Доказательства эволюции

[Комбинатор]

Вот     золотые  слова   -  генетические  механизмы   запускают  эпигенетические, а  не  наоборот. И  во  время  мейоза  подавляющее    большинство   эпиметок   стирается ...

Не исключено, что они стираются только после того, как необходима информация считана.
По поводу того, что гены сами запускают механизмы метилирования - так и отлично, это означает, что они, пусть и не напрямую, могут сами хотя бы частично направлять (ну или канализировать) эволюцию генома! Ведь у метилированного гена гораздо больше шансов мутировать в процессе эволюции в результате естественного отбора, чем у "рабочего", не так ли?

По  поводу  импринтинга  и  моноаллельной   экспрессии   -  оно,  конечно,  есть.   Но  -  как  исключение,  а  не  как  правило.  Сколько  участков с  импринтингом у   человека ?  Пальцев     на  одной  руке  вполне   хватает   для  подсчета ...

Так оно и не может быть массовым, иначе получится ситуация типа "лебедь, рак и щука" из басни Крылова. Но вот, например, наметить таким образом несколько потенциально перспективных направлений эволюции, мне кажется, вполне можно. Если Вы управляете какой-то сложной системой, то бессмысленно пытаться одновременно нажимать все кнопки, крутить все ручки, следить сразу за показаниями всех приборов и т.д. Гораздо эффективнее и безопаснее выбрать очень небольшое число наиболее важных в данной ситуации рычагов управления и индикаторов, и на какое-то время сосредоточиться только на них. Впоследствии ситуация может измениться, и Вам придётся переключить внимание на другие приборы и средства управления, но всё равно их число будет весьма ограниченным.
Естественно, я не претендую на то, что именно этот механизм реально и используется, это просто, так сказать, "мысли вслух".

[Питер]

Мутировать  где  -  в  соматической  или  половой   клетке ? Шансов  -   больше,  но   проблема в  том,  что в  процессе  оогенеза  и  сперматогенеза  будут  мутировать  местные  CpG   - а  не       CpG,  отражающиее  тканеспецифичное   метилирование.  При   том  что     примордиальные   половые  клетки   закладываются  на  самых  ранних  этапах    эмбриогенеза  и  ведут   свою  отдельную  жизнь в  течении  всего  филогенеза.
Вот  только   у  человека  и  мышки    очень  сильно  перекрываются   импринтированные  области. То  есть  эволюция  идет   -   а  зона  импринтинга  не  меняется.  Если  бы    была  верна  ваша   схема  -    области  импринтинга   должны  сильно  отличаться  у  разных  видов.

[DNAoidea]

И  называются   эти   базовые  маркеры "первичная   структура  ДНК".

я написал "эпигенетические"

И  во  время  мейоза  подавляющее    большинство   эпиметок   стирается ...

надо бы поискать что там известно про такие маркеры в ооцитах...

[Комбинатор]

Генная сеть существует на уровне генотипа. Если ген А управляет геном Б, то от А к Б идёт стрелочка. Или: от А идёт аксон (нервное волокно направленной проводимости) к Б.

Поскольку генотип практически не изменяется от поколения к поколению в масштабах нескольких поколений, то и сеть не изменяется.

То есть, генотип -- это "высушенный мозг" -- что, в чём зафиксированы связи, но в чём нет никакой динамики. Нечто мёртвое.

Я бы всё же генную сеть на уровне генотипа сравнил его не с "высушенным мозгом", а с мозгом, функционирующим в режиме исключительно обработки информации, без её запоминания. В обоих случаях струкутру системы можно представить в виде симметричной матрицы NxN, где первые Ninput строк представляют элементы-акцепторы информации из внешней среды, а последние Nout строк - элементы, посылающие ответные сигналы во внешнюю среду. Сами значения элементов матрицы Kij, это коэффициенты влияния активности i-го элемента на j-й элемент. Они могут быть как положительными, так и отрицательными. Когда на подобную схему подаётся сигнал из внешнего мира, он начинает ею обрабатываться, что можно схематически представить в виде динамического изменения уровней возбуждения её элементов в зависимости от значения весов межэлементных связей и специфики входного сигнала. Изменение уровней возбуждения выходных элементов со временем соответствует ответу системы на входной сигнал. Сами элементы для случая генных сетей соответствуют влиянию, белков, вырабатываемых i-м геном на j-a ген, а в случае нейронных сетей - влиянию i-го нейрона на j-й нейрон.

Как, на мой взгляд, это могло бы работать в режиме, аналогичном режиму запоминания мозгом новой информации, постараюсь написать сегодня несколько позже.  

[Комбинатор]

Далее. От поколения к поколению на генах расставляются эпигенетические метки. Возможно, они способны распространяться по сети. Возможно, в соответствии с теми же законами, что и нервные импульсы в мозгу (много "возможно").

Тогда, каждый экземпляр живого существе -- это одна стадия возбуждения нервной системы. В следующем поколении -- следующая стадия. Поколения -- это как кадры кинофильма. Несколько детей -- сюжет ветвится. При соединении родителей, сюжет смешивается.

