paleoforum.ru

ЦитироватьЯ убежден, что синтез нуклеотидов невозможен ни при каких условиях

А что тимин сильно оличается от урацила. К слову: одно из названий тимина - 5-метил-урацил.
Сильно ли отличается РНК о ДНК? Кто сможет отрицать переходные химические соединения?

Oleg_Dm,
пароль к статье Спирина посмотрите в "Личных сообщениях".

Цитата: "Oleg_Dm"5. Ссылку прочитал, ничего обьективного не вижу. Без Луны можно обойтись если рассматривать не океан, который все растворяет и перемешивает а зону геотермальной активности. Вам нужен нагрев цикличный то 50 то 100 град?

А Вы и не найдете ничего достаточно конкретного в научно-популярных статьях. Вам, как я понимаю, нужно посмотреть исследовательские статьи. Ссылки на эти статьи приведены в данной ветке всего несколькими страницами раньше. Так что если Вас так интересует конкретика, можете посмотреть.
Там же, если дальше пойти по ссылкам, можно найти целую кучу современных работ, посвященных данной тематике. К сожалению, все они - англоязычные. Если Вас это не пугает, но недостатка информации у Вас не будет.
Кроме того, И.Антонов, если к нему обратиться в личку с соответствующей просьбой, может предоставить Вам русско-язычный вариант последнего обзора А.С. Спирина, посвященный разбору конкретных проблем РНК-мира (этот обзор мы здесь и обсуждали последние несколько страниц).

ЦитироватьРядом с гейзером это обычное стандартное состояние, не вижу никаких проблем с этим. Если хотите опровергнуть приводите реакции, условия и работы моделирующие все это. А разговоры о Луне оставим для тех, кто считает что расплавление земли было вызвано гравитационным взаимодействием спутника.

И опять рекомендую почитать соответствующие исследовательские статьи. Имхо, "про гейзеры" исследователи забыть просто не могли Вероятно, там другие проблемы, связанные с цикличностью. Я даже могу предположить, какие Например, могу предположить, что цикличность в эксперименте будет не усложнять, а разрушать органику. В общем, посмотрите статьи.

6.

ЦитироватьА нет теории нечего и проверять. Что они проверяли?

Проверялась химическая возможность разных стадий абиогенеза. Насколько я понял, споткнулись уже на самой первой стадии - нуклеотиды просто отказались "абиогенезироваться"
И на всех остальных этапах - такие же проблемы.

ЦитироватьВ связи с этим предлагаю версию что первый энергетический процесс был связан с активируемой квантом УФ АДФ, скорее всего адсорбированной на апатите и переход в АТФ. То есть постадийно.
а) АДФ(адс. апатит) + hv = АТФ (адс. апатит)
б) АТФ + допустим глюкоза/рибоза (и какие там еще побочные продукты в реакции бутлерова?) = АДФ + фосфатглюкозы(и т.п.)
г) далее возможно распад данных фосфатированных сахаров, которые должны включиться в обратный процесс АДФ в АТФ.

Вот вам и простейший гиперцикл, только стадия г) мне пока не понятна т.к. она сама многостадийна и возможно требует катализатора и расхода АТФ. Но это начало гликолиза, пусть не 10 стадий и без ферментов, а с другими (надо выяснить какими) катализаторами. Но если система подвержена поступлению органики из испарений гейзера то могут найтись и какие то молекулы в силу своей реакциоспособности вступающие в превращения с АТФ и в свою очередь случайно катализирующие реакции начала гликолиза. Вот вам и усложнение гиперцикла!

Всё это, возможно, очень интересно. Но здесь есть одна проблема.
Дело в том, что мы то знаем, что известная нам жизнь - основана на сложнейших нанотехнологиях (подобных АТФ-синтазной молекулярной машине). Это эмпирический факт. Поэтому, даже если Вы и найдете какой-то простой механизм синтеза АТФ на том же апатите, то проблему возникновения, собственно, АТФ-азы это никак не решит, ибо данные технологии не связаны друг с другом никаким образом.

Кстати, по поводу синтеза АТФ - посмотрите работу Галимова. Он как раз сейчас пытается "абиогенезировать" именно АТФ:
rogov.zwz.ru/Macroevolution/galimov2006.doc

ЦитироватьОднако проблема липидов пока не вижу как решается...

В англоязычной литературе обязательно что-то будет на эту тему.

Цитата: "Рендалл"

ЦитироватьЯ убежден, что синтез нуклеотидов невозможен ни при каких условиях

А что тимин сильно оличается от урацила. К слову: одно из названий тимина - 5-метил-урацил.

Вообще, имхо, эти слова академика Спирина дорогого стоят.
Вероятно, для этого были очень весомые обстоятельства. Лично я, например, не слишком охотно отказываюсь от любимых гипотез.

Английские ссылки почитаю, если есть, главное чтобы не англичане-голландцы в авторах. У них ужасно английски английский. Могу не осилить.

