paleoforum.ru

Форумы сайта «Проблемы эволюции» => Дополнение к форуму: небиологические разговоры об эволюции => Тема начата: Vladimir Matveev от Апрель 09, 2019, 13:09:05

Название: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Апрель 09, 2019, 13:09:05
V.V. Matveev, Cell theory, intrinsically disordered proteins, and the physics of the origin of life, Prog. Biophys. Mol. Biol. (2019), https://doi.org/10.1016/j.pbiomolbio.2019.04.001

Аннотация. Клеточная теория Шванна, опубликованная в 1839 г., утвердила идею о том, что клетка является основным структурным элементом живой природы. Позднее, решая вопрос о размножении клеток, Вирхов расширил клеточную теорию постулатом: клетка может произойти только от предсуществующей клетки. Но от чего произошла самая первая клетка? В этой статье предлагается расширить закон Вирхова предположением о том, что между неживой протоклеткой и первой живой клеткой сохранялась преемственность фундаментальных физических свойств (принцип инвариантности физических свойств). Протоклетка понимается здесь как физическая система в форме клетки, сформированная из биологически значимых пребиотических макромолекул, прежде всего пептидов, в результате самосборки, и обладающая потенциалом для превращения в живую клетку. Принимается, что ключевые физические свойства протоклетки определяются физическими свойствами термодинамической фазы (биофазы), возникающей в результате адсорбции воды на молекулярной поверхности пептидов (фазоцентричный подход). Биофаза рассматривается как физическая основа безмембранной протоклетки, внутренняя среда которой отделена от внешней среды благодаря фазе адсорбированной воды. Приводятся свидетельства того, что первые протоклетки могли сформироваться на основе внутренне неупорядоченных пептидов. Представлены данные о сходстве физических свойств живых клеток и следующих модельных систем: растворы белков и искусственных полимеров, коацерватные капли, гранулы ионообменной смолы. Совокупность данных о сходстве физических свойств клеточных моделей и живых клеток позволяет перефразировать постулат Вирхова следующим образом: физические свойства живой клетки могли произойти только от физических свойств протоклетки. 

Полный текст на русском: http://www.bioparadigma.spb.ru/files/Matveev-2019-Kletochnaya.teoria.i.fizika.pdf

Буду признателен коллегам за критические замечания.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: talash от Апрель 09, 2019, 18:20:37
Вирхов расширил клеточную теорию постулатом: клетка может произойти только от предсуществующей клетки. Но от чего произошла самая первая клетка?

Самая первая клетка организма происходит от оплодотворённой яйцеклетки. Клеточная теория она ведь не про эволюцию, а про настоящее состояние живой материи. Поэтому переход к эволюционизму для меня был несколько неожиданным.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: василий андреевич от Апрель 23, 2019, 07:03:05
  Искренне прошу простить меня за "замечания до полного прочтения", всего две главы. (но обещаю прочесть и вникнуть по мере своих способностей.
  Первое. Вы упомянули о геолоических формациях, но сказали про фации. И важны не сами фации, а геохимические барьеры на границе фаций, собственно которые и являются фазой. Следствием фазового барьера обычно выступает осадок, образующий исторически взаимообусловленные напластования, определеяемые сменами фациальных фаз, и становящиеся сутью формации. Вся эволюционирующая формация, таким образом, становится прообразом экосистемы.

  Второе. Везикулярная и фазная модели не являются антагонистами и должны рассматриваться вкупе. Ограническая глобула при этом может рассматриваться как "протомембрана" без внутреннего содержания в виде особой воды. А белок, мембраной, вывернутой наизнанку, с полостью, содеражащей особую воду, как канал со сверхпроводящими свойствами для избранных молекул. Тогда взаимодействие особой и "забортной" воды в том, что объемная вода обязательно будет отторгать гидрофобные молекулы внутрь канала.
  Вода и органика - это уже формация, со своим историзмом.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Апрель 24, 2019, 08:28:26
Первое. Вы упомянули о геолоических формациях, но сказали про фации. И важны не сами фации, а геохимические барьеры на границе фаций, собственно которые и являются фазой. Следствием фазового барьера обычно выступает осадок, образующий исторически взаимообусловленные напластования, определеяемые сменами фациальных фаз, и становящиеся сутью формации. Вся эволюционирующая формация, таким образом, становится прообразом экосистемы.

Не помню, чтобы я говорил в этой статье о чём-то геологическом. Это было в предыдущей статье.

Второе. Везикулярная и фазная модели не являются антагонистами и должны рассматриваться вкупе. Ограническая глобула при этом может рассматриваться как "протомембрана" без внутреннего содержания в виде особой воды. А белок, мембраной, вывернутой наизнанку, с полостью, содеражащей особую воду, как канал со сверхпроводящими свойствами для избранных молекул. Тогда взаимодействие особой и "забортной" воды в том, что объемная вода обязательно будет отторгать гидрофобные молекулы внутрь канала.

Краеугольный камень моей статьи - рис. 1. Дайте ему иное объяснение и все мои построения будут поколеблены.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: василий андреевич от Апрель 26, 2019, 18:06:45
  Владимир Васильевич, я никоим образом не оспариваю фактов рис.1, а только их интерперетацию. На мой взгляд, Вы делаете скрытую ошибку, ставя растворимость в зависимость от молекулярных размеров, что влечет за собой уже видимую ошибку рис.4. Размер катиона натрия - 0,098, а катиона калия - 0,133.
  А вот возложение "ответственности" за молекулярные взаимодействия на двуфазную модель воды - это то, что можно только приветствовать.

  Эта удивительная молекула пара Н-О-Н не линейна, а тупоугольна (109, кажется, вместо 180). Т.е., хотя электронное облако тяготеет к кислороду, остается изрядная толика для водород-водородной связи. Именно это свойство объясняет чрезвычайно высокую температуру конденсации молекул в воду - образуются кластеры, по сути, с бесконечным числом вариаций строения. Но для поверхностных разборок вполне достаточно (хотя это и не совсем верно), что молекула воды - диполь.
  Чем больше водных диполей привязаны к особым точкам на поверхности молекулы примеси, тем ниже энтропия воды. Повысить энтропию, значит, не только растворить растворимое, но и коагулировать нерастворимое. Коагуляция - это удаление гидрфобных окончаний типа С-Н внутрь примеси и вытягивание наружу гидрофильных окончаний типа С=О и -О-Н наружу.
  И растворение, и коагуляция с точки зрения статистической термодинамики - это работа водной среды над системой примеси, которая по определению отрицательна, т.е. направлена на консолидацию.

  Принципиальное отличие свободной (или кластерной) воды от связной (ориентированной на примеси) в том, что между двумя фазами образуется энергетический (потенциальный) градиент, равный, в среднем, дельте энергий, деленной на мощность адсорбированного слоя. Эта мощность разная, как у разных молекул, так и у разных частей одной макромолекулы.
  Я оставлю дальнейшие математически расчеты на потом, если возникнет интерес в Вашей стороны, а пока остановлюсь на краеугольном - вытеснении йона калия йоном натрия из свободной фазы в связную, потому как эффект прост. Т.к. внешний электрон у калия находится дальше от ядра, чем у натрия, то его потеря калием легче, и, соответственно, связь натрия с кислородом свободной воды будет энергичнее нежели эта связь для калия. Следовательно, чисто статистически, калий будет легче нежели натрий менять своих кислородных партнеров - квадрат удаленности при калийной диффузии от начала отсчета будет больше.
  В связной фазе изрядная доля электронного облака оттянута к протону (водородному ядру) за счет того, что образуются более сильные водородные связи с атомами примеси. При этой оттяжке кислород воды теряет часть своей электроотрицательности, а потому натрий будет тяготеть к "сильному" кислороду свободной воды. Калию же останется довольствоваться "слабым" кислородом связной воды.
  Итогом избирательного поглощения связной водой калия будет электростатическое равенство при градиенте калий-натриевых концентраций. Формально, удержание этого градиента осуществляется за счет энергетического "противоградента" Е/Н, где Н - мощность слоя связной воды.
  Как видим, градиент условно неустойчив и при, допустим, механическом раздражении калий легко покинет связную воду, что приведет к электростатическому градиенту, который может быть выравнен близлежащим катионом, например, кальция. Таким образом, получаем, что не имея на то физических причин, катион кальция, тем не менее, проникает в адсорбированный слой за счет спонтанного или вынужденного исхода калия.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Апрель 27, 2019, 08:47:35
На мой взгляд, Вы делаете скрытую ошибку, ставя растворимость в зависимость от молекулярных размеров, что влечет за собой уже видимую ошибку рис.4. Размер катиона натрия - 0,098, а катиона калия - 0,133.
Василий Андреевич, я признателен Вам за обсуждение моей статьи, но давайте говорить напрямки. Я не ставлю "растворимость в зависимость от молекулярных размеров" я просто констатирую, что эта зависимость существует. Это данные эксперимента. Поскольку здесь нет места для волюнтаризма, мне непонятно о какой ошибке Вы говорите. На рис. 4 даны относительные размеры ГИДРАТИРОВАННЫХ катионов, а гидратированный Na+ БОЛЬШЕ (5,6 А) гидратированного K+ (3,8 А) (http://unnatural.ru/sodium-ions, табл. 6).

