:)
Как понимать, такое странное распределение группы R1a1a?? есть ли какие-нибудь карты миграций объясняющие такое положение??
далее, вот такую карту выдает википедия в статье про генетическую историю Европы.
http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/ef/Haplogroup_F_%28Y-DNA%29.PNG
как ее понимать??
Мы все из Индии?? ;)
Какова датировка этих миграций??
Не смог найти никакой информации об истории афразицев и индо-европейцев (за время выходящее за 5 тыс. лет назад), когда они разделились?? насколько продолжительный был период их самобытной истории, до встречи на ближнем востоке??
Цитата: Cirill от мая 27, 2014, 07:50:57
Не смог найти никакой информации об истории афразицев и индо-европейцев (за время выходящее за 5 тыс. лет назад), когда они разделились??
А они разделялись? В последнее время афразийцев вроде как выписали из рядов ностратики. >:D
Цитата: Cirill от мая 27, 2014, 07:25:52
Как понимать, такое странное распределение группы R1a1a??
в Восточной Европе и в Южной Азии емнип разные субклейды этой гаплогруппы преобладают. Разделились несколько тысяч лет назад. Я не в курсе последних новостей по теме - там чуть не каждый день могут что-то ещё найти...
Цитата: Жан-Люк Пикар от мая 27, 2014, 09:55:04
Цитата: Cirill от мая 27, 2014, 07:50:57
Не смог найти никакой информации об истории афразицев и индо-европейцев (за время выходящее за 5 тыс. лет назад), когда они разделились??
А они разделялись? В последнее время афразийцев вроде как выписали из рядов ностратики. >:D
когда еще про-настротический язык был
Цитата: Cirill от мая 27, 2014, 07:28:49
далее, вот такую карту выдает википедия в статье про генетическую историю Европы.
http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/ef/Haplogroup_F_%28Y-DNA%29.PNG
как ее понимать??
Мы все из Индии?? ;)
Какова датировка этих миграций??
Надеюсь, Википедия в данном случае не врёт.
По гаплогруппе F (http://en.wikipedia.org/wiki/Haplogroup_F*_(Y-DNA)):
Possible time of origin 48,000 years BP (38,700-55,700) [1] 50,300±6500[2]
Причём ссылка на работу 2008 года:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2336805/
Очевидно, разделение CF произошло где-то в районе Индии, когда сапиенсы ещё не уходили далеко от экватора, а шли +/- вдоль моря на восток. Вот и С так распространялось:
http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/c/c0/C%3DM130-Migration.jpg?uselang=ru
А что до R1a. Мне казалось, это связывают с индоиранцами. Арии на востоке, иранцы на западе. А прародина в Восточной Европе (м.б., степи).
Правда, возможно (точно не помню), что мои знания почерпнуты из той же википедии, за достоверность которой ручаться сложно.
P.S. Кстати, про самый восточный очаг R1a:
http://ru.wikipedia.org/wiki/%D2%EE%F5%E0%F0%FB
http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%AE%D1%8D%D1%87%D0%B6%D0%B8
С - это похоже общее расселение людей, можете сравнить с картами в теме про индоевропейцев и семитов
а что значит СF???
мне по прежнему не понятна эта карта, раньше предполагал, что европа была заселена осевшими в восточной анатолии и закавказье переселенцах, но если верить этой карте, то не ими, а потомками группы осевшей в северной Индии.
Никогда ничего подобного не слышал, объяснений к этой карте не нашел.
Цитата: Cirill от мая 27, 2014, 12:58:45
С - это похоже общее расселение людей, можете сравнить с картами в теме про индоевропейцев и семитов
а что значит СF???
мне по прежнему не понятна эта карта, раньше предполагал, что европа была заселена осевшими в восточной анатолии и закавказье переселенцах, но если верить этой карте, то не ими, а потомками группы осевшей в северной Индии.
Никогда ничего подобного не слышал, объяснений к этой карте не нашел.
Под CF подразумевается, очевидно, общий предок C и F. Если такая классификация в действительности не используется, то значит всё же Википедия в данном случае нагло лжёт. Что, в принципе, с ней порой случается.
Хотя, кстати, эта схема сама по себе ничего не опровергает. Как минимум надо учитывать мтДНК. А там совсем другая картина даже в той же Википедии. Например:
- D (http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%93%D0%B0%D0%BF%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D1%80%D1%83%D0%BF%D0%BF%D0%B0_D_(%D0%BC%D1%82%D0%94%D0%9D%D0%9A)), в частности схема (http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/c/c4/Peopling_of_eurasia.jpg?uselang=ru)
- N1a (http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%93%D0%B0%D0%BF%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D1%80%D1%83%D0%BF%D0%BF%D0%B0_N1a_(%D0%BC%D1%82%D0%94%D0%9D%D0%9A))
- Т (http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%93%D0%B0%D0%BF%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D1%80%D1%83%D0%BF%D0%BF%D0%B0_T_(%D0%BC%D1%82%D0%94%D0%9D%D0%9A))
- U (http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%93%D0%B0%D0%BF%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D1%80%D1%83%D0%BF%D0%BF%D0%B0_U_(%D0%BC%D1%82%D0%94%D0%9D%D0%9A))
А в мужских линиях завоеватели могли потеснить "аборигенов" в период более близкий к нам (исторический?).
Кстати, такой маршрут расселения (среди прочих), как я понимаю, неплохо соотносится с современными представлениями о северном стволе, объединяющем европеоидов с монголоидами.
