paleoforum.ru

В теме про цианобионтов зашла речь про мегасистематику и про то, что можно называть царством. И решил я что-нибудь прочитать на эту тему.
И прочёл некоторые статьи T. Cavalier-Smith
Cavalier-Smith, T. 2004. Only six kingdoms of life. Proc. R. Soc. Lond. B 271: 1251-1262.
http://www.cladocera.de/protozoa/cavalier-smith_2004_prs.pdf
Cavalier-Smith, T. 2002a. The neomuran origin of archaebacteria, the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 52: 7-76.
http://shiva.msu.montana.edu/courses/mb437_537_2004_fall/docs/Cavalier-Smith.2002a.pdf
Cavalier-Smith, T. 2002b. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 52: 297-354.
http://shiva.msu.montana.edu/courses/mb437_537_2004_fall/docs/Cavalier-Smith.2002b.pdf

Какое-то странное впечатление они после себя оставили.
Так называемая Система шести царств представляет собой какое-то нагромождение парафилетических групп.
А представление о месте в этой системе архебактерий весьма оригинально.
Стоит ли серьёзно относится к построениям этого автора?

Микробиологи его построения игнорируют.
Но есть другие крайности. Недавно Дроздов (2003) выделил 26 царств!
Вот эти царства на древе
(http://img226.echo.cx/img226/3307/drozdov5gt.th.png) (http://img226.echo.cx/my.php?image=drozdov5gt.png)

Цитата: "mastax"Микробиологи его построения игнорируют.

Только его, или всех мегасистематиков?

Цитата: "mastax"Но есть другие крайности. Недавно Дроздов (2003) выделил 26 царств!

Какие-то эти царства странные.
Хотя, конечно, с десяток среди эукариотов насчитать можно.

А в последнее время стали обнаруживать необычных эукариот, обитающих в экстремальных условиях. Например
Novel kingdom-level eukaryotic diversity in anoxic environments
Scott C. Dawson and Norman R. Pace
http://www.pnas.org/cgi/reprint/99/12/8324

Правда по большей части эти "новые царства" представлают собой либо химеры, либо LBA артефакты.
How many novel eukaryotic 'kingdoms'? Pitfalls and limitations of environmental DNA surveys
Cédric Berney , José Fahrni  and Jan Pawlowski
http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1741-7007-2-13.pdf
[img=http://img155.echo.cx/img155/4645/berneyetal2004image25rj.th.jpg] (http://img155.echo.cx/my.php?image=berneyetal2004image25rj.jpg)

Меня еще заинтересовало современное размещение корня эукариотного древа между моноконтоми и биконтами. При сильном желании можно свести всё разнообразие эукариот к аристотелевской дихотомии растения/животные :)

>Только его, или всех мегасистематиков?

В плане прокариот - всех. А в плане эукариот - не всех.

Лично мне такая позиция представляется несколько уязвимой. Полное отрицание мегасистематических построений эквивалентно отрицанию молекулярных методов систематики. Конечно, мегасистематика прокариот связана с большим числом трудностей, но стоит ли от неё отказываться полностью?

Genomes, phylogeny, and evolutionary systems biology
Monica Medina
http://www.pnas.org/cgi/reprint/102/suppl_1/6630

Set O. Lopata
Микробиологи как раз на пике молекулярной систематики: у них типы, классы, семейства и т.д. сейчас выделяются ТОЛЬКО на основе молекулярных деревьев. И мегасистематика тут абсолютно лишняя деталь. Вот скажите: зачем умножать сущности без нужды? Есть два монофилетических царства прокариот - к чему новые?

О! Я понял! Мегасистематик - это тот, кто признаёт мно-о-о-го царств. Как Дроздов. А Кавалье-Смит - микросистематик, посколько у него только одно царство прокариот.

И, вообще, эукариот тоже можно, как выяснилось, разделить на две монофилетические группы: уни- и биконт. Можно ли на этом основании оставить только два царства?

О! Я понял! Мегасистематик - это тот, кто признаёт мно-о-о-го царств. Как Дроздов. А Кавалье-Смит - микросистематик, посколько у него только одно царство прокариот.

И, вообще, эукариот тоже можно, как выяснилось, разделить на две монофилетические группы: уни- и биконт. Можно ли на этом основании оставить только два царства?

Мегасистематики - это тот, кто занимается систематикой на уровне царств. Мало их или много - неважно. Микробиологи давно этим не занимаются, им хватает того деления, которое предложил Воуз.

Думаю, что разделить эукариот на два царства затруднительно.

Цитата: "mastax"
Думаю, что разделить эукариот на два царства затруднительно.

А по-моему, проще простого :D  Нужно только заставить зоологов заниматься грибами. А ботаников - ризариями. Остальное и так на месте: все водоросли - это биконты.

И Rhodophyta?

Так багрянки же в первую очередь. Они с Viridiplantae и может быть с Glaucophyta образуют единую кладу Plantae (s. str.). С глаукофитами ясности нет, по молекулярным данным они где-то не там часто получаются. Ближе к криптомонадам.
(http://img179.imageshack.us/img179/9926/nikolaevetal2004eukaryotes9qc.th.jpg) (http://img179.imageshack.us/my.php?image=nikolaevetal2004eukaryotes9qc.jpg)
(http://img260.imageshack.us/img260/1357/vandepeer2000eukaryotes7ra.th.jpg) (http://img260.imageshack.us/my.php?image=vandepeer2000eukaryotes7ra.jpg)
(http://img145.imageshack.us/img145/6318/eukaryotes0gn.th.jpg) (http://img145.imageshack.us/my.php?image=eukaryotes0gn.jpg)

На нижней кладограмме такое деление не поддерживается. Кроме того, здесь нет единства у разных исследователей. Сейчас нет времени давать кладограммы, но в августе приведу пару любопытных.

Цитата: "mastax"На нижней кладограмме такое деление не поддерживается.

Какое??? Там таже основная дихотомия: Униконты=Опистоконты+Амёбозои vs. Биконты=всё остальное. Я её потому и привёл.
Единства действительно нет, однако старая концепция противопоставления "кроновых эукариот" и рано дивергировавших линий, например, экскават вроде в современных (последние лет пять) работах отвергается. Считают, что митохондрии у всех анаэробных эукариот утрачены вторично.
То есть, представление о цепи событий, изображённой на рисунке, очевидно, не верно.
(http://img165.imageshack.us/img165/1332/event8lv.jpg) (http://www.imageshack.us)

Обзор групп царства Protista (включая грибы - Mycota)
А.Б. Шипунов 26.01.2001
http://herba.msu.ru/shipunov/school/vzmsh/prot-rew.pdf

Очередная попытка ревизии классификации эукариот
The New Higher Level Classification of Eukaryotes with Emphasis on the Taxonomy of Protists
Adl, S.M. et al. 2005
http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1550-7408.2005.00053.x

Цитата: "Set O. Lopata"Обзор групп царства Protista (включая грибы - Mycota)
А.Б. Шипунов 26.01.2001
http://herba.msu.ru/shipunov/school/vzmsh/prot-rew.pdf

Главное там даже не это, а http://herba.msu.ru/shipunov/os/os-ru.htm
К сожалению,  система уже несколько устарела. Я пытаюсь сейчас поскорее выложить update, но дело осложняется тем, что нужно одновременно готовить печатную публикацию. Кстати, и те подборки, которые я выкладывал ( http://www.paleo.ru/forum/viewtopic.php?p=12495#12495 ), тоже для этой цели. Я буду очень благодарен за замечания к текущей версии. Думаю, что дискуссию (если она получится) удобнее вести прямо в этом топике.

plantago
Простите за краткость, но очень мало времени:
Система прокариот, конечно, сильно устарела. Непонятно, как можно "запихать" архей и и бактерий в рамки одного царства. Число типов бактерий явно меньше, чем должно быть. Один тип архей вместо трех – тоже мало.  Все-таки, учитывая строгости микробиологической номенклатуры, следует придерживаться последних изданий Bergey.

Среди протозой не могу согласиться с типом Rhizopoda. Мнофилия радиолярий также сомнительна.

Тип Mixozoa явно полифилетический. Класс медузозой лучше разбить на 4 класса. Среди губок демоспонгии, скорее всего, парафилетичны. Цефалоринхи бех волосатиков – это Scalidophora. Класс Copepodoidea сборный. Platyzoa с мезостомидами, синдерматами, циклиофорами, гнатостомулидами – это, конечно, нонсенс.  Кроме того, скребни находятся внутри коловраток на всех молекулярных деревьях (да и морфологически они очень близки). Немертиы – а кто такие аринхоцелы? Брахиопод и мшанок все же следует поднять до типов, т.к. различия внутри тех же мшанок (с учетом времени дивергенции и морфоразличий) выше, чем различия между классами моллюсков. Моноплакофор сейчас так стараются не называть. Полихеты – парафилетическая группа, если из неё изъять погонофор. Сипункулид выделяют два класса, хотя они и очень похожи.

Это замечания, а не разнос.
:)

Спасибо за супер-комментарии!

ЦитироватьСистема прокариот, конечно, сильно устарела.

Уже обновлена (хотя и не выложена).

ЦитироватьНепонятно, как можно "запихать" архей и и бактерий в рамки одного царства.

А вот мой подход к царствам изложен в работе, цитировавшейся на форуме выше. Критика также приветствуется.

Цитировать
Среди протозой не могу согласиться с типом Rhizopoda. Мнофилия радиолярий также сомнительна.

Будет исправлено.

ЦитироватьТип Mixozoa явно полифилетический.

А мне кажется, нет. Ваши аргументы?

ЦитироватьКласс медузозой лучше разбить на 4 класса.

Подумаю... Видели ли вы работу http://www.ingentaconnect.com/content/tandf/usyb/2006/00000055/00000001/art00008 ? Она есть в архиве.

ЦитироватьСреди губок демоспонгии, скорее всего, парафилетичны.

Имена, явки? В смысле, публикации?

ЦитироватьЦефалоринхи бех волосатиков – это Scalidophora.

Спасибо!

ЦитироватьКласс Copepodoidea сборный.

Как его лучше поделить, по-Вашему?

ЦитироватьPlatyzoa с мезостомидами, синдерматами, циклиофорами, гнатостомулидами – это, конечно, нонсенс.

Факт, будем исправлять.

ЦитироватьКроме того, скребни находятся внутри коловраток на всех молекулярных деревьях (да и морфологически они очень близки).

Это так, но разве это не тот случай, когда можно признать парафилетическую группу?

ЦитироватьНемертиы – а кто такие аринхоцелы?

(Извините, это в формате BibTeX):
@ARTICLE{Riser1988,
 author = "N. W. Riser",
 title = "Arynchonemertes axi gen. n., sp. n. --- an insight into basic
         acoelomate bilaterian organology",
 journal = "Bull. Marine Sci.",
 volume = "Vol.~45",
 number = "{\No}~2",
 pages = "P.~531--538",
 year = 1988,
 annote = "Нет хобота, ринхоцеля, одна комиссура в мозге"}
@ARTICLE{Чернышев1995,
 author = "А. В. Чернышев",
 title = "О высших таксонах немертин с обзором системы подкласса Anopla",
 journal = "Зоол. журн.",
 volume = "Т.~74",
 number = "{\No}~1",
 pages = "С.7--17",
 year = 1995,
 keywords = "систематика, Nemertini",
 annote = "Arhynchocoela: [Arhynchonemertes axi Riser, 1988], Rhynchocoela
          (Anopla, Enopla)"}
В Инете про них ничего нет.

ЦитироватьБрахиопод и мшанок все же следует поднять до типов, т.к. различия внутри тех же мшанок (с учетом времени дивергенции и морфоразличий) выше, чем различия между классами моллюсков.

OK

ЦитироватьМоноплакофор сейчас так стараются не называть.

А как?

ЦитироватьПолихеты – парафилетическая группа, если из неё изъять погонофор.

См. выше про парафилию. На странице http://herba.msu.ru/shipunov/ang/ang-en.htm есть про парафилию (точнее, про мой подход здесь) подробнее.

Цитировать

ЦитироватьСипункулид выделяют два класса, хотя они и очень похожи.

Какие?

ЦитироватьЭто замечания, а не разнос.
:)

Спасибо! Давайте еще ;-))

E. Cutler & Gibbs 1985 выделяли два класса сипункулид: Phascolosomida и Sipunculida. См., например, здесь http://www.mcz.harvard.edu/Departments/InvertZoo/as.fldr/cutler/siptaxa.htm. Однако ни Hallanych 2002, ни Maxmen 2003 вроде бы не поддерживают такое разделение.

Про губок, по-моему, Borchiellini et al. писал, но точно не скажу у меня нет этих статей
1.   Borchiellini C., Chombard C., Lafay B. & Boury-Esnault N. (2000) Molecular systematics of sponges (Porifera). Invert. Rep. Dev. 35: 187 – 201.
2.   Borchiellini C, Manuel M, Alivon E, Boury-Esnault N, Vacelet J, Le Parco Y. (2001) Sponge paraphyly and the origin of Metazoa. J. Evol. Biol. 14:171–79
3.   Borchiellini, C., Manuel, M., Alivon, E., Le Parco, Y., Vacelet, J. & Boury-Esnault, N. (2003) Phylogeny and evolution of calcareous sponges: monophyly of Calcinea and Calcaronea, high level of morphological homoplasy, and the primitive nature of axial symmetry. Syst. Biol., 52:311–333.
4.   Borchiellini, C., Chombard, C., Manuel, M., Alivon, E., Vacelet, J. & Boury-Esnault, N. (2004) Molecular phylogeny of Demospongiae: implications for classification and scenarios of character evolution. Mol. Phylogenet. Evol., 32:823–837.

Таким ли уж нонсенсом являются Platyzoa в объявленом составе? Что же здесь такого чудовищного? Wikipedia, к примеру, их так и толкует. Giribert et al  2000 эту идею Кавалье-Смита поддерживает.

У меня вопрос возник: нельзя ли в Вашей Системе приводить названия таксонов с указанием автора и года установления, принимаемого Вами объёма, а также синонимию? Хотя бы как у Adl et al., 2005?

И замечание по поводу царств. Прошу, однако, принять во внимание следующие обстоятельства:
а) я не являюсь компетентным специалистом ни в биологии вообще, ни в систематике в частности, поэтому заранее прошу прощения за отсутствие глубокой аргументации (т.е. мои замечания  скорее эстетического характера);
б) с моей (далеко не общепринятой, как неоднократно указывал mastax) точки зрения, система должна отражать филогенетические связи таксонов;
в) мне представляется, что присвоение таксонам формальных рангов вообще не несёт дополнительной смысловой нагрузки, а лишь всё запутывает.
Поэтому выделение протист в отдельное царство вызывает у меня внутренний протест, а Ваша аргументация в пользу минимизации количества царств не представляется убедительной. Но даже если её принять, не кажется ли Вам, что будет логичным разделить-таки всех эукариот на <b>два</b> царства, в известной мере эквивалентные классически (по Аристотелю  :) ) понимаемым растениям и животным? Растения = Archaeplastida + Chromalveolata + Rhizaria + Excavata. Животные = Opisthokonta + Amoebozoa.

>Спасибо за супер-комментарии!

