Меня, как молекулярщика интересует. :)
Тоже когда-то мечтала стать антропологом. ::) За неимением соответствующих факультетов и кафедр ушла в мол. биологию. Но почему-то по-прежнему тянет меня в антропологию... С интересом почитываю новости про секвенирование геномов неандертальца, денисовцев... Вот бы поучаствовать бы в подобном проекте... ::)
Цитата: Notch от июня 14, 2012, 00:43:22
Меня, как молекулярщика интересует. :)
Тоже когда-то мечтала стать антропологом. ::) За неимением соответствующих факультетов и кафедр ушла в мол. биологию. Но почему-то по-прежнему тянет меня в антропологию... С интересом почитываю новости про секвенирование геномов неандертальца, денисовцев... Вот бы поучаствовать бы в подобном проекте... ::)
Знаю, что в Москве что-то планируется на эту тему. Могу узнать для Вас.
Вот ответ Светланы Боринской (Институт общей генетики РАН):
"Российские антропологи и генетики проводят палеогеномные исследования,
часть из которых ведется в сотрудничестве с зарубежными лабораториями
(Германия, Астралия, Япония и др.).
В Москве в Институте общей генетики РАН ведутся такие исследования,
оборудованы специальные помещения для исследования древней ДНК (рук.
Е.И.Рогаев), в котором проводился анализ ДНК из констных останков
людей и животных.
см статью об этом на сайте Антропогенез http://antropogenez.ru/article/81/
Сотрудник ИОГен РАН и МГНЦ РАМН О.П.Балановский участвует в
антропогенетических исследований древних образцов, найденных на
территории России.
Исследования денисовского человека и других сибирских образцов велись
новосибирскими учеными под руководством академика А.П.Деревянко.
Обращайтесь - поработаем :)"
Спасибо большое за информацию!
Жаль, конечно, что в Петербурге таких исследований нет... :-[
Цитата: Notch от июня 15, 2012, 23:27:37
Спасибо большое за информацию!
Жаль, конечно, что в Петербурге таких исследований нет... :-[
почему нет, у меня друг из Канады как раз через Питер со мной сотрудничал. Наберите в поиске "Михаил Темош"
Это наверно очень интересно)) Нашли кости, исследовали геном, а там бац, что то новое, какое то открытие :)
Несмотря на мнение уважаемого Chief, в реальности таких работ в России практически нет. Хотя попытки были - в Новосибирске и Москве. Но это не совсем палео - например, попытка анализа образцов из скифо-сарматских захоронений. Ну и все что было - митохондрии и Y без глубокого ресиквенса. Главная проблема - особо чистые помещения для работы с палеоДНК.
Цитата: Питер от июня 22, 2012, 09:16:28
Несмотря на мнение уважаемого Chief, в реальности таких работ в России практически нет. Хотя попытки были - в Новосибирске и Москве. Но это не совсем палео - например, попытка анализа образцов из скифо-сарматских захоронений. Ну и все что было - митохондрии и Y без глубокого ресиквенса. Главная проблема - особо чистые помещения для работы с палеоДНК.
Уважаемый Питер! Это мнение не моё, а Светланы Боринской из ИОГен РАН.
Вопрос: а разве у нас с генетикой сунгирцев не работали?
Ну, а если дистанционно? Не обязательно непосредственно работать с ДНК.
Готовые последовательности кто изучает? Где их можно посмотреть, поработать с ними? :)
С сунгирцами - работали, секвенировали мтДНК (частично - первый гипервариабельный сегмент). По-моему, ничего не опубликовали ...
Насчет работы с сиквенсами - можно скачать геномы неандеров у Паабо. Можно скачать сиквенсы с 100 геномов. И работать с ними - если есть хороший комп (точнее, рабочая станция). Программы общедоступные тоже качаемы - особенно если шарите в Линуксе и захотите закопаться в R. Из тех в кто в России может работать с большими объемами сиквенсов с точки зрения биоинформатики - Гельфанд в ИППИ РАН, лаборатория в ИОГене (фамилию дамы-заведующей просто не помню), Певзнера в Питере. Но их них вроде как никто древними ДНК не интересуется как научной проблемой. Все-таки сливки снимает тот, кто секвенирует - палеосиквенс в общем доступе появляется только после выхода с главной статьи.
ЦитироватьС сунгирцами - работали, секвенировали мтДНК (частично - первый гипервариабельный сегмент). По-моему, ничего не опубликовали ...
Почему?
