Новая парадигма

[novice]

Биологи не могут рассуждать об эволюции также, как физики рассуждают об эволюции систем, подобных солнечной. Неясно, что в биологии можно назвать центром гравитации, какая сила является аналогом гравитации, нет договоренности о единой метрической системе.

Согласен с Вами. На сегодняшний день не сформулировано отличие между эволюцией живых систем (биология) и функционированием неживых объектов (физика). Пока этого нет, количественно измерять просто нечего... Метод аналогии здесь, на мой взгляд, не работает - это разные плоскости бытия. Это все равно как подбирать аналогии физических законов среди психических процессов. Получается натянуто, двусмысленно, а главное - неприменимо к реальности.

[Сергей]

Дарвин его не видел

Мендель начал свои эксперименты по скрещиванию разных сортов гороха в 1856 году, а вот, что написал Дарвин в 1844:

... в зародышевом пузырьке заложена некоторая способность, удивительно сохраняющаяся во время возникновения бесконечного количества клеток в постоянно меняющихся тканях, пока не образуется часть, на которую она, наконец, с наступлением соответствующего возраста, подействует.
... склонность к появлению заболеваний в определенные периоды жизни может передаваться через зародышевый пузырек различным особям одного и того же семейства.
Ч.Дарвин. Очерки 1844 года. Изд. АН СССР. М-Л.-1939. т.3. с.210-211.

Дарвин писал и о том, что новые мутации (только он их называл, естественно, не "мутациями", а "скачками" (sports)) часто проявляются не у детей, а у внуков. Так что о расщеплении признаков было известно задолго до работ Менделя, его заслуга в том, что он сделал количественные оценки этого эффекта, из которых следовало, что у каждого родителя по две хромосомы.

В другом месте, Дарвин предвосхитил спор генетиков начала 20 века с дарвинистами, сказав, что только мутациями («уродствами») объяснить появление новых признаков нельзя, а механизмов построения живой клетки мы пока не знаем. Сейчас эти механизмы в общих чертах известны, никакого, столь любимого нашими доморощенными ламаркистами, «духа», лично я, например, там не вижу, появление нового определяется простой комбинаторикой на разных уровнях структурной организации живого.

биологи ... не видят инженерных ограничений

А инженеры не понимают, что биологические системы не железные, что блоки биологических систем достаточно мягкие для того, чтобы подстраиваться друг под друга. Истина, как всегда, посередине.

Неясно, что в биологии можно назвать центром гравитации

Эта сила давно известна, называется репликация.

[Игорь Антонов]

У Джеймса Шапиро есть блог в интернете. Последняя тема там как раз связана с обсуждением его книги.

[observer]

Сергей, именно так. По славному Жаку Моно, саморепликаторы ("толерантные" к мутациям) неотвратимо эволюционируют. Все остальное в эволюции (в том числе сама жизнь) следует из саморепликации нуклеопротеидных агрегатов.

И как теперь становится ясно, эволюция саморепликаторов активно обучается (на опыте) приемам и способам формообразования - с последовательным ускорением. Дело определенно идет к аутогенетической теории эволюции, хотя еще совсем недавно аутогенез клеймили как отрыжку идеализма. Ну да, СТЭ - воплощение научного материализма. Тогда как аутогенез - махровый идеализм...

Времена меняются.       

[Ярослав Смирнов]

К вопросу о... Кто в курсе какова функция обратной транскриптазы в растениях?

[Питер]

Observer,   ответьте  на   один  простой   вопрос     -   бактерия   (любая,  пусть  будет  самая  простая E.coli   штамма   К12) умеет  предсказывать  будущее ?   
Это  имеет  самое  прямое  отношение    к  Шапиро.

[novice]

В другом месте, Дарвин предвосхитил спор генетиков начала 20 века с дарвинистами, сказав, что только мутациями («уродствами») объяснить появление новых признаков нельзя, а механизмов построения живой клетки мы пока не знаем. Сейчас эти механизмы в общих чертах известны, никакого, столь любимого нашими доморощенными ламаркистами, «духа», лично я, например, там не вижу, появление нового определяется простой комбинаторикой на разных уровнях структурной организации живого.

Скорее всего, слабы обе позиции.
Ламаркизм, аппелирующий к "духу", нефальсифицируем, т.к. любой аргумент (даже факт абиогенеза) будет интерпретировать как вмешательство того самого "духа".
Дарвинизм, объясняющий все комбинаторикой, нефальсифицируем, т.к. любое необъясненное явление (даже регулярное и крайне маловероятное) будет интерпретировать как случайное стечение обстоятельств.
В силу указанных обстоятельств этот спор формально неразрешим и потому непродуктивен, на мой взгляд.
Настоящим прорывом в науке стало бы открытие нового вида физического/информационного взаимодействия, присущего только живой природе.