Итогом избирательного поглощения связной водой калия будет электростатическое равенство при градиенте калий-натриевых концентраций. Формально, удержание этого градиента осуществляется за счет энергетического "противоградента" Е/Н, где Н - мощность слоя связной воды.
Калий поглощает не связанная вода, а пептид, вокруг которого формируется фаза связанной воды. Ионы калия удерживаются карбоксильными группами остатков дикарбоновых аминокислот. Связанная вода хуже растворяет вещества, чем соседняя фаза объемной воды, поэтому растворенные вещества, в условиях диффузионного равновесия, вытесняются в окружающую среду.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Апрель 28, 2019, 15:59:24
Cell theory and the physics of the origin of life (video Abstract).
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: talash от Апрель 29, 2019, 18:13:28
Vladimir Matveev, меня интересует тема абиогенеза, но пока на общем уровне. Как по-Вашему появилась первая протоклетка с нужными физическими свойствами? Случайно в "первичном бульоне" или по-Вашему это уже слишком сложное образование и случайно самозародиться не может?
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: василий андреевич от Апрель 30, 2019, 03:47:27
Василий Андреевич, я признателен Вам за обсуждение моей статьи, но давайте говорить напрямки
  Ваш легкий сарказм вполне уместен - я действительно не увидел в подписи рис.4 прилагательного "гидратированных", потому "кружочки" ошеломили своей прямолинейностью.
  Физическая суть рис.1, если я опять не перепутал, та же что в смачивании, поверхностном натяжении, капиллярном эффекте. Важен баланс внутренних и внешних сил между молекулами адсорбента и адсорбата. И если с гомогенным адсорбентом-адсорбатом все просто, то для гетерогенного важны сочетания перемежаемости гидро- фильных и фобных компонентов.
  Фильность и фобность - неудобные термины - они лишь для краткости изложения, когда упор делается на состоянии энтропии молекул контакта. Когда на контакте смачивания, а это именно карбоксильные группы, формируется связная вода, то это означает возрастание сил, закрепощающих молекулы воды в состоянии определенности, что и говорит о снижении энтропии. Вновь повысить свою энтропию вода стремится либо растворением-растаскиванием включений, либо коагуляцией - созданием сфер с выставленными к воде карбоксилами.
  Вокруг калия и натрия организуется физически такая же связная вода, как и вокруг пептида. Но диффундирует не весь гидроксил, а молекулы воды, сменяющие друг друга вблизи катиона, что и обеспечивает максимально высокую энтропию состояния. Калий легче делегирует свой электрон, потому сменяемость молекул воды рядом с ним выше, потому и условный, именно условный, диаметр его гидроксила больше.
  Силы гидроксильных связей определяются через тепло, которое выделилось при растворении - у натрия они выше, потому и градиент отрицательных сил вокруг натрия выше. Потому натрий обязательно вытеснил бы калий от поверхности пептида, когда бы этому не препятствовали силы притяжения свободной воды, которые оказываются выше для натрия, нежели для калия.
  Потому сказать, что связная вода хуже растворяет не совсем корректно, просто у связной на поверхности пептида воды уже задействован ее "растворяющий потенциал". Потому на калий основное действие оказывает конкуренция натрия за объемную воду, потому калий и вынужден тяготеть не к "свободной", а адсорбированной воде.
  Этот эффект вытеснения будет наблюдаться не только на пептидах, но и на всех веществах, смачиваемых водой. В пептидах же используется это свойство для периодического повышения энтропии "консорциума". Проведя акустическую (тепловую) волну по поверхности раздела, пептид-вода временно освобождается от калиевого градиента, что дает энергию для перестройки своих внутренних связей.

  ПАВ - поверхностно активные вещества - хорошая модель для разборок с эффектами связывание воды и действиями градиентов вдоль ее поверхности. При этом ПАВы способны не только коагулироваться, но и принимать сложную форму протяженных нитей с подобием проявления потенциала действия, что подталкивает к идее - прото-нервная (сигнальная) система предшествовала функционированию жизнедеятельности.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Апрель 30, 2019, 06:49:00
Vladimir Matveev, меня интересует тема абиогенеза, но пока на общем уровне. Как по-Вашему появилась первая протоклетка с нужными физическими свойствами? Случайно в "первичном бульоне" или по-Вашему это уже слишком сложное образование и случайно самозародиться не может?
   Как я пишу в статье, всё, что нужно для образования протоклетки (образования особой внутренней среды, отличной от внешней) - это короткие пептиды и вода. Возможность абиогенеза коротких пептидов сейчас под сомнение никто не ставит. Свойства пептидов не случайны, а предопределены особенностями образования пептидных связей.
   Для образования особой внутренней среды, с точки зрения общепринятых представлений о функционировании клетки, необходима мембрана с набором сложных белков (насосов, каналов, переносчиков). Самопроизвольное образование этих сложных белков остается гипотезой, неподтвержденной экспериментом. Об этом я писал раньше: http://www.bioparadigma.spb.ru/files/Matveev-2016-Protophysiology.Rus.pdf, а затем докладывал на конференции:
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Апрель 30, 2019, 07:16:51
Потому сказать, что связная вода хуже растворяет не совсем корректно, просто у связной на поверхности пептида воды уже задействован ее "растворяющий потенциал". Потому на калий основное действие оказывает конкуренция натрия за объемную воду, потому калий и вынужден тяготеть не к "свободной", а адсорбированной воде.
Вы опять сосредоточились на взаимодействиях катион-вода. За воду, адсорбированную или объёмную, никто не конкурирует. Связанная вода, как физическая реальность, возникает благодаря макромолекуле. Возникнув, она начинает диктовать свои условия. Оболочка связанной воды относительно устойчива благодаря более прочным водородным связям между молекулами воды, являющимся элементами этой оболочки. Ни калию, ни натрию энергетически невыгодно разрывать более прочные водородные связи такой оболочки, ЕСЛИ рядом находится вода (объемная) с менее прочными водородными связями. Из-за различий в прочности водородных связей в системе (связанная вода)/(свободная вода) ВСЯКАЯ растворенная частица ЛЮБОЙ химической природы будет выталкиваться из фазы связанной воды. Если плясать от водородных связей, как от печки, то картина РАВНОВЕСНОГО распределения веществ между этими двумя фазами воды становиться простой и понятной.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: василий андреевич от Апрель 30, 2019, 09:14:42
Ионы калия удерживаются карбоксильными группами остатков дикарбоновых аминокислот.
  Я, собственно говоря, об этом:
Ни калию, ни натрию энергетически невыгодно разрывать более прочные водородные связи такой оболочки
  Связи воды заняты - факт. А вот избирательное предпочтение связной воды к калию, но не натрию еще требует обоснования. Именно из этой обоснованности будет следовать несостоятельность идей "калиевых прудов", как обстановки-претечи усложнения протоклетки.
  А ведь есть еще пары магний-кальцый, селен-сера, фосфор-азот "в обрамлении" вездесущего железа, в широком диапазоне меняющего валентность. И все эти пары "дивергируют" находя свои места в протоклетке. И, как Вы правильно констатируете, без участия сложных азотистых макромолекул.
  Четко разобравшись с парой натрий-калий, возможно, возглавляющих первые ряды в процессах обеспечивающих усложнения, можно будет приступать к следующим парам.
  В базе же всех "дивергенций" лежит пара углерод-кремний. Главная черта всех пар - это малые отличия в физико-химических свойствах. И как накопление и отсев малых отличий в эволюции биоты, такие же именно малые отличия играют ключевые роли в становлении протоклетки.
  Вы говорите, что простейшая мембрана лишена главного свойства живых мембран - пресловутых белковых насосов-фильтров. Но это будет своеобычным вопросом яйца-курицы. У таких вопросов в итоге кристаллизуется одно решение в русле принципа дополнительности.

  Такая модификация ПАВа, как нитчатая трубка - это еще не мембрана, но уже полость со связной водой. Как трубка будет отбирать предпочтительный элемент из пары с малыми отличиями? Как тут поможет разрядка ПД?
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Апрель 30, 2019, 10:52:10
Связи воды заняты - факт. А вот избирательное предпочтение связной воды к калию, но не натрию еще требует обоснования. Именно из этой обоснованности будет следовать несостоятельность идей "калиевых прудов", как обстановки-претечи усложнения протоклетки.
“Избирательное предпочтение связанной воды к калию” – это не моя идея и не мне её обосновывать. Гораздо реалистичней выглядит вопрос о механизме избирательности к K+ карбоксильных групп остатков дикарбоновых аминокислот. Падение на порядки сродства к протону карбоксильной группы в известном гомологическом ряду от уксусной кислоты до трихлоруксусной доказывает, что электронная плотность на карбоксильной группе – ключевой фактор в этом явлении. Весьма вероятно, что электронная плотность определяет и селективность карбоксила к тому или иному катиону. К сожалению, мне не удалось найти свидетельства такого рода, которые, вероятно, похоронены в недрах специальной литературы потому, что не понято значение этих данных для биологии. Тем не менее, явление селективности, как таковое, известно: некоторые ионообменные смолы демонстрируют избирательность к одному иону в присутствии другого, конкурирующего.

Несостоятельность «калиевых прудов» в том, что им фактически приписываются функции живой клетки – способность обеспечивать эволюцию белков от простых к сложным. Пруд-клетка или клетка, величиной с пруд, – абсурд. Любая модель протоклетки бледнеет перед этим монстром…

Вы говорите, что простейшая мембрана лишена главного свойства живых мембран - пресловутых белковых насосов-фильтров. Но это будет своеобычным вопросом яйца-курицы. У таких вопросов в итоге кристаллизуется одно решение в русле принципа дополнительности.
Возникновение жизни – это физико-химический процесс, который неизбежно начинается, как только возникают соответствующие условия. Простые пептиды возникают самопроизвольно (в отличие от курицы), сложные формируются только в живой клетке в результате дальнейших физико-химических превращений, которые принято называть эволюцией.

