Попались в руки карты составленные J.D. MacDonald, 2005. Там есть распределение гаплогрупп по Y хромосоме и в МТ ДНК. Анализировать их можно долго.
Но ряд выводов можно сделатб уже сейчас. В частности интересные по Америкам. Среди носителей игреков есть два варианта - люди с вариантом С и вариантом Q. Последний возник относительно недавно. Ближайщая по происхождению гаплогруппа это широко развитая в Европе и Индии группа R, она правда возникла сразу после Q. Вариант С это один из первых вариантов (третий) который вообще возник у людей. Также заметно, что в Мексике и южнее есть только носители варианта Q. То есть других вариантов там нет.
Но если посмотреть на митохондриальную ДНК, то получается потрясающая картина. В Южной Америке есть несколько вариантов генотипов передатчиков митохондрий (Женщин). На крайнем юге (Патагония) есть два варианта C и D. Они близки между собой. Чуть севернее Патагонии появляется вариант В. Особенно много его у современных жителей полосы Перу-Мексика. Показательно, что вариант митохондриальной ДНК - В, носят 99% жителей островов Тихокого океана (полинезии). Этот вариант чуть моложе, но тоже из древних. В Северной Америке появляются носители двух близкородственных вариантов А и Х. Но эти варианты также не из последних.
Фактически мы имеем радикальное противоречие. То есть 100% генов из игрек хромосомы жители Америки получили от относительно молодой группы. При этом носителей митохондриальной ДНК молодых групп нет. То есть мы имеем очевидный пример стопроцентной элиминации носителей игрек хромосом в Америке. Особенно в Мексике и южнее. При чем потрясающе то, что пришедщие носители игреков не имели с собой ни одной передатчицы митохондрий. Они просто элиниминировали местные варианты игреков и продолжили размножение с передатчиками митохондрий.
А еще зачем то на Мэла Гибсона с его "Апокалипто" бочку катят :)))
Цитата: идрис от января 07, 2011, 20:48:45
Попались в руки карты составленные J.D. MacDonald, 2005. Там есть распределение гаплогрупп по Y хромосоме и в МТ ДНК. Анализировать их можно долго.
Но ряд выводов можно сделатб уже сейчас. В частности интересные по Америкам. Среди носителей игреков есть два варианта - люди с вариантом С и вариантом Q. Последний возник относительно недавно. Ближайщая по происхождению гаплогруппа это широко развитая в Европе и Индии группа R, она правда возникла сразу после Q. Вариант С это один из первых вариантов (третий) который вообще возник у людей. Также заметно, что в Мексике и южнее есть только носители варианта Q. То есть других вариантов там нет.
Но если посмотреть на митохондриальную ДНК, то получается потрясающая картина. В Южной Америке есть несколько вариантов генотипов передатчиков митохондрий (Женщин). На крайнем юге (Патагония) есть два варианта C и D. Они близки между собой. Чуть севернее Патагонии появляется вариант В. Особенно много его у современных жителей полосы Перу-Мексика. Показательно, что вариант митохондриальной ДНК - В, носят 99% жителей островов Тихокого океана (полинезии). Этот вариант чуть моложе, но тоже из древних. В Северной Америке появляются носители двух близкородственных вариантов А и Х. Но эти варианты также не из последних.
Фактически мы имеем радикальное противоречие. То есть 100% генов из игрек хромосомы жители Америки получили от относительно молодой группы. При этом носителей митохондриальной ДНК молодых групп нет. То есть мы имеем очевидный пример стопроцентной элиминации носителей игрек хромосом в Америке. Особенно в Мексике и южнее. При чем потрясающе то, что пришедщие носители игреков не имели с собой ни одной передатчицы митохондрий. Они просто элиниминировали местные варианты игреков и продолжили размножение с передатчиками митохондрий.
А еще зачем то на Мэла Гибсона с его "Апокалипто" бочку катят :)))
Пока не показано функциональное различие генов в данных гаплогруппах - разговор вообще ни о чём. Может быть, в Y-хромосоме записана устойчивость к какой-то южноамериканской инфекции, или в мтДНК есть гены, обуславливающие более качественную работу митохондрий в условиях той или иной диеты, содержании О_2 в воздухе, или физических нагрузок.
Я просто не совсем четко понимаю, но по моему те участки хросом в которых проводится анализ и выделение мутировавщих маркеров, по мутациям собственно и проводится выделение галлогрупп, относятся к биологической "мусорной" части ДНК. То есть той части которая важной биологической информации не несет.
Например по носителям митохондриальной ДНК (Женщинам). На большей части Африки есть носители вариантов L1, L2, L3 то есть самых первых мутаций. Очевидна и причина этого - никаких миграций женщин в эту часть не было. И там живут носители самых первых мутаций. Естественно все последующие мутации среди них отсутствуют.
В случае с игреками и Америкой. Повторюсь 99% всех мужчин начиная от пустынь Невады, через джунгли Амазонии до тундры Огненной Земли имеют гаплотип Q. А например среди всех индейцев Северной Америки условно говоря даже у эскимосов Гренландии этот тип Q носят 90% и более. То есть природные условия не просто разные, а разнообразнее не придумаешь.
Условно говоря генетически все эти люди отличаются меньше чем русские из пскова от русских из новгорода
хм, да уж, предподожить устойчивость к какой-то болезни да ещё и сугубо латино-американской - весьма смело мягко говоря, прежде всего потому, что тогда неопнятно как такую устойчивость будут обретать женщины, а сохранять их важнее для популяции... да и генов на Y-хромосоме кот наплакал (если не ошибаюсь что-то около дестяка).
но во сколько именно оценивается возраст этой группы? ведь заселение Южной Америки произошло не так уж давно вроде бы (видел цифру с 13 тыс лет), так может и заселена она была очень узкой группой людей, среди которых и осталась Y-хромосома только одного человека (прочие потерялись, ведь не трудно)
Цитата: идрис от января 08, 2011, 00:10:28
Я просто не совсем четко понимаю, но по моему те участки хросом в которых проводится анализ и выделение мутировавщих маркеров, по мутациям собственно и проводится выделение галлогрупп, относятся к биологической "мусорной" части ДНК. То есть той части которая важной биологической информации не несет.
А вот в мтДНК нет "мусорной части". Т.е. вообще нет. Есть два некодирующих участка - D-кольцо и ещё что-то, а всё остальное - участки кодирующие. Да и некодирующие участки принимают участие в регуляции деятельности генов.
ЦитироватьНапример по носителям митохондриальной ДНК (Женщинам). На большей части Африки есть носители вариантов L1, L2, L3 то есть самых первых мутаций. Очевидна и причина этого - никаких миграций женщин в эту часть не было. И там живут носители самых первых мутаций. Естественно все последующие мутации среди них отсутствуют.
В случае с игреками и Америкой. Повторюсь 99% всех мужчин начиная от пустынь Невады, через джунгли Амазонии до тундры Огненной Земли имеют гаплотип Q. А например среди всех индейцев Северной Америки условно говоря даже у эскимосов Гренландии этот тип Q носят 90% и более. То есть природные условия не просто разные, а разнообразнее не придумаешь.
Условно говоря генетически все эти люди отличаются меньше чем русские из пскова от русских из новгорода
Гм. Во-первых, речь идёт только об Y-хромосоме, а это далеко не вся генетика. Ядерные гены надо смотреть. Уточнив функцию и регуляцию экспрессии каждого. Для каждого создать базу аллелей. Расписать таблички кроссинговера. А уж затем, рассмотрев взаимное влияние тех или иных аллелей генов друг на друга, смотреть на их проявление в фенотипе, коий образуется от взаимодействия генотипа и конкретной окружающей среды. Вот тогда можно будет о чём-то говорить. А пока это всё ближе к средневековой астрологии - сбор средств на жизнь и научную деятельность ненаучными методами.
Цитата: DNAoidea от января 08, 2011, 01:05:12
хм, да уж, предподожить устойчивость к какой-то болезни да ещё и сугубо латино-американской - весьма смело мягко говоря, прежде всего потому, что тогда неопнятно как такую устойчивость будут обретать женщины, а сохранять их важнее для популяции... да и генов на Y-хромосоме кот наплакал (если не ошибаюсь что-то около дестяка).
Тогда скажите, чем эти группы отличаются в функциональном отношении? Вот, к примеру, один из генов Y-хромосомы влияет на подвижность сперматозоидов. К каким гаплогруппам какие аллели относятся?
Эти мутации по игреку как я понимаю в "мусорной" части ДНК, то есть никаких генов там не кодируется и никаких признаков все эти особенности не несут. Так что функционально никаких различий между всеми этими группами нет.
Как я понимаю эти материалы можно использовать только для выявления какая популяция произошла от какой и какие группы генов участвовали в формировании той или иной популяции.
