"Универсальный геном" Metazoa и эволюция по Шерман

[sss]

В общем, пока, у нас разговор, конечно, больше филологический. Надо бы сесть, и всё серьёзно и честно посчитать, да где бы взять на это время и соответствующие знания из разных областей науки... Но пока это не сделано, наш разговор всё равно неизбежно будет крутиться вокруг разнообразых "верю - не верю".

А чем ещё на форумах заниматься, кроме как предаваться интеллектуальному флуду?   Работать сегодня уже надоело (тем более - формально отпуск), спать ещё вроде рано, по ТВ всякая мура, в местной локалке новых фильмов нет. По крайней мере, прочитал интересную статью и познакомился с новой концепцией. Кстати, сейчас планируем изучить роль "горизонтального переноса" микробов между пещерами (посредством спелеологов_не стирающих_ комбинезоны).

Что касается "минералов, нашпигованных микробами" - вопрос сложный. Если нанобактерии - это живые объекты, то, безусловно, да. Если говорить о "нормальных" бактериях - скорее, нет.

[Комбинатор]

Что касается "минералов, нашпигованных микробами" - вопрос сложный. Если нанобактерии - это живые объекты, то, безусловно, да. Если говорить о "нормальных" бактериях - скорее, нет.

Понятно.
Кстати, по поводу нанобактерий в последнее время появилась какая-нибудь новая инфа? Например, может кому-нибудь удалось даже их ДНК секвестировать?

[sss]

По последней инфе, которая у меня была - ДНК выделили, сиквенировать не удалось. Это висит на той ветке ("некультивируемые"), там же обсуждали. почему так. А после этого "зашился" с работой, и за публикациями не следил. Опять же, предыдущий опыт показывает, что что-то действительно новое появляется не чаще, чем 1-2 раза в год.
Ладно, пошел я спать. <зевающий смайлик> У кого как, а у нас третий час ночи.

[Комбинатор]

По последней инфе, которая у меня была - ДНК выделили, сиквенировать не удалось. Это висит на той ветке ("некультивируемые"), там же обсуждали. почему так. А после этого "зашился" с работой, и за публикациями не следил. Опять же, предыдущий опыт показывает, что что-то действительно новое появляется не чаще, чем 1-2 раза в год.
Ладно, пошел я спать. <зевающий смайлик> У кого как, а у нас третий час ночи.

Блин, что-то я в своё время как-то пропустил упомянутую ветку. Сейчас читаю, прямо детектив какой-то.
Огромное спасибо за то, что не поленились написать столь подробный и серьёзный обзор интереснейшей темы!

[Dims]

Я использовал экспоненту, то есть, линейный график на логарифмической шкале.

А у Вас остальные (известные) точки легли на этот график? Если легли, то значит эволюция происходит с ускорением, то есть, на каждый новый шаг требуется меньше времени, чем на предыдущий.

[Dims]

Что же касается "внеземного происхождения жизни"... Чисто по человечески мне эта теория нравится. Увеличивается надежда найти жизнь в Солнечной системе.

Хм! А мне, почти по тем же причинам, наоборот!

Во-первых. Если жизнь возникла здесь, на Земле, то это значит, что мы имеем летопись этого таинства под рукой. Можно будет догадаться, как это произошло. А если жизнь возникла не на Земле, то это таинство скрыто от нас световыми годами и нам, возможно, навсегда останется только списывать на далёкое далёко всю ответственность.

А во-вторых, если жизнь возникла на Земле, то она возникла почти сразу. Это может означать, что условия на Земле удивительно подошли. Но это маловероятно. Мне больше нравится думать, что жизнь просто неизбежна. Отсюда получается, что именно в случае земного происхождения нашей жизни, жизнь на других планетах вероятней. Я думаю, что мы найдём то, что квалифицируем как жизнь, на всех планетах Солнечной системы.

[DNAoidea]

То есть?.. У некоторых амёб ДНК в десятки и сотни раз больше, чем у нас.

Интересный факт, не знал. А можете дать ссылку?