Курица несет яйца периодически, а петух - постоянно.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: talash от Апрель 30, 2019, 18:14:47

Послушал. Общая идея понятна. На роль протоклетки предлагается достаточно простая структура, которая может самозародиться при определённых условиях в хаосе "первичного бульона". Только там ничего нет про репликацию, добрались ли Вы до неё?
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: василий андреевич от Апрель 30, 2019, 19:34:02
электронная плотность на карбоксильной группе – ключевой фактор в этом явлении. Весьма вероятно, что электронная плотность определяет и селективность карбоксила к тому или иному катиону.
  С=О.Н.О-С точками обозначил связь с дефицитом эл. плотности, при этом связь между =О.Н наиболее слабая. Если бы к кислороду был допущен катион, то это разрушило бы нашу молекулу. Связная вода организует не только сам мостик из дополнительных связей, но и формирует дополнительные, как бы защитные слои, в которых тепловая подвижность молекул воды растет в сторону объемной.
“Избирательное предпочтение связанной воды к калию” – это не моя идея и не мне её обосновывать.
  Не разрешив отличий в объемной воде, не получится понять отличий для связной. Выделим два - объем гидроксила и его энергетический градиент, они больше у натрия по причине его более "высокой электроположительности", как донора электрона. Акцептором электрона является кислород, притяжение дополнительной электронной плотности, ослабляет водородную связь.
  Повторюсь, связывание катиона с водой идет с рассеянием тепла, следовательно, для отрыва надо затратить то же количество энергии, которая выше у натрия. Этот энергетический, но не электростатический эффект можно выразить, как градиент энергии по условной мощности гидратированного слоя, т.е. прямая линия, ниспадающая в сторону удаленности от катиона, она круче для натрия. Однако, силовое поле падает не линейно, а экспонетно, записываем: exp(-Cx), где С- это константа или градиент энергии, однозначно характеризующий данный образец. В целом экспонета соответствует графикам на Вашем рис.1. Величина х - удаленность от эпицентра.
  Экпонентный "склон" у натрия начинается выше, но идет по дуге круче, нежели у калия - есть точка пересечения. На значительном удалении обе экспоненты становятся неразличимы. Точка пересечения означает равенство энергетики и, соответственно, частот сменяемости при диффузии молекул воды в гидроксильном кластере. Следовательно, чем дальше от эпицентра, тем больше длина свобоного пробега (длина волны) хаотического движения молекул воды. Это практически аналог "терзаний" Ильи Пригожина о градации хаоса.

  В связной воде первый "слой" воды так же закрепощен, но не столько энергетическими, сколько водородными связями. Но эпицентр не точечный, а фрактальный, зависящий от взаимного расположения карбоксильных групп и длинн соответствующих водных "мостиков". Подчеркнем пока лишь то, что во фрактальном поле всегда найдутся "мешки" со своим набором стоячих волн, соответствующих волновому распределению вокруг катионов.
  В целом, волны в окресностях калия имеют большу длину волны (меньшую энергетику и частоту), что соответствует резонирующим частотам в сменяемости молекул связной воды.

  Я не готов так сходу излагать далее операции уже с тремя экспонентами, которые приобретут форму горбатых изгибов. Но физический подход к проблеме избирательности калия в противовес натрию, надеюсь вырисовался. В связной воде мы имеем "мешки и каналы", как ловушки и пути к ним, предпочтительно для калия. Но не для натрия, частотный спектр водной диффузии которого выходит за пределы длин мостиков в связной воде.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: василий андреевич от Апрель 30, 2019, 19:57:35
  Если делать ставку на карбоксильные группы, то начинать надо с простых жирных кислот, а то и с жирных спиртов (с прото бактерий и протоархей). В воде и те другие будут коагулироваться, выставив наружу к воде, ими связываемой, кислородные головки и пряча внутрь углеводородное тело. И нужен источник энергии для проведения реакций в теле.
  Можно ли гидроксильные группы вплотную друг к другу, окружающие глобулу считать протомембраной? Пусть нельзя. Но связная вода уже есть. И есть волны, пробегающие вдоль ее поверхностей. Волны - это достаточный тепловой эффект, что бы транслировать энергетические обмены и связанные с этими обменами химические реакции, главными из которых будут, на первых парах реакции замещений серы и селена. Сернистые соединения подготовят почву для включений фосфора и аммиака. Где-то рядом будут реакции магний-кальциевой пары. И с обязательным железом, который может быть как донором, так и акцептором электрона.

  Но это я так, для подчеркивания простоты сложности  :'(
 
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Май 01, 2019, 09:34:48
Только там ничего нет про репликацию, добрались ли Вы до неё?
Протоклетка, как биофаза, имеет такие же фундаментальные физические свойства как и современные клетки (см. рис. 1 в моей статье). То есть в ней созданы необходимые физические условия для превращения протоклетки в живую клетку. Теперь задача экспериментов в том, чтобы изучить сорбционные свойства пептидов в отношении нуклеотидов (что касается Вашего вопроса) и далее - роль сорбции в формировании полинуклеотидов. Такого рода исследования не проводили потому, думаю, что не было обоснованных предложений их проводить. Как видите, нет никакой почвы для ответа на Ваш вопрос. Добавлю, что в литературе высказывают мнение (с примерами) о том, что и белки способны к репликации. Значение этих наблюдений и догадок раскроется только в том случае, с моей точки зрения, когда опыты будут ставить не в пробирках, а в биофазе - в коацерватах и безмембранных органеллах.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Май 01, 2019, 10:10:11
Если бы к кислороду был допущен катион, то это разрушило бы нашу молекулу. Связная вода организует не только сам мостик из дополнительных связей, но и формирует дополнительные, как бы защитные слои, в которых тепловая подвижность молекул воды растет в сторону объемной.
Если допустить катион на ангстремы или доли ангстрема к кислороду карбоксильной группы, то из игры выходит такой МАКРОСКОПИЧЕСКИЙ параметр, как диэлектрическая проницаемость – она в таких масштабах расстояний будет снижаться. Этим я хочу сказать, что анализ электростатических взаимодействий в ангстремном масштабе сталкивается с трудностями, из-за которых взаимодействия близкого контакта остаются неизученными, насколько мне известно. Вы постоянно смещаете фокус внимания на взаимодействия катион-вода, что резко увеличивает мутность понятийного пространства в макроскопическом масштабе. 😊


Повторюсь, связывание катиона с водой идет с рассеянием тепла, следовательно, для отрыва надо затратить то же количество энергии, которая выше у натрия. Этот энергетический, но не электростатический эффект...
Если действительно водородная связь в фазе связанной воды прочнее, то обоим катионам, оказавшимся в этой фазе, придется потрудится больше, чем в объемной воде. К сожалению, Вы ничего не говорите о связывании воды с катионом в СРАВНИТЕЛЬНОМ плане - в двух средах: связанная вода/свободная вода. Для физиологии клетки важно это сравнение.

В связной воде первый "слой" воды так же закрепощен, но не столько энергетическими, сколько водородными связями.
Любая связь, включая водородную, оплачивается энергией. Непонятно, почему Вы разводите связь налево, а энергию – направо.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Май 01, 2019, 14:28:36
Significance of hydrogen bonds (video Abstract).
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: василий андреевич от Май 02, 2019, 07:11:49
почему Вы разводите связь налево, а энергию – направо.
  Потому, что у меня нет цифровых данных, а на ангстремных расстояниях их невозможно добыть непосредственным измерением. Приходится нагородить кучу сложностей, что бы через отсев бредовостей вывести простоту. Начинать рассудительность приходится с классических представлений, если они не работают приходится идти к квантовым. Волновое и статистическое описание, как переходный мостик.
Если действительно водородная связь в фазе связанной воды прочнее, то обоим катионам, оказавшимся в этой фазе, придется потрудится больше, чем в объемной воде.
  Ставим умозрительный эксперимент. Коагулянт из жирных кислот с плотнейшей упаковкой наружных карбоксильных групп, образовавшийся в пресной воде, будет разрушен в морской. То же самое с простейшими ПАВами - мыльными (квазикристаллическими) пленками. А вот встраивание, допустим, серы в гидрофильные головки молекул, квазикристаллические свойства макромолекулярных кластеров сохраняет.
  Следовательно, важность играют не просто карбоксилы, а их определенное чередование с "дырками", в которых выпячиваются на поверхность коацервата, нейтральные или даже гидрофобные окончания, что как раз и характерно для сложных белковых молекул. Но этим, подобным белкам сложностям надобно еще каким-то образом состояться.
Вы постоянно смещаете фокус внимания на взаимодействия катион-вода, что резко увеличивает мутность понятийного пространства в макроскопическом масштабе.
  Это необходимое, по крайней мере для меня, условие, предваряющее разборки с катионами в связной воде. Проще всего объяснить разницу в поведении за счет разницы относительных скоростей в диффузии катионов и воды. При этом связная вода будет иметь "нулевую" скорость относительно макромолекулы, что сделает даже умозрительные расчеты невозможными в рамках оперирования импульсами и моментами сил. Слишком много нюансов.
  Через энергию тепловых флуктуаций - для натрия эта энергетика выше, потому когда натрий будет лишь колеблется с высокой частотой в окружении притянутых им атомов кислорода, калий будет иметь свободу для "прыжков" в новое окружение. Тогда в связной воде калий должен обладать большей свободой перемещения, нежели натрий.
  Однако такая простота зыбка, ибо вторжение натрия в связный слой полностью разрушит подобные представления. Введение Вами понятия биофазы, как особого, способного к перестройке состояния пограничного слоя, обязывает рассматривать уже три кластера, при чем так, что свойства самой биофазы - это не граница раздела, а пограничное многополосье со сложным энергетическим рельефом.
  За счет чего это "усложнение" состоялось? Для биолога проще оперировать понятием раздражение, от которого "био-" стремится избавиться. Избавляться от присутствия натрия, как более активного раздражителя надо в первую очередь. Избавиться от калия - уже вторично.

