Филогенетическое дерево всех эукариот

aevin · февраля 24, 2015, 12:24:58

Цитата: Alexy от ноября 13, 2014, 00:55:50
А эти деревья (или даже какие-то другие деревья, охватывающие меньшее количество таксонов) можно скачать в виде таблицы (очевидно в ней было бы достаточно двух (узел\его дочерние узлы) или трех (узел\какая-то пометка узла\его дочерние узлы) столбцов) или в виде текстового файла?

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/taxonomy/

Gilgamesh · марта 06, 2015, 07:48:50

Подробней http://mbe.oxfordjournals.org/content/early/2015/02/20/molbev.msv037

Preguntador · марта 07, 2015, 00:03:48

Спасибо.
// Для тех, у кого трудности с поиском информации:
http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1412/1412.4312.pdf

aevin · марта 15, 2015, 10:17:25

Цитата: Set O. Lopata от октября 29, 2014, 11:18:49
Древо, конечно же, построено. Но вблизи корня оно плохо разрешено. Очевидное место, где на него можно полюбоваться, это Tree of Life Web Project.

Только вблизи корня? Хе-хе.

Macroscelidea (относятся к Afrotheria) помещены в Glires. Flying lemurs присединили к Chiroptera. Наверно потому что flying. )

http://tolweb.org/Eutheria/15997

Limfil · марта 16, 2015, 03:31:05

Цитата: aevin от марта 15, 2015, 10:17:25
http://tolweb.org/Eutheria/15997

часто их смотрю, но они ветвят дерево очень осторожно как-то - политомий у них просто куча, а также их в чём-то противоположности, "лестничных" деревьев - вон тетраподы у них на что похожи:
http://tolweb.org/Terrestrial_Vertebrates/14952
но что делать - чем больше дистанция, тем хуже в целом, уверенность в узлах

aevin · марта 17, 2015, 09:03:45

Цитата: Limfil от марта 16, 2015, 03:31:05
Цитата: aevin от марта 15, 2015, 10:17:25
http://tolweb.org/Eutheria/15997
часто их смотрю, но они ветвят дерево очень осторожно как-то - политомий у них просто куча, а также их в чём-то противоположности, "лестничных" деревьев - вон тетраподы у них на что похожи:
http://tolweb.org/Terrestrial_Vertebrates/14952
но что делать - чем больше дистанция, тем хуже в целом, уверенность в узлах

Это конечно, особенно для ископаемых. Но в Eutheria они перепутали живых, у которых геномы посеквенированы.

Limfil · марта 17, 2015, 20:34:20

Цитата: aevin от марта 17, 2015, 09:03:45Это конечно, особенно для ископаемых.

ну с ископаемыми у них вообще полный ахтунг... а некоторых просто нет - таких все "аномалокароподобные" и иже с ними, которые обсуждаются в соседней ветке...

Цитата: aevin от марта 17, 2015, 09:03:45Но в Eutheria они перепутали живых, у которых геномы посеквенированы.

так ведь... слоновые мыши у них отдельно от связки грызуны+зайцеобразные. а дермоптеры только сестринская группа летучих мышей. а как по геномным данным? (правда в конечном счёте это только увеличивает кол-во генов, которые можно использовать в дереве, ведь составлять дерево по целому геному...)

aevin · марта 18, 2015, 10:43:15

Цитата: Limfil от марта 17, 2015, 20:34:20
Цитата: aevin от марта 17, 2015, 09:03:45Но в Eutheria они перепутали живых, у которых геномы посеквенированы.
так ведь... слоновые мыши у них отдельно от связки грызуны+зайцеобразные. а дермоптеры только сестринская группа летучих мышей. а как по геномным данным? (правда в конечном счёте это только увеличивает кол-во генов, которые можно использовать в дереве, ведь составлять дерево по целому геному...)

Слоновые мыши относятся к слонам. ) Точнее, входят в группу Afrotheria вместе со слонами. Т.е. это очень далеко от Glires.

Дермоптеры входят в группу Euarchonta (вместе с приматами и Scandentia). А Euarchonta в свою очередь объединяются с Glires, образуя Euarchontoglires. Так что, летучие мыши там никаким боком.

aevin · марта 18, 2015, 11:35:45

Кстати, не слоновые мыши, а слоновые землеройки. Я машинально повторил неточность.

