Появление первой полезной информации в генетическом коде

[Питер]

а кто-нибудь пытался смоделировать эти процессы, идущие от чрезмерно простого к чрезмерно сложному?

Я, как программист долго интересовавшийся проблемами моделирования эволюции, могу сказать,  что не существует работающей модели автоэволюции реплицирующихся и мутирующих систем на уровне их структурной организации.  По понятным причинам - системность, о которой в 19 веке просто не думали,  да и сейчас многие не задумываются, это комплексная связность большого числа элементов. Случайные  вариации при любом интервале времени и числе попыток не создают оной (кроме как на пустом месте и  из небольшого числа взаимодействующих элементов), а только разрушают её.   Я думаю, что рациональное и одновременно реальное объяснение механизмов прогрессивной эволюции, если оно возможно, будет дополнено (когда-то в светлом будущем) неслучайной изменчивостью организующей направленности.

То  есть  -   божественным  творением.   Вы  уж   договаривайте.

[Oleg_Dm]

а кто-нибудь пытался смоделировать эти процессы, идущие от чрезмерно простого к чрезмерно сложному? на словах все выглядит убедительно - много терминов, использование химических особенностей, но тем не менее это всего лишь нулевое приближение наподобие сферического коня в вакууме. без моделирования не получится подтвердить возможность реализации алгоритма, предложенного вами. тем более с образования протоклетки все самое интересное и начинается: образование многоклеточных, образование существ, обладающих сознанием, поведением и проч. проч.

А вы как думаете, есть целевые программы, в которых в РФ участвуют ряд институтов. И это только в России. Зарубежом постоянно выходят статьи на эту тему. Какие то этапы давно выяснены, какие то существуют в виде различных вариантов процесса, какие то исследуются. Работа неуклонно движется в этом направлении, и что важно заметить последние статьи раскрывающие ранее вроде не разрешимые проблемы оказываются настолько изящными, очевидными и простыми, что удивляешься лишь тому как это ранее могло казаться неразрешимым. Дело исключительно времени.

А вот дальше вы опять в кучу валите то что не нужно смешивать, процесс образования многоклеточности совершенно отдельная проблема, кстати тоже в последнее время неплохо продвигаемая и изучаемая.  Самое интересное начинается при эволюции прото-клетки в то что можно считать первой клеткой. Как сформировались основные мхеанизмы переноса внутри клетки, как работали первые белки, как шло размножение. А усложнение клетки вроде появления ядра и органелл это намного более поздний этап и более понятный. Чего уж говорить о многоклеточности. Самое важное во всей эволюции что новое никогда не возникало неоткуда и само собой, а напротив было строго преопределено прошлой эволюцией, т.е. сначала нарабатывались механизмы потом с их помощью реализовывалось что то новое.

Я, как программист долго интересовавшийся проблемами моделирования эволюции, могу сказать,  что не существует работающей модели

А у нас уже програмисты стали ставить химические опыты? Очень интересно, давайте подробнее что вы моделировали, какие реакции, а то как то голословно получается.

[iSceptic]

Вы не правы в главном, никакой случайности нет и быть не может. Весь процесс абиогенеза заложил в прото-клетку строгие механизмы сами себя воспроизводящие. Ошибся при воспроизводстве неудачно - погиб, удачно - получил преимущество, информация записалась, пошло усложнение.

процесс абиогенеза может и заложил "строгие" механизмы, но тем не менее проходящие химические реакции в ходе САМОГО абиогенеза носят довольно случайный характер, при котором еще нет четко сформировавшегося "строгого" механизма.

[iSceptic]

Я, как программист долго интересовавшийся проблемами моделирования эволюции, могу сказать,  что не существует работающей модели автоэволюции реплицирующихся и мутирующих систем на уровне их структурной организации.  По понятным причинам - системность, о которой в 19 веке просто не думали,  да и сейчас многие не задумываются, это комплексная связность большого числа элементов. Случайные  вариации при любом интервале времени и числе попыток не создают оной (кроме как на пустом месте и  из небольшого числа взаимодействующих элементов), а только разрушают её.   Я думаю, что рациональное и одновременно реальное объяснение механизмов прогрессивной эволюции, если оно возможно, будет дополнено (когда-то в светлом будущем) неслучайной изменчивостью организующей направленности.

полностью солидарен с вашими скептическими сомнениями. если вы не читали мои предыдущие ответы, что сообщу: я тоже программист и аналогично вам задумываюсь над вопросами системности и алгоритмизации.

[Игорь Антонов]

а кто-нибудь пытался смоделировать эти процессы, идущие от чрезмерно простого к чрезмерно сложному?

