paleoforum.ru

У меня вопрос  по поводу самого первого гена.
Первая клетка произошла из смеси молекул. Первые молекулы были РНК, которые обладали каталитической активностью. Потом только подтянулись липиды, белки и в самую последнюю очередь образовалась ДНК, как самый надежный способ хранения и передачи информации. После случайного возникновения самореплицируюшейся системы, возник первый ген, который кодировал первый белок. По логике первым геном должен был быть ген, который кодировал ДНК полимеразу 1, так как она отвечает за репликацию ДНК. Иначе не возможно передачи наследственной информации и таким образом деления как основного механизма для размножения живого. Все остальные гены, только должны нести вторичную функцию. Репликация невозможна ни в одной клетке без аналогов ДНК полимеразы один. Потом из полимеразы 1 образовались методом дупликации и последующей мутации другие гены, такие как актинин, гемоглобин, эритропоэтин, киназы, фосфорилазы и т.д. Я правильно понимаю происхождение разных генов? Сначала дупликация, потом мутация до определенной функции? Или это происходит как то по другому? То есть вначале был один или несколько генов, которые дали начало всем 20000 генам человека. В принципе сравнивая,
гены между собой можно было бы получить группу самых первых генов или самого первого гена? Ведь гены произошли методом дупликации с последующими точковыми мутациями?Может мне кто то объяснить это?

Первый   ген   был  уже  в  РНК  мире.  И  первые  белки (точнее,  пептиды)  тоже  были уже  там.

А какой первый ген был на уровне ДНК?  Мы об РНК генах никак не можем судить, только о ДНКовых. И самое интересное какой был самый первый ген. Его же можно легко определить, методом сравнения последовательностей уже существушщих генов. Зная скорость мутаций, для каждого вида, можно сделать генеалогическое дерево для генов и найти самый первый на уровне ДНК, что было в РНК мире, мы ничего сказать не можем.

Я  вообще не могу себе представить образование новых генов методом случайных мутаций. Ну дупликация это понятно, потом могут быть случайные инсерции или делеции, но как они приведут к образованию из ДНК полимеразы 1, актинин? Да никак, последовательности абсолютно разные, ни методом делеций, ни кроссинговером получить их нельзя.  Я тоже не согласен с перым геном как ДНКполимераза 1. Я думаю одним из первых генов должна была быть  обратная транскриптаза, чтобы из нуклеотиднх дезоксириботрифосфатов  синтезировать ДНК. Причем скорее всего РНК были дуплексные, так что считка происходила с обеих гомологичных цепей.  Все это на уровне бактерий, у эукариот я вообще не могу представить разумную модель получения новых генов, так как дупликации должны происходить в половых клетках. В особенности у млекопитающих может растянутся на годы. Тем не менее все виды имеют уникальные гены, которые не произошли из других генов, так как не обладают никакой степенью гомологии к этим другим генам. Они уникальны и даже не могут быть отнесены к какому то кластеру генов, как и белки которые они кодируют.

Pole,  назовите  мне    хотя  бы    один (ОДИН)  ген  человека  или  банальной  E. coli,  который   не  имеет    НИКАКОЙ   гомологии с  генами   других   организмов.    А  пока  - не  надо  ля-ля. 
Иван  Антонович,    учите    матчасть   дальше  и  глубже.  У  вас   тоже  пока в  голове       желтый  туман. Например,   насчет  скорости  мутаций  -  туман.  Насчет  анализа  гомологий  на   больших  временных  промежутках  -  тоже  туман.  Насчет  одного   первого  гена  -  туман. 
И  общий   вопрос к  обоим   -    откуда  черпаете   свои   биологические  знания ?   Что    прочитано  из  учебников  по  молбиолу ?    Просто  интересно,  на  каком       базисе  растут  такие  надстройки.

Питеру
так я и не спорш, что у меня желтый туман. Поэтому и хочу научного ответа, что говорит по этому поводу наука. Если делается генеалогихеское дерево для живых организмов, то почему не сделать этого для генов. Поэтому у меня вопрос, какой был самый первый ген??

Кто знает на это ответ? У меня знаний, чтобы ответить на этот вопрос нет. И погуглив ничего я не нашел, поэтому и спрашиваю ученых, знающих больше моего.
Какой ген был самый первый (какая группа генов была самой первой) и как другие гены произошли по генеалогическому дереву.

Ну вот я нашел один из многих белков уникальных для человека.
Каким образом произошло образование этого белка?
Никаких гомологий с другими известными белками ни на белковом уровне, ни на ДНК,( если сделать обратную трансляцию он не показывает)
Через недельку закачаю еще десятка два. Методом дупликации гена, такой белок не получить. Да и ген, кодирующий этот белок состоит из многих экзонов.

>gi|310118493|ref|XP_003118542.1| PREDICTED: hypothetical protein LOC100506504 [Homo sapiens]

Homo sapiens неизвестный ген нет ни одной почожей последователхности ни в одном из известных видов.
Проверено программой BLAST. Eсли не верите проверьте сами.

MEPPFTRLEGRMSRRAAPFGASQDGAGWVQLVKRNAAPQPLQTKPNSPARGWITGHPAAAFPPEEPRRLP
RPEMPPVWLCLSPVPRQLGGSIPKQMHPAHDGTPGTPILRTLQSFKLELAGFCLYRHRLQSLRCCLAGKC
RAGGAGPQLEAPRCSPPLHCRAQGGQEQPQQQQKPNWERNRGKNPHRLLGTYKEMPTSILLTWHLLTWHL
LGCHKTDKSFHVRLDTCQGGVSKLGHRQHPRPGHWVEETVLGRSRREGPGLFP

1.   Этот  ген (его  другое    и  более  правильное  название RP11-181G12.2)   не  является   белок-кодирующим  в  принципе.   Это  антисмысловая  РНК  к 3' нетранслируемой  области   гена   PRKCZ.
Ссылочка  http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?db=core;g=ENSG00000182873;r=1:2113233-2115828

2.  А  теперь смотрим  гомологии    этого   гена с  другими  геномами

Это    шимпанзе.   Гомология  гена RP11-181G12.2.   Ну  и как,  эта  последовательность в  геноме   шимпа  есть ?
Да,   функционально  она  у  шимпа  не  аннотирована   -   но   объемы  информации в    базах  данных у  человека  и  шимпа  не  сопоставимы.
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Location/Compara_Alignments?align=559;db=core;g=ENSG00000182873;q=RP11-181G12.2;r=1:2113233-2115828
У    кошки  -   да,  нет. Но    где  мы  и  где  кошки  и  последовательность  (повторяю)   не   белок-кодирующая.
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Location/Compara_Alignments?align=614&db=core&g=ENSG00000182873&r=1%3A2113233-2115314&t=ENST00000333854


Пишу  из  дома  с  ноута,  на    котором  нет  хорошего      геномного   браузера.  Но  и  так  ясно,  что помследоваательность в  геноме       у  высших  обезьян  уже   была.

И  насчет  голосовалки.  Она    не  корректна.    Новые белок-кодирующие   гены  происходят  и  путем    дупликаций,  и  путем  тасования   экзонов,  и  путем   точковых  мутаций,  и  путем   ретротранспозиции,  и  путем     неравного    кроссинговера,  и ...

Иван Антонович, насколько мне известно, когда впервые построили дерево человеческих гаплогрупп (где все произошли из Африки), то оказалось, что дерево можно было построить несколькими разными способами. Как там сейчас, не знаю, но вывод такой, что с тех пор много изменений (мутаций) происходило, так что исходный вариант может и восстановить нельзя.

Еще немножко Ивану Антоновичу

http://compulenta.computerra.ru/zemlya/paleontologiya/10004812/

Цитата: Иван Антонович от мая 07, 2013, 13:26:37
У меня вопрос  по поводу самого первого гена.
Первая клетка произошла из смеси молекул. Первые молекулы были РНК, которые обладали каталитической активностью. Потом только подтянулись липиды, белки и в самую последнюю очередь образовалась ДНК, как самый надежный способ хранения и передачи информации. После случайного возникновения самореплицируюшейся системы, возник первый ген, который кодировал первый белок. По логике первым геном должен был быть ген, который кодировал ДНК полимеразу 1, так как она отвечает за репликацию ДНК. Иначе не возможно передачи наследственной информации и таким образом деления как основного механизма для размножения живого. Все остальные гены, только должны нести вторичную функцию. Репликация невозможна ни в одной клетке без аналогов ДНК полимеразы один. Потом из полимеразы 1 образовались методом дупликации и последующей мутации другие гены, такие как актинин, гемоглобин, эритропоэтин, киназы, фосфорилазы и т.д. Я правильно понимаю происхождение разных генов? Сначала дупликация, потом мутация до определенной функции? Или это происходит как то по другому? То есть вначале был один или несколько генов, которые дали начало всем 20000 генам человека. В принципе сравнивая,
гены между собой можно было бы получить группу самых первых генов или самого первого гена? Ведь гены произошли методом дупликации с последующими точковыми мутациями?Может мне кто то объяснить это?

Почитайте теорию гиперциклов Эйгена для начала.

Уважаемый Питер. Спасибо за ссылки. Действительно этот белок, если делать blastx on ncbi server дает гомологию с ДНК шимпанзе. Я в по скорому сделал только blastp, белок не был анотирован у шимпанзе и не вылез. Насчет транслируется он или нет, пока нихего не известно, то что он лежит в анитсенс позиции еще не говорит, что его собственная трансляция невозможна.
Сейчас по тем данным которые есть, у нас 1 процент от генома человека отличается на SNP  и 3 процента indel's то есть вставки и делеции. то есть около 90 миллионов нуклетидов предтсавляют вставки или делеции.  Из  них многие вставки протяженностью несколько тысяч нуклеотидов. Если исходить, из того, что около 1 процента кодирующих, то мы должны ожидать примерно 900000 нуклеотидов (1 процент от 90 миллионов), которые  отвечают за синтез генов. При средней длине гена 2000 нуклеотидов, мы должны были бы иметь 450 уникальных для обоих видов генов.

Дж Тайсаеву, С удовольствием почитаю, дайте ссылочки.
Но вопрос все таки остается, у нас ест; определенные логические неувязки с функционированием первых генов.
1. Неувязка -  касается специфичности тРНК, привязка аминокислот осуществляется белком. То есть белок был раньше
2. Неувязка - для синтеза белка нужны слишком длинные РНК молекулы типа 16S RNA,  те кто работал с РНК знают насколько такие молекулы не стабильны.

