Мутагенез

[Alexeyy]

Смотря по отношению к чему суть.

Наличия корреляции мутаций с проблемами, для которых они адаптивны, достаточно, чтобы говорить о специфичном явлении.

Согласен. Ну так давайте называть вещи своими именами. А то из-за этого, из-за терминологической путаницы (в отношении термина "случайность"), vit и Питер выше, местами, воду из пустого в порожнее переливали. 

[Игорь Антонов]

Alexeyy

Я думаю, что Питер не приемлет и возможный вероятностный приоритет адаптивных мутаций. Дискуссии о природе эволюционной изменчивости не пустые, а имеют довольно серьёзные основания.

[vit]

из-за терминологической путаницы (в отношении термина "случайность"), vit и Питер выше, местами, воду из пустого в порожнее переливали.

я с самого начала полагал, что цит+ неслучайность, а Питер все время доказывал что случайность, так что между нами путаницы не было, ну а повторение-мать учения, это бывает и новые мысли иногда растут на старых дрожжах.

[Alexeyy]

Alexeyy

Я думаю, что Питер не приемлет и возможный вероятностный приоритет адаптивных мутаций. Дискуссии о природе эволюционной изменчивости не пустые, а имеют довольно серьёзные основания.

Не приемлет. Однако, зачастую, оспаривал не вероятностный приоритет, а утверждение именно о не случайности мутаций. И в этом он прав. Тогда как vit при этом под случайностью/не случайностью имел в виду, зачастую, имел в виду другое. В результате и получались, местами, перепалки не о чём. Как в том анекдоте диалога двух глухих: "ты в баню идёшь? Нет. А я думал ты в баню идёшь". Хотя, всё же диалог выше был, в основном, по существу.

из-за терминологической путаницы (в отношении термина "случайность"), vit и Питер выше, местами, воду из пустого в порожнее переливали.

я с самого начала полагал, что цит+ неслучайность, а Питер все время доказывал что случайность, так что между нами путаницы не было, ну а повторение-мать учения, это бывает и новые мысли иногда растут на старых дрожжах.

Так он абсолютно и прав в том, что это случайность: не случайностью могут являться не мутации, а слишком высокая вероятность некоторых мутаций. Неужели не понимаете?

[василий андреевич]

1-я "партия" отрицает возможность направленных мутаций в места генома нужные для адаптации.

что я лично считаю необоснованным, т.к. клетка имеет: необходимый набор инструментов для адаптивных рекомбинаций,

Когда б удалось четко сформулировать противоположности подходов, то истинность высветилась бы в диалектике. В борьбе правых-левых побеждают центристы/уклонисты только потому, что есть правые и левые.

  Лично я за то, что бы абсолютизировать случайность, т.е. принципиальную непредсказуемость наследуемой ошибки клонирования. Именно таковой абсолют позволяет ранжировать организмы, присваивая им конкретный "адаптационный вектор". При этом побеждает вовсе не тот, кто быстрее (активнее) адаптируется, а спектр организмов, организующийся (самоорганизующийся) в симбиотическое сообщество.
  Но сообщество организмов с выявляемым внутриареальным разнообразием - это верхний уровень, на котором можно вводить математические методы расчета "формулы отбора" к разным средовым нишам. У нас же, место среды выполняет сам организм, как нишу для молекулярного сообщества. Если такая "ниша" испытывает стресс, как неопределенность между двумя или несколькими состояниями гомеостаза, то физически это означает, что функционирование "молекулярной системы" находится на пике избытка свободной энергии. А эта энергия пропорциональна частоте обратимых реакций. Одной же из обратимых реакций является процесс нарушения-репарации в главной молекуле.
  Потому, ответив на вопрос о причинности репарации (с нарушением понятно), станет ясна и причинность пропуска нарушения до мутации "в нужном месте в нужное время".

  Сложность и вариативность мутагенеза уже неудобно называть "молекулярным отбором" - это только затуманит ясность рассудительностями.
  Случайны только "яркие флуктуации" в фоновом тепловом шуме, исправление последствий таких флуктуаций, приводящее либо к репарации, либо к мутации - процесс закономерно дешифрируемый.

[Питер]

В    чем  минус  всех  выше    цитированных   работ  по   не   случайным адаптивным   мутациям -   кроме  (частично)    Ленски  ?   Они   все    смотрят   РЕЗУЛЬТАТ  -    мутации  есть  и  в  том   именно  гене,   который   связан с  отбором  по    селективному  признаку.  Вывод  -    мутагенез  адаптивен.
  Мы  при  этом  или   вообще  не  смотрим   ДРУГИЕ     мутации   (смотрим  только citT   оперон)    или  смотрим  полный   геном   только   у   некоторых     штаммов  (работа с    антибиотиками  -     где  очень  интересен  спектр     мутаций с     разными   генами  -   один  признак   достижим  разными    путями).   И  мы  вообще  не  смотрим  процесс   -   не  секвенируем  геномы    большого  числа  особей  на   каждом  шаге.   Ленски   попробовал   в  некоторых  поколениях     -  и  мутагенез  идет   по  всему   геному.
Выход      один.     На  каждом    пересеве  выбираем      рандомно      миниимум  10 в  4   клеток.  Полный   сиквенс.  И  так  100   поколений.    В    двух   параллелях  -  с селективным   отбором  и  без  оного.
Всего    2000000     полных  сиквенсов.  И  три  повторности  минимум     -  60000000.
Сегодня   это  реально  технически.  Нужны   деньги  и    команда  на  2  года.

