подобного, вы пытались свалить в кучу совершенно разные проблемы из-за непонимания истинных проблем, и лишь когда я вам их огласил, решили использовать мои же слова.

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 14:24:37
очень может статься, что появление ядра и органелл и многоклеточности "более понятно" пока не приступили к алгоритмизации этого процесса. хотя вы наверняка предполагаете наличие к началу таких процессов уже очень мощного механизма отбора "правильного" геномного кода.

Ну не приступайте к алгоритмизации, если она вам непонятна, достаточно что понятен сам процесс. Мне кажется скорее нужно изучить предпосылки этого и появление механизмов которые сделали это возможным. Если у вас есть пила и палка рано или поздно вы научитесь пилить палку на куски. Писать алгоритм как напилить палку не имея пилы и палки заведомо тупиковый путь.

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 14:24:37
я бы не стал утверждать такое за всю эволюцию: все таки пока нет убедительных подтверждений этого. и, повторюсь, что нужны конкретные алгоритмы такой наработки и реализации.

А вот это правильно, если вы не читаете статьи по биологии и молекулярной химии вам утверждать что то про эволюцию было бы легкомысленным занятием. Хорошо что наука знает сотни таких примеров.

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 14:24:37
вот интересно: а химики у нас уже пишут программы?

Понятно значит никаких реакций вы не моделировали, ответ получен, в принципе иного я и не ожидал.

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 14:45:43

Цитата: Питер от февраля 10, 2015, 14:17:48
А   собственно  почему    божественное  должно  быть  гармонично ???
Ну  и  для  программистов -  последний  обзор,  http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/230/htm
Он  в  открытом  доступе ...

обзор конечно хороший. и все же нужно соединение таких идей в один процесс и последующее компьютерное моделирование

А  этот  обзор  и есть  попытка    соединения   не  идей  -   а  конкретных  работ,  экспериментальных  -  в  некий   процесс. И  крайне  важная  мысль  этого   обзора  - совместная   эволюция  РНК  мира  и  мира  первых   коротких  пептидов. С  выходом в  возможный  эксперимент ....
Проблема в  том,  что  мы  на  сей  день  не  так  уж  и  много  знаем   о   многих   деталях    биологических  процессов  сегодняшних  и  многие вещи  пока  крайне  сложно  пощупать в  эксперименте. То есть  нарисовать  такой   эксперимент в  голове  можно  - но  методически  пока  нет.  Но  и    полногеномный   сиквенс    двадцать  лет  назад  был  полной  экспериментальной   фантастикой  - хотя  все  методы   уже  по сути  были.   Сегодня  -  читаем.  Не   без  проблем,  но  читаем. 

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 14:59:32
а вы говорите нет случайности. еще очень важно количественное соотношение между такими вариантами: а то может статься что и за 20 млрд лет не будет успешных реакций.

сформироваться-то сформируются, но вот только с чего вы взяли, что они должны сформироваться выше уровня самоорганизации автокаталитической реакции Жаботинского и далее неуклонно ползти в сторону дальнейшего прогресса и процветания? и еще не известно есть ли такой химизм,позволяющий так самоорганизовываться: моделирования всего процесса пока еще нет.

Случайность здесь видите только вы, когда идут несколько реакций с известными скоростями любой студент химического вуза на 1 курсе решит вам что получится в результате, строгая предопределенность, никакой случайности. Скорость реакции также позволит рассчитать время достижения равновесия, и никаких сроков реакций в годы даже не идет речь, все намного быстрее.

А к чему вы вообще приводите сюда реакцию Жаботинского?  В этой реакции процесс идет от реагентов А к реагенту В, в гиперциклах которые должны образоваться напротив вещество А превращается в вещество А только производя по ходу нужные вещества. Естественно превратясь из А в В в вашем примере никто не куда не поползет. А в случае гиперцикла идет постоянное превращение реагентов которые могут использоваться для построение клетки.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 10, 2015, 15:13:36
Ничего подобного, вы пытались свалить в кучу совершенно разные проблемы из-за непонимания истинных проблем, и лишь когда я вам их огласил, решили использовать мои же слова.