Книгу Галимова читаю. Если вычесть пространное на 45 страниц вступление, вроде интересно. Обзоры хорошие приведены. Однако общей нити связывающей все идеи и мнение автора пока не понял. С большинством согласен, кое что вызывает желание поспорить или опровергнуть.

Главное что хочется заметить опять делается попытка перейти от АТФ сразу к РНК и пептидам катализаторам. А это невозможно. На этом делается странный вывод, что такая вот проблема - невозможно. Мое мнение до этого было куча процессов с гиперциклами, которые и породили все для синтеза РНК и связанных ферментов. Мне кажется, предположить на исходном субстрате возникновение сразу готового комплекса процессов РНК - ферменты-"протогликолиз" гораздо вероятнее, чем голую РНК, которая как-то должна была самореплицируясь обрасти всем самостоятельно. Это очевидное усложнение теории. Отбросить кучу процеессов и реакций, а затем их заново изобретать. Проще предположить, что они сразу были, но в другом виде и дальше лишь усложнялись и совершенствовались.  

Из интересных идей которые меня посетили строение РНК чередует тетраэдры РО4 - а ведь на поверхности апатита как раз чередуются такие тетраэдры. Причем по разным осям с разным растоянием между тетраэдрами. Над этим стоит подумать. Собраться матрице чего либо синтезирующей на поверхности готовой матрицы кристалла, намного проще чем в растворе. Кто то читал на эту тему что-нибудь?

Из проблем напомнило мне невозможность существования аденина и рибозы в одном растворе. Над этим надо подумать. Хотя, конечно гейзер может решить эту проблему, но хотелось бы не подгонять процесс под теорию, а найти простой способ в рамках теории.

Ладно буду читать ссылку далее, потом посмотрю статью Спирина.

Цитата: "Imperor"Вообще, имхо, эти слова академика Спирина дорогого стоят. Вероятно, для этого были очень весомые обстоятельства. Лично я, например, не слишком охотно отказываюсь от любимых гипотез.

Быстро ваш Спирин отказался от своих идей.  

ЦитироватьИдея РНК мира была впервые высказана Карлом Вёзе в 1968 году, позже развита Л. Оргелем и окончательно сформулирована В. Гильбертом в 1986 году.

. Сейчас 2008 год.

Цитата: "Oleg_Dm"Из интересных идей которые меня посетили строение РНК чередует тетраэдры РО4 - а ведь на поверхности апатита как раз чередуются такие тетраэдры. Причем по разным осям с разным растоянием между тетраэдрами. Над этим стоит подумать. Собраться матрице чего либо синтезирующей на поверхности готовой матрицы кристалла, намного проще чем в растворе. Кто то читал на эту тему что-нибудь?

Об этом говорит гипотеза Э.Я. Костецкого.
Работы Костецкого по этому вопросу:
1. О возможности синтеза нуклеопротеидов на матрице апатита // Докл. АН СССР. - 1981. - Т. 260 , N 4. - С. 1013-1018. - Соавт.: Алексаков С.П.

2. О возможности синтеза нуклеопротеидов на матрице апатита как основы возникновения генетического кода и оптической активности биомолекул // Пленар. докл. XII Менделеевского съезда по общ. и прикл. химии. - М., 1984. - С. 133-135.

Ещё немного здесь.

Цитата: "Рендалл"Работы Костецкого по этому вопросу:
1. О возможности синтеза нуклеопротеидов на матрице апатита // Докл. АН СССР. - 1981. - Т. 260 , N 4. - С. 1013-1018. - Соавт.: Алексаков С.П.

Спасибо за ссылки! К сожалению не могу найти оригинал статьи, многие его работу обсуждают, цитируют и ссылаются, а самой работы нет.

Как пример нарисовал возможный вариант синтеза АДФ на кристалле апатита. Кристалл нарисован вдоль оси а. Рибоза химически связана с фофатом в ходе реакции Бутлерова. Аденин поступает из другого источника и адсобрируется на поверхности кристалла. Далее возможна конденсация. Электронная пара азота идет к наиболее положительно заряженному углероду связанному с 2 кислородами. Одновременно может образоваться ковалентная связь водород при атоме азота - электроная пара гидроксильного кислорода рибозы, что  облегчает атаку азота на углерод. Далее перенос протона и заряда на гидроксильный кислород и отщепление молекулы воды. Все теоретически выглядит красиво, хорошо бы тщательно проверить растояния в кристалле и размеры молекул. Но в итоге мы имеем почти АДФ включенную в состав апатита. Возможно механизм несколько другой и включает предварительно выщелоченный и высушенный на поверхности апатита пирофосфат магния/кальция.

Будут идеи на счет этой стадии? Хорошо бы посмотреть работу близкую по тематике.

Вот нарисовал нуклеофильный механизм присоединения аденина к фосфатрибозе. Хочу заметить, что так как обьемные отрицательно заряженные гидрооксилы расположены с одной стороны плоскости рибозы, то атака азота будет происходить с противоположной стороны. И полученный аденорибофосфат будет хирально симметричным.

Вопрос в другом - будет ли полученый аденорибофосфат(апатит) сшитый с кристаллом выполнять функции АДФ - АТФ? Например поглощать фотон света и способствовать синтезу других веществ?

