Появление первой полезной информации в генетическом коде

[iSceptic]

Ничего подобного, вы пытались свалить в кучу совершенно разные проблемы из-за непонимания истинных проблем, и лишь когда я вам их огласил, решили использовать мои же слова.

вы впустую наговариваете и пытаетесь дискредитировать. вы называете "совершенно разными проблемами" разные части по сути единого процесса. и говоря, что все самое интересное начинается с образования протоклетки, я тем самым имел ввиду все дальнейшие процессы, и в том числе дальнейшую возможную эволюцию протоклетки. но согласен, что в своем ответе я об этом не упомянул, но логически мой ответ содержал в себе и предположение об этом процессе.

Ну не приступайте к алгоритмизации, если она вам непонятна, достаточно что понятен сам процесс. Мне кажется скорее нужно изучить предпосылки этого и появление механизмов которые сделали это возможным. Если у вас есть пила и палка рано или поздно вы научитесь пилить палку на куски. Писать алгоритм как напилить палку не имея пилы и палки заведомо тупиковый путь.

без подробной алгоритмизации любой процесс является квазипонятным. и неучет этого может привести к ошибкам. в файле вложения я попытался представить одно из возможных различий нашего восприятия процесса, который нам кажется понятным при его словесной формулировке (жирная линия), и восприятия того же самого процесса (тонкая линия), но после углубленного изучения его со стороны алгоритмизации и системности..

Хорошо что наука знает сотни таких примеров.

мне бы хотелось, чтобы так и было, но, полагаю, что эти "сотни таких примеров" относятся всего лишь к отдельным "кирпичикам", из которых еще нужно собрать целую и, что важнее, неразрывную картинку: то бишь необходим некий алгоритм, позволяющий собрать все воедино.

Понятно значит никаких реакций вы не моделировали, ответ получен, в принципе иного я и не ожидал.

я этого и не утверждал: я упоминал лишь о трудностях, возникающих при попытках смоделировать подобные процессы.

[iSceptic]

А  этот  обзор  и есть  попытка    соединения   не  идей  -   а  конкретных  работ,  экспериментальных  -  в  некий   процесс. И  крайне  важная  мысль  этого   обзора  - совместная   эволюция  РНК  мира  и  мира  первых   коротких  пептидов. С  выходом в  возможный  эксперимент ....
Проблема в  том,  что  мы  на  сей  день  не  так  уж  и  много  знаем   о   многих   деталях    биологических  процессов  сегодняшних  и  многие вещи  пока  крайне  сложно  пощупать в  эксперименте. То есть  нарисовать  такой   эксперимент в  голове  можно  - но  методически  пока  нет.  Но  и    полногеномный   сиквенс    двадцать  лет  назад  был  полной  экспериментальной   фантастикой  - хотя  все  методы   уже  по сути  были.   Сегодня  -  читаем.  Не   без  проблем,  но  читаем.

ну без эксперимента говорить о некоем едином процессе несколько рановато, конечно. но будем ждать момент, когда возможности превысят потребности.
признаться, мне кажется, что если мы научимся моделировать самоорганизующиеся до такой сложности системы, то это произведет революцию в программировании искусственного интеллекта да и в методике самого программирования.

[iSceptic]

А к чему вы вообще приводите сюда реакцию Жаботинского?

реакцию Жаботинского я привел исключительно в целях сравнения уровня самоорганизации.

А в случае гиперцикла идет постоянное превращение реагентов которые могут использоваться для построение клетки.

но также может идти и разрушение продуктов превращения этих реагентов.

[Vladimirkox]

признаться, мне кажется, что если мы научимся моделировать самоорганизующиеся до такой сложности системы, то это произведет революцию в программировании искусственного интеллекта да и в методике самого программирования.

Вам сюда http://www.neuroscience.ru/showthread.php?t=5893&page=28&p=47727#post47727
И! Ознакомьтесь с эволюцией систем автономных модулей выложенных в блоге Trillobit. 

но также может идти и разрушение продуктов превращения этих реагентов.

Не может, потому что идет диссипация энергии химических связей в тепловую.

вот интересно: а химики у нас уже пишут программы?

А куда им деваться? Пишут как миленькие, с учетом Шредингера и подбарьерного тунеллирования.