я вот тоже не понимаю на каком основании выделены именно эти гаплогруппы, гаплотипы, а не какие-нибудь другие последовательности.
Цитата: Ярослав Смирнов от января 08, 2011, 03:53:42
Тогда скажите, чем эти группы отличаются в функциональном отношении?
как видно ничем.
Цитата: Ярослав Смирнов от января 08, 2011, 03:53:42Вот, к примеру, один из генов Y-хромосомы влияет на подвижность сперматозоидов. К каким гаплогруппам какие аллели относятся?
а разве используют именно последовательности генов?
Цитата: Ярослав Смирнов от января 08, 2011, 03:50:16
Ядерные гены надо смотреть. Уточнив функцию и регуляцию экспрессии каждого. Для каждого создать базу аллелей. Расписать таблички кроссинговера.
первая задача - из разряда - невыполнимых на современном уровне... эксперессию ещё можно, но фот функции - очень часто тьма...
однако - говоря о филогенетических анализах речь прежде всего идёт о нейтральных мутациях
не всегда, в попгенетике используются разные маркеры, в том числе связанные с наследственными заболеваниями.
Цитата: DNAoidea от января 08, 2011, 22:41:38
как видно ничем.
Как видно откуда? Ссылочку на исследования дать можете? А то тут в одной работе ребята, анализируя мтДНК, утверждали, что нашли варианты, ранее считавшиеся патологичными, и предлагали пересмотреть их "патологичность", вместо того, что бы самим пересмотреть вопрос о достоверности полученных в исследовании данных.
Цитироватьа разве используют именно последовательности генов?
В том-то и дело, что нет. Используют маркеры, чаще всего - единичные замены. А вот как эта замена влияет на функцию - тишина.
Цитироватьпервая задача - из разряда - невыполнимых на современном уровне... эксперессию ещё можно, но фот функции - очень часто тьма...
Точно. Отсюда вопрос - ежели мы не знаем функцию, то как же мы можем утверждать, что в функциональном отношении эти замены действительно синонимичны?
Цитироватьоднако - говоря о филогенетических анализах речь прежде всего идёт о нейтральных мутациях
Чем отличаются Y-хромосомы типа Q от типов C и R? Чем отличаются митохондрии вариантов В, С и D?
Цитата: sanj от января 09, 2011, 02:57:26
не всегда, в попгенетике используются разные маркеры, в том числе связанные с наследственными заболеваниями.
А ведь помимо ярко выраженных заболеваний, наверняка есть масса вариантов, с куда менее выраженными проявлениями, которые, однако, тоже могут иметь значение в эволюционном плане.
По моему вы обсуждаете не совсем то, что имеет смысл обсуждать. Вы обсуждаете особенности методики и как можно модифицировать методику. А я предлагал обсуждать уже полученные результаты. То есть те карты распределения генотипов, что получены к настоящему времени.
что бы обсуждать, надо привести датировку появления каждого Y-варианта и варианта mt-ДНК
Цитата: Ярослав Смирнов от января 09, 2011, 15:04:14
Как видно откуда?
видимо оттуда, что разные варианты встречаются в близких пропорциях в популяции.
Цитата: Ярослав Смирнов от января 09, 2011, 15:04:14Ссылочку на исследования дать можете?
нет - потому что в митохондриальной ДНК хоть и мало некулеотидов, но о каких именно речь?.. про регуляторный регион?
Цитата: Ярослав Смирнов от января 09, 2011, 15:04:14А вот как эта замена влияет на функцию - тишина.
не, ну есть, конечно этот момент вообще во всей молекулярной систематике - очень уж смелые решения о нейтральности замен, но, увы, ничего лучше пока нет...
А зачем вам датировка? Есть схемы в которых показано относительное соотношение гаплогрупп друг с другом. То есть какая группа произошла от какой. А когда это происходило не так важно. Вот нашел удивительно информативный сайт
http://www.genofond.ru/default3.aspx?s=0&p=32
Там сотни разных карт и схем. Повторю цель темы - обсуждать имеющийся массив подобных генокарт. Как я понимаю последние несколько лет ознаменовались появлением новой науки - геногеографии. Вот собственно ее эмпирические данные и предлагаю обсуждать. А то генетики дают гигабайты данных, а их теоретического осмысления и научного обобщения пока вроде не так много. Тут как всегда практика шагает далеко впереди теории. Вот наша цель попытаться догнать ту эмпирику, что получают в подобных исследованиях.
датировка по любому нужна. хотя бы чтобы сравнить даты возникновения Y- и mt- маркеров, которые присутствуют в тех или иных популяциях.
Весьма вероятно, что популяции носителей митохондрий и игреков были разными. Например, в миграциях возможно участвовали и те и другие. Но вот я думаю, что гораздо вероятнее, что в миграциях участвовали только игреки, либо преимущественно игреки.
Например, пример из совершенно другой области, по тому же Кавказу есть такая группа казаки. Например терские казаки. Лично я полагаю, что они формировались за счет мигрантов игреков с севера и местных носительниц митохондрий. Да и разные там крестоносцы и прочие вандалы, это ведь преимущественно игреки.
Цитата: идрис от января 09, 2011, 15:44:35
По моему вы обсуждаете не совсем то, что имеет смысл обсуждать. Вы обсуждаете особенности методики и как можно модифицировать методику. А я предлагал обсуждать уже полученные результаты. То есть те карты распределения генотипов, что получены к настоящему времени.
Если методика не позволяет в принципе получать достоверные результаты, то что именно Вы предлагаете обсуждать? С не меньшим успехом мы можем изучать гороскопы.
Цитата: DNAoidea от января 09, 2011, 18:55:49
видимо оттуда, что разные варианты встречаются в близких пропорциях в популяции.
В некоторых популяциях или даже целых регионах пропорции могут быть совсем не близкими, как это показал топикстартер.
Цитироватьнет - потому что в митохондриальной ДНК хоть и мало некулеотидов, но о каких именно речь?.. про регуляторный регион?
Да про любой (или, точнее, про все). Какие замены исследуются. В каких генах они расположены. Какие белки кодируют эти гены. (уж на эти вопросы ответы уже есть). Какие функции выполняют эти белки (это тоже, скорее всего известно). Как каждая конкретная замена влияет на функцию. С этим сложнее, но тоже нет ничего невозможно.
Цитироватьне, ну есть, конечно этот момент вообще во всей молекулярной систематике - очень уж смелые решения о нейтральности замен, но, увы, ничего лучше пока нет...
Есть. Есть предположение, что большая часть мутаций сильно или слабо вредна, часть - нейтральна, изредка встречаются полезные. Другой вопрос, что вникать в смысл замен - сложнее, чем просто постулировать нейтральность, дороже, и не такие красивые картинки для грантодателей получаются, но изучать биологию человека в отрыве от самой биологии - не комильфо.
Цитата: идрис от января 09, 2011, 22:08:57
Весьма вероятно, что популяции носителей митохондрий и игреков были разными. Например, в миграциях возможно участвовали и те и другие. Но вот я думаю, что гораздо вероятнее, что в миграциях участвовали только игреки, либо преимущественно игреки.
Да и разные там крестоносцы и прочие вандалы, это ведь преимущественно игреки.
А есть ещё "похищения невест", иногда торговля невольницами принимала весьма и весьма значимые масштабы. Ежели говорить об америке - массовое рабовладение, не имевшее, правда, хозяйственной ценности было у тлинкитов.
То есть, вы, как я понял, отрицаете данные геногеографии и те "красивые картинки" где рисуют распределение разных вариантов генотипов среди населения крупных регионов?
отрицать этого нельхя, но надо помнить, что это приблизительные модели, доступные на сегодняшний день, при сегодняшних возможностях.
Цитата: идрис от января 09, 2011, 22:08:57
Весьма вероятно, что популяции носителей митохондрий и игреков были разными. Например, в миграциях возможно участвовали и те и другие. Но вот я думаю, что гораздо вероятнее, что в миграциях участвовали только игреки, либо преимущественно игреки.
Например, пример из совершенно другой области, по тому же Кавказу есть такая группа казаки. Например терские казаки. Лично я полагаю, что они формировались за счет мигрантов игреков с севера и местных носительниц митохондрий. Да и разные там крестоносцы и прочие вандалы, это ведь преимущественно игреки.
возможны разные варианты с разными переменными. и соответственно разными выводами.
возможен такой вариант. если датировки возникновения игрек- и митохондриальных маркеров совпадают (хотя бы примерно) в одних популяциях (скажем мигрантов) и не совпадают в других (скажем автохтонов), то значит эти группы не смешивались.
или такой вариант. одна популяция с примерно одинаковыми игрек- и разными митохондриальными маркерами. можно заключить, что когда-то мигрировали одни игреки и наложились на разными митохондриальные линии.