___
Хотя повторюсь, что это Википедия и относиться к информации оттуда нужно особенно скептически
Последняя статья по филогении гаплогруппы R1a и ее ветвей. От реального лидера в этой области науки - Ричарда Вилемса
The phylogenetic and geographic structure of Y-chromosome haplogroup R1a.
Underhill PA1, Poznik GD2, Rootsi S3, Järve M3, Lin AA4, Wang J5, Passarelli B5, Kanbar J5, Myres NM6, King RJ4, Di Cristofaro J7, Sahakyan H8, Behar DM9, Kushniarevich A3, Sarac J10, Saric T10, Rudan P11, Pathak AK3, Chaubey G3, Grugni V12, Semino O13, Yepiskoposyan L14, Bahmanimehr A15, Farjadian S16, Balanovsky O17, Khusnutdinova EK18, Herrera RJ19, Chiaroni J7, Bustamante CD1, Quake SR20, Kivisild T21, Villems R22.
Abstract
R1a-M420 is one of the most widely spread Y-chromosome haplogroups; however, its substructure within Europe and Asia has remained poorly characterized. Using a panel of 16 244 male subjects from 126 populations sampled across Eurasia, we identified 2923 R1a-M420 Y-chromosomes and analyzed them to a highly granular phylogeographic resolution. Whole Y-chromosome sequence analysis of eight R1a and five R1b individuals suggests a divergence time of ∼25 000 (95% CI: 21 300-29 000) years ago and a coalescence time within R1a-M417 of ∼5800 (95% CI: 4800-6800) years. The spatial frequency distributions of R1a sub-haplogroups conclusively indicate two major groups, one found primarily in Europe and the other confined to Central and South Asia. Beyond the major European versus Asian dichotomy, we describe several younger sub-haplogroups. Based on spatial distributions and diversity patterns within the R1a-M420 clade, particularly rare basal branches detected primarily within Iran and eastern Turkey, we conclude that the initial episodes of haplogroup R1a diversification likely occurred in the vicinity of present-day Iran.
European Journal of Human Genetics advance online publication, 26 March 2014; doi:10.1038/ejhg.2014.50.
Полный текст могу скачать - но не сразу.
ЦитироватьR1a-M417
Один недостаток в номенклатуре снипов - их столько, что вот с разгону уже и не вспомнишь, что есть что. :'(
Цитата: Питер от мая 29, 2014, 09:40:29
Последняя статья по филогении гаплогруппы R1a и ее ветвей. От реального лидера в этой области науки - Ричарда Вилемса
The phylogenetic and geographic structure of Y-chromosome haplogroup R1a.
Underhill PA1, Poznik GD2, Rootsi S3, Järve M3, Lin AA4, Wang J5, Passarelli B5, Kanbar J5, Myres NM6, King RJ4, Di Cristofaro J7, Sahakyan H8, Behar DM9, Kushniarevich A3, Sarac J10, Saric T10, Rudan P11, Pathak AK3, Chaubey G3, Grugni V12, Semino O13, Yepiskoposyan L14, Bahmanimehr A15, Farjadian S16, Balanovsky O17, Khusnutdinova EK18, Herrera RJ19, Chiaroni J7, Bustamante CD1, Quake SR20, Kivisild T21, Villems R22.
Abstract
R1a-M420 is one of the most widely spread Y-chromosome haplogroups; however, its substructure within Europe and Asia has remained poorly characterized. Using a panel of 16 244 male subjects from 126 populations sampled across Eurasia, we identified 2923 R1a-M420 Y-chromosomes and analyzed them to a highly granular phylogeographic resolution. Whole Y-chromosome sequence analysis of eight R1a and five R1b individuals suggests a divergence time of ∼25 000 (95% CI: 21 300-29 000) years ago and a coalescence time within R1a-M417 of ∼5800 (95% CI: 4800-6800) years. The spatial frequency distributions of R1a sub-haplogroups conclusively indicate two major groups, one found primarily in Europe and the other confined to Central and South Asia. Beyond the major European versus Asian dichotomy, we describe several younger sub-haplogroups. Based on spatial distributions and diversity patterns within the R1a-M420 clade, particularly rare basal branches detected primarily within Iran and eastern Turkey, we conclude that the initial episodes of haplogroup R1a diversification likely occurred in the vicinity of present-day Iran.
European Journal of Human Genetics advance online publication, 26 March 2014; doi:10.1038/ejhg.2014.50.
Полный текст могу скачать - но не сразу.
получается носители R1a происходят из Ирана, где их теперь оказывается очень мало.
Правильно ли я понял, что coalescence time within R1a-M417 это время существования единой R1a до раздела на суб-ветви. Или имелось ввиду что-то другое?
Все равно не понимаю, как могла сложиться столь причудливая география группы
Цитата: Cirill от мая 29, 2014, 10:25:02
получается носители R1a происходят из Ирана, где их теперь оказывается очень мало.
Много ли хороших выборок по Ирану, чтобы так уверенно говорить?
Цитата: Cirill от мая 29, 2014, 10:25:02
Все равно не понимаю, как могла сложиться столь причудливая география группы
Скорей всего раньше была бОльшая континуальность, судя по тому, что находили у андроновцев и таримских мумий. А потом с тюркскими миграциями появилась C-чего-то там в Казахстане... Как-то так, наверное.
Это R1a1a1. То есть R1-M420 - это R1a. Добавляем вариант М17 и получаем R1a1 - M420M17. Последний вроде как вариант субклад R1a1 - https://www.familytreedna.com/public/R1a
Но сейчас с развитием секвенирования число субклад растет стремительно ...