Эпигенетика выбрана мной чисто от балды. Она не нужна для идеи.

Я вижу ситуацию несколько под другим углом зрения. Каждый экземпляр живого существе - это одно конкретное состояние мозга в тот период, когда в нём не идёт запись информации (понятно, что это в значительной степени идеализация). При этом, в мозгу идёт активный процесс обмена межнейронными сигналами, что соответствует работе генных сетей организма с врождённо настроенными связями. Если в мозгу начинают образовываться замкнутые контры циркулирования информации с положительными обратными связями, то те межнейронные связи, по которым постоянно идут сигналы, начинают усиливаться. В этом (усилении определённый связей между отдельными нейронами) собственно и заключается механизм запоминания новой информации мозгом. Не исключено, что нечто аналогичное есть и в генных сетях. Если в результате мутаций некоторых генов возникают новые цепочки циркулирования информации, и они оказываются полезными, то эти мутации закрепляются в результате отбора, как-то так. При этом путём тех или иных механизмов (метилирование гистоминов и т.д.) некоторые гены могут влиять на мутагенную активность других генов. Например, очевидно, что мутации в "старых" генах, уже успевшиих обрасти многочисленными сложными связями, с подавляющей степенью вероятности не принесут ничего хорошего, существенно разладив слаженную и часто запутанную работу многочисленных консервативных межгенных связей. С другой стороны, мутации в недавно появившихся генах, особенно, если у них есть копии, гораздо более перспективны с точки зрения вероятности появления "перспективных монстров".
 

[Комбинатор]

Мутировать  где  -  в  соматической  или  половой   клетке ?

В половой, конечно...

Шансов  -   больше,  но   проблема в  том,  что в  процессе  оогенеза  и  сперматогенеза  будут  мутировать  местные  CpG   - а  не       CpG,  отражающиее  тканеспецифичное   метилирование.

Так нам, вроде, местные и нужны, что толку от мутаций в соматических клетках, если они не передаются по наследству?

При   том  что     примордиальные   половые  клетки   закладываются  на  самых  ранних  этапах    эмбриогенеза  и  ведут   свою  отдельную  жизнь в  течении  всего  филогенеза.
Вот  только   у  человека  и  мышки    очень  сильно  перекрываются   импринтированные  области. То  есть  эволюция  идет   -   а  зона  импринтинга  не  меняется.  Если  бы    была  верна  ваша   схема  -    области  импринтинга   должны  сильно  отличаться  у  разных  видов.

Ну я же и не наставивал, что всё происходит именно через метил-импринтинг. Это лишь один из вариантов. Кстати, а известно, на что влияют "импринтинговые" гены у мыши и человека? В принципе, не исключено, что направления "перспективного мутагенеза" у всех млеков во многом совпадают - регулирование оптимального размера и структуры нейрокортекса, оптимальной температуры тела, состава молока при вскармливании и т.д...

[Dims]

Статья прям как раз "про это": http://elementy.ru/news?newsid=431260

[Olex76]

Может вопрос неправильный, интересно.

Вот цитата из статьи А.С.Алексеева "Опубликованная палеонтологическая летопись, несмотря на ее неполноту, составляет значительную часть от потенциальной, достаточно велика и устойчива, позволяет выявлять основные закономерности эволюции фанерозойской биоты".

Существует ли общий для всей фанерозойской биоты ген? если нет, то почему?

[RNAoid]

Это не значит, что прям все бактерии с этим геном сразу бросаются грудью на амбразуры.  Это может быть спонтанное срабатывание примерно у 10% обладательниц этого гена. Но эти 10% погибают с большой пользой для остальных. А значит при прочих равных популяции, в которых есть такой ген, будут в целом успешнее тех, где его нет, и данный ген будет приумножен.

К сожалению, данное направление темы не получила поддержки, но я хочу привести пример в поддержку вашего предположения.
На элементах как-то была статья с примером альтруизма у бактерий. Искать долго, но суть такая. Живет в почве колония бактерий, при наступлений неблагоприятных условий бактерии могут спастись за счет спорообразования. Как известно, в виде спор бактерии могут сохранятся очень долго. Но этот процесс очень энерго- и ресурсо- затратен, и если условия и так были не ахти, то при дальнейшем ухудшении условий бактерии просто не успеют превратиться в споры. Очевидно, что условия не настолько резко ухудшаются, и бактерии гибнут не все сразу, а по частям. И вот тогда еще живые бактерии могут съесть погибших собратьев, получив так им необходимые энергию и ресурсы. Но вот запас времени для этого может быть очень мал. Что же произошло с этими бактериями дальше? У них возник ген, который при определенных условиях с фиксированной вероятностью позволяет запускать регуляторный каскад для формирования ядовитого вещества, ядовитого для данного вида бактерий в обычном состоянии. Но бактерия, которая сама продуцирует это вещество, им отравится не может. В результате те бактерии, у которых этот регуляторный каскад не запустился, отравляются ядом, выработанным другими бактериями, и погибают. А отравители затем поедают их трупы, благополучно превращаясь в споры.
В чем хитрость подхода? Ген альтруизма и эгоизма для группы  - это один и тот же ген. Победа эгоистов не выметает из популяции ген альтруизма. Он им же и является. Светлое и темное начало неразрывно сцеплены. Их раздельное существование гораздо менее эффективное.
P.S. Раньше говорили, что у любого человека на одном плече ангел, на другом черт, и оба стремятся заставить действовать по своему. Но даже если они побеждают 1 на 100, и то это уже оказывается выгодно. И пусть выжили только те, кто послушался черта. У их потомков все равно на одном плече будет сидеть ангел, на другом черт.
P.P.S. Приписка выше это лишь пример рассуждения в символизме прошлого.   "и познали они что такое добро, и что такое зло"