можно предположить что эти игреки прошли через какое-то бутылочное горлышко, скажем устойчивость к какой-то болезни.
можно предположить, что в результате дрейфа (селективно нейтральных) генов получилось так, что никакого смешения не было и эта группа просто потеряла разнообразие по игрекам, но сохранила разнообразие по мт.
вообще много чего можно предположить..
Я считаю, что эти игреки были суперменами вроде Ярослава, и пусть он не открещивается. К тому же игреки почти наверняка принесли с Большой Земли технологию изготовления какого-то нового для Америк оружия.
Первое. НИкто точно не может посчитать скорость мутаций в митохондриальном и ядерном геномах. Оценки отличаются очень сильно.
Второе. Все используемые варианты считаются селективно нейтральными. Что строго не доказано.
Третье. Ситуации с разным пулом Y и мтДНК известны - например, последние работы Сукерника по староверам Сибири. Где Y пул - европейский, мтДНК пул - азиатский.
Четвертое. Ко всем этим реконструкциям надо относится с большой осторожностью. Главная проблема - сбор популяционного материала, его далеко не всегда собирают качественно. Проблем собственно с типированием практически нет.
какие оценки скорости мутаций существуют?
Цитата: Ярослав Смирнов от января 09, 2011, 23:10:06
В некоторых популяциях или даже целых регионах пропорции могут быть совсем не близкими, как это показал топикстартер.
да, но это в регионе - в целом по человечеству картина получается иной. а если это так, то мы должны как минимум предположить какие-то болезни специфические для этого региона и к которым дают устойчивости мутации в митохондриальных маркерах - что уже довольно экзотично - хоть региональные болезни и есть (точнее были), но вот митохондрии содержат слишком уж мало генов и все они как назло очень консервативны, ну а если речь про Y то тут даже такое предпожение уже "на грани фантастики" - получается, что мужчины устойчивы, а женщины нет, да и генов там как уже писал. Таким образом, имея картину, как мы имеем с распределением вариантов этих маркеров, самым простым оказывается предпожение о нейтральности замен - просто не-нейтральность тут тяжеловато "нарисовать"... может быть конечно - избирательное использование кодонов (что делает много "нейтральных" мутаций слабовредными), но то если мы говорим о бполипептид-кодирующих генах...
Цитата: Ярослав Смирнов от января 09, 2011, 23:10:06Есть предположение, что большая часть мутаций сильно или слабо вредна, часть - нейтральна, изредка встречаются полезные
понятно что так - если речь идёт о всех мутациях вообще, а не о конретных аллелях или вариантах - как в этой теме.
Ну а как вы объясните что 99% жителей Южной Америки и Мезоамерики имеют в игрек хромосомах практически идентичные варианты. Вернее у всех один вариант. А среди МТ днк есть довольно большое разнообразие есть как минимум два крупных варианта и еше 1-2 слабораспространенных.
Абсолютная скорость появления этих вариантов роли не играет. Если по игрекам вариант всего 1, а по МТ их 3 или даже 4.
это видимо бутылочное горло, через которое игреки прошли, а мт- нет. причем, по всей видимости, прошли они его во время заселения америки или до него.
по времени появления можно хотя бы примерно сказать, когда это горлышко состоялось.
Цитата: DNAoidea от января 11, 2011, 01:43:12
да, но это в регионе - в целом по человечеству картина получается иной.
Ну дык это регион такой... Кстати, если взять таки реальные данные, то в настоящее время, по крайней мере в Северной Америке, распределение гаплогрупп не должно сильно отличатся от общемировых (больше всего "европейских" гаплогрупп, чуть поменьше "азиатских" и "африканских"). Т.е. уже на этапе предварительной оценки данной работы, мы видим, что ребята сильно фильтровали исходные данные. Более того, поскольку серьёзных внешних данных для проверки 100% "индейской крови", у ребят не было, то более чем вероятно, что они просто отметили какие гаплогруппы являются "американскими", а затем с чистой совестью отсеивали все данные, где им встречались "иноконтинентальные" группы - дескать, "его бабушка согрешила с европейцем/американцем/азиатом". Т.е. для доказательства тезиса они использовали следствия из этого самого тезиса. Логическая ошибка - в лучшем случае, в худшем - преднамеренная подтасовка данных.
Цитироватьа если это так, то мы должны как минимум предположить какие-то болезни специфические для этого региона и к которым дают устойчивости мутации в митохондриальных маркерах - что уже довольно экзотично - хоть региональные болезни и есть (точнее были), но вот митохондрии содержат слишком уж мало генов и все они как назло очень консервативны,
Да не обязательно болезни (хотя и они возможны). Генов мало, потому Вам будет просто дать ссылку на табличку - "ген-белок-функция-признак". И соответствующие значения для всех SNP-шек. Пока я ещё не говорю о ядерных генах. Просто функции митохондриальных генов, и различие в этих функциях у разных гаплогрупп.
Цитироватьну а если речь про Y то тут даже такое предпожение уже "на грани фантастики" - получается, что мужчины устойчивы, а женщины нет, да и генов там как уже писал.
Тем проще для Вас. Чем именно, в биологическом смысле, отличаются Y-хромосомные гаплогруппы друг от друга? Простой пример - волосатость ушей кодируется в Y-хромосоме, у одних мужчин она есть, у других - нет. У представителей каких гаплогрупп уши волосатые, а у каких - нет?
Цитироватьпонятно что так - если речь идёт о всех мутациях вообще, а не о конретных аллелях или вариантах - как в этой теме.
Так каждый конкретный аллель он в результате мутации и появился.
Цитата: sanj от января 11, 2011, 16:48:16
это видимо бутылочное горло, через которое игреки прошли, а мт- нет. причем, по всей видимости, прошли они его во время заселения америки или до него.
по времени появления можно хотя бы примерно сказать, когда это горлышко состоялось.
Да там этих бутылочных горлышек было... Включая миграции европейцев, азиатов и африканцев (по каким-то причинам неучтённых в статистике), и, разумеется, соответствующий подход к анализу данных.
я только про однородность американцев говорил. про европейцев, азиатов и африканцев - ничего.
Цитата: sanj от января 13, 2011, 03:18:55
я только про однородность американцев говорил. про европейцев, азиатов и африканцев - ничего.
Да ну, откуда там однородность, с таким-то уровнем миграций? Даже если пигментацию взять (кою видно невооружённым взглядом) - разброс от ярко-рыжих и депигментированных "американцев ирландского происхождения" до довольно тёмных "афроамериканцев".
Ярослав, я не понимаю, что Вы хотите опровергнуть: что мужские гены распространяются быстрее женских?
Цитата: Макроассемблер от января 13, 2011, 16:20:38
Ярослав, я не понимаю, что Вы хотите опровергнуть: что мужские гены распространяются быстрее женских?
Я этого не знаю. Подробности социальной активности в далёком прошлом в тех или иных регионах мне неизвестны. Пока я говорю о том, что имеющихся данных просто недостаточно чтобы делать какие-бы то ни было выводы. Барахло на входе - барахло на выходе.
Цитата: Ярослав Смирнов от января 13, 2011, 15:41:11
Цитата: sanj от января 13, 2011, 03:18:55
я только про однородность американцев говорил. про европейцев, азиатов и африканцев - ничего.
Да ну, откуда там однородность, с таким-то уровнем миграций? Даже если пигментацию взять (кою видно невооружённым взглядом) - разброс от ярко-рыжих и депигментированных "американцев ирландского происхождения" до довольно тёмных "афроамериканцев".
про коренных американцев, про индейцев то биш.. которые вроде бы по Y-маркерам однородны.
Цитата: Ярослав Смирнов от января 12, 2011, 20:41:22
Более того, поскольку серьёзных внешних данных для проверки 100% "индейской крови", у ребят не было,
очень странная уверенность... гапло группы встречающиеся только в Новом Свете - индейские... чем не нравится?..
Цитата: Ярослав Смирнов от января 12, 2011, 20:41:22Генов мало, потому Вам будет просто дать ссылку на табличку - "ген-белок-функция-признак".
может где лежит, там в работе спиоск литетары есть...
Цитата: Ярослав Смирнов от января 12, 2011, 20:41:22И соответствующие значения для всех SNP-шек.
названия генов есть? ну так NCBI и вперёд.
Цитата: Ярослав Смирнов от января 12, 2011, 20:41:22Простой пример - волосатость ушей кодируется в Y-хромосоме, у одних мужчин она есть, у других - нет. У представителей каких гаплогрупп уши волосатые, а у каких - нет?
только это наверное нейтральные различия, а вы писали о других...
