У кого-нибудь есть желание обсудить вот эту статью:
http://www.biology-direct.com/content/3/1/29
?
Если очень кратко, там там суть в том, прокариоты это деградировавшие эвкариоты.
в этом году концеп
ция первичности эукариот
вновь получила развитие в ра
боте Н.Глансдорфа с соавтора
ми. Кратко выводы этой ра
боты можно сформулировать
следующим образом. Последний
общий предшественник не был
простым, примитивным термо
фильным прокариотом, а пред
ставлял собой сообщество про
тоэукариот с РНКгеномом,
адаптированным к широкому
диапазону умеренных темпера
тур и имел генетическую избы
точность. Это сообщество со
стояло из морфологически и
метаболически разнообразных
объектов. Значит, жизнь возник
ла сразу сложной. Археи и бак
терии образовались за счет ре
дуктивной эволюции членов
этого гетерогенного сообщест
Это- цитата из природы
т е гипотеза признана и у нас а вот для обсуждения квалификации не хватает
можно правда обсудить проблемы редукции ДНк и прочие редукции в эволюции
На счёт "признана", это, пожалуй, слишком сильно сказано. Скорее, "замечена". Моё личное мнение - в целом, она интерсесна, но слабых мест в ней довольно много. Хотя, какие-то рациональные зерна в ней, возможно, всё же есть. Кстати, конкретно вариант "сообщества", похоже, опровергается свежей статьёй в Nature:
http://www.nature.com/nature/journal/v465/n7295/full/nature09014.html
Видимо, предок был всё же один и он, скорее всего, прошёл через "бутылочное горлышко".
Мне как весьма далёкому от этого трудно оценить, но например мне совершенно непонятно, как стороники этой версии объясняют принципиальное различие в строении ресничек и клеточной мембраны. Тут простой редукцией не объяснить, слишком разные принципы. Разве что были и такие эукариоты? Но тогда их различия были настолько значительны, что странно, почему их надо относить к тому же царству.
Цитата: Дж. Тайсаев от мая 16, 2010, 10:56:30
Мне как весьма далёкому от этого трудно оценить, но например мне совершенно непонятно, как стороники этой версии объясняют принципиальное различие в строении ресничек и клеточной мембраны. Тут простой редукцией не объяснить, слишком разные принципы. Разве что были и такие эукариоты? Но тогда их различия были настолько значительны, что странно, почему их надо относить к тому же царству.
На счёт ресничек не скажу, а вот вариант трансформации мембраны эвкариот в мембраны эубактерий и архей на основе независимой адаптации к высоким температурам они как раз рассматривают. Другой вопрос, что, похоже, далеко не все рецензенты согласны с таким подходом.
Я тут мало что помню из вузовской программы, но меня тогда ещё поразила практически полная идентичность всех эукариотических жгутиков и ресничек. Там что то вроде трёх сократительных белков в центре и девять кажется парных по кругу. И это и у сперматозоида человека и у эвглены. А тут у прокариот кажется сократительный белок по спирали расположен. Может я что то подзабыл.
Цитата: Дж. Тайсаев от мая 16, 2010, 11:15:11
Я тут мало что помню из вузовской программы, но меня тогда ещё поразила практически полная идентичность всех эукариотических жгутиков и ресничек. Там что то вроде трёх сократительных белков в центре и девять кажется парных по кругу. И это и у сперматозоида человека и у эвглены. А тут у прокариот кажется сократительный белок по спирали расположен. Может я что то подзабыл.
Про реснички не знаю, а жгутики, вроде, даже у эубактений и архей устроены совершенно по разному. Помнится, в какой-то статье утверждалось, что это косвенно говорит о том, что у ЛУКА, судя по всему, жгутиков вообще не было, это отночительно позднее эволюционное изобретение.
Цитата: Комбинатор от мая 16, 2010, 11:54:13
Про реснички не знаю, а жгутики, вроде, даже у эубактений и архей устроены совершенно по разному. Помнится, в какой-то статье утверждалось, что это косвенно говорит о том, что у ЛУКА, судя по всему, жгутиков вообще не было, это отночительно позднее эволюционное изобретение.
У архей и эубактерий вообще изменчивость колосальная, эукариотам и не снилась, там могут быть значительные различия при такой чудовищной вариабельности даже при относительном родстве. Это вполне можно объяснить тем, что в этих группах жгутики приобретались независимо, от разных, хоть и родственных предков. А вот у эукариот субклеточные различия минимальны. И что особенно важно, эти признаки весьма стабильны, за срок более миллиарда лет практически ничего не изменилось. И уж во всяком случае эти приобретения практически необратимы, возможна только редукция, например в случае паразитизма, но я не представляю, что бы например жгутики могли так радикально измениться. Насчёт ЛУКА ничего не могу сказать, не в курсе, возможно действительно от него и произошли все эти группы. То есть эти уникальные черты могли приобретаться независимо, но весьма маловероятно, что бы они трансформировались из одной формы в другую. Насчёт клеточной мемраны я тоже сильно сомневаюсь, но я всегда весьма далёк был от микробиологии, может и ошибаюсь.