Цитата: "Imperor"Вот что пишет об абиогенезе известный (в прошлом) энтузиаст РНК-мира и лучший специалист по нему в России А.С. Спирин:

Я почитал работу Спирина, прекрасная обзорная статья. В ней ничего не утверждается и не опровергается. То что я для себя вынес из статьи.

1. Есть определенные проблемы в гипотезе происхождении жизни.
2. Ряд авторов предлагает обьяснение этого N-разными способами.
3. У каждого из способов есть свои специфические недостатки.
4. Некоторые идеи до сих пор не проверены.

Какой я могу сделать вывод.

1. Есть определенные проблемы в гипотезе происхождении жизни.
2. Нужно предлагать на основе полученных данных новые теории, сумирующие выясненное ранее.
3. Недостатки дают вектор движения в правильном направлении.
4. Надо ставить ряд новых экспериментов, и проверить старые и новые гипотезы.

Анализируя основные энергетические процессы сделал вывод, что в число первых молекул должен был входить никотинамидрибофосфат (как часть НАД). Перерыл русский интернет - нет ссылок на абиогенный синтез никотиновой кислоты.

Может у кого то есть ссылки?

Здравствуйте наимудрейшие!
Хотелось бы предложить одну,очень важную "модель"(не гипотезу),в отношении зарождения жизни. Учитывая ваши попытки докопаться- таки до сути, могу лишь дать ориентиры. Может быть из этого что-нибудь и выльется.
Формирование Земли происходило под воздействием астероидных тел (низкотемпературный лед). Помимо превносимой воды, астероидные атаки осуществляли "смешение" веществ, образованных и располагаемых согласно плотностным отношениям на планете.По Менделееву, именно этот процесс дал углевадороды (нефть) и железную руду. Продукты длительной эрозии (поскольку появилась атмосфера и водная конденсационная оболочка) дали глины, являющиеся катализаторами при соответствующих температурах. Сочетание диссоциативности водных растворов и глин, при медленной диффузии легких углеводородов могли дать первые полимеры и их разнообразие. Пробиотики напоминали внутриядерное содержимое, учитывая наличие серо- и фосфоросодержащих соединений и углеродного скелета.
Хотелось ,что бы вы подтвердили или опровергли возможность вытеснения свободного кислорода в результате вышеизложенного процесса, который подтвержден другими источниками.
Заранее благодарен.

Цитата: "Шибаев Александр"астероидные атаки осуществляли "смешение" веществ, образованных и располагаемых согласно плотностным отношениям на планете.По Менделееву, именно этот процесс дал углевадороды (нефть) и железную руду.

Оптическая активность нефти и отсутствие реалистических моделей абиогенного синтеза нефти (а не некоторой абстрактной смеси углеводородов) указывают на биогенное присхождение нефти. Если вам интересно мнение титанов химии - к биогенной идее образования нефти пришел в свое время Ломоносов.

Если ещё более точно попытаться определить появление нефти, то можно обратить внимание на то, что архейные изопреноидные липиды служат их надёжными молекулярными маркерами. К примеру, у Thermoplasma и Sulfolobus встречается серия алкилбензолов, которых нет у других организмов, но они выделяются из нефтяных скважин и осадочных пород, и вообще, археи содержат те же гомологи изопреновых углеводородов, которые находят в нефтях. Так что, думаю, вероятнее всего, в формировании нефтей важную роль принимали организмы, схожие с современными археями как минимум по составу мембран.

Оптическая активность нефти и отсутствие реалистических моделей абиогенного синтеза нефти (а не некоторой абстрактной смеси углеводородов) указывают на биогенное присхождение нефти.
Неорганическое происхождение органического вещества на первых порах вызывает недоверие. Но именно Д. И. Менделееву принадлежит «неорганическая» версия, которая вполне конкретно объяснила участие воды в нефтеобразовании: «...Образование нефти... более вероятно приписать действию воды, проникающей через трещины, образовавшиеся при подъёме гор, в глубь земли, до того металлосодержащего накаленного ядра земли, который необходимо признать во внутренности земной... Можно полагать, что нефть там произошла при действии воды, ... ибо вода с углеродистым железом должна дать окислы железа и углеводороды».
Великий химик принципиально прав, допуская лишь оплошность в «физическом» проникновении воды в недра Земли. Вот вам господа ученые и нефть, и железная руда...
Но от себя добавлю,что органика разрушается под воздействием микроорганизмов и кислорода растворенного в воде до СО2, гумусовых кислот и известняка. Можно состряпать нефть и из объектов животного и растительного происхождения, но как это может происходить в природе? А каковы масштабы нефтеностных залежей и как это происхождение можно себе представить?

в формировании нефтей важную роль принимали организмы, схожие с современными археями как минимум по составу мембран.
-Может быть это и есть ответ,который вы искали, что касается части липидов...
Все же у меня есть серьезный повод(и не один) в поддержку версии Менделеева.
Спасибо за т. зрения, но выражайтесь пожалуйста проще.