То есть меня интересует больше. как обойти логические проблемы, белок с одной стороны нужен для привязки аминокислот к тРНК, потом специфичность тРНК, мы должны были бы ожидат;, что все тРНК одинаково способны связывать разные аминокислоты, но существует высокая специфичность, которая потом используется генетическим кодом. как происходил отбор таких тРНК? Не видно ли здесь логического тупика?

Уважаемый Micr,
Я прочитал вашу ссылку. Нашел один пассаж, который меня удивил
http://compulenta.computerra.ru/zemlya/paleontologiya/10004812/
"Жизнь зародилась свыше 3 млрд лет назад: соотношение изотопов углерода в гренландской породе возрастом 3,8 млрд уже несёт её отпечаток. Но дело даже не в том, что найти ископаемое тех лет трудно, — быть может, самое первое звено эволюции не сохранилось вовсе, а если оно и осталось в палеонтологической летописи, то может кардинальным образом отличаться от нынешних форм жизни, и мы его просто не заметим. Поэтому старейшими физическими следами жизни предлагается считать микроскопические образования в австралийских породах возрастом 3,4 млрд лет, хотя далеко не все с этим согласны.

Здесь говорится о том, что изотопы углерода несут отпечатки возраста 3,8 миллирда лет,  макскимум  возраста, который можно определить углеродным составляет 50000 лет, но никак не 3,8 миллиарда лет. Это вы мо'ете прочитать по следующей ссылке
http://elementy.ru/trefil/21198
"Датирование с помощью анализа углерода-14 (известное как радиоуглеродное датирование) широко используется для объектов, чей возраст не превышает нескольких десятков тысяч лет; сюда относится большинство археологических находок. Предел современных методов — около 50 тысяч лет. В более древних объектах, таких как горные породы и метеориты, остается слишком мало углерода-14. Для определения их возраста необходимо найти другие «часы»".

Иван Антонович. http://www.twirpx.com/file/188291/

И самая большая на мой взглят логическая проблема в синхронных мутациях. Например существуют такие молекулы как титин. Аминокислот в этом белке 35000, экспрессия осуществляется исключительно в кардиомиоцитах, трансляция занимает около 10 часов времени. 365 экзонов, в зависимости от варианта, длина гена 360000 бп. У бактерий нет, элементы титина встречаются у насекомых, но с 35000 а.к.только у млекопитающих. Титин главный белок саркомера, и привязан к другим кардиоспецифическим белкам типа актинин. То есть, чтобы получить саркомер, нам нужны мутации в регуляторной областти, потом серия дупликаций в рамке считывания, чтобы получить титин 35000 ак, плюс  нужны мутации во всех других белках, которые образуют саркомер, чтобы они могли связаться определенным образом с титином. Для этого кардиомиоциты должны терпеть 10 часовую трансляцию титина, при чем до сих пор неизвестно, как она точно происходит. Предполагается, что траснляция начинается до полного процессинга этого гена. Я уж не говорю о пространственных трудностях с размещением такой большой молекулы в кардиомиоците. Сколько нужно было провести согласованных дупликаций, потом серия мутаций, чтобы подогнать открытую рамку считывания для всех этих дупликаций и только затем, синхронные мутации в сопровождающих белках и одновременно мутации в промоторной области, чтобы запустить эти гены исключительно в мышечной или кардио ткани. Меня это несколько напрягает, синхронные мутации, цепь последовательных дупликаций, и каждый раз подкоректировка, чтобы сохранялась рамка считывания. Для клетки это ввобще жуткая энергетическая нагрузка транслировать такую РНК, один разрыв и полноценного белка не получить, начинай все сначала. Протяженность большая, одна нуклеотидная вставка или делеция и опять весь белок разваливается.

Потом с дупликацией генов есть тоже некоторые неувязки. У нас есть изначально функциональная система.В какай то момент, один или несколько генов дуплицируются, те которые работали продолжают хорошо работать, система жизнеспособна. Мутации не трогают изначальных генов. Они хорошо законсервированы. Только дупликатам разрешено мутировать, но изначальная система была адаптирована, как останавливается этот мутационный эксперимент на дупликатах? Как germ line узнает, что все, с этим дупликатом мы больше не экспериментируем. Ну например, как в случае с титином, как это происходит в половых клетках, что этот дупликат достиг оптимума мутаций, если изначальная система была и так оптимальна для этой среды обитания, а все мутации на ген-дупликатах на жизнеспособность исходного организма никак не влияли. Что дает сигнал всей системе, все дупликаты оптимальны, их не надо больше изменять?? Когда начинается консервация генов?

Извините, я тут задам свой небольшой вопросик: как получаются новые гены в общих чертах ясно. Но мне совершенно не понятно, как они "уходят". Вот Марков в книге "Рождение сложности" пишет про то, что геном птиц кардинально уменьшался. Но как это возможно?

Уважаемый Питер,

Вы мне дали очень хорошую ссылку по сравнению геномов, так как раньше я делал все исключительно по ncbi. Вы дали ссылку как раз на прекрасный пример инсерции. Ее Вы можете сами посмотреть здесь

http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Location/Compara_Alignments?align=559;db=core;g=ENSG00000182873;q=RP11-181G12.2;r=1:2113233-2115828#r=1:2614531-3614530

Последовательность на многие килобазы не прочитана, но перед серией NNNNNNNN есть вполне осмысленная последовательность, она продолжается и дальше. В общем я нашел контиг длинной считая NNNNNN... в 90 кб.
Если у Вас будут проблемы с открытием этого  линка, могу сбросить последовательность на маил.


Это инсерция уникальна для человека. У Pan troglodytes ее нет. Я провел еще анализ на expressed sequencing tags (ESTs) и нашел несколько просеквенированных РНК из этой области
Несколько из STS здесь, полностью уникальные последовательности для человека, которые экспремируются, к сожалению пока есть только STS, полной мРНК нет  :(

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest/12273189?rid=szu5ma9201r&blast_rank=1&log$=nuclalign&report=genbank

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest/12273185?rid=szu5ma9201r&blast_rank=3&log$=nuclalign&report=genbank

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest/31129166?rid=szu5ma9201r&blast_rank=4&log$=nuclalign&report=genbank

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest/52665586?rid=szu5ma9201r&blast_rank=7&log$=nuclalign&report=genbank
внизу эта последовательность, я не смог найти гомологов по всем базам данных, кроме как у человека.

  1 gcgctaagtg aactgctccg agacccacag gcgagcatct gacggcctgg aacagcaccc
       61 acacccccta ggtgagcatt ggacatgcct ggagcagcac ccacaacccc aggcgggcaa
      121 ccgacaacct ggagcatcac ccacacccac agttgagcat ctgacttcgt ggagcataac
      181 ccaacacgca caggtgagca tctgacagcc cggagctgca cccacaccct caggtgagtc
      241 tctgacagcc tggaacagca ccctgcacac ccaggtgagc atccgacagc ctggagcagc
      301 atccacaccc ccagttgagc aactgatggt ctggagcagc acccacaacc acaggtgaac
      361 atcagagagt ctgggagcag gcgccgaaaa gcccaggcga gcatctgaca gcctggagca
      421 agtgcccaaa cacccaggtt agcatctgac agca

В любом случае спасибо за хороший сайт, там можно спокойно пройтись по всем инсерциям и поискат; новые человеческие гены, пока что то с этим у молекулярщиков туго.

Я буду благодарен, за любые данные если Вы найдете гомологии для этих участков у других животных и обьяснение, как они произошли, хотя там есть повторящиеся элементы, но в других организмах, пока аналогов не нашел.

Еще несколько  замечаний по поводу тРНК из википедии.

Без тРНК невозможен синтез белка, но для правильного распознания генетического кода нужно 80 разных
Аминоацил-тРНК-синтетаз. И вот вопрос, что первично????

Аминоацил-тРНК-синтетаза (АРСаза) — фермент синтетаза, катализирующий образование аминоацил-тРНК в реакции этерификации определенной аминокислоты с соответствующей ей молекулой тРНК. Для каждой аминокислоты существует своя аминоацил-тРНК-синтетаза.

АРСазы обеспечивают соответствие нуклеотидным триплетам генетического кода (антикодону тРНК) встраиваемых в белок аминокислот, и, таким образом, обеспечивают правильность происходящего в дальнейшем считывания генетической информации с мРНК при синтезе белков на рибосомах.

Цитата: Иван Антонович от мая 12, 2013, 21:18:00
Уважаемый Питер. Спасибо за ссылки. Действительно этот белок, если делать blastx on ncbi server дает гомологию с ДНК шимпанзе. Я в по скорому сделал только blastp, белок не был анотирован у шимпанзе и не вылез. Насчет транслируется он или нет, пока нихего не известно, то что он лежит в анитсенс позиции еще не говорит, что его собственная трансляция невозможна.
Сейчас по тем данным которые есть, у нас 1 процент от генома человека отличается на SNP  и 3 процента indel's то есть вставки и делеции. то есть около 90 миллионов нуклетидов предтсавляют вставки или делеции.  Из  них многие вставки протяженностью несколько тысяч нуклеотидов. Если исходить, из того, что около 1 процента кодирующих, то мы должны ожидать примерно 900000 нуклеотидов (1 процент от 90 миллионов), которые  отвечают за синтез генов. При средней длине гена 2000 нуклеотидов, мы должны были бы иметь 450 уникальных для обоих видов генов.

Проблема  только в  том,  что  этих  генов  нет.   Знаете  как  было  бы    здорово  -   вот  появился  новый  ген  и    шимп   стал  человеком.  Но  -  не  получается. Да,   есть    специфичные    для  человека  инсерции  ретроэлементов   -  но  их  же  нельзя  считать  новыми  генами   в  смысле  "такого   никогда  не  было  -  и  вот". 
По  поводу    гена  -    там  нет  белка.  Есть     транскрипт, причем  крайне       слабо  экспрессирующийся.  И в  геноме  шимпа   -  как  вы  сами  признали  -  он  есть.
Насчет  снипов  и    инсерций-делеций.   Так  и  мы  между  собой  сильно  отличаемся  и  по   инс-делам,  и  по  снипам. Что,  у  разных  людей  тоже  будут  новые  гены  ?
Ну  и еще  одно  общее   замечание.  Бласт  -  плохой  механизм   для  работы  с  длинными  последовательностями.   
Насчет  стабильности  РНК.   Где  она  нестабильна  ?   При выделении ?  Извините,  фигня  -        работать  надо  уметь,  28  и 18S   РНК  выделяются     великолепно.  И  Прочие  РНК   -   тоже,   Нозерны   без    шмеров  с  транскриптами в  5000-7000   пар  показать ?
В  клетке  ?   Ну  там  этот  процесс  строго     регулируется   -  и  если  нужна  стабильная   РНК,  она  будет  стабильной. 