Цитата: Дж. Тайсаев от мая 16, 2010, 17:46:32
У архей и эубактерий вообще изменчивость колосальная, эукариотам и не снилась, там могут быть значительные различия при такой чудовищной вариабельности даже при относительном родстве. Это вполне можно объяснить тем, что в этих группах жгутики приобретались независимо, от разных, хоть и родственных предков.
Да нет, у архей и эубактерий за биогенез жгутиков отвечают абсолютно разные гены, так что, похоже, между эвкариотами, эубактериями и археями в плане жгутиков имеет место типичная конвергенция, а у ЛУКА жгутиков попросту не было.
Цитата: Комбинатор от мая 16, 2010, 18:28:21
Да нет, у архей и эубактерий за биогенез жгутиков отвечают абсолютно разные гены, так что, похоже, между эвкариотами, эубактериями и археями в плане жгутиков имеет место типичная конвергенция, а у ЛУКА жгутиков попросту не было.
Ну так я что и говорю, были приобретены независимо. То есть получается ЛУКА дал начало различным эукариотам, некоторые из которых деградировали, утеряв пластиды и митохондрии и каждая из этих групп приобрела жгутики и другие особености независимо. Я не располагаю фактами и квалификацией что бы спорить или напротив согласиться. Необходимо во-первых, собрать факты преемственности снизу вверх эукариот с прокариотами и во-вторых, доказать, что те особенности, которые явно такой связи не имели, могли появиться независмо позже. Кроме того, наверняка можно приблизительно отследить по генам возраст когда эти особености появились.
А какими тогда были истиные первичные прокариоты?
Цитата: Дж. Тайсаев link=topic=2910.msg68373#msg68373Ну так я что и говорю, были приобретены независимо. То есть получается ЛУКА дал начало различным эукариотам, некоторые из которых деградировали, утеряв пластиды и митохондрии и каждая из этих групп приобрела жгутики и другие особености независимо.
Нет, что касается конкретно пластид и митохондрий, это, несомненно, относительно позднее "изобретение", появившееся после поглащения древаними эвкариотами неких про-цианобактеий и про-альфабактерий примерно 1.5-2.0 млрд. лет назад. С этим практически никто не спорит, ибо тому есть масса прямых и косвенных доказательств. Речь, в основном, идёт о других свойствах (ядро, линейная структура хромосом, цитоскелет, аппарат Гольджи, и т.д.).
Цитата: Дж. Тайсаев link=topic=2910.msg68373#msg68373
Я не располагаю фактами и квалификацией что бы спорить или напротив согласиться. Необходимо во-первых, собрать факты преемственности снизу вверх эукариот с прокариотами и во-вторых, доказать, что те особенности, которые явно такой связи не имели, могли появиться независмо позже. Кроме того, наверняка можно приблизительно отследить по генам возраст когда эти особености появились.
Филогенетическое дерево эвкариот очень странное. Там, в отличии от эубактерий и архей не прослеживается чёткого дервева, растущего из единого корня. Вместо этого одновременно как бы из ничего сразу появляются 5-6 его независимых веток. Соответственно, и датировка генов эвкариот возрастом более 2 млрд. лет весьма затруднительна. Что касается прокароит, то там с отслеживанием изменений в геноме по крайней мере до времён порядка 4 млрд. лет всё относительно просто.
Цитата: Комбинатор от мая 16, 2010, 21:47:52
Филогенетическое дерево эвкариот очень странное. Там, в отличии от эубактерий и архей не прослеживается чёткого дервева, растущего из единого корня. Вместо этого одновременно как бы из ничего сразу появляются 5-6 его независимых веток. Соответственно, и датировка генов эвкариот возрастом более 2 млрд. лет весьма затруднительна. Что касается прокароит, то там с отслеживанием изменений в геноме по крайней мере до времён порядка 4 млрд. лет всё относительно просто.
Вот удивительно, я всегда думал, что в группу прокариот слили несколько царств, но эукариоты (по крайней мере в сравнении с прокариотами) мне казались настолько ровными, что в их единстве не было никаких сомнений. Впрочем, возможно просто их общий предок не сохранился. А что саркодовые в предки не годятся уже?
