Что отбирает естественный отбор?

[Ярослав Смирнов]

Ну, поскольку креационисты предпочитают лозунг "Незнание - сила", попробую сам немного порыться в глубинах и-нета, совмещая приятное с полезным - самообразование с разоблачением сектантских сказочек.
Первое - движок для бактериального жгутика.
Conformational Change in the Stator of the Bacterial Flagellar Motor
http://pubs.acs.org/cgi-bin/abstract.cgi/bichaw/2001/40/i43/abs/bi011263o.html

Состоит из двух трансмембранных белков MotA и MotВ, которые изменяют свою структуру в результате движения протонов по градиенту концентрации, авторы также обратили внимание на близкое сходство "движков", и транспортного трансмембранного белка ExbB.

[Ярослав Смирнов]

А вот хорошая статья "Эволюция бактериального жгутика".
http://www.health.adelaide.edu.au/Pharm/Musgrave/essays/flagella.htm

[DNAoidea]

Если для возникновения признака нужна хотя бы двойная мутация (я уж не говорю, тройная или четверная), то это уже невероятное событие.

ну двойная - не так уж - там могут быть и горячие пятна и просто мутации, гулящие по популяции, и ещё внутрегенный кроссинговер. Даже и на тройные может хватить - если одна из них в отсутствии двух других нейтральна, и т. д. мутации не только точечные бывают.

[Imperor]

Вы вначале научитесь учебники читать, а потом, может быть, научитесь их понимать.

Ярослав. Вас уже выпустили из сумасше... пардон, Вы уже известили академика Галимова, директора Института геохимии и аналитической химии, в том, что Вы "засчитали ему слив" в дискуссии про нейтральную атмосферу древней Земли?

Да? Лично мне странно, что в качестве примера "неуменьшаемой сложности", приводят именно более сложную, а не более простую систему.

Есть много, друг Горацио, на свете, что и не снилось нашим "мудрецам" :wink:
Дело в том, что по меткому выражению Сергея, у всех креационистов, в том числе, и у эволюционных креационистов (т.е. тех, которые признают концепцию глобального эволюционизма и примером которых на данном форуме является православный Ярослав Смирнов ) - вместо коры [головного мозга] - кость. Поэтому им и кажутся странными и непонятными вполне очевидные и тривиальные вещи.
(по поводу эволюционного креационизма желающие могут посмотреть здесь: http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D1%80%D0%B5%D0%B0%D1%86%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%B8%D0%B7%D0%BC)

Данный пример со сложным жгутиком, на самом деле, вполне корректен. Ибо это именно неуменьшаемая сложность. Бихи предполагает, что выведение любого из этих (приведенных на рисунке) компонентов выведет из строя всю данную систему. Очевидно, что в этом случае неважно, что где-то еще в этом мире шевелятся другие (более простые) жгутики. Т.к. эволюция рассматриваемого жгутика из этих [более простых] жгутиков потребует глобальной реорганизации всей имевшейся системы, что невероятно. Поэтому нас весьма интересует, каким образом образовалась именно эта система.
Впрочем, вполне может оказаться, что Бихи переоценивает "неуменьшаемость" сложности данной системы. И какой-то элемент здесь окажется "лишним" - т.е. с его потерей система будет оставаться работоспособной (пусть и хуже). Осталось только экспериментально выявить этот элемент. И один из аргументов Бихи будет опровергнут. Пожелаем удачи Ярославу Смирнову в проведении этого проверочного эксперимента.
Тем более, что определенные исследования в этом направлении уже проведены. Как успешные (упоминаемая мною статья про пять мутаций), так и давшие чисто отрицательный результат (опыты с удалением "лишних" элементов из системы свертываемости крови у мышей).
Так что давайте всем форумом пожелаем удачи Ярославу Смирнову в деле экспериментального доказательства (в лаборатории) его форумного флуда.
А то пока, насколько мне известно, успешные эксперименты, приведшие к случайной самосборке новой структуры живой клетки, науке неизвестны.

Тогда какой смысл заморачиваться с жгутиками и гликолизом, ведь при таком подходе можно ткнуть пальцем в любой признак любого организма? Хоть в хвост павлина, хоть в брюссельскую капусту, хоть в болонку.