Для божественного как-то слишком всё дисгармонично.

Не указывайте Богу, какими инструментами должно пользоваться. Сам справится.

[Vladimirkox]

автокаталитической реакции Жаботинского и далее неуклонно ползти в сторону дальнейшего прогресса и процветания?

У реакции Жаботинского - второй порядой, у ферментативных реакций - первый порядок, у численности популяции - экспотенцивотная кривая переходящая в уравнение Ферхюльста.
Берете Канторову пыль (алгоритм формирования), не - до нуля вырожденную ( поскольку особь таки - существует) , увеличиваете длинну отрезка в соответствии с коэффициентом размножения и емкостью экологической ниши - получити ого-го какую сложную структуру - от особей, до популяций и биоценозов, с репродуктивными барьерами вкупе. Чем больше возмущающих систему факторов введете, тем более сложную структуру получите, пока не упретесь в предел вычислительных мощностей... И - чё?

[Игорь Антонов]

Да уж, ликует пионерия...

[Limfil]

забавно. не правда ли?

нет

какой механизм предложите вы, чтобы обойти самовытягивание нуклеотидов на первичных этапах эволюции молекул?

разрыв молекулы на части. кроме того, даже и это не особо надо - один конец будет расти быстрее другого - дальше что? кроме того, последовательность лучше тянующая нуклеотиды это не два-три нуклеотида. а дестяки, но не обязательно одна посдедовательность, а их довольно широкий консенсус, а первичные репликаторы будут всё равно короткие. то есть во первых такое будет реже чем просто последовательность тянующая нуклеотиды вся целиком, а во-вторых - один конец просто не будет строится и всё. никакого влияния это не окажет.

тут уж я не знаю, сможет ли так самоорганизоваться отбор. лично мне представляется, что процесс "самоорганизации" молекул-рибонуклеотидов с помощью только лишь химических реакций и без сторонней помощи остановится на уровне самоорганизации автокаталитических химических реакций - на уровне простейшей протоклетки, которую и живой-то назвать будет сложно. будут идти реакции, лишь являющиеся подобием процессов обмена веществ и проч.

примерно как: коллайдер - это большая труба с датчиками.

и что получится из такого "отбора"?

все это видится ОЧЕНЬ маловероятным, и кажется, что подобные реакции не смогут уйти с уровня самоорганизации простейших автокаталитических химических реакций НИКОГДА.

это всего лишь нулевое приближение наподобие сферического коня в вакууме.

кажется всё понятно. персонаж не желает ничего воспринемать из сказанного - твердя - ничего быть не может, мне ничего не докажут.

[iSceptic]

Не может, потому что идет диссипация энергии химических связей в тепловую.

ну ла такое имеет место. вот только вы не упомянули, что тепловая энергия может привести в увеличению кинетической энергии, что в свою очередь может привести к разрушению.

[iSceptic]

разрыв молекулы на части. кроме того, даже и это не особо надо - один конец будет расти быстрее другого - дальше что? кроме того, последовательность лучше тянующая нуклеотиды это не два-три нуклеотида. а дестяки, но не обязательно одна посдедовательность, а их довольно широкий консенсус, а первичные репликаторы будут всё равно короткие. то есть во первых такое будет реже чем просто последовательность тянующая нуклеотиды вся целиком, а во-вторых - один конец просто не будет строится и всё. никакого влияния это не окажет.

а как вы видите процесс перехода, при котором стали выделятся не более короткие репликаторы, а более длинные? что такое должно произойти, чтобы вдруг репликаторы перестали между собой "воевать"? вы наверняка согласитесь, что в условиях такой "войны" жизнь построить не удастся.

[Питер]

А  вы  согласитесь с  тем,  что    в  биологической   жизни всегда  идет    война ?   За  еду,    за  место  под  солнцем  -   та  самая     борьба   за  существование ?
А  по  сути  -  более  длинный   репликатор  может  образовывать  стабильную  вторичную  структуру.  А  она    у  РНК  стабильнее   одноцепочечной.   Но  из   короткой  РНК      хорошую  двумерку  не  свернешь.

[Oleg_Dm]

Как из случайной последовательности нуклеотидов выделился первый ген (т.е. как у него появилось начало и конец?) и как вообще выделилось начало молекулы-носителя?

