paleoforum.ru

Цитата: "DNAoidea"в самом деле? это оригинальный подход... вы вообще в курсе, что порой сходство бывает между самыми разными функционально белками? ну то, что дупликацированный ген продолжает синтезировать белок, который по-прежнему влияет на фенотип

DNAoidea, Вы что творите?! Я же сейчас пытаюсь заступиться за ЕО перед Игорем Антоновым, а Вы мне мешаете своим "влиянием на фенотип"! Ведь очевидно, что если "ген продолжает влиять", то, значит, из под действия ЕО не выходит, значит, возможностей для радикальной смены функции - не имеет.

Цитироватьхм... ну путное может появится после двух-трёх мутаций - если повезёт...

Хм... а если очень повезет, то и газ сам собой обратно в баллон залезет...
Я вот тут гоняю программу Игоря Антонова... Уже совершилось более 77 млн. "мутаций"... и пока результата нету... массив не отсортирован... вот думаю, может, на ночь оставить?

Цитата: "Imperor"

Цитата: "Игорь Антонов"Команды из допустимого набора команд в этой модели - минимальные варьируемые элементы. Их реализацию на микропрограммном уровне мутации не затрагивают.

Но в этом случае Вы, скорее, моделируете макромутации, а не мутации.
Все-таки было бы очень интересно, как изменилось бы поведение Вашей программы, если бы случайные замены происходили именно в нолях и единичках исходного программного кода.

Случайные замены  в нолях и единичках исходного программного кода могут как раз  означать выполняемую в моей модели замену допустимых команд  процессора.  Ведь это виртуальная машина и правила интерпретации ею программного кода мы сами определяем.

Цитата: "Imperor"Всё-таки, мой личный опыт программирования (очень скромный) гораздо более пессимистичен по поводу "абиогенеза небольшой подпрограммы на пустом месте".

Конечно, на наборе  команд  реального процессора  нежизнеспособность  случайного  кода   на порядки  выше  чем  в моей модели, которая создавалась, чтобы сделать синтез возможным.

Цитата: "Imperor"Но ведь там предполагается, что какой-то ген дуплицируется и поэтому полностью выходит из под действия естественного отбора, т.е. фактически превращается "в пустое место", в котором "тасуются" мутации до тех пор, пока не появится что-нибудь путное (т.е. это "абиогенез функции" о возможности которого Вы говорите).

Отбирается ведь не этот ген, а организм в целом.  В компьютерной аналогии  это будет не  синтез  функции на пустом месте, а отбор сложной программы, у которой пытаются повысить качество через дупликацию и рандомизацию отдельных элементов.  

Цитата: "Imperor"И последнее. Разве "абиогенез" функции не является самой масштабной структурной перестройкой для этой функции, которую только можно себе вообразить? Ведь пока все "нолики и единички" не встанут на свои места, функция полностью недееспособна и, следовательно, не может "отбираться на эффективность"?

С  пустого места  почти всегда можно провести функцию мелкими аддитивными шагами "за ручку" к нужному нам результату, используя последовательный  набор критериев для отбора. Конечно, это не совсем честно, но так можно получить результат. Но это "на пустом месте". А  вот  получить новую  подпрограмму  через  рандомизацию работающей программы  -  вот здесь, действительно, стена.

Цитата: "Imperor"Я вот тут гоняю программу Игоря Антонова... Уже совершилось более 77 млн. "мутаций"... и пока результата нету... массив не отсортирован... вот думаю, может, на ночь оставить?

Если удачно подобрать параметры в настройках, положительный результат  будет достаточно быстро.

Цитата: "Игорь Антонов"С  пустого места  почти всегда можно провести функцию мелкими аддитивными шагами "за ручку" к нужному нам результату, используя последовательный  набор критериев для отбора. Конечно, это не совсем честно, но так можно получить результат. Но это "на пустом месте". А  вот  получить новую  подпрограмму  через  рандомизацию работающей программы  -  вот здесь, действительно, стена.

Я кажется, уже понял, о чем Вы говорите. При запуске Вашей программы она сначала довольно быстро находит несколько вариантов возрастающей эффективности, но потом просто "замерзает" на каком-то одном (последнем) варианте. Вероятно, чем выше она поднимается к эффективности каким-то одним путем, тем ниже вероятность её кардинальной удачной перестройки на другой путь.

ЦитироватьЕсли удачно подобрать параметры в настройках, положительный результат будет достаточно быстро.

Не могли бы Вы подсказать параметры. А то я тестю "по умолчанию" и у меня пока выше 1350 эффективность не поднималась. Или это и имеется в виду под положительным результатом?

Всё! Добился 1496!
Кстати, периодически наблюдал весьма резкие изменения программного кода. Это разве не перестройка? Использовал 10.000 особей и длину программы 15.