Это преувеличение. Отвечу лишь на пару вопросов (на остальные – немного позже)

Ортонектиды, если верить статьям Слюсарева с соавт. (см. Acta Zoologica и др), - это более высокоорганизованная группа, имеющая мускулатуру, построенную по билатеральному типу. Если это и деградированная группа, то её предок стоит выше книдоспоридий.  Сама по себе деградированная организация не может быть основой для объединения, тем более, что дициемиды, ортонектиды и книдоспоридии не имеют общих морфологических синапоморфий и не оказываются монофилетической группой по молекулярным данным.

Ацеломорфы включают две резко различные группы – Acoela и Nemertodermatida. Достаточно сказать, что у последних есть эпителизованный кишечник, а спермии с одним жгутиком. Может и не типы, но явно класса.

Лорициферы при такой девальвации классов (я имею ввиду то, что, например, мшанки – это лишь класс), явные неотенические потомки приапулид.
Мизостомиды оказываются среди платизой по чистому недоразумению: личинка у них типичного трохофорного типа, причем близка к таковой у полихет. К сожалению, не читал, что пишут по этому поводу в недавней статье "Myzostomida: A review of the phylogeny and ultrastructure" (2005, Hydrobiologia 535), но явно концепция "переднежгутиковых" там не поддерживается. Гнатостомулиды даже на молекулярных деревьях не имею стабильного положения: то они с Acoela, то с экдизозоями, то с платизоями. Уникальность организации явно заслуживает выделения их в отдельный тип. Что касается микрогнатозой, то удивительное сходство их челюстного аппарата с аппаратом мастакса коловраток, позволяет говорить о родстве. Да, скребней можно признать классом, но тогда коловраток лучше разделить на 2-3 класса. Скребни, конечно, необычно, однако Вы когда-нибудь видели коловраток из родов Albertia или бделлоидных коловраток с втяжным хоботком? Или чем, скажем, пентастомиды или цестоды хуже скребней? А они у Вас не классы!
Моноплакофор называют Tryblidiida (не ахти как красиво, но...)
Я согласен, что полихет можно сохранить, однако непонятно, почему из всех них погонофоры выделяются в отдельный класс? (кстати, в его названии опечатка). Почему Вы не делаете то же самое с нериллидами, псаммодриллидами, элосоматидами и другими крайне аберрантными "полихетами"?  И уж тем более лобатоцеребрид, которые, например, по строению спермиев близки к поясковым, но не имеют ни пояска , ни сегментов, ни щетинок, ни каких-либо полихетных признаков. Натуральная система не терпит двойных стандартов.
Сипункулид делят на классы Phascolosomatidea и Sipunculidea. Хотя не могу сказать, что различия между ними фундаментальные.
Не нашел, куда делись ксенотурбеллиды.
По губкам: несколькими страницами ранее в этой теме я давал  филогенетическую схему губок из диссертации Ересковского. В общем, сейчас демоспонгий действительно "драконят", выделяя гомосклероморф. Не могу сказать, что там происходит в настоящее время.
Из Copepodoidea можно  выделить  бранхиур (с пентастомидами, если их к ним относить). Выделяют также, например, "линию Copepoda" (Copepoda, Mystacocarida и ископаемые Skaracarida) и "линию Thecostraca" (Tantulocarida, Ascothoracida, Facetotecta, Acrothoracica и Cirripedia). Remipedia и Cephalocarida, согласно некоторым взглядам, могут представлять особую сестринскую группу по отношению к копеподам.
Есть у меня замечания к самой теории построения мегасистемы, но сейчас нет просто сил писать. Потом. Извините.

Set Lopata как всегда помог ссылками и много чем :)

Спасибо за комментарии! Если можно, пожалуйста, откомментируйте и другие группы. Не успеваю с ответами, попробую в воскресенье.

Цитата: "Set O. Lopata"E. Cutler & Gibbs 1985 выделяли два класса сипункулид: Phascolosomida и Sipunculida. См., например, здесь http://www.mcz.harvard.edu/Departments/InvertZoo/as.fldr/cutler/siptaxa.htm. Однако ни Hallanych 2002, ни Maxmen 2003 вроде бы не поддерживают такое разделение.

Вот и я не хочу их выделять.

ЦитироватьПро губок, по-моему, Borchiellini et al. писал

Спасибо, почитаю. Если нужно, могу прислать.

ЦитироватьТаким ли уж нонсенсом являются Platyzoa в объявленом составе? Что же здесь такого чудовищного?

Myzostomida, конечно...

ЦитироватьУ меня вопрос возник: нельзя ли в Вашей Системе приводить названия таксонов с указанием автора и года установления, принимаемого Вами объёма, а также синонимию? Хотя бы как у Adl et al., 2005?

Кодексы номенклатур и сложившиеся традиции не позволяют дать единообразную цитацию. Хорошо хоть, что теперь можно называть ботанические отделы типами. Но принципе, это (хотя и отдельная очень большая) работа, которую, может быть, и имеет смысл сделать. Вы не поможете с животными?

ЦитироватьПоэтому выделение протист в отдельное царство вызывает у меня внутренний протест, а Ваша аргументация в пользу минимизации количества царств не представляется убедительной.

Хорошая дискуссия была по этому поводу недавно в TAXACOM ( http://listserv.nhm.ku.edu/cgi-bin/wa.exe?A1=ind0603&L=taxacom&F=&S=&O=T&H=0&D=1&T=1 ). Учтите, правда, что Ken Kinmann --- тот еще фрукт ( http://www.psych.ucsb.edu/~rowe/dinosaur/KinmanIncident.html )

Цитироватьне кажется ли Вам, что будет логичным разделить-таки всех эукариот на <b>два</b> царства, в известной мере эквивалентные классически (по Аристотелю  :) ) понимаемым растениям и животным? Растения = Archaeplastida + Chromalveolata + Rhizaria + Excavata. Животные = Opisthokonta + Amoebozoa.

Я уже не раз думал над этой идеей. Но беда в том, что такая система будет очень нестабильна "внизу", где и Cavalier-Smith не сильно уверен насчет Amoebozoa, а отдельные японцы так даже и категорически против ( http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/22/3/409 ).

Цитата: "mastax"
Ортонектиды, если верить статьям Слюсарева с соавт. (см. Acta Zoologica и др), - это более высокоорганизованная группа, имеющая мускулатуру, построенную по билатеральному типу.

Dicyemida, если верить Furuya, тоже ничего себе (shared Hox and tubulin genes with Lophotrochozoa). Правда, есть безумная гипотеза об их происхождении через HGT от протистов и моллюсков ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B6T2K-4B726M7-3/2/e2b60d5fc42b6b64e969824219aaa382 ), и она мне нравится...

ЦитироватьЕсли это и деградированная группа, то её предок стоит выше книдоспоридий.

Доказать это трудно, тем более что Buddenbrockia не так уж и примитивна.

ЦитироватьСама по себе деградированная организация не может быть основой для объединения

Согласен

Цитироватьдициемиды, ортонектиды и книдоспоридии не имеют общих морфологических синапоморфий

Не факт, надо внимательно смотреть работы Слюсарева, Furuya и Okamura.

Цитироватьи не оказываются монофилетической группой по молекулярным данным.

Это да, к тому же ветки длинные. Но данных мало.

ЦитироватьАцеломорфы включают две резко различные группы – Acoela и Nemertodermatida. Достаточно сказать, что у последних есть эпителизованный кишечник, а спермии с одним жгутиком. Может и не типы, но явно класса.

Согласен.

ЦитироватьЛорициферы при такой девальвации классов (я имею ввиду то, что, например, мшанки – это лишь класс), явные неотенические потомки приапулид.

OK

ЦитироватьК сожалению, не читал, что пишут по этому поводу в недавней статье "Myzostomida: A review of the phylogeny and ultrastructure" (2005, Hydrobiologia 535), но явно концепция "переднежгутиковых" там не поддерживается.

Пишут так (статья есть в архиве):
===
In summary, three possibilities exist concerning the phylogenetic position of the Myzostomida within the Metazoa: (1) phylogenetic analyses considering the Myzostomida as a group outside the Annelida are wrong and similarities between the two groups are true synapomorphies; these analyses are right and the similarities between the two groups are either (2) convergences or (3) plesiomorphies.
===

ЦитироватьГнатостомулиды даже на молекулярных деревьях не имею стабильного положения: то они с Acoela, то с экдизозоями, то с платизоями. Уникальность организации явно заслуживает выделения их в отдельный тип.

Буду думать.

ЦитироватьЧто касается микрогнатозой, то удивительное сходство их челюстного аппарата с аппаратом мастакса коловраток, позволяет говорить о родстве. Да, скребней можно признать классом, но тогда коловраток лучше разделить на 2-3 класса.

OK

ЦитироватьМоноплакофор называют Tryblidiida (не ахти как красиво, но...)

По-моему, тут Вы неправы,. Так называют отряд, а класс --- Monoplacophora.

ЦитироватьЯ согласен, что полихет можно сохранить, однако непонятно, почему из всех них погонофоры выделяются в отдельный класс? (кстати, в его названии опечатка).

Следую традиции. Вы и в самом деле считаете, что их отличия --- на уровне названных Вами остальных групп?

ЦитироватьИ уж тем более лобатоцеребрид, которые, например, по строению спермиев близки к поясковым, но не имеют ни пояска , ни сегментов, ни щетинок, ни каких-либо полихетных признаков.

Это Ваши данные?

ЦитироватьНе нашел, куда делись ксенотурбеллиды.

Это ошибка (помните историю с моллюсками?).

ЦитироватьПо губкам: несколькими страницами ранее в этой теме я давал  филогенетическую схему губок из диссертации Ересковского.

OK

ЦитироватьИз Copepodoidea можно  выделить  бранхиур (с пентастомидами, если их к ним относить). Выделяют также, например, "линию Copepoda" (Copepoda, Mystacocarida и ископаемые Skaracarida) и "линию Thecostraca" (Tantulocarida, Ascothoracida, Facetotecta, Acrothoracica и Cirripedia). Remipedia и Cephalocarida, согласно некоторым взглядам, могут представлять особую сестринскую группу по отношению к копеподам.

По-моему, там большой бардак. Работы по строению мозга указывают на другие группировки ( http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=15004272  , http://icb.oxfordjournals.org/cgi/content/short/icj011v1 ). Branchiura и вправду можно выделить.

ЦитироватьЕсть у меня замечания к самой теории построения мегасистемы, но сейчас нет просто сил писать. Потом. Извините.

Жду.

plantago
О принципах построения мегасистемы (хотя, если честно, четких принципов я так и не увидел – сплошная эклектика по типу "с миру по нитке")
Критика будет немного агрессивной, но это лишь стиль.

>Если некий "порог количества" таксонов превышен, число царств начинает расти бесконтрольно.

Непонятно, на чем базируется такое заявление. В свое время Полянский почти то же самое говорил и о типах протистов.

>либо в каком-то порядке применять оба кодекса

ничего особенного тут нет. Цианобактерии попадают под микробиологический и ботанический кодексы, динофлагеллята и эвгленовые – под зоологический и ботанический. Подобные группы, существующие на стыке традиционных царств, не служат предметом раздора, а являются предметом коллективного договора о "двойных" стандартах. От числа царств число Кодексов не зависит.

>Протисты - это организмы клеточного уровня организации, то есть не имеющие дифференцированных (различающихся по строению и функциям) тканей.

При такой трактовке вообще непонятно, куда относить тех же книдоспоридий, у которых тканей НЕТ. Т.е. нужно вводить еще одну фразу "и никогда не было". И опять мы натыкаемся на "грабли" невозможности чисто диагностически провести границу, т.е "никогда не было" и "вторично утрачено" – зачастую можно дифференцировать уже не по критериям априорной систематики, а лишь молекуляными методами. Однако я не увидел главных доказательств, почему ткани (именно ткани!) тех же бурых водорослей принципиально отличны от тканей мхов? Ответ прост: бурые водоросли провинились лишь тем, что имеют родство с диатомовыми и золотистыми. Т.е. сначала мы строим систему, исходя из родства, а уж после начинаем создавать "возвышенные идеалы деления на царства". На мой взгляд, это сомнительная доктрина, не имеющая ничего общего с мегасистематикой, как отдельной областью систематики.
Но вернусь к тканям. Губки, не имеют настоящих тканей и не имели их никогда. Синцитиальная организация стеклянных губок вообще "вне" тканевой парадигмы (не случайно были те, кто выделял их в отдельный тип). Это аналог сифоновых водорослей в "животном" мире. Попробуйте доказать обратное и неожиданно выяснится, что термин "ткань" каким-то странным образом варьирует в зависимости от того, какие цели мы ставим перед собой. А вы ставите цель оправдать протист (кстати – бесцельное занятие, ИМХО), и тут уже неважно, что некоторые хоанофлагеллята вроде бы близки к губкам: если губок "отлучить" от метазой, то всё пойдет прахом. Между мхами и харовыми водорослями можно обозначить межцарственную "пропасть", но губки – это святое.

> Из приведенного списка видно, что большинство "уникальных" признаков царства Грибы встречаются в остальных группах Протистов, поэтому, как нам кажется, не может быть и речи о помещении грибов в отдельное царство.

Все смешалось: люди, кони... Я не могу понять: что все-таки стоит в основе мегасистематики? Типологический подход, эволюционный или кладистический? По-моему, все подряд. Здесь Вы пишите типологическим языком. А далее:

""Высшие" же грибы, то есть зигомицеты, аскомицеты и базидиомицеты близки к хитридиомицетам и красным водорослям." – это, надо полагать, кивок в сторону молекулярного древа, т.к. жгутиковые стадии, например, отсутствуют у конъюгатофит, микроспоридий и даже у нематод, что само по себе не может быть морфологическим доказательство родства. Если не может, то "кивок"? Так зачем строить морфологическую базу на заведомо неморфологическом скрытом фундаменте?!

>Как видно, внешняя морфология и строение клетки не дают никаких серьезных отличительных признаков, а уникальные биохимические особенности этих организмов

Это, конечно, потрясение для меня. В том плане, что при явном наличии молекулярных различий все же вы идете "поперек" того, что скрыто фигурирует в системе тех же животных (иначе трудно понять, как на основе морфологии трихоплакса можно поместить к гребневикам, а динофлагеллят объединить со спровиками и инфузориями в единый надтип). Если мы с той же беспристрастностью подойдем к животным, то и их "закроем" как царство, т.к. среди них есть формы без тканей и прочих анималистических синапоморфий. Да, эти "отсутствия" вторичны, но почему тогда сходство отдельных бактерий и архей не рассматривается в том же ключе?! Т.е. если есть у бактерий гистоны, то нужно посмотреть, какие это гистоны. Если есть термофильные бактерии, то каков тип их метаболизма? Есть ли у бактерий повторяющиеся последовательности в ДНК? Насколько различен фото- и хемосинтез в этих группах? И т.д.
Недавно открыли очередной тип-candidatus бактерий – порибактерии. У них есть почти ядро, еще более похожее на настоящее ядро, чем у планктомицетов. Если учесть, что среди эукариот есть формы без митохондрий, с прокариотным типом рибосом, то надо быть бдительным даже на этой нерушимой границе.

Далее о деталях:
>Dicyemida, если верить Furuya, тоже ничего себе (shared Hox and tubulin genes with Lophotrochozoa).

И что? Перенос генов не допускается? Морфология тут уже не важна, а важны гены? Тогда почему они не важны для выделения царства Архей, которые на все 100% обособлено от бактерий?

>Не факт, надо внимательно смотреть работы Слюсарева, Furuya и Okamura.