Цитата: Жан-Люк Пикар от мая 29, 2014, 10:28:24
Цитата: Cirill от мая 29, 2014, 10:25:02
получается носители R1a происходят из Ирана, где их теперь оказывается очень мало.
Много ли хороших выборок по Ирану, чтобы так уверенно говорить?
Cейчас довольно много, так очень капитально работали команды от Вилемса.
Цитата: Cirill от мая 29, 2014, 10:25:02
получается носители R1a происходят из Ирана, где их теперь оказывается очень мало.
Правильно ли я понял, что coalescence time within R1a-M417 это время существования единой R1a до раздела на суб-ветви. Или имелось ввиду что-то другое?
Все равно не понимаю, как могла сложиться столь причудливая география группы
Правильно. И как раз этот пример показывает и силу, и слабость геногеографии одновременно. И очевидно, что проблемы не могут быть решены только анализом сегодняшних популяций - надо смотреть еще и археологические материалы последних тысячелетий.
Меня вот больше география R1b поражает. Особенно её субклейд с концентрацией в бассейне озера Чад, который связывают предположительно с миграцией носителей чадских языков (ветвь афразийских). >:D
Цитата: Питер от мая 29, 2014, 10:44:02
Цитата: Cirill от мая 29, 2014, 10:25:02
получается носители R1a происходят из Ирана, где их теперь оказывается очень мало.
Правильно ли я понял, что coalescence time within R1a-M417 это время существования единой R1a до раздела на суб-ветви. Или имелось ввиду что-то другое?
Все равно не понимаю, как могла сложиться столь причудливая география группы
Правильно. И как раз этот пример показывает и силу, и слабость геногеографии одновременно. И очевидно, что проблемы не могут быть решены только анализом сегодняшних популяций - надо смотреть еще и археологические материалы последних тысячелетий.
очень трудно воспринимать на уровне кладистики и зон распространения аллелей
Нет никаких реконструкций миграций за период последних 25.000 лет, например на примере одной местности, эдакая хронология вливания "свежей крови" и ее удельный вес? а то все как-то малопонятно.
L664 и Z284 получается должны были сначала заселить материковую Европу, а потом идти в Скандинавию и на острова, т.е. их аллели должны остаться в какой то степени и в восточной Европе.
Насколько приведенная филогенетика доказана??, ведь она точно совпадает с курганной гипотезой (разве, что несколько удревняет датировки миграций индо-ариев), хотя некоторые лингвисты утверждают что де родина индо-европейцев еще не известна. так Иванов ее помещает вообще в северной Месопотамии.
Правильно ли понимать, что носители R1a проживали в западном Иране, далее одна из ветвей их потомков - R1a1a оказались в северном Прикаспии, после чего они расселилась по всей Евразии, причем с очень различным вкладом аллелей в региональные популяции (так славяне и пакистанцы оказываются очень близки, в то время как в Иране индоевропейских аллелей довольно мало, не смотря на то, что персы считают себя никеми иными как потомками ариев, западные европейцы и вовсе состоят преимущественно из R1b и от индо-европейцев унаследовали только язык и культуру)??? 8)
непонятно еще почему в филогении присутствуют арабы ???, вроде как они далеки от индо-европейцев, по крайней мере в древе языков
Цитата: Cirill от мая 29, 2014, 11:39:18
непонятно еще почему в филогении присутствуют арабы ???, вроде как они далеки от индо-европейцев, по крайней мере в древе языков
Это, мне думается, смешение с ираноязычными народами в том числе. Например, в Омане (в их анклаве\эксклаве Мусандам) ещё есть иранский язык кумзари.
Ещё могли тюрки добавиться - в Сирии и Ираке есть тюркоязычные общины, например.
Арабы есть в Иране. И даже малочисленные арабы в Узбекистане и Таджикистане. В Афганистане даже вроде есть. Не жили же в изоляции...
Цитата: Cirill от мая 29, 2014, 11:36:13
западные европейцы и вовсе состоят преимущественно из R1b и от индо-европейцев унаследовали только язык и культуру)
В неолите Западной Европы вроде бы R1b ещё не находили - G2a, I2a емнип находили. Так что эти R1b могли в массе туда прийти и с ИЕ - почему вообще древние ИЕ должны были состоять преимущественно из R1a?
Цитата: Жан-Люк Пикар от мая 29, 2014, 12:09:07
Цитата: Cirill от мая 29, 2014, 11:36:13
западные европейцы и вовсе состоят преимущественно из R1b и от индо-европейцев унаследовали только язык и культуру)
В неолите Западной Европы вроде бы R1b ещё не находили - G2a, I2a емнип находили. Так что эти R1b могли в массе туда прийти и с ИЕ - почему вообще древние ИЕ должны были состоять преимущественно из R1a?
потому, что в абстракте статьи, про которую говорил Питер есть такие слова:
"Whole Y-chromosome sequence analysis of eight R1a and five R1b individuals suggests a divergence time of ∼25 000 (95% CI: 21 300-29 000) years ago"
а насчет неолита - возможно что R1b отсиживались в Закавказье, ну или не проникали дальше Анатолии и Балканского полуострова, есть какие-нибудь данные про их проникновение в Западную Европу??
Цитировать
25 000 (95% CI: 21 300-29 000) years ago"
Я совсем про другое - откуда взялся миф, что ИЕ когда-то были исключительно (или почти) R1a? Почему не допускают даже мысли про большее разнообразие гаплогрупп у древних ИЕ? Язык ведь не распространяется исключительно половым путём.