Вполне может быть и так. Возможно, этим и объясняется хорошо выявленный экспериментально предел изменчивости. Т.е. от овчарки до болонки системы можно изменять без глобальной перенастройки всех систем. И поэтому система поддается такому изменению. А вот уже превращение собаки в шакала - требует некоторой комплексной перестройки, которая буксует в виду невероятности одновременности подобных изменений. Вот такая вот спекуляция на тему... Попробуйте опровергнуть - выведите из болонки (или овчарки) - шакала.

Насколько это "чуть"? Лично мне представляется, что каждая система может быть "чуть" упрощена или усложнена.

Ну, на Ваши глюки не следует обращать особого внимания. Желательно найти реальные данные (наблюдений, экспериментов), где компьютер успешно запускается сначала только с одной материнской платой, потом с материнской платой и процессором, а потом - и с материнской платой, и с процессором, и с блоком питания. Удачи Вам в поиске таких данных.

Конечно, я не могу доказать этого, в строгом смысле этого слова - "общее утверждение (например, "все вороны чёрные") не может быть доказано сколь угодно большим количеством подтверждающих примеров (чёрных ворон), но может быть опровергнуто хотя бы одним опровергающим примером (одной белой вороной)"

Здесь Вы все перепутали с точностью до наоборот. Как раз в Вашем примере, Вы не должны "считать черных ворон" (ибо их здесь "считаю" я - т.е. я говорю - оглядываясь вокруг, мы нигде не наблюдаем образования новых систем живой клетки), Ваша же задача - как раз найти ту самую белую ворону. Т.е., например, проделать серию экспериментов, в которых жгутики грамм+ бактерий превращаются в жгутики грамм- бактерий. Только и всего. Причем необязательно, чтобы с таким же эффективным результатом, какой мы наблюдаем в природе. Лишь бы получилось хоть что-то функционирующее-новое. Как видите, я не слишком требователен.  Удачи Вам в этой серии экспериментов.

но могу сказать, что все примеры "биологических систем с неуменьшаемой сложностью" неубедительны.

Ваше мнение здесь никого не интересует. Вы реально (в эксперименте) покажите, каким образом путем последовательных мутаций жгутик грамм+ бактерии превратится в жгутик грамм- бактерии. Еще раз повторяю - подобные исследования уже проведены. Так что дорожка накатана - знакомьтесь с методикой и вперед. Удачи Вам.

Простейшая связь компьютер-компьютер осуществляется с помощью нуль-модемного кабеля, использующего уже имеющиеся элементы - COM-овские и LPT-шные порта и штекера к ним, кабель. Даже болты новых образцов изобретать не надо.

Во-первых, Вы в очередной раз перевираете смысл - я говорил о связи с сетью интернет, а не с соседним компьютером. Но не будем придираться по мелочам. Во-вторых, даже просто СOM-порт (и штекер к этому порту) - весьма сложная система. Попробуйте получить ее методом случайной сборки.

Короче, при появлении новой функциональной системы обязательно должен произойти качественный СКАЧОК.

Покажите мне этот скачок. Пока я скачков не вижу.

Это у Вас что-то со зрением.
Оно у Вас крайне избирательно - видит исключительно только то, что хочет.

С учётом того, что в биохимии Вы, к сожалению, не сильны, можете привести пример из области геоботаники.

Из геоботаники пример "неупрощаемой сложности" привести практически невозможно. Ибо растительный покров как раз - континуален. Я бы назвал растительный покров - "комковатым" (т.е. неоднородным) континуумом. Растительные сообщества переходят друг в друга с большей или меньшей степенью плавности. Где-то границы между разными сообществами можно провести довольно уверенно, а где-то переход настолько плавный, что границу можно провести чисто условно. Многие сообщества далеко взаимопроникают друг в друга своими элементами (причем разными элементами (видами растений) - в разных случаях).
Все это обусловлено тем, что растения взаимодействуют между собой в сообществе совсем не так жестко, как разные подсистемы живого организма. В каких-то сообществах взаимодействия растений выражены сильнее (в лесных сообществах), а в каких-то этим взаимодействием вообще можно пренебречь (пустынные сообщества). Вообще, растительное сообщество - больше совокупность разных видов растений, чем система разных видов растений. Растения больше завязаны на среду, чем друг на друга. Кстати, и взаимодействуют то они друг с другом, обычно, именно через взаимное преобразование среды. Вот поэтому растительное сообщество весьма легко может терять (или включать) отдельные свои элементы. От выпадения какого-то вида из состава растительного сообщества вряд ли в этом сообществе кто-то заплачет скорее - обрадуется
Короче, растительное сообщество - это СОВСЕМ не аналог организма с его высочайшей степенью взаимодействия подсистем, и жесточайшей завязанности этих подсистем друг на друге.