вы впустую наговариваете и пытаетесь дискредитировать. вы называете "совершенно разными проблемами" разные части по сути единого процесса. и говоря, что все самое интересное начинается с образования протоклетки, я тем самым имел ввиду все дальнейшие процессы, и в том числе дальнейшую возможную эволюцию протоклетки. но согласен, что в своем ответе я об этом не упомянул, но логически мой ответ содержал в себе и предположение об этом процессе.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 10, 2015, 15:13:36Ну не приступайте к алгоритмизации, если она вам непонятна, достаточно что понятен сам процесс. Мне кажется скорее нужно изучить предпосылки этого и появление механизмов которые сделали это возможным. Если у вас есть пила и палка рано или поздно вы научитесь пилить палку на куски. Писать алгоритм как напилить палку не имея пилы и палки заведомо тупиковый путь.

без подробной алгоритмизации любой процесс является квазипонятным. и неучет этого может привести к ошибкам. в файле вложения я попытался представить одно из возможных различий нашего восприятия процесса, который нам кажется понятным при его словесной формулировке (жирная линия), и восприятия того же самого процесса (тонкая линия), но после углубленного изучения его со стороны алгоритмизации и системности..

Цитата: Oleg_Dm от февраля 10, 2015, 15:13:36Хорошо что наука знает сотни таких примеров.

мне бы хотелось, чтобы так и было, но, полагаю, что эти "сотни таких примеров" относятся всего лишь к отдельным "кирпичикам", из которых еще нужно собрать целую и, что важнее, неразрывную картинку: то бишь необходим некий алгоритм, позволяющий собрать все воедино.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 10, 2015, 15:13:36Понятно значит никаких реакций вы не моделировали, ответ получен, в принципе иного я и не ожидал.

я этого и не утверждал: я упоминал лишь о трудностях, возникающих при попытках смоделировать подобные процессы.

Цитата: Питер от февраля 10, 2015, 15:41:30
А  этот  обзор  и есть  попытка    соединения   не  идей  -   а  конкретных  работ,  экспериментальных  -  в  некий   процесс. И  крайне  важная  мысль  этого   обзора  - совместная   эволюция  РНК  мира  и  мира  первых   коротких  пептидов. С  выходом в  возможный  эксперимент ....
Проблема в  том,  что  мы  на  сей  день  не  так  уж  и  много  знаем   о   многих   деталях    биологических  процессов  сегодняшних  и  многие вещи  пока  крайне  сложно  пощупать в  эксперименте. То есть  нарисовать  такой   эксперимент в  голове  можно  - но  методически  пока  нет.  Но  и    полногеномный   сиквенс    двадцать  лет  назад  был  полной  экспериментальной   фантастикой  - хотя  все  методы   уже  по сути  были.   Сегодня  -  читаем.  Не   без  проблем,  но  читаем.

ну без эксперимента говорить о некоем едином процессе несколько рановато, конечно. но будем ждать момент, когда возможности превысят потребности.
признаться, мне кажется, что если мы научимся моделировать самоорганизующиеся до такой сложности системы, то это произведет революцию в программировании искусственного интеллекта да и в методике самого программирования.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 10, 2015, 15:43:41
А к чему вы вообще приводите сюда реакцию Жаботинского?

реакцию Жаботинского я привел исключительно в целях сравнения уровня самоорганизации.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 10, 2015, 15:43:41А в случае гиперцикла идет постоянное превращение реагентов которые могут использоваться для построение клетки.

но также может идти и разрушение продуктов превращения этих реагентов.

Цитироватьпризнаться, мне кажется, что если мы научимся моделировать самоорганизующиеся до такой сложности системы, то это произведет революцию в программировании искусственного интеллекта да и в методике самого программирования.

Вам сюда http://www.neuroscience.ru/showthread.php?t=5893&page=28&p=47727#post47727
И! Ознакомьтесь с эволюцией систем автономных модулей выложенных в блоге Trillobit. 

Цитироватьно также может идти и разрушение продуктов превращения этих реагентов.

Не может, потому что идет диссипация энергии химических связей в тепловую.

Цитироватьвот интересно: а химики у нас уже пишут программы?

А куда им деваться? Пишут как миленькие, с учетом Шредингера и подбарьерного тунеллирования.

ЦитироватьДля божественного как-то слишком всё дисгармонично.

Не указывайте Богу, какими инструментами должно пользоваться. Сам справится.

Цитироватьавтокаталитической реакции Жаботинского и далее неуклонно ползти в сторону дальнейшего прогресса и процветания?

У реакции Жаботинского - второй порядой, у ферментативных реакций - первый порядок, у численности популяции - экспотенцивотная кривая переходящая в уравнение Ферхюльста.
Берете Канторову пыль (алгоритм формирования), не - до нуля вырожденную ( поскольку особь таки - существует) , увеличиваете длинну отрезка в соответствии с коэффициентом размножения и емкостью экологической ниши - получити ого-го какую сложную структуру - от особей, до популяций и биоценозов, с репродуктивными барьерами вкупе. Чем больше возмущающих систему факторов введете, тем более сложную структуру получите, пока не упретесь в предел вычислительных мощностей... И - чё?

