Нужен комментарий специалистов

[Nikita]

В дискуссии  по поводу ТЭ  http://www.kuraev.ru/forum/view.php?subj=55054
на приведенные данные по мтДнк маркерам
цитата:
« Самый широкораспостраненный учебник биологии - Campbell & Reece, 7-е издание 2005-го года датирует раннего H. sapiens между 195,000 и 160,000 лет, древнейшие окаменелости H. sapiens за пределами Африки - 50,000 лет, люди в Америке - 15,000 лет, мутация одного из генов, ответственного за речь (FOXP2, обнаруженный в 2001-м) - менее 200,000 лет назад. Возникновение искусства - 77,000 лет назад, крутого искусства (наскальные росписи) - 36,000 лет назад. Но как ни крути исход из Африки произошел в последние 50,000 лет по данному «учебнику. »
некий креационист р.Б. Константин написал «  Вам указывают на то, что за 20 лет все изменилось: _прямые_ оценки скорости мутирования control region мтДНК показывают скорости в 20 раз более высокие, а Вам - все "божья роса". Теперь отсылаете к новому учебнику...Знаете, в учебниках и не такое напишут... »
Правду ли говорит этот человек ?

Далее сей ученый креационист отвечает на вопрос другого креациониста
:« Скажите насколько необходим для креационизма экологически-флотационный принцип отложеий?
--  Он не столько необходим, сколько правдоподобен. Кроме того, для тех креационистов, кому лЮба молодая Земля или молодая биоистория, он позволяет объяснить "сжимание времени". »
Что вы думаете по этому поводу? Действительно ли правдоподобен « экологически-флотационный принцип отложеий »?

Также данный человек приводит данные о найденных « мягких тканях динозавров »
цитата:« Вот, одна исследовательница, Мэри Швайтцер, уже двадцать лет изучает останки динозавров в Монтане. И эти двадцать лет ее третируют и всячески зажимают. Она _не_ креациоинстка. Она просто нашла мягкие ткани динозавров с понтом 70-млн-летней давности.
Какой должен быть подход "ученого сообщества"? Сенсация! Взять, исследовать ткани, найти эритроциты, белки, итп. Нет, открытие сделано 20 лет назад, но опуликовано лишь сейчас, потому что "льет воду". Почему такая вялость? Да потому что если это действительно так, то сколько диссертаций и ученых степеней полетят в мусорку.
Да еще, понимаете, это ведь не единственная находка - ее можно было бы списать на смещение пластов и нечистоплотность исследователя. Но здесь все гораздо хуже - езжай в Монтану, отпиливай кубометр братской динозавровой могилы, измельчай и высаливай в растворе...
http://news.bbc.co.uk/1/hi/sci/tech/4379577.stm  »

И наконец вот что он пишет о геохронологии:
«  Ведь не отказываются от своей веры эволюционисты или "староземельщики" после каждого алмаза со "свежим" С14 или неостывшей "миллионолетней" лавы.»

Прокомментируй, пожалуйста, уважаемые специалисты.

[Gilgamesh]

1. Учебник что-ли оценить надо? Не понятно.
2. Эколого-флотационный...  :roll:  как звучит, а какая байда. Дядю Васю с улицы эта "гипотеза" убедит, а больше никого. Попросите объяснить флотационно последовательное захоронение тех же классических лошадей или мастодонтов. Если скажут, что поздние формы крупнее (газов больше, не тонут) попросите объяснить, почему в низах плейстоцена лошади крупнее, чем современные и почему скотины размером с гиракотерию встречаются в отложениях доныне. Сразу "поплывут".
3. Найдены фоссилизованные остатки сосудов, а не "мягкие ткани", что само по себе не новость. Уже почитай лет сто назад нашли мумифицированные и окаменевшие туши гадрозавров, лет 15 назад каменную мякоть нашли в Италии. Широко известно местонахождение эоценовых позвоночных в Месселе (Германия), где можно даже кисточки на хвостах неимоверно древних животных раглядеть. И что? Чему это противоречит?
Это открытие не льёт на мельницу креационизма ни капли воды, льют воду лишь лживые комментаторы вроде Вашего "товарисча" у которого высохшие капилляры обрастают тканями и белками.