посмотреть степень синонимичности замен в генах, кодирующих белки S и М колец, построить предположительное генеалогическое древо...

Не нужно ничего смотреть - нужно с-д-е-л-а-т-ь.
И уж тем более, никому не нужно Ваше предполагаемое генеалогическое древо. Таких древ я Вам могу выдавать в день по пять штук за рубль. Например, хотите, выведу эволюционную линию танков из камней, катящихся под гору?

Как дождались мы, например, краха гипотезы абиогенеза...

Хорошая у Вас трава, забористая.

Что, совсем уже нечего сказать?
Правильно. Я Вас понимаю. Уверен, что Вы уже ознакомились со статьей академика Спирина. Собственно, данная статья просто не оставила от абиогенеза камня на камне. Так что же Вам еще остается, кроме как бормотать что-то про траву?
Правда, на самом деле - остается. Можно честно сказать - так мол и так - гипотеза абиогенеза не выдержала эмпирической проверки. Именно к этому выводу и пришел академик Спирин. И когда пришел, честно изложил это в статье. Несмотря на то, что является, вероятно, лучшим специалистом в России по гипотезе РНК-мира и являлся ее сторонником на протяжении целого ряда лет. Тем не менее, он не побоялся отбросить неверную гипотезу.
А Вы, Ярослав, как я понял, являетесь большим ленинцем, чем сам Ленин? По принципу - Ленин умер, но дело его живет?

Во всяком случае, куда проще гликолиза.

Ну, это с какой стороны посмотреть. Я привел в пример гликолиз, как гомогенную систему - цепочку нескольких ферментативных реакций, следующих друг за другом, в одном и том же месте -  в качестве самого простого механизма добычи энергии.
Вы приводите в качестве простейшего механизма добычи энергии родопсиновый комплекс, представляющий собой гетерогенную систему, состоящую из:
1. Светоприемника  :!:
2. Двух белков, образующих протонный "насос"  :!:
3. Клеточной мембраны  :!:
4. Пространственно удаленной (т.е. по сути, автономной) АТФазы  :!:
Да уж, САМЫЙ простой пример неуменьшаемой сложности  :lol:
Кстати, а Вы рисуночек этой самой АТФазы (который я здесь прикладывал) смотрели? Ну и как Вам? Она (АТФаза) очень простая?  :lol:
Кстати, мне начинает нравиться именно Ваш пример!  :lol: Вот давайте дальше для рассмотрения неупрощаемой сложности разбирать именно ЭТОТ пример. Итак, каким образом всё ЭТО могло постепенно самособраться?  :wink:
Хотя нет, Ярослав. Вы меня уже утомили. Вы абсолютно невосприимчивы к любым аргументам, и мнениям, которые не подтверждают Вашу точку зрения.
Это же надо было так извратиться?!  :shock: Притащить за уши (с другого конца Солнечной системы) отдельно взятую луну Сатурна  :!: в качестве аргумента восстановительной атмосферы Земли  :!: , полностью проигнорировав при этом данные по планетам земной группы, да и по кислородной атмосфере кольца самого Сатурна (где есть лед), и по кислородной атмосфере Европы (т.е. везде, где есть лед). Дискутировать с подобным человеком - просто терять время - дискуссия никуда не продвигается, а просто буксует на месте.
Поэтому официально Вам говорю - после этого поста Вы у меня в игноре, до того момента, пока не перевоспитаетесь.

С Вами, Имперор, ничего слишком сложного не бывает. Примеры-то вы детские приводите.

