Комплементарность по одной цепочке ДНК

[Комбинатор]

хммм... квадруплетов 256 штук, график будет неудобоваримым.... Посмотрите данные в этой статье, там есть числа для олигонуклеотидов длиной до 9 оснований.

ОК, спасибо.

Гы, так эта гипотеза у меня тоже упомянута, второй по счету

Да, точно, извиняюсь, сразу не заметил. Да, любопытно... Надо будет это на досуге обмозговать...

[Алекс_63]

Кажется, я наконец понял идею Комбинатора.

Короче, второе правило - результат взаимодействия "статистика + механизм перекоса между GC- и AT-контентом".

А что всё-таки приводит к перекосу?
Откуда и почему он взялся?
Во втором правиле Чаргоффа именно это имеет принципиальное значение, а не статистика как таковая и связанная с ней всякого рода "лапша на уши"!

[Алекс_63]

Всё живое размножается. Размножение есть следствие симметрии живых существ.
Живым присущи следующие виды симметрией:
1. сферическая симметрия;
2. аксиальная симметрия;
3. симметрия вращения n-го порядка;
4. двусторонняя (билатеральная) симметрия;
5. трансляционная симметрия
Очевидно, что тип симметрии определяется Геномом в целом и является фундаментальным свойством живого существа. Другими словами вектором его эволюции.

Согласно трудам В. Н. Беклемишев принята следующая классификация типов симметрии протистов:

* анаксонная — например, у амеб (полная асимметрия)
* сферическая (шаровая симметрия, имеется центр симметрии, в котором пересекается бесконечное число осей симметрии бесконечно большого прядка) — например, у многих спор или цист
* неопределенно полиаксонная (есть центр симметрии и конечное, но неопределённое число осей и плоскостей) — многие солнечники
* правильная полиаксонная (строго определенное число осей симметрии определённого порядка) — многие радиолярии;
* ставраксонная (монаксонная) гомополярная (есть одна ось симметрии с равноценными полюсами, то есть пересекаемая в центре плоскостью симметрии, в которой лежат не менее двух дополнительных осей симметрии) — некоторые радиолярии;
* монаксонная гетерополярная (есть одна ось симметрии с двумя неравноценными полюсами, центр симметрии исчезает) — многие радиолярии и жгутиковые, раковинные корненожки, грегарины, примитивные инфузории;
* билатеральная — дипломонады, бодониды, фораминиферы.
Люди как и все млекопитающие обладают билатеральной симметрией (имеется плоскость симметрии).

Но при этом ни одно живое существо на Земле не обладает абсолютной симметрией. Всегда имеется погрешность. Это происходит потому, что любое живое существо - это всегда открытая система, которое вынуждено бороться с хаосом (ростом Энтропии). Поэтому оно обязано быть открытым, но не полностью, а типа полуоткрытым где-то порядка 1-1,5%.

Я извиняюсь за лирическое отступление, а теперь по сути:
Второе правило Чаргаффа как раз и свидетельствует о всём вышесказанном. С его помощью легко определить тип симметрии того либо иного живого существа.

Более того, оно даёт объяснение интронным зонам - они необходимы живому организму для "исправления" своего вектора симметрии с одной стороны. С другой стороны являются дифференциалом составляющих органелл и органов.

Зная тип симметрии на уровне генома (2-ое правило Чаргоффа), можно более плодотворно проводить генноинженерные работы "подправляя" генные вставки.

[Ван]

Вопрос в следующем, если геномы изменяются вследствие случайных мутаций, то каковы механизмы сохранения этой закономерности учитывая, что отношение(A+T) / (G+C) разное для всех видов.

В общем, я ни разу не генетик, но этот вопрос меня когда-то сильно заинтересовал. Тогда я взял довольно длинную последовательность умеренно повторяющейся цепочки ДНК и выписал чередование одноимённых нуклеотидов А и Т. Это чередование шло с примерными интервалами 2-3-2-3... для тех и других. Тогда я построил двухмерный график, на котором расположил цепочку одноимённых нуклеотидов в соответствии с рядом Люка (производным от ряда Фибоначчи). Все более или менее большие промежутки между числами заполнил такими же рядами (так, что они перекрывали проекции друг друга на ось абсцисс). И следующие большие промежутки заполнил точно так же, пока отражения на оси абсцисс не легли в тех же интервалах. График получился похожим на ветвь ели, разрезанную пополам вдоль.
Со смещением на единицу я наложил на этот график точно такой же (для Т), заполнив половину промежутков. Оставшихся после этого промежутков как раз хватило для наложения двух графиков с интервалом, кажется, 3-5-3-5... (ой, не помню, давно это было!). Переполненное начало графика я просто отрезал и не стал принимать во внимание.
В целом, оставшийся двухмерный график оказался похожим на половину новогодней ёлки. А линейное его отображение можно уподобить той же ёлке, обвязанной верёвкой в момент покупки.  После чего я решил, что модель Уотсона-Крика не вполне отражает реальную картину ДНК, и что мне следует плюнуть на это дело и в него глубже ни в коем разе не лезть. Ибо чревато, поскольку указанная модель требует участия неких неизвестных дальнедействующих сил для соблюдения указанной диспозиции.