Цитата: "Imperor"
DNAoidea, Вы что творите?! Я же сейчас пытаюсь заступиться за ЕО перед Игорем Антоновым, а Вы мне мешаете своим "влиянием на фенотип"! Ведь очевидно, что если "ген продолжает влиять", то, значит, из под действия ЕО не выходит, значит, возможностей для радикальной смены функции - не имеет.

я честно говоря не понял, что вы хотели сказать, но последняя фразу звучит очень странно, чтобы не сказать дико - вообще-то эволюционировать так сказать активно (то есть не просто накапливая мутации потому что они не отсеиваются, а накапливать конкретные мутации) у гена нет никакого иного пути кроме как влиять на фенотип... да и понятие "радикальная смена функций" тоже требует уточнения - что вы понимаете под этим? где кончается нерадикальное?

Цитата: "Imperor"
Хм... а если очень повезет, то и газ сам собой обратно в баллон залезет...

вы не знаете арифметику тоже? посчитать вероятность 2-3 мутаций не в состоянии?

Цитата: "Imperor"Я вот тут гоняю программу Игоря Антонова... Уже совершилось более 77 млн. "мутаций"... и пока результата нету... массив не отсортирован...

77 млн - это очень мало. Это всего лишь (если учитывать только нуклеотидные замены и только при репликации и взять частоту тут 10^-9) репликация 77 квадрильонов пар, приняв кол-во значимых последовательностей (а это видимо довольно-таки стабильное число для многих организмов) за 100 млн получаем репликацию 770 млн геномов подобных нашему. Дальше додумаете сами или за ручку и тут провести?..

Цитата: "Imperor"вот думаю, может, на ночь оставить?

да хоть на неделю...

Цитироватья честно говоря не понял, что вы хотели сказать

Я хотел сказать о системных изменениях, которые невозможно получить отдельными шажками с каждый раз возрастающей эффективностью.

Цитата: "DNAoidea"вы не знаете арифметику тоже? посчитать вероятность 2-3 мутаций не в состоянии?

Легко Вероятность удачной двойной мутации (т.е. замена сразу двух нужных нуклеотидов - условия опыта Холла) ~ 10^-20. Вероятность удачной тройной мутации ~ 10^-30.

Цитата: "Imperor"
Я хотел сказать о системных изменениях, которые невозможно получить отдельными шажками с каждый раз возрастающей эффективностью.

ну если вам угодно отрицать существование не существующей эволюции - извольте, но это уж с другими собеседниками... вас не затруднит перечислить эти самые "системные изменения", которые должны произойти в один миг типа "мама, папа, я должен вам сказать, что я млекопитающие". Вы как видно так себе представляете эволюцию, да?

Цитата: "DNAoidea"
Легко Вероятность удачной двойной мутации (т.е. замена сразу двух нужных нуклеотидов - условия опыта Холла) ~ 10^-20. Вероятность удачной тройной мутации ~ 10^-30.

браво! ну если это будет 10^-9 то будет 10^-27 впрочем это мало, конечно, а вот если одна из этих мутаций и так гуляет по популяции, с частотой, ну допустим, 0.1%, а если две? ген-то уже продублирован, гулять может что угодно... и вероятность на то, что одна из этих мутаций когда-нибудь да произойдёт уже не так мала - они ж передаются... к тому же ещё и копия гена может попасть в горячее пятно - опять же без особого вреда на организм - есть ещё копия, ещё бывает такая штука как внутригенный кроссинговер... иными словами много чего есть... надо только быть в курсе и понимать что куда...

Цитата: "Imperor"Я кажется, уже понял, о чем Вы говорите. При запуске Вашей программы она сначала довольно быстро находит несколько вариантов возрастающей эффективности, но потом просто "замерзает" на каком-то одном (последнем) варианте. Вероятно, чем выше она поднимается к эффективности каким-то одним путем, тем ниже вероятность её кардинальной удачной перестройки на другой путь.

Ну это ещё "призрак коммунизма". А полный коммунизм наступает, если в системе сотни упорядоченно взаимодействующих элементов. Тогда для технической системы рандомизация на структурном уровне – смерть и боле ничего.

Цитата: "Imperor"Кстати, периодически наблюдал весьма резкие изменения программного кода. Это разве не перестройка?

Сначала генерируются сто совершенно разных программ.  Когда резкий скачок – значит,  в начало списка попал конкурирующий вид.  Если открыть список программ, то конкретная предковая линия идентифицируется полем "Сигнатура".

Цитата: "Игорь Антонов"

Цитата: "Imperor"Я кажется, уже понял, о чем Вы говорите. При запуске Вашей программы она сначала довольно быстро находит несколько вариантов возрастающей эффективности, но потом просто "замерзает" на каком-то одном (последнем) варианте. Вероятно, чем выше она поднимается к эффективности каким-то одним путем, тем ниже вероятность её кардинальной удачной перестройки на другой путь.