Ярослав. Детские вопросы (и примеры), часто бывают самыми убойными - устами младенца глаголет истина.
Вот, например, такой детский вопрос - а почему Земля не улетает от Солнца?... Где ответ? Нет ответа... Уже сотни лет нету ответа...

Я многоклеточное животное

А я думал, одноклеточное...  :shock:

..., более того - теплокровное, мне энергии много надо. А протобионту много-ли надо? А освоится в среде с переменной кислотностью, пойдёт заселять среды с переменной солёностью, встречающиеся гораздо чаще.

Ну, этот откровенный бред в комментариях не нуждается. И так понятно, что здесь Ярослав, подобно Мюнхаузену, который вытаскивает самого себя из болота за волосы, с помощью голой АТФазы проводит хитрые манипуляции по изменению градиента рH в живой клетке... Где бы еще посмотреть на подобное "чудо" в реале...  :shock:

[Сергей]

Т.к. эволюция рассматриваемого жгутика из этих [более простых] жгутиков потребует глобальной реорганизации всей имевшейся системы, что невероятно. Поэтому нас весьма интересует, каким образом образовалась именно эта система.

Imperor, перестаньте флеймить, и прочитайте статью, ссылку на которую привел Ярослав.

[Imperor]

Если для возникновения признака нужна хотя бы двойная мутация (я уж не говорю, тройная или четверная), то это уже невероятное событие.

ну двойная - не так уж - там могут быть и горячие пятна и просто мутации, гулящие по популяции, и ещё внутрегенный кроссинговер. Даже и на тройные может хватить - если одна из них в отсутствии двух других нейтральна, и т. д. мутации не только точечные бывают.

Ну хорошо. Я сейчас покажу, как я считал. Вы сделаете замечания и попробуем прийти к консенсусу в этом вопросе, ибо, оценка частоты мутаций, действительно, необходима.
В общем, я взял частоту точечной мутации, приведенную в статье Щербакова для сенной палочки - 5.4*10^-10.
Частота замены конкретного нуклеотида для Escherichia coli составляет 5.4 * 10^-10. Следовательно, частота двух удачных замен ~ 10^-21
На эту вероятность не хватит всего суммарного генома какой-либо реальной бактериальной популяции. Допустим, колония насчитывает 10^12 бактерий с суммарным геномом ~ 10^18 нуклеотидов - это намного (на три порядка) меньше цифры 10^21. Следовательно, данная двойная мутация невозможна в одном бактериальном поколении.
В нескольких же поколениях (путем двух последовательных нейтральных мутаций) она реализоваться тоже не сможет, т.к. первая нейтральная мутация просто потеряется в бесконечном числе клоновых линий, не содержащих данную мутацию. Это произойдет потому, что мутация - нейтральна, следовательно, линия, содержащая данную мутацию, не будет повышать свою численность.
В связи с этим, вероятность встречи двух нейтральных мутаций (с их объединением в одну двойную полезную мутацию) я посчитал стремящейся к нулю.
Понятно, что о тройных мутациях даже говорить не хочется.
Вероятность удачных неточечных мутаций я тоже посчитал стремящейся к нулю.
Отсюда очевидно, что эволюция путем случайного мутагенеза может идти только способом "одного шага" (одной полезной мутации). Если и были в эволюционной истории случаи удачных двойных мутаций, то они явно не носили системного характера.
Правда, здесь я не учитывал возможного нелинейного характера двойных мутаций (т.е. нескольких возможных равноценных вариантов двойной мутации).
Вот как я считал.

Совсем другое дело - "горячие участки". Если организм на каком-то участке собственной ДНК искусственно повышает уровень мутагенеза, то, естественно, он и добиться результатов может гораздо более впечатляющих. Но, имхо, на случайный мутагенез это уже совсем не похоже. Это больше похоже на экспериментальную техническую лабораторию по разработке технических новинок.

[Сергей]

В общем, я взял частоту точечной мутации,

дальше читать не стал.
Единичная мутация - совсем не обязательно точечная. Это может быть и удвоение гена, или дупликация всего генома. Так что вся дальнейшая арифметика - полная туфта.

[Imperor]

Imperor, перестаньте флеймить, и прочитайте статью, ссылку на которую привел Ярослав.

