Построено ли единое филогенетическое дерево всех эукариот (от общего предка до каждого ныне живущего вида)?
Может, если такого дерева нету для всех эукариот, то хотя бы для каждого из типов (или хотя бы какого-то одного типа)?
Древо, конечно же, построено. Но вблизи корня оно плохо разрешено. Очевидное место, где на него можно полюбоваться, это Tree of Life Web Project.
В связи с древом постоянно приходится задаваться вопросом "от ЛЮКА". В базе типа должен лежать "не дифференцированный вид". Но в таком раскладе и в базе типов есть не дифференцированное большее, как "вид".
Но может ли тип строения появиться без наличия рядом своего антагониста? Как хищник не может появиться без наличия жертвы. Тогда вблизи основания ствола обязателен конвергентный корень.
Цитата: Alexy от октября 26, 2014, 14:45:42
Построено ли единое филогенетическое дерево всех эукариот (от общего предка до каждого ныне живущего вида)?
Может, если такого дерева нету для всех эукариот, то хотя бы для каждого из типов (или хотя бы какого-то одного типа)?
до вида это вы шутите - огромное кол-во видов вообще не имеют никаких молекулярных данных, а многие и не открыты пока, и даже среди таких хорошо изученных групп как Позвоночные. но отряда я думаю можно добраться. семейство - уже едва ли, есть какие-то, хотя уже немного, которые никогда не секвенировались.
ЦитироватьСоздание фамильного древа, которое охватывает более четырёхсот миллионов лет и описывает эволюцию множества разнообразных групп животных планеты, не так уж и просто, но одна амбициозная группа учёных всё же сделала это.
Первое обширное эволюционное древо насекомых было недавно создано группой исследователей со всего мира. Это филогенетическое древо, построенное по данным генетики и археологии, помогает раскрыть родственные связи между различными родами насекомых на протяжении миллионов лет эволюции.
Осуществляя китайский проект Транскриптомная Эволюция 1000 Насекомых (1000 Insect Transcriptome Evolution) - или 1KITE, исследователи использовали 1748 кодирующих белок генов всех крупнейших отрядов насекомых, дабы собрать огромный набор данных, описывающих генетический состав всех крупных групп насекомых, существующих ныне. Затем они сравнили полученный набор данных с результатами с данными палеонтологии чтобы определить когда определённые виды эволюционировали.
"Мы сплотили команду из более чем ста человек, и мы включили в неё людей, которые часто остаются за бортом таких проектов - морфологов, эмбриологов и палеонтологов - потому мы не просто получили древо, но и можем о нём много чего порассказать", - говорит Карл Кьер, профессор кафедры экологии, эволюции и природных ресурсов Ратгерского Университета в Нью-Джерси, который был занят в проекте.
Среди историй, которые можно рассказать, пользуясь древом, есть история повествующая о происхождении насекомых. Палеонтологическая данные свидетельствуют о том, что первые насекомые появились около 412.000.000 лет назад, в раннем Девонском периоде. Однако, филогенетические данные исследователей показывает, что крупнейшая группа насекомых - надкласс шестиногие - возможно завились ещё раньше, около 479.000.000 лет назад, в раннем Ордовике.
Тем не менее, данные также показывают, что в некоторых случаях палеонтологические данные, которые исследователи долгое время полагали ключевыми для получения информации об эволюционировании насекомых, оказались довольно точными, сообщила Джессика Вер, ассистент профессора эволюционной биологии Ратгерского Университета, также принимавшая участие в исследованиях.
"Я думаю, что это было интересно, когда палеонтологические данные и молекулярный возраст совпадали или были очень близки в некоторых случаях. Это было удивительно, потому что вопрос о датировании насекомых по палеонтологическим данным ранее был дискуссионным", - сказала Вер корреспондентам издания Live Science.
Временная шкала, созданная исследователями, показывает что насекомые, вероятно, начали колонизировать планету примерно в то же время, что и растения, а в некоторых случаях даже и раньше. Летающие насекомые появились уже после того как на земле появились сложные эксистемы, примерно 406.000.000 лет назад, в раннем Девонском периоде, говорят учёные.
"Теперь исследователи знают точно, что насекомых нельзя исключать в дискуссиях об экосистемах, скажем, Юрского периода, около 150.000.000 лет назад", говорит Вер.
"Все ключевые игроки появились ещё до окончания Девонского периода. Когда мы представляем тираннозавра рекса, шагающего по Земле, мы можем сказать, вокруг него кружили стрекозы и, вероятно, и кузнечики, и сверчки, и бабочки", говорит Вер.