Питер
Проблема  только в  том,  что  этих  генов  нет.   Знаете  как  было  бы    здорово  -   вот  появился  новый  ген  и    шимп   стал  человеком.  Но  -  не  получается. Да,   есть    специфичные    для  человека  инсерции  ретроэлементов   -  но  их  же  нельзя  считать  новыми  генами   в  смысле  "такого   никогда  не  было  -  и  вот".
По  поводу    гена  -    там  нет  белка.  Есть     транскрипт, причем  крайне       слабо  экспрессирующийся.  И в  геноме  шимпа   -  как  вы  сами  признали  -  он  есть.
Насчет  снипов  и    инсерций-делеций.   Так  и  мы  между  собой  сильно  отличаемся  и  по   инс-делам,  и  по  снипам. Что,  у  разных  людей  тоже  будут  новые  гены  ?
Ну  и еще  одно  общее   замечание.  Бласт  -  плохой  механизм   для  работы  с  длинными  последовательностями.   
Насчет  стабильности  РНК.   Где  она  нестабильна  ?   При выделении ?  Извините,  фигня  -        работать  надо  уметь,  28  и 18S   РНК  выделяются     великолепно.  И  Прочие  РНК   -   тоже,   Нозерны   без    шмеров  с  транскриптами в  5000-7000   пар  показать ?
В  клетке  ?   Ну  там  этот  процесс  строго     регулируется   -  и  если  нужна  стабильная   РНК,  она  будет  стабильной. 
Вам удалось посмотртеть последовательности которые я Вам прислал?
Что 16 С РНК хорошо видно на блоте, так это и понятно ее очень много, и она все время вылезает, когда ее и не нужно. Потом не забывайте, для выделения РНК мы используем разные реактивы, которые предохраняют РНК от деградации, без них просто лизируя клетку SDS вряд ли Вы получите хорошую не деградированную РНК.

Насчет нахождения кодирующей области одного гена в 3 некодириующей области другого гена, так это встречается довольно часто, а слабая экспрессия, тоже довольно распространенная вешь, в особенности для мастер генов.

Посмотрите новые последовательности, причем с Вашего сайта. Буду благодарен за анализ и за меьанизмы как эти ЕST произошли.

Питеру

Я прошу дать какую то модель для происхождения этих РНК, из чего они произошли, это регион про который я уже писал 110000 бп, инсерция специфичная для человека. А внизу даны короткие просеквенированные фрагменты мРНК имеющие открытую рамку считывания, несколько из них специфичны для нейронов. Я не нашел никаких гомологий для этих последовательностей в базах данных, буду рад если Вы меня подкорректируете.

В любом случае прошу механизм, как эти РНК появились


http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest/12273189?rid=szu5ma9201r&blast_rank=1&log$=nuclalign&report=genbank

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest/12273185?rid=szu5ma9201r&blast_rank=3&log$=nuclalign&report=genbank

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest/31129166?rid=szu5ma9201r&blast_rank=4&log$=nuclalign&report=genbank

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest/52665586?rid=szu5ma9201r&blast_rank=7&log$=nuclalign&report=genbank
внизу эта последовательность, я не смог найти гомологов по всем базам данных, кроме как у человека.

Прогнал  случайные      200    нуклеотидов  из  геномной  последовательности  человека  из  вашего  поста.  По  которым   нет   по   вашим  словам  гомологии  ни с  чем.    Тупо в    blastn   -   и  нашел примерно  80%    гомологии с    хромосомой    16    шимпанзе,  хромосомой  16   человека  и   каким-то  клоном  макаки.   То  есть    опять  же  нет  ничего   принципиально    нового.
Теперь  по  поводу  EST.    Первое,  что    надо  показать  -    что  эти  транскрипты   есть в  реальности.    Блот,     ПЦР  -  что  угодно.   По  одной  простой  причине   - в  базе   данных  EST   царил  и  царит  бардак.  По  самому  механизму  их    получения  в  библиотеки  EST  попадает  все  - в  том  числе        короткие  фрагменты  геномной  ДНК.  Далее    все  сиквенсы   выкладываем  в    базу  без  какой-либо  верификации.   В  итоге   базы   EST   полны  мусором.   

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#485043614

Это  blastn  анализ  вашего   последнего   транскрипта.  Первые   120   пар.    В  частности хорошая  гомология  с  мРНК  макаки.
Но     по  сути  повторюсь  -     это    мусор. 

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#34638504
Это  тоже   бласт  -  но   по EST.   Как  вам  гомология  с  шистосомой ?

В  первую  очередь  это  к  тому,  что  гомологии   есть    -   и с  геномами,  и с  транскриптами.  Ничего  из  ничего  не   возникает  -    даже   экспериментальный   мусор  возникает  из  чего-то.

Цитата: catty от мая 13, 2013, 00:15:21
Извините, я тут задам свой небольшой вопросик: как получаются новые гены в общих чертах ясно. Но мне совершенно не понятно, как они "уходят". Вот Марков в книге "Рождение сложности" пишет про то, что геном птиц кардинально уменьшался. Но как это возможно?
[/quoteков.
Уменьшение  генома   -   это  не  всегда   уход  генов.   Это    уход   межгенных  участков  в  первую  очередь.

К сожалению, я не не смог открыть ваших blast анализов, никак не могу найти гомологий с макаками.
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#485043614

и


http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#34638504

У меня обе эти ссылки не открываются.



Можете прислать accession number для последовательностей макак?

Все эти EST хорошо лежат на  геномной последовательности, и и меют протяженную открытую рамку, что еще нужно.

Вот анализ BLASТ по последней последовательности, никаких последовательностей он не выдает в других видах как в человеке.

Select for downloading or viewing reports    Description      Max score       Total score       Query cover       E value      Max ident     Accession
1    
Human DNA sequence from clone RP13-436F16 on chromosome 1, complete sequence
   728    47701    98%    0.0   96%    AL831784.17
2    
Homo sapiens FOSMID clone ABC14-1188822O7 from chromosome 1, complete sequence
   547    15964    98%    3e-152   90%    AC242022.2
3    
Homo sapiens FOSMID clone ABC12-49050800J17 from chromosome 1, complete sequence
   446    22494    98%    1e-121   85%    AC234231.3
4    
Homo sapiens FOSMID clone ABC10-44448000P11 from chromosome 1, complete sequence
   405    29379    98%    2e-109   84%    AC243314.3
5    
Homo sapiens FOSMID clone ABC10-1608270N3 from chromosome 1, complete sequence
   370    8951    98%    6e-99   83%    AC243771.3
6    
Human DNA sequence from clone RP11-740P5 on chromosome 1, complete sequence
   355    3768    96%    2e-94   82%    AL592464.24
7    
Homo sapiens DNA, clone:pHGC32
   316    1318    94%    8e-83   82%    D88108.1

Питер

Я нашел что Вы имели ввиду.

Очень низкая гомология, но она есть у макак. Уровень гомологии намного ниже, чем по другим последовательностям..

Но с этим белком


MEPPFTRLEGRMSRRAAPFGASQDGAGWVQLVKRNAAPQPLQTKPNSPARGWITGHPAAAFPPEEPRRLP
RPEMPPVWLCLSPVPRQLGGSIPKQMHPAHDGTPGTPILRTLQSFKLELAGFCLYRHRLQSLRCCLAGKC
RAGGAGPQLEAPRCSPPLHCRAQGGQEQPQQQQKPNWERNRGKNPHRLLGTYKEMPTSILLTWHLLTWHL
LGCHKTDKSFHVRLDTCQGGVSKLGHRQHPRPGHWVEETVLGRSRREGPGLFP

У макак он есть, но отсутствует у всех других видов!!!!

У макак этот белок тоже находится в мРНК. Очень хорошая гомология на белковом уровне.

Но вопрос как возник этот ген. и этот белок????

Я не стал бы его просто так выкидыват; как артефакт.



Про EST которые я посылал они все попадают на РНК макак, хотя уровень гомологии всего 83 процента, что очень мало для таких родственных видов.


Буд искать уникальные гены дальше  ;D

Еще  раз  повторяю  -  простой  прогон  по    базе  данных   не  дает в  принципе  ответа  на   вопрос,  экспрессируется   ли  эта последовательность в  реальности.   И    как.   Понимаете,  геном  в  целом  "подтекакет "   и в  принципе  если   долго   мучиться    можно  найти  в  составе   РНК   любую     геномную    последовательность.   Но   надо  подтвердить  реальность   транскрипта   -     клонировать  полноразмерную  мРНК  (  а  не  кусочки),      оценить     уровень  экспрессии.       

Ну  и   хочу  напомнить,  с  чего    начинали.   С  уникальности        последовательности в  геноме  человека.   Теперь    с  уникальностью  все.   У  макаки  она  есть.   Если  будет  больше  информации  по  шимпу,  горилле  и   прочим  приматам  -   будет  и  там.

Цитата: Иван Антонович от мая 13, 2013, 15:21:29

В любом случае прошу механизм, как эти РНК появились

Чем могу

гипотеза мира РНК (Википедия) (http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%93%D0%B8%D0%BF%D0%BE%D1%82%D0%B5%D0%B7%D0%B0_%D0%BC%D0%B8%D1%80%D0%B0_%D0%A0%D0%9D%D0%9A)

Может, чего-то не понял. Поэтому ни на чем не настаиваю.