Ну не я же делал ... По крайней мере в нормальных биологических журналах ничего не нашел, а если что-то было в каком-то "Вестнике" - то считай и не было. Или было в журналах исторических\археологических - но там я искать не умею и их базы не знаю.
Делали у Полтарауса в Институте молекулярной биологии, он и сейчас там и если интересно - можно навести справки.
То есть до сих пор неизвестно кто их потомки, к кому они ближе?
Как-то смотрела краем глаза по тв репортаж. В Германии генотипировали останки людей (не очень старые, сколько-то там тысяч лет), найденных в одном селении. А потом изучили генотипы местных жителей. И что? Нашли потомков. :)
М.б. и у сунгирьцев живут поблизости потомки.:) Или, наоборот, мигрировали куда-то. А куда?
Сунгирцев делал Полтараус, не опубликовал, если не считать статьи в Хомо Сунгиренсис (есть электронная на сайте Бужиловой). Он же делал с Куликовым девочку с Ямала и пару десятков средневековых с Белого озера. Еще кое-что делали они, но наружу не вышло вроде. Потом Куликов кажется перешел из Энгельгардта в другой коллектив, не знаю куда именно, и там тоже работал с древней днк. Даже что-то публиковал по теме.
Про Воеводу и Пилипенко можете погуглить, у них есть работы по Алтаю и Зап Сибири - Укок например, а не так давно Барабинская степь.
Лаборатория нормально оснащенная для работы с древней днк есть только в Томске и появилась в этом году. То есть в общем-то все что делалось у нас раньше - делалось против правил. Иногда даже грубо против правил, например в Казанском универе еще несколько лет назад делали ПДРФы древней днк что категорически запрещено из-за непроверяемости метода. И публиковали при этом работы :)
Что касается Олега Балановского - он ездит в Австралию, там одна из лучших лабораторий, у нас с Хааком из Аделаиды кое-что опубликовано совместное по неолиту. Скоро будут статьи по Оленьему Острову и еще некоторым интересным участкам. Другие коллективы из России и СНГ сотрудничают с Паабо и еще несколькими крупными центрами, публикуются неплохо. Но чтобы первыми авторами по древней - на это получат право только томские когда что-нить самостоятельно отсеквенируют :)
ЦитироватьСунгирцев делал Полтараус, не опубликовал, если не считать статьи в Хомо Сунгиренсис (есть электронная на сайте Бужиловой).
То есть опубликовал. Адрес сайта подскажете?
вот:
http://soilinst.msu.ru/~ladygin/sungir/dna/index.php
Кхе-кхе :)
Знаю, что в России сейчас организуются лаборатории по полногеномному секвенированию( благодаря мегагрантам).
Гранты закончатся, лаборатории останутся. Возможно встанет вопрос о получении дальнейших грантов на исследования. Так неужели нельзя задействовать эти лаборатории для нормальных исследований мирового уровня? Чтобы изучить все возможные генетические полиморфизмы и мутации в древних образцах (при условии доступности генетического материала)? Ведь за рубежом уже получен геном неандертальца! А у нас человека современного типа нормально изучить не могут. >:(
Вот такие картинки - это подходит для дипломной работы. ;D Неужели нельзя получить более информативные результаты? При современном-то уровне развития технологий.
(http://soilinst.msu.ru/~ladygin/sungir/dna/28-1.jpg)
Например, вот одна из лабораторий:
http://dobzhanskycenter.bio.spbu.ru/?lang=ru
Центр геномной биоинформатики
им. Ф.Г.Добржанского
По геному древних людей можно было бы понять, какого цвета были у них глаза, волосы, кожа... Можно было бы сравнить результаты генотипирования с результатами проекта геногеографии... Предрасположенность к различным мультифакториальным заболеваниям. Посмотреть генетическое разнообразие внутри популяции... Оценить спектр генов главного комплекса гистосовместимости и т.д.
Кто смотрел геном человека из денисовской пещеры? Иностранцы? Позор. :(
Valery. У Вас запоминающаяся аватарка ;D
http://forum.molgen.org/index.php?action=profile;u=16
Хорошо, можно работать с древней ДНК в одной лаборатории. Но если там нет полногеномного секвенатора - это тупик.
Называется "И сам не ам и другим не дам". Или опять же на откуп иностранцам.
Notch, вы и правда молекулярщик ??? Тогда что вы задаете дурацкие вопросы ??? Когда (в каком году) Полтараус делал Сунгирь ? Отнюдь не в 2012.
