Неожиданно обнаружил на полях интеренета пару публикаций, сочетающиеся с моей крамольной точкой зрения:
http://www.davidmoore.org.uk/Assets/Roots-4-WEBSITE_manuscript.pdf
http://www.science.smith.edu/departments/Biology/lkatz/documents/Katz_euk_root_2012.pdf
http://www.youtube.com/watch?v=wmEFusVe29g
А почему жгутик сперматозоида идентичен жгутику мастигофор?
Цитата: Дж. Тайсаев от июля 02, 2014, 11:22:16
http://www.youtube.com/watch?v=wmEFusVe29g
А почему жгутик сперматозоида идентичен жгутику мастигофор?
Да, спасибо, что напомнили про эту искромётную передачу. Ещё раз убедился, насколько деградировало современное ТВ с тех времён.
По поводу идентичности жгутиков - так вроде бы предками животных были жгутиконосцы? По основной версии от них произошли и грибы, но так как корни дерева эукариот пока висит в воздухе, всё может быть и ровно наоборот (от грибов ответвились жгутиконосцы, давшие впоследствии начало и линии животных).
Опять неверная постановка вопроса и путаница жизненных форм с систематическими группами.
Если же говорить о родстве грибов и животных в рамках мегасистематической группы Opisthokonta, то оно сейчас уже практически не подвергается сомнению.
Цитата: Set O. Lopata от июля 02, 2014, 13:50:24
Опять неверная постановка вопроса и путаница жизненных форм с систематическими группами.
Я по своей основной профессии очень далёк как от биологии, так и от палеонтологии, так что извиняюсь, если какие-то термины мною употреблены неперавильно.
Цитата: Set O. Lopata от июля 02, 2014, 13:50:24
Если же говорить о родстве грибов и животных в рамках мегасистематической группы Opisthokonta, то оно сейчас уже практически не подвергается сомнению.
Это да, но насколько рано данная группа отделилась от основного ствола эукариот, вопрос окрытый. Так же лично мне было бы очень интересно мнение общественности относительно возможной связи между аскомицетами и актиномицетами.
Совершенно неважно, насколько рано в абсолютном смысле какая-либо группа отделилась от "основного ствола". Вряд ли последовательность событий, происходивших 2 млрд лет назад, когда-либо будет достоверно реконструирована. Вполне вероятно, что аналог сценария "кембрийского взрыва", когда почти одновременно возникает целый пучок форм с разными планами строения,привел и к разнообразию форм эукариотов. Но уже не на уровне типов, а на уровне царств.
Впрочем, в любом случае, среди современных эукариот есть два "основных ствола", известных ещё Аристотелю.
Что касается мифических родственных связей между актинобактериями и грибами, то тут комментарии излишни уже лет сто.
Цитата: Set O. Lopata от июля 02, 2014, 18:02:33
Совершенно неважно, насколько рано в абсолютном смысле какая-либо группа отделилась от "основного ствола".
Странно, разве восстановление хронологии последовательности эволюционных событий это не один из основных вопросов, которым занимается палеонтология?
Цитата: Set O. Lopata от июля 02, 2014, 18:02:33
Вряд ли последовательность событий, происходивших 2 млрд лет назад, когда-либо будет достоверно реконструирована.
Они могли происходить и более 3 млрд. лет назад, но, в любом случае, есть хорошая поговорка "никогда не говори никогда". Вспомните знаментитую историю с заявлением Конта о том, что мы никогда не узнаем химический состав звёзд, сделанным им всего за несколько лет до изобретения спектрального анализа.
Цитата: Set O. Lopata от июля 02, 2014, 18:02:33
Что касается мифических родственных связей между актинобактериями и грибами, то тут комментарии излишни уже лет сто.
Вы имеете в виду принадлежность их к разным надцарствам? Но если грибы действительно были одним из первых таксонов среди эукариот, то что мешает их происхождению в результате акта симбиоза, одним из действующих лиц которого были актиномицеты, тем более, что эту гипотезу поддерживают и некоторые молекулярные данные?
1. Последовательность эволюционных событий сама по себе не отражается в палеонтологической летописи. Однако, разумеется, палеонтологические находки могут дать дополнительную информацию для эволюционных реконструкций. Впрочем их значение для филогенетики не стоит преувеличивать.
2. Здесь же речь совершенно не о том. Вопросы мегасистематики практически никогда не решаются с использованием палеонтологического материала. И можно сколько угодно пинать Конта, но в данном случае поможет только машина времени.