Про возраст земли, в компьюленте чего-то перепутали наверное (http://vunivere.ru/work835/page4)

Питер,

Здесь еще парочка белков, вроде как чисто человеческие
Вот первый белочек
GLIRQHLQPPLEVTWTVCGHCWLRVELGWVHLRLRLLSQVKN
                     SPGPLEVKGWDGGRRAGGILAVQRRAGSPGPEPVLPGPPARLQQAWCSEQRETRPAPQ
                     RVVTPVLARTDSEPSGLRGTHKPHRWGCRCGAHRAGARLVGTGMGPGESALGWAARMP
                     PALFPPSHPFHFQRPRDIFKGKGKDREKVQAGLGSGPVGSSGRRGGLYHDGLELGLEV
                     SLPGCWESPGGQEGCSRLREGQVQSPEWGRRWAAVWVVQPDWPQHRRWDQVTLESPSP
                     HCSPMAICRAITRLCNASPQRPGAPGEQLCPFSRD



и еще маленькая EST шка

DC311030 BRALZ2 Homo sapiens cDNA clone BRALZ2000029 5-, mRNA sequence
GenBank: DC311030.1
EST FASTA
LOCUS       DC311030                 544 bp    mRNA    linear   EST 05-JAN-2011
DEFINITION  DC311030 BRALZ2 Homo sapiens cDNA clone BRALZ2000029 5', mRNA
            sequence.
ACCESSION   DC311030
VERSION     DC311030.1  GI:146019498
DBLINK      BioSample:LIBEST_018312
KEYWORDS    EST.
SOURCE      Homo sapiens (human)
  ORGANISM  Homo sapiens
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
            Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE   1  (bases 1 to 544)
  AUTHORS   Wakamatsu,A., Ishii,S., Yamamoto,J., Sekine,M., Yokoi,T., Kanda,K.,
            Kondo,H., Murakawa,K., Ishida,S., Takahashi-Fujii,A., Tanase,T.,
            Sugiyama,T., Wagatsuma,M., Ota,T., Nagai,K., Sugano,S., Kikuchi,H.
            and Isogai,T.
  TITLE     NEDO human cDNA sequencing project
  JOURNAL   Unpublished (2007)
COMMENT     Contact: Takao Isogai
            FLJ Project (HRI Team)
            Helix Research Institute
            2-6-7 Kazusa-Kamatari, Kisarazu, Chiba, 292-0818, Japan
            Email: flj-cdna@nifty.com
            NEDO human cDNA project (New Energy and Industrial Technology
            Developmental Organization, Japan); cDNA library construction:
            Helix Research Institute (HRI); 5'-end  one pass sequencing: HRI,
            Research Association for Biotechnology (RAB) and Biotechnology
            Center, National Institute of Technology and Evaluation; 3'-end one
            pass sequencing: RAB.
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..544
                     /organism="Homo sapiens"
                     /mol_type="mRNA"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /clone="BRALZ2000029"
                     /tissue_type="alzheimer cortex"
                     /clone_lib="LIBEST_018312 BRALZ2"
                     /note="Vector: pME18SFL3"
ORIGIN     
        1 ctttgtctct gtttttgtct gtctccccca tctctgtctc tctgtctccc tctgtctctg
       61 tctctctgtc tctgtctcct tctgtctctg tcactgtctc tccgtctctt cctccctcca
      121 tctctgactc tgcctgcgtc tgtctctctc tgtccctctg atgtctgacc caggtgggca
      181 gtacctgtgg tggttctgct gtccctgaag gaatgacatg ttctcgctct gcctgagaga
      241 cctcctttgc ctcctctgga gggtctgaga agacaggagg gcgctgggcc caccacaggg
      301 gcagatgacc tacgcatcac cctgcccacc ccagggcata gctgccacca aagggctggg
      361 ggctgccagc cgcggtgctc tggcagggac aggtcttccc ctggcgcccc cagggaagaa
      421 caggcaaccc atccacctgc ggaaagcctc cctcacatgg gcgagccccc gtgtgcagct
      481 gccatgctgc ctgacaatag ctgccaccac agagtcccca tcaccgccgc ctttgccgac
      541 ggag
MTYASPCPPQGIAATKGLGAASRGALAGTGLPLAPPGKNRQPIHLDHLRKASLTWASPRVQLPCCLTIAA
TTESPSPPPLPTEKQSHRVAGSPPEVAGPAGRHRVMPGSCFHVSCSKHQALLGNTPSASGLGGTCPASAW
PSVRVKGPNPGPLEELARTAFPTHSETSETAQMSINTRMGKHGMALCPLEHD


Знаю не любите, но мозговая, и гомологий ни с кем не дает
Белочек вполне приемлимый и вполне уникальный человеческий.

И еще маленькая 2500 нуклеотидная последовательность
AACACATACACACATACTAACACATACACACACACACTAACACATACACACACTAACACATACACATACTAACACATGCACACACTAACACATACACATACACACTAACACATACACATA CACACATACTAACACACACTTGTGACCATCATTGGTGATGATATTTTATCAACTCTGATGAATGTTATCTGCGTACACAAAAGTAGTCATCCCTCTAAAAGACCTCCCCTGCAGGAACTG  AATTAATGTGGTAGAAGCTTCCCTTGCTCCGGATGGGTTTTCAGAGGTAGATGAAGCTGGTGTGCTCACAAGACATCCTACTGCAGTGAAATCATCCTGGGTCCCGAGTACAGGCTCGGG   CCGTTCAAACATACACAATTTTAGGAGAACGTCAGTTGTCAATGTAAATCTCGTAACTACGACGCAGAGAGGAGAGGAAAGAGGCAGGCAGATGGGATTATGCAAACCGTGGCGATGCCT    CGGTGTGTTGCAATGCCGCGCATTTCGTGATGTTTGTGATGCTCCTGACTTACTAATGCCCTTTTTGTGCTTCTTCATAGGAGAGTGGGTACTTCTCTGCCCTGTGAATTTTGATGTGGA    AATTGCCCATTGCTCTCATGTCACATTAAGAGGTAAAATGGCATGCAAGACTACCGCTGGATATAATCTGGATGATATACACATTTGCAGAAGTGTATGAGAACGCTTTTTGAATTTGAG AACCACAGTTCTGAGTTTATGGTATCAACGAATATTTTTTAAATGGGCTTTTGAATTTAACCTAAAATGAGAGTCTTCTCGAACACAATCTGAATCCATTAGTAGTGATTTAACATGAAT
 

     TTACCGTCATCATATCATTCCGCCTGCCTCTCTGACTCTGAATCCCTTTGGCCAAGTCCATTGGCCAGATTATTATCTTGCCCTCTGGCATTTGGCAGGCATTTCTCTTCTTGGGATCAT
 

     TTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCAATAGCTATTTAAAGAGTAACTCAAAATATGACTCTTGCTTTTCATTGCCTATCATTTTTGGGATTTTGTGTGGATGTGTGTGTGTGTGTGTGT
 

     GTGTCTTTTTCTCCCTCTACTCGTCCCAACAGAAACACAATGAATGGAAGGATGAGTCAGTGTGCTTCTGGAAGTGTCTTCACATTTGTTTGTTACCCTAATCAATGGATGTTAGTACAG
 

     GAATGCAACCGCTGCATTAAATTAAAGAAAAAATAAAGGTAGATAATATAATATTAAAACAAAGTCGGTACTTACAGAAAGCACAGCTGAAGTCAGCGCCACCAGTTTGCAGGCAGGTGA
 

     CACCCTTCCCTGGGAGATCCCCTGGGGGAGCACATGAGGCCGGTCCTGCTGGCCACTGGGAGGGGCTGCAGGGAGGAGGAGCACCAGCCACACTCCCTTCCCTGCCCTGCCCTTGCAGGG
 

     GAAGAGGGAAGCCAAGCCCAGGCTCTGCATTAGCAAGAGGCAGAGAAAGGTGAGTATCCTGGAGAAGGTTTCACAAAGCTACTTTTTTCTTTTTGCAGGGAGAGTCCCTATAACATAATT
 

     GGACATCAAACAATTATGATGTTTGATATGAGAAGGAAGCAGAGTCCCTCCCATCCTCTGACACGTGCTTGTTACCTGCAGGCATATCCACGGGGACAGCTTCACCCTACCCTTCCGGCT
 

     GGGGAGACATCGCATTTGGAGGTGACTTCATCCTGGGAAATGCTGTACCGCATGATAGGGGCCATTTGCTGGAGGAGCAGGGGGGCTTTCAGACAGCAAAGAGCTCTCTGTTGGTGCCCT
 

     CTGCACCTTGGGCACAAATCGAGATTGGATTCCTGGGGAAACTCTTTGGAATATATAAAACATAACTTACTTTTTAAACCAATGACAGGTAGTTGTATCGTTATCTGACTGGAAAACAGA
 

     TGGTACATTCAAATTGCGTATTTGAAAAGGACTTGGGAAAGAGACTATTGACAGAGAAATGGGCAGTGTTTGGAGAATTACTGGGATTCAGCAGCCAGCGTCTGGCCCTGAAAAGACAGA
 

     GGAGAGAGCAGTTTCTAGAACCCGGAGATACAGACAGAAGAATGGAGAAGGTGCCTAGCGGGGAGCTGAGATTCTCATTCAGGGGTCTCTGCCAGCCTCCAGGAGCGCCAGGAGGGAGCC
 

     GGTGGGATAAATTCCCCAGCCTCTCTCTTTCCCCTGTTTCCTGCAAGTGTGCTCTGTTGGCCAAACCCAGCGGGAAAGGCAAGAACCATAAATGCGGGGCAACCTCCCCAGGCACACAGC
 

     AGAGTGGATGAGTGGGAGGCTCAGCAGAAGGCATCCAGCAAGATGAGGTCTTCAGGTTCTCCCAACCCTGGACCATCTCTTCTCAGATTCCTTGGTGGAGTTTTCTTCCTCTAAAGAGCT
 

     GACGTTCTCAGGACCCCAACCTCCGCCCTTCTTTCACTCTGCAGGTTCTGATTTTGTCTTAGATTTTACATCAACACAAACACCCAGGCAACCCCTAAGTCTGTGTCTCCCACTTAACCC

Цитата: Иван Антонович от мая 12, 2013, 21:38:21
Здесь говорится о том, что изотопы углерода несут отпечатки возраста 3,8 миллирда лет,  макскимум  возраста, который можно определить углеродным составляет 50000 лет, но никак не 3,8 миллиарда лет. Это вы мо'ете прочитать по следующей ссылке
http://elementy.ru/trefil/21198
"Датирование с помощью анализа углерода-14 (известное как радиоуглеродное датирование) широко используется для объектов, чей возраст не превышает нескольких десятков тысяч лет; сюда относится большинство археологических находок. Предел современных методов — около 50 тысяч лет. В более древних объектах, таких как горные породы и метеориты, остается слишком мало углерода-14. Для определения их возраста необходимо найти другие «часы»".

Путаете вы, коллега, радиоуглерод и стабильные изотопы углерода.

