paleoforum.ru

Браво, Imperor, на форуме звучит наконец трезвая мысль насчет естественного отбора. Разве что лучше говорить о "кошмаре" Моргана (кроссинговер), а не Дженкина. Давно известно, что естественного отбора на уровне особей в 2-полых популяциях нет - в принципе. См. у несгибаемого дарвиниста, славного Р.Докинса - запев к книге «Эгоистичный ген» (русс. издание 1980). У теперь уже классика Ст.Дж.Гулда. Скажем, The Confusion over Evolution. Или фундаментальный труд The Structure Of Evolutionary Theory. К сожалению, перевода пока нет.
Ст.Дж.Гулд обсуждает 3 возможных уровня ЕО, и для него вполне очевидно, что 2-го уровня, - то есть, отбора на уровне особей – в природе не существует. См. также у д.б.н. В.Щербакова «Эволюция как сопротивление энтропии», гл. Когезия – доступно на elementy.ru/lib/430413/430414. Ясно даже и ежу...
Еще только цветочки. Ведь когда ход эволюции реконструируется от истоков, то в еще бесполом мире (первые 3+ млрд лет) естественный отбор мыслим только на уровне форм живого. Еретический «видизм», который на дух не принимается в СТЭ. Однако иных уровней ЕО в бесполом мире попросту нет... А естественный отбор на уровне форм, мягко говоря, не подарок. И в 3-ходовой логике (в отличие от одноходовой) вы получите эволюцию без дарвиновского отбора. Разумеется, если не прятать застенчиво голову в песок...

Цитата: "DNAoidea"вы, кажется уже сами запутались что как называть...

Да :oops:
Дилемма (эффект) Холдейна уменьшает скорость закрепления полезных мутаций (если не ошибаюсь, тем сильнее, чем слабее полезность полезных мутаций и чем слабее вредность вредных мутаций).
Предсказанная Холдейном скорость закрепления намного меньше реально наблюдаемой (если только не предполагать очень большое количество мутаций вообще нейтральными, как это делал Кимура).

Храповик Мюллера (если "закручивается"!) то приводит  к постепенному накоплению вредных мутаций.
Вроде доказано, что при половом размножении храповик "закручивается медленнее" и начиная с других граничных условий, чем при бесполом размножении.
ХОТЯ Я ТАК И НЕ НАШЕЛ РАСчеты, из которых было бы ясно должен ли он "закручиваться" или не должен при наблюдаемых в природе размерах половых и бесполых популяций, количественному распределению мутаций по силе полезности/вредности, частоте мутирования.

Честно говоря не совсем пойму как эти эффекты (Холдейна и Мёллера) могли моделироваться отдельно (тем же Холдейном например)?

Цитата: "DNAoidea"полезные мутации по определению дают больше шансов на выживание, каким же образом тогда они могут уйти, уступив место тем, кто даёт меньше? из-за очень высокого уровня мутаций, которые "пробьют" всё что угодно быстрее, чем оно закрепится? Так тут есть два выхода - первый - наличие механизмов репарации, второй - ограничение объёма "значимой" ДНК, ну есть и третье - горячие пятна, но тут менее чётко выходит...

Уверен, что репарация уже учтена в расчетах.
"Ограничение объема значимой ДНК" - это и делал Кимура в своей теории нейтр. эволюции.

Цитата: "Informator"

Цитата: "Bertran"
А ведь в несколько иной среде - а именно в компьютерной памяти, вирус, поселившись там, способен на репликацию произвольно большого количества собственных копий. Среда его обитания, имхо, не сильно отличается в функциональных параметрах от возможной среды, в которой осуществлялось размножение молекул РНК.

"Вирус" в памяти компьютера не размножается. "Он" не способен реплицироваться - "его" реплицирует процессор. А точнее: совместимая система. Всё как у реальных вирусов.  :wink:

Согласен, среда - понятие важное. Но без неё никак. Среда всегда есть, её не может не быть. Будь то процессор, способный выполнять действия над нулями-единицами, будь то вода, освобождающая молекулы от воздействия гравитации. Я в своих спекуляциях не склонен ставить ударения на данных различиях.

Я приводил сравнение с целью показать, что если приводить сравнения примерно таким образом, от из всего, что угодно, следует всё что угодно. Практически. Наверно, есть редкие исключения, но в данный момент они меня не интересуют.

Цитата: "Informator"Современные пользователи разбалованы гига- и терабайтами. Sad

Подозреваю, что самореплицирующийся вирус, не выполняющий никаких действий, можно написать и объёмом до килобайта. На формальных языках код составляет вообще менее 10 байт.

Цитата: "Bertran"
Согласен, среда - понятие важное. Но без неё никак. Среда всегда есть, её не может не быть.

Я хотел подчеркнуть то, что вирус не самостоятельная самореплицирующаяся система, а часть какой-то системы. Что компьютерный, что биологический вирус реплицируется в совместимой системе. Информационно совместимой. Вирус человека не реплицируется в клетке лука, например. Аналогично и в компьютерных системах. Вирус не реплицируется в несовместимой системе. Команды и их последовательность теряют смысл. Вирус там, вовсе уже и не вирус.

