систематика гоминидов

[langust]

В контексте данного обсуждения - это специализация к той или иной пище, тому или иному климату, тому или иному характеру физических нагрузок. Изменился климат, изменился характер пищи и физических нагрузок и очень быстро изменится митохондриальная ДНК.

Круто... . А как с доказательствами?

[langust]

...тот же неандерталец является одним из предков не только внеафриканского, но и африканского населения.

Доказательства - в студию!

[Ярослав Смирнов]

Круто... . А как с доказательствами?

Хм... Если бы я считал, что атеистам можно что-либо доказать (в строгом смысле этого слова), я бы не чесал пальцы на форуме в обсуждении тех или иных деталей антропогенеза, а куда более серьёзные вещи объяснял. Доказательства чего именно Вам нужны? Того, что мутации в кодирующей или регуляторной ДНК могут приводить к изменению функций тех или иных белков? Того, что митохондрии являются "энергетическими станциями" почти всех клеток организма? Того, что "вредность" или "полезность" зависят от конкретных условий окружающей среды? Что нарушения метаболизма глюкозы менее вредны при преимущественно животной пище, и более вредны - при преимущественно растительной пище? Что арктический климат (при вероятном отсутствии огня, толкового жилья или хорошей одежды) предъявляет несколько более другие требования к метаболизму, нежели климат тропический (наличие огня, хорошей одежды и жилья)?
Некоторый свет на данный вопрос могло бы пролить моделирование функции неандертальской мтДНК. Т.е. если бы, вдруг, по какой-то причине (лично мне этот вариант представляется маловероятным) генетики подошли бы к анализу неандертальской мтДНК не формально, а с желанием разобраться в её функциональных особенностях, или, точнее, в функциональных особенностях кодируемых ей ферментов - было бы, конечно, клёво. Интересно было бы взглянуть на биохимию гиперарктического человека. Предполагаю, что мы бы узнали много нового и интересного об экологии неандертальцев. Но, по вполне очевидным причинам, генетикам этот вопрос не интересен - куда проще рисовать деревья исходя из заведомо ошибочных предположений о единой скорости мутаций в мтДНК и отсутствии отбора.

Впрочем, я готов-таки несколько порыться в сети в поисках необходимых Вам доказательств, если Вы продемонстрируете их необходимый уровень на примере доказательства адаптивного характера изменения цвета кожи и телосложения в зависимости от климата и уровня инсоляции.
   

[Ярослав Смирнов]

Доказательства - в студию!

Относительно доказательств я уже говорил... А так - для начала давайте дождёмся ответа известного антрополога относительно возможного внешнего облика тропических потомков неандертальцев.

[Ярослав Смирнов]

Не так. Это вы докажите, что некодирующие участки гипервариабельной части мт-ДНК выполняют конкретные "жизненно важные функции". Следуя вашему стилю, укажите какие это функции и как происходит отбор.

Для начала укажите этот "участок". Ткните пальцем - "от сих и до сих". А там я пороюсь в литературе, дам Вам ответ. Что касается чрезвычайно плотной упаковки значимой информации в мтДНК, то о ней говорит в том числе и отсутствие стоп-кодонов в конце многих генов...

[langust]

Некоторый свет на данный вопрос могло бы пролить моделирование функции неандертальской мтДНК. Т.е. если бы, вдруг, по какой-то причине (лично мне этот вариант представляется маловероятным) генетики подошли бы к анализу неандертальской мтДНК не формально, а с желанием разобраться в её функциональных особенностях, или, точнее, в функциональных особенностях кодируемых ей ферментов - было бы, конечно, клёво. Интересно было бы взглянуть на биохимию гиперарктического человека. Предполагаю, что мы бы узнали много нового и интересного об экологии неандертальцев. Но, по вполне очевидным причинам, генетикам этот вопрос не интересен - куда проще рисовать деревья исходя из заведомо ошибочных предположений о единой скорости мутаций в мтДНК и отсутствии отбора.

Ууууу... какие! Выразим генетикам общественное порицание: Уууууу сссс....!

Впрочем, я готов-таки несколько порыться в сети в поисках необходимых Вам доказательств, если Вы продемонстрируете их необходимый уровень на примере доказательства адаптивного характера изменения цвета кожи и телосложения в зависимости от климата и уровня инсоляции.

Доказательства необходимы не мне, а для ваших "нетрадиционных" взглядов... .

