paleoforum.ru

Форумы сайта «Проблемы эволюции» => Форум портала «Антропогенез.ру» => Тема начата: Dessa от октября 22, 2014, 21:38:18

Название: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Dessa от октября 22, 2014, 21:38:18
http://lenta.ru/news/2014/10/22/ustishim/
Название: Re: Палеолитический сибиряк оказался потомком вымерших африканцев
Отправлено: Арон. от октября 25, 2014, 18:26:46
    Коллега Gundir заметил, что вчерась на Antropogeneze.ru уже прокомментировали первоисточник - статью в Nature - http://antropogenez.ru/single-news/article/437/ (http://antropogenez.ru/single-news/article/437/).
   
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: ArefievPV от октября 27, 2014, 05:48:47
На элементах тоже. Тут заметка боле подробная...
http://elementy.ru/news?newsid=432345
"Опубликован полный ядерный геном человека современного типа, жившего в Западной Сибири 45 000 лет назад. Бедренная кость, из которой извлекли ДНК, является самой древней точно датированной находкой Homo sapiens за пределами Африки и Ближнего Востока. В геноме древнего сибиряка обнаружено 2% неандертальских примесей (примерно как у современных обитателей Евразии), но нет следов скрещивания с денисовцами. Изученный геном имеет одинаковый уровень сходства как с европейскими охотниками-собирателями, так и с жителями Восточной Азии. Это значит, что популяция сапиенсов, обитавшая в Сибири 45 000 лет назад, сформировалась еще до того, как предки современных азиатов отделились от предков европейцев. Находка показала, что история заселения сапиенсами Азии была более сложной, чем считалось до сих пор, а также позволила уточнить данные о темпе мутагенеза у Homo sapiens и точнее датировать период гибридизации с неандертальцами."
Но вот отдельные замечания в статье могут здорово поменять наши представления.
"Если допущения, лежащие в основе этих расчетов, верны (что не так уж очевидно), то получается, что древнейшие ближневосточные сапиенсы, чьи кости и орудия возрастом 80–130 тысяч лет найдены в пещерах Схул и Кафзех и которые находились в очень удобной позиции в пространстве и времени, чтобы гибридизоваться с западноазиатскими неандертальцами (да и в морфологии этих людей многие антропологи усматривают указания на такую гибридизацию), в действительности не были той популяцией, от которой мы унаследовали свою толику неандертальских генов. Гибридизация с неандертальцами происходила позже, а древнейшие ближневосточные сапиенсы либо не скрещивались с неандертальцами, либо не внесли значимого вклада в генофонд современных евразийцев."
Хотя всё это пока предположения...
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: вечерний Андрей от октября 27, 2014, 12:30:03
Наш Гильгамеш в Nature опубликовался, а сидит и молчит!
Ну-ка заходите в эту тему принимать заслуженные поздравления! И на вопросы попутно отвечать. В кои-то веки информация из первых рук.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Dessa от октября 27, 2014, 12:33:01
Да еще в соавторах со Сванте Паабо - в высокорейтинговой статье.
Эх...


Fu Q., Li H., Moorjani P., Jay F., Slepchenko S.M., Bondarev A.A., Johnson Ph.L.F., Aximu-Petri A., Prufer K., Filippo de C., Meyer M., Zwyns N., Salazar-Garcia D.C., Kuzmin Y.V., Keates S.G., Kosintsev P.A., Razhev D.I., Richards M.P., Peristov N.V., Lachmann M., Douka K., Higham Th.F.G., Slatkin M., Hublin J.-J., Reich D., Kelso J., Viola T.B. et Paabo S. Genome sequence of a 45,000-year-oldmodern human from western Siberia // Nature, 2014, V.514, pp.445-450.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Gilgamesh от октября 27, 2014, 13:04:51
Тута я...
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: geky от октября 27, 2014, 13:05:45
Я постила до этого, а он пытался скрывать и замалчивать!!!  >:D
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Dessa от октября 27, 2014, 13:20:21
Есть доступ к полнотекстовой статье? >:D
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Gilgamesh от октября 27, 2014, 13:23:07
Кому надо - пишите в личку, завтра скину, сегодня занят
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: geky от октября 27, 2014, 13:25:38
Можно мне писать, я могу сейчас скинуть.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Dessa от октября 27, 2014, 13:25:58
 8)
нашла
тут нельзя ссылки постить?
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: geky от октября 27, 2014, 13:29:15
Опасно, Роскомпозор забанит ещё.)
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: вечерний Андрей от октября 27, 2014, 13:42:06
Вопросы не заставили себя долго ждать. И я подкину каверзный.
В свежих статьях с научно-популярных сайтов (Антропогенез, Элементы (http://elementy.ru/news?newsid=432345)) сказано, что эта находка
Цитироватьбыла найдена в 2008 году на берегу Иртыша близ поселка Усть-Ишим (Омская область).
Находка происходит из позднеплейстоценовых аллювиальных отложений левого берега Иртыша.
В то же время, в более ранней июньской статье ГТРК "Урал" (http://vesti-ural.ru/20497-uchenye-izuchayut-fragment-skeleta-cheloveka-zhivshego-na-urale-tysyachi-let-nazad.html) указано совершенно иное место и время находки:
ЦитироватьИх нашли еще в 1999 году в одной из пещер на берегу реки Чусовая. В лаборатории палеоэкологии они пролежали 15 лет.
«Фрагменты бедренной кости древнего человека. Кость распалась на несколько кусков уже после захоронения. Где остальное от этого человека, к сожалению, сложно сказать», - рассказал заведующий лабораторией палеоэкологии Института экологии, растений и животных Уральского отделения РАН Павел Косинцев.

