Как определяется возраст генов?

[Алекс C]

Вот к примеру в этой статье http://xn--80aaaar3akw9c.xn--p1ai/vsegoluboglazyelyudiproizoshliotodnogocheloveka говорится о времени когда произошла мутация. Как определяют ее возраст?

[AdmiralHood]

Берут несколько близкородственных современных животных, у которых эта мутация есть, и несколько у которых этой мутации нет. Попарно сравнивают этот ген у тех и других, определяют количество мутаций, которые разделяют эти гены, по средней частоте мутаций определяют время существования общего предка для каждой пары животных. Минимальное время примерно соответствует времени возникновения мутации.

[valeryz2001]

Если речь о статье Айберга http://www.springerlink.com/content/2045q6234h66p744/fulltext.pdf?MUD=MP то там никакого подсчета возраста нет, от фонаря. Вообще возраста считают либо через LD либо по разнообразию участков не рекомбинирующих по крайней мере в выборке на которой основывается исследование.

[valeryz2001]

Берут несколько близкородственных современных животных, у которых эта мутация есть, и несколько у которых этой мутации нет. Попарно сравнивают этот ген у тех и других, определяют количество мутаций, которые разделяют эти гены, по средней частоте мутаций определяют время существования общего предка для каждой пары животных. Минимальное время примерно соответствует времени возникновения мутации.

Буквально таким способом мы получим не возраст мутации а возраст клады включающей все представленные в элайнменте варианты. Тогда следует найти по крайней мере две ветви имеющие мутацию, и различающиеся чем-то еще, затем применив описанный Вами метод.

[AdmiralHood]

Буквально таким способом мы получим не возраст мутации а возраст клады включающей все представленные в элайнменте варианты. Тогда следует найти по крайней мере две ветви имеющие мутацию, и различающиеся чем-то еще, затем применив описанный Вами метод.

Вашим методом получается нижняя граница возраста мутации, а тем, что я описал — верхняя

[valeryz2001]

Буквально таким способом мы получим не возраст мутации а возраст клады включающей все представленные в элайнменте варианты. Тогда следует найти по крайней мере две ветви имеющие мутацию, и различающиеся чем-то еще, затем применив описанный Вами метод.

Вашим методом получается нижняя граница возраста мутации, а тем, что я описал — верхняя

Формально да, так. Но если метод снабжен вменяемым способом получения сигмы то теоретическую верхнюю границу как она описана Вами нередко игнорируют. Представим что клада определяется целым списком мутаций, задача найти ее возраст. Крайне маловероятно что возраст родительской клады будет служить разумной верхней границей для возраста дочерней - это чтобы весь набор мутаций выскочил разом?

На практике сейчас вообще модно запускать ML процедуру на дереве чтобы как-то "подружить" противоречивые датировки соседних ветвей.

[valeryz2001]

ЗЫ: ценность ML особенно заметна когда при применении обычных методов родительская клада оказывается моложе дочерней Кстати типичнейшая фишка Ро-статистик.

[AdmiralHood]

Вот я, например, хочу выяснить, когда появилось 4-камерное сердце. Беру человека и шимпандзэ, у которых 4-камерное сердце наличествует, определяю время существования общего предка — 6+/-1 млн. лет.  Нижнюю границу нашли, сигма известна. И что с того?

[valeryz2001]

Вот я, например, хочу выяснить, когда появилось 4-камерное сердце. Беру человека и шимпандзэ, у которых 4-камерное сердце наличествует, определяю время существования общего предка — 6+/-1 млн. лет.  Нижнюю границу нашли, сигма известна. И что с того?

Зачем только шимпанзе и человека? берите представителей ВСЕХ известных дочерних клад. 2 - только в случае когда есть четкая филогенетическая уверенность что они сходятся к корне.

[Ярослав Смирнов]

Предположим, мы хотим выяснить когда появилось разделение на группы крови.
Рассмотрим варианты когда у нас есть данные по группам крови у понгид, и когда таких данных нет (предположим, истребили их ещё в 18-ом веке).

[Ярослав Смирнов]

Встречал информацию, что многообразие окрасок волос и радужек глаз у человека имеет давность около 850 тысяч лет. Как эта цифра получена? Лично мне представляется что по методике "пол-палец-потолок".

[valeryz2001]

понгиды у Вас прошу прощения это кто, вроде сейчас неоднозначное слово?

[Дж. Тайсаев]

понгиды у Вас прошу прощения это кто, вроде сейчас неоднозначное слово?

видимо Ярослав имел в виду гоминиды

[valeryz2001]

для гоминид впервые считал Ямамото в статье 1995 года, у него человеческие варианты сходятся где-то вскоре после отделения от шимпов.

[Дж. Тайсаев]

для гоминид впервые считал Ямамото в статье 1995 года, у него человеческие варианты сходятся где-то вскоре после отделения от шимпов.

ну не от шимпов, а общих предков, что то вроде Ороррина и Ардипитека