Конечно:
что-то сслыка не получается, пришиваю статью, надеюсь откроется.

В том то и дело. Кстати, не уверен, что участки, влияющие на плотность хроматина, нужно считать лишними, так как способ упаковки в хроматине косвенно влияет на частоту мутаций, возможность активизации МГЭ, и т.д., и организм вполне может использовать этот факт как средство для регулирования перестроек собственного генома.

я в общем-то не имел в виду "лишние" - это может быть очень важный решуляторный фактор, просто в таких вещах как это важен, возможно не сам элемент, как в случае промоторов или энхансеров, а так сказать их "массовость" - то есть у одного организма может быть десяток транспозонов, направленно прыгающих в специфические участки, а у другого один, делающий тоже самое. И как в таком случае отделить зёрна от плевел?

Поэтому я и считаю, что надёжнее всего оценка "сверху" просто по длине ДНК, но для вида, имеющего все признаки данного класса, но имеющего ДНК минимального размера, то есть такую, в которой минимальное количество "лишнего".

Да, но может быть миниамальный размер это уже резульатт "набивания" генома всякой билебердой? Мне кажется, что геномы склонны расти, а не сокращатся в размерах - то есть если нет каких-либо важных факторов, ограничивающих их размер, то они будут расти, пока на такой фактор не натолкнётся.

[Комбинатор]

Я использовал экспоненту, то есть, линейный график на логарифмической шкале.

А у Вас остальные (известные) точки легли на этот график? Если легли, то значит эволюция происходит с ускорением, то есть, на каждый новый шаг требуется меньше времени, чем на предыдущий.

Точно - не  точно, понятие относительное. Естественно, что прямая аппроксимируется по точкам методом наименьших квадратов. Но, во всяком случае, в логарифмическом масштабе аппроксимация гораздо лучше, чем в линейном.

[Комбинатор]

То есть?.. У некоторых амёб ДНК в десятки и сотни раз больше, чем у нас.

Интересный факт, не знал. А можете дать ссылку?

Конечно:
что-то сслыка не получается, пришиваю статью, надеюсь откроется.

Спасибо, открылась. Только про геном амёб я там что-то ничего не нашёл. Да и называется она "Animal Genome Size Database", что, вроде, к амёбам имеет весьма отдалённое отношение. Может Вы случайно не ту статью приаттачили?

Да, но может быть миниамальный размер это уже резульатт "набивания" генома всякой билебердой? Мне кажется, что геномы склонны расти, а не сокращатся в размерах - то есть если нет каких-либо важных факторов, ограничивающих их размер, то они будут расти, пока на такой фактор не натолкнётся.

Да, конечно, при прочих равных, геномы склонны скорее расти, чем уменьшаться. Именно поэтому я и беру минимальный геном, в котором если и есть лишнее, то по минимуму. То есть, это геном видов, которым в некотором смысле "повезло" после формирования класса жить, большей частью, в условиях с минимальными изменениями внешней среды. Получается, по существу, оценка сверху, но это всяко лучше, чем ничего.

[sss]

Точно - не  точно, понятие относительное. Естественно, что прямая аппроксимируется по точкам методом наименьших квадратов. Но, во всяком случае, в логарифмическом масштабе аппроксимация гораздо лучше, чем в линейном.

Что значит - относительное?  :shock:  Есть ведь такой показатель, как "R-квадрат". Кроме того, достоверность углового коэффициента можно проверить по критерию Стьюдента. Даже Excel это делает, одновременно с дисперсионным анализом уравнения регрессии. Что там получилось с достоверностью (Фишер/Стьюдент) и с точностью (R-квадрат)?

[Комбинатор]

Что значит - относительное?  :shock:  Есть ведь такой показатель, как "R-квадрат". Кроме того, достоверность углового коэффициента можно проверить по критерию Стьюдента. Даже Excel это делает, одновременно с дисперсионным анализом уравнения регрессии. Что там получилось с достоверностью (Фишер/Стьюдент) и с точностью (R-квадрат)?