Какие нужны деньги на полногеномный сиквенс одного образца даже не палео ДНК в РФ ? Кто может сделать этот сиквенс с сборкой генома ? Поймите - дешевле делать сиквенс за границей, сейчас самый главный центр по секвенированию - Китай. Плюс к этому раньше мощные возможности по сиквенсу были только в Курчатнике - но работать с Скрябиным никто не хочет.
Но и этого мы не можем - ибо вывоз образцов ДНК за границу РФ запрещен. А то эти америкосы сделают этническое оружие - и хана. И власть серьезно именно так думает - собственными ушами слышал от одного министра в нынешнем правительстве РФ. Коего при встречах чмокаю в щечку. Хотя этой ДНК и так там завались - сколько сейчас в Штатах экс-россиян ? Море ...
Насчет мега-грантов -и какя там лаборатория сделана под полногеномный сиквенс ? Певзнер - чистая математика. Лаба в Владивостоке ? Может быть - но там человека никто секвенировать не будет, силы будут брошены на сиквенс морских гадов.
И про предрасположенность к мультам - это сильно. Для современных людей считать не умеем, но для палеоДНК - вперед и вверх.
Цитата: Notch от июня 24, 2012, 14:32:19
Valery. У Вас запоминающаяся аватарка ;D
http://forum.molgen.org/index.php?action=profile;u=16
ну чтобы узнавали как одного и того же инет-персонажа и не узнавали меня какой я есть сегодня :)
Цитата: Notch от июня 24, 2012, 14:17:56
Неужели нельзя получить более информативные результаты? При современном-то уровне развития технологий.
(http://soilinst.msu.ru/~ladygin/sungir/dna/28-1.jpg)
форез, трансиллюминатор и этидия бромид - лучшие друзья российского молекулярщика :)
Цитата: Notch от июня 24, 2012, 14:17:56
Знаю, что в России сейчас организуются лаборатории по полногеномному секвенированию( благодаря мегагрантам).
Некстген чертовски хорошая штука но увы эти короткие риды не берут многие интересные виды повторяющихся последовательностей которые имеют не самое последнее значение в некоторых приложениях науки. Кроме того, низкое качество чтения требует многократных покрытий прежде чем вылезет надежный контиг, а это увеличивает цену. Как филогенист по митохондриалке с многолетним опытом могу сказать что ВСЕ БЕЗ ИСКЛЮЧЕНИЯ известные мне некстгенные чтения в этой области не удовлетворяют пока стандартам качества которые следует считать нормальными для работы. Только как драфт, как дешевый способ узнать сразу и много, а потом уточнять, надеясь на улучшение качества некстгена.
а можно то же самое, только с понятнее, с объяснением непереведенных терминов?
Цитата: valeryz2001 от июня 24, 2012, 16:41:06
Некстген чертовски хорошая штука но увы эти короткие риды не берут многие интересные виды повторяющихся последовательностей которые имеют не самое последнее значение в некоторых приложениях науки. Кроме того, низкое качество чтения требует многократных покрытий прежде чем вылезет надежный контиг, а это увеличивает цену. Как филогенист по митохондриалке с многолетним опытом могу сказать что ВСЕ БЕЗ ИСКЛЮЧЕНИЯ известные мне некстгенные чтения в этой области не удовлетворяют пока стандартам качества которые следует считать нормальными для работы. Только как драфт, как дешевый способ узнать сразу и много, а потом уточнять, надеясь на улучшение качества некстгена.
Но это же не секвенирование de novo (я имею в виду, человека разумного), а ресеквенирование, и есть с чем сравнивать . ;D На сегодняшний день уже множество геномов прочитано. Задача упрощается.
Цитата: valeryz2001 от июня 24, 2012, 16:41:06
Как филогенист по митохондриалке с многолетним опытом могу сказать что ВСЕ БЕЗ ИСКЛЮЧЕНИЯ известные мне некстгенные чтения в этой области не удовлетворяют пока стандартам качества которые следует считать нормальными для работы. Только как драфт, как дешевый способ узнать сразу и много, а потом уточнять, надеясь на улучшение качества некстгена.
Короче, наши исследования пока что находятся в зачаточном состоянии, что печально.
Поэтому будем ориентироваться на западные источники. Кстати, в прессе упоминается сикванс генома шимпанзе и более длительная дистанция до "точки схождения" по мт-ДНК. Интересно какая именно по "молекулярным часам"? А по неандертальцам? Для последних вроде как сравнима с "древностью" мт-ДНК сапиенса?
