paleoforum.ru

Форумы сайта «Проблемы эволюции» => Форум сайта «Проблемы эволюции» => Тема начата: Комбинатор от Февраль 04, 2014, 09:52:53

Название: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Комбинатор от Февраль 04, 2014, 09:52:53
Решил написать серию статей по теме сабжа. Вот первая из них: http://www.scorcher.ru/theory_publisher/show_art.php?id=470
Критика всячески приветствуется. :)
Название: Re: Обзор последних достижений в области происхожденния жизни
Отправлено: Питер от Февраль 04, 2014, 10:51:35
Простите,    но  это  -  не  обзор. Это ваши  представления  о  том,  что  и как      происходило.   Точка  зрения,  которая   иммет  право  на  жизнь  -  но  это  именно  точка  зрения.   Про  отсутствие в  обзоре ссылок  -  вообще  молчу.   
Название: Re: Обзор последних достижений в области происхожденния жизни
Отправлено: Комбинатор от Февраль 04, 2014, 11:32:01
Простите,    но  это  -  не  обзор. Это ваши  представления  о  том,  что  и как      происходило.   Точка  зрения,  которая   иммет  право  на  жизнь  -  но  это  именно  точка  зрения.   Про  отсутствие в  обзоре ссылок  -  вообще  молчу.   

Все ссылки в тексте кликабельны. Да, конечно, это во многом мои представления, но они основаны на вышедших в последнее время новых работах на тему сабжа. Если это сбивает с толку, могу поменять название топика.
Название: Re: Обзор последних достижений в области происхожденния жизни
Отправлено: Питер от Февраль 04, 2014, 12:34:03
Обзор  -  реально  последний  и  реально  весьма  разносторонний. 
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/cr2004844

Если   нужен  полный  текст   -  он  есть,  но  журнал  должен  быть open access
Название: Re: Обзор последних достижений в области происхожденния жизни
Отправлено: Комбинатор от Февраль 04, 2014, 16:16:46
Обзор  -  реально  последний  и  реально  весьма  разносторонний. 
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/cr2004844

Если   нужен  полный  текст   -  он  есть,  но  журнал  должен  быть open access

Спасибо, всё доступно в открытом доступе. На вскидку статья действительно разносторонняя, объективная, и включает самые последние данные, надо будет её внимательно проштудировать. Немного жаль, что в ней не рассматривается вопрос происхождения коферментов, но всех аспектов происхождения жизни в одной статье, по-видимому, действительно не объять.
Название: Re: Обзор последних достижений в области происхожденния жизни
Отправлено: Питер от Февраль 04, 2014, 16:59:38
Ну     все     даже  в  таком    обзоре (а  он  и  правда  огромный,  ссылочный  аппарат  вообще  смерть,  более 1000  ссылок)  не  охватить.
Название: Re: Обзор последних достижений в области происхожденния жизни
Отправлено: Set O. Lopata от Февраль 04, 2014, 21:28:28
Питер совершенно напрасно, как мне кажется, сравнивает научно-популярный ориентированный на русскоязычного читателя обзор с научными обзорами циклопических монбланов информации, накопившейся на данную тему.
Если меня спросит малосведующий в достижениях современной науки человек об основных этапах происхождения жизни, то я вряд ли его отправлю штудировать Chemical Reviews.
Название: Re: Обзор последних достижений в области происхожденния жизни
Отправлено: вечерний Андрей от Февраль 04, 2014, 22:19:50
Цитировать
История человечества насчитывает не менее 10 тысяч лет
Это очень мягко сказано. Ну очень.
Название: Re: Обзор последних достижений в области происхожденния жизни
Отправлено: Дж. Тайсаев от Февраль 04, 2014, 22:31:17
Цитировать
История человечества насчитывает не менее 10 тысяч лет
Это очень мягко сказано. Ну очень.
Видимо просто описка, Комбинатор прекрасно знает возраст человечества, начиная с хабилиса или рудолфенсиса, видимо имелось в виду история человеческой цивилизации, хотя я бы сократил на полтыщи, древнее Чатал-Гуюк я ничего не знаю. Но где то так и есть, округлённо.
Название: Re: Обзор последних достижений в области происхожденния жизни
Отправлено: Комбинатор от Февраль 04, 2014, 22:59:21
Цитировать
История человечества насчитывает не менее 10 тысяч лет
Это очень мягко сказано. Ну очень.

