ЛУКА был эвкариотом?

[Комбинатор]

У кого-нибудь есть желание обсудить вот эту статью:
http://www.biology-direct.com/content/3/1/29
?
Если очень кратко, там там суть в том, прокариоты это деградировавшие эвкариоты.

[feralis]

в этом году концеп
ция первичности эукариот
вновь получила развитие в ра
боте Н.Глансдорфа с соавтора
ми. Кратко выводы этой ра
боты можно сформулировать
следующим образом. Последний
общий предшественник не был
простым, примитивным термо
фильным прокариотом, а пред
ставлял собой сообщество про
тоэукариот с РНКгеномом,
адаптированным к широкому
диапазону умеренных темпера
тур и имел генетическую избы
точность. Это сообщество со
стояло из морфологически и
метаболически разнообразных
объектов. Значит, жизнь возник
ла сразу сложной. Археи и бак
терии образовались за счет ре
дуктивной эволюции членов
этого гетерогенного сообщест

Это- цитата из природы
т е гипотеза признана и у нас а вот для обсуждения квалификации не хватает
можно правда обсудить проблемы редукции ДНк и прочие редукции в эволюции

[Комбинатор]

На счёт "признана", это, пожалуй, слишком сильно сказано. Скорее, "замечена". Моё личное мнение -  в целом, она интерсесна, но слабых мест в ней довольно много. Хотя, какие-то рациональные зерна в ней, возможно, всё же есть. Кстати, конкретно вариант "сообщества", похоже, опровергается свежей статьёй в Nature:
http://www.nature.com/nature/journal/v465/n7295/full/nature09014.html
Видимо, предок был всё же один и он, скорее всего, прошёл через "бутылочное горлышко".

[Дж. Тайсаев]

Мне как весьма далёкому от этого трудно оценить, но например мне совершенно непонятно, как стороники этой версии объясняют принципиальное различие в строении ресничек и клеточной мембраны. Тут простой редукцией не объяснить, слишком разные принципы. Разве что были и такие эукариоты? Но тогда их различия были настолько значительны, что странно, почему их надо относить к тому же царству.

[Комбинатор]

Мне как весьма далёкому от этого трудно оценить, но например мне совершенно непонятно, как стороники этой версии объясняют принципиальное различие в строении ресничек и клеточной мембраны. Тут простой редукцией не объяснить, слишком разные принципы. Разве что были и такие эукариоты? Но тогда их различия были настолько значительны, что странно, почему их надо относить к тому же царству.

На счёт ресничек не скажу, а вот вариант трансформации мембраны эвкариот в мембраны эубактерий и архей на основе независимой адаптации к высоким температурам они как раз рассматривают. Другой вопрос, что, похоже, далеко не все рецензенты согласны с таким подходом.

[Дж. Тайсаев]

Я тут мало что помню из вузовской программы, но меня тогда ещё поразила практически полная идентичность всех эукариотических жгутиков и ресничек. Там что то вроде трёх сократительных белков в центре и девять кажется парных по кругу. И это и у сперматозоида человека и у эвглены. А тут у прокариот кажется сократительный белок по спирали расположен. Может я что то подзабыл.

[Комбинатор]

Я тут мало что помню из вузовской программы, но меня тогда ещё поразила практически полная идентичность всех эукариотических жгутиков и ресничек. Там что то вроде трёх сократительных белков в центре и девять кажется парных по кругу. И это и у сперматозоида человека и у эвглены. А тут у прокариот кажется сократительный белок по спирали расположен. Может я что то подзабыл.

Про реснички не знаю, а жгутики, вроде, даже у эубактений и архей устроены совершенно по разному. Помнится, в какой-то статье утверждалось, что это косвенно говорит о том, что у ЛУКА, судя по всему, жгутиков вообще не было, это отночительно позднее эволюционное изобретение.

[Дж. Тайсаев]

Про реснички не знаю, а жгутики, вроде, даже у эубактений и архей устроены совершенно по разному. Помнится, в какой-то статье утверждалось, что это косвенно говорит о том, что у ЛУКА, судя по всему, жгутиков вообще не было, это отночительно позднее эволюционное изобретение.

У архей и эубактерий вообще изменчивость колосальная, эукариотам и не снилась, там могут быть значительные различия при такой чудовищной вариабельности даже при относительном родстве. Это вполне можно объяснить тем, что в этих группах жгутики приобретались независимо, от разных, хоть и родственных предков. А вот у эукариот субклеточные различия минимальны. И что особенно важно, эти признаки весьма стабильны, за срок более миллиарда лет практически ничего не изменилось. И уж во всяком случае эти приобретения практически необратимы, возможна только редукция, например в случае паразитизма, но я не представляю, что бы например жгутики могли так радикально измениться. Насчёт ЛУКА ничего не могу сказать, не в курсе, возможно действительно от него и произошли все эти группы. То есть эти уникальные черты могли приобретаться независимо, но весьма маловероятно, что бы они трансформировались из одной формы в другую. Насчёт клеточной мемраны я тоже сильно сомневаюсь, но я всегда весьма далёк был от микробиологии, может и ошибаюсь.