Я, как программист долго интересовавшийся проблемами моделирования эволюции, могу сказать,  что не существует работающей модели автоэволюции реплицирующихся и мутирующих систем на уровне их структурной организации.  По понятным причинам - системность, о которой в 19 веке просто не думали,  да и сейчас многие не задумываются, это комплексная связность большого числа элементов. Случайные  вариации при любом интервале времени и числе попыток не создают оной (кроме как на пустом месте и  из небольшого числа взаимодействующих элементов), а только разрушают её.   Я думаю, что рациональное и одновременно реальное объяснение механизмов прогрессивной эволюции, если оно возможно, будет дополнено (когда-то в светлом будущем) неслучайной изменчивостью организующей направленности.

То  есть  -   божественным  творением.   Вы  уж   договаривайте.

Для божественного как-то слишком всё дисгармонично. Помните, еще Иван Карамазов возвращал билет? Но организация (даже преступная) - не случайна.

[Питер]

А   собственно  почему    божественное  должно  быть  гармонично
Ну  и  для  программистов -  последний  обзор,  http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/230/htm
Он  в  открытом  доступе ...

[Oleg_Dm]

процесс абиогенеза может и заложил "строгие" механизмы, но тем не менее проходящие химические реакции в ходе САМОГО абиогенеза носят довольно случайный характер, при котором еще нет четко сформировавшегося "строгого" механизма.

Опять неправильно. Никакой случайности быть не может,  возможные реакции определены условиями и химизмом молекул. Есть некторый набор реакций они все идут с той или иной скоростью, какие то приведут к нужному результату какие то нет. Если есть постоянный приток и отток вещества и энергии, в любом случае сформируется равновесное в данных условиях состояние. Таким образом все реакции предопределены а равновесие неотвратимо.

[Игорь Антонов]

Я, как программист долго интересовавшийся проблемами моделирования эволюции, могу сказать,  что не существует работающей модели

А у нас уже програмисты стали ставить химические опыты? Очень интересно, давайте подробнее что вы моделировали, какие реакции, а то как то голословно получается.

Речь шла о кибернетических моделях, которые должны быть способны воспроизводить универсальные законы эволюции.

[iSceptic]

последние статьи раскрывающие ранее вроде не разрешимые проблемы оказываются настолько изящными, очевидными и простыми, что удивляешься лишь тому как это ранее могло казаться неразрешимым.

может у вас есть в наличии ссылки на такие "последние статьи"?

Дело исключительно времени.

ну что же надеюсь на это.

Самое интересное начинается при эволюции прото-клетки в то что можно считать первой клеткой.

согласен это тоже весьма интересно. я и это имел ввиду в моем предыдущем ответе.

А усложнение клетки вроде появления ядра и органелл это намного более поздний этап и более понятный. Чего уж говорить о многоклеточности.

очень может статься, что появление ядра и органелл и многоклеточности "более понятно" пока не приступили к алгоритмизации этого процесса. хотя вы наверняка предполагаете наличие к началу таких процессов уже очень мощного механизма отбора "правильного" геномного кода.

Самое важное во всей эволюции что новое никогда не возникало неоткуда и само собой, а напротив было строго преопределено прошлой эволюцией, т.е. сначала нарабатывались механизмы потом с их помощью реализовывалось что то новое.

я бы не стал утверждать такое за всю эволюцию: все таки пока нет убедительных подтверждений этого. и, повторюсь, что нужны конкретные алгоритмы такой наработки и реализации.

А у нас уже програмисты стали ставить химические опыты? Очень интересно, давайте подробнее что вы моделировали, какие реакции, а то как то голословно получается.

вот интересно: а химики у нас уже пишут программы?

[iSceptic]

А   собственно  почему    божественное  должно  быть  гармонично
Ну  и  для  программистов -  последний  обзор,  http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/230/htm
Он  в  открытом  доступе ...

обзор конечно хороший. и все же нужно соединение таких идей в один процесс и последующее компьютерное моделирование

[iSceptic]

они все идут с той или иной скоростью, какие то приведут к нужному результату какие то нет.

"какие-то приведут - какие-то нет". а вы говорите нет случайности. еще очень важно количественное соотношение между такими вариантами: а то может статься что и за 20 млрд лет не будет успешных реакций.

в любом случае сформируется равновесное в данных условиях состояние. Таким образом все реакции предопределены а равновесие неотвратимо.