[Сергей]

Дарвинизм, объясняющий все комбинаторикой, нефальсифицируем, т.к. любое необъясненное явление (даже регулярное и крайне маловероятное) будет интерпретировать как случайное стечение обстоятельств.
В силу указанных обстоятельств этот спор формально неразрешим и потому непродуктивен, на мой взгляд.
Настоящим прорывом в науке стало бы открытие нового вида физического/информационного взаимодействия, присущего только живой природе.

Не очень понимаю, о чем речь: приведите хотя бы один пример такого «необъясненного явления», для которого потребовалось бы введение «нового вида физического/информационного взаимодействия».

[novice]

Дарвинизм, объясняющий все комбинаторикой, нефальсифицируем, т.к. любое необъясненное явление (даже регулярное и крайне маловероятное) будет интерпретировать как случайное стечение обстоятельств.
В силу указанных обстоятельств этот спор формально неразрешим и потому непродуктивен, на мой взгляд.
Настоящим прорывом в науке стало бы открытие нового вида физического/информационного взаимодействия, присущего только живой природе.

Не очень понимаю, о чем речь: приведите хотя бы один пример такого «необъясненного явления», для которого потребовалось бы введение «нового вида физического/информационного взаимодействия».

В том то и проблема, что любое явление может быть объяснено стечением обстоятельств (игрой случая). Опровергнуть это утверждение в принципе невозможно, т.к. даже если будет открыт новый закон, уточняющий или опровергающий ЕО, любое отдельно взятое биологическое явление легко списать на случайность. Возможно, критерий Поппера как раз для таких случаев.
Например, все лососи находят дорогу в родные нерестилища, пользуясь такими-то и такими-то  органами чувств/инстинктами, но вот именно этот конкретный рассматриваемый лосось совершенно случайно заплыл в это конкретное нерестилище. И возразить будет абсолютно нечего, т.к. кто ж его знает, может, действительно, именно этот лосось не пользовался никакими врожденными умениями, а плыл по наитию.
Тем более, это справедливо, когда речь идет о редко наблюдаемых явлениях, таких, как появление жизни на Земле.
Как можно опровергнуть утверждение, что усложнение живых систем в процессе эволюции  случайно? Да никак, хотя эта случайность происходит на протяжении 3,5 млрд.лет.
На мой взгляд, объяснение чего-либо случайностью равносильно незнанию возможной закономерности.

[AdmiralHood]

К вопросу о... Кто в курсе какова функция обратной транскриптазы в растениях?

1) Никакой функции, просто следствие заражения растения РНК-вирусом.
2) При помощи обратной транскриптазы транспозоны (используя РНК как промежуточный агент) прыгают из одного места ДНК в другое. По большому счёту, это вариант пункта 1, т.к. транспозоны - это и есть вирусы, когда-то в древности прописавшиеся в ДНК и нашедшие себе применение.
3) Некоторые важные ферменты являются по сути обратными транскриптазами, т.к. действуют при посредничестве РНК. Например, теломераза. И это, опять-таки, очень отдалённое следствие п. 1.

[AdmiralHood]

Ламаркизм, аппелирующий к "духу", нефальсифицируем, т.к. любой аргумент (даже факт абиогенеза) будет интерпретировать как вмешательство того самого "духа".
Дарвинизм, объясняющий все комбинаторикой, нефальсифицируем, т.к. любое необъясненное явление (даже регулярное и крайне маловероятное) будет интерпретировать как случайное стечение обстоятельств.
В силу указанных обстоятельств этот спор формально неразрешим и потому непродуктивен, на мой взгляд.

Между «духом» и «комбинаторикой» есть одно принципиальное различие. «Духа» привлекают для того, чтобы объяснить некую целенаправленность  и даже «разумность» эволюции. И действие духа ПМЛМ как раз должно заключаться в значительном отклонении вероятности определённых событий от среднестатистических. Понятно, что «духу» закон не писан, и никто не может ему помешать на каждом шагу бросать монетку. Но нафих тогда он нужен в качестве биологической парадигмы,  когда есть «комбинаторика»?

В своё время я был очень впечатлён статейкой некоего господина с дорогой для русского сердца фамилией Ленский :~)  Этот чёрт в университете шт. Мичиган в течение 50000 поколений исследовал (и до сих пор, наверное, исследует) 12 популяций кишечной палочки. Через каждое определённое количество поколений образцы из каждой популяции на случай какой-то необходимости замораживались, для некоторых поколений полностью секвенировался геном.

Сравнение геномов популяций-потомков с исходными популяциями дало вполне предсказуемый результат. По статистике с учётом интенсивности мутаций в среднем мутация произошла в каждом нуклеотиде более 1 раза (т.е. было, грубо говоря, 4 с лишним миллиона различных мутаций). Из них закрепилось всего лишь около 100 мутаций, из которых 80-90% были нейтральными.

Было несколько забавных (я бы сказал, принципиальных) мутаций. Одна из мутаций повредила белок-репаратор, за счёт чего интенсивность мутаций резко возросла, и эта мутация закрепилась в геноме. Вторая мутация позволила палочке жрать  цитрат натрия, который в питательной среде играл роль сугубо вспомогательную (обычная палочка хавала глюкозу).

