paleoforum.ru

Форумы сайта «Проблемы эволюции» => Форум сайта «Проблемы эволюции» => Тема начата: Dims от декабря 03, 2010, 12:20:48

Название: Мышьяковая бактерия
Отправлено: Dims от декабря 03, 2010, 12:20:48
Учёные нашли бактерию, которой фосфор заменён на мышьяк.

http://gizmodo.com/5704158/nasa-finds-new-life

Обсуждение тут: http://www.astronomy.ru/forum/index.php/topic,80350.0.html
И тут: http://www.novosti-kosmonavtiki.ru/phpBB2/viewtopic.php?t=11368

Я не понял, у неё что И В ДНК ТОЖЕ МЫШЬЯК ВМЕСТО ФОСФОРА???
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: Dims от декабря 03, 2010, 12:51:29
Непонятно. Пишут, что они секвенировали ДНК для идентификации. А как же это было сделано, если эта ДНК на мышьяке?
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: Dims от декабря 03, 2010, 12:57:01
А, вот, сомневаются:

Others held deeper reservations. "It remains to be established that this bacterium uses arsenate as a replacement for phosphate in its DNA or in any other biomolecule found in 'standard' terran biology," says Steven Benner, who studies origin-of-life chemistry at the Foundation for Applied Molecular Evolution in Gainesville, Florida.

Источник (http://www.nature.com/news/2010/101202/full/news.2010.645.html)

Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: Комбинатор от декабря 03, 2010, 13:46:54
Я так понял, что метод меченых атомов выявил, что мышьяк вместо фосфора в ДНК имеет место быть, но случайность ли это, или система, пока до конца не ясно.
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: василий андреевич от декабря 03, 2010, 22:13:27
Буквально минуту назад по России-2, в новостях, услышал, что эта бактерия "попала" к нам с Титана (или что там живут такие же, не успел уразуметь). Есть от чего приторчать...
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: Dims от декабря 04, 2010, 00:27:21
Подсказали, что фосфор-то в самих нуклеотидах не используется. Так что нуклеотиды те же самые.
(http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/6/61/Nucleotides.RU.1.svg/450px-Nucleotides.RU.1.svg.png)
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: Сергей от декабря 04, 2010, 00:50:25
Цитата: Dims от декабря 04, 2010, 00:27:21
Подсказали, что фосфор-то в самих нуклеотидах не используется. Так что нуклеотиды те же самые.

Неправильно подсказали: нуклеотид - это нуклеозид + фосфат. Нуклеозид - это основание (например аденин) + сахар.

Мышьяк может замещать фосфор в нуклеиновых кислотах, но только эта связь на несколько порядков легче гидролизуется, так что вряд ли можно в ДНК весь фосфор заместить, или у этих бактерий какие-то специальные системы есть, например ДНК полностью защищена белком всё время.

http://precedings.nature.com/documents/1482/version/1/files/npre20081482-1.pdf

Кстати, то, что мышьяк может в активном центре фермента успешно заменять фосфор, ещё 30 лет тому в нашем институте показали:


http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1144476/pdf/biochemj00314-0297.pdf
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: feralis от декабря 08, 2010, 19:54:35
Сергей

У меня к вам как биохимику вопрос

Вот эта бактерия с мышьяком наверное в родстве с другими кладами бактерий

с какими

может ли она иметь глобальное распространение веть озеро где ее нашли существует неск тысячилетий
а весь бассейн где похожие условия могут быть существует ну десятки мильонов лет

может ли бактерия претендовать на звание крупной ветви эволюции или
это лишь локальная и частая в природе адаптация
Да еще
Наса обнародуя сие открытие явно выбивает деньги под некий затратный проэкт
как биохимик вы можете указать что там задумали
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: plantago от декабря 08, 2010, 20:12:59
В том-то и дело, что это совершенно обычный Halomonas (см. Supplementary Materials, их можно скачать свободно).
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: Комбинатор от декабря 08, 2010, 20:38:52
Цитата: plantago от декабря 08, 2010, 20:12:59
В том-то и дело, что это совершенно обычный Halomonas (см. Supplementary Materials, их можно скачать свободно).

Скажем так, на первый взгляд, вполне рядовая гамма-протеобактерия, не являюшаяся, кстати особо древней.


Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: Питер от декабря 09, 2010, 10:23:34
Мутная    статья.  Можно  было  бы  просто  разогнать  трифосфаты  в  ТСХ  и посмотреть  на   пятна As  и P   нуклеотидов.   
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: Комбинатор от декабря 09, 2010, 12:07:51
Цитата: Питер от декабря 09, 2010, 10:23:34
Мутная    статья.  Можно  было  бы  просто  разогнать  трифосфаты  в  ТСХ  и посмотреть  на   пятна As  и P   нуклеотидов.   