Да уж, ликует пионерия...

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 11:36:56забавно. не правда ли?

нет

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 11:36:56какой механизм предложите вы, чтобы обойти самовытягивание нуклеотидов на первичных этапах эволюции молекул?

разрыв молекулы на части. кроме того, даже и это не особо надо - один конец будет расти быстрее другого - дальше что? кроме того, последовательность лучше тянующая нуклеотиды это не два-три нуклеотида. а дестяки, но не обязательно одна посдедовательность, а их довольно широкий консенсус, а первичные репликаторы будут всё равно короткие. то есть во первых такое будет реже чем просто последовательность тянующая нуклеотиды вся целиком, а во-вторых - один конец просто не будет строится и всё. никакого влияния это не окажет.

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 11:36:56тут уж я не знаю, сможет ли так самоорганизоваться отбор. лично мне представляется, что процесс "самоорганизации" молекул-рибонуклеотидов с помощью только лишь химических реакций и без сторонней помощи остановится на уровне самоорганизации автокаталитических химических реакций - на уровне простейшей протоклетки, которую и живой-то назвать будет сложно. будут идти реакции, лишь являющиеся подобием процессов обмена веществ и проч.

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 11:36:56примерно как: коллайдер - это большая труба с датчиками.

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 11:36:56и что получится из такого "отбора"?

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 11:36:56все это видится ОЧЕНЬ маловероятным, и кажется, что подобные реакции не смогут уйти с уровня самоорганизации простейших автокаталитических химических реакций НИКОГДА.

Цитата: iSceptic от февраля 10, 2015, 13:09:40это всего лишь нулевое приближение наподобие сферического коня в вакууме.

кажется всё понятно. персонаж не желает ничего воспринемать из сказанного - твердя - ничего быть не может, мне ничего не докажут.

Цитата: Vladimirkox от февраля 10, 2015, 16:58:08
Не может, потому что идет диссипация энергии химических связей в тепловую.

ну ла такое имеет место. вот только вы не упомянули, что тепловая энергия может привести в увеличению кинетической энергии, что в свою очередь может привести к разрушению.

Цитата: Limfil от февраля 10, 2015, 23:25:53разрыв молекулы на части. кроме того, даже и это не особо надо - один конец будет расти быстрее другого - дальше что? кроме того, последовательность лучше тянующая нуклеотиды это не два-три нуклеотида. а дестяки, но не обязательно одна посдедовательность, а их довольно широкий консенсус, а первичные репликаторы будут всё равно короткие. то есть во первых такое будет реже чем просто последовательность тянующая нуклеотиды вся целиком, а во-вторых - один конец просто не будет строится и всё. никакого влияния это не окажет.

а как вы видите процесс перехода, при котором стали выделятся не более короткие репликаторы, а более длинные? что такое должно произойти, чтобы вдруг репликаторы перестали между собой "воевать"? вы наверняка согласитесь, что в условиях такой "войны" жизнь построить не удастся.

А  вы  согласитесь с  тем,  что    в  биологической   жизни всегда  идет    война ?   За  еду,    за  место  под  солнцем  -   та  самая     борьба   за  существование ?
А  по  сути  -  более  длинный   репликатор  может  образовывать  стабильную  вторичную  структуру.  А  она    у  РНК  стабильнее   одноцепочечной.   Но  из   короткой  РНК      хорошую  двумерку  не  свернешь.

Цитата: iSceptic от января 17, 2015, 23:37:45
Как из случайной последовательности нуклеотидов выделился первый ген (т.е. как у него появилось начало и конец?) и как вообще выделилось начало молекулы-носителя?

Я все таки не понимаю о чем у нас спор. Стартовый вопрос с которого начали эту ветку имеет элементарное решение и оно уже озвучено - случайной последовательности нуклеотидов не было и быть не могло, т.к. последовательность нуклеотидов могла быть записана только с действующей системы гиперциклов, и будет заведомо не случайной; соответственно начало и конец определялись минимально работающей последовательностью нуклеотидов; как выделилось понятно из исходной химии абиотических веществ и процессов накопления и распада веществ в ней. Все вроде ответ получен. О чем мы дальше то спорим? Какое програмирование и моделирование химпроцессов возможно если у топикстартера нет базовых знаний в химии, вмс и молекулярной биологии? По моему все скатывается опять к обсуждению вопросов веры.