И   еще  о   случайности. Нет  сомнений  в  том,  что  вероятность  и тип    мутирования    конкретного     сайта в  геноме   зависит  от  массы   факторов. 
Типа  активно  транскрибируемый  ген  у  бактерий   мутирует  чаще,  чем  не  работающий.  НО    -   таких  генов  в  геноме    много.  И    есть    один  вопрос,  на  который  мне  не  может  (не  хочет ?)    отвечать Vit.   Как  идет  выбор   именно  нужного      активного  гена,  связанного с   необходимым  в  данных условиях   изменением  фенотипа. 

[vit]

Не приемлет.

когда будут общепризнанные доказательства - примут все !

Так он абсолютно и прав в том, что это случайность: не случайностью могут являться не мутации, а слишком высокая вероятность некоторых мутаций. Неужели не понимаете?

Вы наверно не в курсе, но дискуссия о адаптивных мутациях в настоящее время является основной интригой в биологии. Поэтому Питер прекрасно понимает о чем эта тем, а я нет

[vit]

  Они   все    смотрят   РЕЗУЛЬТАТ

это касается обоих сторон, процесс случайных мутаций тоже не наблюдали в реальном времени.

Как  идет  выбор   именно  нужного      активного  гена,  связанного с   необходимым  в  данных условиях   изменением  фенотипа.

он не активный, он должен экспрессироваться, т.к . оператор свободен, но не экспрессируется, т.к. нет промотера.

Я вам раз 20 отвечал на этот вопрос, если вы ждете вашего ответа - напишите, как это происходит по-вашему, я соглашусь или нет.

в 21 раз: клетка обладает механизмом определения и вставки определенного сайта в хромосоме. Например лас1тф точно находит лакоператора, cas12 находит мишень и вставляет нужный сайт. Это описано многими авторами.

[Alexeyy]

Так он абсолютно и прав в том, что это случайность: не случайностью могут являться не мутации, а слишком высокая вероятность некоторых мутаций. Неужели не понимаете?

Вы наверно не в курсе, но дискуссия о адаптивных мутациях в настоящее время является основной интригой в биологии. Поэтому Питер прекрасно понимает о чем эта тем, а я нет

Тогда почему у Вас дискуссия, время от времени, скатывается к бесплодному обсуждению типа того случайно ли всё в биологии или нет?
Я думаю, что именно потому, что Вы переиначиваете смысл термина "случайность".
Если бы этого не делали, а называли бы вещи своими именами, то и не скатывалась бы.

[vit]

Тогда почему у Вас дискуссия, время от времени, скатывается к бесплодному обсуждению типа того случайно ли всё в биологии или нет?

Если по-вашему мнению, где-то что-то скатывается, ВЫ можете это место пропустить( возможно Вы что-то не поняли) или конкретно по-месту задать соответствующий вопрос. Я лично скатываний не наблюдал.

если Вы хотите обсуждать и развивать термин случайность и все что к нему относиться - я не против, но это не относится к теме адаптивных мутаций.

[vit]

  Когда б удалось четко сформулировать противоположности подходов, то истинность высветилась бы в диалектике. В борьбе правых-левых побеждают центристы/уклонисты только потому, что есть правые и левые.

 

Ленский это четко сформулировал: случайные мутации статистически и причинно НЕзависимы от адаптаций.

[vit]

Факт передвижения мэ и наличие для этого ферментов не оспаривается, оспаривается только точность и разумность места вставки.

Кроме др. механизмов, здесь отбор имеет влияние: коли которые быстро и точно встраивают мэ, при этом не разрушая  экзистенциальные гены своего генома, отбираются отбором.

[Alexeyy]

Тогда почему у Вас дискуссия, время от времени, скатывается к бесплодному обсуждению типа того случайно ли всё в биологии или нет?

Если по-вашему мнению, где-то что-то скатывается, ВЫ можете это место пропустить( возможно Вы что-то не поняли) или конкретно по-месту задать соответствующий вопрос. Я лично скатываний не наблюдал.

Я как-то пытался (ближе к началу дискуссии) сделать прояснение по поводу термина случайности, но Вы меня тогда язвительно-иронично «отплюнули».
  Мне, иногда, кажется, что термин случайность Вы используете то в одном смысле, то в другом ... месиво какое-то, по-моему, иногда получается ...
А Вам это зачем – лишние вопросы, лишнее обсуждение не по существу?

если Вы хотите обсуждать и развивать термин случайность и все что к нему относиться - я не против, но это не относится к теме адаптивных мутаций.

Тему про случайность я развивать не стремлюсь.

[vit]

Тему про случайность я развивать не стремлюсь.

просто может быть я, зная, что под словами " всё случайно" подразумевается представления о мутациях 1.лагеря, не вдавался в нюансы, которые само собой разумеются : конечно не всё абсолютно случайно, случайно только место и время и отсутствие влияния отбора. То что определил Ланский: независимость от условий адаптации. Есть ген зимних мех, он мутирует с частотой в 10-15 степени все время, не важно зима, лето, голод, засуха, нет зависимости от условий - это случайная мутация.

[vit]

вообще не логично для 1.лагеря, отказывать отбору влияние на точность и разумность адаптивных мутаций, т.е. во всех других механизмах отбор влияет, а в этом нет.