Скажите, Гильгамеш, в информации Вести-Урал речь идет о какой-то другой, аналогичной сенсационной находке? Или о той, которая опубликована в Nature?
Если о той же, то откуда такая чудовищная нестыковка условий обнаружения? Журналисты, конечно, всем известны своей "безукоризненной точностью", но в данном случае речь вряд ли идет о простой ошибке: 9 лет и другая область.
Проясните ситуацию, пожалуйста.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Gilgamesh от октября 27, 2014, 13:53:35
Это другая находка, я не в курсе ее деталей. По весне был в Катере, там ничего не сказали, но судя по хронологии в заметке могли определить позже. Материалов у них террикон. Как минимум нужно дождаться углеродной даты чтобы предметно обсуждать.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: afrosergey от октября 27, 2014, 14:12:05
Ну что ж, Gilgamesh, от души поздравляю!!! Интересная публикация, в солидном журнале... И находка вполне тянет на весьма серьезное и значительное отрытие! Удачи в дальнейших поисках!
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: вечерний Андрей от октября 27, 2014, 14:17:39
Цитата: Gilgamesh от октября 27, 2014, 13:53:35
Это другая находка, я не в курсе ее деталей. По весне был в Катере, там ничего не сказали, но судя по хронологии в заметке могли определить позже. Материалов у них террикон. Как минимум нужно дождаться углеродной даты чтобы предметно обсуждать.
Да, действительно. На этом видео (http://vk.com/video-28417051_169454268) Павел Косинцев лично демонстрирует аналогичную находку и рассказывает об условиях её обнаружения.
Что любопытно, передача вышла в эфир 2.08.14, а Косинцев там и словом не обмолвился об Усть-Ишимской находке, материалы по которой уже ждали опубликования в Nature.
Такое ощущение, что пример Гильгамеша в скрупулезности в обнаружениях находок подтолкнул Уральцев к активнейшему разбору своих терриконов костей.
И тут понеслось...
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Gilgamesh от октября 27, 2014, 14:35:52
До выхода основной публикации по правилам Натуры и других крупных изданий не положено особо распространяться о результатах. То что было по весне - строго отвешено. А так все связанные с плейстоценовым копом люди пристально следят на предмет человечины и время от времени подозрительные кости попадаются, но в подавляющем большинстве случаев дата подводит.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: вечерний Андрей от октября 27, 2014, 14:43:11
Представляю, как закатав рукава, Вадим засел разгребать хапровскую коллекцию. Учитывая вот это (http://www.zin.ru/labs/theriology/staff/sablin/references/sablin_girya_2010.pdf).
А простые смертные дружно потянулись к берегам рек, морей и водохранилищ, вдохновляясь напутствием Гильгамеша: "ищите и обрящете!"
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Dessa от октября 27, 2014, 15:38:47
Цитата: geky от октября 27, 2014, 13:29:15
Опасно, Роскомпозор забанит ещё.)

А обсуждать здесь содержимое статьи можно?
Интересно, что степень гетерозиготности Усть-Ишимского человека примерно, как у современных людей, живущих вне Африки.
А у Денисовского, помнится, писали, обнаружена высокая степень близкородственного скрещивания. Т.е. первый вывод: у Усть-Ишимского человека размер популяции был достаточен, чтобы не было проблем с инбридингом.
Митохондриальная гаплогруппа в корне большой группы R.
http://www.eupedia.com/europe/ancient_european_dna.shtml
Y - гаплогруппа предковая для  K(xLT), распространенной сейчас в Евразии

Supplementary Information к статье находится в открытом доступе на сайте nature в виде pdf файла.
Там подробнее. http://www.nature.com/nature/journal/v514/n7523/full/nature13810.html#sup
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: вечерний Андрей от октября 27, 2014, 15:56:40
Цитата: Gilgamesh от октября 27, 2014, 14:35:52
А так все связанные с плейстоценовым копом люди пристально следят на предмет человечины и время от времени подозрительные кости попадаются, но в подавляющем большинстве случаев дата подводит.
Вах, молодэц! За живое задэл!

