Мутагенез

vit · июля 15, 2020, 18:01:55

Цитата: Питер от июля 15, 2020, 17:48:46
Кроме гомологичной есть и не гомологичная.
Последний раз - у вас идет репликация хромосомы Е. сoli. Возможна ситуация обмена фрагментами двух хромосом - старой и новой. И возможна при этом ошибка. С образованием двух дочерних хромосом - с двумя копиями и нолем копий. Да, редко - но возможно

.

это рапарация ошибки , тем более что mysterious

ЦитироватьТеперь ГПГ по этапам.
1. Образование плазмиды в исходной клетке с нужным геном. Именно плазмиды как кольцевой ДНК - линейную ДНк сожрут сразу. Почему вдруг будут образовываться такие плазмиды - бог весть.
2. Эта плазмида поступает в среду. Видимо, клетка просто сдохла. Либо идет трансдукция - что, правда, возможно только для коньюгативных штаммов. Не для E/coli К-12
3. Эта плазмида попадает в клетку-реципиент. Из среды - не вероятно. Опять же только через коньюгацию.
4. Эта плазмида переносит этот ген точно в нужное место большого генома коли. Причем следов плазмиды в месте инсерции нет - см. сиквенсы. за счет той же рекомбинации, которой нет.

Итак, одна мала вероятная ситуация против сразу панели мало вероятных ситуаций.

ГПГ - факт. Но редкий факт, с не направленным переносом из вида А в вид Б.

эксперимент показал реальность этого события, реальный факт против вашего mysterious

главный аргумент это обратимость "мутации".

Некоторые плазмиды могут обратимо встраиваться в бактериальную хромосому и функционировать в виде единого репликона. Такие плазмиды называются интегративными или эписомами. https://studfile.net/preview/1574551/

Нередко плазмиды обеспечивают своего обладателя новыми метаболическими путями. Например, способность сбраживать лактозу может передаваться вместе с плазмидами. В связи с этим лабораторная диагностика бактерий, основанная на их специфических биохимических свойствах, очень затруднена. Например, биохимически патогенных представителей рода Salmonella от непатогенных штаммов E. coli можно отличить именно по способности сбраживать лактозу. Плазмиды могут содержать гены, ответственные за сбраживание других сахаров, например, сахарозы, гидролиз мочевины или образование сероводорода[10].

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9F%D0%BB%D0%B0%D0%B7%D0%BC%D0%B8%D0%B4%D1%8B#%D0%9F%D0%B5%D1%80%D0%B5%D0%B4%D0%B0%D1%87%D0%B0

Alexeyy · июля 15, 2020, 18:14:08

Цитата: Питер от июля 15, 2020, 17:28:38
Еще раз повторю - экстраполяция основана на знании будущего. И очень часто ошибочна.

Согласен (только я бы сказал, что она основана на предположении о будущем на основе знания прошлого). Но я предполагаю, что даже она (в случае биологической эволюции) – гораздо эффективнее (совместно в связке с «отшлифовывающим» отбором), чем только отбор вариантов абсолютно случайного блуждания.

vit · июля 15, 2020, 18:28:56

Цитата: Питер от июля 15, 2020, 16:52:16
RecA - это рекомбиназа. И она играет роль и в рекомбинации, и репарации.

RecA is a 38 kilodalton protein essential for the repair and maintenance of DNA.[2]

vit · июля 15, 2020, 19:15:45

Цитата: Питер от июля 15, 2020, 17:48:46

2. Эта плазмида поступает в среду. Видимо, клетка просто сдохла. Либо идет трансдукция - что, правда, возможно только для коньюгативных штаммов. Не для E/coli К-12

F-плазми́да, или F-фактор — это конъюгативная эписома клеток Escherichia coli K-12, то есть клеточный элемент, необходимый для одного из типов полового процесса бактерий — конъюгации. https://ru.wikipedia.org/wiki/F-%D0%BF%D0%BB%D0%B0%D0%B7%D0%BC%D0%B8%D0%B4%D0%B0

Питер · июля 15, 2020, 21:41:43

Цитата: vit от июля 15, 2020, 18:01:55эксперимент показал реальность этого события, реальный факт против вашего mysterious

главный аргумент это обратимость "мутации".

.
Эксперимент показал один факт - усилилась экспрессия гена цитт . За счет разных механизмов - и дупликация, и другой промотор.
Еще раз - смотрите на рисунок 6 в статье.
Ваши примеры по плазмидам не работают. Все верно - в плазмидах может быть масса полезного для бактерий. Но они не работают по заказу - нужны не какие-то метаболические пути, а конкретный ген. В данном случае ген цитТ. Я вам выше все уже написал.

Ваша cсылка по RecA - ниже читать не стали ?
In Escherichia coli, homologous recombination events mediated by RecA can occur during the period after DNA replication when sister loci remain close. RecA can also mediate homology pairing, homologous recombination and DNA break repair between distant sister loci that had segregated to opposite halves of the E. coli cell.[11]

Ну и про К12. Вики не права - она была в исходном штамме, но потом эписома была утеряна. Как и инсерция фага лямбда.
https://en.wikipedia.org/wiki/Escherichia_coli_in_molecular_biology
In the course of the passages it lost its O antigen[7] and in 1953 was cured first of its lambda phage (strain W1485 by UV by Joshua Lederberg and colleagues) and then in 1985 of the F plasmid by acridine orange curing.