[langust]

Не так. Это вы докажите, что некодирующие участки гипервариабельной части мт-ДНК выполняют конкретные "жизненно важные функции". Следуя вашему стилю, укажите какие это функции и как происходит отбор.

Для начала укажите этот "участок". Ткните пальцем - "от сих и до сих". А там я пороюсь в литературе, дам Вам ответ. Что касается чрезвычайно плотной упаковки значимой информации в мтДНК, то о ней говорит в том числе и отсутствие стоп-кодонов в конце многих генов...

http://traditio-ru.org/wiki/%D0%93%D0%B8%D0%BF%D0%B5%D1%80%D0%B2%D0%B0%D1%80%D0%B8%D0%B0%D0%B1%D0%B5%D0%BB%D1%8C%D0%BD%D1%8B%D0%B9_%D1%81%D0%B5%D0%B3%D0%BC%D0%B5%D0%BD%D1%82

Гипервариа́бельный сегме́нт (HVR)[1][2] — область или регион части ядерной ДНК или D-петля в митохондриальной ДНК (Мт-ДНК), в которой пары оснований из нуклеотидов повторяются (в случае с ядерной ДНК) или заменены (в случае с митохондриальной ДНК). Изменения или повторения в гипервариабельных сегментах весьма полиморфичны. По генетическим мутациям, накапливаемым в этих сегментах и повторяемых из поколения в поколения со строго определёнными местоположениями в цепочках, определяют гаплогруппы исследуемого субъекта.

Поскольку D-петля Мт-ДНК не содержит кодирующих последовательностей, мутации в ней не приводят к значительным изменениям функциональности клетки и организма в целом: по-видимому именно это качество демонстрирует повышенность частоты мутаций этих сегментов по сравнению с другими частями генома. Особенно активно мутируют два гипервариабельных сегмента D-петли, получивших наименование HVR1 и HVR2, то-есть — «первый» и «второй» гипервариабельный сегмент. Следовательно, именно эти два участка представляют наибольший интерес для исследований в ДНК-генеалогии, поскольку — в связи с высокой мутабильностью, можно обнаружить наибольшую степень различий и последовательностей у разных родственных групп людей.

[Ярослав Смирнов]

Ууууу... какие! Выразим генетикам общественное порицание: Уууууу сссс....!

Зачем? Работают люди в меру своих возможностей. Так сказать, "протонаука в стадии накопления первичных данных и формирования заведомо ошибочных гипотез". Как алхимия или астрология в своё время. Может быть, лет через 200-300 что-то приличное и выйдет.

Доказательства необходимы не мне, а для ваших "нетрадиционных" взглядов... .

И ещё раз - доказательства чего именно нужны? Того, что к митохондриям (и не только к ним) людей из мамонтовой тундростепи отбор предъявлял требования несколько отличные от тех, что он предъявлял жителям тропических лесов?

[langust]

Зачем? Работают люди в меру своих возможностей. Так сказать, "протонаука в стадии накопления первичных данных и формирования заведомо ошибочных гипотез". Как алхимия или астрология в своё время. Может быть, лет через 200-300 что-то приличное и выйдет.

Тогда хором пожалеем "протонауку" бывшую продажную девку инспериализма и ее представителей - алхимиков генетиков. Бедные, бедные... . Погрязли в "заведомо ошибочных гипотезах" и в прочем "мусоре"... .

И ещё раз - доказательства чего именно нужны? Того, что к митохондриям (и не только к ним) людей из мамонтовой тундростепи отбор предъявлял требования несколько отличные от тех, что он предъявлял жителям тропических лесов?

А в голову не приходило, что кроме нескольких тысяч пар нуклеотидов, есть еще три миллиарда пар ядерного генома... .  

[Ярослав Смирнов]

Гипервариа́бельный сегме́нт (HVR)[1][2] — область или регион части ядерной ДНК или D-петля в митохондриальной ДНК (Мт-ДНК), в которой пары оснований из нуклеотидов повторяются (в случае с ядерной ДНК) или заменены (в случае с митохондриальной ДНК).

