Загадки эволюции

Питер · апреля 11, 2005, 18:48:58

Цитата: "Игорь Антонов"
Цитата: "Питер"Я прошу МОЛЕКУЛЯРНЫЙ механизм. И дело не в ортодоксии, о коей пищет Шапиро. Если бы Шапиро (а он все-таки молекулярщик) такой механизм знал - он бы о нем трубил...
Кстати, про репарацию я знаю. Она а) репарирует не все и б) столь же не специфична в отношении репарации конкретной точки в геноме.
Итак - МОЛЕКУЛЯРНЫЙ МЕХАНИЗМ в СТУДИЮ !!!
Давайте в обмен на молекулярный механизм памяти. Или её тоже нет?

Питер, живая клетка - объект высочайшего уровня сложности и организованности. Я не вижу никаких концептуальных препятствий для того, чтобы она была способна заниматься направленной генной инженерией, тем более, что в составе механизмов репарации есть пострепликативная репарация, которая реализует адресные операции над уже сформировавшейся хромосомой.

Что касается достоверного научного знания требуемых вами механизмов, я пять раз вам уже ответил - его пока нет, как нет его и у вас, как нет в науке пока достоверного и содержательного знания и по множеству других научных проблем.

Пострепликативная репарация и адресные операции ? Что вы понимаете в этом случае под адресностью ?
По поводу концептуальных препятствий. Есть его величество эксперимент. В коем не найдено НИ ОДНОГО МЕХАНИЗМА СТРОГО НАПРАВЛЕННОГО ИЗМЕНЕНИЯ СТРУКТРЫ ГЕНОМА. И самое главное - не осталось где искать.
С памятью ситуация иная. Там нет точного молекулярного механизма - это правда. Но там еще есть поле для поиска.

Питер · апреля 11, 2005, 19:11:13

Азазель

Я хочу МОЛЕКУЛЯРНЫЙ механизм. Мне все равно, как вы его назовете - механистическим, физическим, химическим.
Но мне нужен механизм, по которому клетка проведет замену любого нуклеотида на любой нуклеотид по ее желанию в строго заданном месте генома. И всего-то ...

Игорь Антонов · апреля 11, 2005, 22:00:21

Цитата: "Питер"Пострепликативная репарация и адресные операции ? Что вы понимаете в этом случае под адресностью ?

Под адресностью я понимаю то, например, что комплекс белков RecA c однонитевой ДНК может вырезать из целостной хромосомы произвольный фрагмент, задаваемый ДНК-последовательностью комплекса ( В.Н.Сойфер «Репарация генетических повреждений» ). То есть, потенциальная возможность прецизионной внутриклеточной ДНК-хирургии существует.

ЦитироватьЕсть его величество эксперимент. В коем не найдено НИ ОДНОГО МЕХАНИЗМА СТРОГО НАПРАВЛЕННОГО ИЗМЕНЕНИЯ СТРУКТРЫ ГЕНОМА. И самое главное - не осталось где искать. С памятью ситуация иная. Там нет точного молекулярного механизма - это правда. Но там еще есть поле для поиска.

По моему, мера изученности внутриклеточных механизмов вами сильно преувеличена.
Я часто встречаю в соответствующих текстах слова "неясно" и "неизвестно".

Питер · апреля 12, 2005, 13:15:39

Цитата: "Игорь Антонов"
Цитата: "Питер"Пострепликативная репарация и адресные операции ? Что вы понимаете в этом случае под адресностью ?
Под адресностью я понимаю то, например, что комплекс белков RecA c однонитевой ДНК может вырезать из целостной хромосомы произвольный фрагмент, задаваемый ДНК-последовательностью комплекса ( В.Н.Сойфер «Репарация генетических повреждений» ). То есть, потенциальная возможность прецизионной внутриклеточной ДНК-хирургии существует.
ЦитироватьЕсть его величество эксперимент. В коем не найдено НИ ОДНОГО МЕХАНИЗМА СТРОГО НАПРАВЛЕННОГО ИЗМЕНЕНИЯ СТРУКТРЫ ГЕНОМА. И самое главное - не осталось где искать. С памятью ситуация иная. Там нет точного молекулярного механизма - это правда. Но там еще есть поле для поиска.
По моему, мера изученности внутриклеточных механизмов вами сильно преувеличена.
Я часто встречаю в соответствующих текстах слова "неясно" и "неизвестно".

