Мутагенез

[Питер]

Я  из  первого  лагеря.

Представителям 1. лагеря конечно сложнее. Если все случайно, то нужно как-то объяснить наличие: транспозаз и др. подобных ферментов и факторов транскрипции, которые умеют точно распознавать участок днк - зачем они нужны, если все случайно?

1.  Транспозаза  нужна   для   встройки фрагмента  ДНК   в  другую  молекулу   ДНК.  А  вот куда  произойдет     встройка  -   случай,   возможных  сайтов  в  геномах     много  и  очень  много.
2. Факторы   транскрипции      с  мутагенезом  связаны   очень   косвенно.   Они   узнают      свой  сайт  -   но  опять  же  нет     ЖЕСТКОГО  сайта.  Это всегда  некий        вероятностный        консенсус  и       транс-фактор  может   узнавать  много      разных      генов  с  не  идентичными   сайтами.  связывания.

[vit]

Вы можете одновременно дать 2 антибиотика и будут включены 2 независимых друг от друга механизма, которые в других кладах будут теми же.   

[vit]

1.  Транспозаза  нужна   для   встройки фрагмента  ДНК   в  другую  молекулу   ДНК.  А  вот куда  произойдет     встройка  -   случай,   возможных  сайтов  в  геномах     много  и  очень  много.
2. Факторы   транскрипции      с  мутагенезом  связаны   очень   косвенно.   Они   узнают      свой  сайт  -   но  опять  же  нет     ЖЕСТКОГО  сайта.  Это всегда  некий        вероятностный        консенсус  и       транс-фактор  может   узнавать  много      разных      генов  с  не  идентичными   сайтами.  связывания.

они работают вместе: тф узнает место , а заза туда врезает. Онтогенез и репрессия генов доказывают, что тф точно узнают днкмишень. ТФ много разных - самая большая гриппа белков, на 1 мишень садятся несколько разных тф.

[Игорь Антонов]

Есть ещё продолжение статьи, ссылка на которую была выше, опубликованное в прошлом году:

Effects of a previously selected antibiotic resistance on mutations acquired during development of a second resistance in Escherichia coli

Там тоже отмечается повторяемость мутаций в параллельных линиях и их не случайность. Кроме того, указывается, что несмотря на то, что адаптация к разным антибиотикам независимая, сами адаптивные мутации у дикого и ранее адаптированного к другому антибиотику типа различны. То есть, адаптивная роль конкретной мутации не автономна от её окружения, а увязана с комплексной регуляцией в клетке.

[Питер]

Игорь  Антонов,   там     есть    отбор.  Или  его  там  (по  вашему   мнению)  нет ?  Есть  только  направленный   мута генез   без  отбора ?
Опять  же   -   есть  бета-лактамаза  как    основной   фермент  обеспечения    устойчивости к  ряду   антибиотиков.   И   естественно,  что  мутации   будут  сконцентрированы  в  этом  гене,  а  не  гене   какого-то   белка     лактозного   (столь  любимого vit)   оперона.    Но  при  этом  есть  и  другие  пути  -   но  они  тоже  не   бесконечны.  Но    это  не  говорит  о  том,  что   мутации в  этих  генах    идет  направленно  ...

[Питер]

они работают вместе: тф узнает место , а заза туда врезает. Онтогенез и репрессия генов доказывают, что тф точно узнают днкмишень. ТФ много разных - самая большая гриппа белков, на 1 мишень садятся несколько разных тф.

Сколько    в   клетке  мест, где  сидят  в  данный  момент     времени     ТФ  ?   Одно  или  много  ?   

[Игорь Антонов]

Игорь  Антонов,   там     есть    отбор.  Или  его  там  (по  вашему   мнению)  нет ?  Есть  только  направленный   мута генез   без  отбора ?

Отбор, естественно, есть, но по мнению авторов этих статей параллельная повторяемость ряда мутаций при невысоком в целом их уровне свидетельствует о не случайности их появления.