Иван   Антонович,  ну  времени  гонять все  ваши  сиквенсы  у  меня  сил  не  хватит  - есть  другие  дела  на   работе.   Посему  последний  раз   повторяю:   нельзя    что-то      сказать   только  на   основании   поиска  сиквенсов в  EST    базах.  Ну   просто   я       хорошо  понимаю,  что  это  такое  и  сколько  там  хлама.  Все    было  -  и  библиотеки  кДНК    разные     варили,  и      клоны  тащили,  и   секвенировали.  Помню    долго  возились с  одним  клоном   -   из  кДНК   библиотеки  мозга.   В  итоге   выяснилось,  что    это       сложный  фрагмент  мтДНК  -  два  разных   коротких  кусочка,   слигировавшихся встык  по  пришитому   линкеру.  Причем  это  было   сильно  давно  -  когда    и  баз  не   было,  и  гомологии  искать  не  умели,   и  митохондриалку  только-только  отсеквенировали.   К  счастью,  не  опубликовали  -  вот  позора-то   было  бы.

Ну  и все-таки  пара   слов  по    сравнению  сиквенсов.   Ваша  EST  длиной    544  п.н.     имеет  100%  гомологию с  РНК   FLJ59017. Извините,  палочки  ползут.  Да,     алгоритм disc. megablast,    база  данных   - все   нуклеотидные  последовательности.

Homo sapiens cDNA FLJ59017 complete cds
Sequence ID: dbj|AK294064.1|Length: 1202Number of Matches: 1
Related Information
UniGene-clustered expressed sequence tags
Map Viewer-aligned genomic context
Range 1: 1 to 544GenBankGraphics Next Match Previous Match
Alignment statistics for match #1 Score   Expect   Identities   Gaps   Strand
982 bits(1088)    0.0    544/544(100%)    0/544(0%)    Plus/Plus

Query  1    CTTtgtctctgtttttgtctgtctcccccatctctgtctctctgtctccctctgtctctg  60
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1    CTTTGTCTCTGTTTTTGTCTGTCTCCCCCATCTCTGTCTCTCTGTCTCCCTCTGTCTCTG  60

Query  61   tctctctgtctctgtctccttctgtctctgtcactgtctctccgtctcttcctccctcca  120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  61   TCTCTCTGTCTCTGTCTCCTTCTGTCTCTGTCACTGTCTCTCCGTCTCTTCCTCCCTCCA  120

Query  121  tctctgactctgcctgcgtctgtctctctctgtccctctgatgtctgACCCAGGTGGGCA  180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  121  TCTCTGACTCTGCCTGCGTCTGTCTCTCTCTGTCCCTCTGATGTCTGACCCAGGTGGGCA  180

Query  181  GTACCTGTGGTGGTTCTGCTGTCCCTGAAGGAATGACATGTTCTCGCTCTGCCTGAGAGA  240
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  181  GTACCTGTGGTGGTTCTGCTGTCCCTGAAGGAATGACATGTTCTCGCTCTGCCTGAGAGA  240

Query  241  CCTCCTTTGCCTCCTCTGGAGGGTCTGAGAAGACAGGAGGGCGCTGGGCCCACCACAGGG  300
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  241  CCTCCTTTGCCTCCTCTGGAGGGTCTGAGAAGACAGGAGGGCGCTGGGCCCACCACAGGG  300

Query  301  GCAGATGACCTACGCATCACCCTGCCCACCCCAGGGCATAGCTGCCACCAAAGGGCTGGG  360
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  301  GCAGATGACCTACGCATCACCCTGCCCACCCCAGGGCATAGCTGCCACCAAAGGGCTGGG  360

Query  361  GGCTGCCAGCCGCGGTGCTCTGGCAGGGACAGGTCTTCCCCTGGCGCCCCCAGGGAAGAA  420
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  361  GGCTGCCAGCCGCGGTGCTCTGGCAGGGACAGGTCTTCCCCTGGCGCCCCCAGGGAAGAA  420

Query  421  CAGGCAACCCATCCACCTGCGGAAAGCCTCCCTCACATGGGCGAGCCCCCGTGTGCAGCT  480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  421  CAGGCAACCCATCCACCTGCGGAAAGCCTCCCTCACATGGGCGAGCCCCCGTGTGCAGCT  480

Query  481  GCCATGCTGCCTGACAATAGCTGCCACCACAGAGTCCCCATCACCGCCGCCTTTGCCGAC  540
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  481  GCCATGCTGCCTGACAATAGCTGCCACCACAGAGTCCCCATCACCGCCGCCTTTGCCGAC  540

Query  541  GGAG  544
            ||||
Sbjct  541  GGAG  544

Далее      эти  же  544  пары  имеют   гомологию с  геномами кучи  приматов.   В  этом  можно  легко  убедиться,  сделав  в  том  же   бласте  поиск  по  алгоритму blastn по   базе NCBI Genome
В  институте  проблемы  с  сетью  и  сейчас  полный  поиск  грузится   долго,  но  можете  проверить сами.
Если  вдруг  не  найдете  -  повторю  поиск,  когда  сеть  оживет.

А  вот  и  приматы   с  мышками.

Sequences producing significant alignments:
Select:AllNone Selected:0
Alignments Download GenBank Graphics Distance tree of results Show/hide columns of the table presenting sequences producing significant alignments
Sequences producing significant alignments: Select for downloading or viewing reports    Description    Max score    Total score    Query cover    E value    Max ident    Accession
   
Homo sapiens chromosome 19, alternate assembly CHM1_1.0, whole genome shotgun sequence
   682    880    100%    0.0   99%    NC_018930.1
   
Homo sapiens chromosome 19, GRCh37.p10 Primary Assembly
   682    886    100%    0.0   100%    NC_000019.9
   
Homo sapiens chromosome 19, alternate assembly HuRef, whole genome shotgun sequence
   682    886    100%    0.0   100%    AC_000151.1
   
Pan troglodytes chromosome 19, Pan_troglodytes-2.1.4
   545    743    94%    3e-151   99%    NC_006486.3
   
Pongo abelii chromosome 19, P_pygmaeus_2.0.2
   544    1411    100%    1e-150   93%    NC_012610.1
   
Gorilla gorilla gorilla chromosome 19, gorGor3.1 Primary Assembly, whole genome shotgun sequence
   544    738    95%    1e-150   98%    NC_018443.1
   
Macaca mulatta chromosome 19, Mmul_051212, whole genome shotgun sequence
   443    563    99%    3e-120   84%    NC_007876.1
   
Papio anubis chromosome 19, Panu_2.0, whole genome shotgun sequence
   412    534    99%    5e-111   85%    NC_018170.1
   
Callithrix jacchus chromosome 22, Callithrix jacchus-3.2, whole genome shotgun sequence
   295    295    71%    9e-76   78%    NC_013917.1
   
Nomascus leucogenys isolate Asia; international studbook 0098 chromosome 17, Nleu_3.0, whole genome shotgun sequence
   282    413    57%    6e-72   90%    NC_019832.1
   
Cavia porcellus strain inbred line 2N unplaced genomic scaffold, Cavpor3.0 supercont2_121, whole genome shotgun sequence
   84.2    84.2    38%    3e-12   69%    NT_176298.1
   
Monodelphis domestica chromosome 1, MonDom5, whole genome shotgun sequence
   62.6    62.6    24%    1e-05   71%    NC_008801.1
   
Rattus norvegicus strain BN/SsNHsdMCW chromosome 20, Rnor_5.0
   62.6    62.6    29%    1e-05   68%    NC_005119.3
   
Rattus norvegicus strain BN; Sprague-Dawley chromosome 20, alternate assembly Rn_Celera, whole genome shotgun sequence
   62.6    62.6    29%    1e-05   68%    AC_000088.1
   
Cricetulus griseus unplaced genomic scaffold, CriGri_1.0 scaffold1916, whole genome shotgun sequence
   51.8    51.8    30%    0.017   69%    NW_003614131.1
   
Mus musculus strain mixed chromosome 8, alternate assembly Mm_Celera, whole genome shotgun sequence
   51.8    51.8    25%    0.017   69%    AC_000030.1
   
Sus scrofa breed mixed chromosome 9, Sscrofa10.2
   50.0    99    9%    0.061   83%    NC_010451.3
   
Sus scrofa breed mixed chromosome 12, Sscrofa10.2
   50.0    50.0    6%    0.061   92%    NC_010454.3
   
Takifugu rubripes chromosome 21, FUGU5, whole genome shotgun sequence
   46.4    46.4    7%    0.74   88%    NC_018910.1
   
Mus musculus strain C57BL/6J chromosome 1, GRCm38.p1 C57

Настоятельная рекомендация простыни нуклеотидов размещать во вложениях.

Учту. 

Спасибо.

Уважаемый Gilgamensch,
Можете дат; ссылочку на использование стабильных изотопов углерода для радиоактивных методов определения возраста Земли и ископаемых?????

Питер

У Вас  есть какая то информация о о всех инсерциях в геноме человека по сравнению с Pan troglodytes?

Наверняка все эти инсерции где то уже в отдельном банке данных.

Я не смог найти эту базу, возможно  Вы знаете где они все собраны.

Искать в ручную их не очень хочется. Первая инсерция, которую нашел ныла сразу 90000 никлеотидов. Остальные довольно короткие. Просто хочется пройтись по всем инсерциям. Их порядка 80000 размером от 10 до 100000, но конкретных последоватлеьностей я не нашел.

Если  у Вас есть ссылка на такую базу данных буду благодарен.

Цитата: Иван Антонович от мая 14, 2013, 15:51:46
Уважаемый Gilgamensch,
Можете дат; ссылочку на использование стабильных изотопов углерода для радиоактивных методов определения возраста Земли и ископаемых?????

Вы прочитали, но не поняли. Стабильные изотопы углерода не для датирования используются (они ж стабильные!). А для определения биогенной природы.

Кто этот Gilgamensch? Где он писал про углерод?

На астрофоруме сходный вопрос обсуждают (там вообще про возникновение жизни)
http://www.astronomy.ru/forum/index.php/topic,105473.0.html

базовый вывод - РНК саморазмножалась без всякой посторонней помощи. Но те цепочки, которые вдобавок синтезировали разные полезные катализаторы - естественноотобрались.
А потом они "слиплись" в единую ДНК.

Цитата: Иван Антонович от мая 14, 2013, 15:58:51
Питер

У Вас  есть какая то информация о о всех инсерциях в геноме человека по сравнению с Pan troglodytes?

Наверняка все эти инсерции где то уже в отдельном банке данных.

Я не смог найти эту базу, возможно  Вы знаете где они все собраны.

Искать в ручную их не очень хочется. Первая инсерция, которую нашел ныла сразу 90000 никлеотидов. Остальные довольно короткие. Просто хочется пройтись по всем инсерциям. Их порядка 80000 размером от 10 до 100000, но конкретных последоватлеьностей я не нашел.

Если  у Вас есть ссылка на такую базу данных буду благодарен.