Sanj, а что именно не ясно ?
Некстген - (NGS, new generation sequencing) - сборное название для разных методов секвенирования 4 поколения. Риды - единичные последовательности, их типичная длина сейчас - 50-75 п.н. Потом из этих коротких перекрывающихся ридов собирают весь геном. Для нормального чтения каждый нуклеотид в геноме должен быть прочитан как минимум 25-30 раз. Так как есть неравномерность чтения - GC богатые читаются хуже АТ богатых - то для какого-то фрагмента генома перекрытие будет 25-кратным, а для какого - 100-крантным. Проблемы в сиквенсе участков с повторами есть и длинные блоки простых повторов не читаемы - то есть сложно понять, сколько копий имеет например СА повтор в данном участке - 10 или 40. Не читаем (точнее, очень плохо читаем) прицентромерный гетерохроматин, плохо читаются теломерные области. Я при этом не понял Валеру насчет стандарта качества - уникальные последовательности генома читаются однозначно, а с повторами засада. С точки зрения анализа Y хромосомы это плохо. С точки зрения митохондрий - не знаю. Там что, есть неоднозначность в диагностических позициях ?
Все просчеты времени - от лукавого, так как есть два экспериментально плохо определенных параметра - частота герминативных мутаций в мт и геномной ДНК на геном на поколение. Плюс есть одно не явное предположение - неизменность частоты мутаций во времени.
Цитата: Питер от июня 24, 2012, 15:45:31
Но и этого мы не можем - ибо вывоз образцов ДНК за границу РФ запрещен.
А как же ДНК Денисовца вывезли?
Notch, не знаю. Возможно, было разрешение - однажды мы такое получили, почти год бумажной волокиты. И возможно, что палеокость - не биоматериал вообще с точки зрения законодательства.
ЦитироватьА как же ДНК Денисовца вывезли?
Денисовцы не являются гражданами РФ. Да и вымерли они давно и не грозит им "геномное" оружие... ;).
Цитата: Питер от июня 24, 2012, 17:09:43
Sanj, а что именно не ясно ?
Некстген - (NGS, new generation sequencing) - сборное название для разных методов секвенирования 4 поколения. Риды - единичные последовательности, их типичная длина сейчас - 50-75 п.н. Потом из этих коротких перекрывающихся ридов собирают весь геном. Для нормального чтения каждый нуклеотид в геноме должен быть прочитан как минимум 25-30 раз. Так как есть неравномерность чтения - GC богатые читаются хуже АТ богатых - то для какого-то фрагмента генома перекрытие будет 25-кратным, а для какого - 100-крантным. Проблемы в сиквенсе участков с повторами есть и длинные блоки простых повторов не читаемы - то есть сложно понять, сколько копий имеет например СА повтор в данном участке - 10 или 40. Не читаем (точнее, очень плохо читаем) прицентромерный гетерохроматин, плохо читаются теломерные области. Я при этом не понял Валеру насчет стандарта качества - уникальные последовательности генома читаются однозначно, а с повторами засада. С точки зрения анализа Y хромосомы это плохо. С точки зрения митохондрий - не знаю. Там что, есть неоднозначность в диагностических позициях ?
теперь яснее, осталось определить что есть драфт и контиг..
Контиг - сшитая из кусочков последовательность. Есть три последовательности по 75 нуклеотидов. Первая перекрывается с второй на 25 нуклеотидов - получаем контиг длиной 100. Третья перекрывается со втророй на 10 нуклеотидов. Итого контиг - 165 пар.
Драфт - как и драфт рукописи, не окончательный вариант, не выверенный на 100% сиквенс.
Я знаю, что в Москве только что был Сванте Паабо и увез к себе ряд образцов для работы. Древних человеческих косточек в том числе.
Вот! А свою науку не развиваем... :(
С.Паабо и в Китай за костями ездил.
Цитата: Питер от июня 24, 2012, 17:09:43
С точки зрения анализа Y хромосомы это плохо. С точки зрения митохондрий - не знаю.
