paleoforum.ru

Цитата: "Игорь Антонов"
DNAoidea, я проектировал сложные системы - программно-аппаратные комплексы по обработке сигналов. Вы, видимо, нет. Я понимаю, почему иерархическая системность в технических и кибернетических системах  принципиально недостижима последовательным отбором результатов хаотичных возмущений, модулирующих систему. Вы - не понимаете. Поэтому мы, даже оставаясь оба в рамках русского письменного, говорим на разных языках.

Это не аргумент. Если вы хотите говорить про кибернетику, говорите про киберентеку, если про биологию - то про биологию, и утверждать что-то и делать выводы только на том основании что собеседник не понимает всего того же, что понимаете вы - безрезультатно. Вы, я вижу, не понимаете того, что такое отбор, и что такое эпистазис, к примеру - поскольку говорите о каждой мутации так, словно они возникают в полном океане хаоса. Вы говорите о "иерархических уровнях" хотя по отношению к биологии они весьма и весьма условны, и абсолютизировать что-то тут значит пытаться субъективно понять что-то объективное. Единственное, где прослеживаются подобные уровни - это строение белков, но как раз это хорошо объясняется мутациями...

Цитата: "Игорь Антонов"А в эволюционных постулатах СТЭ как-то присутствуют "автокатализ, самосборка и объединение"?

объединение суть рекомбинация и наложение мутаций, самосборка - наверное присутствие регуляторных элементов в геноме.

Цитата: "Dims"

Цитата: "Imperor"Но то, что мозг не перебирает варианты - это точно.

Он может не перебирать их последовательно во времени, как компьютер на архитектуре фон Неймана, а может "перебирать" их параллельно. То есть, совершать нечто, что математически эквивалентно перебору.

Перебор(отбор) вполне возможен, но лишь ограниченного числа из всех возможных вариантов.
(Варианты, которые потом перебираются "строятся" по каким-то правилам, нам пока не известным)

Цитата: "DNAoidea"

Цитата: "Alexy"
И часто бывают случаи, когда лишь одна буква изменяет семантику? (как в геномах, так и в языке)

достаточно

Достаточно для чего?
Вы знаете примеры таких случаев для геномов? Тем более много?


Если для регуляторных последовательностей и генов, кодирующих РНК, (там значащие части сравнительно короткие) такое может быть,
но для белков...

Цитата: "DNAoidea"

Цитата: "Игорь Антонов"Я спрашивал про шанс дождаться в этой ситуации от обезьянки спонтанного ввода нового подходящего по смыслу слова в конец этого текста.

А я прикинул что получится если с каждой новой буквой будет сигнал - то есть то что происходит в природе, а не в вашем воображении.

Почему Вы считаете, что так происходит в природе?

Цитата: "Alexy"Достаточно для чего?
...
но для белков...

для эволюции. У белков тоже есть тому примеры - в книге "funments of molecular evolution" читал бумажную версию, был пример, где белок меняет функцию в следствии изменения одной аминокислоты.

Цитата: "Alexy"Почему Вы считаете, что так происходит в природе?

если мутация не замечается отбором, то она будет только болтаться в популяции с частотой определяемой прямым и обратным мутированием.
Где-то опять же на элементах читал статью, в которой проводилось исследование в какой последовательности могли накапливаться мутации одного из бактериальных генов и и именно отбор был после каждой из мутаций, а не по всем вместе.
Ярослав Смирнов - спасибо за ссылку на статью.

Цитата: "Игорь Антонов"Кристаллизация - причинное, закономерное  явление. И причина его - не случайное движение ионов, а наличие потенциальных ям, связывающих ионы в кристалл.

Вот и я о том же. Однако само движение - случайно. Неслучайным является результат.

Цитата: "Игорь Антонов"Самосборка  диктуется распределением энергетических потенциалов, предзаданным природными законами. Самосборка адаптивных систем по этим   законам означала бы, что всё системное будущее предопределено в отправной точке эволюции физического мира. Мне кажется, что человеческая практика противоречит этому допущению.

Не обязательно. На фазовой плоскости может быть много локальных "потенциальных ям". Немножко коряво, надеюсь, мысль понятна.

Цитата: "Игорь Антонов"А в эволюционных постулатах СТЭ как-то присутствуют "автокатализ, самосборка  и объединение"?

А я откуда знаю?  :shock: Сроду не интересовался СТЭ. Правда, если верить plantago, мои взгляды на эволюцию соответствуют СТЭ.

Цитата: "Игорь Антонов"Объединение готовых систем через агрегацию - действительно, тот вариант, который может порождать  новую системность верхнего уровня спонтанно. Но в отношении эволюционной дифференцировки  внутренней структуры организма этот путь не может быть мейнстримом, так как он требует объединения готовых систем, внутренняя связность которых выше чем связность их конгломерата.

Не совсем понял. Скажем - лишайник. Внутренняя связность компонентов, несомненно, выше, чем у целого. Это не мешает объединению. Или ключевая фраза - "дифференцировки  внутренней структуры организма"?

Цитата: "sss"На фазовой плоскости может быть много локальных "потенциальных ям". Немножко коряво, надеюсь, мысль понятна.

Соответсятвенно будет много вариантов развития.

Цитата: "sss"Вот и я о том же. Однако само движение - случайно. Неслучайным является результат.

Неслучайным этот результат  оказывается как раз  за счёт  ограничения  случайного характера движения.

