Мутагенез

Питер · июля 28, 2020, 07:06:36

Цитата: Alexeyy от июля 27, 2020, 18:23:47Без случайности и отбора по ней и такая эволюция была бы невозможной. Это - не не случайная эволюция, а направленная.

Она направленная на обеспечение жизни в среде с цитратом. При этом она случайная - достижение цели связано с генерированием набора случайных мутаций и последующим отбором приспособительных (причем разных) мутаций (Ленски, его сиквенсы на разных поколениях) . Нет направленного мутирования "нужного" гена.

Alexeyy · июля 28, 2020, 09:47:49

Цитата: vit от июля 27, 2020, 20:07:26
Цитата: Alexeyy от июля 27, 2020, 20:02:48
Антон

Ваше злое хихиканье мне не понятно: оно, по-моему, унижает достоинство учёного (того, кто так хихикает).

vit · июля 28, 2020, 09:55:38

Цитата: Питер от июля 28, 2020, 07:02:13
Встройка мобильного элемента - однократное мутационное событие.

В НЕСКОЛЬКИХ повторных опытах тот же эффект был достигнут без дупликации — благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3 в кодирующую часть гена citG, расположенного по соседству с citT (на рисунке слева). В этом мобильном элементе как раз имеется подходящий промотор.https://elementy.ru/novosti_nauki/431898/V_dolgosrochnom_eksperimente_zafiksirovano_poetapnoe_formirovanie_evolyutsionnogo_novshestva

из 29 сиквенсов 3 или более благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3 - на однократное, случайное не тянет!

vit · июля 28, 2020, 10:14:27

Цитата: Alexeyy от июля 28, 2020, 09:47:49
Ваше злое хихиканье мне не понятно: оно, по-моему, унижает достоинство учёного (того, кто так хихикает).

хорошо смеется только тот ученый, который смеется последним!

пс. а кто такой Антон?

vit · июля 28, 2020, 10:22:01

благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3

Цитата: Питер от июля 28, 2020, 07:02:13
Которые нужны им для экспрессии собственных генов транспозона. Которые им нужны для своего размножения.

ис это не транспозоны

Alexeyy · июля 28, 2020, 10:33:20

Цитата: vit от июля 28, 2020, 10:14:27
а кто такой Антон?

Я шибся: Антонов. Игорь Антонов. Участник этого форума, автор темы https://paleoforum.ru/index.php/topic,9690.570.html .

vit · июля 28, 2020, 10:42:14

я думал, что Вы под "Антоном" кое-что др. подразумеваете...

vit · июля 28, 2020, 10:45:33

Инсерционная последовательность (IS, IS-элемент, англ. Insertion sequence) — короткий фрагмент ДНК, простой мобильный генетический элемент.[1]

Инсерционные последовательности обладают двумя важными характеристиками — они мало похожи на другие мобильные элементы (около 700—2500 нуклеотидов) и кодируют лишь белки, вовлеченные в процесс транспозиции (в отличие от транспозонов, кодирующих еще и некоторые вспомогательные гены, например, гены резистентности к антибиотикам). Эти белки обычно представлены транспозазой, которая катализирует ферментативную реакцию, позволяющую IS элементу перемещаться, а также регуляторный белок, который стимулирует или ингибирует активность транспозиции.[2]

Кодирующий район в IS элементе обычно фланкирован обращенными повторами.

IS-элементы могут быть частью сложных транспозонов (см. например, Tn10), в которых два IS фланкируют вспомогательные гены (например, гены резистентности к антибиотикам).[1] Инсерционная последовательность (IS, IS-элемент, англ. Insertion sequence) — короткий фрагмент ДНК, простой мобильный генетический элемент.[1]

Инсерционные последовательности обладают двумя важными характеристиками — они мало похожи на другие мобильные элементы (около 700—2500 нуклеотидов) и кодируют лишь белки, вовлеченные в процесс транспозиции (в отличие от транспозонов, кодирующих еще и некоторые вспомогательные гены, например, гены резистентности к антибиотикам). Эти белки обычно представлены транспозазой, которая катализирует ферментативную реакцию, позволяющую IS элементу перемещаться, а также регуляторный белок, который стимулирует или ингибирует активность транспозиции.[2]

Кодирующий район в IS элементе обычно фланкирован обращенными повторами.

IS-элементы могут быть частью сложных транспозонов (см. например, Tn10), в которых два IS фланкируют вспомогательные гены (например, гены резистентности к антибиотикам).[1] https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%98%D0%BD%D1%81%D0%B5%D1%80%D1%86%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D0%BF%D0%BE%D1%81%D0%BB%D0%B5%D0%B4%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D1%82%D0%B5%D0%BB%D1%8C%D0%BD%D0%BE%D1%81%D1%82%D1%8C

Alexeyy · июля 28, 2020, 10:46:38

Цитата: vit от июля 28, 2020, 09:55:38

Цитата: Питер от июля 28, 2020, 07:02:13
Встройка мобильного элемента - однократное мутационное событие.
В НЕСКОЛЬКИХ повторных опытах тот же эффект был достигнут без дупликации — благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3 в кодирующую часть гена citG, расположенного по соседству с citT (на рисунке слева). В этом мобильном элементе как раз имеется подходящий промотор.https://elementy.ru/novosti_nauki/431898/V_dolgosrochnom_eksperimente_zafiksirovano_poetapnoe_formirovanie_evolyutsionnogo_novshestva

из 29 сиквенсов 3 или более благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3 - на однократное, случайное не тянет!

