Анализ карт распространения генотипов человека

[идрис]

Попались в руки карты составленные J.D. MacDonald, 2005. Там есть распределение гаплогрупп по Y хромосоме и в МТ ДНК. Анализировать их можно долго.

Но ряд выводов можно сделатб уже сейчас. В частности интересные по Америкам. Среди носителей игреков есть два варианта - люди с вариантом С и вариантом Q. Последний возник относительно недавно. Ближайщая по происхождению гаплогруппа это широко развитая в Европе и Индии группа R, она правда возникла сразу после Q. Вариант С это один из первых вариантов (третий) который вообще возник у людей. Также заметно, что в Мексике и южнее есть только носители варианта Q. То есть других вариантов там нет.

Но если посмотреть на митохондриальную ДНК, то получается потрясающая картина. В Южной Америке есть несколько вариантов генотипов передатчиков митохондрий (Женщин). На крайнем юге (Патагония) есть два варианта C и D. Они близки между собой. Чуть севернее Патагонии появляется вариант В. Особенно много его у современных жителей полосы Перу-Мексика. Показательно, что вариант митохондриальной ДНК - В, носят 99% жителей островов Тихокого океана (полинезии). Этот вариант чуть моложе, но тоже из древних. В Северной Америке появляются носители двух близкородственных вариантов А и Х. Но эти варианты также не из последних.

Фактически мы имеем радикальное противоречие. То есть 100% генов из игрек хромосомы жители Америки получили от относительно молодой группы. При этом носителей митохондриальной ДНК молодых групп нет. То есть мы имеем очевидный пример стопроцентной элиминации носителей игрек хромосом в Америке. Особенно в Мексике и южнее. При чем потрясающе то, что пришедщие носители игреков не имели с собой ни одной передатчицы митохондрий. Они просто элиниминировали местные варианты игреков и продолжили размножение с передатчиками митохондрий.

А еще зачем то на Мэла Гибсона с его "Апокалипто" бочку катят ))

[Ярослав Смирнов]

Попались в руки карты составленные J.D. MacDonald, 2005. Там есть распределение гаплогрупп по Y хромосоме и в МТ ДНК. Анализировать их можно долго.

Но ряд выводов можно сделатб уже сейчас. В частности интересные по Америкам. Среди носителей игреков есть два варианта - люди с вариантом С и вариантом Q. Последний возник относительно недавно. Ближайщая по происхождению гаплогруппа это широко развитая в Европе и Индии группа R, она правда возникла сразу после Q. Вариант С это один из первых вариантов (третий) который вообще возник у людей. Также заметно, что в Мексике и южнее есть только носители варианта Q. То есть других вариантов там нет.

Но если посмотреть на митохондриальную ДНК, то получается потрясающая картина. В Южной Америке есть несколько вариантов генотипов передатчиков митохондрий (Женщин). На крайнем юге (Патагония) есть два варианта C и D. Они близки между собой. Чуть севернее Патагонии появляется вариант В. Особенно много его у современных жителей полосы Перу-Мексика. Показательно, что вариант митохондриальной ДНК - В, носят 99% жителей островов Тихокого океана (полинезии). Этот вариант чуть моложе, но тоже из древних. В Северной Америке появляются носители двух близкородственных вариантов А и Х. Но эти варианты также не из последних.

Фактически мы имеем радикальное противоречие. То есть 100% генов из игрек хромосомы жители Америки получили от относительно молодой группы. При этом носителей митохондриальной ДНК молодых групп нет. То есть мы имеем очевидный пример стопроцентной элиминации носителей игрек хромосом в Америке. Особенно в Мексике и южнее. При чем потрясающе то, что пришедщие носители игреков не имели с собой ни одной передатчицы митохондрий. Они просто элиниминировали местные варианты игреков и продолжили размножение с передатчиками митохондрий.