Цитировать

Цитата: "Игорь Антонов"Самосборка диктуется распределением энергетических потенциалов, предзаданным природными законами. Самосборка адаптивных систем по этим законам означала бы, что всё системное будущее предопределено в отправной точке эволюции физического мира. Мне кажется, что человеческая практика противоречит этому допущению.

Не обязательно. На фазовой плоскости может быть много локальных "потенциальных ям". Немножко коряво, надеюсь, мысль понятна.

Для меня сам прецедент существования (на любом множестве альтернатив)  цепочки физических потенциальных ям, порождающих адаптивные  биологические системы, был бы равносилен предзаданности эволюционных форм.

Цитировать

Цитата: "Игорь Антонов"Объединение готовых систем через агрегацию - действительно, тот вариант, который может порождать  новую системность верхнего уровня спонтанно.

Не совсем понял. Скажем - лишайник. Внутренняя связность компонентов, несомненно, выше, чем у целого. Это не мешает объединению.

Так  я и пишу, что это обстоятельство характерно для объединения.
Если эволюция сводима к цепочке объединений отдельных организмов  - тогда нет вопросов.

Цитата: "DNAoidea"

Цитата: "Alexy"Достаточно для чего?

для эволюции.
У белков тоже есть тому примеры - в книге "funments of molecular evolution" читал бумажную версию, был пример, где белок меняет функцию в следствии изменения одной аминокислоты.

Пары примеров, когда лишь одна буква изменяет семантику, достаточно, чтобы считать, что любой белок может быть получен из любого другого белка последовательностью однобуквенных мутаций, таких что каждый промежуточный белок-мутант функционален?

Цитата: "DNAoidea"с каждой новой буквой будет сигнал - это то, что происходит в природе

Цитата: "Alexy"Почему Вы считаете, что так происходит в природе?

если мутация не замечается отбором, то она будет только болтаться в популяции с частотой определяемой прямым и обратным мутированием.

Будет болтаться, пока дополнительно не наберется несколько таких мутаций, что мутант после них вместе взятых станет замечаться отбором.

Цитата: "Игорь Антонов"Неслучайным этот результат  оказывается как раз  за счёт  ограничения  случайного характера движения.

Каковые ограничения непосредственно вытекают из физических (химических и т.д.) свойств участвующих  в движении частиц. Очевидно, наши позиции здесь полность совпадают.

Цитата: "Игорь Антонов"Для меня сам прецедент существования (на любом множестве альтернатив)  цепочки физических потенциальных ям, порождающих адаптивные  биологические системы, был бы равносилен предзаданности эволюционных форм.

Вас это смущает? Меня - нет. Множество форм небесных тел (звёзды разных классов, туманности, планеты и т.д.) тоже, очевидно, предзадано всякими физическими константами. Ну и что?

Предзаданность сдесь только общих форм, а не полная одинаковость.

Самая главная проблема эволюции - как "перепрыгнуть" или "перейти" из одной "потенциальной ямы" в другую.

Цитата: "Alexy"Пары примеров, когда лишь одна буква изменяет семантику, достаточно, чтобы считать, что любой белок может быть получен из любого другого белка последовательностью однобуквенных мутаций, таких что каждый промежуточный белок-мутант функционален?

Вы что? :shock: любой белок? Это ещё зачем??

Цитата: "Alexy"Будет болтаться, пока дополнительно не наберется несколько таких мутаций, что мутант после них вместе взятых станет замечаться отбором.

Может и так случится, конечно. Почему нет?
Перепрыгивать, кстати, через "горы" можно дрейфом и макромутациями, первое, годится, правда только для "холмиков" даже если есть эффект основателя, второе сильнее, но намного реже, потому надо бы искать тропы и перевалы в виде накопления накопления пула нейтральных мутаций, рекомбинации дефектных и действующих аллелей, или и наконец псевдогенов или даже вирусов, которые будут переносить гены, которые могут служить аккумяляторами мутаций.

Сформулирую шире:

Цитата: "DNAoidea"

Цитата: "Alexy"И часто бывают случаи, когда лишь одна буква изменяет семантику?

их достаточно для эволюции

Пары примеров, когда лишь одна буква изменяет семантику, достаточно, чтобы считать, что
любой современный белок может быть получен из любого другого белка
последовательностью однобуквенных мутаций, а также происходящих в случайных местах дупликаций, рекомбинаций, делеций и др.,
таких что каждый промежуточный белок-мутант функционален?

Цитата: "Alexy"Сформулирую шире:

Цитата: "DNAoidea"

Цитата: "Alexy"И часто бывают случаи, когда лишь одна буква изменяет семантику?

их достаточно для эволюции

Пары примеров, когда лишь одна буква изменяет семантику, достаточно, чтобы считать, что
любой современный белок может быть получен из любого другого белка
последовательностью однобуквенных мутаций, а также происходящих в случайных местах дупликаций, рекомбинаций, делеций и др.,
таких что каждый промежуточный белок-мутант функционален?

Браво, Alexy!
Если и сейчас последует ответ - "ДА", я буду валяться под столом

P.S. Игорю Антонову.
(в развитие темы "самоорганизации кристаллов")
Таким образом, вопрос об эволюции из "чисто математической" переводится в привычную для естественных наук плоскость: "Какие именно физические (химические etc) свойства материи позволяют живым системам формироваться и эволюционировать в сторону усложнения?". У Вас есть предположения на этот счёт?