  В геологии широко пользуются понятием геохимического барьера, как фазы раздела фациальных сред. Например, устье пресной реки, впадающей в соленое море - барьер. Или окресности черного курильщика - явный барьер.
  На барьере фаз все образования, устаканенные в одной из фаз будут разрушаться. И из обломков начнут складываться особые объединения. Их особость будет в том, что плотность карбоксильных групп, обращенная к воде, будет иметь подвижность измения своей геометрии в зависимости от концентраций тех или иных элементов.
  Для подобной концепции и нагородил атрибутику из волновых свойств в предыдущем сообщении. Только фрактальность карбоксильной поверхности, то выпячиваемая, то сворачиваемая до линейности, сможет обеспечить "выживаемость и усложнение".
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Май 02, 2019, 09:43:21
Однако такая простота зыбка, ибо вторжение натрия в связный слой полностью разрушит подобные представления. Введение Вами понятия биофазы, как особого, способного к перестройке состояния пограничного слоя, обязывает рассматривать уже три кластера, при чем так, что свойства самой биофазы - это не граница раздела, а пограничное многополосье со сложным энергетическим рельефом.

Вы часто употребляете кинетические/динамические термины (разрушение, встраивание и т.п.), поэтому я хотел бы обратить внимание, что все мои рассуждения касаются только состояния диффузионного равновесия. Для физиологии клетки, как я ее здесь представляю, важно сравнение двух фаз: биофазы (сердцевиной которой является пептид, а объем формируется связанной водой) и внешней для биофазы водной среды. Сравнение! Систему биофаза/среда можно уподобить системам лёд/вода и масло/вода. То есть биофаза это объем, а не поверхность или пограничный слой. Перестраивается не пограничный слой, свойства которого стабильны в состояния равновесия, а пептид (в результате того или иного воздействия). Изменились свойства адсорбента (пептида) - изменились и свойства адсорбата (связанной воды). Взятые вместе, эти изменения (пептида и водной оболочки) приводят к перестройке биофазы в целом. Результаты перестройки снова приходят в состояние термодинамического равновесия до следующего толчка, вызывающего следующую перестройку биофазы. Представляется, что равновесное состояние системы несколько упрощает задачу для физики. 
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Май 02, 2019, 09:50:03
А как тут обстоят дела с плотностями и температурами, уважаемый Vladimir Matveev?
Коли пошла речь о сравнении фаз, свойств адсорбента и адсорбата - куда же без них.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: talash от Май 02, 2019, 12:44:25
Возникновение жизни – это физико-химический процесс, который неизбежно начинается, как только возникают соответствующие условия. Простые пептиды возникают самопроизвольно (в отличие от курицы), сложные формируются только в живой клетке в результате дальнейших физико-химических превращений, которые принято называть эволюцией.

Я также являюсь сторонником вышеописанной общей модели эволюции.

Хочу поделиться своим методом отсева бреда. Когда читаю специалистов, то прежде всего обращаю внимание на общую картину. Что получилось у автора в голове в результате индукции частностей. Если автор не имеет или не излагает общей картины, читать его перестаю. Быть может это сторонник всемирного разума. Типа есть такой всемирный разум, который управляет эволюцией жизни. А сам автор может считать себя его пророком, и думать, что при помощи словоблудия он также участвует в эволюции жизни. При этом он может быть начитанным, знать много умных слов и даже словосочетаний. Здесь много подобных типов.

Поскольку у Вас есть общая картина и она совпадает с моей, то я Вас читаю на сколько хватает времени и пытаюсь немного расширить свои представления.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Май 03, 2019, 07:22:59
А как тут обстоят дела с плотностями и температурами, уважаемый Vladimir Matveev?
Коли пошла речь о сравнении фаз, свойств адсорбента и адсорбата - куда же без них.

Температура и химический состав сред - физиологические или близкие к ним (см. табл. 1 в моей статье), что касается плотности (воды?), то тут вырисовывается интересная картина. Ученые с биологическим образованием роль воды в чем бы то ни было не рассматривают вообще. В их подаче макромолекулы действуют как бы в вакууме. Ученые с физическим образованием, напротив, уделяют пристальное внимание взаимодействию пептидов с водой (их мнения о плотности связанной воды расходятся). Возникает интересный вопрос: чем вызваны эти образовательные различия?

Для биологов трагическое событие случилось в 1930 году (трагическое потому, что оно превратно повлияло на карьеры тысяч ученых). В этом году Лауреат Нобелевской премии Арчибальд Хилл опубликовал статью о распределении мочевины между живыми клетками и средой, в которой показал, что концентрация мочевины в клетках такая же, что и в физрастворе. Из этого следовало, что вода в клетке ничем не отличается от воды в среде. Значит, белки и другие макромолекулы клетки не оказывают никакого влияния на свойства воды, то есть вода ни с чем в клетке не взаимодействует и ее можно рассматривать как среду инертную. Этот эксперимент Хилла был настолько зубодробительным, что всякие разговоры об особых свойствах внутриклеточной воды прекратились раз и навсегда. Вывод Хилла вошел в курсы лекций высших учебных заведений биологического профиля по всему миру. Выросло не одно поколение специалистов, для которых вода была лишь театральной сценой, а не участником спектакля. К счастью, о победе Хилла над клеточной водой ничего не знали физики, поэтому они сохранили здравое отношение к воде, молекула которой не могла не взаимодействовать электростатически с любыми зарядами, где бы они не находились, включая макромолекулы. Подробней о прискорбной истории с мочевиной можно ознакомиться в этой подборке материалов: http://www.bioparadigma.spb.ru/files/Matveev-2019-Karfagen.pdf
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Май 03, 2019, 07:34:01
Я также являюсь сторонником вышеописанной общей модели эволюции.

Для полной определенности скажу так: происхождение жизни необходимо рассматривать только в рамках клеточного подхода. Вне клетки происходила химическая эволюция - абиогенез, но жизнь могла возникнуть только в протоклетке - в физических условиях, свойственных живой клетке. Клеточная теория живет и побеждает!   
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: василий андреевич от Май 03, 2019, 08:44:43
Сравнение! Систему биофаза/среда можно уподобить системам лёд/вода и масло/вода. То есть биофаза это объем, а не поверхность или пограничный слой. Перестраивается не пограничный слой, свойства которого стабильны в состояния равновесия, а пептид (в результате того или иного воздействия). Изменились свойства адсорбента (пептида) - изменились и свойства адсорбата (связанной воды). Взятые вместе, эти изменения (пептида и водной оболочки) приводят к перестройке биофазы в целом. Результаты перестройки снова приходят в состояние термодинамического равновесия до следующего толчка, вызывающего следующую перестройку биофазы. Представляется, что равновесное состояние системы несколько упрощает задачу для физики.
  В принципе, понял какие граничные условия Вы ставите. Я же потому о "динамике, а не о статике", что не вижу в фазовых переходах диффузионного равновесия. Переход вода-лед - это "выпадение в осадок" наименее энергичных молеклул, т.е. такое увеличение беспорядка воды, которое обеспечивает упорядочивание льда. Переход масляной дисперсии в коагулянт избавляет молекулы воды от необходимости быть в состоянии порядка вокруг каждой капельки масла. По-простому, общее количество связной воды после коагуляции снижается. Вода осуществляет отрицательную работу по организации взвеси в целое.
  Далее, Вы вводите биофазу, как объем связной воды, плюс, объем пептида с его пограничным слоем, ограничивая свойство связной воды только утратой растворяющей способности, так как водородные связи воды уже закрепощены на безуспешной попытке разорвать-растворить молекулу пептида.
  А откуда возьмется дозированная энергия для синтеза внутренней среды пептида? "Доза" должна накопиться в адсорбированной воде, что бы кратковременный сброс этой "квантованной" порции был усвоен пептидом для переорганизации своих химических связей. В общем виде этот переход состоится как изменение энтальпии структуры пептида.
  Что бы "усложниться" вначале надо затратить энергию на деструкцию химической связи, т.е. преодолеть барьер активации, а потом отвести меньшую долю энергии, что бы не произошло обратной реакции.
  И этот циклический процесс требуется объяснить за счет работы связной воды. Не слишком ли просто для оперирования термином "равновесное состояние"?
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Май 03, 2019, 12:37:37
Далее, Вы вводите биофазу, как объем связной воды, плюс, объем пептида с его пограничным слоем, ограничивая свойство связной воды только утратой растворяющей способности, так как водородные связи воды уже закрепощены на безуспешной попытке разорвать-растворить молекулу пептида.
Сниженная растворяющая способность связанной воды имеет физиологическое значение. Я не ограничиваюсь этим свойством, а сосредоточиваюсь на нем, как значимом. Макромолекулы рис. 1 уже растворены (PEO, например). Попыток их растворить делать не нужно.
 
А откуда возьмется дозированная энергия для синтеза внутренней среды пептида? "Доза" должна накопиться в адсорбированной воде, что бы кратковременный сброс этой "квантованной" порции был усвоен пептидом для переорганизации своих химических связей. В общем виде этот переход состоится как изменение энтальпии структуры пептида.
Поскольку речь идет об адсорбции, то вопрос стоит так: почему вообще вещества адсорбируются? Почему хлор адсорбируется на активированном угле противогаза? По той же причине и вода адсорбируется на молекулярной поверхности макромолекулы.
 
Что бы "усложниться" вначале надо затратить энергию на деструкцию химической связи, т.е. преодолеть барьер активации, а потом отвести меньшую долю энергии, что бы не произошло обратной реакции.
Если под химической связью Вы подразумеваете ковалентную связь, то об этом типе связи у меня вообще речь не идет. Речь о физической адсорбции, то есть о процессе, в котором участвуют вторичные связи – водородные, гидрофобные и т.д.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: talash от Май 03, 2019, 13:01:36
Этот эксперимент Хилла был настолько зубодробительным, что всякие разговоры об особых свойствах внутриклеточной воды прекратились раз и навсегда. Вывод Хилла вошел в курсы лекций высших учебных заведений биологического профиля по всему миру. Выросло не одно поколение специалистов, для которых вода была лишь театральной сценой, а не участником спектакля.