Принял. Вас интересуют функции Д-петли. И ещё раз цитирую:
[qoute]Этот район содержит участки, отвечающие за процессы инициации репликации и транскрипции: точку инициации репликации (Он), сайты связывания транскрипционного фактора mtTF, промотор легкой цепи (Р(_), два промотора тяжелой цепи (РН) и Рш).[/quote]
http://vivovoco.rsl.ru/VV/JOURNAL/NATURE/06_02/MITO.HTM

В митохондриях общее число молекул с D-петлей значительно превышает число полностью реплицирующихся молекул. Обусловлено это тем, что у D-петли есть дополнительные функции — прикрепление мтДНК к внутренней мембране и инициация транскрипции, поскольку в этом районе локализованы промоторы транскрипции обеих цепей ДНК.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1084112/

During replication, mitochondrial DNA (mtDNA) takes on a triple-stranded structure called a D-loop. Although their physiological roles are not understood, D-loops are implicated in replication and transcription of mtDNA. Little is known about the turnover of D-loops. [...]
To meet energy demands, maintenance of the mtDNA copy number is important. However, it has not been elucidated fully how copy number is maintained. Clearly, replication of mtDNA could play a central role in the maintenance of copy number. Replication of mtDNA is initiated by synthesis of the heavy strand and proceeds to displace the parental heavy strand. Synthesis frequently terminates ~700 bp downstream, giving rise to 7S DNA (D-loop strand). This premature termination produces a characteristic triple-stranded structure, called the D-loop (Kasamatsu et al., 1971). Although the precise function of mitochondrial D-loops is not known, D-loops are assumed to be involved in regulating mtDNA replication. A Parkinsonism-causing toxin, 1-methyl-4-phenylpyridium ion (MPP+), accumulates at levels of up to 20 mM in mitochondria in vivo (Ramsay and Singer, 1986) and inhibits mtDNA replication (Miyako et al., 1997). This inhibition results from the destabilization of D-loops (Umeda et al., 2000), which suggests that D-loop stability is involved in the regulation of replication.

А вот и статья по свидетельствам различного давления естественного отбора на Д-петлю в мтДНК.
http://mbe.oxfordjournals.org/content/25/12/2759.long

A combined effect of functional constraints and random mutational events is responsible for the sequence evolution of the human mitochondrial DNA (mtDNA) control region. Most studies targeting this noncoding segment usually focus on its primary sequence information disregarding other informative levels such as secondary or tertiary DNA conformations. In this work, we combined the most recent developments in DNA folding calculations with a phylogenetic comparative approach in order to investigate the formation of intrastrand secondary structures in the human mtDNA control region. Our most striking results are those regarding a new cloverleaf-like secondary structure predicted for a 93-bp stretch of the control region 5′-peripheral domain. Randomized sequences indicated that this structure has a more negative folding energy than the average of random sequences with the same nucleotide composition. In addition, a sliding window scan across the complete mitochondrial genome revealed that it stands out as having one of the highest folding potential. Moreover, we detected several lines of evidence of both negative and positive selection on this structure with high levels of conservation at the structure-relevant stem regions and the occurrence of compensatory base changes in the primate lineage.

[Ярослав Смирнов]

А в голову не приходило, что кроме нескольких тысяч пар нуклеотидов, есть еще три миллиарда пар ядерного генома... . 

Приходило. И никто не спорит с их важностью для естественного отбора. Но пока, вроде бы как никто и не берётся строить те или иные "деревья" по ядерному геному, так что пока и критиковать там нечего. Будут данные - будем смотреть.

[langust]

Этот район содержит участки, отвечающие за процессы инициации репликации и транскрипции: точку инициации репликации (Он)

Вотыменна - "некоторые"... .

[langust]

А в голову не приходило, что кроме нескольких тысяч пар нуклеотидов, есть еще три миллиарда пар ядерного генома... . 

Приходило. И никто не спорит с их важностью для естественного отбора. Но пока, вроде бы как никто и не берётся строить те или иные "деревья" по ядерному геному, так что пока и критиковать там нечего. Будут данные - будем смотреть.

Значица, "пока никто не берется", то и будем валить все на мт-ДНК... . Великую и могучую!

[chief]

Ууууу... какие! Выразим генетикам общественное порицание: Уууууу сссс....!

Зачем? Работают люди в меру своих возможностей.

Поучите их, убогих, поучите.

Так сказать, "протонаука в стадии накопления первичных данных и формирования заведомо ошибочных гипотез". Как алхимия или астрология в своё время. Может быть, лет через 200-300 что-то приличное и выйдет.

Надо, чувствую, пополнить список оффтопиков.

[Ярослав Смирнов]

Надо, чувствую, пополнить список оффтопиков.

А что именно запретим? Обсуждение генетических данных вообще, или только границ применимости тех или иных методов?