Я разговаривал со Слюсаревым – он не находит. В доступной мне литературе сходств также не было. Буду раз узнать о них.

>По-моему, тут Вы неправы,. Так называют отряд, а класс --- Monoplacophora.

А как вы думаете, когда впервые был предложен этот класс, кем и в каком объеме? Было время, когда и Acoela рассматривали как отряд.

>Следую традиции. Вы и в самом деле считаете, что их отличия --- на уровне названных Вами остальных групп?

"Синдром выхухоли": раз она так не похожа на кротов, то и не должна к ним относиться. Морфология тех же овениид и пёбиид не менее (а может даже и более) своеобразна, но это все же "типичные" полихеты.

>Это Ваши данные?

Нет. Лобатоцеребрид в самостоятельный тип выделил весьма уважаемый мною морфолог Haszprunar. Вероятно, он и неправ, но я не могу дать "ломанного гроша" за монофилию полихет.

> По-моему, там большой бардак. Работы по строению мозга указывают на другие группировки

Какой мозг может быть против молекулярной филогении?! Мозг пентастомид (ой, икается им!) уж никак не похож на мозг бранхиур. А у ризоцефал и аскоторацика какие могут быть ганглии?

>Это ошибка (помните историю с моллюсками?).
Какая ошибка?! "... Our results are compatible with the hypothesis of Xenoturbellida forming a sister taxon to Bilateria. No evidence was obtained for inclusion of X. westbladi in either the Mollusca or Plathelminthes" и это на основе immunocytochemical and ultrastructural study of the nervous and muscular systems of Xenoturbella westbladi. Или все-таки строение не так важно? ;)

to plantago
Да, пожалуйста, киньте мне те статьи про губок, если не сложно.
На счёт нестабильности корня эукариотного древа. Полагаю, что не следует всё приносить в жертву стабильности. Очевидно, в ближайшее время эту проблему всё-таки решат. И уж во всяком случае стремлением к стабильности не следует оправдывать такие таксоны, как Protista.
С цитацией по животным постараюсь помочь, чем смогу,   однако не обещаю, что в кратчайшие сроки. Моя основная деятельность с этой проблемой не связана никак :(

to mastax
Я Вас правильно понял, что отнесение ксенотурбеллы к вторичноротым  Вы считаете недоразумением?

Цитата: "mastax"четких принципов я так и не увидел – сплошная эклектика по типу "с миру по нитке"

Это и есть главный принцип, Вы не поняли ;-) совместить все со всем... Я серьезно.

ЦитироватьКритика будет немного агрессивной, но это лишь стиль.

OK

Цитировать>Если некий "порог количества" таксонов превышен, число царств начинает расти бесконтрольно.
Непонятно, на чем базируется такое заявление. В свое время Полянский почти то же самое говорил и о типах протистов.

Вы правы.

ЦитироватьОт числа царств число Кодексов не зависит.

Да, но межцарственные перемещения с умножением числа царств увеличиваются (это факт) -> сложнее договариваться. Мелкое замечание, но все же.

Цитировать>Протисты - это организмы клеточного уровня организации, то есть не имеющие дифференцированных (различающихся по строению и функциям) тканей.
При такой трактовке вообще непонятно, куда относить тех же книдоспоридий, у которых тканей НЕТ.

Buddenbrockia? Споры с клеточной дифференциацией?
Кроме того, исключения четко прописаны: Phaeopsida, lichenized Ascomycetes.

ЦитироватьОднако я не увидел главных доказательств, почему ткани (именно ткани!) тех же бурых водорослей принципиально отличны от тканей мхов?

Их гистология --- темный лес, но можно сказать, что их тело построено на основе уплотненных нитеобразных талломов, некий аналог "валенка". _Таких_ тканей нет ни у растений, ни у животных.

ЦитироватьТ.е. сначала мы строим систему, исходя из родства, а уж после начинаем создавать "возвышенные идеалы деления на царства". На мой взгляд, это сомнительная доктрина, не имеющая ничего общего с мегасистематикой, как отдельной областью систематики.

Как бы Вы стали строить мегасистему? Создали бы возвышенные идеалы и стали бы к ним подгонять царства? Разве нормальный нацчный процесс не строится на принципе "сначала факты, потом теория"? Вот и Lopata предлагает "надеть" два царства на Кавалье-Смитовские конструкции...

ЦитироватьГубки, не имеют настоящих тканей и не имели их никогда.

Их личинки?

ЦитироватьСинцитиальная организация стеклянных губок вообще "вне" тканевой парадигмы (не случайно были те, кто выделял их в отдельный тип).

Кстати, Вы "за" или "против"?

Цитироватьтермин "ткань" каким-то странным образом варьирует в зависимости от того, какие цели мы ставим перед собой.

Это беда любого морфологического обобщения. Все признаки по меньшей мере двойственны: у них есть "объяснительная" и "описательная" составляющие, и с этим ничего не сделаешь (см. работы Красилова и Мейена). Так же будет варьировать "цветок", "сердце", "ядро", "сплайсинг" и пр.

ЦитироватьА вы ставите цель оправдать протист

Ставлю.

Цитировать(кстати – бесцельное занятие, ИМХО)

Аргументы?

Цитироватьи тут уже неважно, что некоторые хоанофлагеллята вроде бы близки к губкам: если губок "отлучить" от метазой, то всё пойдет прахом. Между мхами и харовыми водорослями можно обозначить межцарственную "пропасть", но губки – это святое.

Не понял... Это ирония?

ЦитироватьЯ не могу понять: что все-таки стоит в основе мегасистематики? Типологический подход, эволюционный или кладистический?

Как Вы любите все разделять! Почему невозможен синтез подходов?

Цитировать""Высшие" же грибы, то есть зигомицеты, аскомицеты и базидиомицеты близки к хитридиомицетам и красным водорослям." – это, надо полагать, кивок в сторону молекулярного древа

Увы, устарело, как и вообще весь обсуждаемый сейчас текст.

Цитировать...что само по себе не может быть морфологическим доказательство родства. Если не может, то "кивок"? Так зачем строить морфологическую базу на заведомо неморфологическом скрытом фундаменте?!

Опять не понял, объяснитесь.

Цитировать>Как видно, внешняя морфология и строение клетки не дают никаких серьезных отличительных признаков, а уникальные биохимические особенности этих организмов
Это, конечно, потрясение для меня.

Меня много ругали за это приятели-геномщики, но существует точка зрения Gupta, которая вполне совпадает с моей. И Cavalier-Smith, кстати, примерно на таких же позициях.

Цитироватьтрудно понять, как на основе морфологии трихоплакса можно поместить к гребневикам

А кто так делает?

Цитировать
а динофлагеллят объединить со спровиками и инфузориями в единый надтип.

А вот тут как раз куча морфологии.

Цитировать
Если мы с той же беспристрастностью подойдем к животным, то и их "закроем" как царство, т.к. среди них есть формы без тканей и прочих анималистических синапоморфий.

То есть, по-Вашему, у животных нет серьезных отличительных признаков от протистов? В тексте речь шла не об отдельных, а о всех архебактериях.

Цитировать
Т.е. если есть у бактерий гистоны, то нужно посмотреть, какие это гистоны. Если есть термофильные бактерии, то каков тип их метаболизма? Есть ли у бактерий повторяющиеся последовательности в ДНК? Насколько различен фото- и хемосинтез в этих группах? И т.д.

Вообще-то, посмотрено. Но мне кажется, что это все риторические вопросы, так что конкретно не отвечаю.

Цитировать
Недавно открыли очередной тип-candidatus бактерий – порибактерии. У них есть почти ядро, еще более похожее на настоящее ядро, чем у планктомицетов.

Спасибо за информацию, интересно!

Цитировать
Если учесть, что среди эукариот есть формы без митохондрий

... у которых у всех есть митохондриальные рудименты

Цитировать
с прокариотным типом рибосом

Лажа это, по-моему. Рибосомы протистов весьма разнообразны, часть похожа на бактерий _по молекулярному весу_ субъединиц, но не по строению (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=9671812&dopt=Abstract).

Цитировать
>Dicyemida, если верить Furuya, тоже ничего себе (shared Hox and tubulin genes with Lophotrochozoa).
И что? Перенос генов не допускается? Морфология тут уже не важна, а важны гены?

Так я и написал, что мне нравится гипотеза Noto (2003)!

Цитировать
царства Архей, которые на все 100% обособлено от бактерий?

63% of shared gene content?! See http://bacterialphylogeny.com/archaea.htm

Цитировать
>Не факт, надо внимательно смотреть работы Слюсарева, Furuya и Okamura.
Я разговаривал со Слюсаревым – он не находит. В доступной мне литературе сходств также не было. Буду раз узнать о них.

Между Dicyemida и остальными, сходного, видимо, мало. А вот между Buddenbrockia и Orthonectida надо искать.

Цитировать
>По-моему, тут Вы неправы,. Так называют отряд, а класс --- Monoplacophora.
А как вы думаете, когда впервые был предложен этот класс, кем и в каком объеме? Было время, когда и Acoela рассматривали как отряд.

Не понял пафоса. Принцип приоритета ведь к высшим категориям не применяется? Поищите в Google "Monoplacophora" и "Triblidiida". Откройте учебники типа http://www.deutsches-fachbuch.de/reinschauen/9d/3827414822.htm А в общем, это все ерунда, было бы из-за чего спорить...

Цитировать
"Синдром выхухоли": раз она так не похожа на кротов, то и не должна к ним относиться. Морфология тех же овениид и пёбиид не менее (а может даже и более) своеобразна, но это все же "типичные" полихеты.

Понял Вашу точку зрения.

Цитировать
>Это Ваши данные?
Нет. Лобатоцеребрид в самостоятельный тип выделил весьма уважаемый мною морфолог Haszprunar.

Здесь: HASZPRUNAR, G. 1995a. The Mollusca: coelomate turbellarians or mesenchymate annelids? In: Taylor, J.D. (ed.): Origin and Evolutionary Radiation of the Mollusca. pp. 1-28. Oxford University Press, Oxford "1996"?

Цитировать
я не могу дать "ломанного гроша" за монофилию полихет.

Sensu Shipunov, 2002?

Цитировать
> По-моему, там большой бардак. Работы по строению мозга указывают на другие группировки
Какой мозг может быть против молекулярной филогении?! Мозг пентастомид (ой, икается им!) уж никак не похож на мозг бранхиур. А у ризоцефал и аскоторацика какие могут быть ганглии?

Это ирония? Не понял, как Вы относитесь к работам Harzsch.

Цитировать
>Это ошибка (помните историю с моллюсками?).
Какая ошибка?!

_Моя_ ошибка. Поверил этой знаменитой истории (Israelsson, 1999) :-((
Спасибо за критику, она очень плодотворная. Если будет время, давайте еще.

Цитата: "Set O. Lopata"
Да, пожалуйста, киньте мне те статьи про губок, если не сложно.

Куда кинуть-то? Что-то уже лежит в архиве на Herba (он радикально обновился), смотрИте.

Цитировать
На счёт нестабильности корня эукариотного древа. Полагаю, что не следует всё приносить в жертву стабильности. Очевидно, в ближайшее время эту проблему всё-таки решат. И уж во всяком случае стремлением к стабильности не следует оправдывать такие таксоны, как Protista.

У Вас c mastax "Protista" прямо ругательное слово какое-то  ;-)) А в жертву почему бы и не принести? Ведь система --- это еще и язык общения.

Цитировать
С цитацией по животным постараюсь помочь, чем смогу,   однако не обещаю, что в кратчайшие сроки.

Громадное спасибо!

Цитировать
Моя основная деятельность с этой проблемой не связана никак :(

Знали бы Вы, чем я занимался до января...

>Это и есть главный принцип, Вы не поняли ;-) совместить все со всем... Я серьезно.

Это все равно, что хотеть жениться на всех, кого любишь. Совмещение нуждается в четкой логике, я же увидел обратное: действуют одни принципы, а декларируются другие.

>Да, но межцарственные перемещения с умножением числа царств увеличиваются

Пока был лишь один такой явный случай – это цианобактерии. От того, что у споровиков нашли остатки хлоропластов, они все равно не попали в поле МКБН. Многоцарственная система как раз является признаком УСЛОВНООСТИ  деления эукариот на растения и животные. Если же признать, что эта условность все же может быть воплощена, то вот тогда в растения придется "запихивать" то, что чуждо ботаникам.

>Buddenbrockia? Споры с клеточной дифференциацией?

Причем тут клеточная дифференцировка и ткани? Причем лишь в одной стадии развития. Возьмите динофлагеллят из рода Haplozoon или хотя бы того же вольвокса – у них тоже есть клеточная дифференцировка. А у красных водорослей дифференцировка на уровне тканей, но оyи почему-то все равно протисты.

>Их гистология --- темный лес, но можно сказать, что их тело построено на основе уплотненных нитеобразных талломов, некий аналог "валенка". _Таких_ тканей нет ни у растений, ни у животных.

Вот те на... В обычном вузовском учебнике и то написано, что у высших бурых водорослей имеются несколько типов тканей. Гистология по крайней мере ламинариевых изучена очень хорошо: 4 типа тканей, наличие меристемы, секреторных клеток, многоклеточных спорангиев и т.д. Если это не многоклеточность, то и низшие мхи также не многоклеточны.

>Как бы Вы стали строить мегасистему? Создали бы возвышенные идеалы и стали бы к ним подгонять царства? Разве нормальный нацчный процесс не строится на принципе "сначала факты, потом теория"? Вот и Lopata предлагает "надеть" два царства на Кавалье-Смитовские конструкции...

Во-первых, конструкции Кавалье-Смита мне не нравятся. Они сейчас не нравятся и молекулярщикам, и особенно микробиологам. Во-вторых, лично я бы оставил только три царства: археи, бактерии и эукариоты. Всё. Растения, грибы и прочие группы имеют право на существование как неформальные группы или совокупности жизненных форм, но это уже иная плоскость системы. В третьих, что считать фактами? Филогенетическая схема на базе молекулярных подходов – это не факт, а гипотеза. Это вообще подмена понятий, когда кладограмма вдруг объявляется объективным отражением реальности, фактом. Факт в том, что цитология споровиков, инфузорий и динофлагеллят резко различная, но вот он-то и отбрасывается, как не удовлетворяющий филогенетической модели.

>Их личинки?

А что личинки? У амфибластулы в сущности тканей нет и из половины личинки из однородных клеток можно вырастить целую губку.

>Кстати, Вы "за" или "против"?

Я против, но могу ошибаться.

>Ставлю

Можно разделить лес на ярусы, но основания деревьев и кустарники не могут быть объединены из соображения, что все остальное находится "над".   Protozoa – это и есть трава+кусты+основания деревьев. Почему бесцельное? Потому что любая умозрительная манипуляция должна иметь ЦЕЛЬ. Цели систематики  на уровне родов, семейств и т.д. четки. Но мегасистематика, в основе которой не лежит ни принцип родства, ни принцип морфологического сходства ничего не дает. Это мегалитические постройки из песка.

>Не понял... Это ирония?
Почему ирония? Если отлучить губок от животных, то придется либо увеличивать число царств, либо изменять принципы построения системы.

>Почему невозможен синтез подходов?
Синтез необходим, но он должен быть единым подходом. Нельзя же строить филогенетическое древо подорожников, используя для одних видов одни гены, а для других – другие, загоняя все в одну матрицу. Помните китайскую систему, которую приводил Борхес?

