Мутагенез

[Питер]

2. случайная мутация-дуплекация цитт в 1500 н. за 12 делений невозможна

Там  не  12  делений.    12   пересевов.  Что  не  одно  и  то  же.    И  за   это  время  в  популяции     E.  coli    родилось  и  умерло  (поделилось)     столько   клеток  ...
  И   если   это  не  случйно  -    то   сотый   раз  прошу    описать  МЕХАНИЗМ  не  случайности.    По  пунктам.   С  молекулярным  механизмом.
Если   его  опять  не   будет   -    печалька  ...

[vit]

Хотя бы в каких-нибудь вариантах этих постулатов явно фигурирует представления о точечных мутациях?

Вы попробуйте сами сформулировать основные положения современной эволюции с учетом представлений о репликации, репарации, гпг, оперонов и т.д.! Тогда может быть Вам станет понятнее...

[vit]

2. случайная мутация-дуплекация цитт в 1500 н. за 12 делений невозможна

Там  не  12  делений.    12   пересевов.  Что  не  одно  и  то  же.    И  за   это  время  в  популяции     E.  coli    родилось  и  умерло  (поделилось)     столько   клеток  ...
  И   если   это  не  случйно  -    то   сотый   раз  прошу    описать  МЕХАНИЗМ  не  случайности.    По  пунктам.   С  молекулярным  механизмом.
Если   его  опять  не   будет   -    печалька  ...

там пересевов вообще не было - вы бы хотя бы ход эксперимента уяснили и с литературой ознакомились от 1982го  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/7045076/

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22101843/

[vit]

там кстати действительно петля образуется для экспрессии гена, но не по ссм как вы писали, а  опрероном если в среде есть цитрат

[василий андреевич]

  Прежде разборок с мутацией, надо понять с какого бодуна происходит репарация, а до того должен быть ясен принцип, возможного избирания "точки" нарушения.
  Бесспорно лишь нахождение ДНК в условно устойчивом состоянии при широких средовых вариациях. Принцип функционирования - это отнятие компонентами среды излишков дестабилизирующих молекулу энергетических напряжений. Поэтому нарушения, связанные с "нестандартным отбором излишков" - самое простое объяснение.
  Место нарушения, из которого произошел спонтанный выплеск энергии, становится отрицательным потенциалом соответствующей формы, которая распознается компонентами среды для восстановления динамического равновесия участка.

  И тут придется мысленно перепрыгнуть к тому предположению, что не участок ДНК сигнализирует о своеобычном нарушении, а среда, изменившаяся в результате дискомфорта организма, наводит, допустим, через эл.маг. поле напряженность на четко выделяемый участок ДНК. Если такое допустить, то к чертям собачьим летит принцип сохранности (необратимости), с таким трудом достигнутого синтеза.
  Некоторый выход будет при допущении квантованных состояний молекулярного гомеостаза. Тогда обратимый процесс нарушение-репарация будет функционировать до тех пор, пока частотная энергетика не достигнет лимитированной точки и вся ДНК разом перескочит на новый стационарный уровень.

[vit]

  Прежде разборок с мутацией, надо понять с какого бодуна происходит репарация, а до того должен быть ясен принцип, возможного избирания "точки" нарушения.
 

согласен! что бы иметь ошибку репарации , сначала нужно иметь саму ошибку в нужном месте-промотор цитт и в нужное время-в среде кончилась глюкоза, но есть цитрат или лактат.

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9B%D0%B0%D0%BA%D1%82%D0%BE%D0%B7%D0%BD%D1%8B%D0%B9_%D0%BE%D0%BF%D0%B5%D1%80%D0%BE%D0%BD

Лактозный оперон (англ. lac operon) — полицистронный оперон бактерий, кодирующий гены метаболизма лактозы.

Регуляция экспрессии генов метаболизма лактозы у кишечной палочки (Escherichia coli) была впервые описана в 1961 году учеными Ф. Жакобом и Ж. Моно[1] (получившими в 1965 году Нобелевскую премию совместно с А. Львовым). Бактериальная клетка синтезирует ферменты, принимающие участие в метаболизме лактозы, лишь в том случае, когда лактоза присутствует в окружающей среде и клетка испытывает недостаток глюкозы.