Цитата: "Informator"

Цитата: "Bertran"
Согласен, среда - понятие важное. Но без неё никак. Среда всегда есть, её не может не быть.

Я хотел подчеркнуть то, что вирус не самостоятельная самореплицирующаяся система, а часть какой-то системы. Что компьютерный, что биологический вирус реплицируется в совместимой системе. Информационно совместимой. Вирус человека не реплицируется в клетке лука, например. Аналогично и в компьютерных системах. Вирус не реплицируется в несовместимой системе. Команды и их последовательность теряют смысл. Вирус там, вовсе уже и не вирус.

Живое тоже, если только удалить воздух или Солнце, перестанет функционировать. Как в данный момент, так и в случае молекул РНК. Вот это - и есть среда в обобщённом смысле.

Ну разумеется, и биологические вирусы, и компьютерные реплицируются только в подходящей среде. Как и вообще живое; банальность. А коренная разница между биологической средой и компьютерной в том, что живое мобилизует неисчерпаемые возможности самоорганизации - в лице прежде всего протеинов. Тогда как у компьютерных самореплицирующихся  структур («вирусов») таких возможностей не видно.
Ведь живая клетка - не что иное, как динамическая игра богатого разнообразия белков (плюс РНК). Они приглашены к активности (синтезированы) «двойной спиралью» - посредством генетического кода. Протеины делают в клетке почти все: катализируют вполне определенные химреакции, распознают те или иные ингредиенты, специфически реагируют на переменные условия среды - и т.д., и т.п.
А главное, протеины самопроизвольно образуют структурно сложные агрегаты - с другими белками (и с РНК). Скажем, как только в клетке синтезируются соответствующие протеины и РНК, они немедленно складываются в молекулярное чудо - в рибосому. Самопроизвольно, не дожидаясь ничьих инструкций и указаний. Ведь в клетке нет никаких схем и чертежей нано-машинки; она собирается сама собой. Или микротрубочки скелета эукариотной клетки. Самоорганизация белков...
Напротив, представим, что «двойная спираль» редуплицируется (в благоприятной среде) - сама по себе. Как известно, ДНК не способна самореплицироваться без поддержки специфических ферментов, но допустим на минуту. Условная ДНК благополучно редуплицируется, а значит, - эволюционирует. Куда она денется... Однако чего стОит такая эволюция? И кому она интересна?
 Иначе говоря, самопроизвольная эволюция только тогда приобретает масштаб и размах, когда мобилизует баснословные возможности самоорганизации белков. То есть, если открывает дверь во «вселенную протеинов». Или чего-то вроде - кто знает.

observer
Ну, какая самоорганизации белков? О чем вы?
Репликаторы (самокопировщики) - это выдумки и чушь, которая существует только в головах эволюционистов. В природе таких вещей просто не существует. Репликация РНК - тоже ерунда. Не видно принципиального решения перехода к белкам. Как вообще аминокислота способна узнать себе подобную с помощью той же РНК? Совершенно нереальная вещь.

itunesss, вы никогда не слышали о таких вещах, как третичная структура протеина? Четвертичная структура? Парадокс Левинталя? Тоже себе позиция: меньше знаешь - лучше спишь.
И насчет репликаторов славно: а катализаторы в природе существуют? Автокатализ - реальное дело? Натуральная цепочка: катализ, автокатализ, самореплицирование...
Между прочим, саморепликаторы не обязательно полинуклеотиды (или нуклеопротеидные агрегаты). Так, шотландский геохимик А.Кэйрнс-Смит (Alexander Graham Cairns-Smith) чуть не 4 десятка лет назад высказал скандальное предположение, что самые ранние самореплицирующиеся структуры даже и к органике не имели отношения. Тончайшие слои глины, кристаллы монтмориллонита, которые передают дефекты структуры нарастающим поверх слоям и, таким образом, формируют их по своему образу и подобию. Лишь много позже минеральные СрС, по Кэйрнс-Смиту, уступили место нуклеопротеидам. Гипотеза «захвата» - см., например, А.Дж.Кернс-Смит. Первые организмы. «В мире науки», 1985, август (доступно на macroevolution.narod.ru/glina.htm).
Так что саморепликаторы гораздо ближе к телу, чем кажется. Проза физхимии.
Но от самореплицирования (и самопроизвольной эволюции) до живого неблизко. Еще раз: живое - не что иное, как игра разнообразия белков, вызванных из небытия «двойной спиралью». Посредством генетического кода. То есть, за чудом живого стоит магия протеинов. Одно чудо объясняется другим чудом, а вовсе не возникает на ровном месте.