Вы  мне    лучше  скажите   -     убедились в  том,  что  ваша якобы   уникальная  последовательность  есть в  геномах  других  видов ?
Насчет  базы  по всем  инсерциям  -  я  такой  не  знаю.   Один   совет   -     будете  что-то  делать,  работайте  только с    37   релизом из  "тысячи  геномов" по  человеку.  Это  самый  выверенный   сиквенс.  Уверен,  что   большая  часть      ваших  инсерций  -  артефакты   ранних  сиквенсов.

Насчет  саморепликации  РНК  -   наверняка  такой  процесс  шел,   хотя   сложно  представить  себе   энергетику   этих   реакций  и   субстраты,  на    которых  она  шла.   Хотя   возможен  и  вариант      раствора.

Цитата: Gilgamesh от мая 14, 2013, 16:11:59
Кто этот Gilgamensch? Где он писал про углерод?

Это буду я!!!  В эту секунду я буду GilgameNsch!!! Заодно и свою ошибку исправлю   :)

про углерод (Википедия) (http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D0%B5%D0%BC%D0%B1%D1%80%D0%B8%D0%B9%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B9_%D0%B2%D0%B7%D1%80%D1%8B%D0%B2#.D0.93.D0.B5.D0.BE.D1.85.D0.B8.D0.BC.D0.B8.D1.87.D0.B5.D1.81.D0.BA.D0.B8.D0.B5_.D0.BD.D0.B0.D0.B1.D0.BB.D1.8E.D0.B4.D0.B5.D0.BD.D0.B8.D1.8F)

в этом тексте искать "3,8" (http://groh.ru/gro/life/life.html), если не хотите читать все

наверное самое интересное (http://www.nnre.ru/biologija/rozhdenie_slozhnosti_yevolyucionnaja_biologija_segodnja/p4.php) (кстати написано модератором этой части форума)

Gilgamech

Gilgamensch - опечатка.

Насчет углерода я не пнял Вашей мысли можете ее повторить?

Gilgamesh

Точнее мысль про углерод более понятно, я не понял, что Вы имели ввиду. Для датирования это не подходит, а для чего подходит, разъясните.

Цитата: Micr от мая 14, 2013, 19:58:41
наверное самое интересное (http://www.nnre.ru/biologija/rozhdenie_slozhnosti_yevolyucionnaja_biologija_segodnja/p4.php) (кстати написано модератором этой части форума)

Я, кстати, так и не нашёл источников, из которых Александр взял цифру в 3.55 млрд. лет для первых отпечатков. Обычно верхним пределом считается 3.49-3.50. Ну и к слову про реальность вкраплений облегчённого углерода в породы возрастом старше 3.7 млрд. лет в последнее время тоже идут ожесточённые споры...

Про углерод не я писал. Смотрите сообщения chiefa.

Питер

В программе генома человека удивляет, что до сих пор есть участки NNNNNNNNNNNNNNNNNNN..... в том регионе, который мы с Вами просматривали NNNNNNNNNN составляли несколько десятков тысяч нуклетидов, но сколько точно не понятно. 10 000 или 20000. Так как последовательности выстраиваться по перекрывающимся последовательностям, то там  может быть регион и больше. Такие непросеквенированные острова немного удивляют, тем более не в области центромер. У центромер, я думаю NNNNNNNNNN еще больше.

Те секвенции, которые я присылал они были выбраны методом тыка, и то пара дала только гомологии у двух видов. У мышей ее не было.


Насчет EST я в принципе не согласен, что они мусор, так как я лично проклонировал ген, используя библиотеку кДНК и EST. У нас была только геномная последовательность и кДНК эмбриональная, а ген в нужной форме мы нашли только кДНК библиотеки ovary которая была опубликована как EST она нам помогла найти нужную сплайс форму.
Вообще это была почти детективная научная история. У нас в начале была мутация, точнее 3 разных делеций дававших похожий фенотип. У американцев были линии Дрозофила у которых была делеция с таким же фенотипом. Но самое интересное у нас была делеция в 3 области гена, а у них в 5 области. Размер гена 40 кб. Никакого просеквенированного генома не было и в помине.Секвенировали мы тогда обычным радиоактивным методом. Потом мы нашли где делеция, и затем область вокруг делеции использовали для скрининга кДНК эмбриональной библиотеки и нашли 20 разных клонов потом отобрали из них порядка 5 разных сплайс вариантов и всех их попытались ввести дрозофиле,чтобы востановить фенотип. Но безрезультатно. Потом мы просмотрели базу кДНК по EST приготовленную из яичников и там нашли один из сплайс вариантов второго гена, кодирующая последовательность которого, находилась в антисенс положении по отношению к 3' области одного из вариантов кДНК, которую мы проклонировали из нашей эмбриональной библиотеки. То есть точно такая же ситуация, как с одним из белков, который я Вам посылал (выбранного случайно, как нехарактеризованного). Конец этой истории, к сожалению не очень хороший, так как америкосы нас опередили и опубликовали первыми проклонированный ген. Но и они и мы использовали ту же самую кДНК из  библиотеки яичников Дрозофилы, сделанной для Flybase. Хотя этот клон из библиотеки и не дал востановление фенотипа, но он дал возможность и нам и американской группе найти клон, который давал востановление фенотипа.
Интересно было другое, что те клоны, которые мы проклонировали из другого гена,  они регулировали востанавливающий фенорип ген по механисму антисенс. То есть остатки материнской РНК удалялись на эмбриональной стадии методом siRNA, так что это вполне распространненый механизм тонкой регуляции генов. И скорее говорит о возможной важной функции этого гена.
А у Вас в институте не планируется начать секвенировать геномы и в частности человеческий геном? Сейчас это стало намного проще и дешевле, чем это было еще пару лет назад. Обидно пользоваться только заморскими базами данных.

Gilgamech
Извините, но кажется Micr уже объяснил, что имел ввиду Chief.

Micr

Я бы не стал так уверено говорить про РНК мир. Пока это только гипотеза и не более того.

Против этой гипотезы есть несколько фактов.
1) стабильность РНК имеет очень узкий pH диапазон. pH в клетке регулируется ионными каналами, которые в настоящее время состоят только из белков. До сих пор неизвестны ионные каналы состоящие из РНК. При pH больше 8 РНК начинает сама гидролизоваться, так как 2' гидроксил группа становится активной и разщепляет сама РНК по фосфатной группе.
2) очень низкая каталитическая активность РНК, все скорости реакций, которые она может катализировать на порядки ниже скоростей у белковых катализаторов. Скорость репликации скажем рибосомальных РНК молекулы занимала бы многие часы. Это кстати одна из причин почему процесс трансляции идет на порядки медленнее чем транскрипция. Трансляция катализируется только РНК.

Поэтому не надо слишком обольщатся по поводу РНК мира и говорить про него как данность

Цитата: Иван Антонович от мая 14, 2013, 23:42:33
Питер

В программе генома человека удивляет, что до сих пор есть участки NNNNNNNNNNNNNNNNNNN..... в том регионе, который мы с Вами просматривали NNNNNNNNNN составляли несколько десятков тысяч нуклетидов, но сколько точно не понятно. 10 000 или 20000. Так как последовательности выстраиваться по перекрывающимся последовательностям, то там  может быть регион и больше. Такие непросеквенированные острова немного удивляют, тем более не в области центромер. У центромер, я думаю NNNNNNNNNN еще больше.

Те секвенции, которые я присылал они были выбраны методом тыка, и то пара дала только гомологии у двух видов. У мышей ее не было.


Насчет EST я в принципе не согласен, что они мусор, так как я лично проклонировал ген, используя библиотеку кДНК и EST. У нас была только геномная последовательность и кДНК эмбриональная, а ген в нужной форме мы нашли только кДНК библиотеки ovary которая была опубликована как EST она нам помогла найти нужную сплайс форму.
Вообще это была почти детективная научная история. У нас в начале была мутация, точнее 3 разных делеций дававших похожий фенотип. У американцев были линии Дрозофила у которых была делеция с таким же фенотипом. Но самое интересное у нас была делеция в 3 области гена, а у них в 5 области. Размер гена 40 кб. Никакого просеквенированного генома не было и в помине.Секвенировали мы тогда обычным радиоактивным методом. Потом мы нашли где делеция, и затем область вокруг делеции использовали для скрининга кДНК эмбриональной библиотеки и нашли 20 разных клонов потом отобрали из них порядка 5 разных сплайс вариантов и всех их попытались ввести дрозофиле,чтобы востановить фенотип. Но безрезультатно. Потом мы просмотрели базу кДНК по EST приготовленную из яичников и там нашли один из сплайс вариантов второго гена, кодирующая последовательность которого, находилась в антисенс положении по отношению к 3' области одного из вариантов кДНК, которую мы проклонировали из нашей эмбриональной библиотеки. То есть точно такая же ситуация, как с одним из белков, который я Вам посылал (выбранного случайно, как нехарактеризованного). Конец этой истории, к сожалению не очень хороший, так как америкосы нас опередили и опубликовали первыми проклонированный ген. Но и они и мы использовали ту же самую кДНК из  библиотеки яичников Дрозофилы, сделанной для Flybase. Хотя этот клон из библиотеки и не дал востановление фенотипа, но он дал возможность и нам и американской группе найти клон, который давал востановление фенотипа.
Интересно было другое, что те клоны, которые мы проклонировали из другого гена,  они регулировали востанавливающий фенорип ген по механисму антисенс. То есть остатки материнской РНК удалялись на эмбриональной стадии методом siRNA, так что это вполне распространненый механизм тонкой регуляции генов. И скорее говорит о возможной важной функции этого гена.
А у Вас в институте не планируется начать секвенировать геномы и в частности человеческий геном? Сейчас это стало намного проще и дешевле, чем это было еще пару лет назад. Обидно пользоваться только заморскими базами данных.

Так   все  таки последовательность  DC311030 BRALZ2 Homo sapiens cDNA clone BRALZ2000029 5-, mRNA sequence  имеет   гомологи в  геномах   других  оргагнизмов ?  Или  нет ?
Признайте    очевидное.   
А  то  уникально,  уникально  - а  как       ткнули  носом в  сиквенс,  тишина.
Про  мусор.   Я  не  говорю,  что все   EST   -  мусор.  Я   говорю  о  том,  что  мусора  там    -    много.  Мусора   прежде  всего    ДНКового   -    следы  коротких  фрагментов  РНК  из    РНК    убрать  крайне  сложно.  С  этим-то вы  спорить  не  будете ?
Насчет NNNNN   -   работайте с  37   релизом.  И  будет  вам  щщастье.