[Nikita]

1. Учебник что-ли оценить надо? Не понятно.

Не учебник а реплику « товарисча » о том чио дескать установили что мтДнк_маркерные мутации происходят в 20 раз быстрее чем считалось ранее.
Например в дискуссии, я цитирую доктора биологических наук Животовского.
« Изучая разнообразие ДНК современных народов, можно оценить численность той прапопуляции, от которой, согласно гипотезе африканского происхождения, произошло всё человечество. Она была невелика — порядка нескольких тысяч.

Сопоставляя ДНК-маркёры аборигенов Южной Африки, можно сказать, что примерно 70–150 тыс. лет назад началась интенсивная дифференциация и сложные демографические процессы, сопровождающиеся возникновением разнообразных популяций в пределах Африки. Затем, 50–100 тыс. лет назад, волны переселенцев стали выплёскиваться за пределы Африки и растекаться по другим континентам, что отразилось на своеобразной структуре ДНК-древа »

а некий товарисч намекает что дескать « все не так как надо  » - мутации идут в двадцать раз быстрее и люди тусовались в Африке не 150 тысяч лет назад, а эдак  7 тысяч лет назад было этих людей не несколько тысяч а всего несколько, например двое адам и ева.

Вопрос: лжет ли креационист об известной на сегодняшний день скорости мутаций
мтДнк?

[вз]

>Не учебник а реплику « товарисча » о том чио дескать установили что мтДнк_маркерные мутации происходят в 20 раз быстрее чем считалось ранее.

Нет, не настолько. И не "чем считалось ранее" а чем мутации в кодирующей области. Другое дело что есть родословные и филогенетические "скорости", и они не обязаны совпадать. И для Y они сильно расходятся. Всякие Евы считаются по филогенич. вариантам, они были впервые калиброваны одновременно по приматам и по человеческим миграциям (эскимосы). Про "эскимосское" направление, господствующее, могу рассказать подробно.

Считают по такой схеме, восходящей к Форстеру и Сэйлард, до сих пор не устаревшей и по большому счету единственной общепринятой. Берется сеть являющаяся деревом (т.е. сеть с ретикуляциями не годится!). Выбрасываются все мутации кроме транзиций (реально только их скорость можно калибровать) и последующие вычисления проводятся по урезанной сети. Обязательно выбирается корень! Ro-value - это средний "радиус" сети в транзициях, их среднее количество от корня до листиков; если гаплотип встречается более одного раза то длина пути к нему умножается на нужное число раз (мы не можем пренебрегать N). Если есть более одного способа построения или рутинга сети то значения должны быть подсчитаны для каждого способа отдельно. Про дисперсию см в статью Сэйлард, ссылка ниже. Ro и SE переводятся в тысячи лет так: для контр области (не всей а между 16090 и 16365)  одна транзиция в 20000 лет, для кодирующей - одна транзиция в 5000 лет. Для сравнения размеры сегментов: вся молекула 16568 баз, кодирующая область от 577 до 16023 базы. Транзиции в мт бывают не менее чем в 20 раз чаще трансверсий, т.е. ограничение типа мутаций не существенно.



Ссылки

Подробное описание:

Juliette Saillard et al. mtDNA Variation among Greenland Eskimos: The Edge of the Beringian Expansion, American Journal of Human Genetics
67:718–726, 2000

Примеры вычисления возраста по кодирующей области можно найти здесь:

Toomas Kivisild et al., Ethiopian Mitochondrial DNA Heritage: Tracking Gene Flow Across and Around the Gate of Tears, American Journal of Human Genetics, 75:752-770, 2004

или еще лучше

Toomas Kivisild et al
The role of selection in the evolution of human mitochondrial genomes
Genetics: Published Articles Ahead of Print, published on September 19, 2005 as 10.1534/genetics.105.043901


Все статьи есть в открытом доступе, а сиквенсы выгружены в Генбанк. Классическую статью с калибровкой по эскалеутам

Forster et al. Origin and Evolution of Native american mtDNA variation: a reappraisal
AJHG, 59, 1996

могу сбросить, в AJHG это была еще до-инетовская эпоха.