Согласен, я неточно выразился, на самом деле имелся в виду возраст цивилизации, созданной человеками. ))
Завтра исправлю, спасибо за уточнение.

Название: Re: Обзор последних достижений в области происхожденния жизни
Отправлено: Комбинатор от Февраль 04, 2014, 23:10:09
Видимо просто описка, Комбинатор прекрасно знает возраст человечества, начиная с хабилиса или рудолфенсиса, видимо имелось в виду история человеческой цивилизации, хотя я бы сократил на полтыщи, древнее Чатал-Гуюк я ничего не знаю. Но где то так и есть, округлённо.

Да, Вы правы, я имел в виду возраст цивилизации. И да, конкретно подразумевал Чатал-Гуюк как первую точку отсчёта, и действительно округлил возраст его наиболее древних слоёв от 9500 до более "гладкой" цифры в 10 тыс. лет.
Название: Re: Обзор последних достижений в области происхожденния жизни
Отправлено: Питер от Февраль 05, 2014, 08:35:11
Питер совершенно напрасно, как мне кажется, сравнивает научно-популярный ориентированный на русскоязычного читателя обзор с научными обзорами циклопических монбланов информации, накопившейся на данную тему.
Если меня спросит малосведующий в достижениях современной науки человек об основных этапах происхождения жизни, то я вряд ли его отправлю штудировать Chemical Reviews.
Тут  я  согласен   -   но  текст  Комбинатора  назван  обзором.  Хотя  по сути  это  его  точка  зрения  на  процесс  -  согласитесь, что  на   любом языке    обзор  и  собственная  точка  зрения  вещи  разные.
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Комбинатор от Февраль 05, 2014, 08:42:16
Тут  я  согласен   -   но  текст  Комбинатора  назван  обзором.  Хотя  по сути  это  его  точка  зрения  на  процесс  -  согласитесь, что  на   любом языке    обзор  и  собственная  точка  зрения  вещи  разные.

Ок, что бы не вводить людей в заблуждение, переименовал название темы.
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Set O. Lopata от Февраль 05, 2014, 22:34:10
Тут  я  согласен   -   но  текст  Комбинатора  назван  обзором.  Хотя  по сути  это  его  точка  зрения  на  процесс  -  согласитесь, что  на   любом языке    обзор  и  собственная  точка  зрения  вещи  разные.
Не знаю, чем не угодил термин "обзор". Словарное значение слова: сжатое сообщение о ряде объединённых общей темой явлений. Ничем иным я предлагаемую к обсуждению статью не назвал бы.
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Комбинатор от Июль 14, 2014, 19:12:08
Вторая часть статьи: http://www.scorcher.ru/theory_publisher/show_art.php?id=532
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Комбинатор от Апрель 20, 2015, 11:24:34
Третья статья цикла: http://scorcher.ru/theory_publisher/show_art.php?id=577
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: sanj от Июль 06, 2015, 14:36:45
У одноклеточных существ обнаружили глаза.
Ученые из Университета Британской Колумбии (Канада) впервые исследовали структуру глаз у одноклеточных организмов из группы динофлагеллятов.
http://bit.ly/1fgdWCg
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Комбинатор от Март 25, 2016, 16:27:41
Ещё немного о происхождении жизни в свете открытий последних лет: http://scorcher.ru/theory_publisher/show_art.php?id=626
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Alexeyy от Июнь 21, 2016, 13:18:40
В http://arxiv.org/abs/1605.08559 , кажется, предложен оригинальный способ оценки появления жизни по составу химических элементов из астрофизических наблюдений (5,2-11,3 миллиардов лет назад). Правда никак не могу понять где сами оценки (проблему озвучил в http://paleoforum.ru/index.php/topic,3358.1680.html ).
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Комбинатор от Июнь 22, 2016, 09:18:56
В http://arxiv.org/abs/1605.08559 , кажется, предложен оригинальный способ оценки появления жизни по составу химических элементов из астрофизических наблюдений (5,2-11,3 миллиардов лет назад). Правда никак не могу понять где сами оценки (проблему озвучил в http://paleoforum.ru/index.php/topic,3358.1680.html ).

