Самоконтроль в мтДНК-исследованиях

[Рома]

Известно, что митохондриальный геном человека не содержит интронов, а содержит гены рибосомных рРНК, тРНК, гены кодирующие три субъединицы цитохром-с-оксидазы, шестой и восьмой субъединиц АТФазы, ген цитохрома b, гены семи субъединиц НАДФ-дегидрогеназы,   а единственный некодирующий район - D-петля, содержит в себе точку инициации репликации, сайты связывания транскрипционного факторы, промотор лёгкой цепи, два промотора тяжёлой...
В общем, большинство мутаций мтДНК имеют своё биологическое значение, приводя к тем или иным (чаще, конечно, негативным) последствиям.
В яйцеклетке содержится далеко не одна митохондрия, что и может приводить к тому, что во взрослом организме могут быть митохондрии с разным геномом.
Соответственно возникает закономерный вопрос - какие меры принимают мтДНК-исследователи, что бы избежать грубых ошибок?
Чисто навскидку могу предположить -
1) Взятие образцов из различных областей тела одной особи - если есть расхождения - смотреть внимательнее;
2) Анализ родословных - если у детей мтДНК отличается от материнской - смотреть внимательнее;
3) Анализ мутаций - если идёт замена триплета, кодирующего какую-либо аминокислоту на триплет, кодирующий её же - всё в порядке, если нет - смотреть внимательнее
4) Синтез ДНК, с последующим синтезом с неё РНК и полипептидов с проверкой их функциональности.

Особенно хотелось бы узнать, какие из методов самопроверки применялись в таких коньюнктурных (сиречь высокооплачиваемых) исследованиях как создание карт миграции или анализ мтДНК неандертальцев, как учитывалась зависимость скорости и направления движения стрелок от условий среды, когда больший успех имели более экономные, а когда - более мощные митохондрии...

[Питер]

Никаких. Роман, каков  по  вашему  мнеию   процент  гетероплазмии  по мтДНК ?

[Alexy]

Никаких. Роман, каков  по  вашему  мнеию   процент  гетероплазмии  по мтДНК ?

Гетероплазмия - это отличия митохондриальных геномов разных клеток одного организма? Или что-то другое?

[Рома]

Никаких. Роман, каков  по  вашему  мнеию   процент  гетероплазмии  по мтДНК ?

Никаких. Роман, каков  по  вашему  мнеию   процент  гетероплазмии  по мтДНК ?

"Мал золотник, да дорог", гласит народная мудрость. Учитывая то, что "Гетероплазмию можно считать ключевым механизмом возникновения и формирования разнообразия митохондриальных геномов, если принять во внимание, что скорость фиксации вновь возникшей мутации достаточно высока [12]."
http://mirrabot.com/work/work_1227.html

и "Мутации кодирующего региона митохондриального генома не являются селективно нейтральными: показано, что естественный отбор наложил существенный отпечаток на спектр митохондриальных генофондов народов, мигрировавших на север из местностей с более жарким климатом. Анализ соотношения синонимичных и не синонимичных (приводящих к замене аминокислот) мутаций генов, кодирующих коровые субъединицы ферментов дыхательной цепи, показал, что наиболее вариабельным в отношении аминокислотного состава белком, кодируемым митохондриальной ДНК, является субъединица 6 мембранной АТФазы, АТРб. Этот ген был наиболее вариабелен у обитателей арктической зоны, у жителей умеренного климата наиболее вариабельным был ген цитохрома В cytB, и у жителей тропиков наиболее вариабельным был ген цитохромоксидазы I coxl. Все эти мутации имеют функциональное, следовательно, адаптивное значение, и данное наблюдение показывает, что естественный отбор благодаря климатическим особенностям места проживания популяции мог оказать значительный эффект на митохондриальный генофонд [99]. " (оттуда же), ясно, что во всяких "промежуточных" популяциях надо очень тщательно исследовать людей на предмет гетероплазмии, а для того, чтобы настроить "митохондриальные часы" надо очень и очень тщательно исследовать функционирование ферментов и климатические условия проживания особей.
То есть, митохондриальная диагностика времени расхождения популяций тропических сапиенсов и гиперарктических неандеров - полная ересь, не имеющая научного значения (особенно если функциональность ферментов, тРНК и рРНК вообще не проверялась), а карты расселения человечества, основанные на мтДНК диагностике - нуждаются в очень тщательном анализе, и, вероятно, ревизии. Я правильно Вас понял?