И насекомые, которые жужжали и прыгали рядом с динозаврами, не выглядели какими-то доисторическими и странными настолько, чтобы современные любители жуков не смогли бы их признать. Филогенетические данные позволяют предполагать, что те насекомые были на самом деле очень похожи на тех, что обитают на планете сейчас, заключает Кьер.
"Если взять машину времени и вернуться в Юрский период, то мы, энтомологи, признали бы всех тамошних насекомых и смогли бы их правильно классифицировать", говорит Кьер, "Многие из них будут выглядеть очень похоже на тех, что мы видим сегодня".
Действительно, тот факт, что насекомые жужжали среди динозавров также означает, что эти создания существовали на Земле задолго до Homo sapiens. Та муха, которую мы прихлопываете сегодня, не слишком отличалась (если отличалась вообще) от мухи, которую мог прихлопнуть пещерный человек 200.000 лет назад.
https://vk.com/feed?w=wall-38718467_8734
(http://i.livescience.com/images/i/000/071/832/original/insect-evolution-9.jpg)
очень хорошо. насекомые это не все эукариоты конечно, но очень значительная их часть по числу видов. транскриптом конечно упустит большую часть микросателлитов, по которым можно разрешить самые близкие виды (или свести их в один...) но тоже много чего даёт...
Цитата: Set O. Lopata от октября 29, 2014, 11:18:49Древо, конечно же, построено. Но вблизи корня оно плохо разрешено. Очевидное место, где на него можно полюбоваться, это Tree of Life Web Project
лИСТЬЯМИ этого древа являются
только современные виды (или иногда современные таксоны более высокого ранга)? Или вымершие тоже?
Как отличить на дереве вымерших от ныне живущих? По какой-то маркировке?
на Tree of Life Web Project вымершие виды отмечены крестом. однако их положение зачастую более чем условно... и всё же представленные там данные пока ещё очень не полны и даже до дерева семейств там довольно далеко...
Спасибо
А есть ли на Tree of Life Web Projectе, кроме крестов, ещё другие условные обозначения, помечающие какие-то другие особенности видов?
Цитата: Gilgamesh от ноября 10, 2014, 11:49:25Создание фамильного древа, которое охватывает более четырёхсот миллионов лет и описывает эволюцию множества разнообразных групп животных планеты, не так уж и просто, но одна амбициозная группа учёных всё же сделала это.
Первое обширное эволюционное древо насекомых было недавно создано группой исследователей со всего мира. Это филогенетическое древо, построенное по данным генетики и археологии, помогает раскрыть родственные связи между различными родами насекомых на протяжении миллионов лет эволюции https://vk.com/feed?w=wall-38718467_8734
Цитата: Set O. Lopata от октября 29, 2014, 11:18:49Древо, конечно же, построено - Tree of Life Web Project
А эти деревья (или даже какие-то другие деревья, охватывающие меньшее количество таксонов) можно скачать в виде
таблицы (очевидно в ней было бы достаточно двух (узел\его дочерние узлы) или трех (узел\какая-то пометка узла\его дочерние узлы) столбцов) или в виде
текстового файла?
Цитата: Alexy от ноября 12, 2014, 23:38:19
Спасибо
А есть ли на Tree of Life Web Projectе, кроме крестов, ещё другие условные обозначения, помечающие какие-то другие особенности видов?
какие именно? по отношению в их группам там иногда указано монофилетические ли они.
А разве сейчас не переделали классификацию по нормальному - так чтобы исключить полифилетичность (чтобы, например, птицы относились к рептилиям)?
птицы там вообще где-то глубоко запрятаны. да и рептилий как цельную группу там не отыскать - в общем как и должно быть. но такие группы как к примеру Ракообразные оставленны пока как есть - поскольку взаимоотношения у них внутри не очень-то ясны...
;D
хорошее деревце. но очень уж грубое - протостомии? деутеростомии скорее не их сестринская группа, а одна из ветвей. и всё это противопоставленно книдариям...
Цитата: Alexy от ноября 13, 2014, 00:55:50
А эти деревья (или даже какие-то другие деревья, охватывающие меньшее количество таксонов) можно скачать в виде таблицы (очевидно в ней было бы достаточно двух (узел\его дочерние узлы) или трех (узел\какая-то пометка узла\его дочерние узлы) столбцов) или в виде текстового файла?
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/taxonomy/
(http://media.eurekalert.org/multimedia_prod/pub/web/87524_web.jpg)
Подробней http://mbe.oxfordjournals.org/content/early/2015/02/20/molbev.msv037
Спасибо.