Цитироватьтакое имеет место. вот только вы не упомянули, что тепловая энергия может привести в увеличению кинетической энергии, что в свою очередь может привести к разрушению

Из тепловой энергии АТФ не синтезируется, а из этого следует необратимость биохимических процессов.

ЦитироватьПо моему все скатывается опять к обсуждению вопросов веры.

По моему, всё скатывается к излишнему многомудрствованию. Когда человек, на основе ничтожного уровня усвоенных знаний, предпринимает тщетные попытки понять всю глубину Промысла Божьего.

Цитата: Питер от февраля 11, 2015, 13:49:28
А  вы  согласитесь с  тем,  что    в  биологической   жизни всегда  идет    война ?   За  еду,    за  место  под  солнцем  -   та  самая     борьба   за  существование ?

ну не война, а "война". если бы шла война, то, полагаю, что да, жизни бы не было.

Цитата: Питер от февраля 11, 2015, 13:49:28
А  по  сути  -  более  длинный   репликатор  может  образовывать  стабильную  вторичную  структуру.  А  она    у  РНК  стабильнее   одноцепочечной.   Но  из   короткой  РНК      хорошую  двумерку  не  свернешь.

я надеюсь, вы согласитесь, что скорость эволюции репликатора в форме стабильной вторичной структуры будет гораздо ниже, да и такая форма не способствует репликации.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 11, 2015, 14:12:48
Я все таки не понимаю о чем у нас спор. Стартовый вопрос с которого начали эту ветку имеет элементарное решение и оно уже озвучено - случайной последовательности нуклеотидов не было и быть не могло, т.к. последовательность нуклеотидов могла быть записана только с действующей системы гиперциклов, ...

а до действия системы гиперциклов, как сформировалась последовательность нуклеотидов? тоже неслучайно?

Цитата: Oleg_Dm от февраля 11, 2015, 14:12:48... и будет заведомо не случайной; ...

напомню, что "неслучайность" еще не означает "правильность", "необходимость". и билиберда может передаваться, реплицируясь, совершенно неслучайно.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 11, 2015, 14:12:48... соответственно начало и конец определялись минимально работающей последовательностью нуклеотидов; как выделилось понятно из исходной химии абиотических веществ и процессов накопления и распада веществ в ней. ...

вопрос в основе своей заключается не в образовании минимально работающей последовательности нуклеотидов,  в том как самоорганизовалась система, позволяющая считывать нужную информацию с нужного места носителя? то есть не просто начало и конец, а вся система "форматирования" в целом, с промоторами и терминаторами и проч.

Цитата: iSceptic от февраля 11, 2015, 15:52:54

Цитата: Питер от февраля 11, 2015, 13:49:28
А  вы  согласитесь с  тем,  что    в  биологической   жизни всегда  идет    война ?   За  еду,    за  место  под  солнцем  -   та  самая     борьба   за  существование ?

ну не война, а "война". если бы шла война, то, полагаю, что да, жизни бы не было.

Цитата: Питер от февраля 11, 2015, 13:49:28
А  по  сути  -  более  длинный   репликатор  может  образовывать  стабильную  вторичную  структуру.  А  она    у  РНК  стабильнее   одноцепочечной.   Но  из   короткой  РНК      хорошую  двумерку  не  свернешь.

я надеюсь, вы согласитесь, что скорость эволюции репликатора в форме стабильной вторичной структуры будет гораздо ниже, да и такая форма не способствует репликации.

Нам   нужна  скорость  или  эволюция  ?  Возможно -  но  не факт  -  что  она  будет  медленнее.
Насчет  способствования  репликации   -  ничего,  что   нас  вся  ДНК     двухцепочечная ?
Стабильная  вторичная  структура  для  ДНК  -  внутримолекулярный  дуплекс.   Который  может  и  расплетаться.   

Цитата: Vladimirkox от февраля 11, 2015, 15:34:53
Из тепловой энергии АТФ не синтезируется, а из этого следует необратимость биохимических процессов.

несколько непонятное утверждение.
а что вообще синтезируется из тепловой энергии?

Цитата: iSceptic от февраля 11, 2015, 16:52:25

Цитата: Vladimirkox от февраля 11, 2015, 15:34:53
Из тепловой энергии АТФ не синтезируется, а из этого следует необратимость биохимических процессов.

