Мутагенез

vit · августа 06, 2020, 11:47:52

Цитата: Питер от августа 05, 2020, 18:17:06
И кто же меня неволит ?

Центральная догма молекулярной биологии
Центральная догма молекулярной биологии — обобщающее наблюдаемое в природе правило реализации генетической информации: информация передаётся от нуклеиновых кислот к белку, но не в обратном направлении. Правило было сформулировано Френсисом Криком в 1958 году[1] и приведено в соответствие с накопившимися к тому времени данными в 1970 году[2]. Переход генетической информации последовательно от ДНК к РНК и затем от РНК к белку является универсальным для всех без исключения клеточных организмов, лежит в основе биосинтеза макромолекул. Репликации генома соответствует информационный переход ДНК → ДНК. В природе встречаются также переходы РНК → РНК и РНК → ДНК (например у некоторых вирусов), а также изменение конформации белков, передаваемое от молекулы к молекуле.

давно устарела: гпг+ретровирусы и др..

Питер · августа 06, 2020, 14:57:43

Vit, а что, при ГПГ информация передается с БЕЛКА на ДНК ?

И по поводу двух статей выше. Да, в геноме есть много элементов. которые тасуются. Каждое тасование - это мутация. И вопрос, который не обсуждается в этих статьях - НАПРАВЛЕННОЕ тасование (перенос экзона от белка А в белок Б с образованием нового белка С с необходимыми в данных условиях свойствами) или отбор из РАЗНЫХ вариантов, полученных при тасовании ? И да - у каждого мобильного элемента и повтора есть свои излюбленные сайты интеграции. Но таких сайтов в геноме не один и не два - а сотни и тысячи.

vit · августа 06, 2020, 16:01:47

Цитата: Питер от августа 06, 2020, 14:57:43
Vit, а что, при ГПГ информация передается с БЕЛКА на ДНК ?

ферменты-белки встраивают днк в днк

Цитироватьвопрос, который не обсуждается в этих статьях - НАПРАВЛЕННОЕ тасование

есть факт направленного встраивания, а механизм действительно не обсуждается, это и называется современным консенсом.

vit · августа 06, 2020, 17:07:21

Цитата: Питер от августа 06, 2020, 14:57:43
отбор из РАЗНЫХ вариантов, полученных при тасовании ?

в этом нет смысла, польза менее вероятна чем вред. Кстати о случайном встраивании в статьях тоже не указывается-механизм не упоминается. Есть версия, что мэ это паразиты, которые заинтересованы в благоденствии клетки-хозяина, поэтому в критические моменты они помогают выжить. Вариантов найти нужный ген, который нуждается в экспрессии для выживания, много. Например: есть репрессированный оператор цитоперона при О2, получается рнк-полимераза не может сесть на промотор, а оператор самого цитт индуцирован цитратом, его рнк-полимераза может начать транскрипцию, получается активность вхолостую рнк-полимераз возле цитт - ген известен. Может быть он метилируется в таком состоянии. Вариантов много.

пример № 2, но не в нашем случае. а если нужна амплификация и ген уже экспрессируется, но нужно больше продукта, на экспрессированном гене сидят рнкполимеразы и мешают днкполимеразе реплицировать днк - конечно возможны ошибки репликации.

Питер · августа 06, 2020, 17:39:17

Цитата: vit от августа 06, 2020, 16:01:47Vit, а что, при ГПГ информация передается с БЕЛКА на ДНК ?
ферменты-белки встраивают днк в днк

Cмешно. Такая трактовка догмы - два бала на экзамене с гарантией.

Цитата: vit от августа 06, 2020, 17:07:21Например: есть репрессированный оператор цитоперона при О2, получается рнк-полимераза не может сесть на промотор, а оператор самого цитт индуцирован цитратом, его рнк-полимераза может начать транскрипцию, получается активность вхолостую рнк-полимераз возле цитт - ген известен. Может быть он метилируется в таком состоянии. Вариантов много.

Одномоментно в клетке масса репрессоров и масса активно транскрибируемых генов. Но встраивается именно в нужное место ?
А метилирование это вообще фишка - чуть что, сразу метилирование.
Ну напишите вариант УНИКАЛЬНЫЙ для данной мишени.
Я не против того, что в условиях стресса в бактериях активируются в том числе мутационные процессы - самые разные. Это повышает вероятность мутирования в целом - и в том числе правильного мутирования. В популяции важно выживание вида - и отдельная клетка ничто. Повысим в разы частоту мутирования - подавляющая часть клеток умрет, но некоторые выживут. Не работает стратегия - стресс, затихаем и ждем пока все кончится.

vit · августа 06, 2020, 17:59:56

Цитата: Питер от августа 06, 2020, 17:39:17
два бала на экзамене с гарантией.

наверно за МЭ до сих пор ретрограды бананы раздают, а так все правильно белок меняет днк

ЦитироватьНо встраивается именно в нужное место ?

встраиваются же!? Как? - ученые этим пока не занимаются, но вопрос важный и точные ответы наверно найдутся.

Но сам механизм не суть важен, есть закономерность точного встраивания с экспрессией гена нужного для выживания.

Увеличение случайного мутирования по всему геному принесет больше вреда, чем пользы.

Цитировать
Одномоментно в клетке масса репрессоров и масса активно транскрибируемых генов.

это не мешает включению лакоперона, здесь то же самое но с ис3

Точный механизм пронаблюдать не удастся, появятся гипотезы, теории - если их примут - будет и механизм.

