paleoforum.ru

Цитата: "DNAoidea"По последним оценкам ок 25 тыс.

Ну тогда вааще!  :shock:
Значит, мы отличаемся от шимпанзе всего лишь 500 генами!!!  :shock:
Ну вааще...

Цитироватьа тут здрасте пожалуйста - отличаемся 600 - 800 генами. Как вы такое себе представляете?

очень даже легко представляю. Вы тоже, если торопиться не будете, а вместо этого немного подумаете, тоже сумеете представить.
Кстати, DNAoidea. Я там чуть выше задачку Вам постанул (про ферменты). Вы ее уже обдумали?

Цитата: "Imperor"
Ну вааще...

Господин,Imperor, вы получили отравленные мною вам личные сообщения ?

Имперор - какие ферменты? Что-то не вижу... В какой теме? Опять про о как они получаются? И какова вероятность? Ну так говоил ж об уже достаточно...
А про гены вы меня удивляете: нет такого понятия отличаются столько-тами генами. Ну объясните как вы это представляете себе? Положили мы геном шимпанзе, геном человека рядом, сравниваем, получаем столько-то сходство, хотмим сравнить отдельно взятый ген - пожалуйста. Мы найдёт там, допустим, 90% сходства, в другом - скажем 99%... И так со всеми будет... как же вы можите сказать, что мы отчаемся 500 генами? Не понимаю? Это те, у которых гомология нниже, скажем 50%? Или что? А почему не 55%, допустим? Объясните чётче такой вариант геномного выравнимания...

Да.
Страшно подумать, если бы у человека и шимпанзе был 1 ген!
Тогда бы 2% разницы округлились бы до нуля генов?

Короче, 2% - это то, насколько в среднем различаются по нуклеотидной последовательности аллели гомологичных генов у шипанзе и человека.

Но даже если бы был ген количества пальцев, а у него было два аллеля, различающиеся на 2 %, то это бы вовсе не значило, что гомозиготы различались бы на те же 2 % и по числу пальцев.

Но вот какой у меня по ходу этой ерунды возник вопрос (к специалистам).
Есть ли какой-нибудь пороговый процент различия аллелей по нуклеотидной последовательности, выше которого это уже не аллели одного гена, а разные гены? Я имею в виду не с точки зрения исследователя, а с точки зрения конъюгации при мейозе.

C точки зрения конъюгации навенрное, есть, точнее - лучше сказать можно оценить, но тут лучше брать уже не отдельные гены, а геномы - при опредлённой степени отличия сестренские хромосомы не опознают друг друга как гомологичные... Хотя тут ещё важны хромосомные аберации, которые уже так тривиально как процент гомологичности не оценешь. Но в принцыпе возможна ситуация когда два организма отличаются только по нуклеотидным заменам и мелкими дилециями/инсерциями...
а вот если говорить про функции то тут точно нет порога на уровне нуклеотидов - сплош и рядом совершенно нехожие по последовательности аминокислот, стало быть и нуклеотидам белки выполняют те же функции. Вот, увы, про обратные примеры не слышал. а как-то читал про два белка, которые отличаются одной аминокислотой, а имеют уже разные активности - что-то там один связывает одно вещество, а другой - другое.

Цитата: "DNAoidea"C точки зрения конъюгации навенрное, есть, точнее - лучше сказать можно оценить...

КАК?

