Мутагенез

[vit]

Да    не в   46    случаях  из 46.     Были   миллионы   клеток  введены  в  эксперимент  -  и  только     потомки  некоторых  из  них  (46)   решили  задачу.   Из миллионов.

ХВ провел не миллионы, а 46 опытов и во всех 46и вывел цит+  за от 12 до 100 делений. Если бы ваш аргумент был верным, то вероятность появления цит+ составили бы 1/1000000, т.е. из 1 000 000 опытов  1 цит+, а у нас 1/1=100%.

Допустим вы не признаете факта опосредованного механизма захвата подходящего промотера для цитт, возможно он вам неизвестен, но это не значит что его нет. Возможно Лански обнаружил новое явление, опосредованный механизм подобный гпг или рэг, но глупо амплификацию в 140т.п.н. называть точечной мутацией.

[vit]

у коли есть все инструменты утилизации цитрата

Т.е. есть почти готовый аппарат? Хотите сказать, что коли когда-то, в прцессе своей эволюции, питалась цитратом?

НЕ "ПОЧТИ", а полностью готовый, всегда питался!

[Питер]

ГОМОЛОГИЧНАЯ   РЕКОМБИНАЦИЯ.   Однократное  мутационное   событие.
Да,  есть у   колей   механизм    утилизации   цитрата.   Его  надо    включить в  других  условиях.    Включается    за  счет  использования   ДРУГОГО  промотора.  Это  промотор  включается   разными  путями.
И в  любом   случае нужно  от  12   до  100   пересевов.  В  это  время  в  каждом  пересеве   участвует  не  одна  клетка   -  а  сотни  тысяч  и миллионы   клеток.   
Можно  сделать  другой   эксперимент.    Взять     культуру  и  развести      до   того   состояния,   когда   каждая     клетка    колей  растет  на  чашке    Петри  отдельно.  Это    примерно 1000     клеток  на   стандартную  чашу   90   мм.   И  зальем    агар  на  среде   из     статьи.   вырастут     колони   или  нет  ?   С   вашей  точки  зрения   -  да,    все   же  у   коли  уже   все  есть  для    питания   цитратом.   Причем  все  -  ведь   46  из  46.  Или все-таки  не  вырастут  ?

[vit]

ГОМОЛОГИЧНАЯ   РЕКОМБИНАЦИЯ.   Однократное  мутационное   событие.

Причем  все  -  ведь   46  из  46.

это по хв., а по л. 187/12=прим.1/16.

конечно и среди цит+ есть конкуренция как и у цит-, начнут расти и заполнять биотоп потомки тех кто первым включит цит+, возможно даже не все цит- успеют перейти на цитрат  - но это общее к.г. для всех времен и народов

пс. не пересевов а делений

[vit]

Reinterpreting Long-Term Evolution Experiments: Is Delayed Adaptation an Example of Historical Contingency or a Consequence of Intermittent Selection? https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26883821/

Van Hofwegen et al. продемонстрировали, что Escherichia coli быстро развивает способность использовать цитрат при длительных избирательных периодах (DJ Van Hofwegen, CJ Hovde и SA Minnich, J Bacteriol 198: 1022-1034, 2016, http://dx.doi.org/10.1128 /JB.00831-15). Это контрастирует с крайней задержкой (15 лет ежедневных перемещений), наблюдаемой в долгосрочных эволюционных экспериментах Ленски и его коллег. Их идея «исторического непредвиденного обстоятельства» может потребовать переосмысления. Быстрая эволюция, по-видимому, включает отбор дубликатов всего цитрусового локуса, которые слишком нестабильны, чтобы вносить вклад, когда отбор осуществляется короткими импульсами.

[Питер]

Ну    так    все-таки    мутация   нужна  ?    Если все  готово   -    то  посейте      ОДНУ   клетку  и   будем  вам  счастье,     будет   расти  на  среде  с   цитратом. И     поменяет   свой   геном   -  она  же   знает,  что    нужно   для   утилизации     цитрата  в   аэробных  условиях.
   Но    почему-то  растят   миллионы    клеток   и   получают       очень  немного   клеток  с      фенотипом  цит+    И  не  сразу   ...

[vit]

Ну    так    все-таки    мутация   нужна  ?    Если все  готово   -    то  посейте      ОДНУ   клетку  и   будем  вам  счастье,     будет   расти  на  среде  с   цитратом. И     поменяет   свой   геном   -  она  же   знает,  что    нужно   для   утилизации     цитрата  в   аэробных  условиях.
   Но    почему-то  растят   миллионы    клеток   и   получают       очень  немного   клеток  с      фенотипом  цит+    И  не  сразу   ...