Я так понимаю, что автор лишь описал возможный метод оценки, оставив возможность его практического применения другим исследователям. :)

Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Комбинатор от Ноябрь 01, 2016, 08:45:10
Любопытные новости в последнее время приходят с фронта изучения эволюции цианобактерий. Оценки времени появления одноклеточных сабжев, полученные на основании откалиброванных по соответствующим отпечатками модекулярных часов, дают интервал от 3.25 до 3.85:  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4755140/ Соответственно, если на основе этих данных оценить время расхождения линий цианобактерий и их ближайших из известных на сегодняшний день родственников - мелаинабактирий, то оно получается от 4.4 до 5.2 млрд. лет назад.  :)
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Комбинатор от Декабрь 28, 2016, 16:41:51
Обсуждение с М.Никитиным его книги "Происхождение жизни.   От туманности до клетки":  http://scorcher.ru/theory_publisher/show_art.php?id=680
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Alexeyy от Май 24, 2019, 15:31:30
Любопытные новости в последнее время приходят с фронта изучения эволюции цианобактерий. Оценки времени появления одноклеточных сабжев, полученные на основании откалиброванных по соответствующим отпечатками модекулярных часов, дают интервал от 3.25 до 3.85:  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4755140/ Соответственно, если на основе этих данных оценить время расхождения линий цианобактерий и их ближайших из известных на сегодняшний день родственников - мелаинабактирий, то оно получается от 4.4 до 5.2 млрд. лет назад.  :)
  А откуда цифры  4.4 до 5.2 млрд. лет назад? В статье что-то ничего такого не вижу.
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Alexeyy от Май 24, 2019, 18:18:23
Там в статье даже вообще речи нет о мелаинабактириях. Это Вы сами оценку 4.4 до 5.2 млрд. лет назад что-ли сделали как-то?
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Alexeyy от Октябрь 13, 2019, 06:46:43
Любопытные новости в последнее время приходят с фронта изучения эволюции цианобактерий. Оценки времени появления одноклеточных сабжев, полученные на основании откалиброванных по соответствующим отпечатками модекулярных часов, дают интервал от 3.25 до 3.85:  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4755140/ Соответственно, если на основе этих данных оценить время расхождения линий цианобактерий и их ближайших из известных на сегодняшний день родственников - мелаинабактирий, то оно получается от 4.4 до 5.2 млрд. лет назад.  :)

Это, выходит, если сделать аналогичную переоценку по статье ниже, по которой для последнего общего предка ныне живущих организмов получилось 4,498±21 млрд л. назад, то получится ещё более древняя величина?
  А как Вы делали такую переоценку? По упомянутой статье время жизни последнего общего предка на миллиард лет больше, чем по статье по которой Вы сделали переоценку и получили 4.4 до 5.2 млрд. лет назад. Тогда по новой статье переоценка на миллиард лет древнее получится: 5.4-6.2 млрд л. н.?


Betts H. C., Puttick M. N., Clark J. W., Williams T. A., Donoghue P. C. J., Pisani D. 2018. Integrated genomic and fossil evidence illuminates life’s early evolution and eukaryote origin. https://www.nature.com/articles/s41559-018-0644-x .
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Комбинатор от Октябрь 13, 2019, 12:42:00
Любопытные новости в последнее время приходят с фронта изучения эволюции цианобактерий. Оценки времени появления одноклеточных сабжев, полученные на основании откалиброванных по соответствующим отпечатками модекулярных часов, дают интервал от 3.25 до 3.85:  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4755140/ Соответственно, если на основе этих данных оценить время расхождения линий цианобактерий и их ближайших из известных на сегодняшний день родственников - мелаинабактирий, то оно получается от 4.4 до 5.2 млрд. лет назад.  :)

Это, выходит, если сделать аналогичную переоценку по статье ниже, по которой для последнего общего предка ныне живущих организмов получилось 4,498±21 млрд л. назад, то получится ещё более древняя величина?
  А как Вы делали такую переоценку? По упомянутой статье время жизни последнего общего предка на миллиард лет больше, чем по статье по которой Вы сделали переоценку и получили 4.4 до 5.2 млрд. лет назад. Тогда по новой статье переоценка на миллиард лет древнее получится: 5.4-6.2 млрд л. н.?


Betts H. C., Puttick M. N., Clark J. W., Williams T. A., Donoghue P. C. J., Pisani D. 2018. Integrated genomic and fossil evidence illuminates life’s early evolution and eukaryote origin. https://www.nature.com/articles/s41559-018-0644-x .