В главных диагностических нет конечно, но то что лежит на участках богатых повторами GGG.., CCCC, и ACAC... читается особенно скверно. На "нормальных" участках ошибок больше чем при сэнгеровском секвенировании не менее чем в 3 раза. Но это все ладно, думаю скоро поправят. Проблема в У-хромосоме. Истинное количество снипов в ней неизвестно, тк заранее нельзя сказать сколько существует "отдельных" линий, ведь мутирование это тупо функция времени. То есть мы не можем сказать точно что в такой-то ветви можно ожидать столько-то новых снипов сверх известных, зная только глубину линии во времени и не зная ее "ширину", то есть количество отделившихся от корня на раннем этапе ветвей. А вот микросателлитные участки сделанные по Сэнгеру известны все. Их порядка 600 причем не менее половины из них высокомутабельные. И они обычно вида [N1N2N3N4]n где n между 10 и 25. Зацепить их короткими ридами нельзя. Микросателлиты совместно со снипами дают гарантированно хорошую картину филогении но при условии что их очень много. В настоящее время коммерчески доступны 111 микросателлит, типируются мультиплексом, причем только одной фирмой-монополистом которая своих разработок не продает. Если бы некстген мог помочь в деле чтения У-ов это был просто аццкий прогресс. Мы бы узнали безумно большой объем информации и скорее всего научились бы датировать события древности с невиданной точностью - в смысле большей чем какими-либо иными молекулярными методами.
Цитата: Питер от июня 24, 2012, 17:13:37
Все просчеты времени - от лукавого, так как есть два экспериментально плохо определенных параметра - частота герминативных мутаций в мт и геномной ДНК на геном на поколение. Плюс есть одно не явное предположение - неизменность частоты мутаций во времени.
Если плясать от калиброванных эволюционных скоростей то главный вопрос второй - неизменность во времени. Скажем, если некий класс сайтов подвержен какой-то форме отбора, то возможна ситуация что подсчитывая число мутаций за последние 20 тысяч лет и число мутаций на таком же 20-тысячелетнем промежутке но не сейчас а 100 тысяч лет назад мы может просто недосчитаться на "древнем" промежутке мутаций на которые воздействовал отбор - что вызовет у нас уверенность в различии скоростей тогда и сейчас :)
Плюс шероховатости филогений: там где был быстрый рост населения в последние тысячелетия есть надежда установить даты пристойно. А там где было наоборот - исключительная сфера фантазий. Чисто статистически разница между кроной в которой 100 ветвей и пнем о двух ветках просто огромная. В первом случае можно дать красивые оценки по крайней мере относительные, сравнивая такие кроны в разных частях дерева. Во втором ну в общем и говорить нечего.
Будем надеяться, что протяженность ридов со временем будет возрастать. :)
К тому же конкуренция между фирмами-производителями оборудования в области Next-gen жесткая. И по цене все достаточно оптимистично. К концу 2012 года для Ion Proton выйдет чип, позволяющий читать один геном за 1 000 $ :)
Но вопрос в интерпретации результатов. :)
На молбиоле пишут, что есть специалисты с Ion-ом:
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=510685&view=findpost&p=1330783 :)
То есть действительно, все сидят по углам, в своих центрах-лабораториях. А ценный материал вывозится за рубеж. Статьи по российскому материалу печатают иностранцы. :(
Ну вообще-то сейчас правительство начало кое-кому раздавать мегагранты так что посмотрим :)
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=510685&view=findpost&p=1330788
http://www.bionet.nsc.ru/vogis/pict_pdf/2011/15_4/03.pdf
По поводу Ион Торрента и Протона - год назад про полногеномный чип я слышал от официальных представителей фирмы в РФ . С словами что все будет в конце 2011 года. Пока такого чипа нет и эта машина пригодна для малых геномов, транскриптомных вещей и экзомного сиквенса. Ионов в РФ более десятка куплено, сколько реально работает - не знаю.
Ну и по поводу статьи - опубликовано где ? Вестник ВОГиС. То есть - крик в пустоте, можете сами поискать эту статью в PubMed и других базах данных.
На молбиоле написали, что автор вышеприведенной статьи прикупил Торрент. :)
Ну если точнее - то в Академгородке прикупили несколько секвенаторов и не только Ion Torrent. На паях ИЦиГ и бывший ИБОХ (никак не выучу его новую аббревиатуру). При этом наличие секвенаторав и интерес к палеоДНК никак не связаны и у большей части людей интересы лежат как раз в стороне от костей.
Кстати, а не известно, в какой стороне лежат интересы у большей части людей, связанных с секвенаторами, в Академгородке?
(мне очень интересно, т.к. у меня также интерес вызывают не только кости ;D )
Я все-таки не из Новосибирска -)))))
Ну и даже известные мне вещи по планам и идущим не опубликованным проектам озвучивать не буду - не уполномочен.
Лично мне интересен сиквенс транскриптома при заболеваниях нервной системы.