[vit]

Сколько    в   клетке  мест, где  сидят  в  данный  момент     времени     ТФ  ?   Одно  или  много  ?

лакоперон 1 в клетке, на него точно садится лас1тф. на каждый оперон-оператор несколько одинаковых его специфичных тф. Иначе будет невозможна репрессия генов.

[vit]

  там     есть    отбор.  Или  его  там  (по  вашему   мнению)  нет ?  Есть  только  направленный   мута генез   без  отбора ?

Отбор действует на направленный мутагенез. Коли которые быстро и точно включают механизм направленного мутагенеза имеют больше шансов к делению и передаче этого своего механизма дочкам.

[Alexeyy]

Я  из  первого  лагеря.

Представителям 1. лагеря конечно сложнее. Если все случайно, то нужно как-то объяснить наличие: транспозаз и др. подобных ферментов и факторов транскрипции, которые умеют точно распознавать участок днк - зачем они нужны, если все случайно?

Только Вы не совсем правильно поставили вопрос (из-за чего, боюсь, в дальнейшем опять может возникнуть путаница).
  Во-первых, 1-й лагерь не говорит, что случайно - всё: ведь речь идёт только  мутациях.
  Во-вторых он не отрицает возможность изменения интенсивности мутаций под действием окружающей среды. А это, по Вашей, на мой взгляд, не правильной терминологии (которая вносит путаницу в понимание) - уже не случайные мутации в геноме.
  А более точно было бы сказать, что 1-я "партия" отрицает возможность случайно-направленных мутаций лишь в определенные области генома.

[vit]

1-я "партия" отрицает возможность случайно-направленных мутаций лишь в определенные области генома.

1-я "партия" отрицает возможность направленных мутаций в места генома нужные для адаптации.

что я лично считаю необоснованным, т.к. клетка имеет: необходимый набор инструментов для адаптивных рекомбинаций, необходимость адаптивных рекомбинаций и есть результаты опытов иллюстрирующие адаптивные рекомбинации.

[Alexeyy]

В целом согласен, только это всё-таки не просто направленные мутации, а случайно-направленные мутации в места генома нужные для адаптации. Потому, что эти мутации - случайны: давайте называть вещи своими именами, чтобы опять не было путаницы, которая выше в обсуждении постоянно возникала. Случайное – это то, что может произойти, а может и не произойти с не нулевой вероятностью. Точка. Это не я придумал. Это – рядовое понимание случайности (стохастичности). Зачем переиначивать смысл термина, если это вносит путаницу и без неё можно обойтись?
  По-моему, Вы такую путаницу в понимании случайности выше постоянно упорно вносили и из-за чего дискуссия, местами, приобретала пустой характер.

[Alexeyy]

Игорь  Антонов,   там     есть    отбор.  Или  его  там  (по  вашему   мнению)  нет ?  Есть  только  направленный   мута генез   без  отбора ?

Отбор, естественно, есть, но по мнению авторов этих статей параллельная повторяемость ряда мутаций при невысоком в целом их уровне свидетельствует о не случайности их появления.

Только не случайно не их появление, а высокая вероятность их появления, а сами мутации, поэтому, случайны (стохастичны): они могут произойти, а могут – нет.

[vit]

  По-моему, Вы такую путаницу в понимании случайности выше постоянно упорно вносили и из-за чего дискуссия, местами, приобретала пустой характер.

Адаптивные мутации - это физиологический процесс, как например работа лакоперона: лактоза появляется, репрессор отходит от оператора, рнкполимераза садится на лакпромотор и начинается экспрессия белков лакоперона, этот механизм  не срабатывает только при сбое системы.

[Игорь Антонов]

Только не случайно не их появление, а высокая вероятность их появления, а сами мутации, поэтому, случайны (стохастичны): они могут произойти, а могут – нет.

Наличия корреляции мутаций с проблемами, для которых они адаптивны, достаточно, чтобы говорить о специфичном явлении.
Стохастично вообще всё организованное - и архитектуры компьютерных процессоров, и тексты программ. Но разве в стохастичности их суть?