Ну это ещё "призрак коммунизма". А полный коммунизм наступает, если в системе сотни упорядоченно взаимодействующих элементов. Тогда для технической системы рандомизация на структурном уровне – смерть и боле ничего.

Так эволюция и происходит. Появляется новый ресурс, выживает организм, который его может утилизировать, плохо, медленно, но остальные-то дохнут. Потом конкуренция за этот ресурс, быстро приводящая к оптимуму этой функции. Теперь любые мутации для неё только вредны. Дальше эволюция идёт путём объединения, комбинации таких функций, их регуляторной подстройки друг под друга. В этом причина появления полового процесса.

Так что следующий шаг – создания программы, которая случайным образом комбинирует полученные на первом этапе подпрограммы.

Цитата: "Сергей"

Цитата: "Игорь Антонов"

Цитата: "Imperor"Я кажется, уже понял, о чем Вы говорите. При запуске Вашей программы она сначала довольно быстро находит несколько вариантов возрастающей эффективности, но потом просто "замерзает" на каком-то одном (последнем) варианте. Вероятно, чем выше она поднимается к эффективности каким-то одним путем, тем ниже вероятность её кардинальной удачной перестройки на другой путь.

Ну это ещё "призрак коммунизма". А полный коммунизм наступает, если в системе сотни упорядоченно взаимодействующих элементов. Тогда для технической системы рандомизация на структурном уровне – смерть и боле ничего.

Так эволюция и происходит. Появляется новый ресурс, выживает организм, который его может утилизировать, плохо, медленно, но остальные-то дохнут. Потом конкуренция за этот ресурс, быстро приводящая к оптимуму этой функции. Теперь любые мутации для неё только вредны. Дальше эволюция идёт путём объединения, комбинации таких функций, их регуляторной подстройки друг под друга. В этом причина появления полового процесса.

Так что следующий шаг – создания программы, которая случайным образом комбинирует полученные на первом этапе подпрограммы.

Всё же на мой взгляд следующим шагом в направлении моделирования макроэволюции было бы добавление в программу блока, управляющего частотой мутаций базового блока. Причём, он сам тоже может мутировать, но уже случайным образом. Он как бы настраивает правила мутирования базовой программы . Потом над этим блоком можно было бы итерационно надстроить блок следующего уровня иерархии управления и т.д.  В итоге, вполне возможно, можно было бы добиться некоторого подобия макроэволюционных процессов.

Цитата: "Роман Джиров"Креационизм и зеленые инопланетчики выглядят в моих глазах намного более убого, нежели дарвинизм, не говоря уже об СТЭ. Может ,нужно проблемы решать, раз они есть, а не "боженьку" под каждым кустом искать? Или Поппер уже не в моде, Оккам-на свалке истории, а логика отменена как устаревшее понятие?

Конечно. Давайте решать!
Однако в большинстве случаев на них предпочитают не обращать внимание,
а тем кто обращает "заткнуть рот".

Как я понимаю, большинство народу (причем того, который с высшим образованием) считает ее что это ложная проблема, изобретенная креационистами
(наверное, потому что о дилемме Холдейна в интернете и печатных изданиях упоминают обычно креационисты, а серьезные биологи и мат. биологи ее только критикуют, за редкими исключениями, когда признаётся, что проблема так и не решена).

А те из ученых, кто "врубился", видимо предпочитают ЭТУ ПРОБЛЕМУ замалчивать. Скорее всего по одной из двух причин (или сразу обоим):
а) это нанесет значительный урон имиджу биологической науки (да и науки вообще), что может повлечь практические последствия в виде снижения финансирования науки (особенно биологической), уменьшения доли естественных наук в образовании, увеличения преподавания религии.
б) некоторые ученые и преподаватели понесут прямой материальный ущерб из-за снижения финансирования и/или урезания преподавания определенных предметов.

В моделировании самозарождения надо еще учитывать самоорганизацию.Диссипативные структуры типа ячеек Бенара легко моделируются на компьютере методом Монте-Карло.Надо как-то смоделировать поток низкой энтропии, на котором могут самозарождаться структуры, которые способны размножаться (ячейки способны) и умирать, и имеют некий механизм наследственности , когда структуры отличаются случайным образом, но воспроизводят более-менее себе подобных.Тогда получится одновременно самозарождение , изменчивость и конкуренция структур-детей и возникающих структур первого поколения.Количество детей в равновесии должно быть на несколько порядков больше,чем 1-го поколения.

ЦитироватьДилемма Холдейна

Дык Википедия есть, "редко" в Интернете лишено смысла.Это не более чем математическая модель и "последующие исправленные вычисления показали, что стоимость пропадает. Холдейн сделал неверное упрощающее допущение".