Извините за глупый вопрос: что означает число на каждой ветке филогенетического дерева?
Где в интернете можно увидеть данные по филогенетическим деревьям, чтобы для точек ветвления был указан возраст в годах?
Не существует общепринятого способа что там указывать числом. Смотрите в тексте с которым идет дерево.
Время дивергенции, если указывается, то почти всегда откладывается по вертикальной или горизонтальной оси.
Ищите - и найдете )
Цитата: Макроассемблер от июля 13, 2011, 06:54:33
Не существует общепринятого способа что там указывать числом. Смотрите в тексте с которым идет дерево.
Время дивергенции, если указывается, то почти всегда откладывается по вертикальной или горизонтальной оси.
Ищите - и найдете )
Поясняющего текста нету.
Там стоят какие-то числа от 0 до 100. Сильно смахивают на проценты, но непонятно, проценты от чего. Если есть много вариантов, скажите хотя бы один.
Вот, например:
http://www.scielo.cl/fbpe/img/bres/v36n2/fig38.gif
ссылка не читается
Цитата: Макроассемблер от июля 13, 2011, 15:34:35
ссылка не читается
(http://www.scielo.cl/fbpe/img/bres/v36n2/fig38.gif)
На рисунке консенсусное дерево, которое составляется по результатам нескольких анализов.
Для каждого узла подписана частота встречаемости данной ветви в исходных деревьях.
То есть зачастую и последовательность дивергенций не удается определить, не то что абсолютное время.
Время дивергенции, кстати для организмов имеющих половое размножение, обычно и не является точкой...
ОК, берём, скажем, по 5 анализов для 20 видов. Строим 5 деревьев. В каждом дереве должно быть 20 ветвлений по количеству терминальных ветвей. Если дереве А нет какого-то ветвления, которое есть в дереве Б, значит вместо него должно быть какое-то другое ветвления. Значит при попытке совместить А и Б должно получиться ветвлений больше, чем в исходных деревьях?
P.S. Наверное, когда время исчисляется с точностью в миллион лет, многие длительные процессы превращаются в точку...
вопрос, как я понимаю, снимается?
Цитата: Макроассемблер от июля 20, 2011, 16:20:15
вопрос, как я понимаю, снимается?
Остались непонятки относительно «законов сохранения» в дереве. Если, скажем, какая-то ветвь присутствует на 59% деревьев, то на остальных 41% деревьев должна присутствовать какая-то другая ветвь. Получается, что на сводном дереве число ветвлений должно быть больше, чем число терминальных ветвей. На самом деле этого нет, значит они как-то обходят эту проблему.
Они показывают "наилучшее" дерево, а на каждой ветви - долю деревьев, ее содержащих.
Кто знает, какого генетическое расстояние Нея между шимпанзе и человеком и больше ли оно, чем между гориллой и шимпанзе или, например, чем между львом и тигром?
И еще хотелось бы наконец узнать, природные (и вообще) гибриды между шимпанзе и гориллой - правда или вымысел?
Цитата: Кот от июля 29, 2011, 14:04:32
Кто знает, какого генетическое расстояние Нея между шимпанзе и человеком и больше ли оно, чем между гориллой и шимпанзе
Харрисон Дж., Уайнер Дж., Тэнер Дж., Барникот Н., Рейнолдс В. Биология человека. М.: Мир, 1979. с. 70
Цитироватьновейшие молекулярно-биологические данные свидетельствуют также о более выраженных различиях между орангутангом, с одной стороны, и гориллой и шимпанзе – с другой, по сравнению с различиями между двумя последними формами и человеком
Цитата: Кот от июля 29, 2011, 14:04:32
Кто знает, какого генетическое расстояние Нея между шимпанзе и человеком и больше ли оно, чем между гориллой и шимпанзе или, например, чем между львом и тигром?
Айала Ф., Кайгер Дж. Современная генетика, т. 3, 1987.
Начиная со стр. 219 приведены данные по разным животным, в т.ч. по человеку и шимпанзэ. Сравнивались различные кодирующие последовательностей ДНК. Получается различие от 0,9 до 5,7% (последняя цифра - по альбуминам).
Если брать некодирующие последовательности (а они плавают сами по себе без давления со стороны отбора), то, похоже, разница будет 10% и более, хотя сравнение некодирующих последовательностей штука довольно мутная, т.к. трудно найти явные параллелизмы.
http://www.membrana.ru/particle/15627
Получается что человек и шимпанзе более родственны между собой чем пума и леопард, но последние почму-то дают потомство.