Да, в методы самопроверки можно забросить ещё биохимические исследования и микроскопию мышечных биоптатов.

[Рома]

Никаких. Роман, каков  по  вашему  мнеию   процент  гетероплазмии  по мтДНК ?

Гетероплазмия - это отличия митохондриальных геномов разных клеток одного организма?

Ага. Фишка в том, что в яйцеклетке не одна митохондрия, а целая куча, в том числе, имеющие разный геном, и пока зигота на бластулу делится - митохондрии по разным клеткам расползаются. Вот и получается, что в одних клетках - одни митохондрии, в других - другие. Ежели самопроверку себе не устривать, то вполне может оказаться, что 100% популяции, имеющие в себе по 5% мутантных митохондрий, покажутся испытателю 5% популяции, имеющими 100% мутантных митохондрий. И нет тому горе-учёному никакого дела до того, что 100% подобных митохондрий с жизнью вообще не совместимы, бо ферменты их дефектны или вообще не активны. Ежели биохимию крови сделать, в подобной ситуации можно что-то интересное типа накопления промежуточныхх метаболитов углядеть, или при микроскопии мышечного пунктата можно "рваные красные волокна" обнаружить...

Впрочем, биологам не впервой переписывать друг у друга инфу, что у мухи четыре лапы, что в поверхностном слое воды жизни нет, что у человека 48 хромосом... Что может быть проще, чем синтезировать ДНК из 16559 пар нуклеотидов (в коммерческой лаборатории запросят меньше 50000$), а на её базе - РНК и белок? Разве что пересчитать лапки у мухи. Но кому это надо?

[вз]

Ежели самопроверку себе не устривать, то вполне может оказаться, что 100% популяции, имеющие в себе по 5% мутантных митохондрий, покажутся испытателю 5% популяции, имеющими 100% мутантных митохондрий

Дык если только 5% то второго пика не увидать. Но правила хорошего тона требуют от автора указывать все замеченные случаи гетероплазмии в популяционных выборках, и собственно так и поступают когда приводят результаты в сапплементе. Жаль что в генбанковском формате нет общепринятых соглашений как такие вещи кодировать - по крайней мере не встречал еще. И оговорюсь что случаи это редкие, в среднем только 1/500-1/200 от всех образцов имеет гетероплазмию в позициях интересных филогенистам. Это про популяционные выборки. Про семейные штудии см ниже.

"Мутации кодирующего региона митохондриального генома не являются селективно нейтральными: показано, что естественный отбор наложил существенный отпечаток на спектр митохондриальных генофондов

Роман:  более новую и гораздо более полную информацию по вопросу селекции в мт человека Вы найдете в

The role of selection in the evolution of human mitochondrial genomes
Toomas Kivisild et al
Genetics: Published Articles Ahead of Print, published on September 19, 2005 as 10.1534/genetics.105.043901
2005

если в двух словах то так: на момент написания этой статьи авторам были известны все опубликованные работы о возможности существования такого отбора, но онм пришли к противоположным выводам. На то есть действительно веские основания.

4) Синтез ДНК, с последующим синтезом с неё РНК и полипептидов с проверкой их функциональности

что, ин витро проверять функциональность молекулы? Тогда ответ будет один эдак на 99%: даже в клетке шимпанзе будет работать и давать продукты надлежащего качества.

Да, в методы самопроверки можно забросить ещё биохимические исследования и микроскопию мышечных биоптатов

И так хороших сельских пробандов с огнем не сыщешь, а Вы еще их щипать предлагаете?


А если серьезно - то для начала неплохо бы предоставить качественную помощь больным нейромышечными болезнями. Кстати, не всякий хирург умеет грамотно биоптат взять. И обеспечить бесплатной молекулярной диагностикой всех пациентов с подозрениями на такие болезни. Видов миопатий многие сотни и в целом здесь требуются значительные расходы. А ведь большинство пациентов - совсем маленькие дети.