Напомнило другой известный эксперимент, как Вейсман хвосты мышам отрезал.
У меня немного другое мнение на счёт убедительности подобных экспериментов. Есть такой тип людей, для которых мнение сообщества это объективная реальность, наиболее выпуклый и откровенный их представитель здесь это Арефьев. Когда таких людей в сообществе становится много, то любой бред может быть признан убедительнейшей истиной в последней инстанции, достаточно, чтобы он был выгоден элите, которая в конечном итоге и формирует мнение сообщества.

На мой взгляд пытаться переубедить их это бороться с ветрянными мельницами. Нужно объединяться энтузиастам и отделяться от них в отдельное сообщество, чтобы было как раньше, когда в науку шли в основном энтузиасты-исследователи.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: talash от Май 03, 2019, 13:10:46
Для полной определенности скажу так: происхождение жизни необходимо рассматривать только в рамках клеточного подхода. Вне клетки происходила химическая эволюция - абиогенез, но жизнь могла возникнуть только в протоклетке - в физических условиях, свойственных живой клетке. Клеточная теория живет и побеждает!

Скажите, а Вас интересует только эксперимерты в реальности? Как считаете, можно ли при помощи компьютерного моделирования неких максимально упрощённых систем элементов получить что-то подобное на начальные стадии зарождения жизни? Открыть какие-то закономерности этого процесса?
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Май 03, 2019, 13:15:09
Скажите, а Вас интересует только эксперимерты в реальности? Как считаете, можно ли при помощи компьютерного моделирования неких максимально упрощённых систем элементов получить что-то подобное на начальные стадии зарождения жизни? Открыть какие-то закономерности этого процесса?

Моделирование безусловно полезно, но у него есть одна проблема: какую модель исследуемого объекта выбрать и какие взаимодействия в неё заложить.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Май 03, 2019, 13:16:27
Есть такой тип людей, для которых мнение сообщества это объективная реальность...

"Правды вообще не бывает. Да. Правда – это то, что в данный момент считается правдой". (Якобина Мюнхгаузен)
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: ArefievPV от Май 03, 2019, 14:33:50
Для полной определенности скажу так: происхождение жизни необходимо рассматривать только в рамках клеточного подхода.
Категорически не согласен.
Предполагаю, что живая система (грубо говоря - жизнь) возникла вне клетки...
Мало того, она изначально и не возникала как отдельная клетка...
 
Вне клетки происходила химическая эволюция - абиогенез,
Не только химическая эволюция, но самое начало биологической (ещё до возникновения клеточной формы живых систем).
 
но жизнь могла возникнуть только в протоклетке -
Не согласен. Жизнь возникла вне клетки (даже, вне протоклетки).

в физических условиях, свойственных живой клетке.
Именно! В условиях - это ключевое! Эти условия вполне могли возникнуть независимо от возникновения клеточной мембраны.

Роль мембраны (как некоей границы) изначально вполне могли играть границы того объёма, в котором и сложились соответствующие физико-химические условия (пруд, гидрогеологическая система, объём около подводного вулкана, местность около грязевого вулкана и т.д.). Мешки, микросферы и пр. вполне могли быть туда занесены (например, сформироваться в соседних областях).

Первичные процессы репликации могли возникнуть и на чешуйках минералов (например, апатитов), которые впоследствии могли захватываться мешками, микросферами и т.д. Чешуйки играли роль первичных матриц (облегчающих репликацию).

При последующем изменении условий (в "объёме-утробе", так сказать), в микросферах и мешках условия сохранились прежние. То есть, чешуйкам с содержимым на них, ещё оставалась возможность репликации. А там уж ЕО подключался - в изменённой среде выживали только те, кто, например, реплицировался совместно с "почкованием" (типа, и среду с нужным составом с собой забирал).

Вариантов много, необходимо их рассматривать, а не отвергать с порога...
 
Клеточная теория живет и побеждает!
Нет. И не победит, пока жив Арефьев. Шутка...

P.S. Свой бред по поводу возникновения живых систем на нашей планете скучковал в этой теме:
https://paleoforum.ru/index.php/topic,10211.0.html
Там в основном ссылки на сообщения...
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Май 03, 2019, 15:37:02
Роль мембраны (как некоей границы) изначально вполне могли играть границы того объёма, в котором и сложились соответствующие физико-химические условия (пруд, гидрогеологическая система, объём около подводного вулкана, местность около грязевого вулкана и т.д.). Мешки, микросферы и пр. вполне могли быть туда занесены (например, сформироваться в соседних областях).

Метод "я не согласен" не работает даже на коммунальной кухне, что же говорить о науке. :)
Конечно, пока никто не знает точно, как возникла жизнь, все версии допустимы. Выбор версии - вопрос интеллектуального, так сказать, вкуса. Что касается меня, я не могу себе представить живую пору в куске глины. Жизнь, которая из поры перепрыгивает в микросферу напоминает скорее вселение души в глину (сотворение Адама). Мне ничего не попадалось в литературе про вселение души в коацерват. Возможно потому, что это как-то противоречит законам физики и химии. Будем ждать чьего-нибудь прозрения.

Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: ArefievPV от Май 03, 2019, 15:52:14
Метод "я не согласен" не работает даже на коммунальной кухне, что же говорить о науке. :)
Угу... Разве я спорю?
Как переубедить другого человека: научный подход
https://www.popmech.ru/science/421442-kak-pereubedit-drugogo-cheloveka-nauchnyy-podhod/
Как говорили древние, в споре рождается истина. Но последние исследования в психологии показывают, что это не совсем так.

Казалось бы, дело в доказательной базе. Приведи достоверные факты, и все будет хорошо. Но нет: множество когнитивных исследований показывают, что если у человека уже сформировано мнение по какому-то вопросу, то на факты он внимания не обращает. Так что никакие факты и споры переубедить человека не помогут. А вот общность группы или общие мотивы, те пункты, по которым согласны обе стороны, могут помочь донести свою мысль. Так что даже любимая забава интернета по «поиску пруфов» на самом деле толком никого переубедить не может. А подробнее об этом вопросе вы узнаете из ролика, озвученного и переведенного студией Vert Dider.

Жизнь, которая из поры перепрыгивает в микросферу напоминает скорее вселение души в глину (сотворение Адама).
Самое общее определение живой системы я предоставлял. Механизм репликации какой части структуры системы, ещё не есть живая система.

Как (предположительно) могла возникнуть жизнь, попытался расписать. Ссылка на тему в моём предыдущем сообщении.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Май 03, 2019, 16:13:49
Как (предположительно) могла возникнуть жизнь, попытался расписать. Ссылка на тему в моём предыдущем сообщении.

Про переселение жизни в клетку у меня есть статья. Чтобы не отсылать Вас к предыдущим странцам этого обсуждения, всё своё дам здесь ещё раз (в одном флаконе).

Сравнение фундаментальных физических свойств клеточных моделей (протоклеток) и живых клеток свидетельствует о необходимости новой научной дисциплины – протофизиологии.
http://www.bioparadigma.spb.ru/files/Matveev-2016-Protophysiology.Rus.pdf

Клеточная теория, внутренне неупорядоченные белки и физика происхождения жизни.
http://www.bioparadigma.spb.ru/files/Matveev-2019-Kletochnaya.teoria.i.fizika.pdf

Cell theory and the physics of the origin of life (video Abstract).
[/b]

Significance of hydrogen bonds of water (video Abstract).

Публичные дискуссии (что в них рождается):
http://www.bioparadigma.spb.ru/discussions.htm

Я был бы Вам признателен за литературу (которая могла бы мне пригодиться). Разговоры на форуме тоже могут быть полезными, но их ценность для научной работы ограничена.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: ArefievPV от Май 03, 2019, 16:30:18
Я был бы Вам признателен за литературу (которая могла бы мне пригодиться).
К сожалению, вряд ли я смогу Вам посоветовать такую литературу.

Разговоры на форуме тоже могут быть полезными, но их ценность для научной работы ограничена.
Хочу сразу внести ясность - никакой ценности рассуждения Арефьева для науки не представляют.
Я высказал своё мнение. Пояснения, почему у меня такое мнение сложилось на вопрос происхождения жизни на нашей планете, скучковал (в виде ссылок) в одной теме.

На мой, непросвещённый взгляд, к данному вопросу следует подходить с определения живой системы.

Моё определение звучит примерно так (и чуток пояснений):

Живая система, это система с выраженным свойством самосохранения. То есть, если система проявляет стремление к самосохранению (стремление жить), то она проявляет основной признак живой системы. Такое стремление проявляется только в активной фазе существования живой системы (предельно грубо: бактерия - активная фаза, спора - пассивная фаза). Ну и так далее... Там много всего...

Насколько я понял, большого (скорее всего - вообще никакого) интереса к моей писанине у Вас нет.
Поэтому прошу извинить, что влез непрошенным гостем в Вашу тему. Просто посчитал нужным высказать своё мнение. Надеюсь, Вы на меня не в обиде. Желаю удачи Вам в Ваших изысканиях.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: talash от Май 05, 2019, 23:18:47
Публичные дискуссии (что в них рождается):
http://www.bioparadigma.spb.ru/discussions.htm

Вот это не про научный дискурс, а про то, что я называю "словестный груминг". Для груминга не нужны логическая строгость рассуждений и точность терминов. Потому что это скучно. Веселее выдумывать собственную философию, состыковывая околонаучные мемы с помощью размытых терминов, как это делает известный всем форумный товарищ. И ещё много всякого веселого можно придумать. Только есть одна маленькая проблемка, чем больше веселья, тем более бесплодной становится наука.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Май 06, 2019, 06:58:44
Только есть одна маленькая проблемка, чем больше веселья, тем более бесплодной становится наука.