(http://s020.radikal.ru/i722/1410/8b/36aec0cafc45.jpg)


(http://s019.radikal.ru/i608/1410/06/a4f6a1cc4ae1.jpg)

Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Vladimirkox от октября 28, 2014, 06:45:29
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=551219
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: geky от октября 28, 2014, 08:35:44
Цитата: Vladimirkox от октября 28, 2014, 06:45:29
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=551219

(https://dl.dropboxusercontent.com/s/js9e5h6ck33a1ds/bomb.jpg?dl=0)
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Питер от октября 28, 2014, 09:03:44
Дискуссия  на   молбиоле  очень   веселит.   Мне    просто  интересно  - кто-то  из  дискутантов  пробовал  выделять  ДНК  из  костной  ткани  возрастом  хотя  бы  в   1000  лет ?
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Dessa от октября 28, 2014, 17:28:42
Цитата: Питер от октября 28, 2014, 09:03:44
Дискуссия  на   молбиоле  очень   веселит.   Мне    просто  интересно  - кто-то  из  дискутантов  пробовал  выделять  ДНК  из  костной  ткани  возрастом  хотя  бы  в   1000  лет ?

Завидуют.
Да хотя бы из мумии смогли ДНК выделить. Паабо шел к этому чуть ли не с 80-х гг. Теперь только опыт перенимать.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Dessa от октября 28, 2014, 17:44:22
А вот интересно.
У Усть-Ишимца в геноме ~ 2,3% неандертальских примесей, да? Ему ~45 т.лет
А у некоторых современных людей неандертальских примесей 3,1% и даже больше. Т.е. где-то какая-то группа после скрещивания с неандертальцами жила немного изолированно? Или просто все эти проценты в современных людях являют собой разные неандертальские примеси и время от времени получается так, что от обоих родителей приходят разные примеси, которые "суммируются" и получается бОльший процент примеси?

Цитировать В геноме усть-ишимца обнаружено 2,3 ± 0,3% неандертальских примесей, что близко к значениям, полученным для современных азиатов (1,7–2,1%) и европейцев (1,6–1,8%). Считается, что предки современного внеафриканского человечества скрещивались с неандертальцами в течение непродолжительного времени — после выхода из Африки, но до начала широкого расселения по Евразии. Скорее всего, это происходило где-то на Ближнем Востоке. В последующие эпохи гибридизация прекратилась, или же те сапиенсы, которые продолжали скрещиваться с неандертальцами, не внесли заметного вклада в современный человеческий генофонд. Поскольку у усть-ишимца примерно столько же неандертальских примесей, сколько и у современных жителей Евразии, логично предположить, что он получил эти примеси в результате того же самого эпизода гибридизации.

Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Dessa от октября 28, 2014, 17:57:18
И еще кое-что в голову пришло.
Пишут, что Усть -Ишимский человек не слишком близок современным европейцам:

ЦитироватьОн в равной мере родственен и европейским охотникам-собирателям (с современными европейцами сходство чуть ниже,


И если у современных европейцев % неандертальской примеси примерно такой же, как у Усть-Ишимского человека. Но при этом он не слишком родственен современным европейцам, т.к.

Цитировать  видимо, потому что в европейский генофонд примешались гены поздних ближневосточных мигрантов, не участвовавших в первоначальном заселении Евразии), и китайцам, и жителям Андаманских островов (представителям ранней азиатской волн

То есть при "примешивании" генов ближневосточных мигрантов к европейской популяции доля неандертальской примеси не уменьшилась, разбавления не было! Значит у ближневосточных мигрантов тоже была доля неандертальских генов!


Но как же так?
Ведь по всей видимости, " древнейшие ближневосточные сапиенсы действительности не были той популяцией, от которой мы унаследовали свою толику неандертальских генов.Гибридизация с неандертальцами происходила позже, а древнейшие ближневосточные сапиенсы либо не скрещивались с неандертальцами, либо не внесли значимого вклада в генофонд современных евразийцев"

Так кто такие ближневосточные мигранты?