А как должно было бы быть не будь самонаправления мутирования?

vit · июля 28, 2020, 10:50:41

Цитата: Alexeyy от июля 28, 2020, 10:46:38
самонаправления мутирования

это что за зверь такой?

Alexeyy · июля 28, 2020, 11:19:47

https://paleoforum.ru/index.php/topic,11439.345.html#Разные мутации в клетке могут быть не равновероятными/ (сообщение 354)

Цитата: vit от июля 28, 2020, 09:55:38

Цитата: Питер от июля 28, 2020, 07:02:13
Встройка мобильного элемента - однократное мутационное событие.
В НЕСКОЛЬКИХ повторных опытах тот же эффект был достигнут без дупликации — благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3 в кодирующую часть гена citG, расположенного по соседству с citT (на рисунке слева). В этом мобильном элементе как раз имеется подходящий промотор.https://elementy.ru/novosti_nauki/431898/V_dolgosrochnom_eksperimente_zafiksirovano_poetapnoe_formirovanie_evolyutsionnogo_novshestva

из 29 сиквенсов 3 или более благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3 - на однократное, случайное не тянет!

Вы здесь, на самом деле, ведёте речь не о том, что эта мутация случайна, а о том, что она не равновероятна по сравнению с другими мутациями. И этим пытаетесь обосновать, что коли так направляет свою эволюцию в нужном направлении для адаптации к питанием цитратом.
Думаю, что неявная ошибка в этом заключении состоит в том неявно подразумеваемом положении, что если мутация не равновероятна с другими, то это – обязательно из-за того, что организм так (каким-то образом) специально направляет себя в нужном направлении эволюции для адаптации именно к соответствующим условиям (в данном случае – питание цитратом).
Это положение в статье никак не доказывается и даже не доказывается в случае встраивания мобильного генетического элемента IS3 в кодирующую часть гена citG, расположенного по соседству с citT. Там не доказывается, что это обязательно должно означать самонаправление эволюционной адаптации к питанием цитратом.
Поэтому, в статье не вижу никакого свидетельства (доказательства) самонаправления эволюции: для этого нужны гораздо более изощрённые эксперименты.
Да: она показывает наличие некоторых мутаций вероятность которых очень сильно отличается от других. Но этого мало для того, чтобы доказать наличия самонаправления эволюции (наличия «осознанного» стремления коли к таким изменениям генома, которые улучшают усвоение цитрата).

vit · июля 28, 2020, 11:26:57

Цитата: Alexeyy от июля 28, 2020, 11:13:06самонаправления мутирования

Вы так и не сформулировали что это за новый самозверь такой...

я и не знаю и не ведаю ничего про самоэволюцию . то ТЭ есть случайные мутации, которые могут быть только точечными в - 15 степени и есть опосредованные механизмы адаптации клетки. По моему скромному мнению, у Лански фигурирует механизм, а не случайная мутация.

Питер · июля 28, 2020, 11:43:31

Случайные мутации могут быть любыми - точки, инсерции, делеции, дупликации, инверсии. Влияние этих мутаций на фенотип будет зависеть от природы мутации и ее локализации.

Весь сыр-бор идет относительно простого вопроса - понимает ли клетка коли, что ей нужно мутировать именно cit оперон для достижения успеха на среде с цитратом и минимальной глюкозой или идет мутационный процесс во всем геноме рандомно с последующим отбором правильного варианта за счет более быстрого роста на среде с цитратом ?
Дальше есть два эксперимента с одинаковым исходом - появляются мутации (разные. что важно) в нужном локусе и появляются штаммы cit+ Но в одном случае процесс долгий, в другом быстрый. Разница в условиях отбора - во втором случае от реально жестче.

Alexeyy · июля 28, 2020, 11:51:02

Цитата: vit от июля 28, 2020, 11:26:57Вы так и не сформулировали что это за новый самозверь такой...

Сфрмулировал несколькими страницами выше. Ссылку на это привёл чуть выше.

Цитата: vit от июля 28, 2020, 11:26:57я и не знаю и не ведаю ничего про самоэволюцию . то ТЭ есть случайные мутации, которые могут быть только точечными в - 15 степени и есть опосредованные механизмы адаптации клетки. По моему скромному мнению, у Лански фигурирует механизм, а не случайная мутация.

Нет: там присутствуют самые настоящие, случайные мутации. Они могут произойти, а могут не произойти. Т.е. имеют вероятность, не детерминированы. Это и называется случайностью. А то, что вы вкладываете в термин случайности не общеупотребительный смысл вносит большую путаницу в понимании того, что Вы хотите сказать. И, по-моему, и сами начинаете от этого путаться.
Например ...

Цитата: vit от июля 28, 2020, 11:26:57По моему скромному мнению, у Лански фигурирует механизм, а не случайная мутация.

а кто сказал, что в геноме нет такого (подобного) механизма? По-моему, наличие такого (подобного) механизма - ни для кого не секрет: давно известно существование элементов разной консервативности генома. Естественно, что эта консервативность осуществляется за счёт какого-то механизма. И в этом, самом по себе, нет никакого противоречия с СТЭ.

Питер · июля 28, 2020, 12:15:45

Разная консервативность разных участков геноа - это не разная ЧАСТОТА мутаций в разных участках генома.