Мутагенез

Alexeyy · августа 12, 2020, 11:47:54

С последним - абсолютно согласен.
И ведь 1-й лагерь при этом совсем не отрицает, что именно благодаря отбору возникло самонаправление эволюции, например, благодаря человеческому интеллекту.
Но при этом отказывает в возможности реализоваться тому же самому, но на уровне ДНК.

Питер · августа 12, 2020, 12:06:55

Я вот с восем не понял, что вы хотели сказать. Как связан интеллект человека с самонаправлением эволюции

А вторая фраза - что, у нас у ДНК есть интеллект ? Или чуть шире - если сознание у E. coli ?
Ну и еще шире - вот мы человеки с интеллектом. мы можем САМОНАПРАВИТЬ дальнейшую эволюцию работы нашего кишечника или почек ? Направленно промутировать геном, чтобы рака не было ?

Vit, сотый раз - в любой момент времени в геноме колей есть масса генов с мало активными промоторами. Почему в присуствии цитрата ИС элемент выбирает именно нужный ген - промоторов много. Как ИС привлекается именно в этот промотор ? И почему это не всегда ИС - если все так разумно ?

Ну и мы пока на уровне одноклеточного организма без диплоидности, кроссинговера, половго процесса, отдельного пути герминативных клеток. Что-то будет, если перейти к млекам или птицам. Или к мухам.

Питер · августа 12, 2020, 12:10:07

Если под САМОНАПРАВЛЕНИЕМ понимать то, что организм как популяция и вид может приспособиться к среде - то не вопрос, оно есть. Если под этим понимать цепочку событий: новый фактор среды - оценка ситуации - просчет необходимых биохимических изменений - просчет необходимых генетических изменений - направленное генетическое изменение - живем очень хорошо в новой среде - то его нет.

Alexeyy · августа 12, 2020, 12:42:56

Цитата: Питер от августа 12, 2020, 12:06:55
Я вот совсем не понял, что вы хотели сказать. Как связан интеллект человека с самонаправлением эволюции

В первую очередь, имелась в виду социально-экономическая и технологическая эволюция: человек направляет её в наиболее адаптивное для себя русло с помощью интеллекта.

Цитата: Питер от августа 12, 2020, 12:06:55
А вторая фраза - что, у нас у ДНК есть интеллект ? Или чуть шире - если сознание у E. coli ?

Нет: по-моему, интеллект и сознание – это, по определению, проявление нервной системы. Но считаю, что вполне могут быть, в некоторых отношениях, аналоги этому вне нервной системы.

Цитата: Питер от августа 12, 2020, 12:06:55
Ну и еще шире - вот мы человеки с интеллектом. мы можем САМОНАПРАВИТЬ дальнейшую эволюцию работы нашего кишечника или почек ? Направленно промутировать геном, чтобы рака не было ?

Для рака сейчас нет. Но для другого – есть: несколько лет назад в США была организована первая компания, которая специализируется на лечении заболеваний именно с помощью технологии изменения ДНК больного человека (они там реализовали технологию для лечения какого-то врождённого, генентического заболевания).

Alexeyy · августа 12, 2020, 12:46:12

Цитата: Питер от августа 12, 2020, 12:10:07
Если под САМОНАПРАВЛЕНИЕМ понимать то, что организм как популяция и вид может приспособиться к среде - то не вопрос, оно есть. Если под этим понимать цепочку событий: новый фактор среды - оценка ситуации - просчет необходимых биохимических изменений - просчет необходимых генетических изменений - направленное генетическое изменение - живем очень хорошо в новой среде - то его нет.

С чего Вы взяли, что отбор мог создать первое, но не мог второе?

vit · августа 12, 2020, 13:01:29

Цитата: Питер от августа 12, 2020, 12:06:55
Vit, сотый раз - в любой момент времени в геноме колей есть масса генов с мало активными промоторами. Почему в присуствии цитрата ИС элемент выбирает именно нужный ген - промоторов много. Как ИС привлекается именно в этот промотор ? И почему это не всегда ИС - если все так разумно ?

Вы, как геноинженер, изучаете или имеете дело с одним фактором, но клетка одновременно включает и выключает много независимых друг от друга механизмов, разных оперонов и отдельных генов в одном опероне - иначе бы клетка не выдержала отбор.

A model for the molecular organisation of the IS911 transpososome https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20553579/

Жесткое регулирование активности транспозиции важно для ограничения повреждений, которые транспозоны могут вызывать путем создания потенциально летальных перестроек ДНК. Сборка добросовестного комплекса белок-ДНК, транспозосома, внутри которой катализируется транспозиция, является важной контрольной точкой в этой регуляции. В случае IS911, члена большого семейства бактериальных инсерционных последовательностей IS3, транспозосома (синаптический комплекс A; SCA) состоит из правой и левой инвертированных повторяющихся последовательностей ДНК (IRR и IRL), соединенных мостиком транспозазы OrfAB ( Кодируемый IS911 фермент, который катализирует транспозицию).

vit · августа 12, 2020, 13:10:39

Цитата: Питер от августа 12, 2020, 12:10:07
живем очень хорошо в новой среде - то его нет.