Это по той же статье на элементах.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Vladimirkox от октября 28, 2014, 19:16:31
ЦитироватьМне    просто  интересно  - кто-то  из  дискутантов  пробовал  выделять  ДНК  из  костной  ткани  возрастом  хотя  бы  в   1000  лет ?
Нет на них ЦК КПСС (ВКПб) - некому ставить задачи, потому и Фортов сетует на невостребованность науки. То, что метод смогли бы разработать - сомневаюся, а вот востроизвести методику... кхм, медведей-то научили в хоккей играть, так что - могЕт быть, могЕт быть. Оно - конечно, не один образец был бы упорот в процессе обработки методики, а потому - авторов статьи - понимаю, сочуствую по молбиоловской реакции. По сути статьи - поздравляю.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: ArefievPV от октября 28, 2014, 19:43:13
Цитата: Dessa от октября 28, 2014, 17:34:31
А вот и на элементах статья вышла.
http://elementy.ru/news?newsid=432345
Забавно... А я тогда что за ссылку привёл ранее... 27 октября... Не прочитали, наверное...
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Питер от октября 28, 2014, 19:54:02
Цитата: Dessa от октября 28, 2014, 17:28:42
Цитата: Питер от октября 28, 2014, 09:03:44
Дискуссия  на   молбиоле  очень   веселит.   Мне    просто  интересно  - кто-то  из  дискутантов  пробовал  выделять  ДНК  из  костной  ткани  возрастом  хотя  бы  в   1000  лет ?

Завидуют.
Да хотя бы из мумии смогли ДНК выделить. Паабо шел к этому чуть ли не с 80-х гг. Теперь только опыт перенимать.

Забавно,   мы  как  раз  сейчас  с  мумией   возимся ...   И   с  костями   начинаем  работать  -  но  очень  тяжко.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Арон. от октября 28, 2014, 21:13:15
Цитата: Dessa от октября 28, 2014, 17:44:22
А вот интересно.
У Усть-Ишимца в геноме ~ 2,3% неандертальских примесей, да? Ему ~45 т.лет
А у некоторых современных людей неандертальских примесей 3,1% и даже больше.


Может и методы подсчёта этих % разные? Ст.Дробышевский на Антропогенез.ру сказал " ...при той же методике подсчёта..." . Значит есть и другие методики?
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Dessa от октября 28, 2014, 21:29:24
Цитата: ARON от октября 28, 2014, 21:13:15
Цитата: Dessa от октября 28, 2014, 17:44:22
А вот интересно.
У Усть-Ишимца в геноме ~ 2,3% неандертальских примесей, да? Ему ~45 т.лет
А у некоторых современных людей неандертальских примесей 3,1% и даже больше.


Может и методы подсчёта этих % разные? Ст.Дробышевский на Антропогенез.ру сказал " ...при той же методике подсчёта..." . Значит есть и другие методики?

23andme ввела калькулятор неандертальской составляющей при сотрудничестве Сванте Паабо.)
У него в книжке написано.
http://www.amazon.com/Neanderthal-Man-Search-Lost-Genomes/dp/0465020836
Интересно, насколько он отличается от того, что использует Паабо?
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Dessa от октября 28, 2014, 21:36:14
Цитата: Питер от октября 28, 2014, 19:54:02
Забавно,   мы  как  раз  сейчас  с  мумией   возимся ...   И   с  костями   начинаем  работать  -  но  очень  тяжко.

В вышеупомянутой книжке Паабо пишет, что тоже с мумий начинал еще, когда ГДР была - из Берлинского музея возил кусочки. Не без проблем.)
А вы только сейчас начали.
Я считаю, если кто-то намного опережает - нужно у него поучиться, а не проходить весь путь с самого начала.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Gilgamesh от октября 29, 2014, 09:14:38
Цитата: Vladimirkox от октября 28, 2014, 06:45:29
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=551219

Не умеют наши люди завидовать молча. Более злобный и менее занятой человек начет отдельных моментов этого обсуждения вообще мог бы задуматься насчет иска о защите чести и достоинства. А я посмеюсь. Профессиональный уровень тоже прям кхм... выпирает. "В любой судебке", мда...
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Gilgamesh от октября 29, 2014, 09:27:47
ЦитироватьТак кто такие ближневосточные мигранты?

Basal Eurasian. См. http://elementy.ru/news/432322 и оригинал Лазаридиса.

===

Даты разделения ветвей заселения поползут конечно после усть-ишимца. Отделение ABR см. http://elementy.ru/news/431687 с его учетом должно быть позже этой оценки (она вообще до интрогрессии неандертальцев). Впрочем пусть генетики разбираются кто кого заборет.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Gilgamesh от октября 29, 2014, 09:49:34
ЦитироватьВ вышеупомянутой книжке Паабо пишет,

По оперативной информации вероятно ее русское издание в обозримом будущем.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Gilgamesh от октября 29, 2014, 09:52:15
В 23andme и популяционные корни можно посчитать разным образом (ЕМНИП спекулятивная, традиционная и ещё какая-то оценки). Что уж говорить о неандертальщине.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Gilgamesh от октября 29, 2014, 09:57:09
Цитата: вечерний Андрей от октября 27, 2014, 14:43:11
Представляю, как закатав рукава, Вадим засел разгребать хапровскую коллекцию. Учитывая вот это (http://www.zin.ru/labs/theriology/staff/sablin/references/sablin_girya_2010.pdf).
А простые смертные дружно потянулись к берегам рек, морей и водохранилищ, вдохновляясь напутствием Гильгамеша: "ищите и обрящете!"