Уважаемый Питер,


Так Вы говорите, что есть такая последовательность у Мышей, но такой последовтельности у мышей нет.
   
Homo sapiens cDNA FLJ59017 complete cds
   946    946    100%    0.0   100%    AK294064.1
2    
Homo sapiens chromosome 19, cosmid R34047 and overlapping PCR product, complete sequence
   559    2172    100%    1e-155   100%    AC005330.2
3    
Rattus norvegicus 16 BAC CH230-318I9 (Children's Hospital Oakland Research Institute) complete sequence
   146    3254    29%    2e-31   90%    AC117058.19
4    
Human DNA sequence from clone WI2-1780D16 on chromosome 20, complete sequence
   145    4724    30%    5e-31   82%    BX640514.3
5    
Mouse DNA sequence from clone RP23-55M21 on chromosome 2, complete sequence
   142    3589    29%    3e-30   83%    AL928987.13


Теперь об этом значении  2e-31, такой значение параметра говорит, о том что никаой гомологии нет. Все значения ниже 3е-100 нерелевантны.

И Вы должны были бы это знать. Так что теперь мне приходится Вас носом в последоватлеьности полученные по NCBI базам данных.


Смотрите также прикрепленные файлы по сравнениям и по параметрам. Если что то будет не понятно, с удовольствием отвечу Вам по параметрам и по е-значениям, спрашивайте не стесняйтесь.




Так смотрите мною полученные файлы!!!!

У приматов эта последовательность есть, но у мышей никакой и близкой последовательности и в помине нет.

Осторожней с носами. Может вернуться.

Цитата: Gilgamesh от мая 15, 2013, 22:46:09
Осторожней с носами. Может вернуться.

Это вы кому? Надеюсь Питеру ::)

Цитата: Иван Антонович от мая 15, 2013, 23:51:12

Цитата: Gilgamesh от мая 15, 2013, 22:46:09
Осторожней с носами. Может вернуться.

Это вы кому? Надеюсь Питеру ::)

На всякий случай, Иван Антонович, если Вы не в курсе. Питер - это генетик, доктор биологических наук.

Уважаемый Chief,

Я просто вернул фразу от Питера

"А  то  уникально,  уникально  - а  как       ткнули  носом в  сиквенс,  тишина. ..."

Так что, если сомнения в фразеологии, то это не ко мне, я лишь повторил, что мне сказал сам Питер

Еще    раз   -  эта  последовательность есть в  геномах  других  видов  ?
Согласно вашему   4    файлу  -  есть.   У  мышей  тоже  есть,  но  доказывать  это  мне  уже   недосуг.
Архив  -  гомология  544   нуклеотидов с    приматами. megablast,   база  данных  -  геномные  последовательности.

Цитата: Иван Антонович от мая 14, 2013, 21:01:09
Gilgamesh

Точнее мысль про углерод более понятно, я не понял, что Вы имели ввиду. Для датирования это не подходит, а для чего подходит, разъясните.

Gilgamesh,

это Иван Антонович мне написал, просто он здесь окончательно исправил неточности в написании Вашего ника.


Иван Антонович,

извините пожалуйста за чисто техническую задержку.

Лично я все это понял так (и не сомневаюсь, что правильно).

а. Породы возрастом более 3.5 млрд лет датируются не углеродным анализом.

б. Повторно смотрим ту же ссылку в Википедии (http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D0%B5%D0%BC%D0%B1%D1%80%D0%B8%D0%B9%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B9_%D0%B2%D0%B7%D1%80%D1%8B%D0%B2#.D0.93.D0.B5.D0.BE.D1.85.D0.B8.D0.BC.D0.B8.D1.87.D0.B5.D1.81.D0.BA.D0.B8.D0.B5_.D0.BD.D0.B0.D0.B1.D0.BB.D1.8E.D0.B4.D0.B5.D0.BD.D0.B8.D1.8F):

Углерод имеет 2 стабильных изотопа, углерод-12 (12C) и более редкий углерод-13 (13C). В среднем доля 13C составляет около 1,07 %. Однако, поскольку химические взаимодействия управляются электромагнитными силами, более легкие изотопы (12С) участвуют в них активнее, чем более тяжелые (13C). Таким образом, в составе живых организмов доля изотопа 13C оказывается на 5...25 % ниже среднего значения — фактически, биомасса выступает в роли насоса, избирательно «выкачивающего» 12C из неорганической среды.

То есть, живые организмы - это та часть наземного вещества, в которой химические (конкретно, биохимические) реакции идут наиболее оживленно, а поэтому более легкий углерод ими связывается активнее, чем более тяжелый (более легкие изотопы (12С) участвуют в них активнее, чем более тяжелые (13C)) и накапливается в них (фактически, биомасса выступает в роли насоса, избирательно «выкачивающего» 12C из неорганической среды).

А потом - породу датировали, и обнаружили в ней...

Цитата: Комбинатор от мая 14, 2013, 21:02:44
Ну и к слову про реальность вкраплений облегчённого углерода в породы возрастом старше 3.7 млрд. лет в последнее время тоже идут ожесточённые споры...

Будете спорить с таким способом детекции жизни?  А.В.Марков и сам в третьей из приведенных мной ссылок говорит - вопрос спорный.

Цитата: Иван Антонович от мая 15, 2013, 00:03:43
Micr

Я бы не стал так уверено говорить про РНК мир. Пока это только гипотеза и не более того.

Против этой гипотезы есть несколько фактов...

Мне кажется, я не говорил настолько уверенно, чтобы было больше, чем гипотеза. Я вообще считаю, что практически во всех современных и не только современных научных гипотезах можно успешно искать недостатки или как минимум неточности. И я здесь такой далеко не один.

За факты - спасибо. Вообще же, учитывая, что здесь присутствуют такие люди, как

Цитата: chief от мая 16, 2013, 00:47:51
Питер - это генетик, доктор биологических наук

(я и сам не был в курсе), мне здесь говорить больше нечего, потому что у меня биологическое образование - средняя школа.

Соответственно, Ваши утверждения про факты относительно РНК я не считаю адресованными мне лично.

Цитата: Micr от мая 17, 2013, 19:29:05
Будете спорить с таким способом детекции жизни?  А.В.Марков и сам в третьей из приведенных мной ссылок говорит - вопрос спорный.

Дело не в способе (хотя возможностью абиогеного фракционирования углерода тоже полностью пренебрегать нельзя), а в возможности позднейшего загрязнения данных пород. По этому поводу относительно недавно была пара публикаций в журналах уровня Nature.

"Первые молекулы были РНК, которые обладали каталитической активностью."
На самом деле, если быть честными, то ученым до сих пор не удалось обнаружить участок РНК, который мог бы воспроизвести себя с нуля.
Также, есть слишком большая пропасть между демонстрацией того, как две молекулы РНК совершают в пробирке акт членовредительства, и заявлением о том, что молекула РНК была способна без посторонней помощи образовать клетку и дать начало жизни на Земле.
Биолог Карл Уоз считает: «Теория мира РНК... обречена на провал, потому что она не объясняет, откуда взялась энергия для создания первых молекул РНК»
и есть всего лишь предположения, не подтверждённые опытом, о том как появилась первая РНК. Поэтому эти вопросы для начала нужно решить точно, а потом строить всю остальную гипотезу, а не построить гипотезу, а потом, оказывается в самом начале куча проблем и не стыковок, а мы уже всё решили и...

Цитата: Bozon Higgs от мая 18, 2013, 03:02:50
Биолог Карл Уоз считает: «Теория мира РНК... обречена на провал, потому что она не объясняет, откуда взялась энергия для создания первых молекул РНК»

Эту проблему ещё Руденко решил, по крайней мере доказал таковую возможность. См. например Руденко А. П. Эволюционная химия-исторический подход к проблеме происхождения жизни

1.
Еще одну, и все более усугубляющуюся, трудность вносят палеонтологические
открытия, все более сокращающие предполагаемый срок химической эволюции. Если
Кастлер в своих расчетах отводил на предбиологическую эволюцию 2 миллиарда
лет назад, то открытия древнейших протоорганизмов - бактерий сине-зеленых
водорослей, появившихся не позднее 3,5-3,8 миллиарда лет назад, сокращают
время, отпущенное на самозарождение жизни до всего лишь сотен миллионов лет.
2.
Можно также отметить сложности, связанные с объяснением отмеченной еще
Пастером "асимметрии живого", заключающееся в том, что все белковые
соединения, входящие в состав живого вещества, имеют левую асимметрию. Это
означает, что хотя большинство органических соединений может существовать в
двух пространственных формах, являющихся зеркально симметричными относительно
друг друга, для живого земной биосферы совершенно не безразлично
использование той или иной формы: все белковые соединения, входящие в состав
живых организмов, имеют левую асимметрию. Уже Пастер обратил внимание на то,
что асимметричный синтез должен происходить под воздействием какого-то
внешнего асимметричного фактора.
Этот аспект природы земной биосферы до настоящего времени не имеет сколь-
нибудь приемлемого объяснения.

Цитата: Bozon Higgs от мая 18, 2013, 14:12:05
1.
Еще одну, и все более усугубляющуюся, трудность вносят палеонтологические
открытия, все более сокращающие предполагаемый срок химической эволюции. Если
Кастлер в своих расчетах отводил на предбиологическую эволюцию 2 миллиарда
лет назад, то открытия древнейших протоорганизмов - бактерий сине-зеленых
водорослей, появившихся не позднее 3,5-3,8 миллиарда лет назад, сокращают
время, отпущенное на самозарождение жизни до всего лишь сотен миллионов лет.
2.
Можно также отметить сложности, связанные с объяснением отмеченной еще
Пастером "асимметрии живого", заключающееся в том, что все белковые
соединения, входящие в состав живого вещества, имеют левую асимметрию. Это
означает, что хотя большинство органических соединений может существовать в
двух пространственных формах, являющихся зеркально симметричными относительно
друг друга, для живого земной биосферы совершенно не безразлично
использование той или иной формы: все белковые соединения, входящие в состав
живых организмов, имеют левую асимметрию. Уже Пастер обратил внимание на то,
что асимметричный синтез должен происходить под воздействием какого-то
внешнего асимметричного фактора.
Этот аспект природы земной биосферы до настоящего времени не имеет сколь-
нибудь приемлемого объяснения.

В приличном обществе принято указывать источник. Это ведь цитата.

Источник указать не проблема... но разве это поможет вам ответить на эти вопросы?

Цитата: Bozon Higgs от мая 18, 2013, 16:00:11
Источник указать не проблема... но разве это поможет вам ответить на эти вопросы?

