Подробности про ЛУКУ.

[Cirill]

возник еще такой вопрос, в одной популярной статье про ЛУКУ прочитал следующее: "при прочих равных, чем больше в геноме плотность информации, тем он древнее, такое вот получается видимое противоречие..." http://www.scorcher.ru/theory_publisher/show_art.php?id=354

Это как? Пояснения в статье были слишком туманны

[Комбинатор]

возник еще такой вопрос, в одной популярной статье про ЛУКУ прочитал следующее: "при прочих равных, чем больше в геноме плотность информации, тем он древнее, такое вот получается видимое противоречие..." http://www.scorcher.ru/theory_publisher/show_art.php?id=354

Это как? Пояснения в статье были слишком туманны

Вообще-то это немного смешно господа, получается, что почти всю информацию про ЛУКА публика черпает из моих популярных статей. Я, как геофизик по образованию и программист по основной профессии, конечно, этому рад, но где же всё таки статьи профессиональных молекулярных биологов?

Что касается процитированного Вами места из мой статьи, то, "на пальцах" это можно объяснить так - у высших организмов (эукариот) в геномах очень много повторяющихся участков ДНК и остатков вирусных геномов  (геном млекопитающих приблизительно на 2/3 состоит из остатков вирусных геномов, а в геномах растений их доля ещё выше). Более подробно этот вопрос обсуждается, например, в 8-ой главе недавно вышедшей книги Кунина "The logic of chance".

[Питер]

Во-первых, LUCA    продолжают  заниматься. Но  -   мало, хотя статьи  выходят. 
Например, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3531223/.  Причина  очень  проста  - все   что касается  LUCA   очень  и  очень  спекулятивно.   Кстати,  из    заключения в  этой  самой  статье: "Inferring likely characteristics of early life forms with any statistical confidence prior to and during the stage of the last universal common ancestor has only recently become a tractable problem. Even so, it is usually not possible to prove the conclusions of studies in this discipline."
Сейчас  идет  очень  быстрый  набор  информации  по    структурам  геномов   самых   разных  видов       живых  существ  и   это  скорее  всего   очень  сильно  изменит  наши  представления  о   разных    формах  жизни  и  их    эволюционных  взаимоотношениях. 

[Комбинатор]

Во-первых, LUCA    продолжают  заниматься. Но  -   мало, хотя статьи  выходят. 
Например, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3531223/.  Причина  очень  проста  - все   что касается  LUCA   очень  и  очень  спекулятивно.   Кстати,  из    заключения в  этой  самой  статье: "Inferring likely characteristics of early life forms with any statistical confidence prior to and during the stage of the last universal common ancestor has only recently become a tractable problem. Even so, it is usually not possible to prove the conclusions of studies in this discipline."

Спасибо за ссылку, данная база данных, несомненно, вещь очень нужная и полезная, хотя она, конечно, лишь инструмент, так что, никаких конкретных выводов о предпологаемом геноме ЛУКА в ней, естественно, нет. 
Несомненно, область весьма спекулятивна, в первую очередь, вследствии трудностей с фальсифицируемостью гипотез (хотя и не всё так уж полностью безнадёжно).  Но, на мой взгляд, лучше уж публиковать (и активно обсуждать!) разные гипотезы, чем вообще закрывать глаза на эту проблему, оправдываясь тем, что "тема спекулятивна".

Сейчас  идет  очень  быстрый  набор  информации  по    структурам  геномов   самых   разных  видов       живых  существ  и   это  скорее  всего   очень  сильно  изменит  наши  представления  о   разных    формах  жизни  и  их    эволюционных  взаимоотношениях. 

Мне кажется, уже меняет, и это как раз является одной из основных причин до обидного малого количества публикаций на эту тему. Выявляется всё больше неожиданных фактов, и на их осмысление и попытки связать в одну непротиворечивую картину требуется время, и, возможно, отход от некоторых догм...

[Питер]

Ну      вот  и  причина  -  зачем спекулировать,  если  завтра  выйдет  статья,   которая  не  оставит  от  этих  спекуляций   никакого   следа ...
Ну  например  можно  спекулировать,   что  нем   было     одного    универсального   LUCA  - их  было как   минимум три,  с  разным  минимальным  геномом.  А  потом     был  мощный  горизонтальный  перенос ...

[Комбинатор]

Ну      вот  и  причина  -  зачем спекулировать,  если  завтра  выйдет  статья,   которая  не  оставит  от  этих  спекуляций   никакого   следа ...

И очень хорошо, если на основе примерно одних и тех же данных будут предложены две различные гипотезы, их объясняющие. А дальше уж пусть научное сообщество само решает, какой гипотезе оно больше доверяет. В этом, по моему, и есть суть науки, а не ошибается, как известно, лишь тот, кто ничего не делает.