// Для тех, у кого трудности с поиском информации:
http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1412/1412.4312.pdf
Цитата: Set O. Lopata от октября 29, 2014, 11:18:49
Древо, конечно же, построено. Но вблизи корня оно плохо разрешено. Очевидное место, где на него можно полюбоваться, это Tree of Life Web Project.
Только вблизи корня? Хе-хе.
Macroscelidea (относятся к Afrotheria) помещены в Glires. Flying lemurs присединили к Chiroptera. Наверно потому что flying. )
http://tolweb.org/Eutheria/15997
Цитата: aevin от марта 15, 2015, 10:17:25
http://tolweb.org/Eutheria/15997
часто их смотрю, но они ветвят дерево очень осторожно как-то - политомий у них просто куча, а также их в чём-то противоположности, "лестничных" деревьев - вон тетраподы у них на что похожи:
http://tolweb.org/Terrestrial_Vertebrates/14952
но что делать - чем больше дистанция, тем хуже в целом, уверенность в узлах
Цитата: Limfil от марта 16, 2015, 03:31:05
Цитата: aevin от марта 15, 2015, 10:17:25
http://tolweb.org/Eutheria/15997
часто их смотрю, но они ветвят дерево очень осторожно как-то - политомий у них просто куча, а также их в чём-то противоположности, "лестничных" деревьев - вон тетраподы у них на что похожи:
http://tolweb.org/Terrestrial_Vertebrates/14952
но что делать - чем больше дистанция, тем хуже в целом, уверенность в узлах
Это конечно, особенно для ископаемых. Но в Eutheria они перепутали живых, у которых геномы посеквенированы.
Цитата: aevin от марта 17, 2015, 09:03:45Это конечно, особенно для ископаемых.
ну с ископаемыми у них вообще полный ахтунг... а некоторых просто нет - таких все "аномалокароподобные" и иже с ними, которые обсуждаются в соседней ветке...
Цитата: aevin от марта 17, 2015, 09:03:45Но в Eutheria они перепутали живых, у которых геномы посеквенированы.
так ведь... слоновые мыши у них отдельно от связки грызуны+зайцеобразные. а дермоптеры только сестринская группа летучих мышей. а как по геномным данным? (правда в конечном счёте это только увеличивает кол-во генов, которые можно использовать в дереве, ведь составлять дерево по целому геному...)
Цитата: Limfil от марта 17, 2015, 20:34:20
Цитата: aevin от марта 17, 2015, 09:03:45Но в Eutheria они перепутали живых, у которых геномы посеквенированы.
так ведь... слоновые мыши у них отдельно от связки грызуны+зайцеобразные. а дермоптеры только сестринская группа летучих мышей. а как по геномным данным? (правда в конечном счёте это только увеличивает кол-во генов, которые можно использовать в дереве, ведь составлять дерево по целому геному...)
Слоновые мыши относятся к слонам. ) Точнее, входят в группу Afrotheria вместе со слонами. Т.е. это очень далеко от Glires.
Дермоптеры входят в группу Euarchonta (вместе с приматами и Scandentia). А Euarchonta в свою очередь объединяются с Glires, образуя Euarchontoglires. Так что, летучие мыши там никаким боком.
Кстати, не слоновые мыши, а слоновые землеройки. Я машинально повторил неточность.
Цитата: aevin от марта 18, 2015, 10:43:15Так что, летучие мыши там никаким боком.
вы хотите сказать, что летучие мыши к нам не имеют отношения? (ну кроме того, что плацентарные) это довольно странно?
Цитата: aevin от марта 18, 2015, 10:43:15Слоновые мыши относятся к слонам. ) Точнее, входят в группу Afrotheria вместе со слонами. Т.е. это очень далеко от Glires.
то есть близки к даманам наверное. вы серьёзно?
а вообще да... посмотрел немного. по митохондриальным данным и другим генам всё так и есть... а я искренне полагал, что летучие мыши близёхонько к нам...
хотя данные в самом деле расходятся и положение летучих мышей не чётко... по другим таки близки к нам, а грызуны от нас далеко (как и думал)
Цитата: Limfil от марта 18, 2015, 20:04:40
Цитата: aevin от марта 18, 2015, 10:43:15Так что, летучие мыши там никаким боком.
вы хотите сказать, что летучие мыши к нам не имеют отношения? (ну кроме того, что плацентарные) это довольно странно?
Цитата: aevin от марта 18, 2015, 10:43:15Слоновые мыши относятся к слонам. ) Точнее, входят в группу Afrotheria вместе со слонами. Т.е. это очень далеко от Glires.