несколько непонятное утверждение.
а что вообще синтезируется из тепловой энергии?

Много чего, но не в этом дело.
Дело в том, что в водной среде, добавив два фосфата и один АМФ,  Вы не сможете получить АТФ, даже добавив тепловую энергию. Пирофосфатная связь получается при "вычитании" молекулы воды из двух фосфатных остатков.

Цитата: Питер от февраля 11, 2015, 13:49:28
А  вы  согласитесь с  тем,  что    в  биологической   жизни всегда  идет    война ?   За  еду,    за  место  под  солнцем  -   та  самая     борьба   за  существование ?

ну не война, а "война". если бы шла война, то, полагаю, что да, жизни бы не было.

Цитата: Питер от февраля 11, 2015, 16:42:59Нам   нужна  скорость  или  эволюция  ? 

я полагаю нам нужно и то и другое в меру. лимиты скорости нам известны - порядка миллиарда лет для появления первой рабочей клетки.

Цитата: Питер от февраля 11, 2015, 16:42:59Возможно -  но  не факт  -  что  она  будет  медленнее.

согласен, что не факт, но все же видится, что РНК скрученная в кольца и петли будет заметно инертней, или так сказать стабильней, чем линейная.

Цитата: Питер от февраля 11, 2015, 16:42:59
Насчет  способствования  репликации   -  ничего,  что   нас  вся  ДНК     двухцепочечная ?
Стабильная  вторичная  структура  для  ДНК  -  внутримолекулярный  дуплекс.   Который  может  и  расплетаться.

ну так необходим специальный механизм, чтобы расплести-сплести. или молекулы-расплетчики-сплетчики самособираются? если да, то это наверняка можно показать в ходе простых химических реакций без привлечения матриц для сборки.

Цитата: Vladimirkox от февраля 11, 2015, 17:03:06
Дело в том, что в водной среде, добавив два фосфата и один АМФ,  Вы не сможете получить АТФ, даже добавив тепловую энергию. Пирофосфатная связь получается при "вычитании" молекулы воды из двух фосфатных остатков.

да, вот только для такого "вычитания" нужен специальный наномеханизм. который наверное может запросто самособираться.

Цитата: iSceptic от февраля 11, 2015, 17:33:07

Цитата: Vladimirkox от февраля 11, 2015, 17:03:06
Дело в том, что в водной среде, добавив два фосфата и один АМФ,  Вы не сможете получить АТФ, даже добавив тепловую энергию. Пирофосфатная связь получается при "вычитании" молекулы воды из двух фосфатных остатков.

да, вот только для такого "вычитания" нужен специальный наномеханизм. который наверное может запросто самособираться.

Угу, что-то вроде раскаленной сковородки, с маслицем, и - совсем не нано.

Цитата: Vladimirkox от февраля 11, 2015, 18:38:30
.... и - совсем не нано.

интересно а какой же размер у АТФ-синтазы? не думаю, что более 1000 нм: выступает из мембраны в виде сферического образования высотой 8 нм и шириной 10 нм (http://dic.academic.ru/dic.nsf/ruwiki/237263)

Я Вам про абиогенный синтез рассказывал, а до каскадов синтезирующих АТФ - ещё время не дошло.

Цитата: Vladimirkox от февраля 11, 2015, 18:48:13
Я Вам про абиогенный синтез рассказывал, а до каскадов синтезирующих АТФ - ещё время не дошло.

ну так значит пришло оно - время. просим рассказать про абиогенный синтез молекулярных машин

Цитата: iSceptic от февраля 11, 2015, 19:00:11

Цитата: Vladimirkox от февраля 11, 2015, 18:48:13
Я Вам про абиогенный синтез рассказывал, а до каскадов синтезирующих АТФ - ещё время не дошло.

ну так значит пришло оно - время. просим рассказать про абиогенный синтез молекулярных машин

Вы слишком торопливы http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=553548

Цитата: Vladimirkox от февраля 11, 2015, 19:09:50

Цитата: iSceptic от февраля 11, 2015, 19:00:11

Цитата: Vladimirkox от февраля 11, 2015, 18:48:13
Я Вам про абиогенный синтез рассказывал, а до каскадов синтезирующих АТФ - ещё время не дошло.

ну так значит пришло оно - время. просим рассказать про абиогенный синтез молекулярных машин

Вы слишком торопливы http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=553548

ну так наличие пансперпмии еще не решает вопрос абиогенного синтеза молекулярных машин
или вы хотите сказать, что в невесомости такие процессы идут легче и быстрее?

