Здесь есть молекулярные биологи?

[Комбинатор]

Есть пара вопросов по методу датировки ветвей эволюционных деревьев, основанному на анализе консервативных белковых последовательностей.

[plantago]

Задайте вопрос на molbiol

[Комбинатор]

Задайте вопрос на molbiol

Хорошо, попробую.
Если, конечно, меня там сразу не затопчут.
:wink:

[DNAoidea]

да, есть там такое - топтание новичков, но может задайте тут вопросы, я не совсем молекулярщик, но на кое-что ответить могу...

[Комбинатор]

да, есть там такое - топтание новичков, но может задайте тут вопросы, я не совсем молекулярщик, но на кое-что ответить могу...

Спасибо, вроде, сам разобрался.
Но раз уж вы каким-то боком пересекаетесь с молекулярщиками, воспользуюсь случаем, что бы спросить - вам не попадалось на глаза работ, в которых бы делалась попытка оценить возраст LUCA на основе молекулярных часов?
 

[DNAoidea]

к сожалению нет, и сейчас именно с молекулярной филогенетикой не сталкиваюсь - всё больше пересечения именно с генетиками, хотя может быть в скорости это и изменится...

[Макроассемблер]

в которых бы делалась попытка оценить возраст LUCA на основе молекулярных часов?

А это возможно?
Даже для более известных организмов, где можно "калибровать" молекулярные часы, ошибка в 2 раза - уже неплохо. Для древних форм жизни возможности "калибровки" не имеем. Даже если была бы получен ответ типа такого: 5 плюс-минус 2 млрд. лет, что это дает? Время неопределенности сравнимо с возрастом Земли...

[Комбинатор]

в которых бы делалась попытка оценить возраст LUCA на основе молекулярных часов?

А это возможно?
Даже для более известных организмов, где можно "калибровать" молекулярные часы, ошибка в 2 раза - уже неплохо. Для древних форм жизни возможности "калибровки" не имеем. Даже если была бы получен ответ типа такого: 5 плюс-минус 2 млрд. лет, что это дает? Время неопределенности сравнимо с возрастом Земли...

Вот здесь, например,
http://www.biomedcentral.com/1471-2148/4/44/Mozilla/3

Для архей и эубактерий получаются оценки времени появления, соответственно в 4.1 млрд. лет и 3.8 млрд. лет. Выглядят они вполне себе реалистично, причём оценки, полученные по различным данным, расходятся, в среднем, на величину порядка 15%, а не в два раза. Почему бы не попробовать сделать следующий шаг до LUKA, тем более, что за прошедшие 5 лет база секвенированных геномов наверняка очень неплохо пополнилась?

Интервал неопределённости - отдельная тема. Во-первых, если на нём зацикливаться, то вообще можно забросить любые попытки количественной оценки чего-либо, так как любая оценка делается с какой-либо погрешностью. Важно лишь понимать меру неопределённости. Сказать 5 плюс-минус 2 млрд. лет это равносильно тому, что бы ничего не сказать, если не уточнить вероятность указанного доверителного интервала. Во-вторых, а что если с вероятностью порядка 90% получится, например, 7 плюс-минус 2 млрд?

[Валерий Чернухин]

В конце 80-х Эйген с соавт. использовали полуконсервативные последовательности тРНК для оценки происхождения генкода. Время возникновения - 3,8 млрд. лет, очень неплохо. Eigen M., Lindemann B.F., Tietze M., Winkler-Oswaititsch R., Dress A., von Haeseler A. How old is the genetic code? Statictical geometry of tRNA provides an answer. // Science 1989. V.244. P.673-679.

[Комбинатор]

В конце 80-х Эйген с соавт. использовали полуконсервативные последовательности тРНК для оценки происхождения генкода. Время возникновения - 3,8 млрд. лет, очень неплохо. Eigen M., Lindemann B.F., Tietze M., Winkler-Oswaititsch R., Dress A., von Haeseler A. How old is the genetic code? Statictical geometry of tRNA provides an answer. // Science 1989. V.244. P.673-679.

Всё же я бы не очень доверял этим оценкам. По молекулярным часам ЛУКА жил однозначно более 4.2 млрд. лет назад, и уже в это время он использовал не менее нескольких сотен генов.

[Валерий Чернухин]

Всё же я бы не очень доверял этим оценкам. По молекулярным часам ЛУКА жил однозначно более 4.2 млрд. лет назад, и уже в это время он использовал не менее нескольких сотен генов.

Для меня это очень интересная информация, посокольку интересуюсь такими вещами. Вы не могли бы дать ссылку? Дата выглядит очень необычно. То, что я читал, ну, скажем в Naturе за 2002 год, то, наоборот, озвучиваются чуть даже меньшие цифры (Кажется статья Джойса "Antuquitu of RNA world".

[Комбинатор]

Всё же я бы не очень доверял этим оценкам. По молекулярным часам ЛУКА жил однозначно более 4.2 млрд. лет назад, и уже в это время он использовал не менее нескольких сотен генов.

Для меня это очень интересная информация, посокольку интересуюсь такими вещами. Вы не могли бы дать ссылку? Дата выглядит очень необычно. То, что я читал, ну, скажем в Naturе за 2002 год, то, наоборот, озвучиваются чуть даже меньшие цифры (Кажется статья Джойса "Antuquitu of RNA world".

Вот свежие статьи на эту тему:
http://evo.bio.psu.edu/hedgeslab/Publications/PDF-files/212.pdf
http://evo.bio.psu.edu/hedgeslab/Publications/PDF-files/213.pdf

По моим оценкам, ЛУКА жил более 5 млрд. лет назад.

[DNAoidea]

Всё же я бы не очень доверял этим оценкам. По молекулярным часам ЛУКА жил однозначно более 4.2 млрд. лет назад, и уже в это время он использовал не менее нескольких сотен генов.

почему? все три ствола живых организмов могли разойтись и в очень близкие сроки.

[Комбинатор]

почему? все три ствола живых организмов могли разойтись и в очень близкие сроки.

Я всё-таки верю конкретрным численным оценкам, которые показывают, ЛУКА жил где-то за миллиард лет до начала дробления веток архей и эубактерий.
 

[DNAoidea]

если ЛУКА это последний общий предок всех организмов, то как же он, после которого как раз дробление и началось, жил аж за миллиард лет до начала дробления? или тогда отделились Эукариоты, а потом уже разделились Археи и Бактерии? Но по тем же филогения этого не получается...