2) Анализ родословных - если у детей мтДНК отличается от материнской - смотреть внимательнее

Разумно, хотя упирается в средства. На самом деле порядка 1%-5% ото всех трансмиссий выявленных в семейных исследованиях представляет определенный филогенетический интерес - он заключается в том что у потомков выявляются гетероплазмические мутации пусть и малого но ненулевого "веса", в отличие от гетероплазмий длины которые составляют более 95% мутаций но совершенно нам не интересны. Но даже эти несколько жалких процентов имеют немного шансов закрепиться в 3-4ом поколениях.

зы: если узнать точно каковы это шансы - то тогда не было б проблемы с креационистами: именно в этих процентиках заключается вся проблема pedigree mutation rate

[вз]

Полная статистика получится умножением четырех следующих наборов случаев друг на друга.
 
1) считать отдельно для каждого типа ткани откуда выделяют днк
(обычно лейкоциты)

2) взять все сайты мт где известны субституции (их пока < 3000, а потенциально и все 16.5 тысяч). для небинарных сайтов учитывать отдельно 3 или 4 возможных основания

3) разбить для удобства все возможные величины гетероплазмии на диапазоны, скажем 5%, 10% итд. Учесть что маленькие величины не детектятся без специальных техник.

4) все это для каждого индивида отдельно или для каждой пары мать-ребенок если это семейные исследования.

На довольно большом популяционном материале известно, что  субституция в гетероплазмическом состоянии, которую можно заметить обычными средствами - просто на трейсе, - достаточно редкая вещь. Скажем так, < 1%. Далее, из немногочисленных семейных данных известно что гетероплазмические различия матери и детей бывают < 5% случаев, причем в семейных исследованиях точность фиксации гетероплазмии выше чем в популяционном случае, т.е. статистики и не сопоставимы полностью. Даже при таких грубых оценках, каковы шансы что можно подкопаться под выводы популяционных исследований?

Далее, не кажется ли закономерным что в обоих типах исследований самыми вариабельными оказываются практически одни и те же сайты? Если собрать огромный и дорогостоящий материал, не окажутся ли выводы о мутабельности "тяжелых" сайтов ниже статистической достоверности?

[Питер]

Никаких. Роман, каков  по  вашему  мнеию   процент  гетероплазмии  по мтДНК ?

Гетероплазмия - это отличия митохондриальных геномов разных клеток одного организма?

Ага. Фишка в том, что в яйцеклетке не одна митохондрия, а целая куча, в том числе, имеющие разный геном, и пока зигота на бластулу делится - митохондрии по разным клеткам расползаются. Вот и получается, что в одних клетках - одни митохондрии, в других - другие. Ежели самопроверку себе не устривать, то вполне может оказаться, что 100% популяции, имеющие в себе по 5% мутантных митохондрий, покажутся испытателю 5% популяции, имеющими 100% мутантных митохондрий. И нет тому горе-учёному никакого дела до того, что 100% подобных митохондрий с жизнью вообще не совместимы, бо ферменты их дефектны или вообще не активны. Ежели биохимию крови сделать, в подобной ситуации можно что-то интересное типа накопления промежуточныхх метаболитов углядеть, или при микроскопии мышечного пунктата можно "рваные красные волокна" обнаружить...

Впрочем, биологам не впервой переписывать друг у друга инфу, что у мухи четыре лапы, что в поверхностном слое воды жизни нет, что у человека 48 хромосом... Что может быть проще, чем синтезировать ДНК из 16559 пар нуклеотидов (в коммерческой лаборатории запросят меньше 50000$), а на её базе - РНК и белок? Разве что пересчитать лапки у мухи. Но кому это надо?