Нет. Я хотел сказать, что если подтвердится гипотеза панспермии, то это будет означать, что жизнь существует вечно, и - не понятно какого развития она достигла за этот период.
Это - лучше, чем сотворение мира с помощью большого взрыва.

Цитата: Vladimirkox от февраля 11, 2015, 19:46:28
Нет. Я хотел сказать, что если подтвердится гипотеза панспермии, то это будет означать, что жизнь существует вечно, и - не понятно какого развития она достигла за этот период.
Это - лучше, чем сотворение мира с помощью большого взрыва.

ну так вечность жизни (или вечность молекулярных машин?) также не закрывает этот вопрос: как то ведь молекулярные машины должны самособраться - и не важно за вечность или нет.

Кому должны?
http://ru.wikipedia.org/wiki/Терраформирование_Венеры

Цитата: iSceptic от февраля 11, 2015, 16:52:25
а что вообще синтезируется из тепловой энергии?

Лучше так не говорить "тепловая энергия". Есть тепло, как неупорядоченная форма энергии и есть работа, как упорядоченная форма.

Физическая модель "начала" - это ровная потенциальная (минимальная) поверхность, над которой в виде разномасштабных "букв U", упруго соударяются частицы в тепловом хаосе. Неупругое соударение произойдет только после выброса энергетического кванта в качестве налога на энтропию. Это "слипание" будет означать "путешествие" объединения в виде "буквы W", продавившей потенциальный минимум данной среды. Это чисто случайный процесс.
  А вот процесс распада W - это уже отрицательная работа среды, т.е. вовсе не случайное событие. Оно происходит, как расширение и углубление "W" в форме, зависящей от того, какова энергия необходимая для разрушения конкретной W или ее конкретной внутренней, химической связи.
  Таким образом, процесс деструкции за счет "уменьшения" теплового хаоса - это предтеча того события, которое произойдет в "нужном месте в нужной форме" в близкой временной перспективе.

Цитата: Vladimirkox от февраля 11, 2015, 20:32:38
Кому должны?

ну наверное тому же, кому должен закон всемирного тяготения. и вообще это просто оборот речи. не придирайтесь

Цитата: Vladimirkox от февраля 11, 2015, 19:46:28
... это будет означать, что жизнь существует вечно, и - не понятно какого развития она достигла за этот период.
Это - лучше, чем сотворение мира с помощью большого взрыва.

ну тогда может следует еще предположить, что и разум существует вечно? наверное это тоже лучше, чем большой взрыв?

Ну тогда следует предположить, что вечность обрелась только после "обмозгования" ее разумом. Круги рассудительности обычно нарезаются в форме деления банальной колбасы.

Цитата: василий андреевич от февраля 11, 2015, 21:38:55
Ну тогда следует предположить, что вечность обрелась только после "обмозгования" ее разумом. Круги рассудительности обычно нарезаются в форме деления банальной колбасы.

ну если разве только предположить.
а еще можно предположить, что материя с мерностью больше 3 может самоорганизовываться гораздо эффективнее и быстрее, вплоть до образования разума, и наверно даже до ГиперРазума. ведь недаром ходят "ненаучные" теории о нескольких телах человека, так называемых, тонких телах (https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A2%D0%BE%D0%BD%D0%BA%D0%B8%D0%B5_%D1%82%D0%B5%D0%BB%D0%B0).

Цитата: iSceptic от февраля 11, 2015, 22:44:18
а еще можно предположить, что материя с мерностью больше 3 может самоорганизовываться гораздо эффективнее и быстрее

Для начала лучше ограничиться мерность 3, и уже потом добавлять четвертое - время. Еще хорошо бы знать чуть палеонтологию и геологию, что бы принять за факт вторичность разума на нашей планете.
  Есть организованный поток солнечного излучения, диссипирующий на поверхности планеты. И есть химические вещества активно участвующие в этой диссипации. И есть органические вещества таким образом диссипирующие этот поток, что совершают работу по организации материи, совершающей круговорот планетарного масштаба. Мозги же здесь сравнимы разве что с "бочкой, где квасится капуста".
  Вот попробуйте с этих очень широких подмостков начать разговор о роли информации и кодах. Смоделируйте образование круговорота веществ в клетке, ведь клетка работает ровно по тем же законам, что и "планета под звездой".

Цитата: василий андреевич от февраля 12, 2015, 00:27:50
Для начала лучше ограничиться мерность 3, и уже потом добавлять четвертое - время.

