Вот к примеру в этой статье http://xn--80aaaar3akw9c.xn--p1ai/vsegoluboglazyelyudiproizoshliotodnogocheloveka говорится о времени когда произошла мутация. Как определяют ее возраст?
Берут несколько близкородственных современных животных, у которых эта мутация есть, и несколько у которых этой мутации нет. Попарно сравнивают этот ген у тех и других, определяют количество мутаций, которые разделяют эти гены, по средней частоте мутаций определяют время существования общего предка для каждой пары животных. Минимальное время примерно соответствует времени возникновения мутации.
Если речь о статье Айберга http://www.springerlink.com/content/2045q6234h66p744/fulltext.pdf?MUD=MP то там никакого подсчета возраста нет, от фонаря. Вообще возраста считают либо через LD либо по разнообразию участков не рекомбинирующих по крайней мере в выборке на которой основывается исследование.
Цитата: AdmiralHood от мая 11, 2012, 15:59:21
Берут несколько близкородственных современных животных, у которых эта мутация есть, и несколько у которых этой мутации нет. Попарно сравнивают этот ген у тех и других, определяют количество мутаций, которые разделяют эти гены, по средней частоте мутаций определяют время существования общего предка для каждой пары животных. Минимальное время примерно соответствует времени возникновения мутации.
Буквально таким способом мы получим не возраст мутации а возраст клады включающей все представленные в элайнменте варианты. Тогда следует найти по крайней мере две ветви имеющие мутацию, и различающиеся чем-то еще, затем применив описанный Вами метод.
Цитата: valeryz2001 от мая 11, 2012, 17:13:16
Буквально таким способом мы получим не возраст мутации а возраст клады включающей все представленные в элайнменте варианты. Тогда следует найти по крайней мере две ветви имеющие мутацию, и различающиеся чем-то еще, затем применив описанный Вами метод.
Вашим методом получается нижняя граница возраста мутации, а тем, что я описал — верхняя
Цитата: AdmiralHood от мая 12, 2012, 00:57:29
Цитата: valeryz2001 от мая 11, 2012, 17:13:16
Буквально таким способом мы получим не возраст мутации а возраст клады включающей все представленные в элайнменте варианты. Тогда следует найти по крайней мере две ветви имеющие мутацию, и различающиеся чем-то еще, затем применив описанный Вами метод.
Вашим методом получается нижняя граница возраста мутации, а тем, что я описал — верхняя
Формально да, так. Но если метод снабжен вменяемым способом получения сигмы то теоретическую верхнюю границу как она описана Вами нередко игнорируют. Представим что клада определяется целым списком мутаций, задача найти ее возраст. Крайне маловероятно что возраст родительской клады будет служить разумной верхней границей для возраста дочерней - это чтобы весь набор мутаций выскочил разом?
На практике сейчас вообще модно запускать ML процедуру на дереве чтобы как-то "подружить" противоречивые датировки соседних ветвей.
ЗЫ: ценность ML особенно заметна когда при применении обычных методов родительская клада оказывается моложе дочерней :) Кстати типичнейшая фишка Ро-статистик.
Вот я, например, хочу выяснить, когда появилось 4-камерное сердце. Беру человека и шимпандзэ, у которых 4-камерное сердце наличествует, определяю время существования общего предка — 6+/-1 млн. лет. Нижнюю границу нашли, сигма известна. И что с того?
Цитата: AdmiralHood от мая 12, 2012, 07:59:49
Вот я, например, хочу выяснить, когда появилось 4-камерное сердце. Беру человека и шимпандзэ, у которых 4-камерное сердце наличествует, определяю время существования общего предка — 6+/-1 млн. лет. Нижнюю границу нашли, сигма известна. И что с того?
Зачем только шимпанзе и человека? берите представителей ВСЕХ известных дочерних клад. 2 - только в случае когда есть четкая филогенетическая уверенность что они сходятся к корне.
Предположим, мы хотим выяснить когда появилось разделение на группы крови.
Рассмотрим варианты когда у нас есть данные по группам крови у понгид, и когда таких данных нет (предположим, истребили их ещё в 18-ом веке).
Встречал информацию, что многообразие окрасок волос и радужек глаз у человека имеет давность около 850 тысяч лет. Как эта цифра получена? Лично мне представляется что по методике "пол-палец-потолок".
понгиды у Вас прошу прощения это кто, вроде сейчас неоднозначное слово?
Цитата: valeryz2001 от мая 12, 2012, 14:55:21
понгиды у Вас прошу прощения это кто, вроде сейчас неоднозначное слово?
видимо Ярослав имел в виду гоминиды
для гоминид впервые считал Ямамото в статье 1995 года, у него человеческие варианты сходятся где-то вскоре после отделения от шимпов.