[Питер]

http://www.evo-ed.org/PowerPoint%20Teaching%20Resources/Ecoli%20Citrate%20Metabolism%20Evolution.pptx

Это   про   Ленски.  И   про   пересевы    каждый  день.
Это   из   ВиКи
В начале эксперимента были созданы 12 популяций исходного штамма (6 популяций Ara+ и 6 Ara−, получившие обозначение A+1 ... A+6 и A−1 ... A−6 соответственно). Для точной идентификации каждой популяции были задействованы генетические маркеры. Каждая популяция размножалась в искусственной среде, где скорость размножения ограничивалась стрессовыми условиями (недостатком основного продукта питания — глюкозы). Каждый день 0,1 мл содержимого каждой пробирки переносилось в пробирку с 10 мл свежей питательной среды, где размножение бактерий продолжалось. Каждое 500-е поколение (что соответствует интервалу в 75 дней) замораживалось в глицерине при температуре −80 °C, чтобы в будущем с появлением новых методов анализа имелась возможность провести более подробное исследование. По ходу эксперимента полностью секвенировался геном предкового штамма, а также геномы некоторых этапных поколений (поколения 2000, 5000, 10 000, 15 000, 20 000 и 40 000)[6].

[Alexeyy]

Хотя бы в каких-нибудь вариантах этих постулатов явно фигурирует представления о точечных мутациях?

Вы попробуйте сами сформулировать основные положения современной эволюции с учетом представлений о репликации, репарации, гпг, оперонов и т.д.! Тогда может быть Вам станет понятнее...

Вы ушли от ответа: речь шла не об основных современных положениях по эволюции, а о наличии/не наличии утверждения/положения (о единичных мутациях) в основных положениях СТЭ (которые отнюдь не современны: возникли более, чем пол века назад).

[Питер]

А  это  Хофвеген.
Где  пересевов   тоже  не   было  ...
Selection for E. coli Cit+ mutants.
Three protocols were used to select E. coli Cit+ mutants from four E. coli K-12 strains (the wild-type, ΔrpoS::kan, ΔcitT::kan, and ΔdctA::kn strains) and two E. coli B strains (B and REL606). In the first method, each E. coli K-12 strain was grown overnight at 37°C with aeration in 5 ml of LB broth, after which cells were concentrated by centrifugation, and cell pellets were washed twice with M9 salts. Cells were resuspended in 50 ml of M9C broth in 250-ml Erlenmeyer flasks to give a final concentration of 5.0 × 107 to 7.0 × 107 CFU/ml and incubated at 37°C with aeration at 160 rpm. Growth was visually monitored daily for increased turbidity and measured by absorption at an optical density at 600 (OD600). An aliquot of cells was removed weekly from each flask, quantified by triplicate plate counts on LB agar, and cryopreserved. During extended incubations, flasks were rehydrated with sterile distilled water weekly to compensate for evaporation.

The second two methods consisted of modified direct selections using 50 ml of M9C in 250-ml Erlenmeyer flasks, one amended with 0.005% glycerol (M9CG50) and the other amended with 0.0025% glucose (M9C25). Both carbon concentrations supported approximately six generations of growth (OD600 = 0.03). Flasks were incubated at 37°C with constant shaking for 1 week and then diluted (1:100) into fresh media. This cycle was repeated until the culture turbidity at OD600 increased to >0.6. Aliquots were cryopreserved weekly. These experiments were also conducted with 1.7 mM citrate to determine if the concentration of citrate affected mutant selection. These low-citrate media are designated M9LC25 (glucose) and M9LCG50 (glycerol).

In all variations of Cit+ mutant selection, once the absorbance reached an OD600 of >0.07 (1.7 mM citrate-containing media) or >0.6 (6.8 mM citrate-containing media), an aliquot of the culture was diluted (1:100) into 10 ml of M9C medium and incubated with aeration until absorbance (OD600, >0.07 or >0.6) was again observed. Individual colonies were isolated by streak dilution on LRC agar or diluted and plated on Simmons and Christensen citrate agars. Large colonies arising after 2 to 3 days of incubation on LRC agar were likewise tested on Simmons and Christensen citrate agars. Blue colonies on Simmons citrate agar (representing strong citrate use) were repurified by 12 h of growth in LB broth and plated on fresh Simmons citrate agar. Large isolated colonies were grown in M9C broth for cryopreservation. All Cit+ mutants were verified to be E. coli by patching isolated colonies sequentially onto SMAC-MUG agar, Simmons citrate agar, and Christensen citrate agar.