я не о времени, а именно о материальных измерениях, которые по предположениям "свернуты" на масштабах порядка планковской длины

Цитата: iSceptic от февраля 11, 2015, 21:05:39

Цитата: Vladimirkox от февраля 11, 2015, 19:46:28
... это будет означать, что жизнь существует вечно, и - не понятно какого развития она достигла за этот период.
Это - лучше, чем сотворение мира с помощью большого взрыва.

ну тогда может следует еще предположить, что и разум существует вечно? наверное это тоже лучше, чем большой взрыв?

"Следует" и "предположить" - как-то не вяжется меж собой.

Цитироватья не о времени, а именно о материальных измерениях, которые по предположениям "свернуты" на масштабах порядка планковской длины

Это выходит за рамки палеонтологии.

ЦитироватьЕще хорошо бы знать чуть палеонтологию и геологию, что бы принять за факт вторичность разума на нашей планете.

Может уже хватит, "про курицу и яйцо?"

Цитироватьведь недаром ходят "ненаучные" теории о нескольких телах человека, так называемых, тонких телах.

Да, мало ли кто там ошивается?

Цитата: Vladimirkox от февраля 12, 2015, 07:36:44"Следует" и "предположить" - как-то не вяжется меж собой.

да, не вяжется. а вот "может следует предположить" очень даже вяжется.

Цитата: Vladimirkox от февраля 12, 2015, 07:36:44Это выходит за рамки палеонтологии.

к сожалению, это пока еще выходит и за рамки человеческого восприятия

Цитата: Vladimirkox от февраля 12, 2015, 07:36:44Да, мало ли кто там ошивается?

сказка ложь да в ней намек

Цитата: iSceptic от февраля 12, 2015, 03:12:29
я не о времени, а именно о материальных измерениях, которые по предположениям "свернуты" на масштабах порядка планковской длины

А Вы знаете, для чего математики от физики сворачивали пространства в тороподобные точки? Только для того, что бы избавиться от "вылезающих" в формулах бесконечностей. Это лишь математический прием - важно было добиться "выключить" бесконечности, до незначимых в трехмерности.
  Хотите разбираться со свехтонкими влияниями "мультиверсов"? на здоровье, но зачем закрываться от "бревен в глазу".
  Статистика не является работоспособной в эволюции. А информационные потоки из потусторонности - лажа для прикрытия не знамо чаво.

Цитата: василий андреевич от февраля 12, 2015, 11:56:39

Цитата: iSceptic от февраля 12, 2015, 03:12:29
я не о времени, а именно о материальных измерениях, которые по предположениям "свернуты" на масштабах порядка планковской длины

А Вы знаете, для чего математики от физики сворачивали пространства в тороподобные точки? Только для того, что бы избавиться от "вылезающих" в формулах бесконечностей. Это лишь математический прием - важно было добиться "выключить" бесконечности, до незначимых в трехмерности.

я считаю, что математика это очень хороший инструмент представления мира. и такое "сворачивание" наверняка имеет свое реальное отображение. и проявляться оно будет тем сильнее, чем меньше размер частиц: гипотетические темная материя, материя эфирного, астрального тел и проч. Степеней свобод у таких частиц наверняка гораздо больше, чем у изученных наукой. На таких масштабах и законы наверняка уже не квантовые, а несколько (а может и совершенно) иные.

Цитата: iSceptic от февраля 12, 2015, 14:56:27
я считаю, что математика это очень хороший инструмент представления мира. и такое "сворачивание" наверняка имеет свое реальное отображение.

Раз Ваша тема, от изначальных задач как бы отошла, то можно и пофлудить, что бы попытаться вернуться к ней с "другого конца".
  Сворачивают "вылезающие" бесконечности в торообразные "точки". Такой тор, вращающийся вокруг своего малого диаметра (действующий тор) - это устойчивая самоорганизующаяся структура. Но эта структура чрезвычайно широко представлена и в макромире. По сути турбуленции - это самовозникающие и рассеивающиеся фрагменты действующего тора.
  И пока не исчерпаны возможности рассуждать в рамках квантовых принципов - незачем на знамя поднимать еще не сшитое полотнище.
  Идея информационных обменов - это самая что ни на есть квантованная материя. И вот мой первый вопрос: может ли информация рождаться из небытия, наподобие некой флуктуации? (тут еще раз повторю, что бы сигнал стал информацией необходим декодер и приемник, как минимум, ибо кодировщик и среда, в одном фейсе есть практически всегда)

Цитата: василий андреевич от февраля 12, 2015, 18:11:12
... может ли информация рождаться из небытия, наподобие некой флуктуации?