Берём много близких организмов, и начинаем их скрещивать, тот уровень изменчивости за которым плодовитых гибридов не получается или их число сильно падает, опредляем как подобное количество. Сходство меряем гибридизируя ДНК и смотря на её точку... ну вылетело из головы название, точку темпеатуры, где оптическая плотность увеличивается в двое - анализ несколько грубый, но всё-таки кое-что даёт. конечно,е сли у нас будут полные геномы, то можно будет указать степень гомологии точно. (Не абсолютно, потому что есть ещё вариабельность внутри вида/подвида/популяции, но всё равно с хорошей точностью)
Проблема в том - надо найти подходящий конгломерат видов - где бы можно было проследить клин изменчивости. Возможно годятся дрозофилы - для них и геномы скоро будут. Вторая проблема - хромосмные аберации, которые сильно картину попортят, в идеале надо подобрать таких, в процессе эволюции которых такие вещи не фикисировались, но это маловероятно найти, и Дрозофилы уже не подходят. Можно это слегка обойти - по внутривидовым скрещиваниям опредлить те аберации, которы не препятсвуют мийозу, и выбирть претендов из клина изменчивости только с такими аберациями.

Цитата: "DNAoidea"Сходство меряем гибридизируя ДНК и смотря на её точку... ну вылетело из головы название, точку темпеатуры, где оптическая плотность увеличивается в двое - анализ несколько грубый, но всё-таки кое-что даёт.

Кажется это называется температурой плавления.
Но вот что мне было бы интересно знать - соответствует ли эта "температура плавления" критической точке узнавания/неузнавания при конъюгации?

(Хороший получается оффтопик по теме научного креационизма. Интересно, это тоже называется проповедью?)

Цитата: "zK"

Цитата: "DNAoidea"Сходство меряем гибридизируя ДНК и смотря на её точку... ну вылетело из головы название, точку темпеатуры, где оптическая плотность увеличивается в двое - анализ несколько грубый, но всё-таки кое-что даёт.

Кажется это называется температурой плавления.
Но вот что мне было бы интересно знать - соответствует ли эта "температура плавления" критической точке узнавания/неузнавания при конъюгации?

Да, точно.
Нет, конечно не соотвествует - по ней можно просто оценить сходство разных ДНК - чем это точка выше, тем сходство выше - но для точной оценки тут мешает соотношения разных нуклеотидов, повторы и т. д.
Вот насчёт проповеди я тоже не знаю - может некоторые расскажут.

Цитата: "DNAoidea"нет такого понятия отличаются столько-тами генами. Ну объясните как вы это представляете себе?

Объясняю. Берем геном человека (3 млрд. нуклеотидов). Берем геном шимпанзе, и ложим рядом. 2% различия означают, что только 2% нуклеотидов из 3 млрд. будут отличными от нуклеотидов шимпанзе.
Из этих 3 млрд. нуклеотидов подавляющая часть составляют интроны и трансгенные (?) последовательности. Во всей этой длине выделяют только 25.000 участков нуклеотидной последовательности, которые каким-то образом участвуют в строительстве организма человека. Поскольку эти 2% отличий должны быть распределены равномерно по всей длине генома, то мы и получаем, что лишь в 500 участках "работающих" нуклеотидных последовательностей из 25.000 нуклеотидная последовательность будет хоть как-то отличаться от шимпанзиной (хотя бы даже на 1 нуклеотид - в этом случае мы уже считаем, что это другой ген).
Что отсюда следует? А вот что. Процитирую сам себя из соседней ветки:

Цитата: "Imperor"И есть еще одна проблема - если в ДНК кодируются даже образы (а высокую вероятность этого в случае арахнофобии я уже показал в ветках "Проблема красоты" и "Причины арахнофобии"), то возникает естественный вопрос - а хватит ли 25.000 человеческих генов для кодировки всех образов, инстинктов социального поведения (и не только), особенностей строения внутренних органов, ферментов, программы онтогенеза?
Вопрос очень интересный. Причем, если, действительно, ВСЁ ЭТО "загнано" в 25.000 единиц генетической информации, то в таком случае можно говорить о фантастической компактности этой информации, которая не может быть следствием СМ+ЕО просто по определению, а является гениальным произведением искусства какого-то сверхгениального программиста.
Я настаиваю на идее, что генетический код - это конструктор искусственного происхождения с поразительными возможностями модификаций. Свою статью по этому поводу я уже выкладывал в ветке "Научный креационизм vs научный атеизм".