Если было разнообразие гаплогрупп у древних ИЕ - то куда оно делось ? Все остальные гаплогруппы вымерли, не оставив следов в сегодняшнем населении ? Если это были не единичные индивиды - маловероятное событие. Все-таки предположить наличие одного корня проще, чем корень - бифуркация - вымирание всех кроме одного.
Цитата: Питер от мая 29, 2014, 14:57:44
Если было разнообразие гаплогрупп у древних ИЕ - то куда оно делось ?
А оно исчезало? Ведь R1a доминирует или в значительном количестве не у всех ИЕ. Её удобно видеть сторонникам степной прародины как труъ ИЕ гаплогруппой.
Но вот если ИЕ притопали из Анатолии или хотя бы с Балкан - тогда совсем всё сложно выйдет. :-[
Цитата: Питер от мая 29, 2014, 14:57:44
Если было разнообразие гаплогрупп у древних ИЕ - то куда оно делось ? Все остальные гаплогруппы вымерли, не оставив следов в сегодняшнем населении ? Если это были не единичные индивиды - маловероятное событие. Все-таки предположить наличие одного корня проще, чем корень - бифуркация - вымирание всех кроме одного.
Ну, не 100% относится к одной гаплогруппе, как уже сказали.
И потом, тем же путём, каким "адам" и "ева" появляются, не могло? В относительно ограниченных популяциях, да с войнами...
Гаплогруппы - это маркеры по прямой мужской линии разделяющие один полиморфизм, а помимо этого еще целая уйма генетических полиморфизмов (снипов) в аутосомах. В корне некорректно увязывать их с ИЕ.
Полно тюрков с данной гаплогруппой - они по определению ни славяне, ни иранцы.
А R1b например у немцев- о ни что уже не гермацны? Или германцы не относятся к индо-европейской языковой семье? В общем мухи отдельно - котлеты отдельно.
Цитата: Eugene_rus от мая 29, 2014, 19:47:38
Гаплогруппы - это маркеры по прямой мужской линии разделяющие один полиморфизм, а помимо этого еще целая уйма генетических полиморфизмов (снипов) в аутосомах. В корне некорректно увязывать их с ИЕ.
Полно тюрков с данной гаплогруппой - они по определению ни славяне, ни иранцы.
А R1b например у немцев- о ни что уже не гермацны? Или германцы не относятся к индо-европейской языковой семье? В общем мухи отдельно - котлеты отдельно.
вы имели ввиду, что допустим мужчина из R1a оказавшись в Пакистане, женился на аборигенке, его сын также женился на аборигенке, и далее подобная рекурсия, приводящяя к непрерывному понижению доли R1a в аутосомном наследии, которое в результате будет преимущественно автохтонным, это имелось ввиду???
Тогда было бы интересно взглянуть на мтДНК гаплогруппы, несмотря на то, что они отражают только дочек.
Возвращаясь к У хромосомным гаплогруппам, можно ли утверждать, что их роль невелика на том лишь, основании, что это лишь одна из 23 хромосом?
ведь половые хромосомы определяют пол, который не ограничивается гениталиями, и толщиной костей, но также спецификой строения мозга, в этом плане даже чисто количественно немногочисленные отличия геномов (за счет У-хромосомы) могут приводить к тому, что называется разница менталитета. Скажем так: мужественность и женственность в понимании разных народов может иметь помимо общих черт и некоторую специфику, немаловажную.
Что бы как то прояснить мысль приведу пример, в интерпретации которого не особо уверен, но тем не менее: "В большинстве культур причитания исполнялись только женщинами, хотя у некоторых народов (курды, сербы) существовали специфические мужские плачи."
Дело не во влиянии на фенотип. Во-первых, не факт, что хоть один из галотипов Y хромосомы как-то влияет на фенотип. Во-вторых, каждый гаплотип - это всего навсего один маркер генотиипа в целом, типа да-нет. Добавим мтДНК - будет два маркера. И в итоге клиент вполне может оказаться славянином по папе и азиатом по маме. Но кто он будет тогда по сути ? А добавим еще аутосомы - и получим совсем компот. Посему с очень большой остиорожностью отношусь ко всем этим реконструкциям истории на основании только игрека или только мтДНК.
И особенности развития мозга не записаны в Y хромосоме - она всего навсего определяет, пойдет ли развитие первичных гениталий по одному из двух типов. А дальше - уже совсем другие погремушки ...
Для себя я тут внезапно открыл ещё один возможный источник R1a у арабов. В Оман каким-то образом залетел синдхиподобный индоарийский язык лувати -
http://en.wikipedia.org/wiki/Luwati_language Не говоря уж об иранцах белуджах на Аравийском полуострове - надо ещё посмотреть когда туда белуджи переселялись... Я вообще всё больше думаю, что любая мало-мальски древняя гаплогруппа у любого мало-мальски крупного народа появляется разными путями. И всё в одну какую-то кучу валить нельзя.
Цитата: Cirill от мая 30, 2014, 12:34:07
вы имели ввиду, что допустим мужчина из R1a оказавшись в Пакистане, женился на аборигенке, его сын также женился на аборигенке, и далее подобная рекурсия, приводящяя к непрерывному понижению доли R1a в аутосомном наследии, которое в результате будет преимущественно автохтонным, это имелось ввиду???
Тогда было бы интересно взглянуть на мтДНК гаплогруппы, несмотря на то, что они отражают только дочек.
Возвращаясь к У хромосомным гаплогруппам, можно ли утверждать, что их роль невелика на том лишь, основании, что это лишь одна из 23 хромосом?
ведь половые хромосомы определяют пол, который не ограничивается гениталиями, и толщиной костей, но также спецификой строения мозга, в этом плане даже чисто количественно немногочисленные отличия геномов (за счет У-хромосомы) могут приводить к тому, что называется разница менталитета. Скажем так: мужественность и женственность в понимании разных народов может иметь помимо общих черт и некоторую специфику, немаловажную.
Что бы как то прояснить мысль приведу пример, в интерпретации которого не особо уверен, но тем не менее: "В большинстве культур причитания исполнялись только женщинами, хотя у некоторых народов (курды, сербы) существовали специфические мужские плачи."
Во-первых потому как половина генетического материала будет от матери. И мито ДНК тут тоже не причем, так как это такой же маркер по одной из линий, однородительский маркер.
Во вторых особенности передачи даже этого единственного маркера. На данном маркере не написано к какой языковой семье он относиться.
По поводу маскулинности, то гены эти тоже локализованы в аутосомах. Y по сути включатель/выключатель развития организма по мужскому типу. Там есть еще кое-какие мелкие гены, кодирующие белки, но значимого их воздействия пока не найдено. Ну и естественно этих и важных и не-очень генов будет несоизмеримо больше в аутосомах. Потому и связь с культурой тоже отсутствует (прямая), т.е. "плачи курдов и сербов" не имеют никакого отношения к их Y и скорее всего к аутосомам тоже не имеют, так как это просто культурный феномен.
Да, Y-хромосома сама по себе меньше остальных хромосом, и к тому же значимых генов на ней собственно кроме SRY отвечающего за развитие по мужскому типу мало.
Удобно использовать Y-гаплотипы и гаплогруппы для сверения сведений генеалогии, особенно в случае длинных генеалогий выходящих за пределы письменно интервала, хотя можно сверять и исторические генеалогии.
Иногда любопытно посмотреть на частоты по популяциям, но надо иметь ввиду что проценты никак не будут характеризовать популяции.
Например R1a - это условное обозначение снипа (однонуклеотидного полиморфизма) M420. Это гаплогруппа.
А есть например снип Z280- это тоже гаплогруппа, но более подробного уровня c уже какой-то частичной корреляцией между популяциями.
Есть более высокого уровня снипы, чем М420(который маркирует R1a), а есть более низкого и именно по-этому не нужно привязываться исключительно к одному снипу нужно смотреть более полную картину(все снипы как на Y, так и на мито, и на аутосомах), а не "вырванный кусок".
Цитата: Eugene_rus от мая 30, 2014, 14:15:03
Иногда любопытно посмотреть на частоты по популяциям, но надо иметь ввиду что проценты никак не будут характеризовать популяции.
Ещё вопрос насколько частоты стабильны. Конечно, мы не берём регионы, подвергшиеся массовым миграциям после ВГО, а имеем в виду более традиционные. :)
Цитата: Жан-Люк Пикар от мая 30, 2014, 14:37:53
Цитата: Eugene_rus от мая 30, 2014, 14:15:03
Иногда любопытно посмотреть на частоты по популяциям, но надо иметь ввиду что проценты никак не будут характеризовать популяции.
Ещё вопрос насколько частоты стабильны. Конечно, мы не берём регионы, подвергшиеся массовым миграциям после ВГО, а имеем в виду более традиционные. :)
А в мире ничего 100% стабильного нет :)
Все меняется и видоизменяется постоянно и картина по разным генетическим маркерам также будет меняться. С одной стороны идет накопление мутаций, а с другой дрейф генов внутри популяций, а с третьей смешения.
где можно найти удобоваримую информацию по аутосомным снипам?
так понял, что они самые важные - как количественно, так и по кодируемым функциям
в какой последовательности лучше всего изучать гено- историю-географию??
Цитата: Cirill от мая 30, 2014, 17:34:32
где можно найти удобоваримую информацию по аутосомным снипам?
так понял, что они самые важные - как количественно, так и по кодируемым функциям
в какой последовательности лучше всего изучать гено- историю-географию??
Удобоваримая - понятие относительное. Нет же например удобоваримой информации по структуре атомных ядер или квантов.
Информации много в современных научных статьях, так как аутосомные снипы -ничем особым не отличаются от всех остальных снипов, т.е. это просто точечные мутации (как в генах, так и негенных областях и в случае сравнительного анализа это уже не так важно). Другое дело что когда рассматривать большое количество этих снипов и провести сравнительный анализ между различными народами, то можно выявить какие-то корреляции (достаточно уверенные в отличие от Y).
Наиболее полную информацию или задать свои вопросы можете на форуме Molgen.org
Цитата: Cirill от мая 30, 2014, 17:34:32где можно найти удобоваримую информацию по аутосомным снипам?
что такое одинаковые снипы (митохондриальные, У-хромосомные или аутосомные) у разных индивидов?
Они одинаковы с точностью до всех нуклеотидов?
Или даже те снипы, у которых процент различий меньше определенного лимита, считаются одинаковыми?
Есть ли где-то удобоваримая информация по встречаемости/невстречаемости комбинациЙ РАЗНЫХ снипов? Ведь именно по этой информации, насколько я понимаю, строят филогенетические деревья мтДНК и У-хромосом?
УЧИТЕ МАТЧАСТЬ !
Ссылку дайте на табличку!
Какую вам табличку ?
Таблицу, Какие комбинации у-хромосомных СНиПов встречаются у людей
Цитата: Жан-Люк Пикар от мая 30, 2014, 14:04:57
Для себя я тут внезапно открыл ещё один возможный источник R1a у арабов. В Оман каким-то образом залетел синдхиподобный индоарийский язык лувати -
http://en.wikipedia.org/wiki/Luwati_language Не говоря уж об иранцах белуджах на Аравийском полуострове - надо ещё посмотреть когда туда белуджи переселялись... Я вообще всё больше думаю, что любая мало-мальски древняя гаплогруппа у любого мало-мальски крупного народа появляется разными путями. И всё в одну какую-то кучу валить нельзя.