ваше утверждение противоречит стэ: отбор действует на фенотип, коли со случайной, неудачной вставкой ис выбраковываются и не дают потомства, не закрепляют случайную, неудачную вставку ис. А коли с неслучайной и удачной вставкой ис не выбраковываются и закрепляются отбором и передают дочкам этот механизм и этот процесс отбора идет миллиарды лет, конечно точность вставок подвержена отбору и совершенствуется.

vit · августа 12, 2020, 13:21:25

если бы гпг и мобильные элементы не встраивались бы в геном, то отбору не за что было бы зацепиться, а так любое удачное или неудачное встраивание влияет на выживаемость и не/ закрепляется отбором.

Питер · августа 12, 2020, 13:45:30

Цитата: Alexeyy от августа 12, 2020, 12:42:56Цитата: Питер от Сегодня в 11:06:55
Ну и еще шире - вот мы человеки с интеллектом. мы можем САМОНАПРАВИТЬ дальнейшую эволюцию работы нашего кишечника или почек ? Направленно промутировать геном, чтобы рака не было ?
Для рака сейчас нет. Но для другого – есть: несколько лет назад в США была организована первая компания, которая специализируется на лечении заболеваний именно с помощью технологии изменения ДНК больного человека (они там реализовали технологию для лечения какого-то врождённого, генентического заболевания).

не путайте ЭВОЛЮЦИЮ и лечение. И я говорил не о внешнем воздействии - а именно о внутренней работе системы. Вот знает человек, что он гетерозиготен по плохой мутации - и раз, усилием геномной воли ее репарирует.

Питер · августа 12, 2020, 13:48:13

Цитата: vit от августа 12, 2020, 13:21:25если бы гпг и мобильные элементы не встраивались бы в геном, то отбору не за что было бы зацепиться, а так любое удачное или неудачное встраивание влияет на выживаемость и не/ закрепляется отбором.

Золотые слова. Вот ровно то, о чем я все время токую: любое удачное или не удачное встраивание влияет на выживаемость. И выживают только удачные. Но неудачные встраивания тоже идут. Случай определяет место встравивание. Отбор - его удачность.

Питер · августа 12, 2020, 13:54:11

Цитата: vit от августа 12, 2020, 13:10:39ваше утверждение противоречит стэ: отбор действует на фенотип, коли со случайной, неудачной вставкой ис выбраковываются и не дают потомства, не закрепляют случайную, неудачную вставку ис. А коли с неслучайной и удачной вставкой ис не выбраковываются и закрепляются отбором и передают дочкам этот механизм и этот процесс отбора идет миллиарды лет, конечно точность вставок подвержена отбору и совершенствуется.

Отбор действует на фенотип. При неудачной вставке в случае с цитратом фенотип оказывается не способным жить на цитрате хорошо и такие вымирают. Точнее - живут плохо и плохо делятся. При удачной вставке фенотип отлично живет на цитрате - они живут и захватывают всю ойкумену пробирки.
Но вы мне опять не отвечаете - как ИС и клетка в целом выбирают УДАЧНЫЙ НЕ СЛУЧАЙНЫЙ сайт. Ведь правильное место встраивания ИС будет разным в разных ситуациях с изменением внешней среды.

Питер · августа 12, 2020, 13:55:51

Цитата: Alexeyy от августа 12, 2020, 12:46:12С чего Вы взяли, что отбор мог создать первое, но не мог второе?

Он его создал ? Пример в студию.

Питер · августа 12, 2020, 13:59:40

Цитата: vit от августа 12, 2020, 13:01:29Вы, как геноинженер, изучаете или имеете дело с одним фактором, но клетка одновременно включает и выключает много независимых друг от друга механизмов, разных оперонов и отдельных генов в одном опероне - иначе бы клетка не выдержала отбор.

A model for the molecular organisation of the IS911 transpososome https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20553579/

Жесткое регулирование активности транспозиции важно для ограничения повреждений, которые транспозоны могут вызывать путем создания потенциально летальных перестроек ДНК. Сборка добросовестного комплекса белок-ДНК, транспозосома, внутри которой катализируется транспозиция, является важной контрольной точкой в этой регуляции. В случае IS911, члена большого семейства бактериальных инсерционных последовательностей IS3, транспозосома (синаптический комплекс A; SCA) состоит из правой и левой инвертированных повторяющихся последовательностей ДНК (IRR и IRL), соединенных мостиком транспозазы OrfAB ( Кодируемый IS911 фермент, который катализирует транспозицию).

Здесь есть хоть слово о правилах места выбора для транспозиции ? Траспозоны могут вызвать - и могут не вызвать. То, что этот процесс жестко регулируется - факт. Это ограничение числа транспозиций. Но это не ограничение возможных мест транспозиций конкретным сайтом.

vit · августа 12, 2020, 14:23:46

Цитата: Питер от августа 12, 2020, 13:59:40

Здесь есть хоть слово о правилах места выбора для транспозиции ?

описано точное подобие кас12: днк-транспозаза-днк для чего такое еще может понадобиться кроме точной вставки ис?

Питер · августа 12, 2020, 14:29:23

ДНК. Это четыре нуклеотида, двойная спираль ?
Я одну цепь нарисую, можно ?

ATGACTGGCTTTAAAAGGAGCTAGCTCGGCCTAAAAAAATTTTGG.

Как вы думаете, сколько тут возможных сайтов для встройки траспозона - с учетом особенностей их биологии ?