А еще зачем то на Мэла Гибсона с его "Апокалипто" бочку катят ))

Пока не показано функциональное различие генов в данных гаплогруппах - разговор вообще ни о чём. Может быть, в Y-хромосоме записана устойчивость к какой-то южноамериканской инфекции, или в мтДНК есть гены, обуславливающие более качественную работу митохондрий в условиях той или иной диеты, содержании О_2 в воздухе, или физических нагрузок.

[идрис]

Я просто не совсем четко понимаю, но по моему те участки хросом в которых проводится анализ и выделение мутировавщих маркеров, по мутациям собственно и проводится выделение галлогрупп, относятся к биологической "мусорной" части ДНК. То есть той части которая важной биологической информации не несет.

Например по носителям митохондриальной ДНК (Женщинам). На большей части Африки есть носители вариантов L1, L2, L3 то есть самых первых мутаций. Очевидна и причина этого - никаких миграций женщин в эту часть не было. И там живут носители самых первых мутаций. Естественно все последующие мутации среди них отсутствуют.

В случае с игреками и Америкой. Повторюсь 99% всех мужчин начиная от пустынь Невады, через джунгли Амазонии до тундры Огненной Земли имеют гаплотип Q. А например среди всех индейцев Северной Америки условно говоря даже у эскимосов Гренландии этот тип Q носят 90% и более. То есть природные условия не просто разные, а разнообразнее не придумаешь.

Условно говоря генетически все эти люди отличаются меньше чем русские из пскова от русских из новгорода

[DNAoidea]

хм, да уж, предподожить устойчивость к какой-то болезни да ещё и сугубо латино-американской - весьма смело мягко говоря, прежде всего потому, что тогда неопнятно как такую устойчивость будут обретать женщины, а сохранять их важнее для популяции... да и генов на Y-хромосоме кот наплакал (если не ошибаюсь что-то около дестяка).
но во сколько именно оценивается возраст этой группы? ведь заселение Южной Америки произошло не так уж давно вроде бы (видел цифру с 13 тыс лет), так может и заселена она была очень узкой группой людей, среди которых и осталась Y-хромосома только одного человека (прочие потерялись, ведь не трудно)

[Ярослав Смирнов]

Я просто не совсем четко понимаю, но по моему те участки хросом в которых проводится анализ и выделение мутировавщих маркеров, по мутациям собственно и проводится выделение галлогрупп, относятся к биологической "мусорной" части ДНК. То есть той части которая важной биологической информации не несет.

А вот в мтДНК нет "мусорной части". Т.е. вообще нет. Есть два некодирующих участка - D-кольцо и ещё что-то, а всё остальное - участки кодирующие. Да и некодирующие участки принимают участие в регуляции деятельности генов.

Например по носителям митохондриальной ДНК (Женщинам). На большей части Африки есть носители вариантов L1, L2, L3 то есть самых первых мутаций. Очевидна и причина этого - никаких миграций женщин в эту часть не было. И там живут носители самых первых мутаций. Естественно все последующие мутации среди них отсутствуют.

В случае с игреками и Америкой. Повторюсь 99% всех мужчин начиная от пустынь Невады, через джунгли Амазонии до тундры Огненной Земли имеют гаплотип Q. А например среди всех индейцев Северной Америки условно говоря даже у эскимосов Гренландии этот тип Q носят 90% и более. То есть природные условия не просто разные, а разнообразнее не придумаешь.

Условно говоря генетически все эти люди отличаются меньше чем русские из пскова от русских из новгорода

Гм. Во-первых, речь идёт только об Y-хромосоме, а это далеко не вся генетика. Ядерные гены надо смотреть. Уточнив функцию и регуляцию экспрессии каждого. Для каждого создать базу аллелей. Расписать таблички кроссинговера. А уж затем, рассмотрев взаимное влияние тех или иных аллелей генов друг на друга, смотреть на их проявление в фенотипе, коий образуется от взаимодействия генотипа и конкретной окружающей среды. Вот тогда можно будет о чём-то говорить. А пока это всё ближе к средневековой астрологии - сбор средств на жизнь и научную деятельность ненаучными методами.