Цитата: Ярослав Смирнов от января 12, 2011, 20:41:22
Так каждый конкретный аллель он в результате мутации и появился.
понятно, ну и что? речь не о всех возможных идёт.
Абсолютная датировка появления гаплогрупп появится наверно позже. Это как в геологии. Сперва было выявлено что есть разновозрастные осадки. Потом разным группам были даны названия. Потом было выявлено, что осадки триасового возраста старше, чем юрские, а юрские старше, чем меловые.
По гаплогруппам ситуация такая же. Сперва выявили их наличие. Потом было выявлено относительное соотношение их друг с другом. А дата в тысячах лет появится позже.
По Америке - анализировалось местное население и выявлялись его особенности. Я ведь показал, что среди МТ днк есть группы которые широко распространены в восточной Азии, а например в Южной Америке и мезоамерике вообше больше половины относится к тому же гаплотипы, что и МТ днк жителей островов Тихого океана, чуть ли не вплоть до Новой Зеландии. И по относительной шкале - это довольно древние группы.
А вот по игрекам ситуация прямо противоположная. Гаплотип всего один. И это предпоследний вариант среди всех типов. Вариант Q. После него был только гаплотип R - индоевроейский. По всем прикидкам индоевропейцы появились менее 10 тыс. л.н., а тип Q появился чуть чуть раньше, но примерно в те же сроки. То есть налицо резкое противоречие. По МТ имеем большое разнообразие относительно древних групп. А по игреку тотальное единообразие чрезвычайно молодой группы. Есть конечно на северо-востоке Северной америки носители еще одного варианта игрека, но их и там меньшинство. А на большей части обеих Америк существует всего одна группа игреков.
Миграции последний 500 лет не в счет.
может все таки дадите датировки мт- и Y- гаплогрупп (какие уж есть на сейчас), чтоб так сказать более предметно говорить.
Сейчас поишу. Но эта схема относительного родства гаплогрупп широко известна.
Вот на главной странице этого сайта есть, прямо под рисунком про Адама
http://rodstvo.ru/
Вот еще сайт, там много всего. Может его я уже и приводил
http://www.genofond.ru/default2.aspx?s=0&p=346
Вот в википедиии хорошая карта
http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%93%D0%B0%D0%BF%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D1%80%D1%83%D0%BF%D0%BF%D0%B0_Q_(Y-%D0%94%D0%9D%D0%9A)
Кстати прямо внизу есть и дерево родства гаплогрупп. Группа Q о которой и речь в самом низу.
я ж датировки просил, а не древа гаплогрупп.
Справа вверху на сайте википедии есть ориентировочные даты появления различных групп. В дереве можно выделить любой тип и посмотреть когда он появился.
Гаплогруппа Q
Тип Y-ДНК
Предполагаемая дата появления 15000—20000 лет до н.э.
Предполагаемое место появления Урал или Сибирь
Предок Гаплогруппа P
Потомки Индейцы
Характеристика мутаций M242
Типичные представители селькупы (70%), кеты (95%), коренные американцы (вплоть до 95%).
с вики..
какие у америндов мт- варианты?
Цитата: идрис от января 11, 2011, 09:19:28
Ну а как вы объясните что 99% жителей Южной Америки и Мезоамерики имеют в игрек хромосомах практически идентичные варианты. Вернее у всех один вариант. А среди МТ днк есть довольно большое разнообразие есть как минимум два крупных варианта и еше 1-2 слабораспространенных.
Абсолютная скорость появления этих вариантов роли не играет. Если по Y вариант всего 1, а по МТ их 3 или даже 4
Так что тут удивительного?
Очевидно в племяни, которое в Америку вселялося, было меньше вариантов Y, чем вариантов Мт
(Не уверен, но)
может вобще, если наугад обрисовать на земле любой регион, то в нем вариантов Y найдется наверняка меньше, чем вариантов Мт?
И вчастности разве во всём человечестве вариантов Y не меньше, чем вариантов Мт?
Цитата: sanj от января 14, 2011, 19:00:17
я ж датировки просил, а не древа гаплогрупп.
а какая разница если есть дерево для всех? будет одна датировка отличатся от другой в два раза - ну и что - растянется или сожмётся дерево, но не изменится же от этого.
так же ж древа для Y и для мт - разные... и датировки соответственно не привязаны друг к другу.
Вариантов примерно одинаковое количество. Среди жителей Америки по МТ ДНК есть такие варианты. На крайнем севере только вариант А. На территории США появляются С, В, D. В районе Патагонии остается только С и D.
У разных народов есть разные варианты, причем в большом количестве. Например у русских есть по игрекам тип R, при чем R1a, в отличие от R1b который больше развит у жителей западной европы. Его процентов 40, примерно столько же типа N. Этот тип развит у финно-угров. Чем севернее или восточнее, тем его больше. Также процентов 10 тип I. Его много у жителей балкан. Условно это гены славянских племен. По мелочи есть типы E и J.
У тех же русских по мт ДНК выявлено следующее. Почти половина это тип H. По этому типу все жители Европы практически идентичны. Также по мелочи есть куча разных типов. У северных жителей (например у саами) вместо этого типа его близкий вариант V. Большое значение около 20% имеет вариант U. Также у русских есть по несколько процентов T, J, W, X, D. Примерно то же самое и по жителям остальной Европы. Такая же куча типов. Но при резком доминировании H, и высокой доле U.
Понравились мне ладные фигурки девочек от разных там эльфов и орков
правда даму-Орк портят волосатые ноги но это исправимо
Может кто нарисует дерево снипов по митохондриям и еще одно-по игрек-хромосоме
Цитата: feralis от января 15, 2011, 18:53:19
Понравились мне ладные фигурки девочек от разных там эльфов и орков
правда даму-Орк портят волосатые ноги но это исправимо
А мне не понравились. Картинка пофиг, но ужасно, если таких кукол налепят в недалёком будущем генные инженеры по заказам родителей. А налепят.
Цитата: идрис от января 15, 2011, 15:50:11
Вариантов примерно одинаковое количество. Среди жителей Америки по МТ ДНК есть такие варианты. На крайнем севере только вариант А. На территории США появляются С, В, D. В районе Патагонии остается только С и D.
ну вы б сразу и датировки дали по мт, что ли...
<ужасно, если таких кукол налепят в недалёком будущем генные инженеры по заказам родителей. А налепят.>
родители и общественная культура и сейчас дедают новых людей согласно моде
Ну например духовное и физическое воспитание
Уродов хватает
Цитата: sanj от января 13, 2011, 17:35:59
про коренных американцев, про индейцев то биш.. которые вроде бы по Y-маркерам однородны.
Ух ты. А эскимосов Вы включаете в число "индейцев" или исключаете из числа "коренных американцев"? И кого Вы считаете "коренными"? "Палеоиндейцев" и их прямых и 100% потомков? Представителей доколумбового населения? Скачущих верхом на мустангах и размахивающих стальными томагавками? Это три заметно различающихся между собой группы, и последующие исследователи (и журналисты) будут писать о гетерогенности населения Северной Америки "доколумбовой эпохи" с таким же удивлением, с каким Паабо писал о наличии неандертальских генов в геноме современных европейцев, или какой-то "туристо американо" об отсутствии медведей на московских улицах.
Впрочем и "индейцы" по цвету кожи заметно отличаются между собой от "белых индейцев" акурио, и до весьма и весьма темнокожего населения Флориды.
Цитата: DNAoidea от января 13, 2011, 23:52:19
очень странная уверенность... гапло группы встречающиеся только в Новом Свете - индейские... чем не нравится?..
Очень просто. Известно, что викинги в Америку ходили. И, предположим, насильничали местных скво. И, предположим, какие-то из их Y-хромосом сохранились в популяции индейцев. И вот, приходит в лабораторию индеец, приносит справку, что все его предки постоянно проживали на территории Америки до 1492 года, и сдаёт материал на анализ. Генетики смотрят - оба-на, норвежская гаплогруппа. Что они скажут доверчивому туземцу?
а) "Справка липовая, твоя бабушка с европейцем согрешила"
б) "Да ты из потомков викингов, парень! Может быть потомок самого Лейфа Счастливого!"
Учитывая то, что индейцы живут бок о бок с европейцами более полутысячелетия отсутствие европейских гаплогрупп может говорить только о серьёзной фильтрации исходных данных.
Цитироватьтолько это наверное нейтральные различия, а вы писали о других...
Нейтральное или не нейтральное - это отдельный разговор. Связан он с какими-то другими признаками или нет - тоже непонятно. Белки спермы - тоже не самые бесполезные в репродуктивном деле. Перепонки между пальцами ног могут быть полезными, а могут быть и вредными. Белки миелиновых оболочек... Да и вообще, Y-хромосома человека от шимповской отличается в разы больше, чем аутосомы, т.е. "эволюционировала" заметно быстрее.