3. Относить возникновение эукариотической клетки существенно далее, чем на 2 млрд лет назад , никто с уверенностью не решается.
4. Какие именно молекулярные данные говорят о сближении ядерно-цитоплазматического компонента эукариотической клетки с актинобактериями, мне не известно. Зато известна масса публикаций, в которых показана близость с археями.
Мегасистематика это больше вопрос формально-бюрократический, меня же интересуют именно ключевые события эволюции.
Если говорить прямо, время появления эукариот это до сих пор тёмный лес. Например, есть публикации (уровня Nature) об обнаружении их биомаркеров в слоях архея, примерно к этому же времени относятся и самые ранние находки акритархов.
С археями эукариот, в основном, роднят лишь информационные гены, отвечающие за рибосомный синтез протеинов и репликацию ДНК. А вот, например, их мембрана гораздо ближе к бактериальной. Археи и эукариоты могут быть просто сестринскими группами, произошедшими от организма, потерявшего в результате большой хромосомной делеции существенную часть генов, отвечающих за информационные функции. Это может объяснить некоторые странные факты, например, гомологию ряда вспомогательных белков, отвечающих за репликаци ДНК.
Что касается молекулярных данных, то если говорить конкретно о сравнении актиномицетов и грибов, можно отметить как минимум:
- наличие у тех и других уникального комплекса синтеза жирных кислот, отсутствующего у других таксонов;
- высокий уровень гомологии генов, отвечающих за функции нерибосомного синтеза протеинов.
Если же говорить более широко, о сравнении геномов актинобактерий и эукариот вообще, то список можно существенно расширить:
- наличие протеасомы;
- подобно эукариотам актиномицеты используют биквитин для маркировки подлежащих разборке на аминокислоты протеинов;
- у актиномицетов присутствуют сразу несколько ключевых генов, необходимых для синтеза стерола, являющегося своеобразной визитной карточкой эукариот;
- у многих актиномицетов хромосомы не замкнуты в кольцо, а имеют характерную для эукариот линейную форму.
- актиномиценты обладают одними из самых больших геномов среди бактерий, часто содержащих более 7 тыс. генов.
Все эти "сходства" кажутся мне надуманными или приобретенными путем горизонтального переноса. Впрочем, я не специалист совсем, спорить не буду.
Концепция, в соответствии с которой многоклеточные грибы произошли от одноклеточных форм, объединяемых с ними по молекулярно-филогенетическим реконструкциям (вроде нуклеариевых амёб), кажется сушественно более обоснованной.
Цитата: Set O. Lopata от июля 03, 2014, 11:34:22
Все эти "сходства" кажутся мне надуманными или приобретенными путем горизонтального переноса. Впрочем, я не специалист совсем, спорить не буду.
Концепция, в соответствии с которой многоклеточные грибы произошли от одноклеточных форм, объединяемых с ними по молекулярно-филогенетическим реконструкциям (вроде нуклеариевых амёб), кажется сушественно более обоснованной.
Конечно, хотелось бы выслушать в первую очередь мнение специалистов. А где можно почитать про концепцию происхождения грибов от амёб?
Цитата: Комбинатор от июля 03, 2014, 12:50:57
А где можно почитать про концепцию происхождения грибов от амёб?
Да на любом заборе :) Это чтобы найти про актинобактерий как возможных предков эукариот, надо сильно постараться.
Вот, к примеру, первая попавшаяся в Википедии статья http://mbe.oxfordjournals.org/content/23/1/93.full.pdf+html Steenkamp ET, Wright J, Baldauf SL (January 2006). «The protistan origins of animals and fungi»
Нужно заметить, что они происходят не просто от "амёб". Амёбы - это тоже не систематическая группа, а жизненная форма.
Конкретно можно сказать, что среди протист есть формы определенно близкие грибам, это в первую очередь нуклеариевые амебы.
Кроме
Nuclearia, стоит сказать о таких "слизевиках", как
Rozella и
Fonticula, вместе с грибами образующих группу Holomycota или Nucletmycea.
Цитата: Set O. Lopata от июля 03, 2014, 17:18:29
Да на любом заборе :) Это чтобы найти про актинобактерий как возможных предков эукариот, надо сильно постараться.
Вот, к примеру, первая попавшаяся в Википедии статья http://mbe.oxfordjournals.org/content/23/1/93.full.pdf+html Steenkamp ET, Wright J, Baldauf SL (January 2006). «The protistan origins of animals and fungi»
Нужно заметить, что они происходят не просто от "амёб". Амёбы - это тоже не систематическая группа, а жизненная форма.