вы затронули такие области, в которых фантазии человека не хватит, чтобы понять тамошние процессы. гипотетически можно предположить, что это область разума, где упорядочиваются самые мелкие частицы, обладающие свойствами, которые мы и представить себе не можем, но называем их проявлением разума.

Цитата: василий андреевич от февраля 12, 2015, 18:11:12(тут еще раз повторю, что бы сигнал стал информацией необходим декодер и приемник, как минимум, ибо кодировщик и среда, в одном фейсе есть практически всегда)

а что вы понимаете под термином "кодировщик", который "есть практически всегда"? что это такое конкретно?

Я открою тайну своей глупости: я не знаю, что такое живое и что такое разум.

Есть тепловая флуктуация, ну как дыра в пустоте. Можно математически описать эту возникающую и рассеивающуюся "дырку" как "взаимодействие" неопределенностей, равное константе. Например, пространственно-временная неопределеность равна, распадающемуся "фотону". Тогда цепочка из распадов с вероятным проявлением нового фотона и будет восприниматься как скорость корпускулы-волны. это в русло о пределах фантазирования.

А вот о конкретном кодировщике можно очень даже много. Но если из "тумана", то постоянный сигнал от Солнца будет кодироваться атмосферой, поглощающей часть спектра, оставляя уже структурированный сигнал. Если находится приемник, например, зерно хлорофилла, настроенное именно на приятие этого закодированного атмосферой сигнала, то уже можно говорить о информационном потоке, правда без легко различимой обратной связи, хотя она и есть.

К сожалению я плохо понимаю в процессах функционирования генома. Но с точки зрения информации в геноме должен быть источник некоей энергетической активности в виде белого шума. Например, шум от фононов, как поля хаотического сигнала. Тогда кодировщиком может выступать сигнальный ген, который срабатывает, как "фильтр" отсекающий шум до активации определенной РНК. Эта РНК и будет кодированным сигналом уже не для всех генов, а только для того, который настроен именно на эту РНК, для прочих генов эта РНК не отличима от шума.
  Тогда ген, приявший данную РНК, активируется как декодировщик, ведь вполне допустимо, что ген имеет коды для нескольких РНК, на которые реагирует разным образом. Результат декодирования целевой сигнал гену - активируйся так, что бы отторгать определенный белок в среду. Отторжение этого белка будет означать не просто дыру в ДНК, а и то, что ген автоматически готов поглощать из среды кирпичики для восстановления своей отвергнутой белковой части.

Естественно, что работа по выбросу белка (аминокислоты) и восстановлению этого же белка из обломков в окружающей среде меняет белый шум фононов во всем геноме, на что реагирует следующий сигнальный ген, дающий кодированный сигнал, допустим, на остановку работы функционального гена.

Но поймите, это я отсебятнул. Там так все запущено, что мне легче удавиться, чем понять.

Цитата: василий андреевич от февраля 12, 2015, 19:58:36
Тогда кодировщиком может выступать сигнальный ген, который срабатывает, как "фильтр" отсекающий шум до активации определенной РНК. Эта РНК и будет кодированным сигналом уже не для всех генов, а только для того, который настроен именно на эту РНК, для прочих генов эта РНК не отличима от шума.

скорее всего я вас не понял, но предположу, что вы хотите сказать, что этот сигнальный ген является своеобразным маяком для РНК? и еще наверное она к нему и движется?
признаться ваше упоминание фононов напомнило мне о Гаряеве с его волновой генетикой. вы что-нибудь знаете об этом? я подробно не читал об этих исследованиях, но мне кажется ваши предположения в чем-то перекликаются с идеями Гаряева.

Цитироватьсказка ложь да в ней намек

Бесовщиной не интересуюсь.

Цитироватьнапомнило мне о Гаряеве с его волновой генетикой. вы что-нибудь знаете об этом?

http://lurkmore.to/Гаряев

Я смело говорю, что в генетике разве что бум, а не бум-бум.
  А о фононах, в свое время читал изрядно. Да и волновые процессы, как процессы самоорганизации занимали изрядно.
  Спасибо Вам и ВладимирКоху. Прочту, если пойму. Ранее не слышал.

Цитата: василий андреевич от февраля 12, 2015, 23:29:24
Ранее не слышал.

рад помочь

О  -   и  до  Гаряева       дошли ... 

На этом пункте тему можно и закрыть.