Митохондриальная ДНК сильно разная у разных групп жителей Америки. Я об этом и писал. Морфологические отличия этих людей есть, а генетического отличия по игреку практически нет. По митохондриальной ДНК отличия есть. Значит можно сделать вывод, что это небольшие группы мигрантов носителей игреков мигрировали сюда. Выбивали местных игреков и размножались с местными женщинами.
Вообще то среди всех вариантов в Америке распространены те же самые варианты, что и в восточной Азии, Северной Азии и островах Тихого океана. Так что направление миграции в Америку вполне очевидно. Следов типа игрека R1 ни в варианте а ни в варианте b среди индейцев или эскимосов вроде как не выявлено.
Цитата: Ярослав Смирнов от января 27, 2011, 03:38:14
Цитата: sanj от января 13, 2011, 17:35:59
про коренных американцев, про индейцев то биш.. которые вроде бы по Y-маркерам однородны.
Ух ты. А эскимосов Вы включаете в число "индейцев" или исключаете из числа "коренных американцев"? И кого Вы считаете "коренными"? "Палеоиндейцев" и их прямых и 100% потомков? Представителей доколумбового населения? Скачущих верхом на мустангах и размахивающих стальными томагавками? Это три заметно различающихся между собой группы, и последующие исследователи (и журналисты) будут писать о гетерогенности населения Северной Америки "доколумбовой эпохи" с таким же удивлением, с каким Паабо писал о наличии неандертальских генов в геноме современных европейцев, или какой-то "туристо американо" об отсутствии медведей на московских улицах.
Впрочем и "индейцы" по цвету кожи заметно отличаются между собой от "белых индейцев" акурио, и до весьма и весьма темнокожего населения Флориды.
ну да, я про доколумбовое население говорил. неужели неочевидно? и вовсе не фенотипы обсуждал, а гаплотипы, как идрис предлагал.
Цитата: sanj от января 28, 2011, 11:52:15
ну да, я про доколумбовое население говорил. неужели неочевидно? и вовсе не фенотипы обсуждал, а гаплотипы, как идрис предлагал.
Не-а, не очевидно. Современные индейцы и население доколумбовой эпохи - это две очень и очень большие разницы. Так что если Вас интересуют доколумбовы индейцы - откапывайте, описывайте и секвенируйте их. Уверен - будете очень удивлены. А обсуждать гаплотипы без понимания их биологического значения, не зная ограничений свойственных этому методу - занятие, имхо, сугубо бестолковое.
Бессмысленных занятий полным полно. Кто то развивает нанотехнологии, кто то гадает на кофейной гуше. А в этой теме идет обсуждение карт распространения генотипов человека. Карты такие есть. Их можно либо обсуждать либо не обсуждать. Если вы не хотите их обсуждать не обсуждайте. В чем проблема то?
<Современные индейцы и население доколумбовой эпохи - это две очень и очень большие разницы. Так что если Вас интересуют доколумбовы индейцы - откапывайте, описывайте и секвенируйте их.>
фоменковщина
Может Ярослав имеет в виду, что они сильно уменьшились в числе, пока не заимели иммунитет к евр болезням, а параллельно европейцы их отымели сильно?
Хотя второе явно не всех племен коснулось
Цитата: Alexy от января 31, 2011, 21:03:57
Может Ярослав имеет в виду, что они сильно уменьшились в числе, пока не заимели иммунитет к евр болезням, а параллельно европейцы их отымели сильно?
Хотя второе явно не всех племен коснулось
Ага. Но не только.
Рассмотрим некоторые факторы отбора действовавшие на местное население с момента начала европейской колонизации Америки.
1) Инфекционные заболевания, передаваемые от человека к человеку.
2) Евразийские наркотики - спирт, сахар, опиум.
3) Появление домашних животных и
а) антропозоонозов
б) резкого преимущества в охоте и войне у освоивших животноводство племен.
4) появление инструментов и оружия европейского производства - те кто их освоили первыми вырезали тех, кто не успел.
Т.е. архетипичный индеец верхом на мустанге, со стальным томагауком в руке, фляжкой с "огненной водой" за пазухой и связкой скальпов у пояса - это продукт воздействия европейской цивилизации на местный субстрат. Причем очень сильного воздействия.
А уж когда началась массовая колонизация, то численность индейцев нынешних США и Канады снизилась примерно в 10 раз (и я глубоко сомневаюсь, что вымирали случайные люди).
Все что вы перечислили очень занимательно. Но вопрос не об этом. Есть население Америки. У этого населения есть в клетках ДНК. Это ДНК по определенным маркерам относится к строго определенным группам. Повторюсь это группы по особенностям ДНК этиз людей. Эти ДНК имеют строго определенные особенности.
Чрезвычайно сильно сомневаюсь, что приуроченность людей к гаплотипу такому то имеет отношение к выживаемость или езде на мустанге. А также почему среди игреков всего один гаплотип, а среди МТ ДНК выявлено несколько вариантов. Причем все выявленные варианты однозначно связаны с точно такими же гаплотипами в Азии (особенно восточной и северо-восточной, островах Океании).
Цитата: идрис от января 31, 2011, 22:41:02
Чрезвычайно сильно сомневаюсь, что приуроченность людей к гаплотипу такому то имеет отношение к выживаемость или езде на мустанге.
А не надо сомневаться или не сомневаться. Надо просто (хотя это не очень просто) посмотреть на гены, что они кодируют, каким образом тот или иной ген оказывает влияние на организм в той или иной окружающей среде. Белки спермы кодируются в Y-хромосоме? Кодируются. Изменяется ли от этого выживаемость сперматозоидов в той или иной среде? Да. Изменилась ли микрофлора половых путей индианок с прибытием европейцев? Неизвестно. Затем, может какие-нибудь прямые потомки палеоиндейцев жили себе посреди Великих Равнин, жили не тужили со своими еще более архаичными гаплогруппами, пока предки команчей не взяли в руки томагавки и не уселись верхом на мустангов и не устроили им (потомкам палеоиндейцев) маленький холокост.
Или, скажем, возьмем митохондрии. Энергетические станции клетки, в мт-ДНК вообще нет "мусорной" части. Живут индейцы, кушают мясо, карнитоновая часть цикла - работает как часы (и даже лучше), а вот в глюкозной части, пока отбор спит - мелкие, но поганые мутации накапливаются. И тут как проснется отбор на глюкозу - и все кто слишком хорошо приспособился мясо кушать, оказался слишком неприспособленным к чаю с сахаром, хлебушку и отсутствию куска мяса.
Вот пример науки, а не гадания по картам Таро.
http://antropogenez.ru/article/203/
"К каким расовым типам относились первые колонизаторы Америки?"
Как я понимаю выделение гаплотипов проводится по той части ДНК, которая меняется. Более того эта часть ДНК считается как бы бесполезной в физиологическом плане.
Более того повторю. Что среди жителей Америк выявлены те варианты ДНК которые собственно есть у жителей их прародины Азии. Никаких других вариантов там вроде как нет. Таким образом я как то не могу понять, почему вы столько настойчиво пытаетесь приводить какие то внешние факторы, которых нет на таких картах. Здесь (в этой теме) анализируются только такие карты и ничего больше здесь не анализируется.
Точно так же среди всех жителей Америки среди игреков есть только один гаплотип. Более того этот же гаплотип есть и у ряда жителей северной Азии. Более того этого типа нет среди жителей Европы. Как я понимаю вы полагаете, что выборка людей была некачественной и произошло какое то нарушение методики. Уверяю вас сейчас разработан могучий аппарат статистики который позволяет проверить и перепроверить все эти материалы. Так что выборка была нормальная.
Как я говорил, если вы отрицаете наличие таких карт, либо отрицаете что они несут хоть какую то информацию, или даже отрицаете наличие генов - это ваше личное право. Но тема посвящена анализу таких карт.
Цитата: идрис от января 31, 2011, 23:53:28
Как я понимаю выделение гаплотипов проводится по той части ДНК, которая меняется. Более того эта часть ДНК считается как бы бесполезной в физиологическом плане.
Обоснование бесполезности мутаций в Y-хромосоме или мт-ДНК - в студию!
Вот прочитал ту статью по поводам "рас" в Америке.
Автор полагает, что был период заселения Америки условно австроидным населением. Потом туда волнами продвигались другие группы. Вот цитата: "В моих прежних работах (Зубов, 1968, 1979, 1993) не раз высказывалась мысль, что Новый Свет заселялся последовательными волнами мигрантов, каждая из которых отражала определнную стадию формирования монголоидного типа и дифференциации первичного общего «восточного» австрало-монголоидного ствола. При этом, как это было в Юго-Восточной Азии, высокий удельный вес австралоидного комплекса был характерен для относительно более древних периодов эволюции последнего. Именно этот протоморфный вариант был характерен для «первооткрывателей» Америки — носителей палеоамериканского физического типа."
