Код Меклера-Идлис

pavel · января 22, 2006, 22:10:55

У меня вопрос к специалистам. Насколько работоспособны закономерности предложенные Меклером и Идлис - см. статью "Общий стехиометрический код - путь к биотехнологии и универсальной медицине 21 века" в журнале Природа №5 за 1993 год. Каково мнение специалистов в этой области. :?: :?: :?:

Питер · января 23, 2006, 10:52:34

Оно не работает. Были попытки сделать экспериментальную проверку меклеровского алгоритма предсказания 3d структуры белков - но от них он всегда уходил. Свернутые им структуры всегда появлялись ПОСЛЕ рентгена. И никогда ДО - хотя ему это предлагали.
Говорил красиво, зажигательно и очень убелительно.

Gilgamesh · января 23, 2006, 13:17:38

А это вообще про что?

Вопрошающий · января 23, 2006, 15:00:26

Меклер .Меклер .... А не тот ли это Меклер ,что носился с идеей экстракорпорального синтеза противораковых антител ? В начале 70х гг. ? Выяснилось ,что это афера - нам на пат.физе рассказывали. После он уехал в Израиль. Если это тот самый персонаж ,то скорей всего опять за старое взялся...

Константин Виолован · января 23, 2006, 15:22:58

http://www.zavtra.ru/cgi/veil/data/zavtra/00/350/62.html
http://nanoworld.pointclark.net/01/DATA/IMAGES/BOOKS/MEKLER/index.htm

pavel · января 23, 2006, 17:47:55

Питер
Даже если после рентгена – сами то закономерности работали или нет? В «Природе» утверждается что работали.

Вопрошающий
Это по всей видимости он. Я встречал в Интернете информацию что он попал там в Израиле в прескверную историю.

Питер · января 23, 2006, 22:18:28

Павел. в том и суть, что проверки не было. Меклер очень красиво крутил форму из полосок бумаги - но вот от проверки уходил. Раасказывал, что вот он месяц назад белочек свернул - а тут и статья с структурой, и все как у него. А вот чтобы наоборот - сначала свернул, всем показал - а потом статья - таки не было такого. И главное - алгоритма нет, боляся что сопрут-с.

pavel · января 23, 2006, 23:07:00

Питер
Интересен вопрос не о личности Меклера. Интересно идея мертвая или нет. Константин дал ссылку на статью в природе http://nanoworld.pointclark.net/01/DATA/IMAGES/BOOKS/MEKLER/index.htm
Там есть и картинки и текст. Есть и комментарии маститых ученых и до и после статьи, которые не исключают верность выдвигаемых положений, даже говорят что сходится кое что. Идея мертвая или нет – вот в чем вопрос?

Питер · января 23, 2006, 23:50:47

Идея - мертвая. Там ничего нет. Свернуть белок можно - хотя и не с супер высокой точностью, алгоритмы есть и ищутся. Но они идут не от идей Меклера.

Питер · января 23, 2006, 23:51:20

Идея - мертвая. Там ничего нет. Свернуть белок можно - хотя и не с супер высокой точностью, алгоритмы есть и ищутся. Но они идут не от идей Меклера.

Alexy · февраля 08, 2006, 21:22:50

Аминокислоты делятся по принадлежности к "одной и той же компоненте связности графа А-A-кода" на три группы:
1)M, H, V,Y,N,D,I
2)Q, L, E, K, F
3)W, P, R, S, G, A, T, C
По Меклеру связи при образовании третичной структуры белка могут образовывать только аминокислоты из одной и той же группы.

Разве расположение связей, определяющих третичную структуру, и пространственное прилегание друг к другу аминокислот не могут быть проверены экспериментально?
Наблюдаются ли в реальных белках связи между аминокислотами разных групп?

Питер · февраля 09, 2006, 10:30:04

Проверить можно. У нас белковики пробовали - ничего статистически значимого нет. И что вы понимаете между связями ?
Плюс к этому алгоритм у Меклера не так прост, но в деталях его знает только автор.

Alexy · февраля 09, 2006, 12:45:06

Можно прооверить так:
если два участка белковой цепи (в одном из которых находятся АК-ты только из одной группы, а в другом из другой) прилегают друг к другу пространственно, то значит там существуют связи "не по Меклеру".

При такой проверке могла бы быть опровергнута (или нет) обнародованная часть алгоритма Меклера (приведена в моем предыдущем сообщении).
(Ведь неизвестные детали алгоритма Меклера состояли в уточнении, какие пары аминокислот, из пар, удовлетворяющих обнародованным правилам, будут образовывать связь в нативной структуре белка.)

Т.е для опровержения достаточно одного негативного примера.

Питер · февраля 09, 2006, 14:02:44

Опять вопрос о терминах. Что такое прилегают ? На каком расстоянии мы будем считать, что эти прилегание - а вот это уже нет ?

Alexy · февраля 27, 2006, 00:36:14

Цитата: "Питер"На каком расстоянии мы будем считать, что это прилегание - а вот это уже нет ?

Можно обойтись без определения прилегания.
Искусственно создавать АК-ные последовательности трех видов - так чтобы в один искусствееный белок входили аминокислоты одной из трех групп.
Если между белками разных групп происходит слипание, то значит там существуют связи "не по Меклеру".