Уже не хочу. А что там? Мне лень разбираться с очередной гипотетической сказочкой. Или там есть результаты каких-нибудь интересных экспериментов? Тогда с удовольствием почитаю. Есть эксперименты?

[Imperor]

дальше читать не стал.
Единичная мутация - совсем не обязательно точечная. Это может быть и удвоение гена, или дупликация всего генома. Так что вся дальнейшая арифметика - полная туфта.

Сергей. Вы, как всегда, в своем репертуаре - с ходу ни во что не врубаетесь
Ну и какова же вероятность, например, удачной дупликации всего генома? Т.е. какова вероятность удачного попадания крупной мутации сразу в "десятку" - т.е. в образование новой структуры? По-прежнему, в конструктор Лего играетесь?

[DNAoidea]

Т.е. от овчарки до болонки системы можно изменять без глобальной перенастройки всех систем. И поэтому система поддается такому изменению. А вот уже превращение собаки в шакала - требует некоторой комплексной перестройки, которая буксует в виду невероятности одновременности подобных изменений.

на основании чего вы так думаете? по некоторым признакам шакал наверняка ближе к овчарке, чем последняя к болонке. (кстати, вот жительница города Болоньи будет как называться? )

Т.е., например, проделать серию экспериментов, в которых жгутики грамм+ бактерий превращаются в жгутики грамм- бактерий. Только и всего. Причем необязательно, чтобы с таким же эффективным результатом, какой мы наблюдаем в природе. Лишь бы получилось хоть что-то функционирующее-новое. Как видите, я не слишком требователен.  Удачи Вам в этой серии экспериментов.

ну... это же совсем просто с точки зрения теории - берём гены, которые кодируют белки, формирующие жгутик, клонируем их на плазмид, а потом начинам последовательно вводить туда олигонуклеотиды комплементарные участкам этих генов, с нужными мутациями, и в какой-то момент у нас на плазмиде будут сидеть белки формирующие уже другой жгутик. можно и иными способами получить нужные мутации. Так-то, конечно всё гладко - только вот беда, во-первых к реальному процессу в природе это не будет иметь отношения (но вы просили серию - вот вам серия), во-вторых возни тут страшно сказать сколько, и технические трудности обязательно возникнут по ходу дела, которые ещё увеличат возню, в-третьих ради такого по сути переливания из пустого в порожнее никто не будет убивать много лет жизни и кучу иных вещей.

Еще раз повторяю - подобные исследования уже проведены. Так что дорожка накатана - знакомьтесь с методикой и вперед. Удачи Вам.

неужели вы думаете, что построение жгутика заняло столько же времени в эволюции бактерий, сколько и приобретение ими антибиотикоустойчивости? почитайте статью - сколько человек вам говорит (и не срывайтесь на хамство)

1. Светоприемника  :!:
2. Двух белков, образующих протонный "насос"  :!:
3. Клеточной мембраны  :!:
4. Пространственно удаленной (т.е. по сути, автономной) АТФазы  :!:

любая молекула, имеющая цвет - светоприёмник, структуры подобные мембранными формируются самопроизвольно, в чём вы можете сами легко убедится (подсказываю - капните масла в воду), стало быть остаются белки - и тут мы опять упираемся в эволюцию домейнов - точнее, то, насколько широк может быть их консенсус чтобы создать ненулевую активность - изначально ничего больше не требуется.

Кстати, а Вы рисуночек этой самой АТФазы (который я здесь прикладывал) смотрели? Ну и как Вам? Она (АТФаза) очень простая?  :lol:

и опять домейны.
И потом, после того, как вы прямо сказали, что вас не интересует возникновение жизни, длинна ваших сообщений выглядит очень странной... :lol:

[Сергей]

Есть эксперименты?

Арифметикой Вы, в отличие от английского, вроде владеете. Вот и посчитайте длительность и стоимость прямого эволюционного эксперимента. И, потом,  эксперимент то, Вас не убедит - это же будет ''вмешательство дизайнера''.

[Сергей]

Ну и какова же вероятность, например, удачной дупликации всего генома?

Вы же, вроде, ботаник - должны бы знать, что это вполне обычное у растений явление.