Alexeyy · августа 06, 2020, 18:18:39

Цитата: Игорь Антонов от августа 05, 2020, 22:23:19
Erez Braun

The unforeseen challenge: from genotype-to-phenotype in cell populations

Of particular importance here, is our ﬁnding that adaptation of cell-state organization is essentially an efﬁcient exploratory dynamical process rather than one founded on random mutations.

Особенно важно то, что мы пришли к выводу, что адаптация клеточной организации является, по сути, эффективным исследовательским динамическим процессом, а не процессом, основанным на случайных мутациях.

Без ненаправленной случайности (в частности, ненаправленно случайных мутаций) этот процесс (самонаправления эволюции) не только бы не мог возникнуть, но, вообще говоря, и не мог бы развиваться (эволюционировать/реализовываться) раз возникнув.

По-моему, в статье (при всём её новаторстве) при интерпретации просто идёт подгонка под заранее желаемую философию неодуализма (цитата оттуда):
«Что такое жизнь на самом деле? Это было существование чего... Это не было материей, это не был дух. Это было что-то среднее между ними»

В прицепе – варианты перевода статьи и сама статья.

vit · августа 06, 2020, 18:33:09

Цитата: Питер от августа 06, 2020, 17:39:17
Но встраивается именно в нужное место ?

Вы наверно знаете, цитт он не совсем репрессирован с о2, белок транспортер цитрата dctA всегда немного продуцируется, и он сам же,белок, является репрессором, сидит на операторе цитт, и если есть цитрат то его доставляет, уходя с оператора - вот цитт и возбуждается - все почти как у лакоперона.

Питер · августа 06, 2020, 18:39:14

Конкретной клетке - нет. Популяции и виду - да.

Цитата: vit от августа 06, 2020, 17:59:56наверно за МЭ до сих пор ретрограды бананы раздают, а так все правильно белок меняет днк

Ну так приведите пример, как первичная структура белка была конвертирована или в структуру ДНК напрямую, или через РНК. Обратная транскрипция есть (хотя зверь редкий) - строим на РНК ее ДНК копию. А вот обратной трансляции - построение по первичной структуре белка мРНК - нет. Так что банан вам ...

Питер · августа 06, 2020, 18:43:04

Цитата: vit от августа 06, 2020, 18:33:09Вы наверно знаете, цитт он не совсем репрессирован с о2, белок транспортер цитрата dctA всегда немного продуцируется, и он сам же,белок, является репрессором, сидит на операторе цитт, и если есть цитрат то его доставляет, уходя с оператора - вот цитт и возбуждается - все почти как у лакоперона.

Регуляция - не мутация.
И опять же - в клетке масса генов с разным уровнем транскрипции, вам нужно усилить транскрипцию одного из них. Путем встройки МЭ. КАК ВЫБРАТЬ НУЖНЫЙ ? И КТО ВЫБИРАЕТ ? Сразу - мест с разным уровнем метилирования тоже до черта. И разным уровнем любого регулятора до кучи.

vit · августа 06, 2020, 18:47:48

Цитата: Питер от августа 06, 2020, 18:39:14

Ну так приведите пример, как первичная структура белка была конвертирована или в структуру ДНК напрямую, или через РНК. Обратная транскрипция есть (хотя зверь редкий) - строим на РНК ее ДНК копию. А вот обратной трансляции - построение по первичной структуре белка мРНК - нет. Так что банан вам ...

днкполимераза реплицирует ген днкполимеразы

так что вам банан

кстати было статья, что сломанный промотор лакоперона в среде с лактозой тоже ис починил

vit · августа 06, 2020, 18:52:11

Цитата: Питер от августа 06, 2020, 18:43:04
КАК ВЫБРАТЬ НУЖНЫЙ ? И КТО ВЫБИРАЕТ ?

ничего выбирать не нужно, транспозаза ис3 сидит на операторе цитт и как только он индуцируется отходом дста тащит к нему ис3.

Питер · августа 06, 2020, 18:55:18

ДНК полимераза РЕПЛИЦИРУЕТ ген ДНК полимеразы.
Она что, на белке ДНК полимеразы строит мРНК ДНК полимеразы, потом ревертирует ее в ДНК и потом встраивает в геномную ДНК ? Или все-таки это не так ?
А ДНК полимераза вообще понимает, что за ДНК она реплицирует ? Ей как-то фиолетово, дайте ей любую двухцепоченую
ДНК и затравку - и вперед. И даже если она будет одноцепочечной с небольшим дс участком - тоже.

Питер · августа 06, 2020, 19:02:19

Цитата: vit от августа 06, 2020, 18:52:11ничего выбирать не нужно, транспозаза ис3 сидит на операторе цитт и как только он индуцируется отходом дста тащит к нему ис3.

И кто же ее туда посадил ? Опять же - ис3 в клетке много. Мест возможной посадки - тоже.
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1574-6976.12067

vit · августа 06, 2020, 19:10:48

Цитата: Питер от августа 06, 2020, 18:55:18

Она что, на белке ДНК полимеразы строит мРНК ДНК полимеразы, потом ревертирует ее в ДНК и потом встраивает в геномную ДНК ?

нет, она просто строит ген днк полимеразы, белок делает свой ген.

ЦитироватьА ДНК полимераза вообще понимает, что за ДНК она реплицирует ? Ей как-то фиолетово, дайте ей любую двухцепоченую
ДНК и затравку - и вперед. И даже если она будет одноцепочечной с небольшим дс участком - тоже.

за двухцепоченую банан

днк тоже не понимает...