Неандертальцы и сапиенсы не скрещивались?

[Питер]

Dessa,       мне    Элементы  и   Елена  Неймарк  (при всем к  ней  уважении)  -  не  указ.  Читайте   исходные  статьи   Сванте  Паабо.   Ту самую  статью  в  Science,   на  которой  основана     заметка  на   Элементах.   
Абстракт     этой  статьи
Neandertals, the closest evolutionary relatives of present-day humans, lived in large parts of Europe and western Asia before disappearing 30,000 years ago. We present a draft sequence of the Neandertal genome composed of more than 4 billion nucleotides from three individuals. Comparisons of the Neandertal genome to the genomes of five present-day humans from different parts of the world identify a number of genomic regions that may have been affected by positive selection in ancestral modern humans, including genes involved in metabolism and in cognitive and skeletal development. We show that Neandertals shared more genetic variants with present-day humans in Eurasia than with present-day humans in sub-Saharan Africa, suggesting that gene flow from Neandertals into the ancestors of non-Africans occurred before the divergence of Eurasian groups from each other.

Гены  -   не  равны генетическим  вариантам,   о  которых  пишут  Паабо.

[Dessa]

На элементах же печатается А. Марков. Как же он упустил такие вещи?
Нужно, кстати, пролистать "Эволюцию человека". Что там пишут про полиморфизмы?

[Питер]

Ну  прочитайте  вы  Science.  И  после    этого  все  вопросы  снимутся.   Если  не  сможете  снять   статью  -   напишите,      пришлю.

[vovang]

Dessa,       мне    Элементы  и   Елена  Неймарк  (при всем к  ней  уважении)  -  не  указ.  Читайте   исходные  статьи   Сванте  Паабо.   Ту самую  статью  в  Science,   на  которой  основана     заметка  на   Элементах.   
Абстракт     этой  статьи
Neandertals, the closest evolutionary relatives of present-day humans, lived in large parts of Europe and western Asia before disappearing 30,000 years ago. We present a draft sequence of the Neandertal genome composed of more than 4 billion nucleotides from three individuals. Comparisons of the Neandertal genome to the genomes of five present-day humans from different parts of the world identify a number of genomic regions that may have been affected by positive selection in ancestral modern humans, including genes involved in metabolism and in cognitive and skeletal development. We show that Neandertals shared more genetic variants with present-day humans in Eurasia than with present-day humans in sub-Saharan Africa, suggesting that gene flow from Neandertals into the ancestors of non-Africans occurred before the divergence of Eurasian groups from each other.

Гены  -   не  равны генетическим  вариантам,   о  которых  пишут  Паабо.

Вот перевод текста который вы привели:
"Neandertals, самые близкие эволюционные родственники современных людей, жил в больших частях Европы и западной Азии перед исчезновением 30,000 лет назад. Мы подарил призывную последовательность генома Neandertal, составленного из нуклеотидов более чем 4 биллиона от трех индивидуумов. Сравнения генома Neandertal к геномам пяти современных человек от различных частей света идентифицируют ряд геномных регионов, на которые, возможно, воздействуют положительным выбором у наследственных современных людей, в том числе гены, вовлеченные в метаболизм и в познавательном и скелетном развитии. Мы показываем, что Neandertals разделил более генетические варианты с современными людьми в Евразии, чем с современными людьми в Под-сахарской Африке, предлагая, что поток гена от Neandertals в предках неафриканцев происходил перед расхождением Евразийских групп друг от друга."
Так где написано об этом:
"Гены  -   не  равны генетическим  вариантам,   о  которых  пишут  Паабо."?

[Питер]

Vovavg,  русский  текст  ниже     английского   -  мой.  Посему  в  абстракте   статьи   из Science этого  не  написано.
А  вы  считаете,  что  ген  и  генетический  вариант   -  синонимы  ?  Не    смущает,  что у  одного  гена   могут  быть     десятки  и  сотни  генетических  вариантов  ?   

[Alexy]

Абстракт этой  статьи

Neandertals, the closest evolutionary relatives of present-day humans, lived in large parts of Europe and western Asia before disappearing 30,000 years ago. We present a draft sequence of the Neandertal genome composed of more than 4 billion nucleotides from three individuals. Comparisons of the Neandertal genome to the genomes of five present-day humans from different parts of the world identify a number of genomic regions that may have been affected by positive selection in ancestral modern humans, including genes involved in metabolism and in cognitive and skeletal development. We show that Neandertals shared more genetic variants with present-day humans in Eurasia than with present-day humans in sub-Saharan Africa, suggesting that gene flow from Neandertals into the ancestors of non-Africans occurred before the divergence of Eurasian groups from each other.

Гены  -   НЕ  РАВНЫ генетическим  вариантам,   о  которых  пишут  Паабо

Так чего Вы считаете, что какой-нибудь или даже несколько из упомянутых "генетическихе вариантов" не включают в себя целый ген? Откуда вы берете следующий выделенный жирным вывод?