сформироваться-то сформируются, но вот только с чего вы взяли, что они должны сформироваться выше уровня самоорганизации автокаталитической реакции Жаботинского и далее неуклонно ползти в сторону дальнейшего прогресса и процветания? и еще не известно есть ли такой химизм,позволяющий так самоорганизовываться: моделирования всего процесса пока еще нет.

[iSceptic]

Речь шла о кибернетических моделях, которые должны быть способны воспроизводить универсальные законы эволюции.

ну то есть получается что-то вроде задачи о кирпичах

[Oleg_Dm]

может у вас есть в наличии ссылки на такие "последние статьи"?

На данном форуме выкладывались, вас  в поиске надеюсь не забанили? И даже не просите меня их искать за вас, если вы хотите вести беседу на уровне собеседника постарайтесь хотя бы изучить основы.

согласен это тоже весьма интересно. я и это имел ввиду в моем предыдущем ответе.

Ничего подобного, вы пытались свалить в кучу совершенно разные проблемы из-за непонимания истинных проблем, и лишь когда я вам их огласил, решили использовать мои же слова.

очень может статься, что появление ядра и органелл и многоклеточности "более понятно" пока не приступили к алгоритмизации этого процесса. хотя вы наверняка предполагаете наличие к началу таких процессов уже очень мощного механизма отбора "правильного" геномного кода.

Ну не приступайте к алгоритмизации, если она вам непонятна, достаточно что понятен сам процесс. Мне кажется скорее нужно изучить предпосылки этого и появление механизмов которые сделали это возможным. Если у вас есть пила и палка рано или поздно вы научитесь пилить палку на куски. Писать алгоритм как напилить палку не имея пилы и палки заведомо тупиковый путь.

я бы не стал утверждать такое за всю эволюцию: все таки пока нет убедительных подтверждений этого. и, повторюсь, что нужны конкретные алгоритмы такой наработки и реализации.

А вот это правильно, если вы не читаете статьи по биологии и молекулярной химии вам утверждать что то про эволюцию было бы легкомысленным занятием. Хорошо что наука знает сотни таких примеров.

вот интересно: а химики у нас уже пишут программы?

Понятно значит никаких реакций вы не моделировали, ответ получен, в принципе иного я и не ожидал.

[Питер]

А   собственно  почему    божественное  должно  быть  гармонично
Ну  и  для  программистов -  последний  обзор,  http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/230/htm
Он  в  открытом  доступе ...

обзор конечно хороший. и все же нужно соединение таких идей в один процесс и последующее компьютерное моделирование

А  этот  обзор  и есть  попытка    соединения   не  идей  -   а  конкретных  работ,  экспериментальных  -  в  некий   процесс. И  крайне  важная  мысль  этого   обзора  - совместная   эволюция  РНК  мира  и  мира  первых   коротких  пептидов. С  выходом в  возможный  эксперимент ....
Проблема в  том,  что  мы  на  сей  день  не  так  уж  и  много  знаем   о   многих   деталях    биологических  процессов  сегодняшних  и  многие вещи  пока  крайне  сложно  пощупать в  эксперименте. То есть  нарисовать  такой   эксперимент в  голове  можно  - но  методически  пока  нет.  Но  и    полногеномный   сиквенс    двадцать  лет  назад  был  полной  экспериментальной   фантастикой  - хотя  все  методы   уже  по сути  были.   Сегодня  -  читаем.  Не   без  проблем,  но  читаем. 

[Oleg_Dm]

а вы говорите нет случайности. еще очень важно количественное соотношение между такими вариантами: а то может статься что и за 20 млрд лет не будет успешных реакций.

сформироваться-то сформируются, но вот только с чего вы взяли, что они должны сформироваться выше уровня самоорганизации автокаталитической реакции Жаботинского и далее неуклонно ползти в сторону дальнейшего прогресса и процветания? и еще не известно есть ли такой химизм,позволяющий так самоорганизовываться: моделирования всего процесса пока еще нет.

Случайность здесь видите только вы, когда идут несколько реакций с известными скоростями любой студент химического вуза на 1 курсе решит вам что получится в результате, строгая предопределенность, никакой случайности. Скорость реакции также позволит рассчитать время достижения равновесия, и никаких сроков реакций в годы даже не идет речь, все намного быстрее.

А к чему вы вообще приводите сюда реакцию Жаботинского?  В этой реакции процесс идет от реагентов А к реагенту В, в гиперциклах которые должны образоваться напротив вещество А превращается в вещество А только производя по ходу нужные вещества. Естественно превратясь из А в В в вашем примере никто не куда не поползет. А в случае гиперцикла идет постоянное превращение реагентов которые могут использоваться для построение клетки.