Если уметь отделять веселье от науки, то наука не пострадает.
https://caricatura.ru/parad/larichef/pic/karikatura-nauka-i-zhizn_(mihail-larichev)_22897.gif
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Июнь 10, 2019, 10:41:50
Видеоаннотация № 3:

Video Abstract 3. The energy of the physiological atom.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Сентябрь 02, 2019, 19:22:23
Матвеев В.В. и Малыгин А.В. Сорбционная теория происхождения жизни.
Доклад на Десятом Московском симпозиуме по Солнечной системе, секция "Астробиология" (7-11 октября 2019 года):
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: ArefievPV от Ноябрь 12, 2019, 13:41:02
Аксиома Вирхова, согласно которой живая клетка может произойти только от живой, поставила вопрос о происхождении первой живой клетки. Мой ответ: биофаза является колыбелью первой живой клетки потому, что она обладает теми же фундаментальными физическими свойствами, что и живая клетка. То есть здесь важна преемственность физических свойств, которые создают предпосылки для формирования необходимых для жизни процессов. Биофаза является не противопоставлением Вирхову, а решает парадокс: по Вирхову первая живая клетка не могла появиться на Земле В ПРИНЦИПЕ! Однако этот вопрос не соответствует теме данного обсуждения.
Если позволите, хочу обратить Ваше внимание на несколько моментов.

Некоторое время назад (в 2016 году) я начал более-менее на постоянной основе «расковыривать» вопрос возникновения жизни. Примерно, к этому времени у меня уже сформировалось определённое представление про живые системы. Про всё не буду здесь, приведу в цитатах только основное.

https://paleoforum.ru/index.php/topic,9509.msg194280.html#msg194280
Живая система самого низшего уровня иерархии способна временно переходить в неживое состояние (неактивное, косное). Самими фактами таких переходов можно косвенно подтвердить и возникновение живых систем – когда-то и косное совершило свой первый переход в живое (активное) состояние. В косном состоянии система не способна самостоятельно восстанавливать все свои части. В активном состоянии живая система способна восстанавливать и копировать все свои части.

Разумеется, мои взгляды также немного эволюционировали. Эту эволюцию можно проследить по моим сообщениям в теме «Социальная и биологическая организация систем». А основные ссылки по возникновению жизни собрал в теме:
https://paleoforum.ru/index.php/topic,10211.0.html
Это если будет желание ознакомиться…

Но само понимание, что живое может находиться: как в активной фазе существования, так и в пассивной фазе существования, потребовало и нового определения для живого. Ведь ни клеточность, ни способность к размножению более не могли удовлетворять определению живого.

Здесь описание, как пришёл к этому определению:
https://paleoforum.ru/index.php/topic,9509.msg234477.html#msg234477
Только то, что не зависит от всех вторичных признаков и присутствует всегда у жизни – стремление к самосохранению и способность реализовать это стремление. Но проявляются эти способности и стремления только в активной фазе существования живой системы.

Сами способности и стремления мы можем определить наблюдая реакцию живых систем (их поведение) по наличию реакций опережающего отражения (для проявлений на самом высшем уровне – это прогнозирование).

Вот таким образом я и пришёл к своему общему определению (попутно разобравшись: с вирусами, с проблемой «курица-яйцо», с репликацией, с кажущейся антиэнтропийностью жизни, с клеточностью форм и т.д.).

То есть, жизнь изначально возникла в бесклеточной и в безгенетической форме. Клеточность, гены, копирование частей (а вовсе не размножение!) – это всё адаптации жизни в процессе эволюции.

И даже способность переходить (в явной форме) между фазами (активной и пассивной) возникла как адаптация в процессе эволюции. Это как раз к вопросу первичности курицы и яйца…

Постепенно это оформилось в такое: жизнь – это живая система + условия её существования.

А живая система, это такая система, которая в активной фазе своего существования проявляется стремление к самосохранению и способность реализовать данное стремление.

P.S. Разумеется, не настаиваю на абсолютной правильности своего понимания, а только хочу обратить внимание на некоторое сходство наших концепций.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 12, 2019, 14:24:28
Но само понимание, что живое может находиться: как в активной фазе существования, так и в пассивной фазе существования, потребовало и нового определения для живого.
Это напомнило мне 6-й раздел моей статьи:  http://www.bioparadigma.spb.ru/files/Matveev-2019-Kletochnaya.teoria.i.fizika.pdf
В этой статье я провожу мысль о том, что живая клетка могла возникнуть только в клеткоподобной системе, а Вы говорите обратное, что жизнь возникла в бесклеточной системе. По причине таких расхождений нам трудно понять аргументацию друг друга. Поскольку у Вас явный интерес к проблеме происхождения жизни, желаю Вам успеха, а для успеха необходимо все Ваши высказывания систематизировать в виде статьи, то есть в форме, когда все положения Вашей теории будут согласованы друг с другом. Это трудная задача, но необходимая. Высказанные по отдельности, в разных местах и в разное время, разные тезисы могут противоречить друг другу, но это трудно заметить, тем более критически анализировать.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Питер от Ноябрь 12, 2019, 21:06:12
Абсолютно    странная   таблица  1.  Данных  почти  нет  (кривые  по   трем  точкам ???),   данные без  ошибок  среднего.   Да  и  сам  эксперимент     - причем  тут  распределение вещества  в  водной   фазе  внутри  и  вне      диализного  мешка  (причем мешки    видимо  разные   -  данные  из    самых  разных  статей),  если в  мешок  налит  20%    раствор   белка  или   засунута   лапка    лягушки ?
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Питер от Ноябрь 12, 2019, 21:08:55
Даже  круче   -  по   ДВУМ.  Коацерваты. 
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 04:48:19
Абсолютно    странная   таблица  1.
А кроме таблицы Вы ничего не заметили? Есть еще рис. 2 и 3. Есть данные о связывании воды пептидами.
Почему кривая с двумя точками подтверждается кривыми с бОльшим количеством точек?
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Питер от Ноябрь 13, 2019, 09:40:16
А  пептид у  нас  кто  -    желатин ?
И    можно  комментарий  по  таблице  1  ?  А   то   потом    на  базе   этих  данных  масса  рассуждений -   без    базы  эксперимента.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 09:46:59
А  пептид у  нас  кто  -    желатин ?
И    можно  комментарий  по  таблице  1  ?
А в желатине разве не пептидные связи?
Вся моя статья является комментарием к этой таблице.
Насколько верны использованные мною данные Вы можете оценить, ознакомившись с этими книгами:
http://www.bioparadigma.spb.ru/files/Troshin-1956-Problems.of.Cell.Permeability-Rus.pdf
http://www.bioparadigma.spb.ru/files/Troshin-1966-Problems.of.Cell.Permeability-Eng.pdf
Просьба оставить Ваш менторский тон. Если Вам такой подход не нравится, то оно Вам не надо.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 10:00:14
Уважаемый Vladimir Matveev, не поясните, почему, по Вашему мнению, если фаза адсорбированной воды может сохранять устойчивость продолжительное время\, ныне подавляющее большинство клеток обладают изолирующей мембраной?
Возможно, безмембранные организмы представляют собой альтернативную (тупиковую) форму в эволюции, уступившую место мембранным в процессе развития жизни? Вы не задумывались о чем-то подобном?
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Питер от Ноябрь 13, 2019, 10:07:12
Желатин   -  это    частично  гидролизованный   коллаген.    Связи  пептидные,  но  не  пептид,  для  пептида  есть    определение.
Три     остальных  соединения   -  совсем     другая   химия.
Так  что все-таки с  первичными  данными  в  таблице  1  -  вы  их  в  статье  используете  и  вопрос  к  вам.   
1.   Кривые  по  двум  и  трем  точкам    -  допустимы  или  нет в   научной   статье ? Ну  и  тогда     еще   вопрос   -  какой  программой  строили  кривые ?
2.   Можно  ли  приводить  данные   без   среднего  и  ошибок  ?  Это    научная  норма ?
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 10:10:14
К примеру, нельзя исключить то, что немембранные органеллы, обнаруживающие способность к самосборке – саморазборке, представляют собой рудимент подобной биофазы, симбиотически включенный в состав клеточной формы - но, при этом, являющий собой иную, конкурентную форму организации?
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 10:12:57
Можно  ли  приводить  данные   без   среднего  и  ошибок  ?

Согласен, это не очень привычно - если говорится о правилах представления научного материала. Тоже обратил на то внимание. И три точки - действительно, маловато будет.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 10:22:02
не поясните, почему, по Вашему мнению, если фаза адсорбированной воды может сохранять устойчивость продолжительное время\, ныне подавляющее большинство клеток обладают изолирующей мембраной?
Фаза адсорбированной воды была устойчивой и остается устойчивой по сей день. На межфазной границе (биофаза)/(вода среды) могут адсорбироваться самые разные вещества, а не только липиды. Почему бы этим веществам не сформировать прочную структуру? Никаких запретов на это нет. Другой вопрос: выполняет ли эта поверхностная пленка те функции, которые ей приписывают? Ответ на этот вопрос я дал в другой статье: http://www.bioparadigma.spb.ru/files/Matveev-2016-Protophysiology.Rus.pdf В ней я привожу явления, которые невозможно объяснить свойствами мембраны. Если Вы сможете сделать это, то было бы интересно узнать Ваше мнение.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: ArefievPV от Ноябрь 13, 2019, 10:22:40
Возможно, безмембранные организмы представляют собой альтернативную (тупиковую) форму в эволюции, уступившую место мембранным в процессе развития жизни? Вы не задумывались о чем-то подобном?
Прошу прощения, что вмешиваюсь, но, по моему мнению, безмембранные (я использовал слово - бесклеточные) формы жизни были не тупиковыми, а просто предшествующими современным клеточным формам.