Конкретно можно сказать, что среди протист есть формы определенно близкие грибам, это в первую очередь нуклеариевые амебы.
Кроме Nuclearia, стоит сказать о таких "слизевиках", как Rozella и Fonticula, вместе с грибами образующих группу Holomycota или Nucletmycea.
Спасибо. Но статья написана минимум 9 лет назад (принята к публикации в августе 2005-го), при нынешних темпах увеличения объёма данных по секвенированным геномам это почти вечность. :)
Более свежие данные, вроде, указывают скорее на сестринский характер отношений указанных групп организмов к грибам, чем на отношения типа "дочки-матери", см., например http://www.biomedcentral.com/1471-2148/9/272
По поводу акитнобактерий как общего предка всех эукариот см.: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2837639/
Цитата: Комбинатор от июля 03, 2014, 19:52:59
Более свежие данные, вроде, указывают скорее на сестринский характер отношений указанных групп организмов к грибам, чем на отношения типа "дочки-матери", см., например http://www.biomedcentral.com/1471-2148/9/272
Доминирующий на данном этапе кладистический подход вообще не оперирует в своих схемах отношениями "предок-потомок". Не думаю, что есть смысл пытаться одновременно рассуждать о "хронологии последовательности эволюционных событий" и структуре системы современного биооразнообразия, не проводя границы межды этими двумя подходами.
Цитата: Set O. Lopata от июля 03, 2014, 20:58:50
Доминирующий на данном этапе кладистический подход вообще не оперирует в своих схемах отношениями "предок-потомок". Не думаю, что есть смысл пытаться одновременно рассуждать о "хронологии последовательности эволюционных событий" и структуре системы современного биооразнообразия, не проводя границы межды этими двумя подходами.
Понятно, что это не одно и то же, но, с другой стороны, достаточно сильная связь, несомненно, есть. Именно благодаря ей, в том числе, мы можем быть уверны что, например, в Архее не было динозавров а, в Кембрии, положим, млекопитающих. Новые таксоны могут появляться только на базе эволюции уже существующих (причём, часто в почти неизменном виде сотни миллионов, а то и миллиарды лет). Некоторые палеонтологи достаточно уверенно классифицируют те же цианобактерии, как родственные тем или иным современным таксонам, даже в архейных породах!. Аналогично, и сочетание структурных и молекулярных признаков таксона типа способности синтезировать стерол, целлюлозу и хитин, или, скажем, факт наличия жгутиков, их тип и место расположения, совместно с постоянно обновляющейся филогнетической информацией могут существенным образом помочь прояснить не только формально-кладистические, но и родственно-эволюционные взаимоотношения таксонов.
При всем уважению к весьма плодовитому автору Кавалье-Смиту, его концепция, во-первых, весьма изменчива, во-вторых, отнюдь не общепринята.
Даже если LUCA действительно имел эубактериальную природу и был чем-то похож на актинобактерий, чертовски мало резона пытаться его представить грибообразным организмом. То есть концепция, изложенная в статье, с которой началась эта тема, ещё более экстравагантна, чем построения Кавалье-Смита. Считать всех одноклеточных протист дегенерировавшими гифообразователями меня, пожалуй, никто не заставит.
А в вопросах ранних этапов эволюции вообще мало что сейчас общепринято. :)
Я не фанат Кавльер-Смита, но по крайней мере некоторые из его идей, выдвинутых ещё 10-15 лет назад, сейчас уже отнюдь не считаются такими уж крамольными, взять хотя бы предложенное им деление эукариот на Unikonta и Biconta. Кстати, Кавальер-Смит отнюдь не считает, что LUCA был похож на актинобактерию, он числит наиболее близкими к нему из современных таксонов Chloroflexy (с чем я, кстати, не согласен).
По поводу вывода, что протисты, это дегенерировшие мицельные грибы, так а что Вас, собственно, так раздражает? :) Вон Кунин в своей последней книге "Логика случая" показывает, что по чисто статистическм причинам упрощение (деградация) это всегда гораздо более вероятное направление эволюции, чем усложнение. То, что общий предок всех архей имел геном в несколько раз большего размера, чем типичный размер генома современной археи, можно сказать, уже доказанный факт.