Случайно довелось верблюда этого увидеть до публикации, в  ЗИНе. Ну а Вадим наверняка надеется и следит. Удачи ему, очень было бы интересно посмотреть кто там жил и жрал верблюдов.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Dessa от октября 29, 2014, 12:24:59
Цитата: Gilgamesh от октября 29, 2014, 09:49:34
ЦитироватьВ вышеупомянутой книжке Паабо пишет,

По оперативной информации вероятно ее русское издание в обозримом будущем.

А я не дождалась, купила электронную версию на амазоне.)) Язык несложный, написано увлекательно.
Теперь я фанат Паабо.)) Он старается как можно скорее донести результаты до человечества. А для меня каждая такая новость - праздник. А вот некоторые наши исследователи, судя по молбиолу, как собака на сене сидели бы над костью, не давая ее никому исследовать, т.к. сами работать с древним материалом не умеют.
И большое спасибо нашим исследователям, для которых страна происхождения коллег-палеогенетиков не главное. Незачем из ложной солидарности поддерживать отстающих неумех - соотечественников.))
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Dessa от октября 29, 2014, 12:29:51
Цитата: Gilgamesh от октября 29, 2014, 09:52:15
В 23andme и популяционные корни можно посчитать разным образом (ЕМНИП спекулятивная, традиционная и ещё какая-то оценки). Что уж говорить о неандертальщине.

Неандертальщина там фиксированная. Раз и навсегда.))
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: geky от октября 29, 2014, 13:00:11
У меня популяционные корни немного поменялись по сравнению с первоначальным вариантом. Может, и неандертальщину поменяют и уточнят со временем.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Dessa от октября 29, 2014, 13:22:35
Цитата: geky от октября 29, 2014, 13:00:11
У меня популяционные корни немного поменялись по сравнению с первоначальным вариантом. Может, и неандертальщину поменяют и уточнят со временем.

Вы тоже в 23andme тестировались?)
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: geky от октября 29, 2014, 13:33:40
Да.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Dessa от октября 29, 2014, 13:55:42
Цитата: geky от октября 29, 2014, 13:33:40
Да.

Если интересно - есть сайт GEDMatch.com -  там дополнительные возможности. И по теме форума также - определить % охотников собирателей, Мальта и т.п. в своем геноме.))) http://paleoforum.ru/index.php/topic,8152.msg164086.html#msg164086
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: geky от октября 29, 2014, 14:06:33
Спасибо! Конечно, интересно.)
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Питер от октября 29, 2014, 14:11:16
Цитата: Dessa от октября 28, 2014, 21:36:14
Цитата: Питер от октября 28, 2014, 19:54:02
Забавно,   мы  как  раз  сейчас  с  мумией   возимся ...   И   с  костями   начинаем  работать  -  но  очень  тяжко.

В вышеупомянутой книжке Паабо пишет, что тоже с мумий начинал еще, когда ГДР была - из Берлинского музея возил кусочки. Не без проблем.)
А вы только сейчас начали.
Я считаю, если кто-то намного опережает - нужно у него поучиться, а не проходить весь путь с самого начала.

Есть  два  варианта  -     отвезти  материал к    Паабо  или    делать  самим.   Нам  хочется     что-то  сделать  самим  -  прекрасно  при  этом  понимая,  что  до     возрастов   материала, с  которым  работает Паабо,  нам  быстро   не  дойти.   
Насчет  подсчетов  - все  будет  меняться,   и  процент   неандеров  тоже.  После    каждого  следующего  генома.  И  древнего,  и  современного  -  база     сиквенсов     быстро  растет.  Плюс  -    есть   очень  много  вариантов  того,  как  считать. Да  и  в  целом   насколько  значимы   на  круг    отличия  между  2.5%  и 3% ?   Или  все  эти различия  укладываются  в  ошибку ? 
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Dessa от октября 29, 2014, 15:01:48
Цитата: geky от октября 29, 2014, 14:06:33
Спасибо! Конечно, интересно.)

Если пройти по ссылке, то можно увидеть данные нашей современницы.
http://paleoforum.ru/index.php/topic,8152.msg164086.html#msg164086
Это достаточно смуглая (а если загорит, так вообще коричневая) светлоглазая женщина с каштановыми волосами.