Питер · июля 15, 2020, 21:42:35

Цитата: Alexeyy от июля 15, 2020, 18:14:08Согласен (только я бы сказал, что она основана на предположении о будущем на основе знания прошлого). Но я предполагаю, что даже она (в случае биологической эволюции) – гораздо эффективнее (совместно в связке с «отшлифовывающим» отбором), чем только отбор вариантов абсолютно случайного блуждания.

Лондон уже под двухметровым слоем навоза ?

vit · июля 15, 2020, 22:29:55

https://elementy.ru/novosti_nauki/431802/V_evolyutsii_bakteriy_gorizontalnyy_geneticheskiy_obmen_igraet_tu_zhe_rol_chto_i_polovoe_razmnozhenie_u_vysshikh_organizmov

Заимствованные гены могут быть либо добавлены к уже имеющимся у бактерии-реципиента, либо (благодаря механизму гомологичной рекомбинации, Homologous recombination) «свой» фрагмент ДНК заменяется похожим «чужим» фрагментом.

интересная статья, особенно в плане терминологии, вероятно Вы под гомологичной рекомбинацией подразумевали что то другое чем я думал.

Alexeyy · июля 16, 2020, 05:08:49

Цитата: Питер от июля 15, 2020, 21:42:35
Цитата: Alexeyy от июля 15, 2020, 18:14:08Согласен (только я бы сказал, что она основана на предположении о будущем на основе знания прошлого). Но я предполагаю, что даже она (в случае биологической эволюции) – гораздо эффективнее (совместно в связке с «отшлифовывающим» отбором), чем только отбор вариантов абсолютно случайного блуждания.

Лондон уже под двухметровым слоем навоза ?

Ну я же говорю: не только на основе "экстраполяции", но и на основе её "отшлифовки" отбором. Т.е. отбором между разными случайными вариантами на основе и от неё возникающими. Потому как сама по себе экстраполяция, предполагаю, может быть даже едва жизнеспособной. По Лондону экстраполяция на каком-то относительно коротком промежутке времени всё-таки давала вменяемый результат. Она тогда всё-таки была (на относительно коротком промежутке времени) лучше, чем просто тыкание пальцем в небо и, поэтому, утрируя, старт отбора от неё достиг бы результата быстрее, чем "гадание".

Alexeyy · июля 16, 2020, 07:51:47

Ну и да: должна так же "продумываться" степень экстраполяционного изменения свойства к соответствующему моменту в будущем. Скажем, если, наиболее вероятно, востребованная часть генома будет активироваться слишком сильно, то получится, условно, Лондон под метровым слоем навоза, а если слишком слабо, то толку почти не будет. Предполагаю, что случайные вариации степени упомянутой активации и отбор могут нащупать более-менее приемлемый вариант.
Это, примерно, то же самое как и с увеличением общей интенсивности мутагенеза при попадании в неблагоприятную среду: если она увеличится слишком сильно, то убьет эволюционную линию, а от слишком слабого увеличения толка, практически, не будет. А мутации и отбор доводят это увеличение на более-менее приемлемый уровень.

Питер · июля 16, 2020, 11:27:05

Ну уже плюс - гомологичная рекомбинация признана Vit. Большая победа мировой науки.
Осмталось понять, что и гомологичная рекомбинация не идеально точна. И есть еще не гомологичная.

vit · июля 16, 2020, 19:43:33

не знал, что гомологичная рекомбинация делает гпг

vit · июля 17, 2020, 10:08:18

Цитата: Питер от июля 16, 2020, 11:27:05
гомологичная рекомбинация не идеально точна. И есть еще не гомологичная.

не точная гомологичная рекомбинация=не гомологичная рекомбинация

Alexeyy · июля 17, 2020, 13:22:32

Цитата: Питер от июля 15, 2020, 12:07:37Скачки мобильных элементов - возможный путь повышения частоты мутирования. Да.

Именно сами-по себе скачки и/или само-по себе присутствие мобильных генетических элементов без скачков тоже способно увеличивать интенсивность мутирования?

Питер · июля 17, 2020, 14:48:12

Скачки. Инсерционный мутагенез. При это не ясно, что вдруг повышает частоту таких скачков - если говорить в общем. У той же дрозофилы есть линии с высокой частотой перемещений МГЭ и и линии с запретом на это.

Питер · июля 17, 2020, 14:50:46

Цитата: vit от июля 17, 2020, 10:08:18
Цитата: Питер от июля 16, 2020, 11:27:05
гомологичная рекомбинация не идеально точна. И есть еще не гомологичная.

не точная гомологичная рекомбинация=не гомологичная рекомбинация

Что такое точность ? Нуклеотид или несколько нуклеотидов ?
Что такое гомология ? 100% на длине в 1000 п.н. или те же 100% на длине в 20 - а вокруг ноль (не бывает) гомологии ? Или 75% - но на той же тысяче ?