Вы меня простите но эти предположения довольно точно подверждаются данными по генокартам. В частности. Среди аборигенов австралии по мт-ДНК есть два варианта N (примерно 70%) и X. На дереве родства гаплогрупп последовательно возникает группа N, далее близкие варианты I и W, а далее близкие варианты A и X. Показательно что А и Х резко доминируют среди жителей Америки.
Есть и более ранние группы, например, D и C. Эти группы составляют 100% мтДНК жителей Патагонии. Они явно возникли раньше и также близки друг к другу. показательно что вариант D имеют 40% жителей Японии, Тайваня, нивхов и т.д. То есть это условно следы первой волны мигрантов - австралоидов (айнов и схожего с ними населения).
Также среди мтДНК есть следы более менее молодой групп В. Максимальна их концентрация в районе мексики и калифорнии. Показательно, что среди полинезийцев эта группа достигает 95%.
То есть вроде в основе данные генокарт подтверждают выводы этой статьи.
при этом надо учитывать что Сан Саныч работает в области одонтологии (хотя статья вроде краниологическая) и гаплотипов никак не касается.
<Может Ярослав имеет в виду, что они сильно уменьшились в числе, пока не заимели иммунитет к евр болезням, а параллельно европейцы их отымели сильно?
>
В африке и имели др др за 200000лет и вырезали др др но всеж ученые клубок распутали но наш обскурантист утверждает что ложка дегтя делает бочку меда непригодной даже к анализу т е изучению
А веть историю индейцев писали на испанском например сами индейци и на неск плколений назад есть воспоминания
так что даже летописная традиция созранила облик племен да 1492г
Цитата: feralis от февраля 01, 2011, 19:31:59
В африке и имели др др за 200000лет и вырезали др др но всеж ученые клубок распутали но наш обскурантист утверждает что ложка дегтя делает бочку меда непригодной даже к анализу т е изучению
Гы. Да в Африке вообще полный беспредел с ДНК-исследованиями.
в чем беспредел заключается?
Цитата: sanj от февраля 01, 2011, 22:05:36
в чем беспредел заключается?
Да во всём. Начиная от исследований места одомашнивания КРС, по результатам которого сделан вывод о том, что он был одомашнен в тех местах, где
а) его диких предков никогда не водилось;
б) разведение его крайне затруднено;
в) скотоводы появились вообще недавно.
Т.е. берут исследуют разнообразие по мт-ДНК, и где найдут самое большое - там, дескать и прародина (человека или коровы - без разницы). В принципе не учитываются исторические данные, археологические, палеонтологические... Т.е. данные по миграциям африканского населения как внутри самой Африки, так и трансконтинентальные вообще не учитываются. Дескать, что на момент исследования есть, то и десятки (сотни) тысяч лет назад без движения было. Сама эта концепция глубоко ошибочна, а уж когда на это накладываются политические заморочки с доступностью материала для исследования, когда на это накладывается безалаберность исследователя и проблемы с финансированием - вообще атас получается. Т.е. по капельке ребята сырой материал собирают, им и за это большое спасибо, но делать на основании этого материала какие-то (особенно далеко идущие) выводы - не самая хорошая идея.
Вы глубоко не правы. В любой науке на начальном этапе использовались такие грубые приборы и была настолько слабая теоретическая база, что на современном уровне эти данные выглядят смешно. Но тем не менее люди в 17 веке занимались физикой, а в 19 веке - геологией. Потом в тех отраслях знания произошел прогресс как в техническом, так и в методологическом отношении. Так что все ваши Ярослав упоминания, что мол данные геногеографии какие то плохие, методика слабая - значит и науке такой доверять нельзя. Это глубокое заблуждение. Пока есть только такие данные и надо работать с тем, что есть. Никто не сомневается, что в дальнейшем все эти исследования будут развиваться и совершенствоваться. И в том числе надо анализировать и создавать практически с нуля методологический аппарат подобных исследований, а в дальнейшем и теоретическую базу.
Просто так отказываться от этих данных на той основе, что они сырые, это не перспективный подход.
Цитата: идрис от февраля 04, 2011, 23:12:52
Вы глубоко не правы. В любой науке на начальном этапе использовались такие грубые приборы и была настолько слабая теоретическая база, что на современном уровне эти данные выглядят смешно. Но тем не менее люди в 17 веке занимались физикой, а в 19 веке - геологией. Потом в тех отраслях знания произошел прогресс как в техническом, так и в методологическом отношении.
Ага. И алхимией с астрологией тоже занимались. Тоже полезное дело, сколько данных собрали... Только тот факт, что алхимия или астрология смогли дать много хорошего, вовсе не означает, что они давали то, что обещали некоторые их адепты. Я не против того, что бы ребята разводили спонсоров на бабки. Но вот в беседе с уважаемыми людьми, эти данные я бы использовал максимум как вспомогательный иллюстративный материал.
ЦитироватьТак что все ваши Ярослав упоминания, что мол данные геногеографии какие то плохие, методика слабая - значит и науке такой доверять нельзя.
Ух ты. И что, геногеография уже получила статус самостоятельной науки? Когда? ИМХО, максимум - не очень надёжный вспомогательный метод в рамках науки антропологии, относительно слабо применимый в палеоантропологии.
ЦитироватьПросто так отказываться от этих данных на той основе, что они сырые, это не перспективный подход.
Вы ещё скажите - "немодный подход". Дескать, мт-ДНК исследования это гламурно, а вот косточки, черепушки и камушки - это прошлый и позапрошлый век.
Прогресс и развитие науки в течении многих веков во многом прямо основан на прогрессе средств изучения. Очевидно что подобные исследования генотипов это новый инструмент изучения. И его надо использовать. Абсолютно не рационально от него отказываться. При чем в дополнение к существующим. Например в палеогеографии Каспийского моря есть последняя трансгрессивная эпоха - хвалынская. Раньше ее возраст полагали в 70-20 тысяч лет назад. Потом появились данные радиоуглеродных анализов и ее возраст был пересмотрен, теперь это 18-10 тыс.л.н. Однако никто не отменил необходимости геоморфологических, фаунистических и прочих исследований из прошлого и позапрошлого века. Просто это мощное дополнение.
Потом также будет проведен анализ генотипов пшеницы, собак, коров, лошадей, винограда и т.д. Потом можно разобраться с генами распространителей болезней и т.д. Вообще перспективы использования этого метода грандиозные и сейчас делаются лишь первые приблизительные шаги. Важно использовать новый инструмент, а не отказываться от него прикрываясь овеяной веками славой классической археологии.
Цитата: идрис от февраля 05, 2011, 01:17:02
Вообще перспективы использования этого метода грандиозные и сейчас делаются лишь первые приблизительные шаги.
Перспективы, не спорю, грандиозные. Но вот текущее состояние - плачевное.
ЦитироватьВажно использовать новый инструмент, а не отказываться от него прикрываясь овеяной веками славой классической археологии.
Пока этот инструмент и на инструмент не похож. Заготовка, не более того. Использовать, конечно, надо, пусть ребятки тренируются, только имеет ли смысл в мал-мала серьёзной компании обсуждать полученные результаты?
Вы хотите сказать, что изучением генов занимаются не серьезные ребята? Это довольно серьезное заявление. созданы институты и лаборатории в Академии наук, в том же МГУ. За рубежом вообще в этом направлении работают мощные коллективы исследователей.
Вы конечно можете считать их чем угодно. Но все таки - это не более чем ваше личное мнение.
Цитата: идрис от февраля 05, 2011, 02:01:46
Вы хотите сказать, что изучением генов занимаются не серьезные ребята? Это довольно серьезное заявление. созданы институты и лаборатории в Академии наук, в том же МГУ. За рубежом вообще в этом направлении работают мощные коллективы исследователей.
Так и астрологией не лохи занимались. Обоснование метода и границы его применимости нужны. Если их нет - то и методика ненаучная.
ЦитироватьВы конечно можете считать их чем угодно. Но все таки - это не более чем ваше личное мнение.
Всё что мы здесь говорим - не более чем наше личное мнение. Вы можете считать, что за последние 100 тыс. лет в Африке не было миграций, и это будет Вашим личным мнением. Я могу считать, что миграции таки были - и это тоже моё личное мнение. Вы можете считать, что 30% отличие человеческой Y-хромосомы от шимповской (при 2% отличиях по аутосомам), свидетельствует о нейтральности мутаций в ней. Я могу считать, что это свидетельствует о движущем отборе.