А ссылка Гильгамеша http://elementy.ru/news/432322
дает информацию для размышлений о возможном происхождении фенотипических особенностей ;D
Думаю, что 65% WHG-UHG  (охотников -собирателей)оставили свой след.  :) 


" Так, на территории Германии возделывали поля светлокожие (по присутствию гомозиготного аллеля светлой кожи гена SLC24A5) кареглазые шатены или брюнеты.

В центральной Европе бродили охотничьи племена светлоглазых шатенов, устраивая временные жилища в скальных укрытиях; цвет их кожи был темнее, чем у их соседей-земледельцев.

На северных территориях у охотников были светлые глаза и более светлая кожа. По-видимому, ген светлой кожи появился у жителей Европы до прихода ближневосточных носителей земледельческой культуры, но закреплялся с разной скоростью у разных народов."

(http://elementy.ru/images/news/three_ancestral_populations_for_europeans_2_600.jpg)
Связи различных популяций древней и современной Европы, Азии (онге) и Америки (каритиана, Karitiana). Группы современных людей закрашены синим цветом, розовым обозначены два новых генома из Люксембурга и Германии (Штутгарт) и сибирский из Мальты (МА1), зеленым — реконструированные популяции. Сплошной линией обозначены прямые потомки без примесей пришлых народов, а пунктиром — население, сложившееся из нескольких разнородных источников. Цифры показывают процент примеси (и одно стандартное отклонение) в той или иной популяции. ANE (Ancient North Eurasian) — древние североевразийцы, WHG (West European Hunter-Gatherer) — западно-европейские охотники-собиратели, EEF (Early European Farmer) — раннеевропейские земледельцы. Схема из обсуждаемой статьи
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Dessa от октября 29, 2014, 15:11:54
Цитата: Питер от октября 29, 2014, 14:11:16
Есть  два  варианта  -     отвезти  материал к    Паабо  или    делать  самим.   Нам  хочется     что-то  сделать  самим  -  прекрасно  при  этом  понимая,  что  до     возрастов   материала, с  которым  работает Паабо,  нам  быстро   не  дойти.   
Насчет  подсчетов  - все  будет  меняться,   и  процент   неандеров  тоже.  После    каждого  следующего  генома.  И  древнего,  и  современного  -  база     сиквенсов     быстро  растет.  Плюс  -    есть   очень  много  вариантов  того,  как  считать. Да  и  в  целом   насколько  значимы   на  круг    отличия  между  2.5%  и 3% ?   Или  все  эти различия  укладываются  в  ошибку ? 

Ну что ж, могу сказать, что жаль, что ваша лаборатория не в моем городе.)
Я вот даже подумывала, а не подать ли заявку на вакансию постдока в Лейпциге? Но понимаю, что это лишь мечты, не соотносящиеся с жизненными реалиями.))

Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: afrosergey от октября 29, 2014, 19:54:26
Цитата: Gilgamesh от октября 29, 2014, 09:14:38
Цитата: Vladimirkox от октября 28, 2014, 06:45:29
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=551219

Не умеют наши люди завидовать молча. Более злобный и менее занятой человек начет отдельных моментов этого обсуждения вообще мог бы задуматься насчет иска о защите чести и достоинства. А я посмеюсь. Профессиональный уровень тоже прям кхм... выпирает. "В любой судебке", мда...

Gilgamesh, по-моему, у них на форуме вполне  "нормальная" реакция для "нормальных" завистников людей.  Просто ссылку разместил Vladimirkox не в той теме... Надо бы в "Новое Средневековье"  :D
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: вечерний Андрей от октября 30, 2014, 09:29:47
Цитата: Dessa от октября 29, 2014, 15:11:54
Цитата: Питер от октября 29, 2014, 14:11:16
Есть  два  варианта  -     отвезти  материал к    Паабо  или    делать  самим.   Нам  хочется     что-то  сделать  самим  -  прекрасно  при  этом  понимая,  что  до     возрастов   материала, с  которым  работает Паабо,  нам  быстро   не  дойти.   
Насчет  подсчетов  - все  будет  меняться,   и  процент   неандеров  тоже.  После    каждого  следующего  генома.  И  древнего,  и  современного  -  база     сиквенсов     быстро  растет.  Плюс  -    есть   очень  много  вариантов  того,  как  считать. Да  и  в  целом   насколько  значимы   на  круг    отличия  между  2.5%  и 3% ?   Или  все  эти различия  укладываются  в  ошибку ? 