Цитата: valeryz2001 от мая 12, 2012, 15:19:18
для гоминид впервые считал Ямамото в статье 1995 года, у него человеческие варианты сходятся где-то вскоре после отделения от шимпов.
ну не от шимпов, а общих предков, что то вроде Ороррина и Ардипитека
а какая разница во фразах "отделиться от шимпов" и "от ветви шимпов"? Ведь если в данном контексте звать предков людей также людьми а предков шимпов - шимпами, это не то же самое что сказать "шимпы - предки людей".
Цитата: valeryz2001 от мая 12, 2012, 15:33:09
а какая разница во фразах "отделиться от шимпов" и "от ветви шимпов"? Ведь если в данном контексте звать предков людей также людьми а предков шимпов - шимпами, это не то же самое что сказать "шимпы - предки людей".
согласен, для нас никакой разницы, а люди, далёкие от биологии могут неправильно понять
ОК
Цитата: valeryz2001 от мая 12, 2012, 15:19:18
для гоминид впервые считал Ямамото в статье 1995 года, у него человеческие варианты сходятся где-то вскоре после отделения от шимпов.
Прикол. А ссылочку на работу можно? А то что-то несуразное получается - иммунологически неразличимые группы крови АВ0 есть и у человека и у шимпанзе, АВ - у орангутанов и горилл.
А разделение этих вариантов произошло только после отделения линии человека от линии шимпанзе?
Иммунологически неразличимые - ДА. Но причем тут генетика? Чтобы вызвать нужный эффект достаточно пару сайтов поменять :)
У статьи Ямамото второй автор, приношу извинения, первым он был в более ранних исследованиях конца 80х.
http://mbe.oxfordjournals.org/content/14/4/399.full.pdf
Цитата: Ярослав Смирнов от мая 12, 2012, 16:21:32
Прикол
Поищите материалы по теме
incomplete lineage sorting - вот когда у какого-нить человека аллель некоторого гена ближе к таковому у обезьяны чем к другому человеческому аллелю - это прикол :) Но таких древних локусов у людей всего несколько %.
Цитата: valeryz2001 от мая 12, 2012, 10:28:33
Зачем только шимпанзе и человека? берите представителей ВСЕХ известных дочерних клад. 2 - только в случае когда есть четкая филогенетическая уверенность что они сходятся к корне.
Если вы знаете ВСЕ дочерние клады, то нафих вам вообще анализировать геномы? :~)
Цитата: AdmiralHood от мая 12, 2012, 19:20:31
Цитата: valeryz2001 от мая 12, 2012, 10:28:33
Зачем только шимпанзе и человека? берите представителей ВСЕХ известных дочерних клад. 2 - только в случае когда есть четкая филогенетическая уверенность что они сходятся к корне.
Если вы знаете ВСЕ дочерние клады, то нафих вам вообще анализировать геномы? :~)
Если мы не знаем хотя бы примерно филогении, нафиг вообще считать возраст?
Цитата: valeryz2001 от мая 12, 2012, 16:30:05
Иммунологически неразличимые - ДА. Но причем тут генетика? Чтобы вызвать нужный эффект достаточно пару сайтов поменять :)
Т.е. Вы утверждаете, что система АВО возникла независимо у человека, гориллы, шимпанзе и орангутанов? Относительно группы 0 готов Вам поверить на слово, а вот относительно независимого происхождения группы В - хотелось бы почитать доказательства. В приведённой Вами статье это утверждение постулируется, но (насколько я понял) не доказывается. Учитывая то, что согласно этой же статье предполагается независимое получение пары одинаковых мутаций в ветвях шимпанзе, гориллы, человека и, предположительно, гиббона и орангутана... Предположение о наличии обоих аллелей у общего предка, лично мне представляется несколько более правдоподобным, нежели независимые мутации с независимым же распространением, без (вероятно) значимого давления отбора.
Цитата: valeryz2001 от мая 12, 2012, 19:21:41
Если мы не знаем хотя бы примерно филогении, нафиг вообще считать возраст?
Знание возраста самоценно. Например, для датировки геологических слоёв :~)
Цитата: Ярослав Смирнов от мая 12, 2012, 19:23:03
Т.е. Вы утверждаете, что система АВО возникла независимо у человека, гориллы, шимпанзе и орангутанов?
я ничего не утверждаю, Вы вопросы задавайте авторам. Я сырых данных по ABO никогда не анализировал.
Цитата: AdmiralHood от мая 12, 2012, 19:23:39
Например, для датировки геологических слоёв :~)
;D
Цитата: valeryz2001 от мая 12, 2012, 19:30:50
Цитата: AdmiralHood от мая 12, 2012, 19:23:39
Например, для датировки геологических слоёв :~)
;D
Физики часто считают что они знают биологию, а биологи не знают физики,отсюда и несколько снисходительное отношение физиков к биологам, примерно это то же самое, что и отношение биологов к философам.