Рома, вы  когда-нибудь    митохондриальный  геном  секвенировали ?  
И  по  поводу   что  нет  ничего  проще  синтезировать   ДНК  из 16559  пар  нуклеотидов и  потом ее  оттранскрибировать  и  отранслировать    -   это  круто. Особенно если  делать  это в  популяционном  аспекте ...  Вы   мне  адресочек  такой  коммерческой  лабы  не  скинете ?
Кстати,  вы  себе  представляете,  когда  появляются  рваные  миофиламенты ?
Рома. в  отличие  от вас  и  от меня у  ВЗ  опыт  работы  с  мтДНК   -  очень  большой.  Поверьте,  я  очень  хорошо  представляю,    откуда   этот  человек  и  посему  очень  советую  прислушаться к  его  мнению.

[DNAoidea]

что-то я не понял - а чем вообще поможет синтез всей мДНК? Вариант с какими именно мутациями синтезировать? Не проще ли выделить? А там собрать геном (при размерах 16559 нуклеотидов это не тяжело) и посмотреть - есть гетероплазия или нет? Ведь если иметь достаточно много кусков, то это видно будет. Правда, в принцыпе в ПЦРе могут быть ошибки и это усложняет дело...
мерить активность ферментов? Ну это можно, конечно - чтобы выявить мутации нейтраль по одной или кое-какие компенсируют одна другую?

[Рома]

Дык если только 5% то второго пика не увидать. Но правила хорошего тона требуют от автора указывать все замеченные случаи гетероплазмии в популяционных выборках, и собственно так и поступают когда приводят результаты в сапплементе. Жаль что в генбанковском формате нет общепринятых соглашений как такие вещи кодировать - по крайней мере не встречал еще. И оговорюсь что случаи это редкие, в среднем только 1/500-1/200 от всех образцов имеет гетероплазмию в позициях интересных филогенистам. Это про популяционные выборки. Про семейные штудии см ниже.

Очень интересно. Прошу простить меня, но правильно ли я понял, что на вопрос о том, что делают мтДНК-исследователи популяционщики, чтобы исключить случаи пропуска гетероплазмий, Вы ответили, что они, при всей важности этого вопроса, толком не знают, что делать (как учитывать и анализировать) уже обнаруженные случаи, коих не меньше 0,1% процента популяции ?

The role of selection in the evolution of human mitochondrial genomes
Toomas Kivisild et al
Genetics: Published Articles Ahead of Print, published on September 19, 2005 as 10.1534/genetics.105.043901
2005

Очень интересная книга, хоть я пока и не со всем разобрался, но, думаю, если по ссылкам пробегусь - разберусь. Если что будет непонятно - спрошу.

если в двух словах то так: на момент написания этой статьи авторам были известны все опубликованные работы о возможности существования такого отбора, но онм пришли к противоположным выводам. На то есть действительно веские основания.

Ну, лично я пока не обнаружил в этой книги столь категоричного (и крайне спорного) утверждения. Спорность подобного утверждения, на мой дилетантский взгляд, заключается в том, что таки описана куча болезней с митохондриальным типом наследования, а назвать болезнь, приводящую к смерти в раннем возрасте биологически нейтральной как-то не поворачивается язык. Более того, учитывая, что для митохондрий окружающей средой является организм человека, то, ИМХО, можно с достаточной степенью уверенности утверждать, что одни мутации мтДНК будут иметь большее адаптивное (и эволюционное) значение при преимущественно углеводном питании, другие - при преимущественно мясном, третьи - при нехватке кислорода, четвёртые - при высокой мышечной нагрузке... А вот учёта всех этих факторов я пока не встретил.

что, ин витро проверять функциональность молекулы? Тогда ответ будет один эдак на 99%: даже в клетке шимпанзе будет работать и давать продукты надлежащего качества.

А оставшийся 1%? Неучтённая ошибка секвенирования? Кроме того интересен не столько качественный анализ - работает\не работает, а количественный - с графиками субстрат/продукт и прочей бедой. Думаю, высказывание о биологической нейтральности той или иной мутации было бы куда более обоснованным, если бы к нему прилагались идентичные графики ферментативной активности как отдельных ферментов, так и целых митохондрий.

А если серьезно - то для начала неплохо бы предоставить качественную помощь больным нейромышечными болезнями. Кстати, не всякий хирург умеет грамотно биоптат взять.

А своих лаборантов обучить?