Не знаю, ни среднеквадратичного отклонения, ни других показателей не считал, смотрел "на глазок". Я же в конце-концов не статью для серьёзного журнала готовил, а просто решил ради интереса проверить, что получится...
Если у Вс есть таковое желание, я могу здесь выложить координаты исходных точек, а Вы их загрузите в Excel, и сообщите нам, что там даёт строгий регрессивный анализ.  

[sss]

Если у Вс есть таковое желание, я могу здесь выложить координаты исходных точек, а Вы их загрузите в Excel, и сообщите нам, что там даёт строгий регрессивный анализ.  

Давайте Ваши точки. "Сейчас от них ничего не останется - одни дырочки!" (с)
В общем - кидайте, самому интересно.  :roll:

[Комбинатор]

Если у Вс есть таковое желание, я могу здесь выложить координаты исходных точек, а Вы их загрузите в Excel, и сообщите нам, что там даёт строгий регрессивный анализ.  

Давайте Ваши точки. "Сейчас от них ничего не останется - одни дырочки!" (с)
В общем - кидайте, самому интересно.  :roll:

Вот, скопировал из своего поста из другой ветки на этом форуме, немного подредактировав текст.
Естественно, что классы, особенно для одноклеточных, условны, это просто шаги их совершенствования. Так как прослеживалась линия к человеку, птицы, например, не учитывались, хотя, возможно, и зря...
**************************************************
....
Предлогаю на Ваш суд свою очередную табличку эволюции от археобактерий до млекопитающих.
================================================

Время (млрд. лет назад), класс организмов, длина минимального генома (в мпо)
3.8 - 4.2 археобактерии 1.7
2.7 - 3.5 цианобактении 3.5
2.7 - 3.0 одноклетночные эвкариоты (дрожи) 11
1.0 - 1.5 многоклеточные животные (нематоды) 30
0.55 - .60 хордовые 70
0.48 - 0.54 позвоночные (рыбы) 400
0.35 - 0.40 амфибии 950
0.28 - 0.32 рептилии 1100
0.20 - 0.24 млекопитающие 1700

================================================

Примечания.
1. Рассматривались лишь свободноживущие виды
2. При оценке времени появления принимались во внимание как палеонтологические данные, так и данные оценок на основе
молекулярной шкалы.
***********************************************************
От интервалов времени я брал середину.

[sss]

Блин нафиг! Мало того, что закрыл Excel без сохранения, так ещё и сеть глюкнула, когда пост отправлял.
Дубль два, по памяти. Если правую часть прологарифмировать, получается в высшей степени статистически достоверная связь.
Статистическая достоверность уже при линейной модели.
Однако более адекватно описывается обратной экспонентой (R2 что-то около 0,97 против примерно 0,86 при линейной модели). R2 показывает, насколько близко точки группируются вокруг теоретической кривой. Ещё лучше - полином, от 4-й степени и выше, поскольку экспонента на самом деле слегка волнистая. Однако полиномы я не люблю, поскольку ими можно что угодно описать.

[Комбинатор]

Блин нафиг! Мало того, что закрыл Excel без сохранения, так ещё и сеть глюкнула, когда пост отправлял.
Дубль два, по памяти. Если правую часть прологарифмировать, получается в высшей степени статистически достоверная связь.
Статистическая достоверность уже при линейной модели.
Однако более адекватно описывается обратной экспонентой (R2 что-то около 0,97 против примерно 0,86 при линейной модели). R2 показывает, насколько близко точки группируются вокруг теоретической кривой. Ещё лучше - полином, от 4-й степени и выше, поскольку экспонента на самом деле слегка волнистая. Однако полиномы я не люблю, поскольку ими можно что угодно описать.

Ну, я так примерно себе и представлял.

Если не трудно, и если данные не пропали безследно в чреве Excel-я, не могли бы Вы их как-нибудь приаттачить к данной ветке? Или можно прямо в личку. Если я буду где-нибудь их использовать, то, само собой, право на результаты обоработки за вами. :wink: