Оказывается Y хромосома человека прочитана только на 30 процентов.
30 миллионов пар оснований не прочитано (примерно 1 % от общего генома).
Прочитан оказался только регион, который есть у шимпанзе. Те регионы, которые отсутствуют у шимпанзе, просто непросквенированы. И это 10 лет после победных реляций о полностью просеквенированном геноме человека. И сравнении уже 500 разных человеческих геномов. И все эти сравнения без большей половины Y хромосомы????
Непрочитанный регион на Y хромосоме не имеет большого количества GC пар и не обладает большим количеством палиндромов.
Непонятна сложность секвенирования.
У таких приматов, как горила и макака, вообще отсутуствует Y хромосома в геномных проектах. Так что общего мужского предка и
приматов выявить невозможно. Хотя как раз по этой хромосоме было бы сделать это проще, из-за отсутствия кроссинговера.
Отсутствуют данные по Y хромосоме и для крысы.
Длина хромосом варьирует у приматов до 20 раз.
Вот уж чудеса.
А это единственная хромосома,которая не подвержена кроссинговеру, так как с X хромосомой не происходит обмена гомоличными участками.
Идеальный объект для филогенетиков.
Интересно и то что у одной из обезьян Y хромосома в 30 раз меньше чем у человека, вместо 60 мбп, 2 мбп, у Шимапнзе Y хромосома в 2 раза меньше. А у мыши 90 мбп. И в 4 раза больше кодирующих последовательностей. Y хромосома у мыши была прочитана без всяких проблем и затруднений.
Внизу дана статистика длины Y хромосом у разных приматов, указаны количества генов и общая длина. И виды, у которых вся информации по Y отсутствует.
Human
Chromosome Statistics
Length (bps)
59,373,566
Protein coding gene count
72
Short non coding gene count
54
Long non coding gene count
83
Pseudogene count
346
Variations
332,740
Из них прочитано только 29 миллионов, остальны6е просто неизвестны. Вот и просеквенированный геном человека
.
Pan troglodytes
Chromosome Statistics Y
Length (bps)
26,342,871
Protein coding gene count
90
Short non coding gene count
64
Pseudogene count
7
Variations
21,686
Mouse
Chromosome Statistics
Length (bps)
91,744,698
Protein coding gene count
377
Short non coding gene count
11
Pseudogene count
6
Variations
1,485,967
Y хромосома вообще не указана орангутана и макаки
http://www.ensembl.org/Pongo_abelii/Location/Genome
http://www.ensembl.org/Macaca_mulatta/Location/Genome
А вот еще один интересный примат мармозетка.
Y хромосома всего 2 мбп!!!
Chromosome Statistics
Length (bps)
2,853,901
Protein coding gene count
20
Short non coding gene count
3
Pseudogene count
5
У меня один простой вопрос - откуда информация про 30% ??? И про только 29 миллионов прочитанных нуклеотидов по Х хромосоме человека ???
Цитата: Питер от октября 03, 2013, 10:06:53
У меня один простой вопрос - откуда информация про 30% ??? И про только 29 миллионов прочитанных нуклеотидов по Х хромосоме человека ???
Не X хромосома, а Y хромосома. Это наиболее интересная с точки зрения определения родства, чтобы найти общего мужского предка. Но пока Y, не перепутайте с X, прочитана полностью у шимпанзе. У человека больше половины не прочитано. Как впрочем, у большинства млекопитающих. Даже у крысы не данных по секевенсу для Y хромосомы, только у мыши.
Ссылок я дал достаточно.
Но вот еще парочка.
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Location/Chromosome?r=Y:31344795-31444795
Общий вид хромосомы.
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Location/Compara_Alignments?r=Y:36177331-37177330
Вот так выглядят регионы не прочитанные совсем.
Есть ли у Вас другие более современные данные?
На мой взгляд, тема секвенирования Y-хромосомы у родственных видов интересна и еще по одной причине. Это же лишняя (точнее, наоборот, весьма не лишняя) возможность проверить концепцию Геодакяна о мужском поле как "испытательном полигоне" для новых аллелей и генов, согласно которой они сначала "тестируются" в Y-хромосоме, а потом перемещаются в аутосомы. А тут появляется возможность и посмотреть, имеют ли отношение гены Y-хромосомы к чему-либо, кроме репродукции (тут, конечно, обязательно надо учитывать возможные плейотропные эффекты), а также выяснить, насколько эволюционно стабильна "начинка" Y-хромосомы (что иначе означает: насколько она используется как временный носитель "испытываемых" генов).
Цитата: Иван Антонович от октября 06, 2013, 20:07:33
Цитата: Питер от октября 03, 2013, 10:06:53
У меня один простой вопрос - откуда информация про 30% ??? И про только 29 миллионов прочитанных нуклеотидов по Х хромосоме человека ???
Не X хромосома, а Y хромосома. Это наиболее интересная с точки зрения определения родства, чтобы найти общего мужского предка. Но пока Y, не перепутайте с X, прочитана полностью у шимпанзе. У человека больше половины не прочитано. Как впрочем, у большинства млекопитающих. Даже у крысы не данных по секевенсу для Y хромосомы, только у мыши.
Ссылок я дал достаточно.
Но вот еще парочка.
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Location/Chromosome?r=Y:31344795-31444795
Общий вид хромосомы.
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Location/Compara_Alignments?r=Y:36177331-37177330
Вот так выглядят регионы не прочитанные совсем.
Есть ли у Вас другие более современные данные?
Виноват - перепутал X и Y. По Y и правда засада (как, впрочем, и по прицентромерному гетерохроматину всех аутосом) - слишком много повторов с очень высокой гомологией, и их секвенировать как сейчас секвенированием "пятого поколения" не удается. То есть секвенировать можно, риды будут - но вот контиги не соберешь. Идти через клонирование гетерохроматина каждого индивида - тоже не путь, опять же построить нормальный контиг клонированных последовательностей крайне сложно.