[Алекс_63]

я построил двухмерный график, на котором расположил цепочку одноимённых нуклеотидов в соответствии с рядом Люка (производным от ряда Фибоначчи). Все более или менее большие промежутки между числами заполнил такими же рядами (так, что они перекрывали проекции друг друга на ось абсцисс). И следующие большие промежутки заполнил точно так же, пока отражения на оси абсцисс не легли в тех же интервалах. График получился похожим на ветвь ели, разрезанную пополам вдоль.

Ряд Люка: 1,1,2,3,5,8,13,21,34, ...
Ваши одноимённые нуклеотиды: 2,3,2,3, ...
Как Вы строили график?

[Ван]

Ряд Люка: 1,1,2,3,5,8,12,21,34, ...
Ваши одноимённые нуклеотиды: 2,3,2,3, ...
Как Вы строили график?

Попытался поискать в архиве. Похоже, выкинул всё. Попробую по памяти.
Сначала ряд Люка по восходящей кривой. От чисел опускал перпендикуляры на ось абсцисс. Затем второй ряд Люка, начиная с 3, но со сдвигом точки отсчёта, кажется, в первый же промежуток больше 3 единиц (с 10, наверное; вторую кривую чертил от этой точки первого графика). Потом третий ряд и его кривую с ещё бОльшим сдвигом, ориентируясь на промежутки по оси абсцисс. И так далее, насколько трёх склеенных листов миллиметровки хватило. Затем со сдвигом на единицу от самого начала повторил такой же график. В оставшиеся промежутки вставил ещё две менее развесистые кривые с чередующимися интервалами 3 и 5. Как-то примерно так.

Только в ряду Люка не 12, а 13 стоит. Сумма 5 и 8.

[Алекс_63]

модель Уотсона-Крика не вполне отражает реальную картину ДНК...
указанная модель требует участия неких неизвестных дальнедействующих сил для соблюдения указанной диспозиции.

Почему?

[Ван]

модель Уотсона-Крика не вполне отражает реальную картину ДНК...
указанная модель требует участия неких неизвестных дальнедействующих сил для соблюдения указанной диспозиции.

Почему?

Ой, как я коряво написал!  В смысле - модель организации последовательности нуклеотидов в соответствии с рядами Люка, а не уотсон-криковская!

[Алекс_63]

В смысле - модель организации последовательности нуклеотидов в соответствии с рядами Люка

А каким образом в этой модели проявляют участие дальне действующие силы для соблюдения указанной диспозиции?

[Ван]

В смысле - модель организации последовательности нуклеотидов в соответствии с рядами Люка

А каким образом в этой модели проявляют участие дальне действующие силы для соблюдения указанной диспозиции?

Если бы кто мог объяснить, на основании каких материальных причин в живой природе предпочтение отдаётся закономерностям, так или иначе подвязанным на ряд Фибоначчи и фракталы, ему одной Нобелеки было бы недостаточно.

[Алекс_63]

в живой природе предпочтение отдаётся закономерностям, так или иначе подвязанным на ряд Фибоначчи и фракталы

А с чего это Вы так решили?

[Ван]

в живой природе предпочтение отдаётся закономерностям, так или иначе подвязанным на ряд Фибоначчи и фракталы

А с чего это Вы так решили?

Посмотрите вокруг.

[Алекс_63]

Посмотрите вокруг.

А по существу, можно?

[Ван]

Посмотрите вокруг.

А по существу, можно?

В Гугле много. Поищите сами, пожалуйста.

[Алекс_63]

В Гугле много. Поищите сами.

Меня интересует генетический код.
А также симметрия-асимметрия, как движущая сила эволюции.

Я не думаю, что предложенная Вами методика имеет какой-нибудь здравый смысл. И Вы это сами понимаете.
В Вашем случае Вы по-сути изображаете ряд Люка: 1,1,2,3,5,8,13,21,34, ... , а генетический код является для этого шумом и не более того. Его место с успехом мог заменить генератор случайных чисел.

Совсем другое дело - это обсуждаемое здесь 2-ое правило Чаргаффа!
С точки зрения статистики, "сдвига" не должно быть, а он имеет быть место.
По своей сути данное правило характеризует симметрию.
Реальный смысл и реальную пользу от этого правила я изложил в этой ветке в ответе 77,
а также здесь: http://www.paleo.ru/forum/index.php/topic,3022.msg71098.html#msg71098      (ответ 27, 29)