>Опять не понял, объяснитесь.

Суть в том, что если Вы строите систему на основе молекулярных деревьев, то так и нужно декларировать. Как я могу представить себе эклектику молекулярных методов и морфологии: молекулярный метод выделяет некую надгруппу – это гипотеза (sic!) монофилии, которую затем тестируют на морфологическом уровне. Если последний выявляет уникальные признаки или хотя бы редкие синапоморфии или находит промежуточные звенья, то гипотеза поддержана. Если не находит, то не нужно пытаться "натянуть" сомнительные сходства, а следует перепроверить первичную гипотезу на иных последовательностях.

>но существует точка зрения Gupta, которая вполне совпадает с моей. И Cavalier-Smith, кстати, примерно на таких же позициях

Но и тот, и другой могут распространять свои принципы и на другие группы, т.е. быть последовательными. Брать от одних одно, а от других – другое – едва ли это их стиль. Кстати, наилучший обзор мегасистематики сейчас публикует Шаталкин в ЖОБе (это я слышал от микробиологов-систематиков, которые к Gupta и Cavalier-Smith относятся как со скепсисом).

>А кто так делает?

Сейчас это начали делать те, кто чуть раньше относил трихоплокса к книдариям (кстати, также без морфологической базы).

>Sensu Shipunov, 2002?

sensu lato, т.е. и в Вашем, и в ином понимании.

>Не понял, как Вы относитесь к работам Harzsch.

Интересная работа, но как бы Вы отнеслись к работе, которая на основе строения пыльцы анализирует систему подорожников? – Видимо, как к одно из интересных подходов, в которой выдвигаются новые гипотезы. И как специалист, вы сами будете решать, каков вес этих гипотез.  

Народ! Я на этом интерфейсе не знаю, как цитировать отдельные строки (выходит сообщение целиком). Поэтому прошу прощение за >>>>

Кстати, хочу заметить, что проблемы мегасистематики – это именно проблемы выделения мегатаксонов вроде царств, подцарств, но не типов-классов. Это относительно молодое направление систематики, и в ней есть два основных подхода: 1) мегасистематика – это та же систематика, как и систематика типов, классов 2) мегасистематика – специфическая область систематики, в которой есть свои, особые принципы выделения групп.

Цитата: "plantago"
Куда кинуть-то? Что-то уже лежит в архиве на Herba (он радикально обновился), смотрИте.

Киньте в личку, например. Две статьи, которых нет в Вашем архиве.
Borchiellini C, Manuel M, Alivon E, Boury-Esnault N, Vacelet J, Le Parco Y. (2001) Sponge paraphyly and the origin of Metazoa. J. Evol. Biol. 14:171–79
Borchiellini, C., Manuel, M., Alivon, E., Le Parco, Y., Vacelet, J. & Boury-Esnault, N. (2003) Phylogeny and evolution of calcareous sponges: monophyly of Calcinea and Calcaronea, high level of morphological homoplasy, and the primitive nature of axial symmetry. Syst. Biol., 52:311–333.

И ещё вот эту
Lang BF, O'Kelly C, Nerad T, Gray MW, Burger G (2002) The closest unicellular relatives of animals. Curr Biol. 2002 Oct 15;12(20):1773-8.

Цитировать
У Вас c mastax "Protista" прямо ругательное слово какое-то  ;-)) А в жертву почему бы и не принести? Ведь система --- это еще и язык общения.

Вы считаете, что используя "Protista" в качестве строгого таксономического термина, а не названия неформальной сборной группы, общаться легче? С кем?

Цитировать
Громадное спасибо!

Не благодарите заранее  :D  Это всего лишь мои благие намерения, а не жизненная цель.

Цитировать
Знали бы Вы, чем я занимался до января...

Возможно, всё-таки чем-то связанным с биологией? Я-то биологию учил последний раз в школе, и довольно давно  :oops:

Цитировать>Это все равно, что хотеть жениться на всех, кого любишь.

Мне кажется, хотеть не вредно ;-) Вон мусульмане с мормонами не только хотят...

Цитировать> Совмещение нуждается в четкой логике

Вот, пожалуйста:
1. Определение состава исходного множества
2. Определение характера исходного множества, то есть установление ранга.
3*. Формирование суждений о близости на основе:
а) независимых (несобственных для таксона) данных;
б) обработанных с точки зрения выяснения таксономических отношений несобственных данных;
в) структуры деревьев, систем и прочих внешних таксономических данных;
г) экспертных заключений о близости;
д) принятой таксономической практики;
е) косвенных данных (например, о классификации `соседних' таксонов).
* Всем данным присваивается определенный вес.
4**. Построение иерархии
5**. Определение ранга получившихся групп
6**. Ординация групп
** Для их осуществления требуются внешние суждения о том, как надо строить систему
7. Суждения о качестве системы.
Далее процедура может повторяться.

Цитировать>Многоцарственная система как раз является признаком УСЛОВНООСТИ  деления эукариот на растения и животные.

Я, кажется, то же самое и доказываю?

Цитировать>>Buddenbrockia? Споры с клеточной дифференциацией?
>Причем тут клеточная дифференцировка и ткани? Причем лишь в одной стадии развития.

Вот Вы уже дважды не ответили на упоминание Buddenbrockia. Вообще, видна некая избирательность Ваших ответов. Если Вы не ответили, что что это значит? Согласны/не согласны/потом как-нибудь/ну его?

Цитировать>>Их гистология --- темный лес
>Гистология по крайней мере ламинариевых изучена очень хорошо

А вот и нет. Работ очень мало, и большинство --- конца 19 века. Кстати, а Вы видели ламинариевых под микроскопом? Рекомендую взять прямо из консервов и посмотреть. А для сравнения еще и маршанцию откуда-нибудь, где много сырых камней (когда снег стает, конечно).

Цитировать>>Как бы Вы стали строить мегасистему?
>лично я бы оставил только три царства: археи, бактерии и эукариоты.

Эукариот-то придется опять делить...

Цитировать>Филогенетическая схема на базе молекулярных подходов – это не факт, а гипотеза

Не так. Кладограмма (и морфологическая, и молекулярная) --- гипотеза; а есть молекулярные синапоморфии --- факты.

Цитировать>Факт в том, что цитология споровиков, инфузорий и динофлагеллят резко различная

Не согласен. Общих черт у них достаточно для того, чтобы создать таксон рангом выше типа.

Цитировать>>Их личинки?
>А что личинки? У амфибластулы в сущности тканей нет и из половины личинки из однородных клеток можно вырастить целую губку.

Из одной клетки морковки тоже можно вырастить целое растение. Можно сказать, что существуют:
а) Псевдоткани (плодовые тела высших грибов);
б) Прототкани (высшие красные и бурые, ?дициемиды, губки);
в) Настоящие ткани (растительные и животные);
г) Вегетативные ткани лихенизированных аскомицетов.

Цитировать>Можно разделить лес на ярусы, но основания деревьев и кустарники не могут быть объединены из соображения, что все остальное находится "над".

Почему нет? В экологии так делают. Все зависит от цели.

Цитировать>Если отлучить губок от животных, то придется либо увеличивать число царств, либо изменять принципы построения системы.

Согласен.

Цитировать>>Почему невозможен синтез подходов?
>Синтез необходим, но он должен быть единым подходом. Нельзя же строить филогенетическое древо подорожников, используя для одних видов одни гены, а для других – другие, загоняя все в одну матрицу.

Это неудобно, но почему нельзя? Вы знаете про supertrees?

Цитировать>Помните китайскую систему, которую приводил Борхес?

Ну ее. Не китайская она, и вообще не люблю Борхеса.

Цитировать>молекулярный метод выделяет некую надгруппу – это гипотеза (sic!) монофилии, которую затем тестируют на морфологическом уровне. Если последний выявляет уникальные признаки или хотя бы редкие синапоморфии или находит промежуточные звенья, то гипотеза поддержана. Если не находит, то не нужно пытаться "натянуть" сомнительные сходства, а следует перепроверить первичную гипотезу на иных последовательностях.

А почему не наоборот: морфологический метод выдвигает гипотезу монофилии, которая затем проверяется молекулярно; а если неудача, то делаются попытки добавления и переинтерпретации признаков? Это я для примера придумал, но почему бы и не третье: все методы дают суждения о близости, которые потом тестируются метахарактеристиками типа предсказательного уровня, простоты, соответствия текущим концепциям и пр.? У Вас же правая рука судит левую. Чем виновата левая рука?

Цитировать>т.е. быть последовательными.

Cavalier-Smith? Не смешите меня.

Цитировать> Брать от одних одно, а от других – другое – едва ли это их стиль. Кстати, наилучший обзор мегасистематики сейчас публикует Шаталкин в ЖОБе (это я слышал от микробиологов-систематиков, которые к Gupta и Cavalier-Smith относятся как со скепсисом).

А это еще смешнее, поскольку задействовано несколько человек. Вот что написано у Шаталкина в abstract:
===
As an example the phylogenetic classifications of organisms proposed recently by Cavalier-Smith (1998, 2002) and Gupta (1998, 2000) are considered. The modified system of Gupta is the most adequate description of organism phylogeny.
===

Цитировать>Сейчас это начали делать те, кто чуть раньше относил трихоплокса к книдариям (кстати, также без морфологической базы).

Ссылки?

Цитировать>>Не понял, как Вы относитесь к работам Harzsch.
>Интересная работа, но как бы Вы отнеслись к работе, которая на основе строения пыльцы анализирует систему подорожников? – Видимо, как к одно из интересных подходов, в которой выдвигаются новые гипотезы. И как специалист, вы сами будете решать, каков вес этих гипотез.

Теперь понял ;-)

Цитировать>Народ! Я на этом интерфейсе не знаю, как цитировать отдельные строки (выходит сообщение целиком).

Надо выделить мышкой и нажать кнопку "Quote".

ЦитироватьДве статьи, которых нет в Вашем архиве.
Borchiellini C, Manuel M, Alivon E, Boury-Esnault N, Vacelet J, Le Parco Y. (2001) Sponge paraphyly and the origin of Metazoa. J. Evol. Biol. 14:171–79

Есть, просто она лежит в ref/os/ani

ЦитироватьBorchiellini, C., Manuel, M., Alivon, E., Le Parco, Y., Vacelet, J. & Boury-Esnault, N. (2003) Phylogeny and evolution of calcareous sponges: monophyly of Calcinea and Calcaronea, high level of morphological homoplasy, and the primitive nature of axial symmetry. Syst. Biol., 52:311–333.

Положил в  ref/to/os/ani

ЦитироватьИ ещё вот эту
Lang BF, O'Kelly C, Nerad T, Gray MW, Burger G (2002) The closest unicellular relatives of animals. Curr Biol. 2002 Oct 15;12(20):1773-8.

Положил в ref/os/ani

ЦитироватьВы считаете, что используя "Protista" в качестве строгого таксономического термина, а не названия неформальной сборной группы, общаться легче? С кем?

Легче. Например, с протистологами ;-)

ЦитироватьВозможно, всё-таки чем-то связанным с биологией?

Увы, нет. Но биологию я учил больше ;-)

Цитата: "mastax"2) мегасистематика – специфическая область систематики, в которой есть свои, особые принципы выделения групп.

Какие же?

По поводу трихоплакса, вероятно, mastax имеет ввиду ту заметку, на которую я давал ссылку.
http://www.ecolevol.de/pubs/2004/Voigt-etal_Current_Bio.pdf

За статьи спасибо.

Я тут, кстати, дошёл до буквы "z" Вашего архива  :D  Почитал труды тов. Змитровича. Сказать, что его взгляды показались мне весьма экстравагантными, - это ничего не сказать. В менее приличном месте я бы выразился по другому.

Цитировать
Regnum 3. ANIMALIA L., 1758 emend. Zmitrovich
Zoidea opisthokonta ad polycytoidea gastruloidea
saccharos reservatos glycogenum est.
Phylum 1. Choanozoa Cavalier-Smith, 1981
Classis Choanomonadea Kent, 1880
Classis Corallochytrea Cavalier-Smith, 1995
Phylum 2. Porifera Grant, 1836
Classis Hyalospongea Vosmaer, 1886
Classis Calcespongea Blainville, 1834
Classis Archaeocyathea Vologdin, 1937
Phylum 3. Enterozoa Lankester, 1877
Subphylum Cnidaria prov. stat. nov.2
Subphylum Placozoia prov. stat. nov.
Subphylum Ctenophoria prov. stat. nov.
Subphylum Mesozoia prov. stat. nov.
Subphylum Myxozoia Corliss, 1984
Subphylum Scolecidia prov. stat. nov. (supercl. Plathelminthes, Nemathelminthes,
Nemertini)
Subphylum Coelomia prov. stat. nov. (supercl. Mollusca, Sipunculida, Echinurida,
Annelida, Tardigrada, Pentastomida, Onychophora, Arthropoda, Tentaculata,
Chaetognatha, Brachiata, Echinodermata, Hemichordata, Chordata)

:shock:

Полагаю, что тогда Млекопитающие - это семейство... Ну максимум, подотряд.. :)

>Вон мусульмане с мормонами не только хотят...
Даже у них число жен ограничено

>Вот, пожалуйста:

изложенное понятно, только я не верю, что Вы следовали этой схеме. Так не выходит. Мне кажется, что в Вашей схеме компиляция преобладает.  Едва ли Вы строили мегасистему с самого низа и беспристрастно.

>Я, кажется, то же самое и доказываю?

То же, но с иной трактовкой, что это может как-то навредить. Не может. Всякая условность как раз в пользу Кодекса. Если бы границы растений и животных можно было бы обозначить четко (как границы прокариот), то тогда  был бы дележ групп между Кодексами.


>Вот Вы уже дважды не ответили на упоминание Buddenbrockia. Вообще, видна некая избирательность Ваших ответов. Если Вы не ответили, что что это значит? Согласны/не согласны/потом как-нибудь/ну его?

Необычная многоклеточная стадия, но даже намека тканей я не увидел. Многоклеточные стадии некоторых миксомицетов на меня производят большее впечатление.

>А вот и нет. Работ очень мало, и большинство --- конца 19 века. Кстати, а Вы видели ламинариевых под микроскопом? Рекомендую взять прямо из консервов и посмотреть. А для сравнения еще и маршанцию откуда-нибудь, где много сырых камней (когда снег стает, конечно).

Зачем мне консервы? – я живу на берегу моря. В консервы кладут только часть слоевища, без стволика, ризомов и стерильное  (вероятно, о строении семян злаковых можно получить полное представление, изучая консервы сладкой кукурузы....). У нас работает группа альгологов, которые хорошо знают суть вопроса: в силу своей экономической важности гистология ламинариевых изучена хорошо. Другое дело, что в SCI Вы многого не найдете, т.к., увы, многие работы тех же японских альгологов там не проходят. А вот сравнительная гистология водорослей действительно изучена плохо. У Вас есть РЕАЛЬНЫЙ критерий, который продемонстрирует верность тезиса, что  бурые, красные, харовые – это многоклеточные одноклеточные, а слоевище антоцеротовых – многоклеточное вез всяких сомнений? "Состоит из нитей" мною не принимается, т.к. я смотрел ткани многих водорослей и видел такие, у которых ничатое строение вообще не выражено.

>Эукариот-то придется опять делить...
На царства? А зачем? Подцарства и т.д. – это уже иной вопрос.