зы: если узнать точно каковы это шансы - то тогда не было б проблемы с креационистами: именно в этих процентиках заключается вся проблема pedigree mutation rate

"Боевое планирование надо проводить грамотно - по синим яйцам красными стрелочками. А у вас яйца отдельно, стрелочки отдельно." А с креационистами, ИМХО, проблемы были бы в любом случае - слепая вера и некритичное следования авторитетам - неистребимые свойства человеческой психики.

[Рома]

что-то я не понял - а чем вообще поможет синтез всей мДНК? Вариант с какими именно мутациями синтезировать? Не проще ли выделить? А там собрать геном (при размерах 16559 нуклеотидов это не тяжело) и посмотреть - есть гетероплазия или нет? Ведь если иметь достаточно много кусков, то это видно будет.

Так куски-то желательно брать из разных отделов тела.

Правда, в принцыпе в ПЦРе могут быть ошибки и это усложняет дело...

Вот именно для исключения ошибок ПЦР и желательно проводить синтез de novo.

мерить активность ферментов? Ну это можно, конечно - чтобы выявить мутации нейтраль по одной или кое-какие компенсируют одна другую?

Угу. И заодно для того, что бы проверить не компенсируют ли условия жизни энту мутацию.

[Рома]

Рома, вы  когда-нибудь    митохондриальный  геном  секвенировали ?  

Нет. Но для того, что бы оценить вкус курицы не обязательно быть поваром. Для того что бы сказать, что астрология это лженаука -необязательно уметь составлять гороскоп.

И  по  поводу   что  нет  ничего  проще  синтезировать   ДНК  из 16559  пар  нуклеотидов и  потом ее  оттранскрибировать  и  отранслировать    -   это  круто.

Разве я сказал, что нет ничего проще? Я сказал, что лапки у мухи пересчитать проще, и что этого никто не делал сотни лет.

Особенно если  делать  это в  популяционном  аспекте ...  Вы   мне  адресочек  такой  коммерческой  лабы  не  скинете ?

Я сказал, что синтезировать её будет менее 50000$. Транскрипция и трансляция - за отдельную цену. А адресок... К примеру - www.evrogen.ru  Думаю, если в популяционном аспекте - договориться можно. Если вдруг не договоритесь - скажите, попробую подобрать другую.

Кстати,  вы  себе  представляете,  когда  появляются  рваные  миофиламенты ?

Рваные миофиламенты? Вероятно, при обработке их пищеварительными ферментами.
А симптом "рваных красных волокон", они же "riger red fibres" - появляется, когда изменённые, резко увеличенные в размерах митохондрии, располагаются  по периферии мышечного волокна, под сарколеммой, содержат дезорганизованные кристы и аномальные паракристалические или осмофильные включения. Чаще обнаруживаются при мутациях генов, кодирующих тРНК, и, соответствующим нарушением синтеза белков. При окраске биоптата мышц по Гомори - создают впечатление "разрывов по периферии".

Рома. в  отличие  от вас  и  от меня у  ВЗ  опыт  работы  с  мтДНК   -  очень  большой.  Поверьте,  я  очень  хорошо  представляю,    откуда   этот  человек  и  посему  очень  советую  прислушаться к  его  мнению.

Задавить меня авторитетом - дело нехитрое, а вот толково объяснить что к чему... Впрочем, если ВЗ имеет опыт работы не только с мтДНК, но и со  студентами, ему это не составит труда. Во всяком случае, его ответы многое проясняют, да и книжку он дал весьма показательную.

[вз]

Уважаемый Роман! К счастью, я не являюсь авторитетом и как Вы должны были заметить, аргументировал свое мнение чисто практическими соображениями. Я утверждаю что такая точка зрения имеет право на существование и (наверное, увы) в данный момент она целесообразнее, учитывая крайнюю ограниченность ресурсов и наличие не менее важных проблем, еще не решенных.