Ярослав Смирнов - а как по вашему миграции создают жутко вариабельный регион в месте, там где не жил общий предок? Ну, скажем, картину, что везде вариабельность примерно одинаковая объяснить можно - потомки от одной узкой линии "кончили" притом очень старательное всех своих предков. а вот если где вариабельность зашкаливает за что угодно, то это что - имперская столица, куда свозили рабов, или стекался люд в поисках работы со всех концов? то есть в доисторических условиях это будет место до жути привлекательное для всех (интересно с чего бы это все племена вдруг да и устремились бы в одну область?), правда, признак того, что что-то не так, будет - а именно - время расхождения разных групп в самом этом "центре" будет заметно ниже того, что будет двать такой же анализ за его пределами. во всяком случае существовани таких мест в доисторическую эпоху это куда более смелое предположение, чем о том, что место, где встречаются все варианты, что и в других местах - прародина...
Цитата: DNAoidea от февраля 05, 2011, 04:06:10
то есть в доисторических условиях это будет место до жути привлекательное для всех (интересно с чего бы это все племена вдруг да и устремились бы в одну область?), правда, признак того, что что-то не так, будет - а именно - время расхождения разных групп в самом этом "центре" будет заметно ниже того, что будет двать такой же анализ за его пределами. во всяком случае существовани таких мест в доисторическую эпоху это куда более смелое предположение, чем о том, что место, где встречаются все варианты, что и в других местах - прародина...
Вероятности существования "до жути привлекательных мест" я отрицать не могу, благо и в доисторическую эпоху какие-то ресурсы могли считаться более привлекательными - будь то биологические, минеральные ресурсы или даже локации с нематериальными ценностями (кто знает сколько стоунхенджей было построено за время "доистории").
Однако в вопросе сохранения генетического разнообразия, имхо, важную роль играют "географические ресурсы" относительной труднодоступности и плюса к обороноспособности. К примеру, на территории РФ больше половины всех народов проживает на территории Северного Кавказа. Причина - труднодоступность горных районов. Те же осетины, или, точнее, их предки - аланы и скифы в своё время контролировали чуть ли не всю Великую степь. Пришли другие народы, вырезали скифов везде, кроме горных районов. Схожая ситуация и с другими народами - кумыками, даргинцами, балкарцами, нахцами (от пранахской общности вообще остались обрывки только на Кавказе и Пиринеях).
Или к примеру, среди самих русских наибольшее разнообразие на крайнем севере ареала. Будем говорить об "арктической прародине"?
Т.е. в "быстрых зонах", где легко и просто перемещаться, хорошо атаковать и сложно обороняться, где благоприятные условия и много "вкусняшек", где легко перемещаться в поисках половых партнёров (и, соответственно выбор больше) - там архаичные формы долго не живут, и достаточно быстро устанавливается мал-мала однородность. В "медленных зонах", где легко обороняться, где сложно атаковать, где даже невесту надо искать в своём, максимум, соседнем кишлаке, где нету особых вкусняшек, там и архаичные формы проживут долго. Есть ещё "барьеры", через которые просто сложно пройти, что тоже может затруднить элиминацию архаичных форм.
Разумеется, "быстрые" и "медленные" зоны - это условность, зависящая от биологических и культурных особенностей тех или иных народов. Но в целом, можно сказать, что горы, джунгли, пустыни - это именно медленные зоны. И Центральная Африка, с её условиями - просто идеальное место для сохранения архаики.
Ярослав Смирнов
И почему вы такой умный
сотни ученых колективов ошибаются и на ложном пути а вот Ярослав Смирнов
узрел истину
а ученые-генетики что малые дети
есть в россии свой бренд-академик фоменко
этот тоже единственный посвященный правда ныне передавший мудкость
соратникам делящим гонорары от поставленой на поток хрени
В эпоху Вохрождения таких вот отрицащих прогресс знания называли обскурантистами
да и сам разговор с Ярославом мне напоминает диспуты гуманистов и обскурантистов
Даже сравнение людей с младенцем в темной комнате куда солнечный свет проникает через маленькое отверстие
оттуда родом
человеческий разум говарили обскурантисты неспособен проникнуть в суть вещей
для этого необходимо откровение свыше т е Священное писание
Цитата: feralis от февраля 05, 2011, 17:49:02
И почему вы такой умный
сотни ученых колективов ошибаются и на ложном пути а вот Ярослав Смирнов
узрел истину
а ученые-генетики что малые дети
Хм... Отсылка к авторитетам вместо дискуссии по существу? Хорошо, вот фрагмент интервью с С.В. Дробышевским.
ЦитироватьЧто Вы скажете о скептическом отношении ряда антропологов к молекулярно-генетическим методам в антропологии?
Поскольку я не генетик, я не могу анализировать реальную достоверность результатов, полученных этими методами. Но я знаю, что дату расхождения человека и шимпанзе генетики оценивали с размахом от 2 миллионов до 20 миллионов лет. В 10 раз разница! Причем эта цифра меняется вслед за палеоантропологическими находками. Поэтому не внушает это доверия. Я верю в развитие науки, поэтому думаю, что рано или поздно с помощью подобных методов будут получать выводы корректные, достоверные. Но для этого нужны не только исследования современных людей, но и исследования многочисленных ископаемых людей, причем не только неандертальцев. Неандертальцы – как ни крути, линия специализированная, изолированная, сами по себе они долго «варились». А если бы исследовали находки из Азии, из Африки, наконец-то! Очень интересно исследовать европейских кроманьонцев – которых кроме Сунгиря никто не смотрел. То есть смотрели, но популяционных каких-то выводов не делали – потому что, повторяю, современных людей плохо изучали. И самое интересное – изучение древних африканских сапиенсов. Херто, или Омо – эти, конечно, древние слишком, но есть более поздние. Накуру. Олдувай 1. Из африканцев никто ничего не выковыривал, не изучал.
Снова повторю: на Западе очень плохое расоведение. Они современных людей рассматривают просто как абстрактных современных людей, не учитывая, что есть очень разные группы. А когда это делают генетики, они и того скудного расоведения, которое там есть, не знают. Даже когда наши генетики за это берутся – и то делают коряво, кроме Балановских, которые единственные в мире, по-моему, работают корректно, и получают красивые результаты.
Хорошо бы сравнить какого-нибудь Сунгиря с современными монголоидами, европейцами, уральской расой. И не только Сунгиря, а взять бронзу, мезолит, неолит. И когда будет много данных по разным группам с разной датировкой – от современных до среднего палеолита, то станет картина более конкретной. А когда они миграции людей выявляют исходя только из современных людей, которые уже заведомо после этих миграций перемешались тысячу раз – это все сомнительно. Получать датировки, исходя только из современных материалов – это вообще неправильно. Поэтому цифры у них и гуляют. Даже выход из Африки – хотя сейчас более-менее сговорились – гулял от 200 тысяч лет до 40 с небольшим.
Пойдёт такая ссылочка?
Цитата: feralis от февраля 05, 2011, 17:49:02
есть в россии свой бренд-академик фоменко
этот тоже единственный посвященный правда ныне передавший мудкость
соратникам делящим гонорары от поставленой на поток хрени
Кстати, с фоменкоидами и прочими резуноидами я тоже иногда (под настроение) дискутирую. К примеру, здесь:
http://www.rusarmy.com/forum/topic4764.html
Началось всё с Резуна, далее плавно перешли на Фоменко.
Что имеющиеся генетические реконструкции, что психопродукцию Резуна или Фоменко можно воспринимать всерьёз только при сниженной критике.
<генетические реконструкции>
Популяционный подход к истоии человечества начался в 1997г когда доказали что человек не произошел от классического неандертальца
последующие работы показали что вероятно те 2-3% аутосом достались нам от классического неандера через ближневосточную популяцию
За 13 лет такие успехи
кстати дробышевской не генетик и зря он на эту тему вообще завел разговор
Другие специ на нашем форуме и пишут редко чтоб не сесть в лужу за пределами компетенции
<дату расхождения человека и шимпанзе генетики оценивали с размахом от 2 миллионов до 20 миллионов лет>
Я слежу за темой в серьезных журналах и там размах оценивают в 6-4 500 000 лет
<Даже когда наши генетики за это берутся – и то делают коряво, кроме Балановских, которые единственные в мире, по-моему, работают корректно, и получают красивые результаты.
>
Балановский :-[
Да был такой на нашем форуме и свалил
ничего путного по делу он тут не написал но какая заносчивость
даже прицелился модератором стать но победил Мальчиш-кибальчишь :)
отличный повод высказаться кто этот Балановский
Мне его рекомендовади как кашпировского от генетики
так что пусть дробышевский держиться от него подальше
Цитата: feralis от февраля 05, 2011, 21:16:17
Популяционный подход к истоии человечества начался в 1997г когда доказали что человек не произошел от классического неандертальца
Гы. То, что человек не мог произойти от неандертальца было доказано с момента открытия неандертальца, так как неандерталец тоже человек.
