Филогенетическое дерево всех эукариот

[Alexy]

Построено ли единое филогенетическое дерево всех эукариот (от общего предка до каждого ныне живущего вида)?

Может, если такого дерева нету для всех эукариот, то хотя бы для каждого из типов (или хотя бы какого-то одного типа)?

[Set O. Lopata]

Древо, конечно же, построено. Но вблизи корня оно плохо разрешено. Очевидное место, где на него можно полюбоваться, это Tree of Life Web Project.

[василий андреевич]

В связи с древом постоянно приходится задаваться вопросом "от ЛЮКА". В базе типа должен лежать "не дифференцированный вид". Но в таком раскладе и в базе типов есть не дифференцированное большее, как "вид".
  Но может ли тип строения появиться без наличия рядом своего антагониста? Как хищник не может появиться без наличия жертвы. Тогда вблизи основания ствола обязателен конвергентный корень.

[Limfil]

Построено ли единое филогенетическое дерево всех эукариот (от общего предка до каждого ныне живущего вида)?

Может, если такого дерева нету для всех эукариот, то хотя бы для каждого из типов (или хотя бы какого-то одного типа)?

до вида это вы шутите - огромное кол-во видов вообще не имеют никаких молекулярных данных, а многие и не открыты пока, и даже среди таких хорошо изученных групп как Позвоночные. но отряда я думаю можно добраться. семейство - уже едва ли, есть какие-то, хотя уже немного, которые никогда не секвенировались.

[Gilgamesh]

Создание фамильного древа, которое охватывает более четырёхсот миллионов лет и описывает эволюцию множества разнообразных групп животных планеты, не так уж и просто, но одна амбициозная группа учёных всё же сделала это.
Первое обширное эволюционное древо насекомых было недавно создано группой исследователей со всего мира. Это филогенетическое древо, построенное по данным генетики и археологии, помогает раскрыть родственные связи между различными родами насекомых на протяжении миллионов лет эволюции.
Осуществляя китайский проект Транскриптомная Эволюция 1000 Насекомых (1000 Insect Transcriptome Evolution) - или 1KITE, исследователи использовали 1748 кодирующих белок генов всех крупнейших отрядов насекомых, дабы собрать огромный набор данных, описывающих генетический состав всех крупных групп насекомых, существующих ныне. Затем они сравнили полученный набор данных с результатами с данными палеонтологии чтобы определить когда определённые виды эволюционировали.
"Мы сплотили команду из более чем ста человек, и мы включили в неё людей, которые часто остаются за бортом таких проектов - морфологов, эмбриологов и палеонтологов - потому мы не просто получили древо, но и можем о нём много чего порассказать", - говорит Карл Кьер, профессор кафедры экологии, эволюции и природных ресурсов Ратгерского Университета в Нью-Джерси, который был занят в проекте.
Среди историй, которые можно рассказать, пользуясь древом, есть история повествующая о происхождении насекомых. Палеонтологическая данные свидетельствуют о том, что первые насекомые появились около 412.000.000 лет назад, в раннем Девонском периоде. Однако, филогенетические данные исследователей показывает, что крупнейшая группа насекомых - надкласс шестиногие - возможно завились ещё раньше, около 479.000.000 лет назад, в раннем Ордовике.
Тем не менее, данные также показывают, что в некоторых случаях палеонтологические данные, которые исследователи долгое время полагали ключевыми для получения информации об эволюционировании насекомых, оказались довольно точными, сообщила Джессика Вер, ассистент профессора эволюционной биологии Ратгерского Университета, также принимавшая участие в исследованиях.
"Я думаю, что это было интересно, когда палеонтологические данные и молекулярный возраст совпадали или были очень близки в некоторых случаях. Это было удивительно, потому что вопрос о датировании насекомых по палеонтологическим данным ранее был дискуссионным", - сказала Вер корреспондентам издания Live Science.
Временная шкала, созданная исследователями, показывает что насекомые, вероятно, начали колонизировать планету примерно в то же время, что и растения, а в некоторых случаях даже и раньше. Летающие насекомые появились уже после того как на земле появились сложные эксистемы, примерно 406.000.000 лет назад, в раннем Девонском периоде, говорят учёные.
"Теперь исследователи знают точно, что насекомых нельзя исключать в дискуссиях об экосистемах, скажем, Юрского периода, около 150.000.000 лет назад", говорит Вер.
"Все ключевые игроки появились ещё до окончания Девонского периода. Когда мы представляем тираннозавра рекса, шагающего по Земле, мы можем сказать, вокруг него кружили стрекозы и, вероятно, и кузнечики, и сверчки, и бабочки", говорит Вер.
И насекомые, которые жужжали и прыгали рядом с динозаврами, не выглядели какими-то доисторическими и странными настолько, чтобы современные любители жуков не смогли бы их признать. Филогенетические данные позволяют предполагать, что те насекомые были на самом деле очень похожи на тех, что обитают на планете сейчас, заключает Кьер.
"Если взять машину времени и вернуться в Юрский период, то мы, энтомологи, признали бы всех тамошних насекомых и смогли бы их правильно классифицировать", говорит Кьер, "Многие из них будут выглядеть очень похоже на тех, что мы видим сегодня".
Действительно, тот факт, что насекомые жужжали среди динозавров также означает, что эти создания существовали на Земле задолго до Homo sapiens. Та муха, которую мы прихлопываете сегодня, не слишком отличалась (если отличалась вообще) от мухи, которую мог прихлопнуть пещерный человек 200.000 лет назад.