К слову, Эйнштейна так никто и не заставил поверить в интерпретацию квантовой механики, которой придерживалась копенгагеновская школа, от так до конца жизни и верил в наличие неких скрытых параметров.
Кстати, интересная в плане обсуждаемой темы статья: http://elementy.ru/news/432022
К многоклеточности без предварительной преадаптации в виде долгого предыдущего обучения множества хромосомных наборов жить и работать вместе (как, например, у мицельных организмов), не так то просто подобраться...
ЗЫ
Ну и что бы два раза не вставать: http://elementy.ru/news/432120
Решил проверить это гипотезу молекулярными методами. У эукариот есть три разных ДНК-полимеразы, которые произошли в результате дубликации гена архейной полимеразы семейства В. Я построил дерево этих полимераз, и оно чётко распадается на три поддерева, у каждого из которых "вершки" соответсвуют относительно недавно появивишимся таксонам (млеки, высшие растения, и т.д.), а "корешки" сходятся в одной точке, в которой находятся микроспоридии. По моему, эти данные трудно интерпретировать иначе, как близость микроспоридий к LECA. Какие будут мнения, насколько абсурдна данная возможность?
А нельзя проверить данную гипотезу на моделировании эвол. молекул. дерева еще какого-нибудь фермента?
Если на двух независимых ферментах обнаружится похожая картина, то предсказанная возможность есть.)
А вообще было бы здорово почитать более подробно про методику. В принципе, я тоже работаю с blast, но темы моей работы отличны от этой. Хотелось бы расширить свои знания.)
Если по методике есть какие-то конкретные вопросы, готов ответить. Но, в принципе, я её уже практически изложил выше. Ищем фермент, которые присутствует у прокариот, причём у эукариот есть хотя бы два его паралога, выбираем организм, который предположительно находится вблизи развилки прокариот и эукариот (в данном случае, была выбрана таум-археота), и вперёд! Строим дерево, содержащее поддеревья, соответствующие паралогам, и смотрим, где их линии пересекаются. Основная трудность, найти такие паралоги. Можно, конечно, использовать и просто ферменты, которые есть во всех трёх надцарствах, но там результаты получаются менее надёжные. Например, если взять phosphatidate cytidylyltransferase, то вблизи точки пересечения линий, соответсвующих надцарствам, со стороны эукариот тоже находим микроспоридии (со стороны бактерий, в основном, фирмикуты и близкие к ним, а со стороны архей - метаногены и, несколько дальше, таум-археоты). В принципе, микроспоридии в различных исследованиях обнаруживались вблизи корня уже неоднакратно, но обычно это пытались объяснить эффектом притяжения длинных цепочек или просто "глюком" метода.
ЗЫ
Построил ещё для интереса дерево для большой единицы RNA polymerase II. Картина примерно та же, грубо говоря, ветки первичноротых, вторичноротых, грибов и растений и архей сходятся в одной точке, ближе всего к которой находятся микроспоридии.
А мне убогой кажется, что они все равно должны были бы в одной точке сойтись, не зависимо от грибов мы или нет. Это просто говорит об общем родстве. А как выглядел наш общий предок, учитывая горизантальный перенос генов и быструю эволюцию микроорганизмов, боюсь это так и останется тайной...
Если не права просветите. ::)
Цитата: catty от августа 22, 2014, 19:42:44
А мне убогой кажется, что они все равно должны были бы в одной точке сойтись, не зависимо от грибов мы или нет. Это просто говорит об общем родстве. А как выглядел наш общий предок, учитывая горизантальный перенос генов и быструю эволюцию микроорганизмов, боюсь это так и останется тайной...
Если не права просветите. ::)
Где-то они, конечно, должны пересечься. Фишка не в том, что они пересекаются, а в том, что, во-первых, все три пересекаются в одной точке, а во вторых, какую конкретно группу организмов мы в ней наблюдаем (грубо говоря, от кого пошло родство).
Горизонтальный перенос гораздо больше характерен для прокариот. У эукариот он, конечно, тоже изредка встречается, но, скорее, как исключение. При этом, большинство генов при ГПГ переносится вирусами, а у экариот, насколько мне известно, ДНК вирусов нет, а РНК вирусам ДНК-зависимая ДНК полимераза не нужна. Да и видны на деревьях ветки ГПГ, оснбенно, если это, как у эукароит, редкое явление.
Комбинатор, спасибо большое за ответ!
Цитата: Комбинатор от июля 03, 2014, 23:10:59
Вон Кунин в своей последней книге "Логика случая" показывает, что по чисто статистическм причинам упрощение (деградация) это всегда гораздо более вероятное направление эволюции, чем усложнение.