По новой статье надо добавить где-то 1.2-1.3 млрд. лет. По поводу того, как делал переоценку, я уже кратко ответил вам вчера в личку. Если давать более подробный ответ, то придётся писать полноценную статью, на что сейчас у меня нет ни времени, ни желания. Для начала, попробуйте всё же сами разобраться, как работает метод молекулярных часов, в и-нете есть достаточно материалов на эту тему, может тогда часть вопросов для вас прояснится сама собой.
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Alexeyy от Октябрь 13, 2019, 13:42:29
По новой статье надо добавить где-то 1.2-1.3 млрд. лет.
Т.е. где-то 5.7-5.6 млрд л.?

Как работает метод молекулярных часов я то хорошо себе представляю...
Я так подозреваю, что метод определения времени жизни последнего общего предка состоит в том, что по палеонтологическим данным определяются диапазоны возможных значений в скорости мутаций разных таксонов из-за того, что эти данные имеют погрешность датирования. И, соответственно, в зависимости от вариаций в этих скоростях мутаций в статье получается и вариация возраста последнего общего предка с учётом соответствующих ограничений (на то, что для каждой конкретной вариации он не должно превышать возраста столкновения Земли с Тейей). Но как на основе этой информации можно просто, не прибегая к вычислению вариантов этих сложных комбинаций при упомянутом варьировании получить оценку возраста последнего общего предка без упомянутых ограничений - теряюсь в догадках.
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Alexeyy от Октябрь 13, 2019, 13:59:24
А есть шансы на то, что и цифра 5.7-5.6 млрд л. радикально удревниться, скажем до 8 или даже 10 млрд л. по мере уменьшения неполноты палеонтологических данных или такое абсолютно исключено?
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Комбинатор от Октябрь 13, 2019, 18:10:41
А есть шансы на то, что и цифра 5.7-5.6 млрд л. радикально удревниться, скажем до 8 или даже 10 млрд л. по мере уменьшения неполноты палеонтологических данных или такое абсолютно исключено?

Положа руку на сердце, все эти оценки, начиная с архея дают скорее, порядок величины. У нас нет отпечатков бактерий в породах старше 3.5 млрд. лет, так как, по-видимому, все более старые породы были переплавлены. О скорости мутирования в такой древности, да ещё и при экстремальных условиях, тоже можно лишь робко что-то предполагать. Так что, вряд ли данный вопрос разрешится в обозримом будущем, разве что найдут метеорит возрастом значительно больше возраста солнечной системы с отпечатками бактерий...

Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Alexeyy от Октябрь 13, 2019, 21:03:10
Читал, есть же подозрение (Наймарк Е. Б. 2016), что строматолиты были уже 3,7 млрд л. н. (потом выяснилось, что соответствующие образования могут иметь и абиогенную природу). Скажем, если бы они были тогда или 4 млрд л. н., то как бы это изменило оценку времени жизни последнего общего предка? Как понимаю, удревнило бы всего, примерно, на несколько сот миллионов лет-пол миллиарда - пропорционально удревнению строматолитов?

Наймарк Е. Б. 2016. Найдены строматолиты возрастом 3,7 млрд лет — древнейшие следы жизни на Земле. Элементы.  https://elementy.ru/novosti_nauki/432822/Naydeny_stromatolity_vozrastom_3_7_mlrd_let_drevneyshie_sledy_zhizni_na_Zemle?from=rxblock .
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Комбинатор от Октябрь 13, 2019, 23:04:54
Читал, есть же подозрение (Наймарк Е. Б. 2016), что строматолиты были уже 3,7 млрд л. н. (потом выяснилось, что соответствующие образования могут иметь и абиогенную природу). Скажем, если бы они были тогда или 4 млрд л. н., то как бы это изменило оценку времени жизни последнего общего предка? Как понимаю, удревнило бы всего, примерно, на несколько сот миллионов лет-пол миллиарда - пропорционально удревнению строматолитов?

Наймарк Е. Б. 2016. Найдены строматолиты возрастом 3,7 млрд лет — древнейшие следы жизни на Земле. Элементы.  https://elementy.ru/novosti_nauki/432822/Naydeny_stromatolity_vozrastom_3_7_mlrd_let_drevneyshie_sledy_zhizni_na_Zemle?from=rxblock .