Теперь по поводу системных мутаций у жирафа и шахматных партий Тоже процитирую сам себя из той же соседней ветки:

Цитата: "Imperor"Эта проблема совершенно не зря умалчивается теоретиками СТО. Ибо элементарный математический расчет показывает, что на формирование инстинкта, мало-мальски подходящего под функции какого-либо новомодифицированного органа, для млекопитающих, например, потребуются сотни миллионов, если не миллиардов лет. Мы же наблюдаем поразительно быструю эволюцию как самих млекопитающих, так и их инстинктов. Случайных мутаций здесь быть не может принципиально.
Однако, имхо, DNAoidea прав в том, что проблема наследования поведения ничем принципиально не отличается от проблемы системных мутаций (т.е. таких новообразований в организме, которые должны были произойти как цепочка нескольких независимых мутаций, но работают только вместе). Эту проблему здесь неоднократно поднимал Игорь Антонов. Я тут на днях посчитал вероятности. Мда... Расчет показывает, что о механизме эволюции CM+ЕО можно смело забыть... Реальный механизм эволюции - это НСМ+ЕО.
(НСМ - неслучайные мутации).
Возможно, я как-нибудь соберусь с духом, и приведу этот расчетец здесь.

Цитата: "sss"В таком случае, каковы предполагаемые механизмы поставки неслучайного исходного материала?

Этот механизм (предполагаемый) я уже излагал здесь в своей статье, которую сбросил в эту ветку. Впрочем, вот ссылка (вторая статья) http://slil.ru/24521813 :

Цитата: "zk"Просто нету никакого такого механизма.
Исходный материал для отбора (мутации при копировании) поставляется-таки случайно

Zk! В случае CМ+EО для эволюции млекопитающих потребуется бесконечное количество времени. Вам уже говорили об этом много раз.

Цитата: "DNAoidea"...Если хвост идентичен, то он будет давать так сказать "бланк" для отбора, а уровень приспособленности определяться только этими 20 признаками.

Цитата: "DNAoidea"Из чего следует, что изменение каждого из признаков равноценно для организма? Иногда один признак может ох как повысить приспобленность. Тривиальный пример - окраска.

Вот именно, что иногда! Вот именно. Игорь Антонов уже говорил, что модель СТЭ объясняет эволюцию ТОЛЬКО единичных генов, жизненно важных для организма (только почему-то его слова пропускаются мимо ушей).
А как же быть с эволюцией генов не жизненно важных, а просто полезных? Или немного полезных? Как быть со слабо полезными мутациями? Полезность таких генов надо именно делить на весь "бланк" (из 25.000 идентичных генов).
Вот, допустим, Вы являетесь носителем некоего фермента, который осуществляет некую химическую реакцию (из тысяч других) на 10% лучше, чем аналогичный мой фермент. Из этого разве следует, что ВЕСЬ ваш организм теперь работает на 10% лучше, чем мой?

Цитата: "DNAoidea"Имперор - какие ферменты? Что-то не вижу... В какой теме? Опять про то как они получаются? И какова вероятность? Ну так говоил ж об уже достаточно...

Повторяю:

Цитировать...Если ферменты способны образовываться в ходе спонтанных мутаций, то почему известно всего около 10.000 семейств ферментов (я правильно говорю?), для всех химических реакций  если одних только растений - 500.000 видов, а насекомых - я даже боюсь сказать, сколько... Почему у всей этой толпы видов мы встречаем одни и те же ферменты? Почему мы не наблюдаем по 10.000 вариантов разных ферментов для одной и той же хим. реакции у самых разных организмов (которые разошлись между собой на филогенетическом дереве просто радикально)? Интересно, правда? Организмы разошлись просто жутко... а ферменты - все одни и те же... Куда же "смотрели" спонтанные мутации?  
Почему мы наблюдаем полностью обратную картину - у самых разных организмов почти одни и те же ферменты?
Исключения, конечно, есть, но их мало. Несравнимо мало для такого количества живых организмов, которые мы наблюдаем на Земле.