изучите процесс перехода колей на питание цитратом в анаэробных условиях и тогда поймете мутация это или нет...

[Питер]

Разные     условия  отбора  -    разные   результаты.
Но   вы   посмотрите  на  рис. 2  в   этой   статье. Там   для  вас    схема  мутаций   по  работе Хофвегена.  Все    расписано -  что и   как.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29649242/
А  тут    тоже   обсуждается      проблема   того,    почему    у  Ленски  процесс  шет   так  медленно.

[Питер]

То    есть   это  не  мутация    Геном   у  цит+     по  сравнению с   цит-  изменился       или  нет  ?

изучите процесс перехода колей на питание цитратом в анаэробных условиях и тогда поймете мутация это или нет...

[vit]

То    есть   это  не  мутация    Геном   у  цит+     по  сравнению с   цит-  изменился       или  нет  ?

изучите процесс перехода колей на питание цитратом в анаэробных условиях и тогда поймете мутация это или нет...

мутация это случайное и необратимое изменение генома, Геном   у  цит+     по  сравнению с   цит-  изменился неслучайно и обратимо-значит не мутация.
Переход дрожжей на анаэробию это мутация? фенотип то новый и наверняка там и какието мутации есть!


изучите процесс перехода колей на питание цитратом в анаэробных условиях и тогда поймете мутация это или нет.

[vit]

12 делений и все по плану!

[vit]

ГОМОЛОГИЧНАЯ   РЕКОМБИНАЦИЯ.   Однократное  мутационное   событие.

Gene duplication does not necessarily constitute a lasting change in a species' genome. In fact, such changes often don't last past the initial host organism. From the perspective of molecular genetics, gene amplification is one of many ways in which a gene can be overexpressed. Genetic amplification can occur artificially, as with the use of the polymerase chain reaction technique to amplify short strands of DNA in vitro using enzymes, or it can occur naturally, as described above. If it's a natural duplication, it can still take place in a somatic cell, rather than a germline cell (which would be necessary for a lasting evolutionary change).

https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_duplication#As_amplification

Дупликация генов не обязательно представляет собой длительное изменение в геноме вида. На самом деле, такие изменения часто не длятся более первоначального организма хозяина. С точки зрения молекулярной генетики, амплификация генов является одним из многих способов избыточной экспрессии гена. Генетическая амплификация может происходить искусственно, как при использовании метода полимеразной цепной реакции для амплификации коротких цепей ДНК in vitro с использованием ферментов, или это может происходить естественным путем, как описано выше. Если это естественное дублирование, оно все же может иметь место в соматической клетке, а не в клетке зародышевой линии (что было бы необходимо для длительного эволюционного изменения).

Это  промотор  включается   разными  путями.

Ленски и его коллег. Их идея «исторического непредвиденного обстоятельства» может потребовать переосмысления. Быстрая эволюция, по-видимому, включает отбор дубликатов всего цитрусового локуса, которые слишком нестабильны, чтобы вносить вклад, когда отбор осуществляется короткими импульсами.

[Питер]

Если    это   не  мутация   -  то  есть  изменение  наследуемое    изменение  структуры   генома   -   то я  китайский   богдыхан.
Вы    при  этом   учитывайте,   что  разные      линии    остановились  на  разных  этапах   этой    схемы   -  рисунок  3  в   статье   Ван   Брокхевена.

В  каком  определении   сказано,  что    если  изменение  генома    не   случайно   -   то  это  и  не  мутация  вообще  ?
Не   хватило    у   коли     именно  РЕГУЛЯЦИИ     для  усточивого  роста  на   цитрате.    Пришлось  мутировать  ...

[Питер]

Не   обязательно  -  не  синоним  никогда.   И  правда   -   значительная   часть  дупликаций  и  амплификаций   (как  и  точковых  мутаций)    -  соматические  и  не  наследуются.   Но     они  есть  и в  герминативных  клетках.     Гулите   про  динамические  мутации  и     и  феномен    антиципации   при  наследственных   заболеваниях.   Нестабильный  геном  -  как  в  соме,  так  и в  герминативных  клетках.

[vit]

В  каком  определении   сказано,  что    если  изменение  генома    не   случайно   -   то  это  и  не  мутация  вообще  ?

это основа эволюции и вы кстати недавно это утверждали - уже забыли?