Ну  например  можно  спекулировать,   что  нем   было     одного    универсального   LUCA  - их  было как   минимум три,  с  разным  минимальным  геномом.  А  потом     был  мощный  горизонтальный  перенос ...

Возможны, конечно, и такие сценарии, в принципе, они активно обсуждаются. Жалко лишь, что в большинстве случаев дальше абстрактных рассуждений на грани философии подобные гипотезы как правило не идут. Да и логика здесь всё же хромает, имхо. Если указанные три универсальных предка произошли полностью независимо, то откуда взялся горизонтальный перенос у организмов с разным генетическим кодом? А если они, в свою очередь, сами произошли от "истинного" ЛУКА, то по самому его определению именно этот организм и нужно считать последним общим предком всех земных организмов.

[идрис]

Еще надо доказать, что все земные организмы это по настоящему земные организмы.

[Питер]

А это в  общем  не  важно.   Важна  проблема   возникновения  жизни  -    а      где  это  произошло,  вторично.   Точнее,  это  важно   для  оценки    временных  интервалов  и условий  биогенеза.

Комбинатор,      я  просто    пошутил.   Хотя   в  каждой  шутке   есть     доля   шутки   и     возникновение     кода   могло  произойти    на   абиогенной       .  Это  -  еще  не  жизнь,  это    чистая  химия. А  потом  возникли  три    компартмента  и  каждый        развивался     сам  по  себе.  Один   код,  но  разные      варианты  его   использования.  В  общем   можно  много  чего    нафантазировать.

[Комбинатор]

Комбинатор,      я  просто    пошутил.   Хотя   в  каждой  шутке   есть     доля   шутки   и     возникновение     кода   могло  произойти    на   абиогенной       .  Это  -  еще  не  жизнь,  это    чистая  химия. А  потом  возникли  три    компартмента  и  каждый        развивался     сам  по  себе.  Один   код,  но  разные      варианты  его   использования.  В  общем   можно  много  чего    нафантазировать.

Я понимаю, но всё же фантазировать желательно не абстрактно, а на основе уже известных фактов. Например, гомологичность натриевых АТФ-синтетаз, большинства рибосомных белков, РНК-полимераз и ещё массы других внутриклеточных фишек у всех трёх надцарств по моему как то плохо согласуется с разными компартментами...

[Cirill]

возник еще такой вопрос, в одной популярной статье про ЛУКУ прочитал следующее: "при прочих равных, чем больше в геноме плотность информации, тем он древнее, такое вот получается видимое противоречие..." http://www.scorcher.ru/theory_publisher/show_art.php?id=354

Это как? Пояснения в статье были слишком туманны

Вообще-то это немного смешно господа, получается, что почти всю информацию про ЛУКА публика черпает из моих популярных статей. Я, как геофизик по образованию и программист по основной профессии, конечно, этому рад, но где же всё таки статьи профессиональных молекулярных биологов?

Что касается процитированного Вами места из мой статьи, то, "на пальцах" это можно объяснить так - у высших организмов (эукариот) в геномах очень много повторяющихся участков ДНК и остатков вирусных геномов  (геном млекопитающих приблизительно на 2/3 состоит из остатков вирусных геномов, а в геномах растений их доля ещё выше). Более подробно этот вопрос обсуждается, например, в 8-ой главе недавно вышедшей книги Кунина "The logic of chance".

многократно пытался понять, но честно говоря, все таки не дошло, или речь о том, что чем древнее геном, тем больше вероятность, что из него вымоются повторяющиеся участки, сохранится только самое необходимое?

[идрис]

Не так. Чем дальше организм прошел по эволюционному пути, тем большее число вирусов и прочих на него воздействовало. Тем больше в его геноме следов мусора. Тем меньше в нем собственно полезной для организма информации.

[Cirill]

Не так. Чем дальше организм прошел по эволюционному пути, тем большее число вирусов и прочих на него воздействовало. Тем больше в его геноме следов мусора. Тем меньше в нем собственно полезной для организма информации.

т.е. утверждение в статье насчет того, что у более древних геномов выше концентрация информации не верно? или концентрация выше, но не за счет полезной информации?

[идрис]

?! Не понял.

У древних (прошедщих меньший эволюционный путь) в геноме меньше следов разных вирусов и прочего мусора. Соответственно больше собственно генетической информации организма на единицу длины ДНК.

[Cirill]

теперь понятно , я просто невнимательно прочитал ответ и как следствие перепутал утверждения

[Cirill]

т.е. получается, что в ходе времени организмы активно обогащаются новыми качествами (усложняется геном), а как побочный продукт, накапливают всякую дрянь? Или она тоже может пригодиться?

а где можно узнать про вклад вирусов в геном высших? как непосвященному цифра в 2\3, кажется просто невероятной