то есть близки к даманам наверное. вы серьёзно?
Для этого достаточно посмотреть Википедию. Там все уже современно.
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9F%D0%BB%D0%B0%D1%86%D0%B5%D0%BD%D1%82%D0%B0%D1%80%D0%BD%D1%8B%D0%B5
Цитата: Limfil от марта 18, 2015, 20:26:14
а вообще да... посмотрел немного. по митохондриальным данным и другим генам всё так и есть... а я искренне полагал, что летучие мыши близёхонько к нам...
хотя данные в самом деле расходятся и положение летучих мышей не чётко... по другим таки близки к нам, а грызуны от нас далеко (как и думал)
Ну это вряд ли. Грызуны к нам близко, а летучие мыши далеко - это современный консенсус. Например:
Asher RJ, Bennett N, Lehmann T. The new framework for understanding placental mammal evolution. Bioessays. 2009, 31(8 ): 853-64.
Song S, Liu L, Edwards SV, Wu S. Resolving conflict in eutherian mammal
phylogeny using phylogenomics and the multispecies coalescent model. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012, 109(37):14942-7.
Meredith RW, Janečka JE, Gatesy J, Ryder OA, Fisher CA, Teeling EC, Goodbla A, Eizirik E, Simão TL, Stadler T, Rabosky DL, Honeycutt RL, Flynn JJ, Ingram CM, Steiner C, Williams TL, Robinson TJ, Burk-Herrick A, Westerman M, Ayoub NA, Springer MS, Murphy WJ. Impacts of the Cretaceous Terrestrial Revolution and KPg extinction on mammal diversification. Science. 2011, 334(6055):521-4.
Цитата: aevin от марта 19, 2015, 09:15:46
Грызуны к нам близко, а летучие мыши далеко - это современный консенсус.
Ближе-дальше. Равнозначно ли это раньше-позже? Ведь тут еще пресловутая "скорость" видоизменчивости. Допустим, если ниша летучих млеков обновляется часто, то вполне может стать, что "мы" параллельны грызунам с еще тех времен, а вот летучесть "наших" параллельных грызунов образуется-обновляется постоянно.
Цитата: василий андреевич от марта 21, 2015, 18:34:15
Цитата: aevin от марта 19, 2015, 09:15:46
Грызуны к нам близко, а летучие мыши далеко - это современный консенсус.
Ближе-дальше. Равнозначно ли это раньше-позже? Ведь тут еще пресловутая "скорость" видоизменчивости. Допустим, если ниша летучих млеков обновляется часто, то вполне может стать, что "мы" параллельны грызунам с еще тех времен, а вот летучесть "наших" параллельных грызунов образуется-обновляется постоянно.
Именно так. Только наоборот. )
Ближе - более позднее расхождение эволюционных ветвей.
Вдогонку.
Может Вас заинтересует тот факт, что корова ближе к киту и дельфину, чем к свинье. )
Спасибо, Аевин, я просто торчу, иной раз, как мы легко определяем родство...
Вот в углегеологии есть мацералы, выявляемые вроде однозначно под микроскопом. Вначале, на стадии бурых углей выделяется витринит. Потом, уже в каменных углях, семивитринит, затем инертинит, а то и семиинертинит. Вот, что, это будет означать, что один мацерал (микрокомпонент) произошел из другого?
Или мы просто не умеем на ранних стадиях различать уже заложенные в "программе" различия, те различия, которые будут четкими на поздних стадиях эволюции?
Цитата: василий андреевич от марта 21, 2015, 20:41:06
Спасибо, Аевин, я просто торчу, иной раз, как мы легко определяем родство...
Это что, типа недоверие? Так говорите прямо.
Это было нелегко и не быстро. Сначала считали, что корова и свинья - это особ статья, а китообразные - это особ статья. Собственно, так оно и есть, ) но в данной ветке речь идет о филогенетическом дереве.
А когда-то вообще считали, что кит и дельфин - это рыбы. И в этом тоже что-то есть, учитывая образ жизни. Но сейчас опять-таки речь о филогенетическом дереве.
Цитата: василий андреевич от марта 21, 2015, 20:41:06
Или мы просто не умеем на ранних стадиях различать уже заложенные в "программе" различия, те различия, которые будут четкими на поздних стадиях эволюции?
Законогенезом не владею. Виноват-с.
ЦитироватьСпасибо, Аевин, я просто торчу, иной раз
Вы там поаккуратней Василий Андреевич, уж лучше по водочке (не увлекаясь). :D
А если серьёзно, то конечно это было не легко и не быстро. Согласен с aevin.