[Imperor]

на основании чего вы так думаете? по некоторым признакам шакал наверняка ближе к овчарке, чем последняя к болонке. (кстати, вот жительница города Болоньи будет как называться? )

Ну... В общем, я думаю, суть данного примера Вы, на самом деле, поняли. У Вас как раз с врубаемостью все Ок

ну... это же совсем просто с точки зрения теории - берём гены, которые кодируют белки, формирующие жгутик, клонируем их на плазмид, а потом начинам последовательно вводить туда олигонуклеотиды комплементарные участкам этих генов, с нужными мутациями, и в какой-то момент у нас на плазмиде будут сидеть белки формирующие уже другой жгутик. можно и иными способами получить нужные мутации.

Нее... Это неинтересно... Надо, чтобы это всё - САМО вот так вот провернулось...  :wink:
Если провернется, имхо - это Нобелевка.

Так-то, конечно всё гладко - только вот беда, во-первых к реальному процессу в природе это не будет иметь отношения

Во-во.

неужели вы думаете, что построение жгутика заняло столько же времени в эволюции бактерий, сколько и приобретение ими антибиотикоустойчивости?

Ну, это не мои проблемы. Я этот тезис не выдвигаю. Не мне и доказывать. Кстати, если докажут возможность (а я уверен, что скоро подобные исследования начнут пробовать - статья про антибиотики - это только первая ласточка), то моим идеям об общих стратегиях выживания стразу станет хорошо, сразу станет весело. А то пока "проблема неуменьшаемой сложности Бихи" хоронит мои "общие стратегии выживания" просто на корню  :cry: И если не докажут, то придется эти "стратегии" так и похоронить (и, вероятно, перейти к гипотезе "скилов").

почитайте статью - сколько человек вам говорит (и не срывайтесь на хамство)

Не хочу. У меня на самого Ярослава Смирнова, и на его посты уже аллергия. Если там есть данные по экспериментам, то цитату в студию, и тогда я почитаю.

любая молекула, имеющая цвет - светоприёмник

Явно далеко не любая. Насколько мне известно - только хлорофилл и родопсин годятся для этой цели. Ну и всякие там фикобилины в качестве вспомогательных пигментов...

, структуры подобные мембранными формируются самопроизвольно, в чём вы можете сами легко убедится (подсказываю - капните масла в воду), стало быть остаются белки - и тут мы опять упираемся в эволюцию домейнов - точнее, то, насколько широк может быть их консенсус чтобы создать ненулевую активность - изначально ничего больше не требуется.

Да, упираемся. Но согласитесь, легче упираться в эволюцию домейнов, чем в эволюцию домейнов, встроенных в мембрану?

точнее, то, насколько широк может быть их консенсус чтобы создать ненулевую активность - изначально ничего больше не требуется.

И еще надо учесть, что эту ненулевую активность должны обрести сразу несколько белков. Вот это и есть самое слабое место.

И потом, после того, как вы прямо сказали, что вас не интересует возникновение жизни, длинна ваших сообщений выглядит очень странной...

Я такого нигде не говорил. Наоборот, меня возникновение жизни очень интересует. Меня не интересует (пока) возникновение "возникновителя". Так как, как говорится - "спешите медленно".

[Imperor]

Вы же, вроде, ботаник - должны бы знать, что это вполне обычное у растений явление.

Сама по себе полиплоидизация никого не удивляет. Я Вас просил оценить, какова вероятность, что в результате одноразовой случайной крупной мутации появится сразу хотя бы минимально работающая АТФаза?
Да еще и правильным образом сопряженная с работающими белками протонного насоса?
Короче, в отличие от абиогенеза, я не говорю, что это бред. Но имхо - очень, ОЧЕНЬ тяжелая проблема.

[Сергей]

Я Вас просил оценить, какова вероятность, что в результате одноразовой случайной крупной мутации появится сразу хотя бы минимально работающая АТФаза?

Увы, Вы и арифметики не знаете. Вероятность тут оценить нельзя, поскольку мы не знаем числа всех возможных событий: какое число белков может выполнять данную функцию, и какое общее число всех возможных функций. Ведь после дупликации и последующего изменения копии она может начать выполнять самую разную полезную для клетки работу. То, что в современные клетках имеется данный набор белков совсем не означает, что эти белки единственно возможные.