Ну что ж, могу сказать, что жаль, что ваша лаборатория не в моем городе.)
Я вот даже подумывала, а не подать ли заявку на вакансию постдока в Лейпциге? Но понимаю, что это лишь мечты, не соотносящиеся с жизненными реалиями.))
Лейципг к вашему городу ближе, чем лаборатория Питера?
Я абсолютно не в теме палеогенетических исследований, просто интересно, к Рогаеву (http://antropogenez.ru/article/81/) не проще было бы устроиться?
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Gilgamesh от ноября 08, 2014, 09:37:09
Д. Райх расшарил статью, ну все шишки от издательства к нему если что http://genetics.med.harvard.edu/reich/Reich_Lab/Welcome_files/2014_Fu_Nature_UstIshim.pdf
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Dessa от ноября 10, 2014, 01:07:56
Цитата: Dessa от октября 29, 2014, 13:22:35
Цитата: geky от октября 29, 2014, 13:00:11
У меня популяционные корни немного поменялись по сравнению с первоначальным вариантом. Может, и неандертальщину поменяют и уточнят со временем.

Вы тоже в 23andme тестировались?)
Цитата: geky от октября 29, 2014, 13:33:40
Да.

Обнаружила интересный ресурс:


http://www.y-str.org/p/ancient-dna.html

"За последние годы был опубликован ряд работ, посвященных попыткам генотипирования останков древних людей — от живших несколько тысячелетий назад до «усть-ишимца» с предположительным возрастом около 45 тысяч лет, неандертальцев и «денисовки». Количество таких расшифровок растет все быстрее, что не может не вызывать оптимизма.  Трудами известного геномного блоггера Феликса Чандракумара большинство из них было переведено в простой и доступный формат, аналогичный файлам raw data от FTDNA и 23andMe".

В GEDMatch можно поиграть с этнокалькуляторами и даже попытаться сравнить свой геном с геномами древних.Для этого следует взять из таблицы (кот. видна, если пройти по ссылке) номера, которыми обозначены древние геномы.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: вечерний Андрей от ноября 10, 2014, 13:36:40
Меня вот интересуют палеонтологические аспекты этой находки.
Описание местонахождения, сопутствующая фауна и т.д. Проводились ли такие исследования? Есть ли публикации об этом, или может планируются?
По этому поводу информации практически никакой - профиль статьи в Натуре не тот.
Кстати, отчего у кости такой угольно-черный цвет? Особенность вмещающей породы?
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Gilgamesh от ноября 10, 2014, 15:08:36
Вообще см. Сапплементы. Если кратко, то публикаций о геологии и палеобиоте в контексте находки человека нет, но в планах. Вне контекста исследовано довольно поверхностно, в т.ч. немного мной. Пойма и каргинско-сартанские террасы, которые по правобережью примыкают к массиву более древних плейстоценовых отложений Тобольского материка, все подстилается континентальным (озерным, дельтовым) олигоценом. Относительно обильная мамонтовая фауна с лесными элементами, как правило вымытая, есть переотложенные кости более древних комплексов плейстоцена. Флора с существенной таежной составляющей.

Цвет - минералы и гуминовые кислоты, вживую с коричневыми тонами, на срезе бледнее, но окрашена.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Арон. от ноября 10, 2014, 15:29:45
 А отчего он умер? Молодой, здоровый парень, и ..того..
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Gilgamesh от ноября 10, 2014, 15:46:21
От черепно-мозговой травмы. По покоцаному бедру это прям отлично видно.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Dessa от ноября 10, 2014, 15:46:52
Цитата: ARON от ноября 10, 2014, 15:29:45
А отчего он умер? Молодой, здоровый парень, и ..того..

А возраст, в котором скончался Усть-Ишимец разве известен?
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Арон. от ноября 10, 2014, 16:07:48
Цитата: Dessa от ноября 10, 2014, 15:46:52
Цитата: ARON от ноября 10, 2014, 15:29:45
А отчего он умер? Молодой, здоровый парень, и ..того..

А возраст, в котором скончался Усть-Ишимец разве известен?