>Не так. Кладограмма (и морфологическая, и молекулярная) --- гипотеза; а есть молекулярные синапоморфии --- факты.

Любая синапоморфия будет гипотезой, пока не будет доказано ее однократное возникновение в данной кладе. Если сложные морфологические структуры однотипного строения возникали независимо, то почему наличие некой последовательности AAAAATTTTTT не может быть результатом конвергенций? Или наши познания о молекулярной эволюции столь глубоки и основательны, что любая молекулярная синапоморфия – непререкаемый факт?

>Не согласен. Общих черт у них достаточно для того, чтобы создать таксон рангом выше типа.

Какие например? Если Вы имеете в виду альвеолярный слой, то это, во-первых, не уникальное образование, а во-вторых, сравнительная цитология "альвеолят" – это еще более неясная область, чем гистология бурых водорослей. У Apicomplexa синтезируют амилопектин – как и красные водоросли. У зеленых водорослей и Apicomplexa имеется великолепная молекулярная синапоморфия: субъединица митохондриальной цитохром-с-оксидазы синтезируется двумя, а не одним ядерным геном (у инфузорий этого не наблюдается). Чем не синапоморфия? Вот только её нашли еще и у бобовых... Мне кажется, что "молекулярщики" настолько "обезумели" от успехов, что забыли давно известное правило: чем ниже уровень организации структуры, чем проще она, тем вероятнее её гомоплазии. Одно время была почти доказана гомология стрекательных капсул у книдоспоридиев со стрекательными клетками книдарий – и это была бы отличная синапоморфия, если бы молекулярные данные сблизили обе группы. То же и с альвеолятами: развалится данная группа и тут же все сходства объявятся гомоплазиями.

>б) Прототкани (высшие красные и бурые, ?дициемиды, губки);

тогда в чем различия протист от животных? Ткани антоцеротовых – это что?

>В экологии так делают. Все зависит от цели.

Вот именно! ЦЕЛЬ – это и есть суть разногласий. А средства – вторичны.

>Это неудобно, но почему нельзя? Вы знаете про supertrees?

Вы меня не поняли: если Вы вгоните в CLUSTALW для разных видов негомологичные последовательности, то он все равно  выравнивание произведет, и кластер построит.  Но какой!

>то делаются попытки добавления и переинтерпретации признаков? Это я для примера придумал

Придумали неудачно, т.к. переинтерпретировать можно что угодно.

>но почему бы и не третье: все методы дают суждения о близости, которые потом тестируются метахарактеристиками типа предсказательного уровня, простоты, соответствия текущим концепциям и пр.?

Это хорошие слова, но они не имеют отношения к попыткам спасти царство Protista. Есть группы, единство которых подтверждается разными методами, но проблема не в них. Проблема возникает, когда близость не подтверждается всеми методами.

>Cavalier-Smith? Не смешите меня.

А почему бы и нет? Он меняет идеи, как женщин, но  каждую любит по-настоящему.
>А это еще смешнее, поскольку задействовано несколько человек. Вот что написано у Шаталкина в abstract:

Не читайте абстрактов, а читайте сами статьи (причем обе части). Это у американцев в статьях мало слов, а у наших они в избытке. Шаталкин как раз и обсуждает проблему типологической и филогенетической систем прокариот. Новых систем он не предлагает, но (это не мои слова) не допускает ни единого "ляпа", хотя и энтомолог (его статью благословил чрезвычайно критичный Заварзин).

Точно ссылок не помню, но Set Lopata выставлял какую-то из них в разделе по систематике беспозвоночных.  В статье Peterson&Eernisse 2001 плакозои еще стоят особняком. Т.е. на лицо то, что за очень короткий период парадигма изменилась. И процесс этот продолжается.
 
>Какие же?
Один специфический подход Вы сами и озвучили: царств не должно быть много.

Цитировать> Мне кажется, что в Вашей схеме компиляция преобладает.  Едва ли Вы строили мегасистему с самого низа и беспристрастно.

Давайте вернемся к началу дискуссии. Итак, главным недостатком моей системы является эклектичность, которая выражается, например в (1) употреблении разных принципов при классификации разных групп и (2) несоответствии рангов таксонов их реальным отличиям. Я правильно излагаю? Что-нибудь еще?

Цитировать>>Какие же?
>Один специфический подход Вы сами и озвучили: царств не должно быть много.

Второй специфический подход --- царства выделяются на основании уровней организации. Вы с ним не согласны, поскольку он не позволяет выделить четких групп, так?

Цитировать>Если бы границы растений и животных можно было бы обозначить четко (как границы прокариот), то тогда  был бы дележ групп между Кодексами.

Согласен.

Цитировать>>Вот Вы уже дважды не ответили на упоминание Buddenbrockia...
>Необычная многоклеточная стадия

С мышцами, ага...

Цитировать>но даже намека тканей я не увидел.

4 типа по крайней мере, эта штука будет посильнее губок и красных водорослей :-)

Цитировать>в силу своей экономической важности гистология ламинариевых изучена хорошо. Другое дело, что в SCI Вы многого не найдете, т.к., увы, многие работы тех же японских альгологов там не проходят ... У Вас есть РЕАЛЬНЫЙ критерий, который продемонстрирует верность тезиса, что  бурые, красные, харовые – это многоклеточные одноклеточные, а слоевище антоцеротовых – многоклеточное вез всяких сомнений?

Ладно, уговорили. А что такое SCI?

Цитировать>Подцарства и т.д. – это уже иной вопрос.

С этого места поподробней, пожалуйста. Я не против, но почему иной?

Цитировать>Любая синапоморфия будет гипотезой, пока не будет доказано ее однократное возникновение в данной кладе.

OK, тогда гипотезой является и любая морфологическая синапоморфия.

Цитировать>почему наличие некой последовательности AAAAATTTTTT не может быть результатом конвергенций? Или наши познания о молекулярной эволюции столь глубоки и основательны, что любая молекулярная синапоморфия – непререкаемый факт?

Согласен.

Цитировать>Какие например?

Adl et al., 2005:
===
Cortical alveolae; alveolae sometimes secondarily lost; with ciliary pit or micropore; cristae tubular or ampulliform.
===

Цитировать>У зеленых водорослей и Apicomplexa имеется великолепная молекулярная синапоморфия: субъединица митохондриальной цитохром-с-оксидазы синтезируется двумя, а не одним ядерным геном (у инфузорий этого не наблюдается).

Какая же она "великолепная"? Митохондриальные гены гуляют в ядро почти свободно!
Yamauchi, 2005:
===
it was revealed that the rate of gene transfer from mitochondria to the nucleus can be affected by three factors, the intensity of intracellular competition, the probability of paternal organelle transmission, and the effective population size.
===
К тому же
Waller et al., 2003:
===
Thus, in view of the highly reduced mitochondrial genome in apicomplexans, we believe that independent splitting and relocation of cox2 has occurred.
===
Да и с морфологией бывают истории вполне похожие. С печалью вспоминаются, например, Gymnophrea Микрюкова и Мыльникова...

Цитировать> Одно время была почти доказана гомология стрекательных капсул у книдоспоридиев со стрекательными клетками книдарий

Ее сейчас особенно и не оспаривают, различия невелики.

Цитировать>Ткани антоцеротовых – это что?

Настоящие ткани. Ежели порезать спорогон, так вообще не отличишь от остальных растений.

Цитировать>Вот именно! ЦЕЛЬ – это и есть суть разногласий. А средства – вторичны.

Какова, по-Вашему, цель мегасистематики?

Цитировать>Вы меня не поняли: если Вы вгоните в CLUSTALW для разных видов негомологичные последовательности, то он все равно  выравнивание произведет, и кластер построит. Но какой!

А, теперь понял. Да, конечно, Вы правы.

Цитировать>Придумали неудачно, т.к. переинтерпретировать можно что угодно.

Если так, то куда тогда идет вся морфология?

Цитировать>Проблема возникает, когда близость не подтверждается всеми методами.

Итак, сходств между протистами (в моем понимании), по-Вашему, не существует?

Цитировать>Не читайте абстрактов, а читайте сами статьи (причем обе части).

Ну, их пять ;-) А у меня к Вам просьба. ЖОБ --- птица редкая в наших краях. Не могли бы Вы отсканить и прислать мне эти статьи? Я буду очень Вам благодарен. Да и выложить их не мешает (если Шаталкин согласен).

Немного сбоку от темы, но меня безумно удручает, что великолепные наши журналы абсолютно не представлены в Сети. Когда я делал сайт ЖОБ (http://herba.msu.ru/russian/journals/job/), то пытался связаться с людьми из МАИК "Наука", чтобы можно было бы скачивать PDF (они все равно авторам присылают гранки в PDF), но мне так и не ответили... Теперь я передал функции в PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=search&db=pubmed&dispmax=50&term=0044-4596%5BJour%5D), а PDF как не было, так и нет. Может, кто-нибудь из участников возьмется за это дело?  Ведь ЖОБ уникален! Я предоставлю хостинг и помощь в создании PDF.

Цитировать>его статью благословил чрезвычайно критичный Заварзин

Какой же Заварзин макросистематик? Что он сделал конкретно?

Цитата: "Set O. Lopata"Почитал труды тов. Змитровича. Сказать, что его взгляды показались мне весьма экстравагантными, - это ничего не сказать. В менее приличном месте я бы выразился по другому.

Вот Вам пример неэклектичного, последовательного подхода ;-))

ЦитироватьВы с ним не согласны, поскольку он не позволяет выделить четких групп, так?

с ним не согласны как раз Вы, т.к. не вводите понятия "уровень организации" и отказываетесь от него, когда речь идет о надтипах  (подцарствах).

Цитировать4 типа по крайней мере

- 4 типа клеток. У губок до 40 типов клеток. Ткань - это не просто группа клеток.

ЦитироватьА что такое SCI?

Sci. Citation Index

ЦитироватьС этого места поподробней, пожалуйста. Я не против, но почему иной?

потому, как те же альвеолята - это не уровень организации, а  предполагаемая клада.

ЦитироватьOK, тогда гипотезой является и любая морфологическая синапоморфия.

с этим я и не спорил. Но почему этот тип гипотез считается менее "фактическим", чем молекулярные?

ЦитироватьCortical alveolae; alveolae sometimes secondarily lost; with ciliary pit or micropore; cristae tubular or ampulliform.

и теперь, как человек, ставший на путь мегасистематике, выделите среди них синапоморфии. "Вторичное отсутствие" -  почему не первичное? or - это означает = или гомологию? С каких пор трубчатые и ампулоподобные  кристы  считаются гомологичными? И тем более надежными синапоморфиями?

ЦитироватьКакая же она "великолепная"? Митохондриальные гены гуляют в ядро почти свободно!
Yamauchi, 2005:

речь не идет о гуляниях - это расщепление единого гена. Явление редкое.  На основании этой синапоморфиии даже выделяют хромоальвеолят, полагая, что у инфузорий этот ген еще не успел расщепиться. . По поводу  амилопектинов ничего не ответили.

ЦитироватьThus, in view of the highly reduced mitochondrial genome in apicomplexans, we believe that independent splitting and relocation of cox2 has occurred.

замечу, что это лишь предположение

ЦитироватьЕе сейчас особенно и не оспаривают, различия невелики.

почему не оспаривают? Книдариологи  детального сходства не увидели, а книдоцисто-подобные клетки сходного строения найдены и у Bilateria

ЦитироватьНастоящие ткани. Ежели порезать спорогон, так вообще не отличишь от остальных растений.

это уже не аргумент: само слоевище ничем особым не отличается от слоевища тех же празиолиевых водорослей, а рецептакулы саргассовых и цистокарпы красных устроены не менее сложно.

ЦитироватьКакова, по-Вашему, цель мегасистематики?

у систематики нет цели - цели есть у систематиков. У мегасистематиков они разные и фактически сводятся к тому, чего в свое время хотел Кювье.

ЦитироватьЕсли так, то куда тогда идет вся морфология?

морфологи живут в постоянной конкуренции гипотез и школ: всякая новая идея должна пробить себе дорого большим потом и кровью. Морфологи критикуют и методы своих коллег, и материалы, и подходы.  У "молекулярщиков"  подобные дискуссии - большая редкость.

ЦитироватьИтак, сходств между протистами (в моем понимании), по-Вашему, не существует?

апоморфных - нет

ЦитироватьА у меня к Вам просьба. ЖОБ --- птица редкая в наших краях. Не могли бы Вы отсканить и прислать мне эти статьи? Я буду очень Вам благодарен.

Мне легче отксерить и выслать по почте. Статьи большие, сканировать долго. А так - хоть Вам, хоть Set Lopata. Благо почта бесплатная.

ЦитироватьКакой же Заварзин макросистематик? Что он сделал конкретно?

он очень хороший микробиолог, но не мегасистематик. Да и Шаталкин не мегасистематик.

Да, mastax, был бы Вам очень признателен, если бы Вы не сочли за труд прислать мне эти статьи. Читать российские журналы в бумажном виде у меня возможности нет, а в электронном виде они отсутствуют в принципе. Весьма печально это. Приходится несколько однобоко воспринимать окружающую действительность  :?

Set O. Lopata
plantago
адреса - в личку

Цитата: "plantago"
Немного сбоку от темы, но меня безумно удручает, что великолепные наши журналы абсолютно не представлены в Сети. Когда я делал сайт ЖОБ (http://herba.msu.ru/russian/journals/job/), то пытался связаться с людьми из МАИК "Наука", чтобы можно было бы скачивать PDF (они все равно авторам присылают гранки в PDF), но мне так и не ответили... Теперь я передал функции в PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=search&db=pubmed&dispmax=50&term=0044-4596%5BJour%5D), а PDF как не было, так и нет. Может, кто-нибудь из участников возьмется за это дело?  Ведь ЖОБ уникален! Я предоставлю хостинг и помощь в создании PDF.

Можно делать по варварски - брать и сканировать с бумаги, а не просить у редакции. Тогда легче в дежавю, этот формат значительно компактней. Можно кооперироваться - энный круг лиц сканирует (или как-нибудь ещё добывает ) журналы, которые имеет под рукой и складирует в одном месте.

Не могли бы Вы сначала ответить на первый вопрос предыдущего поста? Для меня это очень важно:
====
Итак, главным недостатком моей системы является эклектичность, которая выражается, например в (1) употреблении разных принципов при классификации разных групп и (2) несоответствии рангов таксонов их реальным отличиям. Я правильно излагаю?
===

Цитировать>>Вы с ним не согласны, поскольку он не позволяет выделить четких групп, так?
>с ним не согласны как раз Вы, т.к. не вводите понятия "уровень организации" и отказываетесь от него, когда речь идет о надтипах  (подцарствах).

А если бы явно ввел, но ограничился царствами, было бы лучше? Ведь каждому рангу --- свой признак (о чем пишет, например, Любарский).
... В промежутке с Вашими доводами согласен

Цитировать> По поводу  амилопектинов ничего не ответили.

Так они же пластидами синтезируются.

Цитировать>книдоцисто-подобные клетки сходного строения найдены и у Bilateria

У кого?

Цитировать>У мегасистематиков они разные и фактически сводятся к тому, чего в свое время хотел Кювье.

Поясните, пожалуйста.

Цитировать> Морфологи критикуют и методы своих коллег, и материалы, и подходы.  У "молекулярщиков"  подобные дискуссии - большая редкость.