Limfil · марта 18, 2015, 20:04:40

Цитата: aevin от марта 18, 2015, 10:43:15Так что, летучие мыши там никаким боком.

вы хотите сказать, что летучие мыши к нам не имеют отношения? (ну кроме того, что плацентарные) это довольно странно?

Цитата: aevin от марта 18, 2015, 10:43:15Слоновые мыши относятся к слонам. ) Точнее, входят в группу Afrotheria вместе со слонами. Т.е. это очень далеко от Glires.

то есть близки к даманам наверное. вы серьёзно?

Limfil · марта 18, 2015, 20:26:14

а вообще да... посмотрел немного. по митохондриальным данным и другим генам всё так и есть... а я искренне полагал, что летучие мыши близёхонько к нам...
хотя данные в самом деле расходятся и положение летучих мышей не чётко... по другим таки близки к нам, а грызуны от нас далеко (как и думал)

aevin · марта 19, 2015, 09:07:15

Цитата: Limfil от марта 18, 2015, 20:04:40
Цитата: aevin от марта 18, 2015, 10:43:15Так что, летучие мыши там никаким боком.
вы хотите сказать, что летучие мыши к нам не имеют отношения? (ну кроме того, что плацентарные) это довольно странно?
Цитата: aevin от марта 18, 2015, 10:43:15Слоновые мыши относятся к слонам. ) Точнее, входят в группу Afrotheria вместе со слонами. Т.е. это очень далеко от Glires.
то есть близки к даманам наверное. вы серьёзно?

Для этого достаточно посмотреть Википедию. Там все уже современно.

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9F%D0%BB%D0%B0%D1%86%D0%B5%D0%BD%D1%82%D0%B0%D1%80%D0%BD%D1%8B%D0%B5

aevin · марта 19, 2015, 09:15:46

Цитата: Limfil от марта 18, 2015, 20:26:14
а вообще да... посмотрел немного. по митохондриальным данным и другим генам всё так и есть... а я искренне полагал, что летучие мыши близёхонько к нам...
хотя данные в самом деле расходятся и положение летучих мышей не чётко... по другим таки близки к нам, а грызуны от нас далеко (как и думал)

Ну это вряд ли. Грызуны к нам близко, а летучие мыши далеко - это современный консенсус. Например:

Asher RJ, Bennett N, Lehmann T. The new framework for understanding placental mammal evolution. Bioessays. 2009, 31(8 ): 853-64.

Song S, Liu L, Edwards SV, Wu S. Resolving conflict in eutherian mammal
phylogeny using phylogenomics and the multispecies coalescent model. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012, 109(37):14942-7.

Meredith RW, Janečka JE, Gatesy J, Ryder OA, Fisher CA, Teeling EC, Goodbla A, Eizirik E, Simão TL, Stadler T, Rabosky DL, Honeycutt RL, Flynn JJ, Ingram CM, Steiner C, Williams TL, Robinson TJ, Burk-Herrick A, Westerman M, Ayoub NA, Springer MS, Murphy WJ. Impacts of the Cretaceous Terrestrial Revolution and KPg extinction on mammal diversification. Science. 2011, 334(6055):521-4.

василий андреевич · марта 21, 2015, 18:34:15

Цитата: aevin от марта 19, 2015, 09:15:46
Грызуны к нам близко, а летучие мыши далеко - это современный консенсус.

Ближе-дальше. Равнозначно ли это раньше-позже? Ведь тут еще пресловутая "скорость" видоизменчивости. Допустим, если ниша летучих млеков обновляется часто, то вполне может стать, что "мы" параллельны грызунам с еще тех времен, а вот летучесть "наших" параллельных грызунов образуется-обновляется постоянно.

aevin · марта 21, 2015, 19:49:09

Цитата: василий андреевич от марта 21, 2015, 18:34:15
Цитата: aevin от марта 19, 2015, 09:15:46
Грызуны к нам близко, а летучие мыши далеко - это современный консенсус.
Ближе-дальше. Равнозначно ли это раньше-позже? Ведь тут еще пресловутая "скорость" видоизменчивости. Допустим, если ниша летучих млеков обновляется часто, то вполне может стать, что "мы" параллельны грызунам с еще тех времен, а вот летучесть "наших" параллельных грызунов образуется-обновляется постоянно.

Именно так. Только наоборот. )

Ближе - более позднее расхождение эволюционных ветвей.