[вз]

Кстати, если искусственно увеличить величину скорости мутаций, то мы натолкнемся на совершенно неразрешимые трудности, даже если ограничиться одной мтДНК. При общепринятом значении скорости мутаций клады которые связывают с неолитом имеют правдоподобный возраст в районе 7-6 тыс лет до нэ. В Европе он всегда меньше, в Пер Азии - больше, потому кластеры и считаются неолитическими. Как правило, все эти клады "звездные" или по меньшей мере более звездные чем те которые считают палеодитическими. Симуляции говорял что звездными должны быть именно те веточки которые связаны с быстрым ростом численности населения. Лучшего кандидата чем неолит найти сложно, тем более "эскимосская" метода датировки хорошо согласуется с археологией европейского неолита. Если принять хотя бы в 3 раза большую скорость, то неолит Европы наступит в историческое время,т.е. в античности. Придется

1) либо объяснить откуда у североевропейцев (скандиновов, финнов, сев. русских) появилась не менее чем 15-20% доля неолитического генофонда, при полном отсутствии контактов в историческое время

2) либо отказаться от классификации клад как до- и посленеолитических, т.е.  допустить что разные филогенические ветви мтДНК могут мутировать с различной скоростью, т.е. в полном беспорядке.

Насколько я знаю, у лингвистов аналогичные претензии к фоменковским датировкам исторических событий. При увеличении скорости все события не просто "ужимаются", но сама их последовательность нарушается.

[Nikita]

>>Нет, не настолько. И не "чем считалось ранее" а чем мутации в кодирующей области

Похоже вопрос  сложней, чем  я предполагал.
Оппонент  приводит такую информацию(цитирую дословно):
1)
В журнале Nature.1987,325:321-36 была опубликована статья Wilson A.C.&Cann..."Mitochondrial DNA and human evolution" где на основе анализа 147 людей ,представителей этносов Европы,Азии,Африки,Австралии были представлены следующие результаты: африканцы обладают наибольшим разнообразием мДНК-0,47% ,азиаты 0,35%..европейцы 0,23%...Эти результаты были интерпретированы как указывающие на Африку,как на первоисточник всех современных линий мДНК.
На основе косвенных методов оценки скорости мутагенеза авторы заключили,что предполагаемый исход из Африки произошел 140000-280000 лет назад.
2)
Группа Парсона в 1997г был проведен анализ мДНК в 327 параллельных генеалогических парах(мать-ребенок).Анализ показал,скорость мутагенеза соответствующую 1м конт.участка мДНК в 30 поколений.Результат 1м в 40 поколений был получен группой Хауэлла практически одновременно. Измеренная скорость мутагенеза оказалась в 20 раз больше скорости,полученной косвенным путем. Из этих данных следует, что предковая линия всех типов мДНК существовала 6000-6500 лет назад.
------------------------------------------------
Возникает ряд вопросов:автор делает акцент, что в первом случае метод оценки был косвенным. Во втором случае делается недвусмысленный намек на прямость  измерений.Не понятно что значит  в  параллельных генеалогических парах...Паралельных чему? У меня возникает чувство что « товарищ » просто манипулирует сознанием оппонентов.
Например фраза:"Из этих данных следует, что предковая линия всех типов мДНК существовала 6000-6500 лет назад".

а) непонятно что значит: предковая линия_ ВСЕХ_ТИПОВ_ мтДнк?
Я считал что существует предковая линия_ мтДнк_ВСЕХ_ЛЮДЕЙ...или я ошибаюсь?

б)Понятно что линия существовала и 1000 и 2000 и тд лет назад.Интересно когда НАЧИНАЕТСЯ ЭТА ЛИНИЯ. То есть на мой скромный взгляд паренек просто манипулирует сознанием читателей. Не каждый сходу акцентирут внимание на смысле слове существовала, но может подумать что она возникла именно 6000 лет назад...