Цитата: Дж. Тайсаев link=topic=2910.msg68380#msg68380Вот удивительно, я всегда думал, что в группу прокариот слили несколько царств, но эукариоты (по крайней мере в сравнении с прокариотами) мне казались настолько ровными, что в их единстве не было никаких сомнений. Впрочем, возможно просто их общий предок не сохранился. А что саркодовые в предки не годятся уже?
Судя по молекулярным данным - нет. Картинку филогенетического дерева эвкариот (по молекулярным данным) из статьи 2009-го года прилогаю.
Все-таки название LUCA лучше или оставлять, или переводить (например, как ПОУП :).
Идея статьи интересная, подобные мысли, помню, высказывал В. Алешин. Да и не только он. Но я больше верю Кунину и Вульфу, а они так не считают.
Дерево бактерий еще хуже, чем дерево эукариот, там вообще нет никакого общепринятого ветвления. Дерево архей ветвится от основания, и, кстати, довольно стабильно. А у эукариот, по последним статьям Кавалье-Смита, возможно, есть базальные группы или группа.
"Саркодовые" -- такого таксона просто нет. Уже, наверное, лет пятнадцать. Впрочем, протистологи всегда говорили, что амебы -- искусственная группа, просто наконец появилась возможность их аккуратно разобрать.
Если надо, могу подробнее.
Разумеется надо. Весьма любопытно.
Цитата: plantago от мая 17, 2010, 07:40:45
Дерево бактерий еще хуже, чем дерево эукариот, там вообще нет никакого общепринятого ветвления.
Что касается средней его части - во многом вы правы. Но в районе корня, консенсус, вроде, есть. Вначале (не позже, чем 4200 млн. лет назад) практически одновременно, от корня отделились Thermotoga и Aquifex, после чего наступила пауза длиной около 900 млн. лет. Потом началось быстрое ветвление, о некоторых ветках которого действительно до сих пор идут ожесточённые споры. Но с корнем (последним общим предков всех эубактерий), в отличии от эвакариот, особых разногласий, вроде, нет.
Цитата: plantago от мая 17, 2010, 07:40:45
Дерево архей ветвится от основания, и, кстати, довольно стабильно.
Тоже готов поспорить. В районе всё тех же 4200 млн. лет разделилсь ветви Creanarcheota и Euryarcheota. Примерно в это же время отделилась ветвь наноархей (Nanoarcheota). Потом, опять же, была большая пауза длиной примерно 600 млн. лет, после чего началась очередная волна ветвления.
А вот когда (хотя бы примерно) жил общий предок всех эвкариот, и на кого он был похож из современных эвкариотических групп - полная неясность. При этом, в самом его существовании мало кто сомневается.
Цитата: plantago от мая 17, 2010, 07:40:45
А у эукариот, по последним статьям Кавалье-Смита, возможно, есть базальные группы или группа.
Очень интересно! А у вас есть какие-нибудь ссылки почитать?
Те, кто работает с временнЫми привязками, очень часто берут одну, наиболее им удобную филогению :(
По корню бактерий почитайте хотя бы статьи Skophammer. Aquificales часто группируется с протеобактериями, Thermotoga с Firmicutes. Thermales ("Deinococcus-Thermus") более стабильно внизу.
По архебактериям посмотрите, например, деревья из приложения к последней статье из PNAS, где описана новая их группа. Корархеоты и ценархеоты гуляют по дереву как хотят. Базальные группы кренахреот тоже отходят гребенкой (мне проще всего сослаться на Вульфа, который строит их геномные деревья).
Кавалье-Смит -- вот его последняя статья: http://rsbl.royalsocietypublishing.org/content/early/2009/12/17/rsbl.2009.0948.abstract
Кстати, он укореняет бактерий и архей совершенно особым образом (как и Гупта).
Цитата: plantago от мая 18, 2010, 10:03:55
Те, кто работает с временнЫми привязками, очень часто берут одну, наиболее им удобную филогению :(
По корню бактерий почитайте хотя бы статьи Skophammer.
Если можно, лучше сразу со ссылками. Например. вот эта статья подойдёт:
http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/full/23/9/1648
?
Цитата: plantago от мая 18, 2010, 10:03:55
Aquificales часто группируется с протеобактериями, Thermotoga с Firmicutes. Thermales ("Deinococcus-Thermus") более стабильно внизу.
Опять же, не могли бы вы дать ссылки, или хотя бы названия работ и имена авторов?
Меня этот вопрос реально интересует! Я, честно говоря, думал, что, кроме всё того же Кавалье-Смита, Aquificales с протеобактериями уже никто не объединяет.
Цитата: plantago от мая 18, 2010, 10:03:55
По архебактериям посмотрите, например, деревья из приложения к последней статье из PNAS, где описана новая их группа. Корархеоты и ценархеоты гуляют по дереву как хотят. Базальные группы кренахреот тоже отходят гребенкой (мне проще всего сослаться на Вульфа, который строит их геномные деревья).