Это гипотеза :). Тогда до старости мало кто доживал.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Gilgamesh от ноября 10, 2014, 16:32:24
Да, молодой. Антропологи говорят.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: catty от ноября 10, 2014, 19:17:09
Цитата: Gilgamesh от ноября 10, 2014, 16:32:24
Да, молодой. Антропологи говорят.
Жалко-то как...
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Арон. от ноября 10, 2014, 19:43:35
Цитата: catty от ноября 10, 2014, 19:17:09
Цитата: Gilgamesh от ноября 10, 2014, 16:32:24
Да, молодой. Антропологи говорят.
Жалко-то как...
Всё не так грустно. Геном Усть-Ишимца известен, значит когда-нибудь его воспроизведут заново. К тому времени мамонтов научатся клонировать - он будет на них охотиться. Это будет рай для палеолитических охотников.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Dessa от ноября 10, 2014, 20:30:39
Ну писали же, что у кроманьонцев и размер мозга был крупнее, чем у большинства современных людей, думаю и высокий интеллект  был залогом выживания. Это сейчас благодать - каждый с различными врожденными, так сказать, способностями и возможностями прекрасно живет и размножается. А какого-нибудь Ишимца лишь клонируй- он и его потомки все лучшие ниши займут, где высокий интеллект востребован. )) А мамонтов пойдут ловить уже другие - усердно изображая палеолитических охотников. :D
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Арон. от ноября 11, 2014, 10:19:36
Цитата: Gilgamesh от ноября 10, 2014, 15:46:21
От черепно-мозговой травмы. По покоцаному бедру это прям отлично видно.
Значит в геноме у него всё "чисто" - инбридинга (как у денисовской неандерталки) и наследственных болезней не замечено? И бедренная кость тоже без следов болезней.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: вечерний Андрей от ноября 11, 2014, 10:42:45
Цитата: ARON от ноября 10, 2014, 19:43:35
Всё не так грустно. Геном Усть-Ишимца известен, значит когда-нибудь его воспроизведут заново. К тому времени мамонтов научатся клонировать - он будет на них охотиться. Это будет рай для палеолитических охотников.
Осталось научиться клонировать климат и среду обитания мамонтовой фауны.
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Арон. от ноября 11, 2014, 10:55:33
Цитата: вечерний Андрей от ноября 11, 2014, 10:42:45
Цитата: ARON от ноября 10, 2014, 19:43:35
Всё не так грустно. Геном Усть-Ишимца известен, значит когда-нибудь его воспроизведут заново. К тому времени мамонтов научатся клонировать - он будет на них охотиться. Это будет рай для палеолитических охотников.
Осталось научиться клонировать климат и среду обитания мамонтовой фауны.
Это детали...
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: вечерний Андрей от ноября 11, 2014, 11:02:01
Цитата: ARON от ноября 11, 2014, 10:55:33
Цитата: вечерний Андрей от ноября 11, 2014, 10:42:45
Цитата: ARON от ноября 10, 2014, 19:43:35
Всё не так грустно. Геном Усть-Ишимца известен, значит когда-нибудь его воспроизведут заново. К тому времени мамонтов научатся клонировать - он будет на них охотиться. Это будет рай для палеолитических охотников.
Осталось научиться клонировать климат и среду обитания мамонтовой фауны.
Это детали...
"Не заводится, товарищ прапорщик. — Поехали, потом заведешь!"
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Gilgamesh от ноября 11, 2014, 11:06:04
Цитата: ARON от ноября 11, 2014, 10:19:36
Цитата: Gilgamesh от ноября 10, 2014, 15:46:21
От черепно-мозговой травмы. По покоцаному бедру это прям отлично видно.
Значит в геноме у него всё "чисто" - инбридинга (как у денисовской неандерталки) и наследственных болезней не замечено? И бедренная кость тоже без следов болезней.

Не бегите впереди паровоза (как и с возрастом и проч.). И инбридинг - не "причина смерти", наличие заболеваний тоже не "причина смерти".
Название: Re: Усть-Ишимский человек
Отправлено: Арон. от ноября 11, 2014, 19:01:17
Цитата: вечерний Андрей от ноября 11, 2014, 11:02:01
Цитата: ARON от ноября 11, 2014, 10:55:33
Цитата: вечерний Андрей от ноября 11, 2014, 10:42:45
Цитата: ARON от ноября 10, 2014, 19:43:35
Всё не так грустно. Геном Усть-Ишимца известен, значит когда-нибудь его воспроизведут заново. К тому времени мамонтов научатся клонировать - он будет на них охотиться. Это будет рай для палеолитических охотников.
Осталось научиться клонировать климат и среду обитания мамонтовой фауны.
Это детали...
"Не заводится, товарищ прапорщик. — Поехали, потом заведешь!"
Там был сарказм. Следующий раз поставлю смайлы).
Название: От: Усть-Ишимский человек
Отправлено: АAydar от апреля 22, 2024, 13:13:07
Привет Всем, сравнил днк и усть ишимец мой предок, жаль файл прикрепить нельзя, могу выслать почтой для проявивших интерес снип 49 процентов идентичен
Название: От: Усть-Ишимский человек
Отправлено: АAydar от апреля 22, 2024, 13:28:23
GedMatch wv2099513 это мой, F999935 усть ишимец для проверки
Название: От: Усть-Ишимский человек
Отправлено: АAydar от апреля 22, 2024, 18:01:25
Усть-Ишимский мой предок, и ещё наверно 85 процентов в Абзелиловском районе РБ