Я думаю, раз у них есть выращенный штамм который они, я надеюсь, готовы отдать на независимую экспертизу другим группам, всё должно проясниться в течении нескольких месяцев.
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: Питер от декабря 09, 2010, 12:31:00
А я  думаю,  что   нет  там  АТФ    на  мышьяке. Это  слишком   легко  проверить.
И  чисто  логически  -  клетка   должна   держать   сразу  2    разные   биохимии  -  одна   для  арсената,  другая   для  фосфата.   Накладно.
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: Комбинатор от декабря 09, 2010, 12:49:28
Цитата: Питер от декабря 09, 2010, 12:31:00
А я  думаю,  что   нет  там  АТФ    на  мышьяке. Это  слишком   легко  проверить.
И  чисто  логически  -  клетка   должна   держать   сразу  2    разные   биохимии  -  одна   для  арсената,  другая   для  фосфата.   Накладно.

Поглядим. Наверняка, они 100 раз подумали, прежде чем делать подобного рода заявления, которые в случае обнаружения глупой ошибки или прямой фальсификации сделают их всеобщим посмешищем.
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: Питер от декабря 09, 2010, 13:57:22
Ну   там  авторы   очень  аккуратны. Все  сенсации  -  уже в  комментах   и в  прессе  не  научной.  Но  - в  любом  случае Science
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: Комбинатор от декабря 09, 2010, 16:00:27
This Paper Should Not Have Been Published: http://www.slate.com/id/2276919/pagenum/all/
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: crdigger от декабря 09, 2010, 17:19:18
 Может она просто слегка отравилась? Аналогично, стронций замещает кальций итд.
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: Сергей от декабря 09, 2010, 17:51:07
Цитата: Комбинатор от декабря 09, 2010, 16:00:27
This Paper Should Not Have Been Published:

Непенятно, зачем было нужно им так орать-то?

Выделить ДНК из бактерии и определить, есть ли там мышьяк можно за пару дней.
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: Vuto от декабря 12, 2010, 20:40:13
http://elementy.ru/news?newsid=431470
На элементах появилась статья.

Мышьяковую клетку не нашли, а искусственно получали.
Получили ли? Возможно, да.
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: CARBON от декабря 18, 2010, 20:59:21
А собственно почему такое удивление, по поводу открытия жизни основанной на мышяке ? Не помню точно когда, по моему гдето в конце 90-х, в Чёрном море у болгарских берегов, в подводной пещере , в зоне сероводородного зарожения, нашли бактериальную фауну . Т.е. живущую без кислорода и метаболизм основан на сероводороде.А "чёрные курильщики" ? 
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: feralis от декабря 18, 2010, 21:43:52
факт того, что мышьяк может образовывать такие же устойчивые органические соединения что и фосфор вызвал волну критики в мировом научном сообществе. В частности, указывается, что не был проведен рентгеноструктурный анализ ДНК, который смог бы дать точный ответ на вопрос: присутствует ли мышьяк в ДНК бактерии
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: Vuto от декабря 19, 2010, 01:22:03
Цитата: CARBON от декабря 18, 2010, 20:59:21Т.е. живущую без кислорода и метаболизм основан на сероводороде.А "чёрные курильщики" ? 
Во-первых, "чёрные курильщики" питаются сероводородом и не употребляют СВОБОДНЫЙ кислород (то бишь О2). Однако, кислород они всё-таки употребляют(вода, как мы помним, Н2О), поскольку в нуклеотидах, белках, липидах кислород содержится.

Когда мы говорим про мышьяковую бактерию, то имеется в виду, что в её нуклеотидах (а химически они называются так же нуклеозидфосфаты) не содержится фосфора, а значит, они не являются нуклеотидами, правильнее их назвать нуклеозидарсенатами.
Название: Re: Мышьяковая бактерия
Отправлено: grumbler от декабря 20, 2010, 10:09:13
А вы представляете, сколько ферментов сразу должно было мутировать, чтобы опознавать арсенатные эфиры вместе с или вместо фосфатных, и нормально работать с ними? И это вдруг случилось с одним очень обычным галомонасом - а с остальными почему-то не случилось.  Чтобы ДНК включала арсенаты, нужно по крайней мере чтобы в нуклеотидах мышьяк оказался в первом положении - т.е. при синтезе нуклеотидмоноарсенатов.
Арсенаты довольно легко восстанавливаются в клетке в арсениты, в т.ч. в органических эфирах. Это, вроде бы - 99% причины токсичности мышьяка. А тут об арсенитах вообще не слова.