Опять же, дайте, плиз, какую-нибудь инфу, какая последняя статья из PNAS имеется в виду?
Цитата: plantago от мая 18, 2010, 10:03:55
Кавалье-Смит -- вот его последняя статья: http://rsbl.royalsocietypublishing.org/content/early/2009/12/17/rsbl.2009.0948.abstract
Кстати, он укореняет бактерий и архей совершенно особым образом (как и Гупта).
К сожалению, статья не в открытом доступе. Я правильно понимаю по размещённому Abstract-у, что Кавалье-Смит строит свои деревье, в основном, не по секвенированным геномам и гомологичным генам, а больше исходя из структурно-функциональных признаков?
P.S.
Статьи Skophammer и К. почитал. Подход, несомненно, интересный, но использовать только его для построения эволюционных деревьев, я думаю, не очень конструктивно. Например, не очень понятно, как в нём учитываеться вероятность широко распространённого у прокариот горизонтального переноса генов (в традиционных молекулярных методах датировки для этого специально разработаны методы тщательного предварительного отсева "подозрительных" на HGT участков генома). Есть и другие слабые места, см., например, коммент Гогартена к статье, описывающей этот подход:
http://astrobiology.nasa.gov/articles/evidence-for-a-new-root-of-the-tree-of-life/
Они, впрочем, и сами в начале указанной заметки признают, что их подход сильно отличается от традиционного (де-факто признавая, тем самым, существание этого традиционного подхода, которого придерживается большинство). Естественно, та информация о деревьях прокариот, которую я давал ранее, основана на более-менее общепринятой схеме, не учитывающей пока остающиеся в меньшинстве альтернативные подходы Шкопхаммера или Кавалье-Смита. Это не значит, что вероятность того, что они в итоге окажутся верными, равна нулю. Но брать их за основу при расчёте времени расхождения эволюционного дерева прокариот на мой взгляд на сегодняшний день было бы неправильным.
Понять, что "общепринято" в такой разветвленной и быстрорастущей области, как молекулярная филогенетика, очень непросто. Молекулярные часовщики, повторю, чаще всего просто берут то, что им удобно -- деревья, а не кусты, не учитывают LGT, не используют phylogenetic networks и т.п. Вообще, честно говоря, все эти time estimations попахивают шарлатанством. Но на них дают деньги. Впрочем, это моя личная точка зрения.
Cavalier-Smith -- ведущий мегасистематик мира. Gupta -- очень сильный микробиолог и специалист по геномике. Кунин -- просто гениальный человек, один из самых выдающихся современных биологов. Я думаю, их стОит послушать.
===
Про статьи -- давайте я уже дам Вам доступ к коллекции статей, а дальше уж Вы сами (с). Напишите мне ЛС, если хотите доступ.
Цитата: plantago от мая 19, 2010, 00:14:07
Понять, что "общепринято" в такой разветвленной и быстрорастущей области, как молекулярная филогенетика, очень непросто. Молекулярные часовщики, повторю, чаще всего просто берут то, что им удобно -- деревья, а не кусты, не учитывают LGT, не используют phylogenetic networks и т.п.
Я не сомневаюсь в Вашей компетентности, но всё-таки из статей "часовщиков" (например, Hedges & Battistuzz) у меня сложилось мнение, что они вначале сами строят деревья, тщательно учитывая при этом базы генов, подвергшихся LGT, а уже потом считают расстояния между ветками. Кроме того, деревья независимо строятся по гомологичным белкам, и по рРНК, и структура этих деревьев процентов на 80-90 совпадает, что косвенно говорит об адекватности их построения. Наконец, правильность молекулярных часов в большинстве случаев подтверждается палеонтологией.
Цитата: plantago от мая 19, 2010, 00:14:07
Вообще, честно говоря, все эти time estimations попахивают шарлатанством. Но на них дают деньги. Впрочем, это моя личная точка зрения.
В приципе, на них теоретически денег почти не надо. Не нужно ни дорогостоящего оборудования, ни большого штата сотрудников. Все секвенированные геномы есть в свободном доступе в интернете. Соответствующее пограммное обеспечение тоже имеется. Теоретически остаётся лишь подать первое на вход второго. :)
Цитата: plantago от мая 19, 2010, 00:14:07
Cavalier-Smith -- ведущий мегасистематик мира. Gupta -- очень сильный микробиолог и специалист по геномике. Кунин -- просто гениальный человек, один из самых выдающихся современных биологов. Я думаю, их стОит послушать.
===
Про статьи -- давайте я уже дам Вам доступ к коллекции статей, а дальше уж Вы сами (с). Напишите мне ЛС, если хотите доступ.
Спасибо, буду очень Вам благодарен!