А безмембранная стадия до сих пор присутствует в жизненном цикле клеточных форм - внутри самой клетки. В такой стадии очень сложные процессы происходят (например, репликация нуклеиновых кислот, сборка белков и т.д. и т.п.).
Про эту стадию упоминал здесь:
https://paleoforum.ru/index.php/topic,9509.msg232921.html#msg232921

P.S. Разумеется, это только моё мнение (кстати, автор темы его не разделяет, как и Питер).
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 10:33:39
Уважаемый Vladimir Matveev, Вы сами даете частичный ответ на заданный мною вопрос, когда пишите, в собственной статье, о существовании фазеров со стабильной и неупорядоченной структурой (стр. 20, второй абзац). Я склонен рассматривать это утверждение как основу предположения о двух, по меньшей мере, альтернативных форм существования жизненных форм. Одна из которых обладала, по видимому, большей пластичностью и, следовательно, могла быть представлена в большем разнообразии.
Симбиоз позволил другой сохранить свою - более жесткую - организацию и предоставить прежним конкурентам условие для более эффективной, как Вы пишите,  компартментализации и, соответственно, успешной жизнедеятельности. 
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 10:41:23
Три     остальных  соединения   -  совсем     другая   химия.
Пептиды — семейство веществ, молекулы которых построены из двух и более остатков аминокислот, соединённых в цепь пептидными связями.
Я использую этот термин потому, что пептидная связь - это то общее, что объединяет все соединения, ключевыми связями которых являются пептидные связи: от дипептида до белков в сотни тысяч дальтон. Такая унификация удобна и понятна.

Про точки: эти данные взяты из источников, авторы которых не приводили ошибок измерений. Полимеры, приведенные в таблице 1, имеют принципиальное общее свойство - все они гидрофильны. Почему это важно? Если Вам это действительно интересно, знакомьтесь с проблемой ближе. Источники я Вам дал. Из данных, приведенных в этих источниках, очевидно, что ошибки величин в табл. 1 ничтожны. Извините, но пересказывать тома для Вас у меня нет возможности. 

В настоящее время стали оспаривать принятый порог достоверности в 0,05. Дискуссия вызвана нарастанием в литературе данных, которые не воспроизводятся в других лабораториях. Считается, видимо, что если порог достоверности поднять до 0,001, то проблемы с воспроизводимостью будут решены.

Как любил говорить Эркюль Пуаро, тем, что не понимаете вы, и тем, чего не понимаю я, можно заполнить фолианты.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 10:57:52
К примеру, нельзя исключить то, что немембранные органеллы, обнаруживающие способность к самосборке – саморазборке, представляют собой рудимент подобной биофазы, симбиотически включенный в состав клеточной формы - но, при этом, являющий собой иную, конкурентную форму организации?
Вот интересная статья об истории появления безмембранных органелл: http://www.cbeslm.cpaneldev.princeton.edu/wp-content/uploads/2019/01/NaturePhase.pdf
Сейчас лавинообразно нарастает количество публикаций о безмембранных органеллах. Это скорее свидетельствует о том, что физика этих органелл является единым механизмом молекулярной организации клетки во всех ее проявлениях. Безмембранные органеллы (сам факт их существования и функционирования) свидетельствуют о том, что мембраны перестали рассматриваться в качестве обязательной структуры, необходимой для отделения одной среды от другой, то есть для компартментализации. Говоря проще: 140 лет господства мембранной логики и механизмов подошли к концу.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 10:58:43
Извините, но пересказывать тома для Вас у меня нет возможности. 

Уважаемый Vladimir Matveev, возможно, не стоит обострять обмен мнениями, подобными замечаниями? Даже, если оппонент, по Вашему мнению, проявил неучтивость. Не лучше ли сделать вид, что ничего особенного не произошло?

Я не все понимаю в этом мире, но, по моему мнению, безальтернативность собственных суждений не вносит в спор ничего конструктивного. Лучший способ убеждения, похоже, состоит в том, чтобы радоваться любой возможности рассмотреть противоположное мнение в сравнении со своим и устранить из него слабости и противоречия.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 11:02:42
Говоря проще: 140 лет господства мембранной логики и механизмов подошли к концу.

Такие утверждения меня, лично, не убеждают. Обычная лозунговая декларация, прошу прощения за то, что это, может, Вас обидеть.
А вот то, что все вокруг развивается в конкуренции с альтернативой и, в конце концов, на определенном этапе, может слиться с ней в единое целое - для меня, пока, не является опровергнутым суждением.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Питер от Ноябрь 13, 2019, 11:07:33
Если   авторы   (как  вы  пишете)   не  приводят ошибок  измерений   -  то  почему  они  ничтожны ?
Для  пептидов  есть  определение.  И  пептиды  в  науке  достаточно  четко  отделены  от   белков.  Это  -  факт  сегодняшнего    дня. Ваше    право  на  это  наплевать   -  но  ...
Полимеры  в  таблице  1   гидрофильны   ?   Лягушачья   лапка  -  полимер ?
Про    порог  можно  спорить.  Но  проблема в  том,  что   у  вас  порога  нет вообще.  И  попыток  посчитать  достоверность    отличий   -  тоже.    Что   понятно     -  нет    повторных  измерений,   нет  статистики -  и  не  будет    ни  Стьюдента,   ни   Манна-Уитни.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 11:10:25
Я не все понимаю в этом мире, но, по моему мнению, безальтернативность собственных суждений не вносит в спор ничего конструктивного. Лучший способ убеждения, похоже, состоит в том, чтобы радоваться любой возможности рассмотреть противоположное мнение в сравнении со своим и устранить из него слабости и противоречия.
Как Вы заметили, я отвечаю на все замечания, даже если они сделаны с позиции заведомого превосходства. Отмалчиваться - это, как говорит Лавров, контрпродуктивно. Ну, в самом деле, если где-то на форуме появится человек, критикующий те или иные положения генетики, возможно ли пересказывать ему университетский курс генетики? Уважение к оппоненту в знании предмета обсуждения. Случай, когда один из оппонентов не знает сути, описан Шукшиным в рассказе "Срезал": https://briefly.ru/shukshin/srezal/
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 11:14:59
возможно ли пересказывать ему университетский курс генетики? Уважение к оппоненту в знании предмета обсуждения.

Это Вы адресуете уважаемому Питеру?

Я, просто, промолчу. Без комментариев.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Питер от Ноябрь 13, 2019, 11:15:13
Господи,  никто  и  никогда  не  говорил,  что все   органеллы   -  мембранны.   Яркий  пример  -  рибосомы.  Правда,  понятно,     что  главное в  них  -  межмолекулярные   взаимодействия  между    белками  и  нуклеиновыми  кислотами.    Понятно,  что все   это  в  воде.    Но  из   этого  не  следует,  что  структура  рибосомы  определяется   водой.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 11:16:43
не  приводят ошибок  измерений   -  то  почему  они  ничтожны ?
Посмотрите рис. 29 в этой книге http://www.bioparadigma.spb.ru/files/Troshin-1956-Problems.of.Cell.Permeability-Rus.pdf
Тангенс угла наклон линейной части кривой и есть коэффициент распределения. Оцените ошибку тангенса.
Лягушачья лапка - это сосуд с полимерами. Это обосновывается сходством кривых для живых клеток и растворов полимеров.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 11:17:47
Это Вы адресуете уважаемому Питеру?
Подскажите мне другой другой способ общения.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 11:18:42
Оцените ошибку тангенса.

А Вашей оценкой можно поинтересоваться?
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 11:19:36
Но  из   этого  не  следует,  что  структура  рибосомы  определяется   водой.
Структура безмембранных органелл определяется взаимодействием биополимеров с водой.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 11:20:20
А Вашей оценкой можно поинтересоваться?
Меньше 1% от средней.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 11:23:13
Подскажите мне другой другой способ общения.

Пожалуйста, можно подать возражения в вопросительной форме, вызывая оппонента на развернутое объяснение. Предусматривая возможность получения информации, расширяющей возможности развить собственную точку зрения. Пусть, сначала, фрагменты объяснения и могут показаться критичными.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 11:24:39
Меньше 1% от средней.

Спасибо. Можете указать метод расчета, используемый Вами или, возможно, авторами статьи?
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 11:26:35
Аннотации к обуждаемой статье в форме видео:

Video Abstract 1. Cell theory and the physics of the origin of life.
Video Abstract 2. Significance of hydrogen bonds of water for cell physics.
Video Abstract 3. The energy of the physiological atom.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 11:29:32
Можете указать метод расчета, используемый Вами или, возможно, авторами статьи?
С
Рассчитайте линейную регрессию. Программа даст Вам ошибку тангенса..
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 11:43:32
Рассчитайте линейную регрессию.