Так укажите его.

Цитата: Bozon Higgs от мая 18, 2013, 14:12:05
Можно также отметить сложности, связанные с объяснением отмеченной еще
Пастером "асимметрии живого", заключающееся в том, что все белковые
соединения, входящие в состав живого вещества, имеют левую асимметрию. Это
означает, что хотя большинство органических соединений может существовать в
двух пространственных формах, являющихся зеркально симметричными относительно
друг друга, для живого земной биосферы совершенно не безразлично
использование той или иной формы: все белковые соединения, входящие в состав
живых организмов, имеют левую асимметрию. Уже Пастер обратил внимание на то,
что асимметричный синтез должен происходить под воздействием какого-то
внешнего асимметричного фактора.

А это объяснил Гольданский и не только. А про сроки первичного биогенеза... это просто несерьёзно, как можно утверждать, что времени для биогенеза было слишком мало, если мы ещё не знаем в деталях, как он проходил.

Есть замечательный лаконичный материал: http://users.livejournal.com/_hellmaus_/119267.html

Bozon Higgs, зачем вы кидаете источник мне в личку? Опубликуйте ссылку здесь.

Цитата: Bozon Higgs от мая 18, 2013, 03:02:50"Первые молекулы были РНК, которые обладали каталитической активностью."
На самом деле, если быть честными, то ученым до сих пор не удалось обнаружить участок РНК, который мог бы воспроизвести себя с нуля.

Любой участок может. Тупо через осаждение мономеров второй цепочкой.

Цитата: Дем от мая 20, 2013, 14:20:51
Любой участок может. Тупо через осаждение мономеров второй цепочкой.

Ну вообще-то для этого их нужно ещё как-то лигировать...

Цитата: Комбинатор от мая 22, 2013, 12:39:33

Цитата: Дем от мая 20, 2013, 14:20:51
Любой участок может. Тупо через осаждение мономеров второй цепочкой.

Ну вообще-то для этого их нужно ещё как-то лигировать...

Дегидратация это довольно просто реализуеммый, спонтанный процесс. Тут много сложностей не нужно

Цитата: Дж. Тайсаев от мая 23, 2013, 10:57:18
Дегидратация это довольно просто реализуеммый, спонтанный процесс. Тут много сложностей не нужно

А где можно почитать про спонтанную дегидратацию нуклеотидов? В частности, интересуют необходимые для этого условия (температура, кислотность и солёность среды и т.д.).

Цитата: Комбинатор от мая 23, 2013, 17:42:08

Цитата: Дж. Тайсаев от мая 23, 2013, 10:57:18
Дегидратация это довольно просто реализуеммый, спонтанный процесс. Тут много сложностей не нужно

А где можно почитать про спонтанную дегидратацию нуклеотидов? В частности, интересуют необходимые для этого условия (температура, кислотность и солёность среды и т.д.).

Нашли спеца в молекулярной биологии) Тут был не так давно очень даже толковый молекулярный биолог, жаль не появляется давно, он бы точно прояснил ситуацию.

Цитата: Дж. Тайсаев от мая 23, 2013, 18:42:55
Нашли спеца в молекулярной биологии) Тут был не так давно очень даже толковый молекулярный биолог, жаль не появляется давно, он бы точно прояснил ситуацию.

Я это, собственно, к тому, насколько Вы уверены в том, что "Дегидратация (нуклеотидов) это довольно просто реализуемый, спонтанный процесс"? Я, например, соответсствующих публикаций не встречал, и поиск в Гугле тоже ничего интересного на эту тему не выдал...

вот еще ссылка интересная для этой темы:

Как ДНК-технологии мешают теории эволюции (http://compulenta.computerra.ru/chelovek/biologiya/10006810/)

Цитата: Комбинатор от мая 23, 2013, 19:07:18
Я это, собственно, к тому, насколько Вы уверены в том, что "Дегидратация (нуклеотидов) это довольно просто реализуемый, спонтанный процесс"? Я, например, соответсствующих публикаций не встречал, и поиск в Гугле тоже ничего интересного на эту тему не выдал...

Ну я уже давно не помню, много лет прошло, но учили нас, что, если будет проходить какой то процесс, при котором однин из участников реакции будет вода, то после достижения необходимого минимального порога концентрации воды, она может поступать путем дегидратации, исходя из того же принципа Ле-Шателье.
И ещё рискну предположить по дилетански. Может тут имела место автокатилитеческая реакция в которой полинуклиотид выступал в роли катализатора полимеризации нуклеотидов?

Насколько помню например Белоусов вообще ничего такого не делал сознательно для получения тех же химических часов (тоже ведь автокаталитическая реакция), он просто сливал использованные реактивы в стакан, а цветомузыка там сама собой заиграла)))

разговор как-то сконцентрировался на двух противоположных краях - мире-РНК и поиском гомологичных последовательностей человека и К... по первому могу сказать, что неоднократно читал, что никаких уникальных генов у человека не обнаружено, по второму - ну сомнений много конечно, но... полимера вряд ли была первой - на цепочки нуклеотиды и так липнуть будут, да и лигироваться тоже как Дж. Тайсаев написал. Что, думаю, в самом деле было первым это нечто вроде тРНК - чтобы увеличить сродство нуклеиновых кислот к аминокислотам, и приступить к их полизмеризации, без этого ведь о полимеразе речь не идёт, она ж не рибосома, где основные функции лежат на РНК.
что же касается собственно темы, то тут я думаю, что гены de novo не появляются - уж слишком это маловероятно, но вот насчёт того кто там был общим предков всех генов и был ли такой вообще - не знаю. да и что вообще считать геном на такой дистанции? что кодирует что-то функциональное? а что такое тогда функциональное?

Цитата: Micr от июня 02, 2013, 16:33:00
вот еще ссылка интересная для этой темы:

Как ДНК-технологии мешают теории эволюции (http://compulenta.computerra.ru/chelovek/biologiya/10006810/)

Все же хотелось бы комментарий специалиста. Потому что в тексте по ссылке не все понятно    ???

Цитата: Дж. Тайсаев от июня 02, 2013, 17:04:55
Ну я уже давно не помню, много лет прошло, но учили нас, что, если будет проходить какой то процесс, при котором однин из участников реакции будет вода, то после достижения необходимого минимального порога концентрации воды, она может поступать путем дегидратации, исходя из того же принципа Ле-Шателье.

Так прицип Ле-Шателье применим для систем, находящихся в равновесии. В принципе, по моему, совсем не очевидно, что состояние нуклеотидов в виде полинуклеотидной цепочки энергетически более выгодно, чем в виде отдельных молекул. Помнится, когда я читал статьи на эту тему, то вывод был такой, что всё очень сильно зависит от соотношения конкретных параметров среды (температуры, солёности, кислотности и т.д.) и наличия соответствующих природных катализаторов. Но даже, так сказать, в идеальных условиях цепочки длиной больше 10 но сами собой практически не собирались.

Цитата: Комбинатор от июня 04, 2013, 14:01:56
Но даже, так сказать, в идеальных условиях цепочки длиной больше 10 но сами собой практически не собирались.

а если на субстрате каком? типа глины какой?

Цитата: Limfil от июня 09, 2013, 22:53:51
а если на субстрате каком? типа глины какой?

Указанный результат, вроде как, как раз на субстрате и получен.

Цитата: Комбинатор от июня 04, 2013, 14:01:56
Так прицип Ле-Шателье применим для систем, находящихся в равновесии. В принципе, по моему, совсем не очевидно, что состояние нуклеотидов в виде полинуклеотидной цепочки энергетически более выгодно, чем в виде отдельных молекул. Помнится, когда я читал статьи на эту тему, то вывод был такой, что всё очень сильно зависит от соотношения конкретных параметров среды (температуры, солёности, кислотности и т.д.) и наличия соответствующих природных катализаторов. Но даже, так сказать, в идеальных условиях цепочки длиной больше 10 но сами собой практически не собирались.

Так там именно такая схема, я читал у Руденко об этом. Замечательный был человек, я знал его лично, приезжал к нам неоднократно на защиту. Там именно равновесная реакция шла по его теории, но по причне притока энергии (сначала это были электричесакие разряды вероятно, потом химические связи примитивная хемотрофность, а после и фототрофность), причём равновесие могло смещаться именно по тем причинам, которые я озвучил. То есть, вы совершенно правы, что после нескольких нуклеотидов система становится сильно неравновесная, а дальше включаются механизмы диссипирования, у Руденко это здорово описана на уровне термодинамики, я в этом мало что понимаю, хоть химию знал когда то очень хорошо. Вы почитайте статьи Руденко о происхождении жизни. Сколько я с ним ругался буквально, он верит, что там вообще никакой проблемы нет, он меня убеждал, что появление жизни вообще неизбежный закономерный процесс.

Цитата: Дж. Тайсаев от июня 11, 2013, 19:37:32
То есть, вы совершенно правы, что после нескольких нуклеотидов система становится сильно неравновесная, а дальше включаются механизмы диссипирования, у Руденко это здорово описана на уровне термодинамики, я в этом мало что понимаю, хоть химию знал когда то очень хорошо. Вы почитайте статьи Руденко о происхождении жизни. Сколько я с ним ругался буквально, он верит, что там вообще никакой проблемы нет, он меня убеждал, что появление жизни вообще неизбежный закономерный процесс.

Хорошо, при случае почитаю, но по любому окончательный критерий истинности любой теории - эксперимент.

Цитирую:

"Цитата: Дж. Тайсаев от Июнь 11, 2013, 18:37:32
...что появление жизни вообще неизбежный закономерный процесс..."

Я лично с этим утверждением согласен. Как-то должна же реализоваться эквивалентность материи и информации...

Цитата: Nur от декабря 26, 2015, 12:43:15
Цитирую:

"Цитата: Дж. Тайсаев от Июнь 11, 2013, 18:37:32
...что появление жизни вообще неизбежный закономерный процесс..."

Я лично с этим утверждением согласен. Как-то должна же реализоваться эквивалентность материи и информации...

Тут надо понимать диалектику случайного и необходимого. Первичный биогенез основан на ряде основополагающих законов, в том числе и неравновесной термодинамики, но для их реализации требуется известная последовательность случайных предварительных комплексов условий, в противном случае получается странно, что жизнь всё ещё явление довольно редкое во Вселенной. Во всяком случае пока никаких железных фактов её существования за пределами Биосферы обнаружено не было. Любая асимметрия второго порядка, не говоря уже о третьем и четвёртом, предполагает определённую долю "везения".