Я все таки не понимаю о чем у нас спор. Стартовый вопрос с которого начали эту ветку имеет элементарное решение и оно уже озвучено - случайной последовательности нуклеотидов не было и быть не могло, т.к. последовательность нуклеотидов могла быть записана только с действующей системы гиперциклов, и будет заведомо не случайной; соответственно начало и конец определялись минимально работающей последовательностью нуклеотидов; как выделилось понятно из исходной химии абиотических веществ и процессов накопления и распада веществ в ней. Все вроде ответ получен. О чем мы дальше то спорим? Какое програмирование и моделирование химпроцессов возможно если у топикстартера нет базовых знаний в химии, вмс и молекулярной биологии? По моему все скатывается опять к обсуждению вопросов веры.

[Vladimirkox]

такое имеет место. вот только вы не упомянули, что тепловая энергия может привести в увеличению кинетической энергии, что в свою очередь может привести к разрушению

Из тепловой энергии АТФ не синтезируется, а из этого следует необратимость биохимических процессов.

По моему все скатывается опять к обсуждению вопросов веры.

По моему, всё скатывается к излишнему многомудрствованию. Когда человек, на основе ничтожного уровня усвоенных знаний, предпринимает тщетные попытки понять всю глубину Промысла Божьего.

[iSceptic]

А  вы  согласитесь с  тем,  что    в  биологической   жизни всегда  идет    война ?   За  еду,    за  место  под  солнцем  -   та  самая     борьба   за  существование ?

ну не война, а "война". если бы шла война, то, полагаю, что да, жизни бы не было.

А  по  сути  -  более  длинный   репликатор  может  образовывать  стабильную  вторичную  структуру.  А  она    у  РНК  стабильнее   одноцепочечной.   Но  из   короткой  РНК      хорошую  двумерку  не  свернешь.

я надеюсь, вы согласитесь, что скорость эволюции репликатора в форме стабильной вторичной структуры будет гораздо ниже, да и такая форма не способствует репликации.

[iSceptic]

Я все таки не понимаю о чем у нас спор. Стартовый вопрос с которого начали эту ветку имеет элементарное решение и оно уже озвучено - случайной последовательности нуклеотидов не было и быть не могло, т.к. последовательность нуклеотидов могла быть записана только с действующей системы гиперциклов, ...

а до действия системы гиперциклов, как сформировалась последовательность нуклеотидов? тоже неслучайно?

... и будет заведомо не случайной; ...

напомню, что "неслучайность" еще не означает "правильность", "необходимость". и билиберда может передаваться, реплицируясь, совершенно неслучайно.

... соответственно начало и конец определялись минимально работающей последовательностью нуклеотидов; как выделилось понятно из исходной химии абиотических веществ и процессов накопления и распада веществ в ней. ...

вопрос в основе своей заключается не в образовании минимально работающей последовательности нуклеотидов,  в том как самоорганизовалась система, позволяющая считывать нужную информацию с нужного места носителя? то есть не просто начало и конец, а вся система "форматирования" в целом, с промоторами и терминаторами и проч.

[Питер]

А  вы  согласитесь с  тем,  что    в  биологической   жизни всегда  идет    война ?   За  еду,    за  место  под  солнцем  -   та  самая     борьба   за  существование ?

ну не война, а "война". если бы шла война, то, полагаю, что да, жизни бы не было.

А  по  сути  -  более  длинный   репликатор  может  образовывать  стабильную  вторичную  структуру.  А  она    у  РНК  стабильнее   одноцепочечной.   Но  из   короткой  РНК      хорошую  двумерку  не  свернешь.

я надеюсь, вы согласитесь, что скорость эволюции репликатора в форме стабильной вторичной структуры будет гораздо ниже, да и такая форма не способствует репликации.

Нам   нужна  скорость  или  эволюция  ?  Возможно -  но  не факт  -  что  она  будет  медленнее.
Насчет  способствования  репликации   -  ничего,  что   нас  вся  ДНК     двухцепочечная ?
Стабильная  вторичная  структура  для  ДНК  -  внутримолекулярный  дуплекс.   Который  может  и  расплетаться.