Автокатализ – не репликатор.  Без указания конкретно, что ж вы желаете катализировать разговор не имеет смысла вообще. В первую очередь необходимо показать принципиальную возможность перехода к тем же белкам, потому, что существует целый спектр белков и др. ферментов, катализирующих миллионы всевозможных внутриклеточных реакций. Чем их заменить? РНК? Такая замена невозможна. Я ведь не зря ставлю вопрос о переходе к белкам, а не к мифическому автокатализу. Белки ведь должны были каким-то образом произойти. И поскольку это основной компонент клетки – без затрагивания этого вопроса – какое-либо обсуждение не имеет смысла. Ведь белок – это не просто набор атомов. Это уникальная комбинация из двух десятков амино, которая дает возможность обеспечить себе какие-то определенны функциональные свойства и сворачиваемость. Пептидные - первичные связи, водородные – вторичные, дисульфидные – третичные. Для того, что бы белок свернулся, необходимо обеспечить строго определенную последовательность гидрофобных и гидрофильных аминокислот, которая после сворачивания обеспечит гидрофобное ядро и гидрофильную поверхность, и сформирует активный центр с конкретно необходимой конфигурацией. Конфигурация уникальна тем, что те молекулы, которые белок катализирует, подходят как ключ к замку, но никак иначе. Пространственная конфигурация – важнейшая характеристика. Кроме того, используются L-формы – а такое случайно получить невозможно.
Упомянутые вами кристаллы -  вообще неудачный пример. В них полным полно всяких дислокаций и неоднородностей. Это никак не способствует появлению новых упорядоченных форм, а их накапливание приводит к образованию структуры грубого конгломерата. Да и не репликация это вообще.

Самореплицирование – особый случай автокатализа. И самореплицирование монтмориллонитов – массовый медицинский факт. Ну куда против фактов?
Забавно: когда  кому-то не дано понять то или иное непростое обстоятельство, он объявляет непонятное ему в принципе невозможным.  Непра..., я не ве... Последовательная позиция. Примите поздравления.

Цитата: "itunesss"В первую очередь необходимо показать принципиальную возможность перехода к тем же белкам...
Чем их заменить? РНК? Такая замена невозможна.

Сейчас показано, что возможна. Методом молекулярной селекции найдены РНК, способные катализировать включение активированных нуклеотидов в состав других РНК. То есть теоретически, РНК-овый мир возможен.

Возможен и переход от него к белковому миру. Сначала конденсация пептидов на матрице РНК с катализом этого процесса другими РНК. Проблем с L- и D-аминокислотами тут не возникает, поскольку со стереохимической точки зрения это разные вещества.

И только потом уже образования т-РНК посредников и всего прочего.

observer
Про самореплицирование монтмориллонитов  приведите ссылку на конкретную статью, хочу почитать. У меня глубокие сомнения по поводу заявленного. Наверное, очередная журналистская утка.

Сергей написал
"Возможен и переход от него к белковому миру".
Если РНК и воспроизводит саму себя, то белки, которые принципиально отличны по строению и составу, она производить не будет. Не может РНК вдруг изменить свою функцию и перекинуться на выработку белков. Из самих РНК катализаторы некудышние – ведь та уже находится в связанном состоянии и обладает совершенно другими свойствами.
Как аминокислота может узнать себе подобную в РНК? Мало того, эти молекулы вообще наложиться одна на другую не могут, из-за разной пространственной структуры, а в стороны торчат радикалы, что образует химическую связь и не только с аминокислотами  - это убьет процесс копирования или сам копировщик на раз.

Цитата: "itunesss"Как аминокислота может узнать себе подобную в РНК? Мало того, эти молекулы вообще наложиться одна на другую не могут, из-за разной пространственной структуры, а в стороны торчат радикалы, что образует химическую связь и не только с аминокислотами  - это убьет процесс копирования или сам копировщик на раз.

Вы не поняли. Пептиды синтезируются (теоретически) на матрице РНК. Между аминокислотами и РНК как раз есть стерическое соответствие: две аминокислоты в пептидной цепи на один нуклеотид сахарофосфатного остова. Предложена теория и взаимной репликации: на РНК синтезируется пептид, а потом на пептидной цепи синтезируется РНК.

Естественно, на начальных этапах этого процесса могли быть и совсем другие, чем сейчас, аминокислоты и нуклеотиды. Тут большое поле для игр с подбором таких веществ. На этом поле, кстати,  зарыто много Нобелевских премий.

P.S. Что-то уж больно знакомая аргументация и лексика у Вас. Своё личико не откроете?

Пептиды синтезируются (теоретически) на матрице РНК

А вот это как раз и нереальная вещь.  Кроме того, что нужно объяснить, откуда взялся копировщик с матрицей, нужно объяснить, каким образом умеет собирать себе подобную из окружающего сырья, которое для этого может нифига и не годится, а потом еще это все нужно разделить правильным образом на две одинаковые части, не разломав себя. Для этого нужна рибосома, транспортные РНК и т.д. т .п.
В общем  - нужно ЧУДО! Знаем, плавали уже. Извините, граждане, нет желания обсуждать это по сто десятому кругу.
Теоретически возможно? Вам и флаг в руки. Как говорят, перейдём от теории к практике.

Цитироватьвыдумки и чушь, которая существует только в головах эволюционистов.

...и тэ пэ в рычащем тоне.

itunesss, это кликушество

Да, вам действительно лучше самостоятельно взять и _не обсуждать это_ (в таком тоне и с такой "аргументацией"). Иначе при такой симптоматике прогноз резко отрицательный - вы перестанете обсуждать с посторонней помощью.