Мне кажется нужно еще и учесть тот факт, что в древности очень часто людей продавали в рабство чуть ли не целыми поселениями совершенно в разные места.
Цитата: Жан-Люк Пикар от мая 30, 2014, 14:04:57
Для себя я тут внезапно открыл ещё один возможный источник R1a у арабов. В Оман каким-то образом залетел синдхиподобный индоарийский язык лувати -
http://en.wikipedia.org/wiki/Luwati_language Не говоря уж об иранцах белуджах на Аравийском полуострове - надо ещё посмотреть когда туда белуджи переселялись... Я вообще всё больше думаю, что любая мало-мальски древняя гаплогруппа у любого мало-мальски крупного народа появляется разными путями. И всё в одну какую-то кучу валить нельзя
они оказывается шииты-двенадцатеричники
ЦитироватьVerbal history indicates that at one point they were Muslim Shia in various branches. They now follow the Twelver Shia Islam. Consequently, the new adopted doctrine of Twelvers/Jaafari grew within the Lawati tribe and the different branches were not accepted. Hence, some retracted while others detached from the community. However, most present-day Lawatis are known to be Twelver Shia Muslims. And with the process of mingling with the other groups, few Lawatis brought up through mixed marriages either following mixed Shia/Sunni or Shia/Ibadhi traditions. However, Laurence Louër, in his book Transnational Shia Politics: Religious and Political Networks in the Gulf, mentions a different theory of the religious origins of Al-Lawati. According to this theory, the Lawatis were Khoja Ismailis who migrated to Oman from Hyderabad (in present-day Pakistan) in the 19th century, before converting to Twelver Shi'ism following a dispute with the leadership of the community
Генофонд населения Северной Евразии: полногеномный анализ Y-хромосомы для выявления новых высокоинформативных маркеров и их массовый скрининг в 150 популяциях для решения фундаментальных задач популяционной генетики человека и криминалистики.
РуководительБалановский Олег Павлович , Доктор биологических наук
Организация финансирования, регионФедеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук, г Москва
Года выполнения2014 - 2016
КонкурсКонкурс 2014 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами»
Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни, 04-104 - Общая генетика
Ключевые словапопуляционная генетика, микроэволюция, антропогенетика, генофонд, геногеография, проблемно-ориентированные базы данных, филогеография, Y-хромосома, SNP-маркеры, полногеномный анализ, биоинформатика.
Код ГРНТИ34.23.35
ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ
АннотацияЦЕЛЬ ПРОЕКТА – выявить детальную структуру генофонда народонаселения Северной Евразии на основе новых, максимально информативных генетических маркеров. Возможность такого решения фундаментальной проблемы биоразнообразия человека ожидалась давно, но появилась лишь в конце 2013 года в связи с разработкой технологии полногеномного секвенирования Y-хромосомы (Y-capture). В результате проекта изученность генофонда Северной Евразии возрастет на порядок: впервые будет исследовано распределение около 50 новых высокоинформативных гаплогрупп в 150 популяциях. Поэтому проект отличается максимальной новизной и актуальностью - он позволит российской науке занять передовые рубежи (планируется 8 зарубежных статей с ИФ от 2 до 8, что обосновано числом и уровнем предыдущих публикаций коллектива). АКТУАЛЬНОСТЬ. Изучение генофонда человека - бурно развивающаяся и востребованная область биологии, что подтверждается количеством статей в ведущих журналах (включая статьи в Nature и Science, в т.ч. с участием руководителя проекта). Полногеномный анализ, революционизируя многие области генетики, стал мощным методом обнаружения новых SNP. Это особенно актуально для Y-хромосомы, с ее максимальной межпопуляционной изменчивостью и наибольшей информативностью для анализа структуры генофонда, исторических миграций и этногенеза, т.е. прошлого и настоящего генофонда населения России, создавая возможность его мониторинга. НОВИЗНА. В последние 2-3 года наметился спад работ по «стандартным» маркерам Y-хромосомы, поскольку ведущие лаборатории мира ожидали, когда технологии позволят анализировать Y-хромосому методами полногеномного анализа. В конце 2013 года FamilyTreeDNA и BGI независимо создали такие технологии Y-capture, оптимальные по соотношению «цена-информативность» и потому даже более перспективные для изучения генофонда, чем полные геномы человека. Лидирующие коллективы мира тотчас приступили к анализу генофондов на основе Y-capture. Поскольку только наш коллектив обладает самым обширным во всем мире биобанком по народонаселению Северной Евразии (180 популяций, 20 000 образцов), проект дает России возможность успешной мировой конкуренции в этом новейшем и перспективном направлении исследований. ПЛАН РАБОТЫ уже детально проработан и полностью выполним. I ЭТАП ПОЛНОГЕНОМНОГО АНАЛИЗА включает: (1) тщательный отбор образцов по критериям максимального разнообразия Y-STR-гаплотипов и максимального охвата всего ареала гаплогруппы; (2) полногеномный анализ пяти гаплогрупп Y-хромосомы, наиболее характерных для Северной Евразии (N1c, R1a, C3, I1, G1); (3) биоинформационный анализ, построение филогенетических деревьев, обнаружение новых географически специфичных ветвей (субгаплогрупп), выбор маркирующих их высокоинформативных SNP; (4) отладка и запуск генотипирования выбранных SNP. II ЭТАП ПОПУЛЯЦИОННОГО СКРИНИНГА включает: (1) отбор образцов из всех ДНК-коллекций Северной Евразии и формирование серий планшет с выровненной концентрацией ДНК; (2) для каждой гаплогруппы скрининг всех образцов по всей панели новых высокоинформативных SNP-маркеров. Объемы скрининга: 150 популяций, 5000 образцов, 50 маркеров. Информативность увеличится на порядок (с 5 до 50 гаплогрупп). III ЭТАП АНАЛИЗА ГЕНОФОНДА включает: (1) создание геоинфосистемы (частоты новых SNP маркеров во всех 150 популяциях); (2) создание картографического «Атласа генофонда населения Северной Евразии» по всей совокупности «старых» и «новых» SNP-линий Y-хромосомы; (3) геногеографический анализ генофонда Северной Евразии и ее отдельных народов методами многомерной статистики, картографии и филогеографии, включая карты генетических границ и разработку вопросов этногенеза; (4) датировка около 50 новых ветвей гаплогрупп Y-хромосомы; (5) разработка острой проблемы скорости мутаций по данным о SNP и STR маркерах и анализ микроэволюции популяций человека в Северной Евразии; (6) создание научных основ методики определения этногеографического происхождения индивида по образцу его ДНК.