У   нас    нет   генов   неандертальцев.   есть  некие    варианты   днк,  которые    скорее  всего  имеют  неандертальское  происхождение.  но  нет  ни  одного    гена,  ПОЛНОСТЬЮ   попавшего  в  геном   современного  человека  от  неандертальца.     и  это  -  не    терминологическая   мелочь

[Питер]

Alexey,    большая  просьба  -  прочитайте  все-таки   Сванте  Паабо  в  оригинале.  А  то все  по    анекдоту   -  "Не  нравится  мне  этот  Карузо ..."   Ну  или        приведите  списочек    этих  самых  неандертальских  генов  -  а  то  мужики-то  не  знают.   Можно    не  все  -     хотя  бы     полсотни. 
И  вы  правда  не  понимаете  разницу  между  геном  и  генетическим  вариантом ?   Не  понимаете,  что  один  ген  -  от   промотора   до  сайта  полиаденилирования  - . может  иметь  сотни  генетических   вариантов.  Да,  в  основном   эти  варианты   не  будут   кодирующими  и    будут    скорее  всего      близки  к  нейтральным    -  но   они  будут.

[Alexy]

Я всегда думал, что неработающие гены называются псевдогенами?

А генетические варианты, судя по следующей цитате, - это просто однонуклеотидный полиморфизм

Genetic variant may refer to:
A single-nucleotide polymorphism (SNP), in case it is a common genetic variant
A mutation, in case it is a rare genetic variant
A copy-number variation

И зачем я буду читать статью, если скорее всего там нету ответа на поставленный вами же вопрос о "неких   вариантах   днк,  которые    скорее  всего  имеют  неандертальское  происхождение". Паабо разве прикинул длину заимствованных у неандера непрерывных фрагментов генома (большинство из которых очевидно включает сразу по несколько однонуклеотидных различий, отделенных как друг от друга, так и от концов фрагмента нуклеотидами. не отличающимися у человека и неандера?
Или оценка полученной от неандера доли нашего генома в пресловутые 2 с чем-то процента получена другими исследователями?

[Питер]

А    при  чем  тут  вообще   псевдогены  ?    С  какого   они       переляху  ?   И    правда      -  Карузо     напел.   Хотя  и  анекдота   вы  скорее  всего  не  знаете ...
Вы  лучше  списочек  генов  от  неандера  напишите,  жду.   Статью  могу  прислать  -  если  сами  скачать  не  можете.

[Alexy]

А    при  чем  тут  вообще   псевдогены  ?    С  какого   они       переляху  ?

Понял, вы имели в виду интроны и UTRы

Но тогда и окружающие интрон экзоны с очень большой вероятностью могли быть заимствованы от неандера (если нуклетидная последовательность этих экзонов полностью совпадала с человеческой)?

Но разве Паабо где-то черным по белому пишет, что в кодирующие участки генома не попало ни одного из найденных однонуууклеотидных отличий между человеком и неандером (что такое могло бы быть, не очень верится, ибо при мейозе происходит всреднем лишь один кроссинговер на хромосому)

[Питер]

Алексей,    ну  прочитайте    вы все-таки  статью.    Безумие  что-то  обсуждать,   если  вы  просто  не  знаете  предмета  обсуждения.    Как   говорят в  таких  случаях,  учите  матчасть.   Поймите  что  такое  полиморфизмы  (первый  шаг  вы   уже  сделали),  гаплотипы,      неравновесность  сцепления. 
Вы  любите   про  черным  по  белому   -  так  вот  про  списочек  генов  Паабо  тоже  нигде  не  пишет.    Про  генетические  варианты     пишет,  а  про  гены  -  нет.  Ни  черным  по  белому,  ни  красным  по   желтому.   
А  от  вас    я  списочек  генов     по-прежнему    жду.   Или  признайте,  что      говорить   о  генах  нельзя.

[Alexy]

Вы  любите   про  черным  по  белому   -  так  вот  про  списочек  генов  Паабо  тоже  нигде  не  пишет.    Про  генетические  варианты     пишет,  а  про  гены  -  нет.  Ни  черным  по  белому,  ни  красным  по   желтому

Странно, ведь расположения всех кодирующих (и подозреваемых в кодировании) последовательности генома известны, а он, насколько я понимаю, закартировал все происходящие от нандера SNP. Почему нельзя было просто сопоставить?
Так это Паабо насчитал эти пресловутые 2,5% от всего нашего генома? Или это не его оценка?

[Питер]

Да    просто  потому,   что  при наличии  1    вариабельной     позиции    неандертальского  происхождения  и   10    вариабельных    позицией   сапиентного      происхождение   в  одном  гене    -   ответить  на  вопрос  "чей  ген  невозможно".    Он  гибридный -   какой-то  кусочек    от  неандера,   но  большая  часть  от  сапиенса.    Можно  ли  при  этом  сказать,  что  это  неандертальский  ген  -  даже при  наличии  в  нем  неандертальского  варианта  
Учите   матчасть.    Читайте    Паабо.
А  списочка  генов   я  так и  не   дождусь ...   По  сему  поводу  -   скупая  мужская   слеза  скапливается в  уголке  глаза.
Все,    пока  не         напишите  список  генов  или   хотя  бы  не прочитаете  Паабо в  подлиннике  -  диалог  заканчиваю. 

[Cirill]

Питер, а можно мне заполучить нашумевшую статью Паабо

[vovang]

Киньте хоть ссылку на статью,а то статья,статья.А где она?Поделитесь раз есть