Мутагенез

[Игорь Антонов]

Мой комментарий к книге Кунина здесь.

[Alexeyy]

Не она создаёт, а она и отбор между вариантами ненаправленной случайности. Без которых, поэтому, вообще не могло бы быть эволюции.
  Если это не понятно, то эти идеалистические иллюзии

Хорошо, а игнорирование объективной неспособности ненаправленной случайности создавать в сложном контексте какую-либо новую системную связность, неспособности, объективно, воспроизводимо, закономерно наблюдаемой повсеместно, я как должен назвать - вульгарно-материалистическими иллюзиями? 

Я уже сказал: эта тема – не место такому обсуждения.

[Питер]

Цитата: Питер от Сегодня в 09:10:49
50%   -  это  вам бабушки  у  подъезда  рассказали ?
Репликацию  если  нужно   для  репарации  вполне  успешно    можно   и  затормозить.

ДНК из плазмиды-донора успешно встроилась в 29 точек из 48. Секвенирование показало, что примерно 50–60% встраиваний происходит точно в указанное место (рядом с протоспейсером), а остальные вставки осуществляются более или менее случайно — куда попало, вне зависимости от последовательности нуклеотидов в том месте, где полагалось бы быть протоспейсеру. С точки зрения адаптивной стратегии транспозона это логично: транспозону невыгодно ставить себе слишком жесткие ограничения при выборе места для вставки.

https://elementy.ru/novosti_nauki/433494/Sistemu_CRISPR_mozhno_ispolzovat_dlya_akkuratnogo_vstraivaniya_genov_v_nuzhnoe_mesto

В   огороде   бузина  ...
Речь  шла    о  конкретной  системе    и  встраивании   IS3    -   к    которой  система CRISPR\Cas   не   имеет  никакого     отношения.    И   было  бы  чудесно,  если   бы     можно   было  бы   легко  подобрать  гидовую   РНК     для    встраивания   любого     фрагмента    ДНК в   строго  заданное  место  генома.   Но    оно  так   не   работает. Мне   было  бы   крайне         удобно   для   работы    иметь   такую   возможность  -  но     увы и  ах.

Игорь  Антонов,  про  системную  связность  точно  не    здесь.

[vit]

случайности (ошибки) – и есть главный эволюционный двигатель (вместе с отбором), который и породил сам механизм самонаправленной эволюции коли и определяет его дальнейшую эволюцию и без чего он просто "встал" бы.

это разные вещи: стэ основана на случайных изменениях генома, наследовании их и отборе отбором их носителей. А механизм самонаправленной эволюции или адаптивной эволюции основан на "физиологических" изменениях генома, т.е. есть спецмеханизмы которые НЕслучайно меняют геном. Появились они не случайным образом, а симбиозом с фаГами.

  Если это не понятно, то эти идеалистические иллюзии - не тема этой темы научного раздела и продолжать дискуссию здесь - не уместно. Да и вообще у меня особо нет желания и сил продолжать эту дискуссию.

я не против

[vit]

Книга Кунина целиком прочитана давно. Слабость его конструктивно-объяснительной отсылки к многомировой интерпретации не отмечал только ленивый.

книгу не читал, а некоторые мысли в статье интересные и слово не воробей

[vit]

Речь  шла    о  конкретной  системе    и  встраивании   IS3    -   к    которой  система CRISPR\Cas   не   имеет  никакого     отношения.   

речь шла о возможности встраивания мэ в точный сайт, вы утверждали что такого не существует, поэтому CRISPR\Cas имеет отношение

Игорь  Антонов,  про  системную  связность  точно  не    здесь.

я не против

[vit]

В   огороде   бузина  ...
Мне   было  бы   крайне         удобно   для   работы    иметь   такую   возможность  -  но     увы и  ах.

отсутствие у вас такой возможности не говорит о ее отсутствии вообще. Белки умеют точно распознавать отдельные гены, это иллюстрируют репрессоры-активаторы и факторы траскрипции  и др..
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A4%D0%B0%D0%BA%D1%82%D0%BE%D1%80%D1%8B_%D1%82%D1%80%D0%B0%D0%BD%D1%81%D0%BA%D1%80%D0%B8%D0%BF%D1%86%D0%B8%D0%B8

[Alexeyy]

случайности (ошибки) – и есть главный эволюционный двигатель (вместе с отбором), который и породил сам механизм самонаправленной эволюции коли и определяет его дальнейшую эволюцию и без чего он просто "встал" бы.

это разные вещи: стэ основана на случайных изменениях генома, наследовании их и отборе отбором их носителей. А механизм самонаправленной эволюции или адаптивной эволюции основан на "физиологических" изменениях генома, т.е. есть спецмеханизмы которые НЕслучайно меняют геном. Появились они не случайным образом, а симбиозом с фаГами.