это понятно. разрушать всегда проще - ген к примеру сам по себе не появится, а вот пропасть не нужный - вполне.однако отсюда не следует что:
Цитата: Комбинатор от июля 03, 2014, 23:10:59То, что общий предок всех архей имел геном в несколько раз большего размера, чем типичный размер генома современной археи, можно сказать, уже доказанный факт.
большой геном - совсем не значит - более сложный. в какой-то мере - наоборот - для мелкого генома надо как-то всунуть все необходимые элементы в узкое место, то есть иногда наложить их друг на друга, тогда как в крупном - то есть где проблемы размера нет, этого не требуется.
Цитата: Комбинатор от августа 22, 2014, 20:01:53
Горизонтальный перенос гораздо больше характерен для прокариот. У эукариот он, конечно, тоже изредка встречается, но, скорее, как исключение. При этом, большинство генов при ГПГ переносится вирусами, а у экариот, насколько мне известно, ДНК вирусов нет, а РНК вирусам ДНК-зависимая ДНК полимераза не нужна. Да и видны на деревьях ветки ГПГ, оснбенно, если это, как у эукароит, редкое явление.
по вирусам надо смотреть что там есть у Эукариот. к тому же - это сейчас, а миллиард лет назад могло быть и иначе. и потом - нужно/не нужно, тут не важно - вирусы переносят гены не те, которые им нужны, а те, которые рядом с их место встраивания оказались. а это может быть что угодно.
Цитата: Limfil от августа 23, 2014, 22:30:21
большой геном - совсем не значит - более сложный. в какой-то мере - наоборот - для мелкого генома надо как-то всунуть все необходимые элементы в узкое место, то есть иногда наложить их друг на друга, тогда как в крупном - то есть где проблемы размера нет, этого не требуется.
Несомненно, один размер ещё ничего не доказывает. Но речь (в книге Кунина и разных статьях) идёт о том, что общий геном последнего предка всех архей был не только больше по размеру, но и более сложным (поддерживал большее число метаболических цепочек).
Цитата: Limfil от августа 23, 2014, 22:30:21
по вирусам надо смотреть что там есть у Эукариот. к тому же - это сейчас, а миллиард лет назад могло быть и иначе. и потом - нужно/не нужно, тут не важно - вирусы переносят гены не те, которые им нужны, а те, которые рядом с их место встраивания оказались. а это может быть что угодно.
Вирусы, конечно, захватывают, что "попадётся под руку", но то, что реально не способствует улучшению размножения выирусов очень быстро вычищается отбором, при таких размерах геномов, которые характерны для большинства вирусов, он идёт очень жёстко и эффективно. Сам факт наличия эукариотного гена в геноме вируса ещё не доказывает ГПГ. Относительная редкость актов ГПГ среди эукариот хорошо видна на филогенетических деревьях. Если, положим, некий вирус несёт некий ген, но на дереве фактов перноса данного гена не видно, то, очевидно, дело обошлось лишь захватом гена, и этим ограничилось.
Цитата: Комбинатор от августа 24, 2014, 20:12:52
Несомненно, один размер ещё ничего не доказывает. Но речь (в книге Кунина и разных статьях) идёт о том, что общий геном последнего предка всех архей был не только больше по размеру, но и более сложным (поддерживал большее число метаболических цепочек).
то есть имел много генов. ну что же, это другое дело.
Цитата: Комбинатор от августа 24, 2014, 20:12:52
Вирусы, конечно, захватывают, что "попадётся под руку", но то, что реально не способствует улучшению размножения выирусов очень быстро вычищается отбором, при таких размерах геномов, которые характерны для большинства вирусов, он идёт очень жёстко и эффективно.
полностью согласен насчё вычещения - у них вообще ничего не будет болтаться просто так. но для переноса достаточно одного акта, с одним поколением вирусов.
Цитата: Комбинатор от августа 24, 2014, 20:12:52Относительная редкость актов ГПГ среди эукариот хорошо видна на филогенетических деревьях.