Что бы калибровать молекулярные часы нужно идентифицировать в породах следы конкретных семейств бактерий, строматолиты, образованные то ли цианобактериями, то ли какими-то другими бактериями, например, их предками, здесь вряд ли помогут. А в общетеоретическом плане - да, естественно, чем более древние следы тех же цианобактерий мы находим, тем дальше в прошлое отодвигается появление на эволюционной сцене LUCA.

Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Alexeyy от Октябрь 14, 2019, 05:20:03
По новой статье надо добавить где-то 1.2-1.3 млрд. лет.
  Добавить к чему? Итоговый диапазон какой?
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Комбинатор от Октябрь 14, 2019, 08:46:42
По новой статье надо добавить где-то 1.2-1.3 млрд. лет.
  Добавить к чему? Итоговый диапазон какой?

5.6-6.5.
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Alexeyy от Октябрь 14, 2019, 11:39:07
А может ли такое быть, что с панспермией на Землю была занесена не достаточно представленная на другом космическом теле, жизнь так, что если были бы занесены и некоторые другие представители, то возраст их дивергенции с представленными оказалось бы много больше 5.6-6.5 млрд л. (скажем 8 или даже 10 млрд л.)?
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Комбинатор от Октябрь 14, 2019, 11:51:16
А может ли такое быть, что с панспермией на Землю была занесена не достаточно представленная на другом космическом теле, жизнь так, что если были бы занесены и некоторые другие представители, то возраст их дивергенции с представленными оказалось бы много больше 5.6-6.5 млрд л. (скажем 8 или даже 10 млрд л.)?

На мой взгляд - вряд ли, тогда практически не остаётся времени для эволюции от момента происхождения жизни до ЛУКА, ведь он сам по себе уже был достаточно сложным организмом, а возраст галактического диска нашей Галактики где-то 10-12 млрд. лет.
 
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Alexeyy от Октябрь 14, 2019, 12:02:27
Имел в виду чисто технически. Чисто технически, как думаете, можно ли такое, что значимые фрагменты жизни с другого космического тела не долетели до Земли или не прижились?

На сколько он был сложным организмом - мы не знаем: если судить по тем универсальным генам, которые есть и всех ныне живущих организмов, то, может и был достаточно сложен, что не хватило бы времени для эволюции. Однако же - это именно по ныне существующим. А, скажем, если можно было бы учесть и те организмы, которые до Земли не долетели (панспермией) и/или не прижились, то, может быть, был бы очень простой.
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Комбинатор от Октябрь 14, 2019, 21:51:13
Имел в виду чисто технически. Чисто технически, как думаете, можно ли такое, что значимые фрагменты жизни с другого космического тела не долетели до Земли или не прижились?

На сколько он был сложным организмом - мы не знаем: если судить по тем универсальным генам, которые есть и всех ныне живущих организмов, то, может и был достаточно сложен, что не хватило бы времени для эволюции. Однако же - это именно по ныне существующим. А, скажем, если можно было бы учесть и те организмы, которые до Земли не долетели (панспермией) и/или не прижились, то, может быть, был бы очень простой.

Чисто технически возможно всё, что не противоречит законам физики.
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Alexeyy от Октябрь 15, 2019, 07:21:16
Углистых хондритов – очень много. В связи с чем, если рассматривать их как источник панспермии, мне трудно себе представить, что вместе с ними не были занесены на Землю все основные формы жизни, возникшие на каком-то космическом теле вне Земли. Но представить себе, что какие-то ключевые из них потом на Земле не дожили до современности  или не прижились (например, в силу сильно различных условий жизни на Земле и там откуда они прилетели) мне проще.
Название: Re: Ты помнишь, как всё начиналось? (к вопросу о происхождении жизни)
Отправлено: Alexeyy от Октябрь 20, 2019, 20:49:50
По поводу того, как делал переоценку, я уже кратко ответил вам вчера в личку. Если давать более подробный ответ, то придётся писать полноценную статью, на что сейчас у меня нет ни времени, ни желания.
Правильно ли понимаю, что в статье даётся возможный диапазон для жизни последнего общего предка как диапазон, который получается, если подёргать за реперные точки (по которым осуществляется калибровка) в пределах их погрешностей (ну и плюс – ещё ограничения верхнего и нижнего возраста для этого предка)?