[Комбинатор]

У архей и эубактерий вообще изменчивость колосальная, эукариотам и не снилась, там могут быть значительные различия при такой чудовищной вариабельности даже при относительном родстве. Это вполне можно объяснить тем, что в этих группах жгутики приобретались независимо, от разных, хоть и родственных предков.

Да нет, у архей и эубактерий за биогенез жгутиков отвечают абсолютно разные гены, так что, похоже, между эвкариотами, эубактериями и археями в плане жгутиков имеет место типичная конвергенция, а у ЛУКА жгутиков попросту не было.

[Дж. Тайсаев]

Да нет, у архей и эубактерий за биогенез жгутиков отвечают абсолютно разные гены, так что, похоже, между эвкариотами, эубактериями и археями в плане жгутиков имеет место типичная конвергенция, а у ЛУКА жгутиков попросту не было.

Ну так я что и говорю, были приобретены независимо. То есть получается ЛУКА дал начало различным эукариотам, некоторые из которых деградировали, утеряв пластиды и митохондрии и каждая из этих групп приобрела жгутики и другие особености независимо. Я не располагаю фактами и квалификацией что бы спорить или напротив согласиться. Необходимо во-первых, собрать факты преемственности снизу вверх эукариот с прокариотами и во-вторых, доказать, что те особенности, которые явно такой связи не имели, могли появиться независмо позже. Кроме того, наверняка можно приблизительно отследить по генам возраст когда эти особености появились.
А какими тогда были истиные первичные прокариоты?

[Комбинатор]

Ну так я что и говорю, были приобретены независимо. То есть получается ЛУКА дал начало различным эукариотам, некоторые из которых деградировали, утеряв пластиды и митохондрии и каждая из этих групп приобрела жгутики и другие особености независимо.

Нет, что касается конкретно пластид и митохондрий, это, несомненно, относительно позднее "изобретение", появившееся после поглащения древаними эвкариотами неких про-цианобактеий и про-альфабактерий примерно 1.5-2.0 млрд. лет назад. С этим практически никто не спорит, ибо тому есть масса прямых и косвенных доказательств. Речь, в основном, идёт о других свойствах (ядро, линейная структура хромосом, цитоскелет, аппарат Гольджи, и т.д.).

Я не располагаю фактами и квалификацией что бы спорить или напротив согласиться. Необходимо во-первых, собрать факты преемственности снизу вверх эукариот с прокариотами и во-вторых, доказать, что те особенности, которые явно такой связи не имели, могли появиться независмо позже. Кроме того, наверняка можно приблизительно отследить по генам возраст когда эти особености появились.

Филогенетическое дерево эвкариот очень странное. Там, в отличии от эубактерий и архей не прослеживается чёткого дервева, растущего из единого корня. Вместо этого одновременно как бы из ничего сразу появляются 5-6 его независимых веток. Соответственно, и датировка генов эвкариот возрастом более 2 млрд. лет весьма затруднительна. Что касается прокароит, то там с отслеживанием изменений в геноме по крайней мере до времён порядка 4 млрд. лет всё относительно просто. 

[Дж. Тайсаев]

Филогенетическое дерево эвкариот очень странное. Там, в отличии от эубактерий и архей не прослеживается чёткого дервева, растущего из единого корня. Вместо этого одновременно как бы из ничего сразу появляются 5-6 его независимых веток. Соответственно, и датировка генов эвкариот возрастом более 2 млрд. лет весьма затруднительна. Что касается прокароит, то там с отслеживанием изменений в геноме по крайней мере до времён порядка 4 млрд. лет всё относительно просто.

Вот удивительно, я всегда думал, что в группу прокариот слили несколько царств, но эукариоты (по крайней мере в сравнении с прокариотами) мне казались настолько ровными, что в их единстве не было никаких сомнений. Впрочем, возможно просто их общий предок не сохранился. А что саркодовые в предки не годятся уже?

[Комбинатор]

Вот удивительно, я всегда думал, что в группу прокариот слили несколько царств, но эукариоты (по крайней мере в сравнении с прокариотами) мне казались настолько ровными, что в их единстве не было никаких сомнений. Впрочем, возможно просто их общий предок не сохранился. А что саркодовые в предки не годятся уже?

Судя по молекулярным данным - нет. Картинку филогенетического дерева эвкариот (по молекулярным данным) из статьи 2009-го года прилогаю.

[plantago]

Все-таки название LUCA лучше или оставлять, или переводить (например, как ПОУП .
Идея статьи интересная, подобные мысли, помню, высказывал В. Алешин. Да и не только он. Но я больше верю Кунину и Вульфу, а они так не считают.
Дерево бактерий еще хуже, чем дерево эукариот, там вообще нет никакого общепринятого ветвления. Дерево архей ветвится от основания, и, кстати, довольно стабильно. А у эукариот, по последним статьям Кавалье-Смита, возможно, есть базальные группы или группа.
"Саркодовые" -- такого таксона просто нет. Уже, наверное, лет пятнадцать. Впрочем, протистологи всегда говорили, что амебы -- искусственная группа, просто наконец появилась возможность их аккуратно разобрать.
Если надо, могу подробнее.

[Дж. Тайсаев]

Разумеется надо. Весьма любопытно.