[Алекс_63]

Мне немного странно видеть то, что эволюционисты на полном серьёзе отстаивают своё право на жизнь. Имеется явная тень сомнения.
Цитата:
"Эволюционное учение рухнуло бы давным-давно, если бы против него можно было собрать убедительный с научной точки зрения, то есть объективный и проверяемый "компромат" в виде фактов, наблюдений, результатов экспериментов и т.п."
Разве сам факт существований таких течений, как креационизм и религия - не являются тому подтверждения. Лично я не отрицаю эволюцию как таковую, но разве не самой эволюцией они были порождены? Для чего, зачем и с какой целью?
Конечно эволюционное учение из-за этого не рушится. Но всё-же?

[RNAoid]

Мне немного странно видеть то, что эволюционисты на полном серьёзе отстаивают своё право на жизнь. Имеется явная тень сомнения.
Цитата:
"Эволюционное учение рухнуло бы давным-давно, если бы против него можно было собрать убедительный с научной точки зрения, то есть объективный и проверяемый "компромат" в виде фактов, наблюдений, результатов экспериментов и т.п."
Разве сам факт существований таких течений, как креационизм и религия - не являются тому подтверждения. Лично я не отрицаю эволюцию как таковую, но разве не самой эволюцией они были порождены? Для чего, зачем и с какой целью?
Конечно эволюционное учение из-за этого не рушится. Но всё-же?

Религия тоже была выгодна. Она имела и отрицательные стороны, но и положительные тоже. Но в эволюции возникновение любой адаптации не навсегда. И если раньше какая-либо адаптация была выгодной, то это совсем не означает, что затем она не может стать обузой. Скорее всего она послужит основой для новой адаптации. Моральные законы, порожденные религиями, замечательны. Это однозначно. И осознает ли каждый ученый или нет, но он старается жить по этим моральным законам.
Есть еще гипотеза что религия возникла как паразит. Но даже в этом случае паразит мог стать симбионтом.
Я сам считаю что если религия паразитарный мем, то и вообще все идеи, которые владеют человеком, паразиты. Сам процесс сознания человека это паразитарная жизнь разнообразных мемов на работе его мозга.

[василий андреевич]

В чем хитрость подхода? Ген альтруизма и эгоизма для группы  - это один и тот же ген. Победа эгоистов не выметает из популяции ген альтруизма. Он им же и является. Светлое и темное начало неразрывно сцеплены. Их раздельное существование гораздо менее эффективное.

Ваши рассуждения, скорее, не столько хитры, сколько нормальны. (вот только яд, убивающий других, но не себя -?) Просто вопрос стоял более узко: если ген альруизма (отдельно) действительно существует, то есть ли способ его передать по наследству?

[augustina]

Моральные законы, порожденные религиями, замечательны. Это однозначно.

Например утверждение, что "И враги человеку - домашние его". Ну, очень замечательны, а главное - наполнены гуманизмом до верху.

[Inry]

Религия тоже была выгодна. Она имела и отрицательные стороны, но и положительные тоже.
Моральные законы, порожденные религиями, замечательны. Это однозначно. И осознает ли каждый ученый или нет, но он старается жить по этим моральным законам.
Есть еще гипотеза что религия возникла как паразит. Но даже в этом случае паразит мог стать симбионтом.

Моральные законы не порождаются религией. Это лишь точка входа, которую вирус перехватывает. В результате, он не только эффективно управляет хозяином, но и делает весьма трудным своё удаление.

Продукт, ставший симбионтом, называется "искусство". Но даже он, при соответствующих условиях, может стать вирулентным (см. толкинисты). В классической же религии имеем тщательно охраняемый код первичного вируса, не подлежащий изменениям.

[Dims]

Например утверждение, что "И враги человеку - домашние его"

Это банальная мысль.

Она означает, что семья может затягивать в свои стереотипы. Например, в семье алкоголиков дети так же с большой вероятностью станут алкоголиками. Перед отпрыском встаёт выбор между истиной и семьёй. То есть, семья оказывается его врагом.

В той или иной степени это верно не только для алкоголизма, но и для других факторов.