Цитата: "Imperor"Объясняю. Берем геном человека (3 млрд. нуклеотидов). Берем геном шимпанзе, и ложим рядом. 2% различия означают, что только 2% нуклеотидов из 3 млрд. будут отличными от нуклеотидов шимпанзе.
...
получаем, что лишь в 500 участках "работающих" нуклеотидных последовательностей из 25.000 нуклеотидная последовательность будет хоть как-то отличаться от шимпанзиной (хотя бы даже на 1 нуклеотид...).

3 млрд. это по-нашему-по-русски 3*10^12.
2% от этого будет 6*10^10
Я не знаю, какую долю генома составляют эти 25000 смысловых генов. Возьму с запасом, что 0,1%. Значит на них придется 6*10^7 нуклеотидных замен.
Делим это на 25000 и получаем среднее число замен у человека по сравнению с шимпанзе на каждый смысловой ген.
Етто будет 2400 замен. НА КАЖДЫЙ!!!
А у Вас получается 500 на все. Как это?
Выше я сделал ошибку. DNAoidea ее заметил, так что верить надо исправленному варианту ниже.

3 млрд. это по-нашему-по-русски 3*10^9.
2% от этого будет 6*10^7
Я не знаю, какую долю генома составляют эти 25000 смысловых генов. Возьму с запасом, что 0,1%. Значит на них придется 6*10^4 нуклеотидных замен.
Делим это на 25000 и получаем среднее число замен у человека по сравнению с шимпанзе на каждый смысловой ген.
Етто будет 2,4 замены. НА КАЖДЫЙ!!!
А у Вас получается 500 на все. Как это?

Цитата: "Imperor"
Реальный механизм эволюции - это НСМ+ЕО.
(НСМ - неслучайные мутации).
Возможно, я как-нибудь соберусь с духом, и приведу этот расчетец здесь.

Имея в виду предыдущее, будем проверять на арифметические ошибки.

Цитата: "Imperor"
Zk! В случае CМ+EО для эволюции млекопитающих потребуется бесконечное количество времени. Вам уже говорили об этом много раз.

Имея в виду предыдущее, я Вашим калькуляциям просто не верю. Пока не посчитаете корректно, говорите хоть бесконечное количество времени.

Цитата: "Imperor"
Игорь Антонов уже говорил, что модель СТЭ объясняет эволюцию ТОЛЬКО единичных генов, жизненно важных для организма (только почему-то его слова пропускаются мимо ушей).

Неправда. Отвечали много раз, но ответы почему-то пропускаются мимо ушей.

Цитата: "Imperor"
Вот, допустим, Вы являетесь носителем некоего фермента, который осуществляет некую химическую реакцию (из тысяч других) на 10% лучше, чем аналогичный мой фермент. Из этого разве следует, что ВЕСЬ ваш организм теперь работает на 10% лучше, чем мой? :)

Ответ прост.
Допустим, этот фермент отвечает за усвоение лагерной баланды.
Пока у нас тут перестройка, важнее фермент усвоения денег.
А что если опять всех посажают в лагеря?
Кто-то известный из сидельцев писал, что из лагеря было больше шансов выйти людям маленького роста и с предварительным брюшком. Поджарые высокорослые раньше умирали с голоду.