Наверное, Вы мало читали Taxon и Systematic Biology --- там постоянно подобные дискуссии.

Цитировать>А так - хоть Вам, хоть Set Lopata. Благо почта бесплатная.

Спасибо громадное! Наверное, тогда я отсканирую Ваши копии.

Цитата: "Gilgamesh"Можно делать по варварски - брать и сканировать с бумаги, а не просить у редакции. Тогда легче в дежавю, этот формат значительно компактней. Можно кооперироваться - энный круг лиц сканирует (или как-нибудь ещё добывает ) журналы, которые имеет под рукой и складирует в одном месте.

Отлично! Кто будет добывать и сканировать? Я готов выкладывать (формат не так важен, djvu так djvu).

Plantago, у меня вопрос возник по поводу Вашей Системы.
Там есть группа, среди Opisthokonta (у Вас опечатка), названная Rotosphaerea и включающая в себя нуклеарию, министерию и  Pompholyxophryidae. Кто и где предложил этот таксон?

plantago

Если разрешите, то я отвечу без цитата.
Частности:
1) периодику я читаю очень хорошо и знаю, чем отличаются дискуссии молекулярщиков от дискуссий морфологов. Последние затрагивают весь пласт проблем, начиная от частных модусов, кончая философскими основаниями. Очень жаль, что в США не доходит тот же ЖОБ – тамошние диспуты настолько многоэтажны, что любая молекулярный диспут кажется частностью.  
2) книдоцисты имеются у турбеллярий и немертин.

Более общие вопросы:
1) Кювье собирался выделить те немногие планы строения, которые четко обособлены друг от друга. То, что замыслил Бог. Мегасистематики, на мой взгляд, хотят найти такие же макрогруппировки, с той только разницей, что они еще выше, чем моллюски и лучистые, и все же произошли друг от друга. "Произошли" в мегасистематике имеет самое приблизительное значение, т.к. на таком уровне отношения между мегатаксонами будут скорее неразрешенными, в виде "веника" – т.е. в сущности это "акты творения" sensu Дарвин, который все же предполагал, что Бог создал тех немногих, от которых произошли все остальные.  Нет, это не креационизм, а чистой воды верхняя планка того, что сейчас человечество способно сделать в системе.  И Кювье создал то, что до сих пор довлеет над зоологами – даже у Вас губки попадают к лучистым. Стоит ли говорить, с каким трудом преодолевалась вера в монофилию Articulata? Мегасистема – это возможно прикоснуться не только к "творцу", но и "плюнуть в вечность". ИМХО  

2)  Недостатки "вашей" (я ставлю это в кавычки, поскольку никаких новых групп Вы не выдвигаете, а лишь манипулируете тем, что было создано до Вас) мегасистемы в том, что она и не типологическая, и не  "ступенчатая" т.е. базируется на градах, и не кладистическая. В ней всего по-немногу. Только не понятно, какой принцим того, что вот эта группа (или уровень групп) выделяется как града, а вот этот – как клада. Если я занимаюсь системой типа, то, естественно, тоже могу использовать разные подходы, но когда я выделяю  парафилетическую группу, то оговариваю, что на данном этапе знаний выделить монофилетические группировки невозможно. Точнее – я не могу выдвинуть адекватных гипотез. Если бы я услышал от Вас рассуждения вроде того, что группировка надтиповых таксонов в группы еще более высокого ранга НЕВОЗМОЖНО по кладистическим принципам (с обоснованиями такого подхода!), то тогда мне Ваша логика была бы понятной.

Другая сторона – это проблема границ. Каждый таксон обладает двумя содержательными сторонами – интенсионал и экстенсионал. Вы пытаетесь обосновать группу через её интенсионал, но границы определяете только через экстенсионал. (Чувствуете, какого уровня должны быть дискуссии – и это при том, что в данной области я являюсь дилетантом). Поясняю: простисты определяются Вами через определенный комплекс признаков, но границы этой группы оказываются очерченными только через таксоны, входящие в неё. Даже если мы предположим, что обнаружится мох, чья организация будет на уровне протонемы, или губку, которая деградирует до уровня колонии хоанофлагеллят, это ничего не изменит, поскольку МХИ – это растения, и ГУБКИ – животные. Отсюда и все парадоксы, вокруг которых шли наши скромные дебаты. Отсюда и то, что построенные подобным образом мегатаксоны не будут удовлетворять принципу оптимальной диагносцируемости, т.е. их диагнозы придется снабжать многочисленными вставками "Кроме..." "за исключением..." "вторично отсутствует..." (последнее было бы еще понятным, если бы уровень группы был ниже – нет сомнений, что отсутствие корней у вольфии не первично, но вот отсутствие жгутиков у ряда протист уже не может быть оценено обычными методами Ремане и т.д.).

Нужно быть реалистом, чтобы признать неоспоримый факт: сейчас кладизм (включая молекулярный) – это по сути "научный коммунизм", который не подлежит глубокой критики изнутри. Т.е. создание некладистической мегасистемы не будет воспринято и принято. Не потому, что она заведомо плоха, а потому, что сейчас ВПЕРВЫЕ в систематике сформировалась абсолютно господствующая парадигма, на которой завязано так много, что она будет стремиться к максимальному консерватизму при любой форме своего развития. Поэтому Вам лучше "не выделяться".

Я возьму обязательство брать и сканировать пару наименований РАНовских журналов. Ещё кой-кто из моих знакомых возьмет, при условии, что то же будет делать ряд оцифровщиков в других пунктах.

Gilgamesh
Вот как? Так может быть вы и  отсканируете статьи Шаталкина в ЖОБе?  Это было бы проще. И доступно всем.

А вот добуду ли именно ЖОБ - не гарантирую. Наперечет ассортимент библиотек не помню, врать не хочу.

Цитата: "Set O. Lopata"Plantago, у меня вопрос возник по поводу Вашей Системы.
Там есть группа, среди Opisthokonta (у Вас опечатка), названная Rotosphaerea и включающая в себя нуклеарию, министерию и  Pompholyxophryidae. Кто и где предложил этот таксон?

За опечатку спасибо.
Таксон предложил покойный Кирилл Микрюков, но не опубликовал.

2mastax:
Я тоже тогда без цитат. Спасибо, мне Ваши принципы стали яснее. И ближе.
Как Вы думаете, если я для каждой парафилетической группировки приведу ее обоснование, это будет лучше? Или декларировать некие общие принципы выделения подобных групп и следовать им без исключений? Пишу потому, что работаю над вариантом системы, который пойдет в журнал. Может, дадите еще какие-нибудь конкретные рекомендации (aknowledgements Вам и Lopata обеспечены ;-))?
По поводу "не выделяться": у меня не получится. Максимум, на что я могу пойти --- вышеупомянутые два варианта. Должен же кто-то идти против течения. Вон H. Hallier вообще не мог публиковаться по-немецки из-за давления A. Engler, но не сдался же...

Цитата: "Gilgamesh"А вот добуду ли именно ЖОБ - не гарантирую. Наперечет ассортимент библиотек не помню, врать не хочу.

Хорошо. Но мне все-таки кажется, что ЖОБ --- кандидат N 1.

Цитата: "mastax"Gilgamesh
Вот как? Так может быть вы и  отсканируете статьи Шаталкина в ЖОБе?  Это было бы проще. И доступно всем.

Все-таки пришлите, пожалуйста, если Вам не очень трудно. Я отсканирую и выложу независимо от того, что получится у Gilgamesh.

plantago
безусловно, всякое обоснование - общее и частное - только плюс  Вашей системе. И тут важно посмотреть обоснования других авторов, чтобы не сотворить велосипед.

Кстати, по поводу прокариот. Поищите в Инете Archaeglobus  fulgidus (статьи Doolittle) - это архея, которая по одному из генов попадает у эубактериям. Может служить доказательством того, что  потенциально различия между этими двумя группами прокариот с описанием новых форм могут уменьшиться.

Далее. Вы знакомы с теорией нечетких множеств Л.Заде (Zadeh)?  Систематика  строится на четких множествах, но ведь возможна альтернатива! Мне кажется, что об этом стоит подумать:  мы говорим, что объект А относится к множеству В, но не говорим, насколько он относится к этому множеству. Т.е. можно проводить условную границу, а можно - переходную "зону". Все это чуждо как кладистике, так и типологии.

И еще одна мысль. Не следует забывать о параллелизмах. Кладисты их не любят, закон гомологических рядов Вавилова на Западе давно забыли, но именно эти ряды формируют представления об единстве большой группы . Многоклеточность формируется сходным образов в родственных группах и разных способом в  далеких группах. Если мы видим ряды  плавного перехода одноклеточности в многоклеточность, то это  и есть доказательство единства конкретного ряда. Вот и решайте, является ли многоклеточность животных продолжением колониальности хоанофлагеллят.

Не выгорело - не выписывают ЖОБ в областной псевдонаучной библиотеке, у меня в вузе тоже не было, так что придется мне, например, "Успехи" катать и ещё что-нибудь.

Цитата: "mastax"Поищите в Инете Archaeglobus  fulgidus (статьи Doolittle) - это архея, которая по одному из генов попадает у эубактериям. Может служить доказательством того, что  потенциально различия между этими двумя группами прокариот с описанием новых форм могут уменьшиться.

Да их куча попадает, там же HGT немеренный! А вот Gupta дело говорит.

Цитировать
Далее. Вы знакомы с теорией нечетких множеств Л.Заде (Zadeh)?  

И даже написал статью (правда, морфологическую, сейчас на review) про нечеткую классификацию.

ЦитироватьМногоклеточность формируется сходным образов в родственных группах и разных способом в  далеких группах.

Это и есть:
===
...
3*. Формирование суждений о близости на основе:
...
е) косвенных данных (например, о классификации `соседних' таксонов).
===
Кстати, по поводу Вавилова: Вы видели вот это?
http://www.mtu-net.ru/periodic-sys/index.html
Вот еще какой вопрос и к Вам, и к остальным участникам беседы:
В последнее время появились "коллективные" системы типа Adl et al., 2005 или APGII (2003). Как вы к ним относитесь? Лучше ли они "индивидуальных" и почему?
2 Gilgamesh: Насчет ЖОБ'а жалко :-(
2 mastax: жду посылки ;-)

Все же взял и отсканировал статьи. Перешлю plantago, а он уже доведет до дела (надеюсь, мыло в профиле есть). Только чуть позже, сейчас очень стремный Интернет тут.
Таблица из одной статьи

http://img238.imageshack.us/img238/1853/61bt.png

Цитата: "plantago"
Немного сбоку от темы, но меня безумно удручает, что великолепные наши журналы абсолютно не представлены в Сети. Когда я делал сайт ЖОБ (http://herba.msu.ru/russian/journals/job/), то пытался связаться с людьми из МАИК "Наука", чтобы можно было бы скачивать PDF (они все равно авторам присылают гранки в PDF), но мне так и не ответили... Теперь я передал функции в PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=search&db=pubmed&dispmax=50&term=0044-4596%5BJour%5D), а PDF как не было, так и нет. Может, кто-нибудь из участников возьмется за это дело?  Ведь ЖОБ уникален! Я предоставлю хостинг и помощь в создании PDF.

Удивительные дела творятся, оказывается, вы, Plantago, начали делать сайт ЖОБ! (кстати, собираешься ли на Б.М. летом?)

К сожалению, редколлегия журнала (в которую меня недавно включили) ничего об этом не знала. Мы озаботились необходимостью создать сайт. Мне даже удалось добыть на это финансирование у одного научно-благотворительного фонда, пожелавшего остаться неизвестным :-) Предполагается, что в каком-то виде сайт появится в сети через месяц.

Но тут возникли представители МАИК "Наука" (о моем отношении к этой организации и о ее роли в судьбе отечественной науки я лучше промолчу), которые объявили, что абсолютно все права принадлежат им и только им, и мы без их высочайшего соизволения не можем публиковать даже аннотации статей! О полных текстах и речи нет!

Сейчас мы написали им письмо с просьбой разрешить публикацию аннотаций. Но полные тексты выкладывать они не разрешат никогда, они следят за сайтами журналов, и охотно судятся с ними в случае нарушений.
Кроме того, обязательным условием (со стороны фонда) была публикация развернутых популярных аннотаций, или пересказов, написанных понятным широкой публике языком. Чем я и буду заниматься, судя по всему...

Ого, чуть саму "Науку"  :P  не разобидели. тогда можно последовать примеру "Московской синеклизы" и завести полузакрытый подпарольный ящик для текстов.

Цитата: "Марков Александр"
Удивительные дела творятся, оказывается, вы, Plantago, начали делать сайт ЖОБ!

Уже семь лет как начал и два года как бросил ;-))

Цитировать
(кстати, собираешься ли на Б.М. летом?)

Хочу, но, кажется, не смогу --- уж больно дорого из моей Москвы ( http://www.moscow.id.us/  ;-) туда добираться.

Цитировать
К сожалению, редколлегия журнала (в которую меня недавно включили) ничего об этом не знала.

Вот те раз! Уж по крайней мере Тимонин знал. Возможно, также Гиляров, Антонов и Павлинов.

ЦитироватьМы озаботились необходимостью создать сайт. Мне даже удалось добыть на это финансирование у одного научно-благотворительного фонда, пожелавшего остаться неизвестным :-) Предполагается, что в каком-то виде сайт появится в сети через месяц.

Здорово! Как будет, сообщите.

Цитировать
Но тут возникли представители МАИК "Наука"...

:-(((

Цитировать
Кроме того, обязательным условием (со стороны фонда) была публикация развернутых популярных аннотаций, или пересказов, написанных понятным широкой публике языком. Чем я и буду заниматься, судя по всему...

Ну, хоть так...

Цитата: "mastax"Все же взял и отсканировал статьи.

Спасибо!

ЦитироватьПерешлю plantago, а он уже доведет до дела

Доведу.
Есть ли у вас что-то сказать по поводу моего последнего вопроса?

Но тут возникли представители МАИК "Наука"
Кстати, а вы знаете, что сейчас МАИК заключил договор со Springer по поводу переводов статей на английский? Вот только ни ЖОБ, ни Зоол.журнал  пока переводиться не будут.
plantago
только вот" мыло" сообщите, а то не нашел в профиле.

По поводу коллективных систем:  мне трудно судить, поскольку критерий "оптимальности" мегасистемы для меня не ясен. Однако я могу сказать, что если в создании мегасистемы не участвует микробиолог, то в прокариотной части часто бывают ляпы.

Расскажите, пожалуйста, как вы применяли "нечеткие множества "  в построении системы?

Еще у меня вопрос ко всем: могут ли быть выделены царства-подцарства-надтипы, содержащие внутри себя 1-3  рода?  Напомню, что когда-то многие зоологи считали, что нельзя выделять типовые единицы для одного-двух родов. Потом этот запрет был снят. В мегасистематике наметились два направления: одни считают, что мегатаксон не может быть моно- или олиготипичным (и логика тут понятна:  задача мегасистематики в объединении нескольких таксонов типового уровня в нечто более крупное), другие буквально перекладывают древо в систему, и если фрагмент кладограммы оказывается гребенчатым, то каждая веточка, даже если она содержит 1 род, становится мегатаксоном.

2 mastax: Мейл у Вас в личке, остальное позже...

Цитата: "mastax"Вот только ни ЖОБ, ни Зоол.журнал  пока переводиться не будут.