По поводу RecA. Если считать адресом участие этого белка в репарации одноцепочечных разрывов через гомологичную рекомбинацию - то да. У меня же вопрос стоит в точном выборе места для внесения разрыва и последующей точной репарации этого разрыва. RecA этого не умеет. Она находит любой ник в ДНК (причем не сама - находит она связанный с точкой разрыва белок. Также не специфичный к последовательности ДНК).

Насчет не ясно и не известно. Речь идет о принципиальных механизмах. Детали тонкости во многом не ясны и не известны.

Игорь Антонов · апреля 12, 2005, 16:37:54

Цитата: "Питер"По поводу RecA. Если считать адресом участие этого белка в репарации одноцепочечных разрывов через гомологичную рекомбинацию - то да. У меня же вопрос стоит в точном выборе места для внесения разрыва и последующей точной репарации этого разрыва. RecA этого не умеет. Она находит любой ник в ДНК (причем не сама - находит она связанный с точкой разрыва белок. Также не специфичный к последовательности ДНК).

Питер, RecA создаёт в точном месте точки разрыва в целостной хромосоме и точки именно специфичные к последовательности одноцепочечной ДНК, с которой связан RecA . Подробнее об этом написано даже не у Сойфера, а у Глазера в работе о рекомбинации.

Питер · апреля 12, 2005, 19:32:13

Цитата: "Игорь Антонов"
Цитата: "Питер"По поводу RecA. Если считать адресом участие этого белка в репарации одноцепочечных разрывов через гомологичную рекомбинацию - то да. У меня же вопрос стоит в точном выборе места для внесения разрыва и последующей точной репарации этого разрыва. RecA этого не умеет. Она находит любой ник в ДНК (причем не сама - находит она связанный с точкой разрыва белок. Также не специфичный к последовательности ДНК).
Питер, RecA создаёт в точном месте точки разрыва в целостной хромосоме и точки именно специфичные к последовательности одноцепочечной ДНК, с которой связан RecA . Подробнее об этом написано даже не у Сойфера, а у Глазера в работе о рекомбинации.

А можно цитату из Глазера, в коей говорится о том, что Rec A белок узнает строго заданную последовательность ДНК ? Не важно в какой ДНК - одно- или двухцепочечной. Мы же все время говорим о строгой специфичности процесса, не так ли ?

Питер · апреля 12, 2005, 19:44:35

Ссылочка на одну очень древнюю статью по Rec A. Почитайте введение - там все написано в очень сжатой форме. Я надеюсь, что вы поймете, в чем состоит функция Rec A белка в гомологичной рекомбинации. И что эта функция не сиквенс специфична.
http://www.pubmedcentral.nih.gov/pagerender.fcgi?artid=345149&pageindex=1

Простите, но вы не найдете ни одного ДНК связывающегося белка, строго узнающего определенную последовательность в ДНК. Но можете поискать.

Игорь Антонов · апреля 12, 2005, 20:29:55

Цитата: "Питер"А можно цитату из Глазера, в коей говорится о том, что Rec A белок узнает строго заданную последовательность ДНК ? Не важно в какой ДНК - одно- или двухцепочечной. Мы же все время говорим о строгой специфичности процесса, не так ли ?

Вот соответствующая цитата из Сойфера, которая описывает процесс репарации однонитевых брешей в ДНК при наличии дефектов в единственной сохранившейся нити:

"Участок дочерней нити, иногда длиной в несколько генов, оказывается неудвоенным при синтезе ДНК, причем в зоне напротив бреши (в матричной цепи) так и остается незалеченным дефект, и это может привести клетку к гибели. Чтобы его залечить, клетка прибегает к приему, похожему на рекомбинацию. Из комплементарной нити матричной ДНК (она была свободна от дефектов), на которой репликация ДНК уже завершена, с помощью белка recA вырезается участок ДНК, равный по длине участку бреши и встраивается в брешь. Затем лигазы соединяют концы вставленного фрагмента с концами нормально синтезированного участка дочерней нити. После этого другие ферменты репарации устраняют дефект в исходно поврежденной нити и ДНК становится залеченной. Одновременно брешь, оставшаяся после вырезания участка из материнской нити, застраивается ДНК полимеразой I и концы соединяются лигазой."