в том-то и дело, что хорошо не видно - данных мало. да, по анализированным генам в самом деле не густо, но геномных деревьев эукариот насколько я знаю пока не составлял, а это - или как минимум серия из многих генов для многих видов, необходима чтобы установить был или не был ГГП. кроме того, есть и другой аспект, часто умалчиваемый - если мы говорим о том, что мутации, на которые мы полагаемся - нейтральные (а без этого дерево пойдёт вкривь и вкось), то увести назад это дерево нас может лишь примерно на сто млн поколений (сколько там лет в каждом поколении тоже вопрос отдельный) - исходя их известной частоты мутаций, дальше просто произойдёт все мутации, которые могли и на это всё кончится. однако деревья заходят вглубь и дальше - может быть это по двум причинам - либо у нас анализируемый ген как-то уж очень хорошо защищён от случайных мутаций - такие данные есть - когда говорят, что в 28s мутации куда более редки чем в других генах и нейтральность можно оценить, но только сопоставляя с другими генами. в общем дело это пока тёмное, но что-то "терзают меня смутные сомнения" (самом приходилось делать деревья, правда не такой "глубины"), что оперируем мы зачастую не нейтральными мутации. понятно, что просто всеми которые там есть - по факту, и какие из них нейтральные, а какие нет... думается, что когда речь идёт о таких больших сроках как расхождение основных ветвей Эукариот, то нейтральные мутации тут уже может только рядом лежат, а все оценки идут на мутациях закрепивших в силу тех или иных приин. а это значит, что в предках там может быть кто и что угодно, и ГГП мы вообще детектировать не сможем - слишком мало сходство...
Цитата: Limfil от августа 24, 2014, 21:34:44
полностью согласен насчё вычещения - у них вообще ничего не будет болтаться просто так. но для переноса достаточно одного акта, с одним поколением вирусов.
Да, но вероятность такого события (что бы сразу, практически "в один проход" и ген захватить, и тут же его удачно встроить в геном другого вида) весьма и весьма мала.
В настоящее время полностью секвенированы уже более сотни геномов эукариот, так что, я бы не сказал, что данных так уж мало катастрофически мало. Так что, пока оперируем теми данными, которые есть. Появятся новые, будем их учитывать.
То, что эволюция эукариот практически никогда не возвращается назад, к уже пройденным точкам, хорошо видно по палеонтологической летописи, особенно, начиная с Кембрия. Да, возможно деградация, но не разворот на 180 градусов уже пройденной траектории.
Цитата: Комбинатор от августа 25, 2014, 13:30:54
Да, но вероятность такого события (что бы сразу, практически "в один проход" и ген захватить, и тут же его удачно встроить в геном другого вида) весьма и весьма мала.
а зачем много? если бы было много мы бы детектировали этот самый ГГП на каждом шагу. у нас тут чёрти сколько вирусов и сотни миллионов лет в запасе.
Цитата: Комбинатор от августа 25, 2014, 13:30:54В настоящее время полностью секвенированы уже более сотни геномов эукариот, так что, я бы не сказал, что данных так уж мало катастрофически мало.
так это совсем мало - у нас одних только ветвей Эукариот типа "растений" и "животных" порядка сотни. и эта сотня находится почти исключитльно в этих двух. к тому же образуя "кластеры" вокруг хорошо изученных групп - таких как мы или Дрозофилы. вот был бы геном если не с каждой то хоть через одну линии, и внутри таких разветвлённых групп как Метазоа - хотя бы на каждый тип - тогда можно было бы сопоставить и решить...
Цитата: Комбинатор от августа 25, 2014, 13:30:54То, что эволюция эукариот практически никогда не возвращается назад, к уже пройденным точкам,
эволюцию не практически и не только Эукариот, но назад не возвращается
Цитата: Limfil от августа 25, 2014, 15:16:42
а зачем много? если бы было много мы бы детектировали этот самый ГГП на каждом шагу. у нас тут чёрти сколько вирусов и сотни миллионов лет в запасе.
Ну если вероятность заражения, положим, один на тысячу, значит, на один перенесённый бесполезный для вируса ген приходится тысяча перенесённых полезных. Что в общей статистике принципально меняют эти весьма редкие случаи?
Цитата: Limfil от августа 25, 2014, 15:16:42
так это совсем мало - у нас одних только ветвей Эукариот типа "растений" и "животных" порядка сотни. и эта сотня находится почти исключитльно в этих двух. к тому же образуя "кластеры" вокруг хорошо изученных групп - таких как мы или Дрозофилы. вот был бы геном если не с каждой то хоть через одну линии, и внутри таких разветвлённых групп как Метазоа - хотя бы на каждый тип - тогда можно было бы сопоставить и решить...