Согласен: они не случайно появились. Как и вообще все существующие клеточные процессы: это результат длительной эволюции на основе того, что имелось на предшествующих состояниях эволюции. Речь о том, что возникновение и эволюция этой неслучайности всецело невозможны без некоторых ненаправленных случайностей между которыми и идёт отбор. Раньше думали, что мутации, связанные с ошибками репликации – это и есть эти ненаправленные случайности, а сейчас представление о них (случайностях: точнее, ненаправленных случайностях) меняется/усложняется. Но они (ненаправленные случайности) по-прежнему играют фундаментальную роль (точно так же как и в СТЭ) без которых эволюция была бы невозможной. Только представление о природе этой ненаправленной случайности сейчас меняется.

[vit]

Мой комментарий к книге Кунина здесь.

интересно что все больше генетиков отходят от догм и трактуют стэ по-новому, однако бутылочным горлышком и эффектом наблюдателя можно объяснить что угодно, вместо того что честно сказать: НЕ ЗНАЮ!

[vit]

это результат длительной эволюции

понятие эволюции настолько общее, что под него и революцию подвести можно: Ленин же биообъект, а в биообъектах все  результат длительной эволюции. Надо как то отделись эволюцию по стэ со случайными мутациями ОТ изменения генома напр. гпг.

[vit]

Только представление о природе этой ненаправленной случайности сейчас меняется.

случайность она и есть случайность, случайно сломался ген, случайно сломался паровоз на котором Ленин ехал из Германии, случайно МЭ встроился не туда и сломал ген днк-п-азы и клетка элиминировала, но если МЭ встроился куда надо - это закономерность и не эволюция, а физиология. А эволюция делает что бы МЭ встраивались куда надо, т.к. такие коли при отборе побеждают, и не только куда надо ..., но и быстрее других куда надо и  без тормозов.

[Alexeyy]

понятие эволюции настолько общее, что под него и революцию подвести можно: Ленин же биообъект, а в биообъектах все  результат длительной эволюции. Надо как то отделись эволюцию по стэ со случайными мутациями ОТ изменения генома напр. гпг.

Так и есть. Это - и есть наиболее общее понятие эволюции.
Как и что отделить -  это вечный вопрос: по мере уточнения наших знаний он каждый раз будет всё более и более уточняться, обрастая всё новыми и новыми нюансами.

[Питер]

В   огороде   бузина  ...
Мне   было  бы   крайне         удобно   для   работы    иметь   такую   возможность  -  но     увы и  ах.

отсутствие у вас такой возможности не говорит о ее отсутствии вообще. Белки умеют точно распознавать отдельные гены, это иллюстрируют репрессоры-активаторы и факторы траскрипции  и др..
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A4%D0%B0%D0%BA%D1%82%D0%BE%D1%80%D1%8B_%D1%82%D1%80%D0%B0%D0%BD%D1%81%D0%BA%D1%80%D0%B8%D0%BF%D1%86%D0%B8%D0%B8

"Вследствие этого, ТФ обычно связывают не участок со строго определённой первичной структурой, а группу структур с близким сходством, каждую — с разной степенью сродства. Например, хотя консенсусной последовательностью сайта связывания ТАТА-связывающих белков является ТАТАААА, они могут взаимодействовать также с ТАТАТАТ и ТАТАТАА."
В   биологии  нет  ничего 100%.  Это  вероятностные  процессы   -     и  нет    СТРОГОГО   сайта    связывания   для   чего  ни   было.  Есть  мотив   -    а  не
выбитые  в  граните сайты  связывания.

И  кстати  -    ГПГ  тоже  вероятностный  процесс.

[vit]

поэтому поддерживаю Кунина:

"При этом вспоминается манифест Юрия Лазебника, в котором он показывает, что пока биологи используют тот описательный язык, на котором они сейчас разговаривают, невозможно не то что в клетке разобраться, но даже в устройстве радиомагнитолы."

[Alexeyy]

случайность она и есть случайность

Не так всё просто: случайность - относительна. Например, кидаем кубик и событие выпадения одной из сторон с вероятностью 1/6 - казалось бы, случайно. Однако, сам факт того, что мы его кидаем уже означает, то, что мы делаем это целенаправленно. Т.е. случайное событие определяется целенаправленным. И, поэтому, оно уже не совсем случайно: само бросание вообще не произошло, если бы не это целеполагание.
  Если быть более точным, то вероятность выпадение кубика равна 1/6 от момента, когда мы начали бросание, а по отношению к более раннему моменту, когда мы ещё не приняли решение бросать вероятность выпадения каждой грани кубика могла быть и, скажем, в 2 раз меньше, если сама вероятность того, что мы примем решение бросать кубик равно 1/2. Т.е. вероятность одного и того же события, вообще говоря, зависит от момента времени относительно которого оно рассматривается. В результате по мере приближения к какому-то моменту времени вероятность одного и того же события, например, может стремиться к 100% и мы его можем рассматривать как (практически) детерминированным. Тогда как по отношению к более отдалённому моменту времени в прошлом это же событие, вообще говоря, может иметь, например, вероятность 50%. Естественно, мы его тогда будем рассматривать как случайное.
  Эта философия имеет прямое отношения к вопросам мутаций и еже с ними.