Чтобы эта операция прошла успешно, разрывы в целостной хромосоме должны выполняться в произвольном месте и с точностью до нуклеотида.

Сергей · апреля 12, 2005, 20:43:22

Что-то я вас не пойму: Питер, почти любая рестриктаза узнаёт последовательность ДНК вполне однозначно, большинство других узнающих ДНК белков обычно узнают консенсусные последовательности с весьма ограниченным числом вариаций.

Игорь, тут как раз говорится, что RecA просто узнаёт компл. цепь с любой последовательностью.

Игорь Антонов · апреля 12, 2005, 20:50:24

Цитата: "Сергей"Игорь, тут как раз говорится, что RecA просто узнаёт компл. цепь с любой последовательностью.

Сергей, вы картинки по ссылке посмотрите (стр.10) и тогда поймёте, что речь идёт о точном восстановлении нарушенной последовательности за счёт точного вырезания исправной копии фрагмента ДНК с другой, сохранившей целостность, хромосомы.

Сергей · апреля 12, 2005, 21:06:38

Цитата: "Игорь Антонов"Сергей, вы картинки по ссылке посмотрите и тогда поймёте, что речь идёт о точном восстановлении нарушенной последовательности за счёт точного вырезания исправной копии фрагмента ДНК с другой, сохранившей целостность, хромосомы.

Посмотрел: всё, как я себе и представлял: ферменты расплетают неповреждённую двухспиральную метрицу, одна цепь спаривается с повреждённой односпиральной, этот кусок вырезается и лигируется в комп. повреждённой цепи, которая в свою очередь удаляется, потом однонитевые участки достраиваются до двухспиральных.

Игорь Антонов · апреля 12, 2005, 21:38:10

Цитата: "Сергей"Посмотрел: всё, как я себе и представлял: ферменты расплетают неповреждённую двухспиральную метрицу, одна цепь спаривается с повреждённой односпиральной, этот кусок вырезается и лигируется в комп. повреждённой цепи, которая в свою очередь удаляется, потом однонитевые участки достраиваются до двухспиральных.

А белок RecA выполняет при этом функцию точного опознавания и связывания конкретного куска неповреждённой хромосомы.
Причём опознавание предшествует расплетанию.
Что и требовалось доказать.

Сергей · апреля 12, 2005, 21:45:58

Цитата: "Игорь Антонов"А белок RecA выполняет при этом функцию точного опознавания и связывания конкретного куска неповреждённой хромосомы.
Причём опознавание предшествует расплетанию.
Что и требовалось доказать.

Игорь, но ведь последовалельности ДНК в этих участках любые. 'Узнают' себя две комплементарные цепи ДНК, а белок является катализатором этого процесса.

Игорь Антонов · апреля 12, 2005, 22:05:28

Цитата: "Сергей"Игорь, но ведь последовалельности ДНК в этих участках любые. 'Узнают' себя две комплементарные цепи ДНК, а белок является катализатором этого процесса.

О том, что роль адреса конкретного участка хромосомы, подвергаемого хирургическому вмешательству, выполняет именно комплементарная последовательность нуклеотидов однонитевой ДНК, я сказал ещё девять сообщений назад:
"RecA создаёт в точном месте точки разрыва в целостной хромосоме и точки именно специфичные к последовательности одноцепочечной ДНК, с которой связан RecA."
Но Питер настаивал на невозможности этого.

Питер · апреля 13, 2005, 17:58:38

Цитата: "Сергей"Что-то я вас не пойму: Питер, почти любая рестриктаза узнаёт последовательность ДНК вполне однозначно, большинство других узнающих ДНК белков обычно узнают консенсусные последовательности с весьма ограниченным числом вариаций.

Игорь, тут как раз говорится, что RecA просто узнаёт компл. цепь с любой последовательностью.

Про рестриктазы я знаю - но хотел это услышать от Игоря. А насчет остальных белков - коровая консенсус последовательность у них все-таки довольно вариабельные. И более того связывание с кором является контекст-зависимым и определяется как кором, так и фланками (пар по двадцать вправо-влево).