Ожидаемые результатыДОСТИЖИМОСТЬ ОЖИДАЕМЫХ РЕЗУЛЬТАТОВ ОБУСЛОВЛЕНА ОБШИРНЫМ НАУЧНЫМ ЗАДЕЛОМ НАШЕГО КОЛЛЕКТИВА: - создание уникального биобанка (180 популяций Северной Евразии, 20 000 образцов); - 80% биобанка генотипировано по «стандартным» панелям Y-SNP и Y-STR маркеров; - крупнейшая геоинфосистема «Изменчивость Y-хромосомы народов мира»; - оригинальное программное обеспечение (опережение зарубежных аналогов); - многолетний признанный за рубежом опыт создания картографических атласов; - обширный опыт анализа генофондов мира и микроэволюции популяций человека; - налаженная в лаборатории технология массового генотипирования; - опыт анализа полногеномных данных; - опыт разностороннего биоинформационного анализа; - опыт аналогичного широкомасштабного международного проекта «Genographic»; - широкое международное сотрудничество: точный выбор стратегии и обмен данными; - публикации в Nature, Science, PLoS Biology, PNAS, Nat Com, MBE (за 3 года ИФ =214); - мобильная молодежная команда генетиков (средний возраст - 29 лет) и участие двух известных биоинформатиков. ОЖИДАЕМЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ 1. ПОЛНОГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ Y-ХРОМОСОМЫ. Впервые в мире будут получены доскональные «полногеномные» данные о молекулярном разнообразии пяти основных североевразийских Y-гаплогрупп (N1c,R1a,C3,G1,I1) в популяциях Северной Евразии. Cеквенирование протяженных (не менее 10 млн. п.н.) участков Y-хромосомы будет проведено для 80 образцов. Биоинформационным анализом будут выявлены новые SNP-маркеры (≈3000), филогенетическим анализом на кладограммах будут обнаружены новые субгаплогруппы (≈50), для которых будет создана панель TaqMan зондов (≈50). 2. НОВОЕ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОЕ ДРЕВО Y-ХРОМОСОМЫ будет основано как на наших результатах (80 Y-хромосом, секвенированных с высоким покрытием), так и на всех доступных мировых данных (предположительно 60-70 Y-хромосом, с различным покрытием). Учитывая объемы ресеквенирования и предварительный опыт анализа данных проекта «1000 genomes», в рамках данного проекта прогнозируется открытие множества новых филогенетических линий с высокой географической специфичностью. Ожидается увеличение филогенетического разрешения и информативности на порядок. 3. ХАРАКТЕРИСТИКА ГЕНОФОНДА 150 ПОПУЛЯЦИЙ СЕВЕРНОЙ ЕВРАЗИИ по 50 новым SNP-маркерам в ходе популяционного скрининга. Для скрининга будет сформирована панель 5000 образцов (суммарно по 5 гаплогруппам), отобранных из ДНК-коллекций коллектива. Наличие у коллектива 20 000 образцов позволит отобрать 5000 образцов для скрининга максимально эффективно с учетом необходимости экономии выделенных РНФ средств. Суммарно будет проведено около 50 тыс. реакций (индивидуальных скринингов). В результате изученность генофонда Северной Евразии по маркерам Y-хромосомы возрастет на порядок. 4. БАЗА ДАННЫХ будет содержать всю информацию о разнообразии Y-хромосомы в популяциях Северной Евразии, накопленную в мировой науке ко времени окончания проекта. Новые модули и разделы позволят включить в геоинфосистему «Y-base» результаты проекта и новые полногеномные данные ведущих лабораторий мира. 5. ЭЛЕКТРОННЫЙ КАРТОГРАФИЧЕСКИЙ АТЛАС ГЕНОФОНДА СЕВЕРНОЙ ЕВРАЗИИ включит карты распространения новых выявленных субгаплогрупп (≈50) и карты гаплогрупп «стандартной» панели (выявленных еще до «полногеномной эры»), карты гаплотипического разнообразия новых субгаплогрупп, карты генетических расстояний, корреляций, карты генетических границ и карты объективных географических континуумов гаплогрупп. Суммарное число карт Атласа - более 200. Атлас будет опубликован в статьях, монографии и на сайте www.genofond.ru. 6. УТОЧНЕНИЕ СКОРОСТЕЙ МУТИРОВАНИЯ и ДАТИРОВКИ времени возникновения всех новых выявленных субгаплогрупп (≈50). Оценки будут получены и по SNP-мутациям (полученные по проекту полногеномные данные), и по разнообразию STR-гаплотипов (научный задел). Это позволит впервые в мире определить степень согласованности этих двух оценок возраста гаплогрупп и максимально близкую к реальности скорость мутирования STR-маркеров. 