Цитироватьпоследующие работы показали что вероятно те 2-3% аутосом достались нам от классического неандера через ближневосточную популяцию
За 13 лет такие успехи
2-3% аутосом? У нас всего 46 аутосом. И какая из них нам досталась от классического неандера и почему Вы считаете, что именно через ближневосточную?
Цитироватькстати дробышевской не генетик и зря он на эту тему вообще завел разговор
Чтобы оценить вкус курицы не обязательно быть поваром.
Цитировать<дату расхождения человека и шимпанзе генетики оценивали с размахом от 2 миллионов до 20 миллионов лет>
Я слежу за темой в серьезных журналах и там размах оценивают в 6-4 500 000 лет
Разницу между "оценивают" и "оценивали" видите? Возможно, Дробышевский просто читал больше статей.
ЦитироватьМне его рекомендовади как кашпировского от генетики
А кто рекомендовал? Чумак от генетики?
Балановская Елена Владимировна - доктор биологических наук, руководитель лаборатории популяционной генетики человека Медико-генетического научного центра РАМН.
Балановский Олег Павлович - кандидат биологических наук, старший научный сотрудник Медико-генетического научного центра РАМН.
Коллега feralis, воздержитесь от эмоциональных высказываний. МОДЕРАТОР
< Чтобы оценить вкус курицы не обязательно быть поваром
Возможно, Дробышевский просто читал больше статей>
Думаю у меня просто лучше вкус :)
<Последнее редактирование: Февраля 05, 2011, 23:27:11 от chief » >
Эх не успел
Ладно ухожу в академический отпуск
надеюсь форум за это время не впадет в скуку
Ранее чем будут материалы Сванте по денисовскому черепу писать не стану :-X
много нагородили, кто подведет резюме?
кстати кино по теме http://tfile.ru/forum/viewtopic.php?t=254399
Уху ху.
1. Любой метод имеет свои ограничения и недостатки. С этим никто спорить не будет ?
2. Анализ мититипов и Y гаплотипов основан на одном допущении. Каждый вариант возник в ходе эволюции всего один раз. И дальше - на его базе могут возникнуть новые варианты, но обратной дороги нет. И один и тот же митотип не может возникнуть разными путями. Это допущение не доказано.
С возрастами ситуация еще сложнее - так как точных оценок частоты мутирования у человека в природных условиях мало и они сильно отличаются. А так как величина частоты мутаций входит в любую формулу для определения времени дивергенции популяций - неизбежны размахи в оценках.
3. Возможные разные варианты матобработки первичных данных. Можно смотреть частоты всех вариантов по методу главных компонент. Можно строить карты частот. При этом на одних и тех же первичных данных можно получить разные картинки - владеющие РСА легко поймут. как и почему это может быть. Еще более сложна ситуауция с картами - там очень многое зависит от алгоритма построения карты.
4. Первичные популяционные данные. Тут возможна бездна проблем - надо учитывать коренной характер населения, частоту миграций и т.п. Например, тот же русский Север. Холмогоры - коренного населения (бабушки-дедушки - Холмогоры и ближние деревни) - не более 10%. Соответственно тотальный забор по тегу "русский" в графе национальность и забор по бабушкам\дедушкам может дать весьма разные результаты.
Как итог. Ничто - не догма. Необходим синтез данных молгенетики (в первую очередь - для анализа относительно недавних событий) с данными других наук для построения более-менее правдивой картины. Кстати, я бы очень осторожно относился к оценкам вклада в генома сапиенса генома неандеров - все-таки пока есть только данные от Сванте Паабо. Необходимы независимые данные. Просто сколько ошибок было в драфтовых синтезах генома человека и не совпадения данных от Вентера и Сэнгер центра
ну наконец. что-то дельное по теме.
А что такое РСА?
а как это к гаплотипам относится?
Цитата: ПитерПросто сколько ошибок было в драфтовых синтезах генома человека и не совпадения данных от Вентера и Сэнгер центра
захотелось посмотреть, как выглядят в принципе эти все сиквенсы отрезков геномов и целых хромосом
И столкнулся с такой странностью
Может Питер или кто-то ещё подскажет
, почему Gap-ы (недорасшифрованные участки хромосомы) есть и внутри контигов?Такое встречается и в сиквенсе генома человека
Но приведу пример из генома мыши, а именно из ее Y-хромосомы, но гапы внутри контигов есть и в др ее хомосомах
Вот Y-хромосома мыши (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/seq_reg.cgi?taxid=10090&chr=Y&from=1&to=15902555). Видно, что результат ее секвенирования представлен в виде
2-х контигов (как я понял, контиг - это непрерывный отрезок, чья нуклеотидная последовательность полностью известна)
и
2-х гапов (gap - отрезок, чья нуклеотидная последовательность известна неточно, или вообще не известна, и соответственно может быть неизвестно, а может и никогда не известно точное количество нуклеотидов в гапе?)
Но когда мы (выбирая в окошке Sequence Format: GenBank)
жмем на второй контиг (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NT_166343.1?from=1&to=557229&report=genbank), то находим ещё и Gap внутри него!!! Как это объяснить?
Если я правильно понимаю метод "дробовика", длина Gapa не может быть известной, иначе его очень легко расшифровать? А если длина гапа неизвестна, то контиг, внутри которого гап, по идее нужно считать 2-мя отдельными контигами - и всего в хромосоме считалося бы 3 контига?
Может gap оказывается ВНУТРИ контига НЕ из-за ограниченных возможностей метода "дробовика",
а потому, что секвенирующие организации по какой-то причине не желают открыто публиковать определенные части разных геномов (пока не поимели с них всю возможную выгоду)?
PCA - метод главных компонент, principal component analysis
Не знаю, какую из версий генома мыши вы смотрели - сейчас гапов в эухроматиновой части генома почти нет. Размеры гапов вполне могут быть известны - по сравнению картин пульс-фореза и так далее. Обычно гапы - GC богатые участки с большим числом коротких простых повторов. Их очень сложно однозначно секвенировать. Они не большие по длине.
Есть проблемы с прицентромерным гетерохроматином - он опять же сложно собирается в контиги из-за повторов и там могут быть ошибки.
Последовательности выложены полностью, в принципе последовательность как есть не патентуется и не может быть предметом коммерции. Патентуются методы использования последовательности - а это не одно и то же. Более того. все новые сиквенсы должны быть выложены в GenBank - без этого статью в приличный журнал не возьмут.
ЦитироватьНе знаю, какую из версий генома мыши вы смотрели
В моем сообщении дана ссылка - она бежевая (как любые ссылки в этом форуме)
ЦитироватьРазмеры гапов вполне могут быть известны - по сравнению картин пульс-фореза и так далее. Обычно гапы - GC богатые участки с большим числом коротких простых повторов. Их очень сложно однозначно секвенировать. Они не большие по длине.
Есть проблемы с прицентромерным гетерохроматином - он опять же сложно собирается в контиги из-за повторов и там могут быть ошибки
Большое спасибо!Т е размеры гапов вполне могут быть известны ("по сравнению картин пульс-фореза и так далее")
Но с какой точностью?
Неужели с точностью до одного нуклеотида?Так чем отличаются i) гапы внутри контига и ii) гапы между контигами? Может длина первых известна, а вторых - нет?Хотя может я вообще не совсем правильно понимаю, что такое контиг, и если бы понял, то вопрос бы отпал?
Подскажите, пожалуйста, проводились ли успешные исследования ДНК кенневикского человека, Лузии, арлингтонского человека, кого-то еще из этой компании, например (http://www.realhistoryww.com/world_history/ancient/Misc/Americas/Alaska/new12.jpg)? Про попытки читал, про успешно полученные результаты ничего нет
Новость не совсем по картам, но рассматриваются вопросы географической интерпретации генетических данных. http://www.inauka.ru/news/article105408.html
Авторы статьи полагают, что наиболее древними группами людей являются бушмены и схожие с ними народы южной африки.
Такой вопрос возник в этой связи. Это ведь довольно низкорослые племена. Если они потомки самых древних сапиенсов, то может быть первоначальные сапиенсы тоже были низкорослыми. Есть ли какие то палеонтологические данные по этому вопросу?
Вот интересный блог о распространенности субкладов у индейцев, о частоте встечаемости у них разных болезней в сравнении с другими человеческими популяциями, о заселении Америки, о происхождении паразитов, живущих в и на америндах, и прочая http://patagoniamonsters.blogspot.com/search?updated-max=2015-04-12T18:36:00-03:00&max-results=1&start=12&by-date=false (нужно жать Older Posts и Newer Posts)