zK -  почему 3*10^12 ? Таких больших геномов нет не у кого Это же выходит 3*10^9 Впрочем, сути дела это не меняет, поскольку утверждения, что эти отличая распредлены равномерны, и что только 25000 участков для нас значимы, ложны - не распределны они равномерно - потому как есть такие куски как сателитная ДНК, а есть такие как инторны полимеразы или рибосоной РНК какой-нибуть - вариабельность этих участков будет явно очень разной, и не только 25000 - есть ещё энхансеры, к примеру, которые, собственно в эволюции куда более изменчивы, чем сами гены... Поэтому общее число значимых последовательностей следует оценивать примерно в 100 млн. пар нуклеотидов. Но даже если взть 40 млн (только кодирующие), то выдет где-то различий тыщ на 800, или ок. 30 нуклеотидов на каждый ген. В среднем это даст 10 аминокислот. (Хотя в реальности, думаю, меньше - надо смотреть) Нейтральные мутации между нами и шимпанзе ещё не все успели скопится, большая часть имеющихся различий - результат не нейтральных замен, а отбора.
Интересно, кстати, что цифра в 100 млн пар является как бы минимум размера генома для многоклеточных кроме Трихоплакса (у него по-моему не то 40 млн не то 50 млн пар) Впрочем это к делу уже не относится.
Относительно ферментов - ну это тривиально почму имеется такое единство - потому что шаг влево шаг вправо - расстрел - то есть гибель, то етсь порча фермента, утрата его функицй, и неправда, что так единство один к одному, Иперор - взгляните в PDB - сколько так вариантов будет в каждом домейне - а домейн один и иногда на всех один. На весь органический мир. Ну посмотрите - я вам и ссылки давал, и показываля картинки оттуда, а вы всё про отсутвие нейтральных мутаций пишите.
Про "системные мутации" ну опять же говорено - и про "якорный" механизм, и про опредлённую вероятность двойных мутаций, и про накопление нейтральных, и про псевдогены, которые могут аккумулировать мутации и в результате внутригенного кроссинговера передавать их массово работающим генам, и про вирусы, которые тоже являются акселераторами мутаций - если перенсут ген, потаскают его с собой, и вернут обратно. И из всей этой ариабельности нужное и лепится - то етсь отбирается. Да и не возникает оно на пустом месте, из случайной последовательности нуклеотидов гены НЕ ПОЯВЛЯЮТСЯ!!!
Насчёт "нехизненноважных" генов, а таких опросту нет. Это ваши фантазии, если такой ген и появится, то неотсеивающиеся мутаии вскоре превротят его в псевдоген, а затем и вовсе сотрут из ДНК. Все гены, которые есть для чего-то нужны, и все они в большей или меньшей степени влияют на выживаемость - не обязательно приводят к гибели, а оставляют чуть меньше или чуть больше шансов на потомство - например на несколько процентов. Этого уже достаточно.

Цитата: "DNAoidea"zK -  почему 3*10^12 ? Таких больших геномов нет не у кого Это же выходит 3*10^9

Да, это я спутал американские биллионы с европейскими.
Но сути дела это не меняет.
Сокращаем мою прикидку в тыщу раз и получаем усредненную разницу на каждый ген по 2-3 нуклеотида
(вместо 30-ти в Вашем более точном рассчете).
Но так или иначе эта усредненная разница - в КАЖДОМ гене, а не в 2% генов, как утверждает Imperor.
Ладно, я свою ошибку признал. Ждем признания Imperor'а.

Цитата: "DNAoidea"30 нуклеотидов на каждый ген. В среднем это даст 10 аминокислот.

А это как получается? Что мол поскольку замены рассеяны хаотически, то 30 замен затрагивают 30 триплетов, а с учетом примерно троекратной вырожденности кода замены в 20 триплетах на аминокислоте не сказываются, а сказываются только в остальных 10-ти? Так что ли?

Цитата: "zK"А это как получается? Что мол поскольку замены рассеяны хаотически, то 20 замен затрагивают 30 триплетов, а с учетом примерно троекратной вырожденности кода замены в 20 триплетах на аминокислоте не сказываются, а сказываются только в остальных 10-ти? Так что ли?

так... я тут совсем грубо поступил... 61/20 это даёт 3 и чуть-чуть...
Однако что-то мне говорит, что значительная часть замен там по третьей позиции, есть в лучшем случае меняют уровень экспрессии, а не аминокислотную последовательность...

64/20
(строгость к Imperor'у подразумевает строгость к себе :evil:)