7. АНАЛИЗ СТРУКТУРЫ ГЕНОФОНДА И МИКРОЭВОЛЮЦИОННЫХ ПРОЦЕССОВ включит геногеографический анализ генофонда Северной Евразии в целом и его отдельных народов методами многомерной статистики, картографии и филогеографии. Будет создана общая модель эволюции и распространения всех вариантов пяти основных североевразийских гаплогрупп, определена их вероятная прародина и основные пути маркируемых ими исторических миграций. Полученный массив результатов, уникальный по объему, филогенетическому разрешению и спектру аналитических методов, будет применен для решения общих вопросов микроэволюции популяций человека в Северной Евразии. В дополнение к анализу микроэволюции генофонда в континентальном масштабе, будут уточнены вопросы этногенеза тех народов, для которых выявятся маркирующие субгаплогруппы. 7. ПРАКТИЧЕСКОЕ ИСПОЛЬЗОВАНИЕ В ЭКОНОМИКЕ. Будут разработаны научные основы методики определения этногеографического происхождения индивида по образцу его ДНК. Она крайне востребована в криминалистике, особенно при расследованиях тяжких и особо тяжких преступлений, включая террористические акты, а также при идентификации жертв природных и техногенных катастроф. Потенциальный экономический эффект внедрения такой методики в практику следственно-розыскных мероприятий по оценке Следственного комитета РФ составляет до 300 млн. руб. в год. 8. ПРАКТИЧЕСКОЕ ИСПОЛЬЗОВАНИЕ В СОЦИАЛЬНОЙ СФЕРЕ. Результаты проекта позволят профессиональным генеалогам и частным лицам вести генеалогический поиск и находить «родовое гнездо», родственников, восстанавливать утраченную традицию знания родословных. Эти вопросы обсуждаются миллионами россиян в социальных сетях, тематических генеалогических сайтах, СМИ. Поскольку игнорирование такой востребованности результатов проекта в социальной сфере было бы необоснованным, планируется представление результатов в научно-популярной форме на сайте коллектива с разъяснением как возможностей, так и ограничений их применения для генеалогии. 9. СПОСОБЫ ОБНАРОДОВАНИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ – 11 СТАТЕЙ, МОНОГРАФИЯ, 2 ДИССЕРТАЦИИ, САЙТ: публикация 11 статей с суммарным импакт-фактором не менее 25. Все статьи будут опубликованы в журналах, индексируемых Web of Science, в т.ч. 8 зарубежных статей в журналах с ИФ от 2 до 8 (планируются журналы PLOS Genetics, European Journal of Human Genetics, PLOS One, American Journal of Physical Anthropology). Будет опубликована монография (включающая созданный атлас), защищены две кандидатские диссертации, результаты представлены на сайте коллектива www.genofond.ru. Реалистичность такого плана публикаций подтверждается предыдущим опытом руководителя (за 3 последних года: 30 зарубежных публикаций, 5 защищенных диссертаций, соавторство в монографиях, импакт-фактор за 3 года = 214). 10. ОПЕРЕЖЕНИЕ ЗАРУБЕЖНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ. В связи с начавшимся «бумом» полногеномных работ, результаты проекта, несомненно, окажутся на острие исследований генофонда человека, реализуемых мировой наукой в 2014-2016 годах. Несмотря на запуск аналогичных проектов многими ведущими научными коллективами мира, ранний старт российского проекта, его четкое планирование, мощный задел (обширный биобанк североевразийских популяций, отсутствующий у потенциальных конкурентов, опыт массового скрининга), долговременное и обширное международное сотрудничество, опыт предыдущих высокорейтинговых публикаций обеспечит российским исследованиям одно из передовых мест в мировых исследованиях в данной ключевой области. УКРЕПЛЕНИЕ И РАСШИРЕНИЕ МЕЖДУНАРОДНЫХ НАУЧНЫХ СВЯЗЕЙ как на постсоветском пространстве (лаборатории стран СНГ, Прибалтики и Монголии регулярно направляют стажеров и участвуют в формировании биобанка), так и с ведущими мировыми центрами геномных исследований (совместная работа по сведению накапливающихся полногеномных данных по Y-хромосоме в общую картину). МОЛОДЕЖНЫЙ КОЛЛЕКТИВ ИСПОЛНИТЕЛЕЙ-генетиков (средний возраст – 29 лет, включая руководителя) зарекомендовал себя как энергичный и мобильный, что обеспечивает надежный задел для развития полногеномных исследований в России. НЕПЕРЕКРЫВАНИЕ С ДРУГИМИ ПРОЕКТАМИ. Данный проект посвящен полногеномному анализу 5 основных североевразийских гаплогрупп, что не входит ни в один из продолжающихся или подаваемых проектов коллектива. Анализ других, менее значимых североевразийских гаплогрупп, практическое применение созданных по проекту научных основ определения этногеографического происхождения, генотипирование не принципиальных для скрининга популяций по «стандартной» панели Y-хромосомы и другие смежные направления работы будут планироваться в рамках других неперекрывающихся проектов.
http://grant.rscf.ru/prjcard?rid=14-14-00827