Да они давно публикуют некоторые журналы. Вот текущий их список:
MAIK Nauka/Interperiodica distributed exclusively by Springer Science+Business Media, Inc.
Biophysics
Doklady Biochemistry and Biophysics
Doklady Biological Sciences
Entomological Review
Human Physiology
Journal of Ichthyology
Journal of Evolutionary Biochemistry and Physiology
Microbiology
Molecular Biology
Oceanology
Paleontological Journal
Russian Journal of Ecology
Russian Journal of Genetics
Russian Journal of Marine Biology
Russian Journal of Plant Physiology
У меня есть подписка, но, к сожалению не на все (нет, например, подписки на Океанологию и Палеонт. журнал).

ЦитироватьОднако я могу сказать, что если в создании мегасистемы не участвует микробиолог, то в прокариотной части часто бывают ляпы.

Кому бы показать мою новую прокариотную часть?

Цитировать
Расскажите, пожалуйста, как вы применяли "нечеткие множества "  в построении системы?

Статья была  _морфологическая_, про цветок кувшинки. Есть метод "fuzzy clustering" (основанный на нечетких множествах), который позволяет каждому органу приписать вероятность отнесения к каждому кластеру.

Цитировать
Еще у меня вопрос ко всем: могут ли быть выделены царства-подцарства-надтипы, содержащие внутри себя 1-3  рода?  

Класс из одного вида есть --- Ginkgo biloba. И как ни старались, ничего нового не нашли. Что же до более высоких категорий, то для типа я бы хотел иметь хотя бы ископаемых родственников (у  Ginkgo,  кстати, полно).

Цитировать
другие буквально перекладывают древо в систему, и если фрагмент кладограммы оказывается гребенчатым, то каждая веточка, даже если она содержит 1 род, становится мегатаксоном.

Определенно против этого метода.

ЦитироватьКому бы показать мою новую прокариотную часть?

plantago,если никого не найдете, то  может прислать мне, а я покажу своему знакомому - ведущему систематику-микробиологу России, пока он не улетел в Москву.

ЦитироватьЕсть метод "fuzzy clustering" (основанный на нечетких множествах), который позволяет каждому органу приписать вероятность отнесения к каждому кластеру.

а... Я думал, что Вы нашли вариант переложения этой теории множеств в систематику. Мне нравится идея "ядра" и "периферии": ядра таксонов всегда обособлены, в то время как периферии могут пересекаться. В сущности, эту идею можно переложить и в кладистическое русло, но только в рамках паттерн-кладистики.

ЦитироватьКласс из одного вида есть --- Ginkgo biloba.

Так и псилоты , и хвощовые содержат по одному современному роду. Я не о типах-классах, а о царствах и подцарствах. Тут вот в чем вопрос еще: согласно распределению Ципфа, родов с большим числом видов немного, а с небольшим - много. Если переложить это правило на царства, то царств с большим числом типов должно быть немного, а с небольшим - много. Или как?  :D
[/b]

2 mastax:
Про микробиолога: как быстро надо прислать?
Про fuzzy clustering: этот метод можно применять и в систематике, только, кажется, никто не пробовал. Я еще пробовал коэффициенты Смирнова: его Txx --- это "оригинальность" таксона. По идее, может служить показателем периферичности.
Про монотипные таксоны: у псилотов 2 рода; гинкго выделяли и часто выделяют в особый тип. ИМХО, правило Ципфа "обратно" не работает. И вообще, разве оно не получается из логики классификационных процедур?

plantago
присылайте, когда захотите. Спец улетает в начале мая. Но сразу оговорюсь: если система построена не по номенклатурным правилам (у микробиологов жесткая номенклатура), то он будет очень критичен. Например, систему прокариот Дроздова-Кусакина он считает и невалидной, и еще абсурдной.
По поводу нечетких множеств: вы читали книгу Андреева о применении этой теории для био-географических построений? Он даже создал алгоритм и программу, но никто этого не заме-тил...
Правило Ципфа работает в семействах (семейств с небольшим числом родов большинство – по крайней мере у птиц, рептилий), в отрядах (отрядов с 1-3 семействами большинство у млекопи-тающих). В типах: у животных большинство типов имеет 1-2 класса (хороших классов, т.е. не тех, которые выделяют у тех же нематод и волосатиков). Так почему царства исключения? Кстати, это правило не получается из логики классификационных процедур, поскольку Ман-дельброт вообще к этим процедурам не имел отношения, а занимался фрактальной геометрией. А поскольку биологическая система имеет фрактальное устройство, то и правило Ципфа-Мандельброта должно быть универсальным на всех уровнях. Или нет?

Три статьи Шаталкина Вам выслал, поэтому все вопросы Set Lopata уже к Вам.

Цитата: "mastax"По поводу нечетких множеств: вы читали книгу Андреева о применении этой теории для био-географических построений? Он даже создал алгоритм и программу, но никто этого не заме-тил...

mastax, не могли бы Вы пожалуйста дать информацию об этой книге? Где напечатана, когда и т. д. чтобы можно было найти.
Спасибо

Цитата: "mastax"plantago
присылайте, когда захотите.

Посылаю. Остальные тоже могут поглядеть.

Цитировать
Но сразу оговорюсь: если система построена не по номенклатурным правилам (у микробиологов жесткая номенклатура), то он будет очень критичен.

Пускай, главное, чтобы не выкинул сразу в ведро  ;-)

Цитировать
Три статьи Шаталкина Вам выслал, поэтому все вопросы Set Lopata уже к Вам.

Спасибо! Я сделал из них один PDF, но не хватает нескольких страниц (я об этом Вам написал e-mail). И еще есть одна статья в двух частях --- у Вас не получится?   :roll:

ЦитироватьПо поводу нечетких множеств: вы читали книгу Андреева о применении этой теории для био-географических построений? Он даже создал алгоритм и программу, но никто этого не заме-тил...

Где это все?

Цитировать
Так почему царства исключения?

Я и не говорю, что правило не работает для типов. Я говорю только, что это правило получено post hoc,  поэтому нет никаких гарантий, что его законно применять ad hoc. Хотя мне эта идея скорее нравится.

Цитировать
... Ман-дельброт вообще к этим процедурам не имел отношения, а занимался фрактальной геометрией.

Классификационная процедура вовсе не ограничена биологией, это очень общая вещь, ближе всего стоящая к распознаванию образов.

Jan Metlevski
Андреев В.Л. Анализ эколого-географических данных с использованием теории нечетких множеств. Ленинград: Наука. 1987. 154 с.  Без математического образования книгу читать трудно,  но автор очень старался.

plantago
А все это забыто благодарными потомками, которые  пророков в родном отечестве не видят :D Ведь Андреев еще написал книгу "Классификационные построения в экологии и систематике М. Наука 1980. 142 с + препринт в виде набора типовых программ. Но его программы фактически остались не востребованы биологами...

ЦитироватьКлассификационная процедура вовсе не ограничена биологией

А Мандельброт и такой S.L. классификацией не занимался! Он даже не смог классифицировать фракталы и дать определение термину "фрактал". И не имел понятия, что его притянут к правилу Ципфа. Последнее, кстати, является следствием реализации  эволюции дивергентного  типа (любое дихотомическое древо - квазифрактал). А отношения царств нередко рассматриваются как неопределенные, в виде радиации из одного центра. Чем менее выражена иерархия мегатаксонов, тем меньше вероятность того, что к ним применимо распределение  Ципфа. Поэтому на данном этапе выделение царств с одним типом не может быть  преобладающим правилом.
....
Распознавание образов - это лишь одна сторона классификации. Математические операции с множествами - не есть суть распознавания, но есть одна из основ классификации.

Недостающие страницы выслал, если не дошли – сообщите. Другие статьи Шаталкина постараюсь прислать, как смогу.

Согласно Жизни растений у псилотовых два рода

А что до разного числа видов в роде то тут отмечена связь с размерами особей
чем особь более тем число видов менее
и отсюда число видов в родах грызунов и хоботных

насчет  числа видов в царствах?
Думаю в кладистике лишь ветки архебактерий тянут по древности на такое звание
вот тут и можно полагаю среди вымирающих ветвей  и последние виды живых ископаемых найти
Но пока информацией не располагаю
А среди типов такие думаю среди самых мелких многоклеточных

Вообще чем таксон выше званием тем предполагается больший стаж его жизни и разнообразие в лучшие дни

1 род или два – это не принципиально. Хвойных больше видов чем значительно более мелких антоцеротовых мхов. Баобабов больше видов, чем крошечных вольфий. Поэтому и тут есть исключения.

plantago
микробиолог ознакомился. Когда будет время, то напишет пару фраз. По телефону сказал следующее: по приблизительной оценке прокариот от 1 до 10 млн. видов. Это большая группа, с большой историей. Но почему тогда у них типов и классов  меньше, чем, например, у тех же протист?   С точке зрения микробиолога разнообразие Metazoa столь незначительно, что их можно вообще отнести к одному типу.

Цитата: "mastax"по приблизительной оценке прокариот от 1 до 10 млн. видов. Это большая группа, с большой историей. Но почему тогда у них типов и классов  меньше, чем, например, у тех же протист?

Действительно, что за безобразие? Вот китайцев, скажем, полтора миллиарда человек, да с какой историей! Почему же в Штатах 50 штатов, в России куча республик, а в Китае только пара жалких автономных районов?
И такое повсюду: сравните млеков и насекомых: у кого больше видов, кто древнее? А почему отрядов почти поровну?!

plantago
сравнивать нужно гомологичные явления. Гомологом американского штата в Китае является не автономии, а провинции. Провинций (особенно исторических и островных) в Китае много.
Далее: Вы верно заметили, что насекомых больше видов, чем млеков , а отрядов не больше. Но если Вы возьмете ракообразных, то там отрядов значительно больше. "Но ракообразные – это не один класс!" – верно, но и прокариоты – не один тип, а целое царство, в котором биохимическое и цитологическое разнообразие выше, чем у протист. Вы же выделяете у протист много типов – так? И у метазой тоже выделяете. Но скажите, в чем такая большая разница для микробиолога между, скажем, моллюсками и аннелидами? Сходство в строении нервной системы, кутикулы, глотки, дробления, личинок, спермие и т.д. Уровень различий между спирохетами и планктомицетами ВЫШЕ. Ваше беда (это мое мнение), что Вы судите о прокариотах как ботаник. А теперь представьте мегасистему микробиолога, который выделяет одно царство эукариот, один надтип метазой с типами Porifera, Radialia, Trochozoa, Deuterostomia и т.д.? Потому "обида" микробиолога лично мне понятна.
Но ответа его я пока не получал. Поэтому это уже мои размышления.

Цитата: "mastax"plantago
сравнивать нужно гомологичные явления. Гомологом американского штата в Китае является не автономии, а провинции. Провинций (особенно исторических и островных) в Китае много.

Вдвое меньше, чем штатов  ;-) 27, да и то с Тайванем.

Цитироватьв чем такая большая разница для микробиолога между, скажем, моллюсками и аннелидами? Сходство в строении нервной системы, кутикулы, глотки, дробления, личинок, спермие и т.д. Уровень различий между спирохетами и планктомицетами ВЫШЕ.

Вот Вам еще одна специфика мегасистематики! Это и есть типичные "мегасистематические грабли" --- думать, что все признаки имеют одинаковый вес по всей системе.

Цитировать
А теперь представьте мегасистему микробиолога, который выделяет одно царство эукариот, один надтип метазой с типами Porifera, Radialia, Trochozoa, Deuterostomia и т.д.?

А чего представлять? Вот, тут говорили про Змитровича, да и Cavalier-Smith как-то раз ;-) объединял всех растений в один тип.

Я не случайно написал "включая исторические": суммируйте все существовавшие провинции, микрогосударства и т.д. Китая за время существования этой страны и сделайте тоже самое для США. Но бог с ним, с Китаем. Возможно, я неправ.

Как раз "грабли" оказались в Вашей системе: признаки различий разных бактерий признаны не столь существенными, чем те, что мы видим у животных. Извините, но чем я больше смотрю на Вашу систему, тем больше она мне не нравится. Не нравится непоследовательностью. Спирохеты и хламидии при всей огромной разнице – классы. Харовые и коньюгаты запиханы в один класс. Но в то же время Malacosporea – класс (хотя при таком подходе на класс ну никак не тянет), а оболочники – даже тип (при типичном для хордовых строением личинок).  Все таки вы не очень "однородны" и очень компилятивны. Скажем, класс аринхоцельных немертин. Почему именно класс? Отсутствие ринхоцеля? Это может быть вторично, ведь нервная система у аринхонемертеса погруженная, как у высших форм. ДНК аринхонемертеса не анализировали, т.е. доказательная база этого класса слишком гипотетична. Или, скажем, почему замковые и беззамковые брахиоподы – не классы, хотя, как зоолог, могу сказать, что различия между этими группами очень значительные, ДНК-анализ подтверждает раннюю дивергенцию трех линий. А форонид Вы отнесли к брахиоподам с каких позиций? Явно не из морфологических (их просто нет). Но ДНК анализ был сделан очень сомнительный, с двумя видами форонид всего лишь. Я не удивлюсь, что топология этой кладограммы изменится, если привлекут Phoronis ovalis и большие фрагменты ДНК (неоднократно был свидетелем того, как молекулярные кладограммы менялись существенно). Понимаете, plantago , когда я читаю учебник Мировой Истории, в котором Гражданская война в США изложена на 20 страницах, а Гр. Война в России – на одной, то я не могу доверять этому учебнику. Вот и у вас: Ваша система цветковых, безусловно, плод работы с литературой, с материалом. Для каждого порядка Вы можете сказать характерные признаки и проблемы, связанные с данной группой. Но вот относительно бактерий и животных у меня  крепчает впечатление (ложное?), что Вы пролистывали литературу, брали то, что вам нравится, но совершенно не вникали в суть группы и её "проблем". В ракообразных Вам понравился мозг – и поэтому ремипедии остались классом, а форониды Вам ничем не приглянулись, поэтому Вы остановили свой взгляд на ДНК.  Я могу задать Вам множество вопросов, о которые Вы начнете спотыкаться: чем погонофоры отличаются от полихетного плана строения? в чем, кроме торсии, различия гастропод и моноплакофор? Почему цестоды (или хотя бы неодерматы) не стали аналогом класса птиц?  И т.д.  

Еще раз извините за слишком агрессивную критику.
Только не нужно  писать "..а вот Кавалье-Смит...." - это его система, он отвечает за неё. У Вас - своя. Критика  относится только к ней. Ничего личного

Цитата: "mastax"признаки различий разных бактерий признаны не столь существенными, чем те, что мы видим у животных.

Именно этот подход я и отстаиваю (посмотрите внимательно предыдущий пост).
Вот они, принципы мегасистемы, выкристаллизовываются:
1) "Царств должно быть мало"
2) Деление на царства основано на типах организации
3) Система строится компилятивно
4) Одни и те же признаки в разных группах имеют разный вес

Цитировать
Извините, но чем я больше смотрю на Вашу систему, тем больше она мне не нравится ...  И т.д.  