Ну это я назвал цифру полностью секвенированных. А частично секвенировано (и этими данными тоже можно пользоваться прямо сейчас) уже более тысячи. Конечно, все перечисленные Вами проблемы имеют место, но это не повод вообще отказываться от каких-либо исследований до тех пор пока мы не будем иметь, положим миллион полностью секвенированных геномов.
Цитата: Комбинатор от августа 25, 2014, 17:15:08
Что в общей статистике принципально меняют эти весьма редкие случаи?
то, что если этот ген закрепится, то его-то мы через сотни миллионов лет и увидим. и мало ли почему именно он - он давал некое приимущество, а масса других - нет, потому и растерялись.
Цитата: Комбинатор от августа 25, 2014, 17:15:08А частично секвенировано (и этими данными тоже можно пользоваться прямо сейчас) уже более тысячи.
ну да, в конце концов важен не геном как таковой - собранный до конца, а большое количество и разной степени консервативных генов. это конечно есть для многих, но всё-таки результат может и измниться (т. е. выводы тут могут быть только предварительными) - пока что по охвату подобными данными Прокариоты сильно впереди Эу-...
Цитата: Limfil от августа 25, 2014, 19:00:37
то, что если этот ген закрепится, то его-то мы через сотни миллионов лет и увидим. и мало ли почему именно он - он давал некое приимущество, а масса других - нет, потому и растерялись.
Ну положим, для одного организма он случайно закрепится, но в анализе то участвуют сотни организмов! Например, тех же микроспоридий Тут важна именно статистика, отдельные представители выборки погоды не делают.
Цитата: Limfil от августа 25, 2014, 19:00:37
ну да, в конце концов важен не геном как таковой - собранный до конца, а большое количество и разной степени консервативных генов. это конечно есть для многих, но всё-таки результат может и измниться (т. е. выводы тут могут быть только предварительными) - пока что по охвату подобными данными Прокариоты сильно впереди Эу-...
На более, чем предварительные выводы, я и не претендую. :)
Цитата: Комбинатор от августа 25, 2014, 21:53:44
Ну положим, для одного организма он случайно закрепится, но в анализе то участвуют сотни организмов!
если он закрепился, то по определению - он есть у всех в популяции. не может быть чтобы у кого-то одного вот ген такой как у гриба, а у другого из того же вида - как у "животного" - такое разнообразие утратится гораздо быстрее, чем успеют разойтись ветви о которых тут речь.
Цитата: Limfil от августа 27, 2014, 04:08:57
если он закрепился, то по определению - он есть у всех в популяции. не может быть чтобы у кого-то одного вот ген такой как у гриба, а у другого из того же вида - как у "животного" - такое разнообразие утратится гораздо быстрее, чем успеют разойтись ветви о которых тут речь.
По этой логике, если он есть у всей популяции, то он уже был у её общего предка, а значит, анализ дерева полностью корректен. Кроме того, микроспоридии локализуются в районе корня отнюдь не по одному единственному гену.
Цитата: Комбинатор от августа 27, 2014, 11:57:20
По этой логике, если он есть у всей популяции, то он уже был у её общего предка, а значит, анализ дерева полностью корректен.
с чего бы это? он мог попасть в эту популяцию в общем-то произвольный момент времени и закрепится. и закрепится. или не закрепится - как повезёт.но не то что одна половина популяции будет с одним вариантов, а другая - совсем с другим. такого быть не может просто потому что это популяция, то есть особи сркещиваются. а в редких случаях даже митохондрии могут обмениваться генами.
Цитата: Комбинатор от августа 27, 2014, 11:57:20Кроме того, микроспоридии локализуются в районе корня отнюдь не по одному единственному гену.
ну это уже другое дело. но тут есть проблема нейтральности уже...
Цитата: Limfil от августа 28, 2014, 20:34:44
с чего бы это? он мог попасть в эту популяцию в общем-то произвольный момент времени и закрепится. и закрепится. или не закрепится - как повезёт.но не то что одна половина популяции будет с одним вариантов, а другая - совсем с другим. такого быть не может просто потому что это популяция, то есть особи сркещиваются. а в редких случаях даже митохондрии могут обмениваться генами.
Если под популяцией имеется в виду вид, то кроме ХомоСапиенс, насколько я знаю, вообще нет видов, у которых геном секвенирован более, чем у одной особи.
Цитата: Комбинатор от августа 29, 2014, 12:13:52Если под популяцией имеется в виду вид, то кроме ХомоСапиенс, насколько я знаю, вообще нет видов, у которых геном секвенирован более, чем у одной особи.