В общем, не вижу оснований подозревать какую-то целенаправленную деятельность.  Так что, думаю, фальсифицируемость дарвиновской концепции случайных мутаций, по крайней мере для кишечной палочки, сомнений не вызывает.

Настоящим прорывом в науке стало бы открытие нового вида физического/информационного взаимодействия, присущего только живой природе.

Вот в этом вы правы. Дело осталось за малым – открыть.

[observer]

Питер, известно, что колония бактерий обучается на опыте и модифицирует свое поведение - по обстоятельствам. Однако у Дж.Шапиро речь не о поведении организмов, а о целесообразной реорганизации их геномов. Не исключено, что с каким-то антиципированием предстоящих изменений среды обитания - в порядке экстраполяции. Дерзкий разрыв с традицией дарвинизма - с переходом на позиции
аутогенеза.

Но при всей научной смелости, Дж.Шапиро не свободен от типового в эволюционннойбиологии "организменного" подхода. С точки зрения, так сказать, "интересов" организмов: выживание и т.д. Полагаю, дело обстоит иначе. Бери выше: "интересы" самопроизвольной эволюции в целом. У тупых саморепликаторов (геномов) нет ровно никаких "интересов". Но поток мириадов саморепликаторов приобретает необычные системные свойства, каких нет у отдельного генома. Так, толпа ведет себя совсем иначе, нежели отдельные люди. Единичный нейрон - обычный битовый переключатель, а вот нейронная сеть как система способна на многое.

И эволюция саморепликаторов как системное целое обучается (на опыте) приемам и способам формообразования в хаотической среде. Эволюция саморепликаторов овладевает приемами и способами экстраполяции изменений среды - все более тонкими. И ответ на вопрос такой: бактериальная особь (и даже целая колония) не умеет предвидеть. Тогда как эволюция саморепликаторов развивает способности к предвидению и к действиям на опережение. Ничего такого - проза материализма. Букаф много, но ведь не все удается выразить в двух словах.

[observer]

novice, живая природа ставит столь трудные вопросы, что наука в отчаянии ищет какие-то новые виды физического/информационного взаимодействия. Хотя вполне достаточно уже известных, но втянутых в необычный процесс. Не умножай сущности без необходимости! Ньютоновская физика (совместно с термодинамикой) при гравитационном коллапсе гигантских газопылевых облаков дает удивительный результат в виде чрезвычайно сложно устроенных звездно-планетных систем. А порой и "черных дыр"...

Обыкновенные физико-химические взаимодействия (без всякой квантовой мутоты), будучи вовлечены в своеобразный процесс саморепликации нуклеотидных полимеров, дают поразительный системный эффект. Запускается самопроизвольная эволюция, наделенная способностью к обучению на опыте. Мало того, эволюция "стремится", она целеустремлена. А разве иначе эволюция живого могла породить те чудеса, какие мы наблюдаем? И нас, любимых...

Крайне просто: вы станете смеяться, когда увидите. Козьма Прутков учил: "Зри в корень!" Надо копнуть чуть глубже, а не скользить (как СТЭ) по поверхности явлений. Суть дела не в "борьбе за существование" и не в фантоме естественного отбора, а в саморепликации.

[novice]

В общем, не вижу оснований подозревать какую-то целенаправленную деятельность.  Так что, думаю, фальсифицируемость дарвиновской концепции случайных мутаций, по крайней мере для кишечной палочки, сомнений не вызывает.

Если правильно понял, палочка жила в благоприятной среде. Значит, ламаркист бы сказал, что внешние условия не стимулировали палочку для адаптации путем мутагенеза, и частота мутаций была на уровне средней погрешности репликации. Что сказал бы дарвинист, Вы хорошо изложили.
Следует ожидать, что частота мутаций в неблагоприятной среде будет большей, чем в благоприятной. По крайней мере, если Шапиро не ошибается, шоковая перестройка генома (genome shock) у простейших запускается как раз в стрессовых ситуациях.
Целенаправленную деятельность предлагаю вообще не рассматривать, так можно спорить бесконечно. Целеполагание, наверное, скорее философский вопрос. А мы здесь, как Вы ранее заметили, обсуждаем вполне конкретные вещи.

[observer]

Если априори отбросить целенаправленную деятельность, понять в эволюции живого ничего не удастся. Зуб даю. Теоретики-эволюционисты до сих пор не осознают, со сколь необычным явлением природы имеют дело - и перебиваются банальностями дарвинизма. А чтобы понять, как на самом деле, придется пересмотреть кой-какие устоявшиеся представления.

Саморепликация - в общем-то нехитрый процесс, но крайне необычный. Никто (даже деятели СТЭ) уже не отрицает, что саморепликация лежит в основе эволюции живого - как "подстилающий" процесс. А живое есть не что иное, как способ существования полинуклеотидных саморепликаторов. Общее место.

Но разве кто-нибудь пытался выявить свойства своеобразного процесса? Никогда. Поэтому-то теория эволюции живого и топчется на месте. И не сдвинется - до тех пор, пока...