Напишу главное:
1) Да, я не специалист-зоолог, но 25-летний опыт чтения зоологической литературы, конференций и дискуссий позволяет, надеюсь, иметь собственную точку зрения на некоторые вопросы. Не следует думать, например, что с Remipedia я знаком лишь по последним статьям о мозге.
2) Мегасистема такого типа может быть только компилятивной.
Именно поэтому (sic!) мне очень нужна критика. Очень прошу Вас и всех остальных интересующихся продолжать. Если можно, составьте "перечень претензий". Частично он уже есть (я сохраняю все такие письма), но лучше бы Вы составили его сами.

plantago

Еще раз пробежал Вашу систему.
1) К чему столько классов инфузорий? (и это при том, что Вам не нравится много классов красных водорослей!). Аналогично у мхов.
2) Гребневики классов не предполагают? Группа не однородная.
3) Malacosporea. Все-таки при Вашем подходе выделять этот класс сомнительно. Он против Вашей же логики того, что разные ступени морфологической деградации не могут быть классами. О скребнях я уже писал. Но у карпоедов сестринская группа пентостомиды, однако два класса не выделяются. Аналогично с неодерматами, тантулакаридами.
4) Смысл в выделении аппендикулярий в класс непонятен. Типичный случай педоморфоза.
5) Почему пантоподы отделены от хелицеровых?
Пожалуй, больше сказать мне уже нечего.

Спасибо! Пошел перерабатывать систему  ;-)

Я вспомнил еще один специфическую особенность мегасистематики: диагнозы мегатаксонов очень аморфны (из-за разнообразия входящих типов), что не так страшно, т.к. ни один определитель не будет начинаться с ключей для мегатаксонов
:D

А я вот делал такой ключ: http://herba.msu.ru/shipunov/os/ph_key.htm
Только сильно не ругать ;-)

plantago
ключ изобилует неточностями...
Кортикальные альвеолы отсутствуют и у некоторых альвеолят (как считается, вторично - например, у Syndinium - кстати, у него нет и стадии диномонады)
"Паразитируют или являются симбионтами..."  -  паразитизм лишь форма симбиоза. К тому же один вид протеромонад  - симбионт морской свинки.
"Извращение зародышевых листков" у губок - это вообще извращение, поскольку это даже не факт, а интерпретация, причем сомнительная. К тому же "извращение" вообще не выражено  у хиалоспонгий и пресноводных губок.
Большинство билатерально симметричных - асимметричны (включая всех иглокожих). Все антозои - билатерально симметричны, а у некоторых таковы даже личинки. Кишечнополостные - это гребневики+книдарии, а не  =книдариям.
Дошел до "фильтраторов-коловраток" (см. мой ник - они даже друг друга едят),  "хоботка немертин" (!хобот). "слабой сегментации эхиур" (нет там сегментации - лишь остатки МЕТАМЕРИИ)  и т.д. - извините, plantago, но при все искреннем уважении к Вашей эрудиции, я просто не могу поверить в глубину  Вашей  фразы

Цитировать25-летний опыт чтения зоологической литературы

,
поскольку я никогда не поставлю "отл" студенту, который скажет, что у всех щупальцевых есть лофофор (у большинства мшанок его нет), а у сипункулид нет трохофоры.  Все же Вам стоит подумать, насколько Вы сильны в зоологии, чтобы осилить понимание макросистемы.
Вот и поругал... Сильно? Прошу прощения.

П.С. У микробиолога  дома большие неприятности. Но он обещал написать! Жду.

Нет,  не сильно, хочу еще ;-). В том-то и проблема, что ключ не к экзамену писался, и до сих пор не было _никого_, чтобы его поругать. А опыт есть, уж придется Вам как-нибудь поверить...

А разве гребневики – это не тип. Во всех учебниках книдарии, то есть тип кишечнополостные не включают в себя гребневиков. То есть гребневики – это не кишечнополостные, это отдельный тип объединяемый с типом кишечнополостные в один раздел - радиальные.
Вроде раньше гребневиков и кишечнополостных выделяли в один тип, а теперь в разные.

pavel

ЦитироватьВо всех учебниках книдарии, то есть тип кишечнополостные не включают в себя гребневиков.

речь идет о том, что исходно кишечнополостные - это был тип, включающий две группы, книдарии и гребневики. Когда гребневиков выделили в отдельный тип, почему-то отечественные зоологи  сохранили за  книдариями название "кишечнополостные". Но специалисты называют себя "книдариологами" и тип - Cnidaria. Если я не ошибаюсь, тип Coelenterata установил Лейкарт в 19 веке, а название  Cnidaria  идет со времен Аристотеля.
plantago
буду верить! Но ошибок там очень много... А главное, что ключ не функционален, т.к. по нему нельзя реально определить  (ведь закладку целома, бластопора, вторичная редукция целома и т.д. -  это не "полевые" признаки. Есть хорошие определители типов, но не царств).

Не mastax, я к тому что plantago по смыслу не ошибся - ведь книдарии или кишечнополостные являются другим типом по отношению к гребневикам, по современным представлениям.
А как себя называют ученые - ведь это к систематике отношения принципиального не имеет.  :D  Дело традиции, понимаете ли.

Например у Догеля:
"Тип Кишечнополостные (Coelenterata, или Cnidaria)
....
Тип Гребневики (Ctenophora)
..."

Не понял. Разве книдарий кто-то называет "кишечнополостными"? По-моему, они всегда были "стрекающими". Разве нет?

ЦитироватьА как себя называют ученые - ведь это к систематике отношения принципиального не имеет.  Дело традиции, понимаете ли.

Халланич когда-то написал, почему он название Bryozoa предпочитает названию Ectoprocta. По его мнению лучше быть бриозоологом, чем эктопроктологом. :D

pavel
Вы опять не потрудились прочитать мой пост. Объясняю: если есть два Павла, то они будут называться "Павлы". Если их разделить, то каждый станет лишь Павлом, одного Павла нельзя называть "Павлы".  Кишечнополостные ИСХОДНО – это книдарии+гребневики. Если из кишечнополостных отнять гребневиков, то что останется? – книдарии. Нет и не было никакого знака равенства между книдариями и кишечнополостными!  И дело даже не в традициях (таковое есть – мы теперь всех мягкотелых называем моллюсками, хотя Аристотель дал это имя лишь головоногим), а в принципах и приоритетах. Понятие "кишечнополостные" было наполнено определенным смыслом, отличительными свойствами, общностью. Равно как и Cephalorhyncha Малахова: изъяли из его состава волосатиков, и тип поменял название на Scalidophora.

Set O. Lopata
В том то и дело, что в сознании российских студентов, взращенных на Догеле, между книдариями и кишечнополостными ставится знак равенства. Но сам Валентин Александрович принимал тип Coelenterata в объеме подтипов Cnidaria и Acnidaria (=Ctenophora).

Mastax
Не волнуйтесь, я все прочитал и не вижу каких-то расхождений. Но был один тип кишечнополостные включавший книдарий и гребневиков. Гребневики выделили в отдельный тип – Ctenophora, а название кишечнополостные оставили за книдариями, у которых два синонима названия - Coelenterata, или Cnidaria. Не понятно почему так не может быть – не всегда исходный смысл слова совпадает с тем который ему придают в последующем в результате исторического развития.
Другое дело что есть разные взгляды в ученой среде, кто-то относит себя к одному лагерю, кто-то к другому. Вы считаете что Догель не прав (который, если исходить из ваших слов думал одно, а в учебнике написал другое), кто-то вообще не разделяет гребневиков и книдарий, ...
Совет – договориться систематикам, что не заморачивать голову всем остальным.

В общем, вопрос этот не мегасистематический

pavel...
Вы так ничего и не поняли... Видимо, вопросы систематики от Вас очень далеки.
С тем же успехом кишечнополостыми можно было назвать ктенофор. Специалисты как раз тут едины: есть два типа, Cnidaria и Ctenophora.  Вы держали в руках учебник, который был издан при жизни Догеля? - сравните. Догель почти не имеет отношения к тому, по чему сейчас учатся студенты.

См., например: Каменский А.А., Ким А.И., Валовая М.А. и др. «Биология.Высшее образование», М.: Эксмо, 2003. Авторы – все как один преподаватели МГУ. Госпожа Валовая М.А., написавшая раздел «Зоология» - к.б.н. доцент кафедры зоологии беспозвоночных животных биофака МГУ. Смотрим оглавление:
Тип Кишечнополостные (Coelenterata)
Тип Гребневики (Ctenophora)

Таким образом кишечнополостные и гребневики – Это разные типы.

По поводу того – по каким учебникам студенты обучаются, вы не правы. Посмотрите за пределами садого кольца.  По крайней мере в моем городе «Зоология беспозвоночных» Догеля – в ходу при обучении на биофаке.

Каменский А.А., Ким А.И., Валовая М.А. и др. – кто из них не является зоологом беспозвоночных и специалистом по книдариям? Тем более это не учебник по зоологии беспозвоночных. У нас до сих пор в учебниках нет класса Cubozoa и по-прежнему превалирует ошибочная гипотеза о том, что Hydrozoa были исходной группой книдарий. Я писал О СПЕЦИАЛИСТАХ. Таких, как Вернер, Чейз, Клаус, Степаньянц и т.д. Что могут написать некоторые москвичи в своих учебниках – см. Шарову.

Спасибо, понятно.
Эта классификация на сегодня самая совершенная и наиболее приближена к истине - http://www.zin.ru/BioDiv/classall.asp?LATNAM=Animalia    :?:
Я так понял вы ее придерживаетесь?

И еще - есть сейчас тогда учебники по зоологии беспозвоночных которым стоит доверять? Какие, желательно по новее, которые можно приобрести сейчас в магазинах.  :?:

Подтип: Anthozoa - Медузонепроизводящие
Класс: Ceriantharia - Цериантарии
Класс: Antipatharia - Антипатарии
Класс: Hexacorallia - Шестилучевые кораллы

О! Вот кто делит кораллы на классы! Малахов! "Медузонепроизводящие" - да, уж....

В учебнике Шаровой тоже типы Coelentherata и Ctenophora. Да, и учебник Догеля, если не изменяет склероз, конца70 - начала 80х ещё в ходу, как и учебник Натали (60е?). Ну а то, что спецы - книдариологи... так и класс Mammalia териологи изучают, а Aves - орнитологи и т.д. Но перевод книдарий - в любом случае стрекающие, т.к. греческий да латынь пока никто не отменял.

Вообще, учебники имеют свойство отставать от жизни - неизбежное зло.

Произошло очередное (второе) обновление on-line архива статей по мегасистематике, эволюции и теории систематики. Архив лежит на http://herba.msu.ru/shipunov/else/ref
Для доступа нужен логин и пароль, который я распространяю индивидуально (через личные сообщения) и прошу не распространять вторично. Все разделы, кроме "flora", доступны для скачивания:
an --- литература по цветковым растениям (все годы)
os --- литература по растениям в целом и бактериям (все годы) и по животным и протистам (до 2003)
to --- литература по животным и протистам (с 2003) и самые новые поступления по бактериям и растениям
ts --- литература по теории эволюции и систематики (все годы)
Структура архива и подбор статей обусловлены моими личными предпочтениями. Однако, я старался представить _всю_ доступную в PDF литературу по мегасистематике в 2003 года. Представлены все статьи, упоминавшиеся мной в "Новостях".
Следующее обновление --- примерно 15 мая.

Я слаб в систематике и потому прошу знающих расжевать мне нынешнее систематическое положение
жгутиковых
mastigophora

И второй вопрос о любищеве
Я знаю кто это но вот где в интернете его работы?
при жизни его знали а сейчас что-то забыли
Дарвина критиковал с позиции номогенеза
Я правда считаю что он был в этом слабее академика Берга

Любищева поищите по сети, был много где, причем, кажется, даже и на molbiol.ru, правда, только некоторые его работы. Если кто найдет в моей домашней библиотеке его книги (у меня есть почти все, что у него выходило) и пошлет мне (мои домашние никак не успевают), я отсканирую и выложу. Я не шучу -- пишите в личку.
Жгутиконосцы давно перестали быть таксоном. Жгутиковые стадии есть у стольких протистов, что гораздо легче посчитать, у кого их нет. Пришлите список групп жгутиконосцев, которые Вас интересуют, и я напишу, каково их современное местоположение.

До  сих пор публикуются "Любищевские чтения" (по крайней мере в 1995 г. вышел их восьмой выпуск)

Ну вот например
перидинеи
евгленовые
Ну это ранее звали растительными а еще были животные жгутиковые
зоомастигины

Моя информация их жизни животных 40 летней давности
думаю ныне все жгутиковые животные а фотосинтех следствие симбиоза
Кстати как по вашему жгутики это тоже приобретены симбиозом как думала Маргелис?
Ну раз мы простейших коснулись то тогда заодно дерево всего типа простейших изобразите чтоб мне не искать
а далее я уж сам ветви в сети буду искать
Меня сейчас обитатели кишечника интересуют особо инфузории
Тут интересная мысль посетила
Копытные в кишках держат симбионтов и питаются ими обо именно те разлагают растительный корм
причем парнокопытные ферментаторы держат в переднем отделе кишечника а непарнокопытные в заднем
и обе эти ветки в родстве с китами-охочими до мелочи
Там же и рукокрылые-мухоловы еще те
словом собрание любителей животного белка из мелочи

Хотел я к дню Ивана Сусанина новую тему открыть
О КОПРОФАГИИ
Чукчи например содерживое кишок оленя за деликатес считают
Зайци еду по второму кругу обычно пускают да и овци
Шимпанзе в природе когда поедят мясо непременно потом изучают кал дабы непереваренные лакомые кусочки
не пропали
А уж гориллы по словам Дарелла на лету ртом ловят-безотходное у них питание
А вы уважаемые форумчане забыли как в детстве каку ели
а как еще обогатить свой личный фонд симбионтов?
Кстати коль тут неондертальца уродом неким иные изображают то можно например
изобразить пир их
Замочили значить сапиенса и первым делом не технологии кремневые изучать а брюхо распоров симбионтов к себе подселять
Вот он нетрадиционный подход к контакту двух культут
А в это время в др месте сапиенсы замочив неандера пир начинают с головы ну и понятно эта традиция и нам наследовалась
С головы и всего с ней связаного

Но так как с организацией новых тем у меня провально решил помолчать

Цитата: "feralis"Хотел я к дню Ивана Сусанина новую тему открыть
О КОПРОФАГИИ
Чукчи например содерживое кишок оленя за деликатес считают
Зайци еду по второму кругу обычно пускают да и овци
Шимпанзе в природе когда поедят мясо непременно потом изучают кал дабы непереваренные лакомые кусочки
не пропали
А уж гориллы по словам Дарелла на лету ртом ловят-безотходное у них питание

Обычные домашние собаки тоже непрочь дерьмом полакомиться. Своими глазами видел как алабай (среднеазиатская овчарка) тоже едва не на лету схватывал.

Цитата: "feralis"Ну вот например
перидинеи
евгленовые
Ну это ранее звали растительными а еще были животные жгутиковые
зоомастигины

Перидинеи -- отдельный тип, близки к споровикам и инфузориям.
Эвгленовые -- вместе с кинетопластидами, диплонемидами и некоторыми другими группами составляют отдельный тип.
Зоомастигины -- распределены на десятки групп.

Цитировать
ныне все жгутиковые животные а фотосинтех следствие симбиоза

Не животные, а протисты.

Цитировать
Кстати как по вашему жгутики это тоже приобретены симбиозом как думала Маргелис?

По-моему, нет.

Цитировать
Ну раз мы простейших коснулись то тогда заодно дерево всего типа простейших изобразите чтоб мне не искать
а далее я уж сам ветви в сети буду искать

Вот Вам дерево из сети -- http://www.tolweb.org/tree/