[Ярослав Смирнов]

хм, да уж, предподожить устойчивость к какой-то болезни да ещё и сугубо латино-американской - весьма смело мягко говоря, прежде всего потому, что тогда неопнятно как такую устойчивость будут обретать женщины, а сохранять их важнее для популяции... да и генов на Y-хромосоме кот наплакал (если не ошибаюсь что-то около дестяка).

Тогда скажите, чем эти группы отличаются в функциональном отношении? Вот, к примеру, один из генов Y-хромосомы влияет на подвижность сперматозоидов. К каким гаплогруппам какие аллели относятся?

[идрис]

Эти мутации по игреку как я понимаю в "мусорной" части ДНК, то есть никаких генов там не кодируется и никаких признаков все эти особенности не несут. Так что функционально никаких различий между всеми этими группами нет.

Как я понимаю эти материалы можно использовать только для выявления какая популяция произошла от какой и какие группы генов участвовали в формировании той или иной популяции.

[sanj]

я вот тоже не понимаю на каком основании выделены именно эти гаплогруппы, гаплотипы, а не какие-нибудь другие последовательности.

[DNAoidea]

Тогда скажите, чем эти группы отличаются в функциональном отношении?

как видно ничем.

Вот, к примеру, один из генов Y-хромосомы влияет на подвижность сперматозоидов. К каким гаплогруппам какие аллели относятся?

а разве используют именно последовательности генов?

Ядерные гены надо смотреть. Уточнив функцию и регуляцию экспрессии каждого. Для каждого создать базу аллелей. Расписать таблички кроссинговера.

первая задача - из разряда - невыполнимых на современном уровне... эксперессию ещё можно, но фот функции - очень часто тьма...
однако - говоря о филогенетических анализах речь прежде всего идёт о нейтральных мутациях

[sanj]

не всегда, в попгенетике используются разные маркеры, в том числе связанные с наследственными заболеваниями.

[Ярослав Смирнов]

как видно ничем.

Как видно откуда? Ссылочку на исследования дать можете? А то тут в одной работе ребята, анализируя мтДНК, утверждали, что нашли варианты, ранее считавшиеся патологичными, и предлагали пересмотреть их "патологичность", вместо того, что бы самим пересмотреть вопрос о достоверности полученных в исследовании данных.

а разве используют именно последовательности генов?

В том-то и дело, что нет. Используют маркеры, чаще всего - единичные замены. А вот как эта замена влияет на функцию - тишина.

первая задача - из разряда - невыполнимых на современном уровне... эксперессию ещё можно, но фот функции - очень часто тьма...

Точно. Отсюда вопрос - ежели мы не знаем функцию, то как же мы можем утверждать, что в функциональном отношении эти замены действительно синонимичны?

однако - говоря о филогенетических анализах речь прежде всего идёт о нейтральных мутациях

Чем отличаются Y-хромосомы типа Q от типов C и R? Чем отличаются митохондрии вариантов В, С и D?

[Ярослав Смирнов]

не всегда, в попгенетике используются разные маркеры, в том числе связанные с наследственными заболеваниями.

А ведь помимо ярко выраженных заболеваний, наверняка есть масса вариантов, с куда менее выраженными проявлениями, которые, однако, тоже могут иметь значение в эволюционном плане.

[идрис]

По моему вы обсуждаете не совсем то, что имеет смысл обсуждать. Вы обсуждаете особенности методики и как можно модифицировать методику. А я предлагал обсуждать уже полученные результаты. То есть те карты распределения генотипов, что получены к настоящему времени.

[sanj]

что бы обсуждать, надо привести датировку появления каждого Y-варианта и варианта mt-ДНК

[DNAoidea]

Как видно откуда?

видимо оттуда, что разные варианты встречаются в близких пропорциях в популяции.

Ссылочку на исследования дать можете?

нет - потому что в митохондриальной ДНК хоть и мало некулеотидов, но о каких именно речь?.. про регуляторный регион?

А вот как эта замена влияет на функцию - тишина.

не, ну есть, конечно этот момент вообще во всей молекулярной систематике - очень уж смелые решения о нейтральности замен, но, увы, ничего лучше пока нет...