Так что же все таки говорят последние данные? Когда в среднем произошло отделение ветви Хомо Сапиенс от  предыдущих Хомо ? И каков наиболее вероятный размер изначальной популяции?

Классическую статью с калибровкой по эскалеутам
Forster et al. Origin and Evolution of Native american mtDNA variation: a reappraisal
AJHG, 59, 1996 могу сбросить, в AJHG это была еще до-инетовская эпоха..

Буду очень признателен.
Адрес: nikita-vik@yandex.ru

[вз]

>Группа Парсона в 1997г был проведен анализ мДНК в 327 параллельных генеалогических парах(мать-ребенок).Анализ показал,скорость мутагенеза соответствующую 1м конт.участка мДНК в 30 поколений.Результат 1м в 40 поколений был получен группой Хауэлла практически одновременно. Измеренная скорость мутагенеза оказалась в 20 раз больше скорости,полученной косвенным путем. Из этих данных следует, что предковая линия всех типов мДНК существовала 6000-6500 лет назад.

Да хоть в сто раз быстрей. Подробно обсуждать родословные методы преждевременно. Все они основаны на контрольной области. Вот когда они сделают полные сиквенсы в достаточном числе, хотя бы столько сколько уже есть и работает в филогенетических ("косвенных") оценках, тогда и будем говорить.


>Например фраза:"Из этих данных следует, что предковая линия всех типов мДНК существовала 6000-6500 лет назад".

Так же как из филогенетических следует что Еве 140 тыс лет.


>а) непонятно что значит: предковая линия ВСЕХ ТИПОВ мтДнк?
Я считал что существует предковая линия мтДнк ВСЕХ ЛЮДЕЙ или я ошибаюсь?

скорее всего она и имеется в виду.

>б)Понятно что линия существовала и 1000 и 2000 и тд лет назад.

нет, не существовала. Она мутировала, до нас дошли только ее потомки. Надеюсь, в данном треде мы не будем обсуждать технические вопросы построения сетей.

>Интересно когда НАЧИНАЕТСЯ ЭТА ЛИНИЯ.

неизвестно. Указанные датировки относятся к моменту ее распада на линию L0 и ту что является предковой для всех остальных человеческих линий.

[вз]

скан (в пдф) со статьи Форстера весит 15 метров.

[вз]

Вот последняя работа по сабжу.

Сантуш 2005

[вз]

Авторы взяли 48 азорских семейств и секвенировали 422 человека. Событий наследственной передачи мтДНК (transmission) было 321, можно считать что одна передача = одному поколению. Если исключить гетероплазмию длины на C- и G- трактах, которые не рассматриваются серьезно так как представлены в большинстве семей, в обоих ГВСах было обнаружено 11 мутационных событий на 321 передачу, что почти в 8 раз превышает филогенетическую скорость. Дальнейшее обсуждение касается того следует ли

1) отбросить соматические мутации, как делали и все прежние авторы; это уменьшит скорость в 2 раза. Кстати, у предыдущих авторов никак не может быть таких заоблачных значений - в 30 или 40 раз. Тот кто привел цитату, по-видимому выхватил самое максимальное значение полученное без каких-либо разумных ограничений и следовательно несопоставимое с филогенией. Сейчас лень смотреть - но если меня не обманывает память, это максимум раз в 10 больше филогенической скорости. Плюс надо учесть дополнительные условия о которых ниже.

2) учитывать только девочек, что в данной выборке сбрасывает скорость еще в полтора раза

3) некоторые дополнительные условия касающиеся фиксации гетероплазмических мутаций. Ведь всегда брались 3 поколения семьи и в 3-м новые гетероплазмические варианты могли "откатываться" обратно ниже порогового уровня (откуда мораль: и 3 поколения - мало для хорошей статистики!) В зависимости от характера таких условий скорость может даже оказаться НИЖЕ филогенетической. Авторы предлагают три варианта ограничений.