под популяцией имелась в виду популяция и ничего больше - общность свободно скрещивающихся организмов одного вида. так же прочесть геном у одного экземпляра одноклеточного возможным не представляется - это всегда будет усреднение довольно большой их группы. (вообще как-то анализируют отдельные гены одной единственной клетки, но что там за методики я не знаю - для ПЦР надо в общем-то только один кусок ДНК, а у таких организмов как мы там их два, но это в теории, однако с геномом не пройдёт наверняка и это) я вообще не понимаю, при чём тут они, если мы говорим о временах порядка чуть ли не миллиарда лет. но вот же ваши цитаты:
Цитата: Комбинатор от августа 25, 2014, 21:53:44
в анализе то участвуют сотни организмов! Тут важна именно статистика, отдельные представители выборки погоды не делают.
Цитата: Комбинатор от августа 27, 2014, 11:57:20По этой логике, если он есть у всей популяции, то он уже был у её общего предка, а значит, анализ дерева полностью корректен.
какая связь между "популяцией" и деревом на такой шкале?..
Мой посыл заключается в том, что если мы анализируем какой-то таксон (например, эукариот), и некий ген есть практически у всех его представителей, то не важно, получен ли он исходно в результате ГПГ, или вертикально, на результаты анализа это не влияет, так как данный ген, очевидно, уже был у общего предка всех представителей рассматриваемого таксона. В чём Ваше возражение против данного тезиса я, честно говоря, что-то не могу уловить.
Цитата: Комбинатор от августа 30, 2014, 20:28:08
так как данный ген, очевидно, уже был у общего предка всех представителей рассматриваемого таксона.
это очевидно - что если мы строим дерево по некому гену и реконструируем его предковые формы, то ген должен быть у всех. однако из этого не следует, что:
Цитата: Комбинатор от августа 30, 2014, 20:28:08
то не важно, получен ли он исходно в результате ГПГ, или вертикально, на результаты анализа это не влияет
понятно. что каким путём группа получила его у самого своего корня - это не важно. однако если одна из ветвей группы получила его горизонтально, то это сильно исказит дерево - поскольку эта ветвь будет рядом с той, из которой она его получила (при условии если от ветви из той же группы), а вовсе не там, где она на самом деле.
Цитата: Limfil от августа 30, 2014, 20:36:18
понятно. что каким путём группа получила его у самого своего корня - это не важно. однако если одна из ветвей группы получила его горизонтально, то это сильно исказит дерево - поскольку эта ветвь будет рядом с той, из которой она его получила (при условии если от ветви из той же группы), а вовсе не там, где она на самом деле.
Если одна из ветвей получила его горизонтально, то мы можем это легко детектировать по дереву. Положим, у нас где-то в середине дерева полимераз позвоночных на одной из его веток вдруг появляется полимераза, свойственная растениям. Очевидно, что это ГПГ и данную ветвь нужно опустить при анализе.
Цитата: Комбинатор от сентября 01, 2014, 21:21:13
Если одна из ветвей получила его горизонтально, то мы можем это легко детектировать по дереву. Положим, у нас где-то в середине дерева полимераз позвоночных на одной из его веток вдруг появляется полимераза, свойственная растениям. Очевидно, что это ГПГ и данную ветвь нужно опустить при анализе.
когда между такими далёкими ветвями да, но когда между более близкими, или переносы более древние, то тут уже неопределённость будет выше. тем более когда окажется. что всё разделение ветвей приходится на изменчивость одного гена - а все прочие просто уже слишком не похожи в разных ветвях.
Цитата: Limfil от сентября 02, 2014, 00:09:01
когда между такими далёкими ветвями да, но когда между более близкими, или переносы более древние, то тут уже неопределённость будет выше. тем более когда окажется. что всё разделение ветвей приходится на изменчивость одного гена - а все прочие просто уже слишком не похожи в разных ветвях.
Влияние ГПГ на итоговые выводы тем меньше, чем ближе ветви, так что перенос между близкородственными видами не так страшен. Кроме того, как я уже писал выше, вывод основан отюдь не на одном гене.
Цитата: Комбинатор от сентября 02, 2014, 11:50:10
Влияние ГПГ на итоговые выводы тем меньше, чем ближе ветви, так что перенос между близкородственными видами не так страшен.
меньше, но как раз между близкими - очень страшен - потому что его труднее засечь. а порой и сопоставить с изменениями с другими генами.