Действительно не знаю чем Вам возразить. Пробежался по тому что написал - и готов ЕЩЕ РАЗ ПОВТОРИТЬ ТО ЖЕ САМОЕ. Возможно, Вам нужны более веские аргументы чем те что я смог наскрести -  значит следует обратиться к экспертам чье мнение может считаться решающим. Например к тому же Т.К., автору приложенной статьи по сабжу, фактически ему одному принадлежит не менее половины результатов по глубинной филогении в Азии, да и нынешний дизайн "берегового" версии OOA впридачу. Могу помочь Вам сформулировать Ваш вопрос аккуратнее, но боюсь что мое предвзятое отношение к интерсующей Вас проблеме (и уверенность что Т.К. его разделяет) не будет способствовать успеху начинания.

По поводу отбора в мт можно говорить очень и очень долго. Видите ли, еще на заре митохондриального секвенирования многие уважаемые авторы пытались найти хоть ну какие-то медицинские оправдания этому расточительному занятию. А в 90х годах оно было куда расточительнее чем сейчас!  В пристойных журналах накопилось порядка тысячи статей на эту тему а если приплюсовать доонлайновую эпоху а также разные местные издания то наверное потянет на десятки тысяч. Трудно предположить что все публикации основаны на достоверных и проверяемых фактах, особенно трудно так думать сейчас, когда выросли и знания и требования.

Даже курьезные случаи бывали. Был такой автор доктор П. из Национального института здоровья в США (да и сейчас есть). Году примерно в 1995 он опубликовал пару работ которые наверное надо включать в учебники по истории науки. Он собрал 200 младших школьников европейского происхождения, секвенировал мтднк и одновременно замерял IQ. Из его работы с офигительной достоверностью вытекало что самый низкий интеллект обнаружился у детей с набором из двух специфических мутаций, причем если мне память не изменяет, речь шла о значениях IQ на уровне дебильности. А между тем мутации эти определяют одну европейскую гаплогруппу, и нередкую, порядка 12%. Но доктор П. об этом не ведал, так как тогда была изучена лишь азиатско-американская филогения и то на самом поверхностном уровне. Про его открытие даже писали в газетах. Будучи аккуратным автором, он озадачился каковы же истинные молекулярные причины этой несправедливости природы, может какого продукта мтднк детям не хватает?  Стал изучать те немногие полные или почти полные сиквенсы где встречалась такая комбинация мутаций и обнаружил что во всех случаях имеется транзиция в гене одной из тРНК. Проверил свой сампл - ух ты! Так и есть. Имеют в точности те у кого есть две упомянутые мутации в ГВС. Надо заметить что было бы странно если бы результат оказался другой, потому что данная тРНК-овая мутация входит в мотив той же самой гаплогруппы - но об этом пока молчим, ведь в задачи автора филогеографические вопросы не входили. Он написал обоснование, как оно виделось ему, и оно было достаточно аккуратным. Подробностей не помню, наверное что-то про общее снижение активности продуктов мтднк. А спустя три года ситуация так изменилась что статьи эти стали откровенным бредом. Уже знали и про эту самую гаплогруппу, и про ее частоту, и про три мутации. Но из принципиальных соображений английские авторы опубликовали-таки работу где представили не меньшую выборку детей с такими же мутациями как вместе так и в отдельности, из Европы и Азии, и не обнаружили у них отклонений IQ от ожидаемого среднего. Ну а доктор П., известный и уважаемый автор, в настоящее время продолжает изучение молекулярных основ детской дебильности, и говорят, достиг в этом направлении определенных успехов.