[vit]

Это   про   Ленски.

нет это не про Лански, а про опровержение за 12 делений

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26833416/

[vit]

А  это  Хофвеген.
Где  пересевов   тоже  не   было  ...

?

[vit]

Хотя бы в каких-нибудь вариантах этих постулатов явно фигурирует представления о точечных мутациях?

Вы попробуйте сами сформулировать основные положения современной эволюции с учетом представлений о репликации, репарации, гпг, оперонов и т.д.! Тогда может быть Вам станет понятнее...

Вы ушли от ответа: речь шла не об основных современных положениях по эволюции, а о наличии/не наличии утверждения/положения (о единичных мутациях) в основных положениях СТЭ (которые отнюдь не современны: возникли более, чем пол века назад).

думаю 5и попыток достаточно, если Вы до сих пор не поняли, то попробуйте сами сформулировать основные положения современной эволюции с учетом представлений о репликации, репарации, гпг, оперонов и т.д.! Тогда может быть Вам станет понятнее...
Вы вообще мутагенез как постулат стэ признаете?

[vit]

А  это  Хофвеген.


In all variations of Cit+ mutant selection, once the absorbance reached an OD600 of >0.07 (1.7 mM citrate-containing media) or >0.6 (6.8 mM citrate-containing media), an aliquot of the culture was diluted (1:100) into 10 ml of M9C medium and incubated with aeration until absorbance (OD600, >0.07 or >0.6) was again observed. Individual colonies were isolated by streak dilution on LRC agar or diluted and plated on Simmons and Christensen citrate agars. Large colonies arising after 2 to 3 days of incubation on LRC agar were likewise tested on Simmons and Christensen citrate agars. Blue colonies on Simmons citrate agar (representing strong citrate use) were repurified by 12 h of growth in LB broth and plated on fresh Simmons citrate agar. Large isolated colonies were grown in M9C broth for cryopreservation. All Cit+ mutants were verified to be E. coli by patching isolated colonies sequentially onto SMAC-MUG agar, Simmons citrate agar, and Christensen citrate agar.

откуда дровишки?

We hypothesized that direct selection would rapidly yield the same class of E. coli Cit(+) mutants and follow the same genetic trajectory: potentiation, actualization, and refinement.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26833416/

[Питер]

Прямой    отбор  (direct  selection)    вы  трактуете  как     направленную  не  случайную  мутацию ?     Это  сильно.
Статьи  1982  и 2012  годов  не  имеют  отношения  к   эксперимертам   Ленски  и  Хофвагена .

И   еще  чуть  из    Хофвагена.  Про  идентичность  мутаций   при  фенотипе  citT+
(B) Strain DV133 was a strong Cit
phenotype derived from DV130. It showed a 2-fold reduction in citT coverage compared to the parental DV130 strain and the insertion of insl1 5=into citT. When
the E. coli K-12 wild-type strain was transduced with a lysate made using DV133, the same insl1-citT fusion was identified, confirming that this promoter capture
was responsible for the transduced strong Cit phenotype. The genomic sequence of Cit strain DV159 showed a citT duplication and deletion event that fused
the promoter of uspGto citG, another promoter capture event. All read depth profiles show 2-fold-increased coverage for the dctAregion compared to the
coverage for the chromosome. (C) Sequence analysis of DV133, DV133T, and DV159 showed recombination between rhsA and rhsB based on the differences in
the positions of flanking genes yibF and yrhC. The genomic organization of the E. coli wild-type chromosome is represented by the top panel. The recombination
of sister chromosomes to generate a large 140-kb duplication of this region is shown in the center panel. The gene map determined for both DV133 and DV159
is shown in the bottom panel with the dctA duplication.

Из подписи  к  рис. 6.    Разные     варианты   решения  проблемы,  разные  мутации  ...  И     рекомбинация    ...

[vit]

Прямой    отбор  (direct  selection)    вы  трактуете  как     направленную  не  случайную  мутацию ?     Это  сильно.

я нет! это ваша интертрепация.
А вы рекомбинацию 140-килобайтного дублирования считаете ошибкой репарации?

Прямой отбор это когда нет пересевов.


та и какие могут быть пересевы за 12 делений 1,5 дня:D

Статьи  1982  и 2012  годов  не  имеют  отношения  к   эксперимертам   Ленски  и  Хофвагена .

82го у обоих указана в списке литературы