4) сколь устойчивы позиции на которых замечены мутации. От себя добавлю что половина случаев - очень нестабильные точки которые можно исключить при построении человеческой филогении БЕЗ ОСОБОГО ВРЕДА ДЛЯ датировок.

Итак, цель любого подобного иследования - каким-либо образом охарактеризовать мутации которые "закрепятся", т.е., пройдя стадию гетероплазмических, будут переданы потомкам-девочкам. Можно взять по максимуму, считая что любая_случайная_мутация важна при вычислении скорости. Но как быть с патологическими мутациями, ведь в мтДНК они возникают во всех кладах (и быстро "вымываются", в отличие от обычных рецессивных признаков) Другая крайность - отсеять практически все что подозрительно на том основании что мутация "не закрепилась" в последнем изученном поколении. Но ведь в филогении тоже иногда интересуются нестабильными сайтами способными мутировать в обоих направлениях, хотя и не полагаются на них. Можно сказать - мат модель есть но непонятно как организовать эксперимент, так как модель имеет дело с несколько отличными реалиями, к тому же она упрощена до предела.

Сами авторы НЕ ЗНАЮТ какие из перечисленных ограничительных условий считать необходимыми, слишком мало еще наблюдений. И когда мы учтем все эти условия, чтобы родословный метод можно было хоть как-то сравнить с филогенетическим, что остается в итоге? Затратив немалые средства на сиквенсы родственников, клонирование продуктов (ведь требуется знать все о гетероплазмии у этих индивидов!) получают N несопоставимо малое с десятками тысяч сиквенсов которые уже опубликованы в популяционных исследованиях, которые хорошо дружат и между собой и с прочими науками - археологией, лингвистикой и тд. ИМХО, родословный метод - это больше вопросов чем ответов.

[Nikita]

скан (в пдф) со статьи Форстера весит 15 метров.

Да.. файлик для почты малопригоден
Возможный вариант.
1) Скачиваете и устанавливаете  виртуальный принтер-конвертер LIzardTech Virtual Printer  в DJVU формат   http://www.cqham.ru/ftp2/vpd.zip   (размер 3 мб)
 (ссылка взята с http://dstu2204.narod.ru/djvu/)
2)открываете пдф-файл  акробат-ридером и распечатываете-конвертируете PDF в DJVU выбрав в качестве устройства печатии LIzardTech Virtual Printer. Конвертация 100 страниц занимает около 1 минуты. Получается файл формата  DJVU меньший по размеру в 2-5 раз( по сравнению с PDF), который уже поместится  на  nikita-vik@yandex.ru

[вз]

Конвертация 100 страниц занимает

Занимает у кого? У меня нормальный канал но старая тачка. Могу предложить либо весь файл по почте либо разбиение раром на части.

Да ладно, неужто этот файл десятилетней давности переубедит вашего креациониста? Предложите ему лучше Кивисилда, в последней его статье много нового.

[Nikita]

>>Занимает у кого? У меня нормальный канал но старая тачка.
Проверял на Atlin XP1700(Частота 1466 МГц)

>>Могу предложить либо весь файл по почте либо разбиение раром на части.
У меня канал дохлый.Может быть тогда зальете файл на один из сервисов?
http://rapidshare.de/
или
http://www.sendspace.com/
А мне вышлите на почту ссылку на залитый файл. Я ее отошлю друзьям у которых нормальный канал.Они скачают и конвертнут в DJVU.


>> Да ладно, неужто этот файл десятилетней давности переубедит вашего креациониста?

Этих людей не переубедит ничто. Но они просто издеваются на публикой,
цитата:« Ведь не отказываются от своей веры эволюционисты или "староземельщики" после каждого алмаза со "свежим" С14 или неостывшей "миллионолетней" лавы.»
Это типа шутка такая, типа миллионолетняя порода не может находиться в горячем состоянии...

[вз]

http://rapidshare.de/files/15964320/Forster_1996.pdf.html