Прошло еще сколько-то лет, и дизайн таких работ сильно изменился в лучшую сторону. А именно, стали различать мутации входящие в мотивы гаплогрупп, и не входящие. В первом случае само название работы бывает "гаплогруппа такая-то и болезнь такая-то", причем болезни обычно с размытой нозологией, часто просто "синдромы". Практически на каждую распространенную мутация есть длиннющий перечень улик. Например, мутация на 15928 которую исследовал доктор П. засветилась не только на детской дебильности но и на вполне взрослой астенозооспермии. Думаю, Вы Роман не могли не встретить упоминание о статье Ruiz-Pesini et al. 2000 Human mtDNA haplogroups associated with high or reduced spermatozoa motility. Наверное это самый классический труд по сабжу. Там есть и опыты правда до de novo дело не дошло, но прогресс по сравнению с опытами доктора П. налицо. Там был и опыт с движением спермы по капиллярам и вполне разумные молекулярные рассуждения о том что же не так с тРНК. Исследование это вдохновило автора, Эдуардо Руис-Пезини на новую статью, с глобальными импликациями. Он просмотрел множество полных сиквенсов и обнаружил, что варианты собранные в популяциях с экстремальными условиями жизни, имеют большее количество несинонимических замен чем в среднем. Но ко времени выхода этой статьи (2004 год) Т.К. уже сделал более тонкое наблюдение, работая с той же самой базой опубликованных сиквенсов. А именно, он заметил что такой перевес есть только у молодых гаплогрупп. А на всем пути от Евы до предковых гаплогрупп большой древности большинство замен - синонимические. И кстати Т.К. охотно делился этим выводом с коллегами из разных лабораторий, еще до того как вышла его собственная работа (которая приаттачена выше). Даже по памяти могу назвать пару статей вышедших раньше где со ссылкой на Т.К. говорится об этом наблюдении. А уж как, Роман, обозвать этот факт, что стакан наполовину пуст или наполовину полон - мне нет особого дела. Формально это стабилизирующий отбор, в сочетании с другими видами отбора, роль которых несколько меньше.


Давайте сделаем так. Я приаттачу одну статейку из Ланцета. В свое время обсуждал с врачами. Хочу услышать Ваше мнение. Ну а потом поговорим.


>что делать (как учитывать и анализировать) уже обнаруженные случаи, коих не меньше 0,1% процента популяции ?

Больше конечно. Я бы сказал что  0,5% ближе к истинному значению, хотя присягать Вам не буду. Слишком много переменных. Но есть один факт который заставляет задуматься: в  среднем от 2/3 до 3/4 гетероплазмических сайтов приходится на несколько сверхлегких мутаций. Самых сверхлегких. p.s. - На всякий случай опять оговоримся что гетероплазмия длины нас не интересует и ее в статистику никто не включает.

[DNAoidea]

Так куски-то желательно брать из разных отделов тела... Вот именно для исключения ошибок ПЦР и желательно проводить синтез de novo.

И всё-таки не понимаю... Вязяли вы куски - так ведь отсеквенировать не отпцэрив не выдет. Так что же тогда это меняет? Вы пцрите, секвенируете, потом синтезируете всё это заново? А зачем? Куски-то уже готовые есть... Модите их собрать (на компе) в единное кольцо. А зачем потом его вновь синтезировать?..

Угу. И заодно для того, что бы проверить не компенсируют ли условия жизни энту мутацию.

про условия жизни - ну с трудом верится, что тут была адаптивная эволюция... Уж слишком там мало генов, и все они стабильные-престабильные (в эволюции вообще)

[Рома]

И всё-таки не понимаю... Вязяли вы куски - так ведь отсеквенировать не отпцэрив не выдет. Так что же тогда это меняет? Вы пцрите, секвенируете, потом синтезируете всё это заново? А зачем? Куски-то уже готовые есть... Модите их собрать (на компе) в единное кольцо. А зачем потом его вновь синтезировать?..

А для наглядности и достоверности. Мало ли? Вдруг где ошибка? Вот к примеру, мощная компания по пропаганде шпината в Европе в свое время началась из-за одной опечатки в справочнике... А тут всё ясно - сделали, запхали в дехромосомированную митохондрию, засунули в бесклеточную систему с факторами трансляции и недостающими белками, добавили люцефирина с глюкозкой да под фотометр - смотрим, глазом простым видно - живёт митохондрия, да размножается. А тут ещё и уровни глюкозки да корнитина менять можно и графики строить... Ни одна сволочь не придерётся.

про условия жизни - ну с трудом верится, что тут была адаптивная эволюция... Уж слишком там мало генов, и все они стабильные-престабильные (в эволюции вообще)

Куда же без неё, родимой. Запхайте популяцию в условия гипоксии - часть низинных линий сразу в расход уйдёт. Дайте нагрузочку глюкозкой - дригие линии элиминируются... Поменяйте аминокислотный состав кормов - другие изменения попрут. Нету в нашей жизни, такой-растакой, ничего стабильного - Земля наша велика и обильна, а порядка на ней нет, не было, и не будет.