Вы Адмирал настоящий профи с большой буквы, но вы не биолог и тут я целиком и полностью на стороне Валериза. А то что он то точно профи сомневаться не приходится
Цитата: Дж. Тайсаев от мая 12, 2012, 19:44:49
А то что он то точно профи сомневаться не приходится
Я по образованию не биолог, поэтому не совсем корректно ссылаться на меня как на авторитета даже в частных вопросах. Как филогенист-математик, я занимаюсь какими-то избранными отраслями биологии, но очень узкими, которые буквально рядом с вычислительной биологией. И вне соавторства с биологами я никогда ничего по биологии не публиковал. Поэтому формально говоря я не могу быть по умолчанию прав :) Я практик, работаю над конкретными проблемами по заказу лабораторий, участвую в коммерческих проектах, в теорию не лезу.
Ну может быть, как одно исключение - я действительно очень пристойно знаю митохондриальную молекулу, занимаясь ею много лет. Но даже тут я десять раз подумаю прежде чем высказываться по нетривиальным вопросам принципиально от себя, без оглядки на коллег.
Цитата: AdmiralHood от мая 12, 2012, 19:23:39
Например, для датировки геологических слоёв
Если серьезно то тиканье молекулярных часов - единственное что биология может противопоставить внешним датировкам типа геологии и C14. Но калибровать ведь все равно приходится оп последним. Так что как ни крути, здесь биолог зависим от других естественников. Прогресс может наступить только тогда когда будет найдено теоретически обоснованное соотношение между эволюционными и семейными скоростями мутирования.
Цитата: valeryz2001 от мая 12, 2012, 19:56:51
Ну может быть, как одно исключение - я действительно очень пристойно знаю митохондриальную молекулу, занимаясь ею много лет.
Хорошо. Тогда к Вам следующие вопросы:
1. Для каких участков мтДНК не выявлено выполнения тех или иных функций (кодирующих или регуляторных)?
2. Для каких участков мтДНК доказано отсутствие исполнения каких-либо функций?
3. По Вашему личному мнению, те участки (если они есть), которые для которых не доказано ни наличия, ни отсутствия функций - скорее несут, или скорее не несут какую-либо функцию?
Цитата: Ярослав Смирнов от мая 18, 2012, 08:03:48
1. Для каких участков мтДНК не выявлено выполнения тех или иных функций (кодирующих или регуляторных)?
http://mtdna.gentis.ru/bs/regs.htm
те у которых Product Type = Other не кодируют но могут нести регуляторные функции, причем список этих функций пока открыт
Цитата: Ярослав Смирнов от мая 18, 2012, 08:03:48
2. Для каких участков мтДНК доказано отсутствие исполнения каких-либо функций?
ни для каких
Цитата: Ярослав Смирнов от мая 18, 2012, 08:03:48
3. По Вашему личному мнению, те участки (если они есть), которые для которых не доказано ни наличия, ни отсутствия функций - скорее несут, или скорее не несут какую-либо функцию?
даже занимать место в первичной структуре - уже определенная функция :) Расстояние между сайтами "узнаваемыми" какими-то ферментами или связываемыми с РНК, транскриптами, может иметь значение, даже если не суть важно что именно там лежит.
Цитата: valeryz2001 от мая 18, 2012, 13:52:59
те у которых Product Type = Other не кодируют но могут нести регуляторные функции, причем список этих функций пока открыт
Некоторые из NC - это чисто терминаторы, нет?
Цитироватьдаже занимать место в первичной структуре - уже определенная функция :) Расстояние между сайтами "узнаваемыми" какими-то ферментами или связываемыми с РНК, транскриптами, может иметь значение, даже если не суть важно что именно там лежит.
В Вашей схеме Д-петля вся "Other", хотя для некоторых её участков уже известны регуляторные функции. С учётом того, что даже многие терминирующие последовательности из мтДНК были убраны - насколько на Ваш взгляд, может быть действительно "неважно", что именно лежит в гипервариабельных участках Д-петли?
терминатор частично залезает на код, см подробнее
http://www.mitomap.org/bin/view.pl/MITOMAP/GenomeLoci
Спасибо, Валерий, очень наглядная ссылка.
Кстати, ещё один момент относительно возраста и разнообразия:
"Обилие редких мутаций в генофонде человечества существенно превышает современные оценки"
http://elementy.ru/news?newsid=431823
Вот тут http://www.paleo.ru/forum/index.php?topic=382.825 пошла перепалка, о границах возможностей ДНК-геналогии выявлять места поисхождения линьяжей
и можно ли в принципе с помощью ДНК-генеалогии выявить территории, откуда в те или иные временные промежуткиа (или хотя бы в довольно недавние времена - от пары столетий до пары тысяч лет?) шли "аномально"интенсивные" миграции?