Спасибо, посчитал. Там всего 7 точек, можно обойтись возможностями Эксцель или рассчитать все вручную. Действительно, связь получается функциональная.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 11:48:12
Смахивает, кстати, на соотношение объема к площади. Вы не думали на этот счет?
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 11:49:24
Особенно, если речь об абсорбции.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 11:50:57
Особенно, если речь об абсорбции.
АДДДсорбции! :)
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 11:53:25
То есть, все равно о какой-то поверхности, подобной мембранной, приходится говорить. Что это, может быть, за поверхность?
Вы, в свое время, писали об организованных слоях воды, если не ошибаюсь.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 11:56:10
Благодарю за поправку.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 12:01:39
То есть, все равно о какой-то поверхности, подобной мембранной, приходится говорить.
Поверхности могут быть, разумеется, разными, но физиологически значимыми (в контексте статьи) являются молекулярные поверхности белков, то есть их пептидный остов.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 12:07:46
На самом деле мне идея адсобции нравится. Нет необходимости много рассуждать об энергетической выгоде - это раз. И второе - в результате организуется локальная представленость основных агрегатных состояний. Как следствие - основных геометрических объектов, образующих некоторый эволюционный ряд. Такой, как точка, плоскость и объем.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Питер от Ноябрь 13, 2019, 12:11:11
КАК   МОЖНО    ЭТО     ВСЕ  ДЕЛАТЬ    БЕЗ  ПОВТОРОВ   В  2019  ГОДУ ???  И тангенс    ничего  не  говорит  о  разбросе   экспериментальных  данных.
И  одна  очень  простая  вещь.    В   эритроцитах  есть  транспортер  глюкозы GLUT1,     который  также  таскает   через  мембрану  и  галактозу.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 12:14:26
Если плоскость, к тому же, многослойна - то, это, вообще, получается некоторый процесс, в котором каждый слой можно представить как отдельный компартмент. Фактически - как пример отдельного состояния, с собственными физико-химическими особенностями. И значение приближения в 1% или менее, тогда, совсем не случайно.
Уважаемый василий андреевич, полагаю, сможет это понять, так как я писал о том в другой теме.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 12:32:55
В   эритроцитах  есть  транспортер  глюкозы GLUT1,     который  также  таскает   через  мембрану  и  галактозу.
Как этот транспортер объясняет данные на рис. 29?
http://www.bioparadigma.spb.ru/files/Matveev-2016-Protophysiology.Rus.pdf
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Питер от Ноябрь 13, 2019, 17:27:41
Так     в  системе  нет  просто  проницаемости  -  есть активный   транспорт.   Регулируемый.  И    уровень    соединения в   эритроцитах  в  данном  случае  не  определяется   простой  диффузией. 
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 18:32:20
Так     в  системе  нет  просто  проницаемости  -  есть активный   транспорт.   Регулируемый.  И    уровень    соединения в   эритроцитах  в  данном  случае  не  определяется   простой  диффузией. 

Возможно, ныне не определяется. Но - было ли так на первых этапах развития?
Опять-таки, разве исключается сосуществование, в ранних системах, конкурентных механизмов транспорта? Можно и об этом подумать, полагаю.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 18:46:48
Так     в  системе  нет  просто  проницаемости  -  есть активный   транспорт.   Регулируемый.  И    уровень    соединения в   эритроцитах  в  данном  случае  не  определяется   простой  диффузией. 
Я просил с помощью переносчика объяснить ход кривой на рис. 29 с проницаемостью или без, с диффузией или без...
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 18:54:33
с помощью переносчика объяснить ход кривой на рис. 29 с проницаемостью или без

Уважаемый Vladimir Matveev, с переносчиком результат должен быть иным?
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 19:01:01
Уважаемый Vladimir Matveev, с переносчиком результат должен быть иным?
Кривая на рис. 29 есть РЕЗУЛЬТАТ эксперимента. Хотелось бы узнать, переносчики спобны объяснить этот результат или нет? На этот вопрос могут ответить только те специалисты, которые хорошо знают работу переносчиков.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 19:03:37
Хотелось бы узнать, переносчики спобны объяснить этот результат или нет?

Вы, лично, допускаете, в этом случае, наличие переносчика? Я не понял, поэтому и спрашиваю.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 19:06:09
На этот вопрос могут ответить только те специалисты, которые хорошо знают работу переносчиков.

Другой вопрос - Вы хорошо знаете эту работу?
Я не подвергаю сомнению Ваш уровень знаний, просто спрашиваю. Поскольку, налицо, спор двух профессионалов.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 19:07:13
Вы, лично, допускаете, в этом случае, наличие переносчика?
Я готов допусть что угодно, если это что-то даст объяснение. Переносчики такого объяснения не дают.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 19:13:22
Другой вопрос - Вы хорошо знаете эту работу?
Я эту работу знаю наизусть со студенческой скамьи (когда моими учителями были представители этой физиологической школы), но никогда не видел, чтобы кто-то смог с помощью переносчиков дать внятное объяснение. Очень хорошо, что я задал этот вопрос профессионалу. Его ответ скажет о многом. 
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 19:28:57
Я понимаю, Вы настаиваете на том, что активный транспорт - затратный процесс. Но, разве нельзя цитоплазму клетки представить как модель конденсатора в цепи переменного тока? Который заряжается, до определенного, амплитудного, предела, пока переменная ЭДС, обусловленная транспортом от ядра к внешней мембране, нарастает?

В результате может возникать энергия тока, достаточная для активации порта.
Это - только предположение. И, понятно, оно является некоторой схемой для сглаживания противоречий, пока, не более того.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 19:38:45
В результате может возникать энергия тока, достаточная для активации порта.
Это - только предположение. И, понятно, оно является некоторой схемой для сглаживания противоречий, пока, не более того.
Я готов принять любое обоснованное объяснение рис. 29. То, о чем Вы говорите, не объясняет хода кривой. У коацерватов ход кривой такой же, но у них нет липидной мембраны, поэтому току некуда течь. Тока нет, а кривая та же...
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 19:41:33
У коацерватов ход кривой такой же, но у них нет липидной мембраны

Нет, вообще, ничего гидрофобного?
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 13, 2019, 19:44:49
Нет, вообще, ничего гидрофобного?
Гидрофобные домены есть, но они распределены по всему объему коацервата, а не только на поверхности. Взаимодействие гидрофобных доменов обеспечивает ценостность коацервата, не дает ему раствориться как расворилась бы капля варения.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Evol от Ноябрь 13, 2019, 20:05:19
Если взаимное расположение доменов ориентировано, а ток - переменный, то в процессе их существования могут быть периоды, когда ток не течет, а напряжение усиливается. Получается вроде пружины. По идее, график может получаться аналогичным, поскольку базисы остаются прежними, стоит поменять силу тока на амплитуду, а напряжение - на длину волны. Меняется форма энергии. В случае коацерватов - это, может быть, механическая. В клетке - электрическая.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Питер от Ноябрь 13, 2019, 21:44:14
Уважаемый Vladimir Matveev, с переносчиком результат должен быть иным?
Кривая на рис. 29 есть РЕЗУЛЬТАТ эксперимента. Хотелось бы узнать, переносчики спобны объяснить этот результат или нет? На этот вопрос могут ответить только те специалисты, которые хорошо знают работу переносчиков.

Результат   НЕ   КОРРЕКТНОГО     эксперимента.
1.  Повторы ?
2.  Методы   -  начиная  с    определения  объема   эритроцита  через  гематокрит  до   метода  определения сахара. 

Так  переносчики     в  мембране   эритроцита  есть  или  нет ?
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Питер от Ноябрь 13, 2019, 21:45:56
Да,    на  рис.  29  и  в  таблице  нет  коацерватов.   Там  в  таблице  только  эритроциты.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 14, 2019, 07:20:21
Да,    на  рис.  29  и  в  таблице  нет  коацерватов.   Там  в  таблице  только  эритроциты.
Они есть на рис. 20.
Использованные концентрации сахаров слишком малы, чтобы исказить результаты экспериментов. Объемы эритроцитов изменялись, но незначительно. Редактором перевода книги Трошина (1956) на английский (1966) был Wilfred Widdas, один из первооткрывателей переносчиков сахаров. Ни в предисловии к книге, ни в личной переписке со мной Виддас не говорил о роковых ошибках Трошина.

Переносчики сахаров есть, но помогли они Вам объяснить результаты Трошина? Хватит искать дурачков!
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 14, 2019, 07:24:20
Если взаимное расположение доменов ориентировано, а ток - переменный, то в процессе их существования могут быть периоды, когда ток не течет, а напряжение усиливается.
Как всё это объясняет ход кривой на рис. 20 и 29? На кривых две фазы - нелинейная и линейная. Какими физическими взаимодействиями это можно объяснить?
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Питер от Ноябрь 14, 2019, 10:15:28
Да    нет  вообще    никаких мембран.  И  транспортеров  тоже     нет.  Только   фаза,  только  хардкор ...   
Правда,       из      эритроцитов  гемоглобин  не  течет.  Что-то его  там  держит  -  пока    цело  то,  чего  нет.  Вода,  только  вода.  Только    фаза.
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 14, 2019, 11:10:38
Правда,       из      эритроцитов  гемоглобин  не  течет.  Что-то его  там  держит
А что держит белки и нуклеиновые кислоты в безмембранных органеллах?
These Organelles Have No Membranes.
https://www.the-scientist.com/features/these-organelles-have-no-membranes-65090
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Питер от Ноябрь 14, 2019, 11:35:12
А     что  держит  гемоглобин   в   эритроцитах  ? Мембраны  есть ?  Транспорт  активный   через  мембрану  есть ?
Ну  и  что  (по  вашему)   держит   белки  и  нуклеиновые  кислоты  в  составе органеллы (той  же  рибосомы)    -  вода  или    межбелковые   взаимодействия  и  взаимодействия   белок-НК ?  И     где  разница  между     мультибелковым  комплексом  и  органеллой ?
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Vladimir Matveev от Ноябрь 14, 2019, 11:52:57
А     что  держит  гемоглобин   в   эритроцитах  ? Мембраны  есть ?
По-Вашему, сколько клеток столько и физических принципов, обеспечивающих их целостность? Для Марса одни законы, а для Венеры другие?
Название: Re: Закон Вирхова и физика происхождения жизни
Отправлено: Питер от Ноябрь 14, 2019, 12:56:42
Я  не  был  ни  на  Марсе,  ни  на  Венере.   И  тамошней   жизни  не  видел.
А  у  нас  на  Земле   есть  клетка.  С мембранными структурами,  обладающими   определенными  свойствами.  И  одно  из  них   -  наличие  специализированных  систем  транспорта. 
И  в  этой   клетке  есть  не  мембранные  структуры. Так    что  первично  в  их  работе   -      фаза  воды  или  структура   белков\НК,  входящих  в  состав  органеллы  ?   Их  доменная  организация,  наличие     альфа-  бета-  структур,  гидрофильных  и  гидрофобных  доменов ?