https://vk.com/feed?w=wall-38718467_8734

[Limfil]

очень хорошо. насекомые это не все эукариоты конечно, но очень значительная их часть по числу видов. транскриптом конечно упустит большую часть микросателлитов, по которым можно разрешить самые близкие виды (или свести их в один...) но тоже много чего даёт...

[Alexy]

Древо, конечно же, построено. Но вблизи корня оно плохо разрешено. Очевидное место, где на него можно полюбоваться, это Tree of Life Web Project

лИСТЬЯМИ этого древа являются только современные виды (или иногда современные таксоны более высокого ранга)? Или вымершие тоже?
Как отличить на дереве вымерших от ныне живущих? По какой-то маркировке?

[Limfil]

на Tree of Life Web Project вымершие виды отмечены крестом. однако их положение зачастую более чем условно... и всё же представленные там данные пока ещё очень не полны и даже до дерева семейств там довольно далеко...

[Alexy]

Спасибо
А есть ли на Tree of Life Web Projectе, кроме крестов, ещё другие условные обозначения, помечающие какие-то другие особенности видов?

[Alexy]

Создание фамильного древа, которое охватывает более четырёхсот миллионов лет и описывает эволюцию множества разнообразных групп животных планеты, не так уж и просто, но одна амбициозная группа учёных всё же сделала это.
Первое обширное эволюционное древо насекомых было недавно создано группой исследователей со всего мира. Это филогенетическое древо, построенное по данным генетики и археологии, помогает раскрыть родственные связи между различными родами насекомых на протяжении миллионов лет эволюции https://vk.com/feed?w=wall-38718467_8734

Древо, конечно же, построено - Tree of Life Web Project

А эти деревья (или даже какие-то другие деревья, охватывающие меньшее количество таксонов) можно скачать в виде таблицы (очевидно в ней было бы достаточно двух (узел\его дочерние узлы) или трех (узел\какая-то пометка узла\его дочерние узлы) столбцов) или в виде текстового файла?

[Limfil]

Спасибо
А есть ли на Tree of Life Web Projectе, кроме крестов, ещё другие условные обозначения, помечающие какие-то другие особенности видов?

какие именно? по отношению в их группам там иногда указано монофилетические ли они.

[Alexy]

А разве сейчас не переделали классификацию по нормальному - так чтобы исключить полифилетичность (чтобы, например, птицы относились к рептилиям)?

[Limfil]

птицы там вообще где-то глубоко запрятаны. да и рептилий как цельную группу там не отыскать - в общем как и должно быть. но такие группы как к примеру Ракообразные оставленны пока как есть - поскольку взаимоотношения у них внутри не очень-то ясны...

[space-woman]

 

[Limfil]

хорошее деревце. но очень уж грубое - протостомии? деутеростомии скорее не их сестринская группа, а одна из ветвей. и всё это противопоставленно книдариям...